捕获测序_V20131121
pannal靶向捕获测序流程
pannal靶向捕获测序流程Pannal靶向捕获测序流程引言•什么是Pannal靶向捕获测序流程•Pannal靶向捕获测序的应用领域流程概述1.样品准备–DNA/RNA提取–文库构建2.靶向捕获–寡核苷酸探针设计–探针与样本杂交–杂交后捕获复合物的富集3.文库测序–测序文库的准备–高通量测序技术的应用4.数据分析–数据预处理–序列比对与变异检测–功能注释和通路分析5.结果解读与呈现–变异位点解读–通路分析结果解读–结果展示形式和报告撰写样品准备•DNA/RNA提取是首要步骤，可采用商用试剂盒进行提取。
•文库构建是将提取的DNA/RNA样品进行加工处理，以适应后续捕获和测序需要。
靶向捕获•寡核苷酸探针设计是根据研究需要，设计能够特异性结合目标序列的寡核苷酸探针。
•探针与样本进行杂交，通过探针与目标序列的互补性进行特异性结合。
•杂交后，通过富集技术将探针与目标序列复合物从其他非特异性结合物中分离出来。
文库测序•测序文库的准备是将捕获到的目标序列进行处理，并连接引物序列。
•高通量测序技术如Illumina平台可广泛应用于文库测序，获得高质量的测序数据。
数据分析•数据预处理包括对原始测序数据进行质量控制和去除低质量序列。
•序列比对与变异检测是将测序数据与参考基因组进行比对，并检测样本中的变异位点。
•功能注释和通路分析则是对检测到的变异位点进行注释，分析其功能和所处通路。
结果解读与呈现•变异位点解读需要结合目标物种的基因组数据库和相关文献资料，对其潜在影响进行分析。
•通路分析结果的解读可以通过富集分析和差异表达等方法，识别出与目标序列相关的关键通路。
•结果可以以表格、图表和报告的形式进行展示和呈现。
结论•Pannal靶向捕获测序流程是一种有效的分析工具，用于研究特定基因组区域或基因的变异情况。
•通过准确的样品准备、靶向捕获、文库测序、数据分析以及结果解读和呈现，可以获得有关目标物种的丰富信息。
引言Pannal靶向捕获测序流程是一种基于高通量测序技术的分析方法，用于研究特定基因组区域或基因的变异情况。
基因捕获测序诊断血癌
基因捕获测序诊断血癌
本刊编辑部
【期刊名称】《中国医疗器械杂志》
【年(卷),期】2015(000)002
【摘要】澳大利亚新南威尔士大学和加文医学研究所的科研人员开发了一种新的
基因测序技术，被称为“捕获测序”，其精度大大高于现有方法，它尤如一台倍数更高的显微镜，可用于对基因组进行精细研究，并帮助快速诊断血癌（即白血病）。
【总页数】1页(P107-107)
【作者】本刊编辑部
【作者单位】本刊编辑部
【正文语种】中文
【相关文献】
1.全外显子及靶向文库捕获测序在多囊肾病基因诊断中的应用比较
2.基于目的基因捕获的二代测序技术对质谱检测阳性患儿的分子诊断
3.目标序列捕获二代测序技
术在苯丙酮尿症基因诊断中的应用4.全外显子组测序和目标序列靶向捕获测序在
遗传性视网膜变性基因诊断中的差异5.澳新型基因测序技术可快速诊断血癌
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《捕获测序V》课件
Part Three
捕获测序V的优缺 点
优点
准确性高：捕获测序V具有较高的准确性，能够准确检测出目标基因
效率高：捕获测序V的测序效率较高，能够快速完成测序任务
成本低：捕获测序V的成本相对较低，适合大规模的测序项目
应用广泛：捕获测序V的应用范围广泛，适用于多种类型的基因测序项目
缺点
成本较高：捕 获测序V需要 较高的成本， 包括试剂、设 备、人力等
测序流程
扩增：使用PCR技术对捕获 区域进行扩增
捕获：使用特异性探针捕获 目标区域
样品制备：提取DNA或 RNA，进行片段化处理
测序：使用测序仪对扩增产 物进行测序
数据分析：对测序数据进行 质量控制和变异检测
结果解读：分析变异结果， 提供生物学解释和临床建议
Part Two
捕获测序V的应用
基因组学研究
技术改进和优化
提高测序精度和准确性 降低测序成本和周期 提高数据质量和分析能力 开发新的应用领域和场景
应用领域的拓展
医学领域：用于疾病诊断和治疗 农业领域：用于农作物基因改良和育种 环境领域：用于环境监测和污染治理 生物技术领域：用于生物制药和生物工程 食品领域：用于食品安全检测和食品加工 法医学领域：用于犯罪现场DNA分析和身份鉴定
未来发展方和前景
技术进步：不断优化捕获测序V技术，提高准确性和效率 应用领域：拓展捕获测序V在医学、农业、环境等领域的应用 市场规模：随着市场需求的增加，捕获测序V市场规模将持续扩大 竞争格局：行业内竞争加剧，企业需要不断创新和优化产品以保持竞争力
THANKS
汇报人：
技术难度大： 捕获测序V需 要较高的技术 水平，需要专 业的技术人员
进行操作
NCBI网站BLAST使用方法介绍完整版
息学方法
BLAST
宿主菌
细胞转化
几周的时间 蛋白质分离纯化及性质测定
Gene family Or
Protein Family
几分钟的时间
Function annotation
BLAST
Web Access
Text
Wang LS, Gao PJ, cellulase,et al.
