系统发育解析
分子系统发育分析课件
建树算法
总结词
建树算法是将序列比对结果转化为系统发育树的计算过程， 常用的算法有UPGMA、NJ、ML等。
详细描述
建树算法是将多个物种的基因序列进行比较，根据它们之间 的相似性和差异，构建出一个反映物种之间亲缘关系的进化 树。常用的建树算法包括UPGMA、NJ、ML等。
数据准备
整理相关分子序列数据，进行 预处理。
序列比对
采用适合的方法进行序列比对 ，确保数据准确性。
系统发育分析
基于比对后的数据，进行系统 发育分析。
结果展示与解读
生成系统发育树并解读其意义 。
软件应用案例
微生物系统发育分析
用于研究微生物种群间的进化关系。
古生物学研究
用于分析古生物化石中的分子信息，揭示生物演化历程。
算法优化与改进
算法效率和准确性
提高算法的运行速度和准确性，以处理大规模 数据集。
算法可扩展性
确保算法能够适应不断增长的数据量和复杂性 。
算法灵活性
提供更灵活的参数和选项，以满足不同研究需求。
应用领域的拓展
跨物种比较
01
将分子系统发育分析应用于不同物种的比较，以揭示物种间的
进化关系。
疾病机制研究
02
数据匿名化
对涉及个人隐私的数据进行适当 的匿名化处理，保护数据主体的 隐私权。
结果解读与发布
要点一
准确解读
对分子系统发育分析的结果进行准确解读，避免误导或夸 大其实际意义。
要点二
结果审查
对分析结果进行同行评审或专家审查，确保结果的可靠性 和准确性。
胎儿脑部发育过程解析
胎儿脑部发育过程解析胎儿脑部发育过程是指从胚胎发育到胎儿发育的一系列变化，这一过程是神经系统形成和发展的关键阶段。
本文将详细解析胎儿脑部发育的各个阶段及其重要的发展里程碑。
1. 脑部的初期发育阶段：在胚胎发育早期，胚芽分为三个胚层：内胚层、中胚层和外胚层。
内胚层包括神经外胚层和神经管。
神经管是胚胎期的脊髓原基，也是大脑的前体。
在大约第三周，神经管闭合形成神经系统（包括大脑和脊髓）的基本结构。
2. 大脑的发展阶段：神经管闭合后，大脑逐渐分化成脑前部、脑中部和脑后部。
脑前部发展成大脑半球，负责认知、运动和感知功能。
脑中部发展形成间脑和中脑，负责内分泌和自主神经功能。
脑后部发展成小脑和延髓，控制运动协调和平衡。
3. 神经元的形成和迁移：在胎儿脑部发育过程中，神经元是至关重要的组成部分。
一开始，神经元从神经管内的神经上皮细胞形成，然后迁移到不同的脑区域。
这个过程被称为神经元迁移。
神经元迁移发生在胚胎期和早期胚胎期，是脑部发育过程中的关键阶段。
4. 突触的形成和神经网络的建立：在神经元迁移完成后，神经元开始建立连接，形成神经网络。
神经元之间的连接通过突触来实现，突触是神经细胞之间传递信息的关键结构。
随着脑部发育的进展，突触的数量和质量增加，神经网络逐渐建立起来，使得大脑能够执行复杂的功能。
5. 脑皮质的形成：脑皮质是大脑外部的灰质层，是大脑功能的主要执行场所。
脑皮质的形成是胎儿脑部发育过程中的重要里程碑。
在胎儿发育的中期，脑皮质开始分层和增厚。
这个过程称为皮层内神经元分化。
随着皮层内神经元的不断分化，大脑的功能和复杂性也逐渐增强。
6. 神经系统的细化和完善：在脑部发育的后期，神经系统不断细化和完善。
这包括神经元的进一步分化、突触的精细调节以及神经通路的建立和优化。
这个过程会一直持续到婴儿出生后，甚至在儿童和青少年时期仍然进行。
总结起来，胎儿脑部发育过程涉及神经管形成、大脑分化、神经元迁移、突触形成、脑皮质形成以及神经系统的细化和完善。
人教版生物教材剖析人类的生殖与发育
人教版生物教材剖析人类的生殖与发育生物是一门自然科学，研究生物的生殖与发育是生物学的重要内容之一。
在人教版生物教材中，对人类的生殖与发育进行了详细的探讨和解析。
本文将依据人教版生物教材的内容，从不同方面剖析人类的生殖与发育。
一、人类的生殖系统人类的生殖系统由男性和女性生殖系统组成。
男性生殖系统包括睾丸、附睾、输精管等器官，它们的协同工作使得精子的形成、储存和运输成为可能。
女性生殖系统则包括卵巢、输卵管、子宫等器官，它们协同工作使得卵子的形成、储存、受精和胚胎的孕育成为可能。
在人教版生物教材中，对男性和女性生殖系统的结构和功能进行了详尽的介绍。
通过深入分析和图示展示，学生们能够清晰地认识到生殖系统中各个器官的作用和相互关系。
二、生殖细胞的形成与生殖人教版生物教材还详细介绍了生殖细胞的形成过程，即精子和卵子的形成。
在男性生殖系统中，睾丸是精子形成的场所，而在女性生殖系统中，卵子形成主要发生在卵巢中。
