第九章蛋白质相互作用网络优秀课件
蛋白质蛋白质相互作用ppt课件
在应用中，通常利用三个物种 进行交互Blast以便更好地确 定直系同源蛋白质。
Org A, Protein1 Blast Org B, All proteins P2 with smallest E value
IleS-MG345- MJ0947
Org B, Protein2 Blast Org A, All proteins P1 with smallest E value
基因位点的上下文 基因临近
聚集
分散
基因融合 (Rosetta-Stone method )
电子双杂交
系统发育上下文
系统发生谱方法 系统树相近 (Mirror tree)
基因表达: mRNA共表达
.
20
一些重要的概念
Ortholog: 直系同源，是指不同物种中来自同一个 祖先的基因和蛋白质。
.
35
Mirror Trees Method
该方法的假设前提是：相互作用的蛋白可能是共进化的。方法是：计算包含
不同物种的蛋白质家族间的进化距离，构建各自相应的进化树，在进化树之间相
似性距离的基础上，构建镜像树，然后由镜像树之间的相似性距离和蛋白质在镜
像树上的位置确定蛋白质之间的两两相互作用。
.
36
.
31
基因组临近/ 基因临近 (1)
生物信息学中的蛋白质相互作用网络分析
生物信息学中的蛋白质相互作用网络分析随着科学技术的发展，蛋白质相互作用网络分析在生物信息学中变得越来越重要。
蛋白质相互作用是指两个或多个蛋白质之间的相互作用或联系，包括物理和化学作用。
这些联系构成了蛋白质相互作用网络。
这种网络分析帮助我们理解蛋白质以及它们如何相互作用，可以帮助我们研究疾病的发生、转化和治疗。
1. 什么是蛋白质相互作用网络？蛋白质相互作用指的是蛋白质之间发生的物理和化学作用。
这些作用可能包括电子转移、共价键形成、非共价键交互、离子对交互等。
这种相互作用产生的连接构成了蛋白质相互作用网络。
蛋白质相互作用网络可以通过大量实验来得到。
在以往，科学家们通常通过双杂交实验来鉴定蛋白质之间的相互作用。
现在，通过大规模基因鉴定系统（例如文献库筛选、肽阵列分析）和基因组学技术，我们可以更轻松地得到蛋白质相互作用网络。
2. 如何分析蛋白质相互作用？蛋白质相互作用网络分析可以提供有关蛋白质相互作用的信息，从而对生物学问题提供更深入的理解。
在进行分析之前，需要先对蛋白质相互作用网络进行建模和描述。
建模需要考虑网络的拓扑结构，例如网络中包含的节点数、边数、连通性等。
描述需要确定网络中每个节点的性质以及节点间的联系或权重。
通过这些步骤，我们可以建立一个完整的蛋白质相互作用网络。
接下来，可以通过以下的分析方法来深入理解蛋白质相互作用：（1）模块化分析：模块化分析是将大型网络分解为更小的结构单元，称为模块。
通过这种方法可以发现蛋白质相互作用对于整个网络的重要性。
（2）关键蛋白质鉴定：关键蛋白质是指网络中最为重要的节点。
这些节点在整个网络中连接着大量的节点，是网络的核心。
通过这种方法可以确定对于生物系统具有特定功能的蛋白质。
（3）功能注释：功能注释是根据已知信息对网络中的蛋白质进行分析和注释。
这种方法可以提供对网络中蛋白质的生物功能、通路、关系等方面进行了解的方法。
3. 蛋白质相互作用网络在生物学中的应用蛋白质相互作用网络的分析可以帮助我们了解生物系统中蛋白质之间的相互作用，进而进一步理解其生物学功能。
蛋白质互作
在酵母中合成的遗传相互作用 Synthetic Genetic Interactions in Yeast
Tong, Boone
蛋白质相互作用网络与蛋白质功能预测
► 对蛋白质功能的研究将成为后基因时代研究的核心
内容之一。伴随着生物信息学的迅猛发展以及基因 表达谱和蛋白质相互作用数据的激增，利用计算方 法对蛋白质功能进行预测和注释成为越来越有效的 一种手段。目前应用较为广泛的蛋白质功能预测主 要基于以下几方面：同源序列、基因组对比、系统 进化特征谱、基因表达谱数据以及蛋白质相互作用 网络等。由于基于蛋白质相互作用网络的功能预测 能整合多种数据信息，并具有从整体水平上准确预 测蛋白质功能的优点，该方法已成为蛋白质功能分 析及预测中的热点。
直接注释方法
► 直接注释方法基于：在蛋白质相互作用网络
