SSR亲子鉴定技术
《分子标记SSR标记》课件
contents
目录
• SSR标记介绍 • SSR标记技术原理 • SSR标记实验操作 • SSR标记在遗传育种中的应用 • SSR标记研究展望
01
SSR标记介绍
SSR标记定义
SSR标记，即简单序列重复标 记，是一种基于PCR技术的 DNA分子标记。
它由2-6个碱基组成的重复单位 串联而成，具有高度多态性， 可应用于基因组遗传分析。
04
分子标记辅助选择
通过SSR标记与目标性状关联，实 现分子标记辅助选择，加速育种
进程。
SSR标记在动物遗传育种中的应用
动物资源保护与利用
SSR标记用于评估动物的遗传多样性， 有助于动物资源的保护和合理利用。
基因定位与疾病关联研究
SSR标记用于基因定位和疾病关联研 究，为动物疾病防控和动物育种提供
疾病易感性分析
02
通过SSR标记分析某些疾病的易感性，有助于疾病的预防和早期
干预。
个体识别与亲子鉴定
03
SSR标记还可用于个体识别和亲子鉴定，为法医学和人类学等领
域提供技术支持。
05
SSR标记研究展望
SSR标记技术的发展趋势
自动化与高通量
随着技术的发展，SSR标记将更加自动化和高通量，提高检测效 率和准确性。
基因组DNA提取
从生物样本中提取基因组DNA 。
PCR扩增
使用设计的引物进行PCR扩增 ，得到SSR片段。
数据分析
对电泳结果进行统计分析，评 估遗传差异和多样性。
SSR标记技术优缺点
01 优点
02 操作简便，检测结果稳定可靠。
03
可用于检测微卫星序列的长度多态性，反映基因组
ssr分子标记原理
ssr分子标记原理SSR分子标记原理引言：SSR分子标记（SSR molecular tagging）是一种用于分析和鉴定生物体内特定分子的技术。
它基于分子生物学和生物化学的原理，通过特定的标记物，可以在细胞、组织或体液中准确地检测和定位目标分子。
本文将介绍SSR分子标记的原理及其在科研和医学领域的应用。
一、SSR分子标记的原理SSR分子标记是一种基于DNA序列多态性的分子标记技术。
它利用了DNA序列中的简单重复序列（simple sequence repeat, SSR），即由1-6个碱基重复组成的核酸序列。
SSR序列在基因组中广泛存在，具有高度变异性和遗传稳定性，因此可以作为DNA分子标记的候选序列。
SSR分子标记的原理可以简单概括为以下几个步骤：1. DNA提取：从样品（如细胞、组织或体液）中提取总DNA。
2. SSR标记物设计：根据目标分子的序列信息，设计特异性引物，引物的两端分别包含互补的SSR序列。
3. PCR扩增：利用PCR技术，使用设计好的引物对DNA进行扩增，扩增产物中包含了目标分子的序列和SSR序列。
4. 电泳分析：将PCR扩增产物进行电泳分析，根据SSR序列的长度变异性，可以将不同样品中的目标分子进行定性和定量分析。
二、SSR分子标记的应用SSR分子标记技术在科研和医学领域具有广泛的应用价值，以下是几个典型的应用案例：1. 遗传多样性研究：SSR分子标记可以用于研究不同物种或不同个体间的遗传多样性。
通过对多个基因座进行SSR分子标记，可以获得物种或个体的遗传背景信息，进而推断种群结构、基因流动和进化关系等。
2. 基因定位和图谱构建：SSR分子标记可以用于构建遗传图谱，帮助研究人员定位和克隆感兴趣的基因。
通过SSR标记物在遗传图谱上的位置，可以确定目标基因的大致区域，为后续的克隆工作提供有力的指导。
3. 疾病诊断和预后评估：SSR分子标记在医学诊断中的应用也日益广泛。
通过对特定基因的SSR序列进行分子标记，可以检测和鉴定与疾病相关的突变或多态性。
简单重复序列标记名词解释
简单重复序列标记（Simple Sequence Repeat，SSR）是一种基于PCR技术的分子标记技术，用于检测DNA序列中的重复序列。
这些重复序列通常由几个到几十个核苷酸组成，并且在基因组中以串联的形式重复出现。
SSR标记的原理是利用PCR技术扩增这些重复序列，并通过凝胶电泳或毛细管电泳检测扩增产物的大小，从而确定不同个体或种群之间的遗传多样性。
SSR标记具有多态性高、重复性好、共显性等优点，因此在遗传学、基因组学、进化生物学和遗传育种等领域得到了广泛应用。