关于精子和卵子的形成，人教版生物教材通过简洁清晰的语言和图示进行了说明。
学生们可以了解到，精子和卵子的形成是通过减数分裂来实现的。
这一内容的教学使得学生们能够认识到生殖细胞形成的重要过程，为后续的生殖与发育的学习奠定了基础。
三、受精与胚胎的形成受精是生物繁衍后代的基本方式之一。
人教版生物教材详细讲解了受精的过程，即精子与卵子结合形成受精卵。
在人教版生物教材中，受精过程的教学是通过图示和文字相结合的方式进行的。
学生们可以清晰地了解到精子的结构和卵子的结构以及它们之间的相互作用，进而认识到受精的整个过程。
受精后，受精卵会经历胚胎发育阶段，最终发育成为一个完整的个体。
人教版生物教材对胚胎发育的过程进行了详细的描述，并通过标注和插图的方式展示了胚胎不同阶段的特征和发育过程。
四、人类的生殖与发育疾病在人教版生物教材中，对一些常见的生殖与发育疾病也进行了介绍。
如不孕不育、性传播疾病等。
人教版生物教材在讲解生殖与发育疾病的过程中，突出了预防和保护的重要性，强调了正确的生殖保健意识和行为对于个人和社会的重要性。
系统发育
the lizard and the salmon are
considered to be more closely related
to each other than either is to the shark because they share a common ancestor， 'x' （which lived at time t2）， that is
表新分类单元的出现，
也即可以通过性状分析来反映系统发育
或种系发生的过程。
3、Types of character
在一个类群中，某些同源特征常在
类群的进化过程中发生顺序性变化。
这种特征演变的顺序是claclistics确 立类群系统发育的依据。
在一个同源特征序列中
新出现的特征称为“衍征”或“派生特
似生物发生律（law of recapitulation）
5、特征编码
特征序列的极性确定以后，还需要对特 征进行编码． 编码的方式有多种
Method A: coding as one multistate
character
absent （0）
round and black（1） round and white（2） square and black（3） square and white（4）
1 Feature absent（0）; Feature present（1） 2 round（0 ）; square（1） 3 black（0 ）;white（1）
Method D: 1 Feature absent（0）; Feature present（1） 2 round absent（0）; round present（1）
分子系统发育分析的生物信息学方法
分子系统发育分析的生物信息学方法一、概述分子系统发育分析的生物信息学方法，是生物信息学领域中的重要研究手段，其核心在于利用分子层面的数据揭示生物体之间的进化关系。
该方法主要通过对DNA或蛋白质的分子序列信息进行分析，计算序列间的相似性，从而估计基因分子进化的速率、基因间序列的分歧时间以及物种或基因在系统发育中的位置。
在分子系统发育分析中，生物信息学方法的应用不仅限于单条生物序列的进化信息提取，还涉及到多条生物序列之间的比对与关联分析。
通过比较不同物种间的基因序列，可以揭示它们之间的进化关系和亲缘关系。
生物信息学方法还可以利用数学模型和计算机程序，构建系统发育树，直观地展示物种之间的进化历程。
随着生物信息学技术的不断发展，分子系统发育分析的生物信息学方法也在不断更新和完善。
新的算法和工具不断涌现，使得我们能够更准确地分析生物序列数据，揭示生物进化的奥秘。
分子系统发育分析的生物信息学方法在生物学研究中具有广泛的应用前景和重要的实践价值。
本文将详细介绍分子系统发育分析的生物信息学方法，包括单条生物序列的进化信息提取、多条生物序列的比对与关联分析、系统发育树的构建等方面，并探讨这些方法在生物学研究中的应用和未来发展。
1. 分子系统发育学概述分子系统发育学，作为系统发育系统学的一个重要分支，致力于通过深入剖析生物大分子（如蛋白质、核酸等）的结构与功能，揭示生物各类群之间的谱系发生关系。
这一学科不仅涵盖了生物进化历程的宏观视角，更通过分子生物学技术和计算机技术的结合，深入到微观层面，从而为我们提供了生物演化的全新理解。
在分子系统发育学的研究中，基因或生物体的系统发育关系常常通过构建有根或无根的树状结构来展示。
这种树状结构不仅揭示了物种之间的亲缘关系，还为我们理解物种的进化历程和演化模式提供了关键线索。