? RPS BLAST
– searches a database of PSSMs – tool for conserved domain searches
Basic Local Alignment Search Tool
? Widely used similarity search tool
? Heuristic approach based on
ACATGGACCCT ...
Protein Words
Query : GTQITVEDLFYNIATRRKALKN
WGoTrdQsize = 3 (default)
TQI
Word size can only be 2 or 3
Make a lookup table of words
QIT ITV
Basic Local Alignment Search Tool
?Why use sequence similarity? ?BLAST algorithm ?BLAST statistics ?BLAST output ?Examples
Why Do We Need Sequence Similarity Searching?
11-mer
GTACTGGACAT
WORD SIZE
靶向捕获测序原理
靶向捕获测序原理
靶向捕获测序是一种高通量测序技术，通过选择性富集目标序列，从而快速获得感兴趣的DNA片段的测序信息。
其原理基
于引物的特异性结合性质，结合特定的富集策略，通过PCR
扩增来获取目标片段。
首先，需要设计引物来选择性结合目标序列。
引物通常设计成长度为20-120个碱基对的寡核苷酸，其序列应与目标序列的
特定区域匹配，以保证引物与目标序列的特异性结合。
接下来，将目标DNA样品进行DNA片段的打断，并将打断
后的DNA末端修复，添加接头，形成文库。
文库中的DNA
片段与引物相互结合，通过PCR扩增可以富集目标片段。
然后，使用特定的方法，如亲和捕获、杂交捕获等，将与目标片段结合的DNA分离出来，去除其他非目标片段的DNA。
这样，就得到了特异富集的目标片段。
最后，对富集后的目标片段进行高通量测序，可以获得目标片段的测序信息，并通过比对分析来确定它们在基因组中的位置。
靶向捕获测序技术在研究基因功能、研究疾病基因、进行肿瘤个性化治疗等方面具有广泛应用前景。
生物信息学测序介绍
生物信息学测序介绍
生物信息学测序是一种高通量技术，用于测定DNA或RNA序列的方法。
通过测序技术，我们可以获取生物体中基因组或转录组的序列信息，从而揭示生命的基本结构和功能。
生物信息学测序的过程包括样品准备、DNA或RNA提取、文库构建、聚合酶链反应（PCR）
扩增、高通量测序以及数据分析等步骤。
首先，我们通过样品准备和提取DNA或RNA，以获
得待测物的纯净样品。
然后，将DNA或RNA片段通过文库构建操作，将其连接至引物或适
配体，以便进行后续的扩增和测序。
接下来是PCR扩增步骤，该步骤利用特定引物与DNA结合，在一系列有规律的温度循环中，
使DNA进行多轮放大，从而得到大量的DNA片段。
这些片段随后会进入高通量测序平台进
行测序。
高通量测序平台可以同时测序数百万到数十亿个片段，产生大量的序列数据。
常用的高通量测序技术包括Sanger测序、454测序、Illumina测序、Ion Torrent测序和PacBio测序等。
这些技
术在测序原理和仪器设备上有所区别，但都可以完成DNA或RNA的测序。
最后是数据分析步骤。
测序产生的大量序列数据需要进行整理、质量控制以及比对、拼接和注释等分析。
通过生物信息学的软件工具，我们可以将海量的序列数据转化为有用的生物学信息，例如基因识别、功能注释、进化分析和比较基因组学等研究。
生物信息学测序在分子生物学、遗传学、进化生物学、医学和农业等领域具有广泛应用。
通过获取生物序列信息，我们可以深入研究基因的功能和调控机制，揭示生物多样性和物种演化的规律，还可以在医学诊断和治疗中发挥重要作用。
外显子捕获结题报告