中，距离相近的两个蛋白质更加倾向于拥有 相似的功能。而通过两蛋白质在网络中的距 离来计算并判断这两个蛋白质功能相似性有 许多的方法。 ► 邻居节点计算法（neighborhood counting） ► 图论方法（graph theoretic method） ► 马可夫随机场方法
Information Scope
Evolutionary Biology Biophysics Genetics Biochemistry Clinical Studies
Molecular Biology
Chemistry
Epidemiology
DB
Proteomics
Population Biology GenP），1999年由
UCLA的David Elsenberg实验室建立，目标 是成为一个蛋白质－蛋白质相互作用的文件 库，把关于蛋白互相作用的多样的实验信息 整合成一个容易进行查询的专一数据库。 ► DIP关注的是蛋白质配体，但是现在也包括 一些大蛋白合成物。研究人员可以免费获得 数据，并且搜索一个特殊蛋白质的相互影响 配体。
蛋白质互作网络解析蛋白质相互作用的规律
蛋白质互作网络解析蛋白质相互作用的规律蛋白质是生物体内最重要的基本组成部分之一，不仅参与到多种生物学过程中，也在维持生命的正常功能和结构中发挥关键作用。
蛋白质在细胞内通过相互作用形成庞大的蛋白质互作网络，这种网络在细胞内的信号传递、代谢调控和细胞功能调节等方面至关重要。
本文将探讨蛋白质相互作用的规律以及如何通过蛋白质互作网络解析这些相互作用的机制。
一、蛋白质相互作用的规律蛋白质相互作用是指不同蛋白质之间的物理接触和相互结合的过程。
这种相互作用可以是暂时的、可逆的，也可以是稳定的、不可逆的。
蛋白质相互作用的规律如下：1. 亲和性：蛋白质相互作用的第一要素是亲和性，即蛋白质之间相互吸引的能力。
亲和性的强弱决定了相互作用的稳定性和持续性。
亲和性的强弱可以通过两个蛋白质之间的亲和力常数来衡量，常用的方法有表面等温滴定法和生物传感技术等。
2. 专一性：蛋白质相互作用的第二要素是专一性，即蛋白质之间相互作用的特异性。
蛋白质相互作用的专一性决定了其在细胞内的生物学功能。
专一性的实现可以通过蛋白质的结构和序列特征来解读。
3. 功能性：蛋白质相互作用的第三要素是功能性，即蛋白质相互作用所带来的生物学功能。
蛋白质相互作用可以介导信号传导、代谢调控、细胞功能调节等生物学过程，并参与到疾病的发生和发展中。
二、蛋白质互作网络的解析蛋白质互作网络是由大量蛋白质之间的相互作用关系所构成的复杂网络。
研究蛋白质互作网络对于理解细胞内的组织结构、信号传递和疾病发生等具有重要的意义。
蛋白质互作网络的解析可以通过以下两种方法来实现：1. 实验方法：通过实验手段，如酵母双杂交技术、质谱分析和共沉淀等，可以鉴定蛋白质之间的相互作用关系。
这些实验方法能够提供大量的蛋白质相互作用数据，但是其数据量庞大、噪声较大，需要进一步验证和整合。
2. 计算方法：通过计算手段，如基于结构信息的预测方法和基于相似性的功能注释方法，可以预测蛋白质之间的相互作用关系。
相互作用蛋白质组学ppt课件
9
/
• ATGGCGTCTT ACCAGAACCG TCCAGGAGGT CAGGCCACTG ACGAGTACGG AAACCCGATC CAGCAGCAGT ATGACGAGTA CGGAAATCCG ATGGGAGGAG GAGGATACGG AACTGGTGGT GGTGGAGGAG CTACAGGTGG CCAAGGATAC GGAACAGGTG GCCAAGGGTA CGGATCAGGT GGCCAAGGGT ACGGAACCGG TGGCCAAGGA TACGGAACCG GGACCGGGAC TGAAGGCTTT GGAACTGGCG GAGGAGCTAG GCACCACGGC CAAGAGCAAC TCCACAAGGA AAGTGGTGGT GGCTTGGGAG GAATGCTTCA CCGCTCCGGA TCTGGATCCA GCTCTAGCTC GGAGGATGAT GGACAAGGAG GGAGGAGGAA GAAGGGAATA ACACAAAAGA TCAAGGAGAA GTTGCCAGGT CATCATGATC AGTCTGGTCA AGCTCAAGCG ATGGGCGGCA TGGGATCCGG ATATGATGCT GGTGGCTACG GTGGTGAGCA CCACGAGAAG AAGGGGATGA TGGACAAGAT CAAGGAAAAG CTTCCCGGTG GTGGCCGTTA A