通过多重序列比对，研究者可以分析一组相关基因或蛋白质，进而推断和评估不同基因间的进化关系，这包括分子进化（基因树）和物种进化（物种树）的研究。
儿童的生长发育特点(各个系统)
儿童成长议题-生长发育-生：生命维持长：身体成长发：功能发展育：教育学习生长＆发展生理成长-生理结构在物理性质上的正向改变，如长高、增重-基本原料：食物营养-影响因子：遗传＆疾病功能發展-外显表现在功能分化上的正向改变，如熟练、精进-基本原料：知动经验-影响因子：环境＆机会功能发展感觉功能动作功能语言功能认知功能心理情绪功能社交互动功能生活自理功能功能领域间的关系一平行关系所有的功能在生命形成后便皆开始发展-7w(GA):对脸部触觉敏感-6~10w(GA):身休动作-14w(GA):味蕾形成-16~18w(GA):感受母体姿势而有相对应动作-24w(GA):听到声音-10~26w(GA):对光有反应平行关系各功能在不同年龄层分别占有主要发展地位-原始触觉功能：0~2Y-先进触觉功能：9m~4Y-前庭功能：3.5/4Y~7Y-本体功能：6/7Y~9Y-粗大动作功能：2~4Y-精细动作功能：3/4Y~8Y-语言功能：2~5Y-认知功能：4Y~-社交互动功能：3Y~功能领域间的关系二阶层关系发展里程碑有一定顺序性-感觉知觉：0~2Y-姿势动作：6M~2Y-沟通互动：1Y6M~5Y-基础认知：4Y~6Y-生活技能：5Y~8Y-心理情绪：6Y~-社会适应：7Y~阶层关系低阶功能为高阶功能发展之必要基础-感觉引导→动作功能-动作延伸→语言功能-语言学习→认知功能-认知内化→心理功能-心理应用→社交功能-社交互动→环境适应发展里程碑顺序感觉知觉0~2yr姿势动作1~3yr沟通互动2~4yr基础认知4~6yr生活技能5~8yr心理情绪6yr+~社会适应7yr+~功能发展的基础知觉动作发展Sensori-Motor Development嗅觉系统0.5M~基本的嗅觉能力，如分辨食物的气味1M~逐渐发展出嗅觉记忆，从最基本母乳的香味（安定作用）开始2M~能明显区辨难闻刺激性气味，并有拒绝或排斥的动作反应3M~有明显寻找探索气味的能力，能转向气味来源味觉系统0.5M~有粗浅程度的味觉能力，例如能区辨甜味、苦味及酸味而有不同的反应2M~能明显区辨苦味以及酸味，并有拒绝或排斥的动作反应4M~开始发展出咸味的功能，并有明显偏爱咸味的动作反应6M~发展出味觉试味行为及能力视觉系统◆视觉的形成过程光——眼球的透明体（角膜、水晶体、玻璃体等）——视网膜接受刺激后——光能转换为神经冲动——视神经交叉传达到大脑皮层的视觉区，进行分析综合后，通过传出神经——眼底，便产生视觉。
系统发育详解
系统发育详解下载温馨提示：该文档是我店铺精心编制而成，希望大家下载以后，能够帮助大家解决实际的问题。
文档下载后可定制随意修改，请根据实际需要进行相应的调整和使用，谢谢!并且，本店铺为大家提供各种各样类型的实用资料，如教育随笔、日记赏析、句子摘抄、古诗大全、经典美文、话题作文、工作总结、词语解析、文案摘录、其他资料等等，如想了解不同资料格式和写法，敬请关注!Download tips: This document is carefully compiled by the editor. I hope that after you download them, they can help yousolve practical problems. The document can be customized and modified after downloading, please adjust and use it according to actual needs, thank you!In addition, our shop provides you with various types of practical materials, such as educational essays, diary appreciation, sentence excerpts, ancient poems, classic articles, topic composition, work summary, word parsing, copy excerpts,other materials and so on, want to know different data formats and writing methods, please pay attention!系统发育是生物学中的一个重要概念，指的是生物在演化过程中逐渐形成的亲缘关系。