外显子捕获结题报告2010-11-22内容1 项目信息 (1)2 工作流程介绍 (2)2.1 Agilent液相捕获平台 (2)2.2 NimbleGen 液相捕获平台 (3)2.3 生物信息分析流程 (4)3 分析报告 (5)结果 (5)3.1 标准生物信息分析 (5)3.1.1 数据产出统计 (5)3.1.2 目标区域单碱基深度分布图 (6)3.1.3外显子捕获测序的均一性 (7)3.1.4一致序列组装和SNP检测 (7)3.1.5 SNP注释 (8)3.1.6插入/缺失(indels)检测 (9)3.1.7插入/缺失(indels)注释 (9)3.2个性化分析 (9)3.2.1氨基酸替换预测 (9)3.2.2群体SNP检测和等位基因频率估计 (12)3.2.3孟德尔遗传病分析 (13)3.2.4 NGS-GW AS 分析 (14)3.2.5正向选择信号的检测 (14)4 数据分析方法说明 (15)4.1信息分析软件及常用参数介绍 (15)4.2参考数据库 (16)4.3数据文件格式 (17)1 项目信息2 工作流程介绍采用Aglient SureSelect外显子靶向序列富集系统和NimbleGen SeqCap EZ人全外显子捕获系统。
这两个系统都采用液相系统进行高特异性和高覆盖率的外显子区域捕获。
2.1 Agilent液相捕获平台图2.1 Aglient外显子捕获和测序流程基本流程：首先将基因组DNA随机打断成150-200bp左右的片段，随后在片段两端分别连接上接头制备杂交文库。
文库经纯化后经过LM-PCR的线性扩增与SureSelect Biotinylated RNA Library (BAITS)进行杂交富集，再经过LM-PCR 的线性扩增，文库检测合格后即可上机测序（Hiseq2000测序仪）。
对每个捕获文库进行高通量测序并保证测序深度达到要求，原始图像文件经过Illuminabasecalling Software 1.7进行碱基读取，获得读长为90bp双末端序列（reads）。
基因捕获技术发展历程
基因捕获技术发展历程
基因捕获技术是一种高通量的测序方法，用于选择性地富集目标基因组中的基因序列并进行测序分析。
这种技术的发展历程可以追溯到20世纪70年代末期。
最初的基因捕获技术是靶标探针法，其中使用的探针是一组已知的DNA序列，可以通过杂交捕获目标DNA片段。
但是，这种方法仅适用于已知的基因序列，并且需要对每个基因进行单独的探针设计。
随着PCR技术的发展，引入了PCR捕获方法。
这种方法使用PCR 扩增目标基因组中的特定区域，并将其片段进行测序分析。
但是，PCR 捕获方法存在一些问题，如扩增偏差和PCR产物的复杂性。
近年来，基因捕获技术已经有了很大的发展，进入了下一代测序时代。
目前最流行的基因捕获方法是靶向区域测序（targeted region sequencing, TRS）和全外显子测序（whole exome sequencing, WES）。
TRS方法可以选择性地捕获基因组中的特定区域，如重要的癌症基因。
WES方法则可以捕获所有外显子序列，可以用于寻找罕见的基因变异。
总的来说，基因捕获技术的发展历程经历了从靶标探针法到PCR 捕获方法，再到TRS和WES等下一代测序方法的演变。
这种技术的进步为基因组学、生物医学研究和个性化医学提供了强有力的工具。
- 1 -。
探针捕获测序的原理和应用
探针捕获测序的原理和应用1. 引言探针捕获测序（Probe Capture Sequencing）是一种高通量测序技术，它利用特定的核酸探针对目标区域进行富集，然后通过测序仪进行读取，从而获得目标区域的高质量测序数据。
本文将介绍探针捕获测序的原理及其在生命科学研究中的应用。
2. 探针捕获测序的原理探针捕获测序技术主要分为两个步骤：探针富集和测序。
2.1 探针富集探针富集是指通过特异性的探针序列捕获目标区域的DNA或RNA分子。
这些探针可以是短的寡核苷酸序列，通常是根据目标区域的序列设计并合成的。
探针富集的过程包括以下几个步骤：•杂交：将目标DNA或RNA与探针进行杂交，使其形成稳定的双链结构。
探针的设计需要考虑目标区域的特异性以及探针与目标序列的互补性。
•富集：通过特定的方法将与探针结合的目标分子富集起来。
这些方法可以包括磁珠富集、PCR扩增等。
•洗脱：将非特异性结合的分子洗脱掉，只保留与探针特异性结合的目标分子。
2.2 测序在探针富集的基础上，经过洗脱步骤后得到了目标区域的DNA或RNA分子，接下来就可以进行测序了。
常用的测序技术包括Sanger测序、Illumina测序等，接下来以Illumina测序为例介绍：•建库：将目标分子进行文库构建，通常包括以下几个步骤：断裂DNA或RNA，加入连接器，连接连接器，PCR扩增。
•测序：将建库后的文库进行测序，常见的Illumina测序技术是通过将DNA或RNA分子固定于测序芯片上，然后进行分子扩增和碱基配对，最后通过激光扫描等方式将测序结果输出。
3. 探针捕获测序的应用探针捕获测序在生命科学研究中有广泛的应用，包括以下几个领域：3.1 癌症研究探针捕获测序可以用于癌症基因组的研究，通过捕获与癌症相关的基因或突变位点，可以深入了解肿瘤的遗传学特点，从而指导临床治疗方案的制定。