应的抗原成分。 ⑵间接法：检测未知抗原时先用特异性抗体与相应抗原结合，洗去未结合
的抗体，再用荧光素标记的间接抗体与特异性抗体相结合，形成抗原特异性抗体-间接荧光抗体的复合物。 ⑶补体法：用特异性抗体和补体的混合物与标本上的抗原反应，补体就结 合在抗原-抗体复合物上，再用抗补体的荧光抗体与补体结合，从而形 成抗原-抗体-抗补体荧光抗体复合物。 • 在研究蛋白质与蛋白质相互作用的实验中，最常用的免疫荧光技术是间 接法。抗原即是所要研究的靶蛋白。
最新蛋白质分子间的相互作用教学讲义ppt
X
yeast plasmid expression vector
predator
unknow
tis s u e
b a it
predator
X
Y
does X bind with a protein?
to ta l m R N A re v e rs etra n s c rip ta s e
DNAb in d in g d o m a in transfection
yeast plasmid expression vector
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does X bind with a protein?
tran s fo rm e d yeast
X
W e ' l l s t a r t b y m a k i n g t r a n s f o r m e d y e a s t e x p r e s s i n g X
cDNAforX
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X
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• 3，细菌的抗药性
• AcrA, AcrB, Tol C • 乙酰螺旋霉素抗性
三，生物学对蛋白质相互作用 的研究方法
• 1，突变体系列和互补测验（遗传学）
•
突变体
蛋白质相互作用PPT课件
蛋白质组学是应用各种技术研究蛋白质组 的一门新兴科学。
其目的是从整体的角度分析细胞内动态变 化的蛋白质组分、表达水平与修饰状态， 了解蛋白质之间的相互作用与联系，揭示 蛋白质功能与细胞生命活动规律。
9. 3 蛋白质相互作用网络
蛋白质的相互作用(PPI, Protein-protein interaction)是指蛋白质分子之间的相关性， 并从生物化学、信号转导和遗传网络的角 度研究这种相关性。
有一些蛋白质可以以单体 的形式发挥作用，但是大 部分的蛋白质都是和伴侣 分子或是与其他蛋白质一 起发挥作用的。
基因组计划--大量的新基因不断被发现，然而单纯的 基因组DNA序列尚不能解答许多生命问题。基因是相对静 态的，而基因编码的产物—蛋白质则是动态的，具有时空 性和调节性，是生物功能的主要体现者和执行者。蛋白质 的表达水平、存在方式以及相互作用等直接与生物功能相 关。
抵御外来细菌和病毒的抗体及免疫类物质，当蛋白质充足时， 一旦需要这些抗体和免疫物质在数小时内就可以增加数百倍。
参与细胞的信号转导，调控细胞的发育和凋亡，及至生物体的 命运。
形成生物体的渗透压，引发生物体的各种活动，例如肌肉的做 功等。
3.运输载体
蛋白质是生物体内很多重要的代谢物和营养素的载体。 氧、脂类、维生素、矿物质与微量元素都需要利用各种蛋白质运输到
5. 生物分子网络具有度的负关联 性
度的负关联性；
具有度大的节点趋向于连接度小的节点的特点
在蛋白质相互作用的网络中：
度非常大的蛋白质节点不直接相连 与度比较小的蛋白质节点相连接
6.生物分子网络具有一定的鲁棒性和适应性
生物分子网Biblioteka 具有鲁棒性： 即对于外界环境的变化或者内部个体之间的不相容有着一定的 承受能力，这与生物分子网络无标度的拓扑性质息息相关。拥 有不同度值的节点对移除表型的影响差异很大。当移除网络中 的多数非关键节点基因时，几乎没有明显的表型影响。