系统发育分析
本科生毕业论文（设计）题目: 基于线粒体COX2基因的几种鲤科鱼丹亚科(Danioninae)鱼类的系统发育分析郑重声明本人的毕业论文(设计)是在指导老师的指导下独立撰写并完成的。
毕业论文(设计)没有剽窃、抄袭、造假等违反学术道德、学术规范和侵权行为，本人愿意承担由此产生的各种后果；直至法律责任，并可以通过网络接受公众的查询。
特此声明。
毕业论文作者(签名)：年月日目录中文摘要 ............................................................................................. 错误！未定义书签。
英文摘要(Abstract) ............................................................................. 错误！未定义书签。
1 前言 ................................................................................................. 错误！未定义书签。
1.1 鲤科简介及其系统学研究现状 .................................................. 错误！未定义书签。
1.1.1 鲤科的分类特征 ....................................................................... 错误！未定义书签。
1.1.2 鲤科的分类系统 ....................................................................... 错误！未定义书签。
1.1.3 研究现状 ................................................................................... 错误！未定义书签。
系统发育
发育标准
许多计算机多重比对程序（比如CLUSTAL, PileUp,ALIGN in ProPack）根据明确的系统发育标准（一个前 导树）进行比对，这个前导树是由双重比对得到的。但是SAM（Hughey et al., 1996）和MACAW（Lawrence et al., 1993）程序在进行多重比对时并不引入明确的系统发育标准，虽然这些程序也可以模拟系统发育过程操作 参数。
碱基取代
一般而言，生物化学性质相近的碱基之间的取代频率较高；在DNA中，四种转换（Aà G, Gà A, Cà T, Tà C）的频率比八种颠换（Aà C, Aà T, Cà G, Gà T,以及前四种的反向取代）的频率要高；这些偏向会 影响两个序列之间的预计的分歧。
各个残基之间的相对取代速率一般由方阵形式列出；对于碱基而言，行数和列数都是4，对于氨基酸而言，行 数和列数都是20（比如PAM方阵），对于密码子而言，行数和列数都是61（除去了中止密码子）。非对角线元素 对应于一个碱基变为另一个碱基的相对代价，而对角线元素则代表不同序列拥有同一个碱基的代价。
数学优化
有些比对程序（比如，MACAW, SAM）根据一个统计模型进行优化，但是这些统计同系统发育模型的关系并不 清楚。仅仅根据一个系统发育模型是没有办法比较多重比对方法的优劣的。
空位特征符附加到比对序列数据集中，也可以用额外的碱基程序在适当的位置对空位计分，但是在计分的时 候，空位位点中只有一个作为空位计分，其余的将会被忽略。PAUP将会执行这个方法。
对于某些比对而言，比对程序会忽略所有的空位分值或者忽略所有低于预设值的空位分值；但是，还没有任 何一种程序会忽略单个序列的单个位点。如果比对在序列组内部相当明确，但是处身其中时却不太清楚，此时必 须对比对做“手术”，确保同序列组相关的明确的信息被保留，而除去模糊的信息。
浅谈系统发育分析
评估进化树和数据
系统发育信号
数据信号和随机数据作对比实验（偏斜和排 列实验）
进化树的稳健性
对观察到的数据重新取样，进行进化树的支 持实验（非参数自引导和对折方法）
实际应用中应注意的问题
输入数据的质量； 从尽可能多的角度观察数据； 分类群（外围、内在）选择； 如何看待处理结果？
一个令人苦恼的问题：How to get a real tree?