3.2 遗传病研究探针捕获测序可以帮助研究人员鉴定与遗传病相关的基因或突变位点。
探针捕获测序原理
探针捕获测序原理
摘要：
1.探针捕获测序的原理概述
2.探针捕获测序的基本步骤
3.探针捕获测序的优势与应用
正文：
【探针捕获测序的原理概述】
探针捕获测序（Probe-based capture sequencing）是一种基于基因组捕获的高通量测序技术，其主要原理是通过特定的探针与目标DNA 序列结合，实现对目标序列的捕获与富集，然后进行高通量测序，以获取目标序列的信息。
这种技术能够有效解决基因组结构复杂、重复序列高等问题，为全基因组测序提供了一种有效的研究手段。
【探针捕获测序的基本步骤】
探针捕获测序主要包括以下几个步骤：
1.设计探针：根据目标DNA 序列设计特异性的捕获探针，使其与目标序列特异性结合。
2.捕获目标序列：将设计好的探针与基因组DNA 混合，通过高温解链，使探针与目标序列结合。
3.富集目标序列：结合后的目标序列与探针一起进行PCR 扩增，实现目标序列的富集。
4.高通量测序：对富集后的目标序列进行高通量测序，获取目标序列的详
细信息。
5.数据分析：对测序数据进行分析，得到目标序列的基因型、表型等信息。
【探针捕获测序的优势与应用】
探针捕获测序技术具有以下优势：
1.较高的捕获效率：通过特异性探针的设计，可实现对目标序列的高效捕获，降低非目标序列的干扰。
2.较高的测序深度：由于富集了目标序列，使得高通量测序得到的数据中，目标序列的占比大大提高，从而提高了测序深度。
3.广泛的应用领域：探针捕获测序技术可应用于基因组结构分析、基因变异检测、基因表达谱分析等领域。
MECP2基因新发突变致男童Rett综合征1例报告
MECP2基因新发突变致男童Rett综合征1例报告葛俊文;兰小平;李红梅;张儒舫;沈立【摘要】目的探讨Rett综合征的临床特点及致病基因.方法回顾分析1例Rett 综合征患儿的临床资料及二代测序结果,并进行相关文献复习.结果男性患儿,5个月,因间断咳嗽半月余人院,后自主呼吸障碍显著,语言能力丧失,手部技能丧失并出现刻板动作,生长发育迟滞.二代基因检测发现MECP2基因存在c.194 delC(P.S 65X)半合突变,此突变尚未见文献报道,其父母该位点均无变异.结论发现国内首例MECP2基因致病突变导致男性Rett综合征.【期刊名称】《临床儿科杂志》【年(卷),期】2018(036)011【总页数】3页(P824-826)【关键词】Rett综合征;MECP2基因;突变【作者】葛俊文;兰小平;李红梅;张儒舫;沈立【作者单位】上海交通大学附属儿童医院上海市儿童医院心胸外科上海20060;上海交通大学附属儿童医院上海市儿童医院分子实验室上海20060;上海交通大学附属儿童医院上海市儿童医院心胸外科上海20060;上海交通大学附属儿童医院上海市儿童医院心胸外科上海20060;上海交通大学附属儿童医院上海市儿童医院心胸外科上海20060【正文语种】中文Rett综合征（Rett syndrome）是一种严重的神经发育障碍性疾病，受累患者多为女性，女性发病率约为1：10 000[1]。
1999年研究发现，X染色体甲基化CpG结合蛋白2（MECP2）基因功能缺失性突变是Rett综合征最主要的原因[2]。
MECP2突变曾有男性胚胎致死性的假说[3]，但20世纪80年代初，关于男性Rett综合征的个案已有报道，男性患者往往表型多样且较为严重。
现报告1例MECP2基因突变（c.194delC）所致Rett综合征男性患儿，此突变为尚未见报道的新发突变。
1 临床资料患儿男，5月龄，因间断咳嗽半月余入院。
患儿住院期间自主呼吸障碍显著，予以呼吸机辅助呼吸、对症综合治疗后情况好转出院。
《捕获测序V》PPT课件
DMD Test Result for Sample DTJQ
No dupliction or large deletions cDNA position:4999-5003delCAG
DNA position: chrX:32383159-32383163
说明：Y轴为序列的数量，X轴为染色体位置，Y值加倍表示重复； Y值趋于0意味着缺失；本样本没有发现大片段重复或缺失，但是 在chrX:32383159-32383163区间发生CTG缺失，导致cDNA position:4999-5003delCAG缺失，Ala(A).Glu(E)->Glu(E)是导 致DMD疾病的致病原因。
应用实例1 ：DMD全基因捕获
测序
1.人类最大的基因，60%扩增，缺失，40%突变，发病率 1/3500.