蛋白质相互作用网络解析
5.1概述 5.2蛋白质相互作用网络研究进展 5.3蛋白质相互作用网络中的模体和模块
《分子生物网络分析》(Molecular Biology Network Analysis)
Page 1
5.1概述
5.1.1蛋白质 5.1.2蛋白质的研究进展 5.1.3蛋白质组学的研究进展
Page 12
5.1.2蛋白质的研究进展
1955年，英国生物化学家Frederick Sanger首次正确地测定了一种蛋白质-----胰岛素的氨基酸序列。
主要结论是蛋白质胰岛素有确定的氨基酸 序列，认为每一种蛋白质均有一个独特的 氨基酸序列，即有一个确定的化学成分。
《分子生物网络分析》(Molecular Biology Network Analysis)
Page 8
5.1.1蛋白质
3.运输载体
蛋白质是生物体内很多重要的代谢物和营养 素的载体。
氧、脂类、维生素、矿物质与微量元素都需 要利用各种蛋白质运输到生物体需要的地方。
例如，血红蛋白质可以输送氧；脂蛋白可以 输送脂肪。
蛋白质还可以充满营养物质储备，例如植物 种子中的大量蛋白质，就是在萌发时用的储 备。
《分子生物网络分析》(Molecular Biology Network Analysis)
Page 3
5.1.1蛋白质
蛋白质残基可以在被翻译后修饰而发生化 学变化，并改变其物理、化学及生物学性 能，从而改变蛋白质的功能。
多个蛋白质可以组成复合体来实现某一特 定功能。
《分子生物网络分析》(Molecular Biology Network Analysis)
1962年，他们分享了诺贝尔化学奖。
《分子生物网络分析》(Molecular Biology Network Analysis)
蛋白相互作用
百泰派克生物科技
蛋白相互作用
蛋白相互作用是指两个或两个以上的蛋白质形成蛋白质复合体或多蛋白网络的现象。
单一的蛋白质难以发挥复杂的生物学功能，通常需要多个蛋白相互结合实现复杂的细胞学功能。
生物体内的蛋白质-蛋白质相互作用主要以3种形式存在：形成多亚
基蛋白质四级结构（血红蛋白4个亚基的装配）、蛋白复合体（病毒外壳）以及瞬
时蛋白质-蛋白质相互作用。
研究蛋白相互作用的方法有很多，可以分为体外和体内两类。
体外的方法主要有蛋白质亲和层析、免疫（共）沉淀、（GST）Pull down、蓝色非变性胶技术（BN-PAGE）亲和印迹、蛋白芯片、核磁共振谱分析等。
体内的分析方法包括酵母双杂交、共聚焦显微技术和流式细胞分析技术等。
百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Q ExactiveHF质谱平台结合Nano-LC提
供蛋白质互作分析服务技术包裹，可对IP、Co-IP样品及GST融合蛋白Pull-down
等纯化样本中的蛋白/蛋白混合物的质谱鉴定分析，欢迎免费咨询。
质谱分析蛋白质的相互作用
蛋白质间的相互作用存在于生物体每个细胞的生命活动过程中，互交叉形成网络，成细胞中一系列重要生理活动的基础。
其中，多数蛋白质是通过与配体分子结合或者是作为1个大的生物复合体的一部分，与细胞完整性维持、遗传物质复制、基因表达调控、信号转导、免疫应答等一系列生命过程。
研究蛋白质间相互作用的方式和程度，将有助于蛋白质功能的分析、疾病致病机理的阐明和治疗和新型药物的开发等众多难题的解决。
因此，确定蛋白质间相互作用关系、绘制相互作用图谱已成为蛋白质组学研究的热点。
近年来有许多方法被用于蛋白质相互作用的研究，酵母双杂交技术，免疫共沉淀技术，串联亲和纯化技术，化学交联技术，蛋白质芯片技术，荧光共振能量转移技术，噬菌体展示技术等。
酵母双杂交技术Fields和song等首先在研究真核基因转录调控中建立起来的，是在真核细胞中检测蛋白质与蛋白质之间的相互作用的方法。
该系统是通过两个分别称之为“诱饵蛋白”和“捕获蛋白”的融合蛋白形成一个完整的转录激活因子，从而激活报告基因的表达，通过在营养缺陷型培养基上生长或呈现显色反应来检测系统的功能。
酵母双杂交系统可在全基因组规模上进行蛋白质一蛋白质相互作用高通量的研究。