理论依据（2）
进化及遗传模型（Penny et al., 1994） 模型组成:
1、序列有指定的来源并且正确无误。 2、序列是同源的，而序列不是“paralog“的混合物。 3、序列比对中，不同序列的同一个位点都是同源的 4、在接受分析的一个序列组中，序列之间的系统发育史 是相同的。 5、样本足以解决感兴趣的问题。
距离建树方法
非加权配对组算术方法（UPGMA， unweighted pair group method with arithmetic mean） 相邻连接方法（NJ，neighbor joining） 最小进化方法（ME,Minimum Evolution）
Distance-based methods
理论依据（1）
分子时钟假说：
对于每一个给定的基因（或者蛋白质），其分子 进化大致是恒定的。
意义：
如果蛋白质序列的进化保持一个恒定的速率，那么 这个速率就能被用于推算不同物种序列的发生分化的时 间。 分子时钟假说并不适用于所有的蛋白质。分子时钟 只能用于在长期进化历程中仍保持其生物学功能的那些 基因。
PAUP
scavotto@或) ftp:///paup8
MEGA5 q
http://bioinfo.weizmann.ac.il/da tabases/info/mega.sof
系统发育分析 PPT
treefile
系统发育分析
• 将treefile更名results3后，双击打开CONSENSE.EXE 工具
打开CONSENSE工具 把treefile更名为results3
系统发育分析
• 输入results3 • 修改O选项，输入18 • 默认R选项，构建无根树 • 其他设置默认，输入Y，回车 • 计算生成out文件
简约法相关工具
似然法相关工具
距离法相关工具 系统树统计学检验工具
• TreeView:
Nigerian
South Amerind
Australian
Papuan
North Amerind
Southern Chinese Korean
0.02
Nigerian Pygmy
Bantu
Japanese Finn
系统发育分析
• 输入results1 • 选择修改M选项，输入100 • 其他设置默认，输入Y，回车 • 计算生成新的outfile文件
输入results1
距离模型 是否处理多样本数 据集，默认为否 选择M，要处理多样本数据集 输入多样本数据集的样本集数目100， 与Seqboot中的设置要一致
其他设置默认，输入Y
• 计算生成out文 件
输入results2 选用的距离法 选择外类群 是否处理多样本数据集，默认为否 输入O，要设置外类群 输入18，表示是第18条序列作为外类群
选择M，要处理多样本数据集， 输入多样本数据集的样本集数目， 与前面步骤中的设置要一致
其他设置默认，输入Y
系统发育分析
outfile
构建的系统 发育树，每 个样本对应 一个系统树
系统发育分析
桑属植物叶绿体基因组特征比较及系统发育分析
张浩蓉，秃玉翔，李启少，等．桑属植物叶绿体基因组特征比较及系统发育分析［Ｊ］．江苏农业科学，２０２４，５２（７）：３４－４０．ｄｏｉ：１０．１５８８９／ｊ．ｉｓｓｎ．１００２－１３０２．２０２４．０７．００５桑属植物叶绿体基因组特征比较及系统发育分析张浩蓉，秃玉翔，李启少，曹正英，赵文植，沈伟祥，孙正海（西南林业大学园林园艺学院／国家林业和草原局西南风景园林工程技术研究中心，云南昆明６５０２２４） 摘要：探究桑属叶绿体基因组特征及该属物种的系统发育进化关系。
收集８种桑属植物叶绿体基因序列，基于最大似然法重建桑属植物系统发育关系，并运用生物信息学手段进行叶绿体基因组特征分析。
桑树叶绿体基因组结构为典型的四段式结构，大单拷贝区长８９９５２ｂｐ，小单拷贝区长２０１４９ｂｐ，２个反向重复区长２５７５１ｂｐ。
共检测到６６１个ＳＳＲ位点，包含４８０个单核苷酸位点、５７个二核苷酸位点、２５个三核苷酸位点、８２个四核苷酸位点、１６个五核苷酸位点、１个六核苷酸位点，碱基组成以Ａ／Ｔ碱基类型为主，平均ＧＣ含量为３６．２％。
变异度在前３位的间隔区依次是ｐｓｂｌ－ｔｒｎＳ（ＧＣＵ）－ｔｒｎＧ（ＵＣＣ）、ｒｐｓ４－ｔｒｎＴ（ＵＧＵ）－ｔｒｎＬ（ＵＡＡ）、ｒｐ１３２－ｔｒｎＬ（ＵＡＧ）。