病人DNA
病人DNA
MLPA或者芯片CGH技术
检测出扩增或缺失（~60-65%）
新一代捕获测序技术
一次性同时检测出扩增，缺失，碱基突变（100%）
桑格测序技术
检测出碱基突变（~35-40%）
Deletion
测序结果
吻合
aCGH发现D-WMXN样本在X染色体 31.8~31.9Mb处，存在约110Kb的缺失片段
A2.Wang, Z., Cui, F., Chen, D., Pu, C., Chen, Z., Yang, F., Wu, H. and Huang, X. (2013), Coexistence of peripheral myelin protein 22 and dystrophin mutations in a chinese boy. Muscle Nerve. doi: 10.1002/mus.23918
外显子捕获具体步骤以与各试剂的作用
在相同预算情况下，可提供更高深度测序
第二个原因是在做肿瘤
测序的时候，肿瘤本身存在着较大异质性。肿瘤的基因序列是不稳定的，一直在变的，也就是肿瘤的深部、浅部可能其基因序是不一样的。 为了测出各种突变，就需要有较深的测序重度，比如100x、甚至200x的测序深度。这时候外显子测序就可以做到高的测序覆盖度，同时费用 不会太高。
背景介绍
外显子组包含合成蛋白质所需要的重要信息序列。 外显子序列捕获芯片（或溶液）可在同一张芯片上以高特
异性和高覆盖率捕获研究者感兴趣的目标外显子区域，后 续测序直接解析数据。
技术优势
发现外显子区的绝大部分的疾病相关变异
可发现常见变异和频率<5%低频突变 只对基因组的约1%测序，更加经济、高效人的全基因是3G，
TruSeq Exome Library Prep Kit
片段大小：150bp 实验周期：2.5天
TruSeq Rapid Exome Library Prep Kit
优势：试剂盒包含所有流程反应 试剂，周期缩短至1.5天
放映结束！
欢迎批评指导！！
2019 ppt资料 28
THANK YOU FOR WATCHING!