免疫共沉淀技术免疫共沉淀是利用抗原和抗体的特异性结合以及细菌的Protein A或G特异性地结合到免疫球蛋白的Fc片段的现象开发出来的方法。
其基本原理是，在细胞裂解液中加入抗兴趣蛋白的抗体，孵育后再加入与抗体特异结合的结合于Agarose珠上的Protein A或G，若细胞中有与兴趣蛋白结合的目的蛋白，就可以形成这样一种复合物：“目的蛋白—兴趣蛋白—抗兴趣蛋白抗体—Protein A或G”，经变性聚丙烯酰胺凝胶电泳，复合物又被分开。
然后经免疫印迹或质谱检测目的蛋白。
这种方法得到的目的蛋白是在细胞内与兴趣蛋白天然结合的，符合体内实际情况，得到的结果可信度高。
这种方法常用于测定两种目标蛋白质是否在体内结合；也可用于确定一种特定蛋白质的新的作用搭档。
蛋白质交互作用网络分析
蛋白质交互作用网络分析蛋白质是细胞中重要的基本结构和功能分子，它们通过相互作用来完成细胞内的诸多生命活动。
蛋白质交互作用网络分析就是研究蛋白质相互作用的一种手段。
本文将介绍蛋白质交互作用网络分析的基本概念、意义以及分析方法。
一、蛋白质交互作用网络分析的基本概念蛋白质交互作用网络分析（Protein-protein interaction network analysis，简称PPI网络分析）是指通过实验和计算手段来鉴定蛋白质之间的相互作用，并将它们构建成网络模型，分析这个网络模型的拓扑结构和功能模块，以揭示蛋白质网络的特性和调控机制。
PPI网络中，蛋白质可以看作是网络中的节点，它们之间的相互作用关系则是节点之间的连边。
PPI网络分析的方法包括实验方法和计算方法，其中实验方法主要包括酵母双杂交、质谱分析、定量蛋白组学技术等；计算方法主要包括基于拓扑结构的方法、基于机器学习的方法等。
二、蛋白质交互作用网络分析的意义蛋白质交互作用网络分析是研究蛋白质功能和调控机制的重要方法之一。
通过分析PPI网络的结构和功能，可以揭示蛋白质相互作用关系的特点、蛋白质网络的功能模块、蛋白质网络的演化过程等。
同时，PPI网络分析还可以用来研究疾病的发病机制和药物的作用机理。
例如，肿瘤细胞具有与正常细胞不同的PPI网络结构，通过分析癌细胞的PPI网络结构可以揭示肿瘤细胞的发病机制，并为癌症的治疗提供新的思路和方法。
三、蛋白质交互作用网络分析的方法蛋白质交互作用网络分析的方法主要包括实验方法和计算方法两种。
实验方法主要包括酵母双杂交、质谱分析、定量蛋白组学技术等。
酵母双杂交是最常用的PPI鉴定方法之一，它的基本原理是利用酵母细胞的自由生长状态来检测蛋白质之间的相互作用。
质谱分析是利用质谱技术鉴定蛋白质之间的相互作用，这种方法可以用来鉴定PPI网络中大分子复合物和低亲和力的相互作用。
定量蛋白组学技术则是利用质谱技术来鉴定和定量蛋白质，以及其在蛋白质网络中的相互作用。
蛋白质的相互作用研究方法课件.ppt
四、Bimolecular Fluorescent Complementation
蛋白质的相互作用研究方法课件
蛋白质的相互作用研究方法课件
五、Yeast Two－Hybrid Systerm
蛋白质的相互作用研究方法课件
1.原理 酵母双杂交系统由Fields和Song等首先在研究真
蛋白质的相互作用研究方法课件
蛋白质的相互作用研究方法课件
2008年诺贝尔化学奖
蛋白质的相互作用研究方法课件
GFP主要应用: • 对活细胞中的蛋白质进行准确定位及动态观察
可实时原位跟踪特定蛋白在细胞生长、分裂、分化过 程中或外界刺激因子的作用下的时空表达, 如某种转录因 子的核转位、蛋白激酶C的膜转位等。
GFP基因与分泌蛋白基因连接后转染细胞, 可动态观察 该分泌蛋白分泌到细胞外的过程
GFP基因与定位于某一细胞器特殊蛋白基因相连,就能 显示活细胞中细胞核、内质网、高尔基体、线粒体等细胞 器的结构及病理过程。
膜蛋白的移动 （Fluorescence Recovery After Photobleaching FRAP ） • 蛋白之间的相互作用（FRET） • 报告分子 将GFP的基因连在特殊的启动子的后面，可以检 测基因表达的时间和部位。
容易检测 分子量小
Douglas Prasher was the 不需要其它底物
first person to realize the potential of GFP as a tracer molecule.
