病毒学病毒的分类与命名

依据： 主要以病毒粒子特性、抗原性质和病毒生物学特性等作 为依据。 病毒粒子特性： ① 病毒形态：如大小、形状、包膜和包膜突起的有无， 衣壳结构及其对称性; ② 病毒生理生化和物理性质：如分子量，沉降系数，浮 力密度，病毒粒子在不同pH、温度、Mg2+、Mn2+、 变性剂、辐射中的稳定性； ③ 病毒基因组，如基因组大小、核酸类型、单双链、线 状或环状，正负链，G+C所占的比例、核苷酸序列等；
“viroid” 、亚科“viroinae”、科“viroidae”。 其他亚病毒因子 • 卫星体和朊病毒不按病毒分类，采用任意分类
（arbitrary classification） ，这种任意分类对专门
领域的研究工作者似乎是有用的。
（九）关于书写的规则
• 在规范的分类学惯例，病毒目、科、亚科、属的 认可名称，均用斜体印刷，名称的第一个字母需 大写。Adenoviridae(腺病毒科)
第三章 病毒的分类与命名
第一节 病毒分类与命名的沿革 第二节 病毒的命名 第三节 病毒的分类原则 第四节 病毒分类系统
本章重点
1.病毒分类机构 2.病毒分类原则 3.病毒的分类系统
第一节 病毒分类与命名的沿革
1961年以前，这个时期是各自研究领域的科学家提出或建立一些分 类系统，进展缓慢，缺乏国际间的协作。
四、1971-现在
• 1973年5月，在伦敦召开的ICNV执行委员会上，国际病 毒命名委员会改为国际病毒分类委员会（International Committee on Taxonomy of Viruses,ICTV）。
• 1995年国际病毒分类委员会第六次报告中，植物病毒不 再采用组、亚组，而统一采用科、属、种的分类系统。 同时将病毒分为3大类：DNA病毒、DNA及RNA反转录 病毒、RNA病毒。
1962-1966年，建立了国际病毒学命名委员会（International Committee on Nomenclature of Viruses, ICNV）
1966-1970年，Wildy任国际病毒学命名委员会主席期间，组织国际 间协作，发表了ICNV的第一次报告。
1971-现在，病毒分类与命名的工作得到了巩固和发展，国际病毒 学命名委员会更名为国际病毒学分类委员会（ International Committee on Taxonomy of Viruses, ICTV）
• 杆状套病毒科（Romviridae）黄头病毒（YHV） • 芜菁黄花叶病毒科（Tymoviridae）
病毒分类中文译名不统一的问题由来已久， 一个科、属往往有好几个名称。有的含义基本 相同只是用词的差别，如：小RNA病毒科、微 RNA病毒科；反转录病毒科、逆转录病毒科； 杯状病毒科、嵌杯病毒科；布尼亚病毒科、布 尼安病毒科；狂犬病病毒属、狂犬病毒属；慢 病毒属、慢性病毒属；细胞质弹状病毒属、质 型弹状病毒属；细胞核弹状病毒属、核型弹状 病毒属等。
（三）关于种的规定
• 一个病毒种应是一类具有多种共同特征的病毒， 并组成一个正在复制的世代谱系，且在生态位中 占有特定的位置。
1、病毒种应当是群体，是类别。 2、病毒种所共有的特征不是一种而是多种。 3、病毒种是演化谱系中某时期的一分子。 4、病毒种应当占据某特定生态位。
• 一新种不能确定，或不能将这一新种确定到已设 立的属中时，新种将作为暂定种。
（4）人工产生的病毒和实验室构建的杂种病毒在病毒 分类上不予考虑，其分类由公认的国际专家小组负责。 （5）只有在病毒代表种的特性得到了充分了解和在公 开出版物上进行过描述，才能确定建立一个分类阶元， 以便与其他类似的分类阶元相区别。 （6）当病毒有明确的科、而分属未确定时，这一病毒 种在分类学上称为该科的未确定种（unassigned species）。 （7）与规则2各分类阶元相关联，并得到ICTV批准的 名称是唯一可以接受的。