TruSeq Rapid Exome Library Prep Kit （Illumina）
四种测序试剂盒比较
Nimblegen和Illumina的捕获试剂盒中的探针是DNA 探针，化学性质稳；Agilent的捕获试剂盒是RNA探 针，有可能RNA不是很稳定。
Roche
罗氏2008 年推出 NimbleGen 序列捕获2.1M 外显子组芯片，随之在 2009 年底推出的 EZ 外显子组序列捕获能提供液相的工作流程并以 DNA 液相探针杂交来捕获目的片段。 SeqCap EZ Human Exome Library使用高密度探针的方法，主要是利用 杂交和 DNA 微阵列技术基因分离原理来捕获目标区域。产物可以覆盖 20000个以上的基因，超过二百万个DNA寡核苷酸探针捕获目标区域，覆 盖区域的总大小可以达到64 Mb，编码区覆盖度达到97%以上，而且检测 灵敏度较高。
新一代测序-安捷伦
新一代测序靶向序列捕获目录文库制备更出色的结果 ― Agilent XT 和 XT2 试剂盒提供全套经过验证的解决方案请访问：/genomics/sureselectSureSelect XT 试剂盒SureSelect XT 试剂盒可对富集的待测序文库进行捕获后混合。
该方案可对 200 ng SureSelect XT 试剂盒，HiSeq16 个样品96 个样品96 次反应，自动G9611A G9611B G9641B SureSelect XT 试剂盒，MiSeq16 个样品96 个样品96 次反应，自动G9612A G9612B G9642BSureSelect 试剂盒包括用于文库制备与靶向序列捕获的试剂。
NGS ― 全面革新临床研究2009 年，安捷伦推出第一个适用于新一代测序技术的靶向序列捕获解决方案 ― SureSelect 。
它可以经济高效地分析成千上万个靶标，标志着对疾病发病机制理解的重大进步。
从那时起，安捷伦就成为了靶向序列捕获解决方案领域的领导者，为客户提供包含文库制备、富集、样品质控 (QC)、自动化和数据分析在内的完整解决方案。
NGS 靶向序列捕获12SureSelect QXT 试剂盒是基于转座酶的文库制备与靶向序列捕获解决方案，无需采用 Covaris 。
它提供市面上最快的 90 分钟杂交步骤，实现在一天内构建可用于测序的文库。
该方案可利用 50 ng 的 DNA 用量构建文库，适用于数量SureSelect QXT 试剂盒QXT 96 个样品G9681B SureSelect QXT 试剂盒，NextSeq16 个样品96 个样品G9683A G9683BSureSelect XT2 试剂盒SureSelect XT2 试剂盒实现了捕获前的 DNA 文库混合，通过减少手动操作时间实现了方案简化。
该方案可对 100 ng 或 1µg 的起始 DNA 量构建高度复杂的XT296 个样品96 次反应，自动G9621B G9661B SureSelect XT2 试剂盒，MiSeq16 个样品96 个样品96 次反应，自动G9622A G9622B G9662BSureSelect QXT 试剂盒是基于转座酶的文库制备解决方案，无需采用 Covaris 。
缓冲QuEChERS气相色谱电子捕获检测法测定蔬菜中52种含卤素农药残留
缓冲QuEChERS气相色谱电子捕获检测法测定蔬菜中52种含卤素农药残留张秀尧;蔡欣欣【期刊名称】《中国卫生检验杂志》【年(卷),期】2008(18)12【摘要】目的：建立快速测定蔬菜中常见的52种含卤素农药残留的气相色谱电子捕获检测方法。
方法：10 g样品用10 ml 0.1%乙酸的乙腈快速提取、无水醋酸钠和无水硫酸镁盐析后,经Florisil柱固相萃取净化,气相色谱电子捕获检测器检测,基体标准定量。
结果：52种含卤素农药的加标回收率在60%～124%,相对标准偏差在1%～18%之间,检出限为0.0005～0.005 mg/kg。
结论：本法灵敏、准确,适合于蔬菜中含卤素农药多残留分析。
【总页数】3页(P2467-2469)【关键词】QuEChERS;气相色谱电子捕获检测法;多残留分析;含卤素农药;蔬菜【作者】张秀尧;蔡欣欣【作者单位】浙江省温州市疾病预防控制中心【正文语种】中文【中图分类】O657.71【相关文献】1.固相萃取-气相色谱-电子捕获检测器测定蔬菜中11种有机磷农药残留 [J], 耿慧春;梅文泉;汪禄祥;方海仙;陈兴连2.QuEChERS-气相色谱-电子捕获检测器监测浆果类水果常用的5种菊酯类农药残留 [J], 曹建涛;毕思远;朱志强;金虹;曹涛3.QuEChERS前处理结合气相色谱电子捕获检测器检测果蔬中30种农药残留 [J], 魏珂;薛科宇;侯晓慧;田继锋;宋国华;赵婕妤;赵哲;周利航4.QuEChERS-气相色谱-串联质谱法和高效液相色谱-串联质谱法快速检测蔬菜中267种香港规例中的农药残留量 [J], 司露露;梁杨琳;吕春秋;李湧;覃金兰;邓佳宁;汪文龙5.缓冲QuEChERS法提取气相色谱火焰光度检测法快速测定水果蔬菜中39种有机磷农药残留 [J], 张秀尧;蔡欣欣;陈珞洛;郑三燕因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
气相色谱-电子捕获检测器测定黄瓜中多种有机氯农药和除草剂残留
气相色谱-电子捕获检测器测定黄瓜中多种有机氯农药和除草剂残留罗俊霞;肖海娜;徐为霞;刘萃;赵建波【期刊名称】《中国瓜菜》【年(卷),期】2014(27)6【摘要】A method was established to detect pesticide and herbicide residues by solid phase extraction-gas chromatography-electron capture detector. Cucumber samples were extracted with acetonitrile, purified with SPE column(Florida silica),determined with electron capture detector, and quantified by the external standard. In our test we set three levels of pesticides and herbicides, and the results show that the mean recoveries were 68.0%-120.3%,RSD was 2.0%-20.8%and the detection limits were between 0.000 9-0.027 4 mg/kg. A good linearity was obtained in the range of 103 with coefficiemts better than 0.998 7. The method has high sensitivity and good repeatability. It can be used as a method for the determination of pesticide residues in vegetables. There are some matrix effects of 9 pesticides in cucumber. Propanil and Butachlor has strong matrix suppression effect and the others have weak enhancement effect.%为了探索建立固相萃取-气相色谱法-电子捕获检测器同时测定黄瓜中的六氯苯等多种农药和除草剂残留的方法，样品用乙腈提取，经SPE小柱（弗罗里硅土）净化，采用电子捕获检测器进行测定，外标法定量，分别对黄瓜进行3个水平（0.02、0.04、0.08 mg·kg-1）（敌稗和丁草胺在0.04、0.08、0.16 mg·kg-1）的添加回收试验。
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30x-50x 2-3% 18,000
200x-300x 0.5% 5，000-6，000
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Easy sequence capture, easy genomics!