Douglas Prasher 1992 克隆了GFP基 因
蛋白质的相互作用研究方法课件
核基因转录调控中建立。 典型的真核生长转录因子， 如GAL4、GCN4、
蛋白质相互作用网络结构和功能分析
蛋白质相互作用网络结构和功能分析蛋白质是生物体内最基本的生物大分子之一，它们在维持细胞结构、调节代谢和传递信号等生命活动中发挥着关键作用。
蛋白质相互作用是蛋白质功能的重要基础，研究蛋白质相互作用网络的结构和功能对于理解生物学系统的工作原理具有重要意义。
蛋白质相互作用网络是描述蛋白质之间相互作用关系的图形模型。
它可以从整体上揭示蛋白质在细胞内相互联系的方式，帮助研究者理解蛋白质功能和其在细胞内调控过程中的作用。
借助于现代高通量实验技术和大数据分析的方法，我们能够构建更加全面且准确的蛋白质相互作用网络，并且深入挖掘其中的结构和功能信息。
首先，蛋白质相互作用网络的结构分析是重要的一步。
通过分析网络中蛋白质节点之间的连通性和度分布，我们可以了解蛋白质之间相互作用的模式和规律。
网络的结构特征如节点的度中心性、介数中心性和紧密中心性等可以用来评估蛋白质节点的重要性和信息传递的效率。
此外，蛋白质相互作用网络的模块化结构也是一个研究重点，它能够揭示蛋白质在功能上的组块分布和相互作用模式，从而帮助我们发现新的生物学功能模块。
其次，蛋白质相互作用网络的功能分析是了解蛋白质相互作用网络的重要手段。
通过功能注释和富集分析，我们可以对网络中的蛋白质进行功能分类和功能预测。
功能注释通常使用已知蛋白质的功能信息进行比对，从而推断未知蛋白质的功能。
而富集分析则通过比较网络中蛋白质与特定功能类别的关系，识别出功能富集的蛋白质。
这些功能分析的结果可以帮助我们理解蛋白质相互作用网络的生物学功能和调节机制。
另外，蛋白质相互作用网络的动态变化也是一个重要的研究方向。
蛋白质在不同的环境和生理状态下可能会发生网络结构和功能的变化，这对于理解生物系统的调控机制具有重要意义。
通过时间序列实验和系统生物学的方法，我们可以揭示蛋白质相互作用网络的动态结构和功能演化。
这些动态分析的结果可以帮助我们研究细胞信号传递和适应性调控的机制。
综上所述，蛋白质相互作用网络的结构和功能分析是研究生物学系统基本性质的重要方法。
图谱学解析基因组和蛋白质相互作用网络
图谱学解析基因组和蛋白质相互作用网络基因组和蛋白质相互作用网络是近年来在生物学研究领域中变得越来越重要的一个概念。
图谱学解析基因组和蛋白质相互作用网络的目标是理解基因组中的所有基因和蛋白质之间的相互作用，并揭示它们在细胞过程和疾病发展中的重要功能。
在过去的几十年中，科学家们已经开展了大量的研究工作来理解基因组和蛋白质相互作用网络。
这些研究包括利用实验方法如酵母双杂交、质谱分析和染色质免疫沉淀来鉴定和验证基因和蛋白质之间的相互作用。
然而，由于实验方法的限制，仅凭实验手段难以获得全部的相互作用信息。
图谱学作为一种新兴的研究方法，可以对基因组和蛋白质相互作用网络进行全面解析。
图谱学方法基于大量的已知相互作用数据，利用网络学理论和计算方法来预测目标基因和蛋白质的相互作用。
通过构建和分析这些预测的相互作用网络，科学家们可以揭示基因和蛋白质之间的潜在关联，并发现新的生物学功能和调控机制。
图谱学解析基因组和蛋白质相互作用网络的过程涉及到几个关键的步骤。
首先，需要收集和整理已知的相互作用数据，包括实验数据和已发表的文献。