• 目名应是一个以“---virales”结尾的单词。 • 有尾噬菌体目（Caudovirales） • 单分子负链RNA病毒目（Mononegavirales） • 成套病毒目（Nidovirales）
（八）关于亚病毒因子的规则
类病毒 • 有关病毒的分类规则，适用于类病毒的分类。 • 类病毒的分类单元的规范词尾是：种“viroid”、属
• 基因组序列相关性 • 天然寄主范围 • 细胞和组织的趋向性 • 致病性和细胞病理学 • 传播方法 • 病毒蛋白的抗原性
（五）关于亚科的规则
• 亚科是一群具有某些共同特征的属，这一分类单 元只在需要解决复杂等级结构问题时才使用亚科。
• 亚科名应是一个以“---virinae”结尾的单词。 Parvovirinae（细小病毒亚科）
1963年 国际微生物命名委员会病毒分会根据安德鲁 斯(Andrewes)提出的分类建议提出了新的8项分类原则： ① 核酸的类型、结构和分子量； ② 病毒粒子的形状和大小； ③ 病毒粒子的结构； ④ 病毒粒子对乙醚、氯仿等脂溶剂的敏感性； ⑤ 血清学性质和抗原关系； ⑥ 病毒在细胞培养上的繁殖特性； ⑦ 对除脂溶剂以外的理化因子的敏感性； ⑧ 流行病学的特征。
④ 病毒蛋白，如结构蛋白和非结构蛋白的数 量、大小以及功能和活性，氨基酸序列等
⑤ 病毒脂类含量和特性； ⑥ 碳水化合物含量和特性； ⑦ 病毒基因组组成和复制。
病毒抗原性质： 包括病毒血清学性质与其抗原的关系。
病毒生物学特性： 包括病毒天然的宿主范围； 病毒在自然状态下的传播与媒介体的关系； 病毒的地理分布，致病机理，组织嗜亲性； 病毒引起的病理和组织病理学特点。
第八次报告的特点: 1、进一步明确了“种”作为病毒分类系统中的最
小分类阶元，在每一个确定种下面列出了至少一 个、至多几十个不同的分离物以及它们在 GenBank上的登录号。 2、增加了许多反映病毒基因序列同源性关系的系 统树图。 3、将原子分辨率的粒子三维结构插入到相应的科 或属中，使读者对病毒粒子空间结构有更详细的 了解。
有关病毒分类的论文及信息在ICTV的 官方期刊“Archives[a:kaivz] of Virology” 发表，1990年前“Intervirology”是其官方 期刊。
第二节 病毒的命名
（一）一般规则 （1）病毒分类和命名应该是国际性的，并且普遍适用 于所有的病毒。 （2）国际病毒分类系统采用目（order）、科(family)、 亚科(subfamily)、属(genus)、种(species)、分类阶元。 （3）ICTV不负责病毒种以下的分类和命名，病毒种以 下的血清型、基因型、毒力株、变异株和分离株的名称 由公认的国际专家小组确定。
一、1961年以前
各研究领域独立进行病毒分类与命名 （一）植物病毒分类
Johnson和Hoggan（1935）：
1、病毒的传播方式及昆虫介体 2、自然的寄主范围及鉴别寄主 3、在活体外的存活期 4、致死温度 5、症状特点
（二）动物病毒分类法
二、1962-1966年
1966年在莫斯科举行的第九届国际微生物学代表 会议上，成立国际病毒命名委员会（International Committee on Nomenclature of Viruses;ICNV）。下 设4个小组委员会： • 动物病毒小组委员会 • 植物病毒小组委员会 • 无脊椎动物病毒小组委员会 • 噬菌体小组委员会
• 种的名称用斜体印刷，第一个词的首字母需大写， 除专有名词或专有名词的一部分之外，其他词首 字母一律不大写。Human immunodeficiency virus 1(人免疫缺陷病毒1型)
• 规范的惯例，各分类单元正式的描述是
…Reovirideae(科), …Phytoreovirus(属), …Wound tumor virus（种） 呼肠孤病毒科， 植物呼肠孤病毒属， 伤瘤病毒