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几种捕获技术的比较
罗氏 Agilent Illumina MyGenostics NimbleGen 探针类型 生物素化寡 生物素化RNA DNA探 单链DNA探 探针 针 针 DNA核酸探针 基因捕获覆盖度 一般 好 一般 好 基因捕获效率 差 一般 一般 好 成熟Panel 少 少 少 25个 个性化定制周期 3个月 2个月 3个月 30天 (¥2000-3000)*n (¥1000-2000)*n (¥10003-5W 捕获试剂盒 2000*n 定制价格 （无论多少样本） （50个以上）
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捕获测序能够降低1/2的测序费用
检测100个多基因遗传病样本？
• 直接用全外显子测序
1、先用捕获测序
• 100*0.5W=50W • 2、假设有80个样品发现都是已知突变， 再对剩下的20个样做全外显子组测序。 • 20*1.8W=36W
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Deletion
测序结果
吻合
aCGH发现D-WMXN样本在X染色体 31.8~31.9Mb处，存在约110Kb的缺失片 段
A2.Wang, Z., Cui, F., Chen, D., Pu, C., Chen, Z., Yang, F., Wu, H. and Huang, X. (2013), Coexistence of peripheral myelin protein 22 and dystrophin mutations in a chinese boy. Muscle Nerve. doi: 10.1002/mus.23918
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我们的优势
1.专业：
除了能够运用自主专利技术满足客户的个性化定制方案，而且我们还开发了25个成 熟的panel，覆盖了大多数遗传疾病。
2.特色：
我们还有拥有线粒体捕获测序panel（成过发表于Nature），HIV、HBV、EBV等病毒 整合位点检测panel。
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应用实例
应用实例1：DMD全基因捕获测序 应用实例2：线粒体相关疾病 应用实例3：NF1外显子缺失诊断 应用实例4：TSC2外显子缺失诊断 应用实例5：多囊肾、成骨不全、马凡综合症 应用实例6：利用全外显子测序对病人进行诊断 应用实例7：线粒体相关眼病家系 应用实例8：血片基因筛查 应用实例9：眼科疾病基因筛查 应用实例10：新生儿遗传疾病确诊 应用实例11：X染色体全基因捕获测序 应用实例12：癫痫疾病辅助诊断 应用实例13：耳聋患者基因检测实例 应用实例14：ALS疾病相关基因检测实例 应用实例15：CMT疾病相关基因检测实例 应用实例16：新生儿疾病辅助诊断实例
3.快速：
30天。
4.价格：
检测几百个基因只要5000元左右，而同样的价格，别的公司只能检测几个基因。
5.无附加条款：
不分享客户文章署名。
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ห้องสมุดไป่ตู้
成熟Panel
新生儿代谢疾病筛查Panel(筛查版)：苯丙酮尿，丙酸血症，同行半胱氨酸血症等 新生儿代谢疾病筛查Panel（全面版）：糖原累积病，尿素循环障碍等 自闭症筛查Panel：2013/7月以前所有报道过与自闭症相关的基因 耳聋基因Panel：2012年以前报道过与耳聋相关的基因 700种新生儿遗传疾病基因Panel：(包括发病率较高的各个方面，但每科不是最全的) 遗传性肿瘤相关基因Panel：家族性乳腺癌，大肠癌，前列腺癌，胃癌等 肿瘤个体化用药Panel：(42个药物代谢+118个高频突变肿瘤基因） 肿瘤高频突变基因Panel：Cosmic中肿瘤突变频率最高的基因 神经系统基因Panel：（ALS，CMT,LGMD,HSP） 眼科疾病基因Panel：（视网膜色素变性，青光眼，小眼球，黑朦，staugart等） 心血管疾病基因Panel：（肥厚心肌，扩张心肌，马凡等等） 癫痫疾病基因Panel：所有有癫痫症状的疾病相关基因 血液系统疾病基因Panel：（范可尼贫血，地中海贫血，血小板增多症等） 脑白质病基因Panel：脑白质症状相关基因 线粒体病基因Panel：线粒体病相关的所有核基因，包括leigh综合症 线粒体基因全长16569bp:检测每个位点0.5%以上的杂合度 DMD全基因（2.2Mbp）：包括内含子，外显子；检测突变，插入缺失，重复，能给出大片度重复缺失的断裂点 序列 12 脑血管病Panel:CADASIL等脑血管病相关的基因 10 软骨发育不全Panel: 5 成骨不全Panel: 9 白化病Panel: 白化病相关的基因 Kinome Panel: 所有Kinase基因 537 HBV、HIV、HPV、EBV病毒整合位点检测 12 基因数 153 392 905 102+线粒体 505 91 160 725 411 371 328 308 290 154 1033
