外文数据库检索2012.10.17

43
PubMed的基本检索之三
截词检索
可利用系统的截词功能获取更多的相关文 献，提高查全率：截词符“*”可代表多个字符， 将*加在检索词后可以表示对所有以该词开头的 词进行检索；如：bacter*，可以检出bacteria, bacteremia, bacteriophage等词。截词检索时， 系统会关闭自动词语匹配功能。
PubMed的基本检索之五
作者检索

在检索框中输入著者姓名，PubMed自动执行著者检索。 例如， 检索Bonnie W. Ramsey撰写的有关“囊性纤维化 基因治疗”的文献，在输入框中输入： cystic fibrosis gene therapy ramsey bw 一般姓在前名在后，姓用全称，名用首字母。 例如，输入Smith SR可检索出姓为Smith，名的首字母为 SR的所有著者的文献 通过字段限定检索及组合检索可实现更精确的著者检索。 例如，输入Smith SR [1AU]可检索出第一著者为Smith SR 的所有文献。
检索结果保存及输出
自动词语匹配应用——例2
Q：如何查找“治疗鼻咽癌的新突破” 网页文章的原始文献来源？
Yi-xin zeng chromosome 4
35
zeng yx[Author] AND ("chromosomes, human, pair 4"[MeSH Terms] OR "chromosome 4"[All Fields])

[PubMed] [PubMed-OLDMEDLINE]

OLDMEDLINE：部分1966年以前出版且未被MEDLINE收录的文献。

记录标识（1）
[PubMed – indexed for Medline]
[PubMed - in process]
[ PubMed - as supplied by publisher]
PubMed的基本检索之六：期刊检索
52
PubMed的基本检索之六：期刊检索
53
PubMed的基本检索之七 逻辑组配检索

PubMed支持逻辑算符AND、OR、NOT的组配检索，逻 辑运算符前后都要有一个空格。不输入默认为AND，如
t regulatory cells systemic lupus erythematosus t regulatory cells and systemic lupus erythematosus
英文医学数据库检索
2012.10.17
周文琦 中南大学医药信息系
2
主要内容

重要外文检索系统及其获取
Pubmed文献检索系统


Elsevier: ScienceDirect
一、重要外文检索系统及获取
引文检索
外文检索系统
外文文摘数据库 MEDLINE/Pubmed、EMBASE、SciFinder Scholar、 BioSIS Previews、Engineering Village、Dialog 外文全文数据库 OVID Full Text、EBSCOhost、 Elsevier:Sciencedirect 、SpringLink、ProQues Medical Library、Kluwer Online Journals、OCLC FirstSearch
5
中南大学医学图书馆外文数据库资源
6
中南大学校本部图书馆外文数据库（部分）
7
公共网可获取外文文献数据库
Pubmed文献检索系统 www.pubmed.gov (文摘，部分全文） 2. Google学术论文检索：scholar.google.com(文摘，中
1.
外文，部分全文）
3. Scirus科学搜索引擎 www.scirus.com (文摘）

什么是PubMed? www.pubmed.gov
12
PubMed的收录范围



MEDLINE收录全世界80多个国家5200多种生物医学 期刊的文摘及题录数据。 部分文献可直接获取全文，包括： PubMed Central (PMC，收录期刊780余种)：NLM 开发的免费生物医学数字化期刊全文数据库 开放获取（Open Access，OA）期刊 部分出版商提供的免费文献 与出版商的电子期刊文献同步发布，标注为[Epub ahead of print]（先于印刷版期刊发表的电子文献） 或Epub
检索词
Pubmed系统 进行检索 Details分析
21
自动词语匹配应用——例1
检索“肝纤维化与P53基因关系的文献”
分析相关概念：肝纤维 p53基因 确定英文关键词： 肝纤维化——liver fibrosis P53基因——p53 gene

Step1: 输入提问式
Step2:获取检索结果
26
细化检索式

("liver cirrhosis"[MeSH Terms]) AND ("genes, p53"[MeSH Terms])
调整后重新检索
28
检索结果显示

PubMed检索结果显示默认为Summary格式。
题名
出处 相关文献 链接
作者
相关文献链接——按相关性排序
检索结果显示格式转换
获取全文 来源 题名
作者单位
作者
Search Details框详细显示自动词语匹配的 实际检索式。 有较好的查全率，同时保证一定的查准率。 下列情形不进行自动词语匹配