这些数据通常以二进制矩阵的形式存储，其中行表示基因或蛋白质，列表示它们之间的相互作用。
接下来，需要进行数据的预处理和标准化，例如去除重复和不可靠的数据，并将数据转化为适合图谱学分析的格式。
在构建相互作用网络之前，需要选择适当的图谱学方法和算法。
常见的图谱学方法包括基于相似性的方法、基于机器学习的方法和基于网络拓扑结构的方法。
每种方法都有其优缺点，选择合适的方法取决于研究问题的特点和数据的性质。
例如，基于相似性的方法适用于预测功能相似的基因和蛋白质，并揭示它们在生物学过程中的相互作用。
而基于网络拓扑结构的方法则更适合分析整个相互作用网络的结构和特性。
在构建相互作用网络之后，可以进行网络的分析和可视化。
分析网络时，可以计算网络的度分布、聚类系数和网络中心性等指标，以揭示相互作用网络的特征和结构。
网络的可视化则可以帮助科学家们更直观地理解和分析网络的结构和模式。
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2.调节生物体的生理机能 构成生物体差不多所有的生命活性物质，例
如： 催化体内各种生物化学反应的酶 调节机体生长、发育并行使正常生理 功能的激素
抵御外来细菌和病毒的抗体及免疫类 物质，当蛋白质充足时，一旦需要这 些抗体和免疫物质在数小时内就可以 增加数百倍。
参与细胞的信号转导，调控细胞的发 育和凋亡，乃至生物体的命运。
蛋白质相互作用 关系的复杂性， 超出任何个人或 特定机构的研究 能力。
如何研究蛋白质 相互作用？
考虑到PPIN的复杂性，研究人员往往从 多种方向和视角来研究某一生物所有的蛋 白质相互作用。
运用生物信息学 的方法由繁入简。 研究的广度
实验分析的方 法由简入繁。 研究的深度
酵母蛋白质相互作用联络图 人蛋白质相互作用联络图
1. 通过对蛋白质相互作用的研究，认识 生命活动的基本规律。（科学）
2. 利用蛋白质相互作用，发展技术，用 于研究生命活动的规律或应用性技术。 （技术）
蛋白相互作用网络
PPIN在许多生物过程和研究防治疾病中发挥 着非常重要的作用。
PPIN的研究比基因网络更为复杂和困难。 蛋白质相互作用网络近年来明显发展较快。
二、蛋白质组学
蛋白质组学（Proteomics）主要是大规模 地研究蛋白质的结构和功能。
定义：在一定时间内一个细胞或一类细胞 中存在的所有蛋白质被称为蛋白质组（ proteome），意指proteins expressed by a genome，即一个细胞或一个组织的“ 基因组所表达的全部蛋白质”。
第九章蛋白rotein）是一种复杂的有机化合 物，也称“多肽”，它由氨基酸分子排列的 线性链所构成，其氨基酸序列是由对应的 基因序列（遗传密码）所确定。
除了按照遗传密码所编码的十种标准氨基 酸外，在某些生物体中，遗传密码还包括 其他氨基酸。
蛋白质
蛋白质残基可以在被翻译后修饰而发生化 学变化，并改变其物理、化学及生物学性 能，从而改变蛋白质的功能。
形成生物体的渗透压，引发生物体的 各种活动，例如肌肉的做功等。
3.运输载体
蛋白质是生物体内很多重要的代谢物和营养 素的载体。
氧、脂类、维生素、矿物质与微量元素都需 要利用各种蛋白质运输到生物体需要的地方。
例如，血红蛋白质可以输送氧；脂蛋白可以 输送脂肪。
蛋白质还可以充当营养物质储备，例如植物 种子中的大量蛋白质，就是在萌发时用的储 备。
多个蛋白质可以组成复合体来实现某一特 定功能。