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CONTENTS PAGE
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捕获技术简介 技术比较 应用实例 附录
—2 — 2
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•
全基因捕获技术发明人
• Bert Vogelstein， 美国科学院院士； • 霍普金斯大学Sidney Kimmel癌症研究中心教授 • 世界界最著名的肿瘤基因专家，TP53抑癌基因发现者， • 肿瘤中唯一一个演发模型VogelGram的发明人， • 为肿瘤的基因学研究做出了重要的贡献。 • 伍建博士 • • • •
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Test Result for Sample CD3
Sample: CD3 Deletion:chrX:3179244131848733
说明：Y轴为序列的数量，X轴为染色体位置，Y值加倍表示重复；Y值趋于0意味着缺失； 本样本在chrX:31792441-31848733区间发生大片段缺失，是导致DMD疾病的致病原因。下图是正 常样本的覆盖图作为对照参考。
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GenCapTM 全基因捕获技术
• A technology invented from Johns Hopkins University
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DMD基因检测结果
无扩增或缺失 突变
缺失
扩增
AAAGCTGTTTGTTAACGGTCCAGGTTTACTTCACTC TTCTAAAGCTGTTTGTTAACGGTCCAGGTTTACTTCAC CTTCTAAAGCTGTTTGTTAACGGTCCAGGTTTACTTCAC TCTTCTAAAGCTGTTTGTTAACGGTCCAGGTTTACTTCAC TTCTTCTAAAGCTGTTTGTTAACGGTCCAGGTTTACTTCA CTTCTTCTAAAGCTGTTTGTTAACGGTCCAGGTTTACTTC ACTTCTTCTAAAGCTGTTTGTTAACGGTCCAGGTTTACTT TACTTCTTCTAAAGCTGTTTGTTAACGGTCCAGGTTTACT ATACTTCTTCTAAAGCTGTTTGTTAACGGTCCAGGTTTAC AATACTTCTTCTAAAGCTGTTTGTTAACGGTCCAGGTTTA
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和传统测序（Sanger）比较
传统测序 样本处理技术 突变检测限 成功率 通量/仪器 100个基因测序 价格 图形展示 PCR扩增 15% 90% 2M/周 10-20万 新一代测序 基因捕获 0.5% >98% 300G/周 5000-10000元
• 100*1.8W=180W
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• 50+36=86W
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基因捕获技术原理
针上，进而通过生物素和
streptavidin的磁珠结合被吸附到磁珠上； 通过洗脱处理就能将非目标区域 的DNA片段洗掉，得到我们所需要的目的基 因, 利用新一代高通量测序技术对目标去 域基因组进行测序、分析，从而找出研究 或临床上所需要的生物信息。
检测出扩增或缺失（~60-65%）
桑格测序技术
检测出碱基突变（~35-40%）
传统技术和捕获测序技术流程对比
A2.Wang, Z., Cui, F., Chen, D., Pu, C., Chen, Z., Yang, F., Wu, H. and Huang, X. (2013), Coexistence of peripheral myelin protein 22 and dystrophin mutations in a chinese boy. Muscle Nerve. doi: 10.1002/mus.23918