桑属树种的叶绿体基因组相对较大，且序列稳定，变异主要发生在ＬＳＣ区。
相较于基因编码区，桑属植物的基因非编码区更容易积累突变。
桑与蒙桑具有较近的亲缘关系，其次是华桑与吉隆桑。
关键词：桑属；叶绿体基因组；特征；系统发育 中图分类号：Ｓ８８８．２ 文献标志码：Ａ 文章编号：１００２－１３０２（２０２４）０７－００３４－０７收稿日期：２０２３－０８－０２基金项目：云南省科技人才与平台计划（编号：２０２２０５ＡＦ１５００２２）；西南林业大学科研预研基金。
作者简介：张浩蓉（１９９８—），女，云南昆明人，硕士研究生，主要从事园林植物与观赏园艺研究。
Ｅ－ｍａｉｌ：ｚｈｒ２３１２２ｘ＠１６３．ｃｏｍ。
生物学中的系统发育学
生物学中的系统发育学导言：系统发育学是生物学的一个重要分支，研究生物种群的进化关系和亲缘关系。
通过构建系统发育树，可以揭示不同物种之间的演化历史和遗传关系。
本文将介绍系统发育学的定义、研究方法和应用，以及一些经典的系统发育学案例。
一、系统发育学的定义系统发育学（Phylogenetics）是生物学中研究物种进化关系和亲缘关系的分支，目的是通过建立系统发育树来揭示物种之间的演化历史和遗传关系。
系统发育学通过对遗传信息、形态特征和分子标记等进行比较分析，揭示了生物多样性和进化的重要规律。
二、系统发育学的研究方法1. 形态学方法：通过对物种大小、形状、结构等外部特征的观察和比较，确定物种之间的相似性和差异性。
经典的例子是达尔文通过对鸟嘴形状的观察，揭示了鸟类的演化历程。
2. 分子标记方法：利用DNA、RNA和蛋白质等分子标记，通过测序和比较分析，揭示不同物种之间的遗传关系。
这种方法在现代系统发育学中得到广泛应用，因为分子标记具有高保真性和高可变性。
3. 生态学方法：通过对生态位、生活习性等方面的观察研究，了解物种之间的生态关系和适应能力，进而推测它们的进化历史和亲缘关系。
三、系统发育学的应用1. 物种分类与命名：系统发育学为物种的分类和命名提供了科学依据。
通过构建系统发育树，可以确定物种之间的进化关系，为新物种的分类和命名提供准确的依据。
2. 基因组研究：系统发育学在基因组研究中发挥着重要作用。
通过比较不同物种的基因组，可以揭示基因家族的起源和演化过程，为进一步研究基因功能和基因组结构提供基础。
3. 生物多样性保护：系统发育学在生物多样性保护和物种保护中也有应用。
通过研究物种的演化关系和亲缘关系，可以为物种保护提供科学依据和策略，帮助保护濒危物种和生态系统。
四、经典的系统发育学案例1. 鸟类系统发育：根据形态学和分子标记的研究，建立了鸟类的系统发育树，揭示了鸟类的演化历程和亲缘关系。
例如，鸵鸟属和企鹅属虽然具有类似的外形特征，但由于生活环境和进化历史的不同，它们被划分在不同的分支上。
孕妇腹中胎儿胚胎期的循环系统完善和心脏发育
孕妇腹中胎儿胚胎期的循环系统完善和心脏发育在孕妇的腹中，胎儿经历了一个复杂而神奇的发育过程。
其中，胚胎期是胎儿发育的最初阶段，也是胎儿循环系统和心脏发育的重要时期。
本文将重点探讨孕妇腹中胎儿胚胎期循环系统的完善和心脏发育。
一、循环系统的初步形成胚胎期是人体发育的最早阶段，胚胎在前六周将形成其主要器官和系统。
在胚胎期的第三周，胚胎的心脏开始形成并开始跳动。
胚胎的循环系统也在这个时期初步形成。
胚胎的循环系统主要包括了心脏、血管和血液三个部分。
最初，胚胎的循环系统由一段原始心管和原始血管组成。
原始心管是胚胎心脏的前身，经过细胞分化和增殖，最终发展成为胎儿的真正心脏。
二、心脏的发展胚胎期的心脏发育经历了多个阶段，逐渐完成了心脏的结构和功能的建立。
首先是心脏管的形成。
在胚胎期的第三周，原始心脏在胚胎腹部中线上开始形成，初始的心脏管由心脏原始细胞组成。
随着心脏管的发展，将分化为心脏的不同部分，包括心房、心室和心脏瓣膜。
接下来是心脏分割的过程。
在胚胎期的第四周，心脏开始分割成左右两个心腔，形成了四个心腔。
这个过程是由心脏结构的增殖和组织的转变所驱动的，最终将心脏分割为左右心房和左右心室。
最后是心脏的定位和定向。
在胚胎期的第五周，心脏逐渐定位到胸腔中央，并朝向左侧。
这个过程主要涉及胸腺和心包的发育，它们给予了心脏的定位和定向的信号。
三、循环系统的完善随着胚胎期的发展，胎儿的循环系统逐渐完善，开始为胎儿提供必要的氧气和营养物质。