一、蛋白质的功能
蛋白质的功能很多，例如以下几种最基本的 生理功能：
1.组成和修复生物体 2.调节生物体的生理机能 3.运输载体 4.供给能量
1.组成和修复生物体 蛋白质是生物体细胞的基本构成物质。 人体的肌肉、内脏、皮肤、大脑、毛 发、血液及骨骼等的主要成分都是蛋 白质。 蛋白质还可以帮助伤口血液凝固并促 进其愈合。
4.供给能量
由于蛋白质中含碳、氢、氧元素，当机体 需要时，可以被代谢系统分解，释放出能 量。
综上所述，蛋白质参与了生命的几乎所有 过程，例如遗传、发育、繁殖、物质和能 量的代谢、应激等。
揭示生物体内成千上万种蛋白质的具体功 能及其实施功能的机制，是在21世纪后基 因组时代蛋白质研究的核心内容，也是当 前生物科学极富挑战性的研究领域之一。
c：研究PPIN中蛋白质复合 体是至关重要的。一些蛋白 质可与其他多个蛋白质结合 组成蛋白质复合体。通常这 些复合体可以组成一个稳定 的单位，在一定时间内不会 发生重大变化。但也有另一 些高度动态变化的复合体可 导致细胞状态和功能的改变 。
如此复杂的相互作用，哪些是有相关功能的？哪些 是“噪音”？
整体
系统
单体
部分
在研究PPIN的计算方法中面临着许多 挑战性问题。
a：为全面了解某一生物功能的机理，研究 并确定PPIN中两个节点之间相互作用的边 是需要解决的第一个重要问题，这被称为 小规模实验。
b：研究PPIN的拓扑 结构和规模，对于了 解该网络的全局性能 是非常重要的。
人类蛋白质组
基因组计划--大量的新基因不断被发现，然而单纯的基因 组DNA序列尚不能解答许多生命问题。基因是相对静态 的，而基因编码的产物—蛋白质则是动态的，具有时空性 和调节性，是生物功能的主要体现者和执行者。蛋白质的 表达水平、存在方式以及相互作用等直接与生物功能相关。
在所有生命活动中，蛋白质之间的相互作用是必不可少 的，它是细胞进行一切代谢活动的基础。细胞接受外源或 是内源的信号，通过其特有的信号途径，调节其基因的表 达，以保持其生物学特性。在这个过程中，蛋白质占有很 重要的地位，它可以调控, 介导细胞的许多生物学活性。
二、蛋白质组学
蛋白质组学是应用各种技术研究蛋白质组 的一门新兴科学。
其目的是从整体的角度分析细胞内动态变 化的蛋白质组分、表达水平与修饰状态， 了解蛋白质之间的相互作用与联系，揭示 蛋白质功能与细胞生命活动规律。
三、蛋白质相互作用网络
蛋白质的相互作用(PPI, Protein-protein interaction)是指蛋白质分子之间的相关性 ，并从生物化学、信号转导和遗传网络的 角度研究这种相关性。
将此内容看作是一个“蛋白质相互作用网络 ”（PPIN）的尝试性定义。
Protein interaction：two or more proteins (same or different) interact or form complex
蛋白质相关知识及研究蛋白质相 互作用的必要性
有一些蛋白质可以以单体的形式发挥 作用，但是大部分的蛋白质都是和 伴侣分子或是与其他蛋白质一起发 挥作用的。
为了更好地理解细胞的生物学活性， 必须很好地理解蛋白质单体和复合物 的功能，这就会涉及到蛋白质相互作 用的研究。因此，揭示蛋白质之间的 相互作用关系、建立相互作用关系的 网络图，已成为蛋白质组学研究中的 热点,也是后基因时代的难题所在。研 究蛋白质相互作用的方法也就具有更 为重要的意义。
蛋白质相互作用：