截词检索,如bacter*
短语检索,如“kidney
allograft” 破折号时,如kidney-allograft History检索,如#1 AND #２ 字段检索,如toothache[ti]
解读检索式
("liver cirrhosis"[MeSH Terms] OR ("liver"[All Fields] AND "cirrhosis"[All Fields]) OR "liver cirrhosis"[All Fields] OR ("liver"[All Fields] AND "fibrosis"[All Fields]) OR "liver fibrosis"[All Fields]) AND ("genes, p53"[MeSH Terms] OR ("genes"[All Fields] AND "p53"[All Fields]) OR "p53 genes"[All Fields] OR ("p53"[All Fields] AND "gene"[All Fields]) OR "p53 gene"[All Fields])
40
问题？
Q：是否可以完全依赖词语的自动词语匹配功能？
例如：单细胞 Single cell
41
自动词语匹配
42
PubMed的基本检索之二 强制检索
—强制检索
检索词加上“ ”, -进行强制检索 系统不进行自动词语匹配，不扩展检索

single cell 直接输入 “single cell“ 或者 single-cell
PubMed的基本检索之五：作者检索
49
PubMed的基本检索之五：作者检索
50
PubMed的基本检索之六
期刊检索



在检索框中输入期刊信息，PubMed自动检索出该期刊的文 献： 刊名全称：如the American Journal of Pathology 标准的Medline刊名缩写：如Am J Pathol 期刊的ISSN号：如0002-9440， Am J Pathol ISSN号 当刊名与MeSH词相同时，PubMed默认将其作为MeSH词检 索。例如Gene Therapy、Science、Cell，为避免误检，可 采用刊名字段限定检索。 如Cell transplantation[TA]可检索出在期刊Cell transplantation 被PubMed收录的所有文献 利用PubMed的Journals Database可查找期刊的详细信息
44
PubMed的基本检索之三：截词检索
45
PubMed的基本检索之四
字段限定检索
PubMed字段限定检索的格式是： 检索词[字段标识符]。字段限定检索可提高查准 率。 如：aspirin[ti] ；brain stem infarctions/drug therapy[majr]；neoplasms [mh:noexp] ； Clin Infect Dis[ta]；smith ab[au]；zhongshan hospital[ad]；2008:2010 [dp] 。
PubMed界面的结构
高级检索
基本检索
源自文库
2.PubMed的基本检索
自动词语匹配功能:智能检索 强制检索 使用 “ ” 截词检索 使用* 字段限定检索 主题检索 作者检索 期刊检索 布尔逻辑检索
20
PubMed的基本检索之一
—自动词语匹配功能
Mesh转换表 期刊名转换表 作者索引表 作者姓名转换表 经过转换后的 检索式
8
二、 Pubmed文献检索系统
引文检索
1
PubMed概述
2
3 4
PubMed的基本检索 PubMed的限定检索 PubMed的高级检索
5 6 7
PubMed的主题词检索 PubMed的个性化检索
如何查到自己满意的文献
1.PubMed概述
什么是PubMed？ PubMed的收录范围 PubMed的记录来源 PubMed的常用字段 PubMed的界面结构

[PubMed-as supplied by publisher ]
[PubMed-in Process]

In-process citations： 尚未进行MeSH主题词标引的最新文献；


PubMed：受NIH资助项目的作者因遵循“NIH Public Access”向 PMC提交的论文手稿；其所在期刊未被MEDLINE收录，但出版商 因该文献需遵循“NIH Public Access”而提交给PMC的文献；选择 性收录非MEDLINE收录的文献。







为提高查准率，可将著者与著者单位、主题等信息 结合起来检索。 2002年起，Medline在同时采用结合缩写与全称两种 方式来处理作者姓名，作者姓名缩写放入[AU]字段， 全称放入[FAU]字段。例如，输入Smith SR的姓名全称 Steven R Smith，可检索出2002年以来该著者被 PubMed收录的文献。 西文检索工具对中国人名的处理较混乱。如Xia Jiahui文献可能被分散在“Xia JH”及“ Xia J”下面，检索 时需综合考虑，尽可能查全。 也可利用高级检索中的下拉式菜单选择作者字段进 行作者检索。 如果想进行更精确的检索，可以用双引号将作者名 48 引起来，再加[au]，如“smith j”[au]。
PubMed的记录来源

Medline：PubMed主体部分。

[PubMed-indexed for MEDLINE]

Publisher supplied citations：出版商通过电子方式提交的且还没有 进入到In-process阶段的最新医学文献；2003年底之前进入 PubMed但没有被Medline收录的期刊文献或该篇文献出版之后其 期刊才被Medline收录。
记录标识（2）
[PubMed]
[PubMed - OLDMEDLINE]
PubMed记录的主要字段
字段标识：字段名称 AB：Abstract AD：Affiliation ALL：All Field AU：Authors 1AU：First Author FAU：Full Author Name LASTAU：Last Author PMID：PubMed Unique Identifier CY：Country DP：Publication Date EDAT：Entrez Date GS：Gene Symbol GN：Grant Number 字段标识：字段名称 IS：ISSN LA：Language MH：MeSH Terms MAJR：MeSH Major Topic SH：MeSH Subheadings PT：Publication Type SO：Source TA：Journal Title TI：Title TW：Text Words UID：Unique Identifiers NM：Substance Number TIAB：Title/Abstract