循环系统的完善主要涉及血管的发育和周围组织的相互作用。
在胚胎期的第四周，胎儿的血管系统开始分化成动脉和静脉。
动脉将氧气富集的血液输送到胎儿各个部位，而静脉则将含有代谢废物的血液带回胎盘，通过母体排出。
此外，胎儿的循环系统还通过臍带与母体的循环系统相连。
胎儿的脐动脉和脐静脉分别与母体子宫的动脉和静脉相连，这使得胎儿能够从母体获得所需的氧气和营养物质。
四、心脏发育的影响因素胚胎期心脏的发育受到多种因素的影响。
系统发育学研究报告
系统发育学研究报告摘要：本研究报告旨在对系统发育学进行深入研究和探讨。
通过对生物物种的分类和演化关系的研究，我们可以更好地了解生物多样性的起源和发展。
本报告主要包括系统发育学的定义、研究方法、应用领域以及未来发展方向等内容。
1. 引言系统发育学是生物学中的一个重要分支，它研究的是生物物种的分类和演化关系。
通过对物种间的共同祖先和演化历史的研究，我们可以揭示生物多样性的起源和发展。
2. 定义系统发育学是通过比较物种的形态、生理、生态和遗传特征，建立物种间的分类关系和演化树，从而揭示生物物种的演化历史和亲缘关系的科学。
3. 研究方法系统发育学主要依靠形态学、生理学、生态学和分子生物学等多学科的综合研究方法。
其中，形态学研究通过对物种的外部形态特征进行观察和比较，建立分类关系；生理学研究通过比较物种的生理功能和代谢特征，揭示物种间的亲缘关系；生态学研究通过比较物种的生态位和生境适应性，了解物种的适应性演化；分子生物学研究通过比较物种的遗传信息，建立分子系统发育树。
4. 应用领域系统发育学在生物学研究中具有广泛的应用价值。
首先，系统发育学为生物物种的分类和命名提供了科学依据，有助于我们更好地理解和研究生物多样性。
其次，系统发育学可以帮助我们了解疾病的起源和传播途径，为疾病的预防和治疗提供理论基础。
此外，系统发育学还可以应用于保护物种、探索地球生物多样性、农业育种和生物技术等领域。
5. 未来发展方向随着科学技术的不断进步，系统发育学也在不断发展和完善。
未来，我们可以进一步深入研究物种的基因组和转录组，探索更多的遗传信息，从而更准确地建立物种间的演化关系。
此外，我们可以借助大数据和人工智能等技术手段，加速系统发育学的研究进程，提高分类和演化树的准确性和可靠性。
结论：系统发育学是生物学中的重要分支，它通过比较物种的形态、生理、生态和遗传特征，揭示生物物种的分类和演化关系。
系统发育学在生物学研究中具有广泛的应用领域，包括生物多样性研究、疾病起源与传播途径、保护物种和农业育种等。
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6
系统发育分析
PHYLIP
• PHYLIP是目前广泛使用的系统发育程序
/phylip/software.html
• Washington大学Joe Felsenstein开发 • 可以在Mac, DOS, Unix, VAX/VMS等平台上运行 • 工具包：
protpars protein parsimony DNA sequence parsimony DNA parsimony branch and bound interactive DNA parsimony DNA compatibility DNA maximum likelihood DNA maximum likelihood with clock Protein sequence maximum likelihood Protein sequence maximum likelihood with clock Restriction sites maximum likelihood DNA invariants DNA distance Protein sequence distance Restriction sites and fragments distances Neighbor-Joining and UPGMA method Fitch-Margoliash distance matrix method Fitch-Margoliash distance matrix with clock Bootstrapping/Jackknifing
3
系统发育分析