习题
1.简述病毒分类机构和标准。 2.病毒分类现状如何？ 3.如何理解病毒种的概念？
结合在一起，存在于细胞质中）
类病毒 （亚病毒因子）
第8次报告动物病毒新增4个科
• 线头病毒科（Nimaviridae）白斑病毒属（Whispovirus）
白斑综合征病毒Ⅰ型（White spot syndrane virus Ⅰ ）
• 双顺反子病毒科（Dicistroviridae）桃拉综合征病毒 （ TSV ）
• 种名必须赋予种恰如其分的鉴别特征。
（四）关于属的规则
• 属是具有某些共同特征的种。 • 属名应是一个以“---virus”结尾的单词。 Lyssavirus（狂犬病毒属）T4 like viruses（T4样病毒属） • 通过一个新属名的同时，必须承认一个代表种。
鉴定一个种的归属时，有用的特征
（六）关于科的规则
• 科是一群具有某些共同特征的属（不管这些属是 否组成了亚科）
• 科名应是一个以“---viridae”结尾的单词。 Parvoviridae（细小病毒科）
区分属或科
• 毒粒形态 • 基因组结构 • 复制方法 • 结构蛋白和非结构蛋白的数目和大小
（七）关于目的规则
• 目是一群具有某些共同特征的科。ICTV对病毒目的建 立持谨慎态度，仅限于已有足够的证据说明其系统演 化的相关性的病毒科。
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（二）关于分类单元的命名规定
• 在分类单元和病毒的命名中不遵循优先律。 • 在提出新的分类单元时不使用人名。 • 在提出新名称时，不使用下标、上标、连字符、斜线和
希腊字母。 • 新名称不应与已通过的名称重复。 • 病毒名称由ICTV认定，其命名与细菌不同，不再采用
拉丁文双名法，而是采用英文或英语化的拉丁文，只用 单名。目、科、亚科、属分别用拉丁文后缀“-virales”、 “-viridae”、“-virinae”和“-virus”，并采用斜体。
• 2005年，国际病毒分类委员会发布了第八 次病毒分类报告。
在这个长达1259页的报告中，将目前ICTV所承认 的5450多个病毒归属为3个目、73个科、11个亚科、289 个属、1950多个种。在亚病毒感染因子下设类病毒、卫 星体和朊毒，其中类病毒有2个科、7个属；卫星病毒有 2个亚组，卫星核酸有3个亚组；朊毒分为哺乳动物朊毒 和真菌朊毒。
• 未通过或暂定的名称均印成标准体，并在西文中 缀以-like字样。T1-like viruses(T1样噬菌体属)
第三节 病毒的分类原理及依据
稳定性：是指病毒名称及其隶属关系一旦确定下来，就 应该尽可能的保留。 实用性：是指病毒分类体制应该对病毒学研究领域是有 用的。 认可性：是指病毒分类阶元和名称应该为病毒学研究者 乐意接受和使用，所以，认可性也是实用性的必然结果。 灵活性：是指病毒分类阶元可以依据某些新发现而进行 重新修订和再确定。
第四节 病毒分类系统
• 国际病毒分类委员会第七次报告（1999）认可病 毒4000种，设有3个病毒目。
将所有已知的病毒根据核酸类型分为： DNA病毒——单股DNA病毒， DNA病毒——双股DNA病毒， DNA与RNA反转录病毒， RNA病毒——双股RNA病毒， RNA病毒——正单链RNA病毒， RNA病毒——负单链RNA病毒， 裸露RNA病毒（真菌病毒，+ssRNA与其编码的RNA依赖的RNA聚合酶
三、1966-1970年
1970年8月，在第十届国际微生物学代表大会上， 报告了国际病毒命名委员会的第一次报告。将当时了 解得比较清楚的500多种病毒分为RNA和DNA病毒两 大类，描述并划定了43个属及其成员。其中动物病毒 22个属，还确定了两个科，乳多空病毒科和细小病毒 科；植物病毒15个组群；细菌病毒分成6个组群。