分析步骤
• 多序列比对
– 通过序列与数据库比对收集同源基因 – 通过文献收集与目标基因相关的同源基因
• 确定取代模型
– 计算序列之间的分歧 – 碱基之间相互取代模型, 序列中不同位点取代的相对速率
• • • • • • • p距离模型 J-C单参数模型 Kimura双参数模型 Tajima-Nei模型 Tamura三参数模型 Tamura-Nei模型 gamma分布的J-C单参数模型，Kimura双参数模型和Tamura-Nei模型
系统发育分析
分析步骤
• 系统树的精确性和统计检验
– 检验法（Bootstrap，Jackknife，permutation） – 参考Treebase网站: /treebase/
原始数据多 序列比对结果 对序列中每个 位置重复抽样， 基于原比对结果 生成多个样本
系统发育分析
贾 斌
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系统发育分析
系统发育分析
• 突变导致进化发生
– 核苷酸的替代、插入、缺失
• 通过系统发育方法推断或者评估进化和亲 缘关系 • 核苷酸序列/氨基酸序列
– – – – 有统一的性状 序列蕴含的信息量大 便于构建数学模型 可以用于计算进化的速率
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系统树构建工具
ClustalW Phylip MEGA PAUP RRTree Paml tree-puzzle COMPONENT ftp://ftp-igbmc.u-strasbg.fr/pub/ClustalW /phylip.html /software/Mega2_install.zip /downl.html http://pbil.univ-lyon1.fr/software/rrtree.html /software/paml.html http://www.tree-puzzle.de/tree-puzzle-5.0.zip /rod/cpw.html Web/Windows/Liu nx Windows/Liunx Windows/Liunx Windows/Liunx Windows/Liunx Windows/Liunx Windows/Liunx Windows
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Байду номын сангаас
系统发育分析
分析步骤
• 构建系统发育树：
– 距离法（UPGMA，Neighbor-joining ） – 最大简约法（Maximum Parsimony methods） – 最大似然法（Maximum Likelihood methods）
方法
统发育树
优点
缺点
序列转化为距离时信息量有丢 失。对分歧明显的序列，很难 对距离进行可靠估计
显示系统发育树的免费软件
NJplot TreeView TreeMap NDE ftp://pbil.univlyon1.fr/pub/mol_phylogeny/njplot/njplotWIN95.exe /rod/treeview/1.6.6/treev 32.zip /rod/treemap.html /rod/NDE/nde.exe Windows Windows Windows Windows
工具
PAUP MEGA PHYLIP
距离法 速度快, 稳健，构建唯一系
简约法 如果树枝短，序列相似性高, 树枝长度变异大时可靠性较低
信息位点多，结果可靠
PAUP MEGA PHYLIP
PAML PAUP MEGA 5 PHYLIP
似然法 以似然率反映数据最支持怎 计算量大
样的系统发育关系 搜索所有可能的系统发育树
– – – – 核苷酸和蛋白质序列数据的分析 序列数据转变成距离数据后，对距离数据分析 对基因频率和连续的元素分析 把序列的每个碱基/氨基酸独立看待（碱基/氨基酸只有0和1 的状态）时，对序列进行分析的软件 – 绘制和修改进化树
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系统发育分析
PHYLIP对核苷酸和蛋白质序列数据构建系统发育树主要工具列表