例如，SSR标记可以用于研究物种的遗传多样性、亲缘关系和系统发育，也可以用于基因定位和分子标记辅助育种。
在SSR标记的应用中，通常需要设计特定的引物来扩增特定的重复序列。
这些引物可以通过已知的基因组序列或EST序列来设计，也可以通过生物信息学的方法来预测和设计。
在PCR扩增后，可以通过凝胶电泳或毛细管电泳来分离扩增产物，并通过一些特定的软件来分析扩增产物的大小和数量，从而确定不同个体或种群之间的遗传多样性。
此外，SSR标记还可以用于法医鉴定、亲子鉴定和人类遗传学研究等领域。
例如，通过检测犯罪现场遗留的DNA样本中的SSR标记，可以确定犯罪嫌疑人的身份或亲缘关系。
在人类遗传学研究中，SSR标记可以用于研究人类基因组的遗传多样性和进化历程。
总之，简单重复序列标记是一种重要的分子标记技术，在多个领域得到了广泛应用。
随着技术的不断发展和完善，SSR标记的应用前景将更加广阔。
ssr标记鉴定玉米品种亲子关系的研究
ssr标记鉴定玉米品种亲子关系的研究
玉米（Zeamays）是一种世界上最重要的作物之一，它的种植
正在发展日趋先进的科学技术，使育种学家和种子生产商能够利用抗性基因来改良植物的表型。
在维持品种的稳定性的同时，了解农作物的亲子关系非常重要。
最近，利用SSR（simple sequence repeats）标记鉴定了玉米品种的亲子关系，为基于DNA技术研究品种数据库提供了一种有效的方法。
SSR分析可以准确测定不同品种的亲缘关系，而且主要针对多拷贝的DNA序列，从而可以有效地提高特定基因的位点标记的检测精度。
为了评估SSR技术应用于玉米品种鉴定的有效性，在本研究中，我们选择了20个水稻杂交组合，并使用7个常用SSR标记。
本研究中使用的所有标记位点均可以有效检测玉米品种间的遗传分化和亲
子关系，检测率都非常高，达到97.5%。
此外，两个品种中样本间SSR 分型的多样性证明了这种技术能够有效地检测和鉴定玉米品种间的
亲缘关系。
本研究的结果表明，使用SSR标记鉴定玉米品种的亲子关系是一种有效的方法，并且具有优良的可行性和高分辨率。
同时，这种技术还可以有效地筛选出优良的单系杂交种，作为育种的起点，以提高新品种的性能。
从了解品种亲缘关系的角度出发，现实中利用SSR技术来进行玉米品种鉴定具有重要意义，为工程应用提供了基础材料。
今后研究中，
将有更多的SSR标记开发，才能满足不同品种研究者对SSR技术应用的要求。
总之，利用SSR标记鉴定玉米品种亲子关系具有可行性和高精度，能够有效改善玉米作物的育种工作。
未来，这种技术将持续发展，会为育种和遗传研究带来更多机会和收获。
SSR亲子鉴定技术
到不同大小的DNA片段，再以重复序列中的共有序 列作为核酸探针进行杂交，对所得到不同生物个体相 似DNA片段的带型图谱(即DNA指纹图谱，对每一个 体都是独特的)进行分析的方法。
2.6 微卫星 DNA（SSR）
一般由2 个～6 个碱基构成一个核心序列,核心序列在
长度上呈串联重复排列,主要由核心序列拷贝数目的变
分离且自由组合。但如果在家系中有无效等位基因存在, 则能够导致个体的基因型与经典的孟德尔遗传明显不一 致，从而使得parentage assignment与实际不符。
影响微卫星亲子鉴定的因素
2. “结巴”带(Stutter bands)的存在 在用变性聚丙酰胺凝胶检测微卫星位点的PCR 扩增产物 时,有时1 个等位基因不是1 条带,而是由1 个主带和数条 附加带组成,这些附加带称作“结巴”带或“阴影”带( Shadow bands) ，给数据读取带来一定误差。
二、常规亲子鉴定的方法和原理
（主要针对人类和哺乳动物）
DNA水平 遗传标记
DNA序列多态性(如线粒体DNA) DNA长度多态性(如微卫星SSR)
遗传标记
红细胞血型(如ABO)
白细胞血型(如HLA)
表达产物水 平遗传标记
血小板型
酶型(如 PGM 1 ) 血清型(如 Hp) 其他(如 唾液蛋白）
2.1 红细胞血型
下载网址：
/pages/aboutCervus_Overview.jsp
♀
♂
基因型分析
巢式一步法PCR扩增
亲子鉴定步骤（以团头鲂为例）
SSR标记（14个） 亲本基因型分析 P-Loci软件模拟分析 筛选到9对（100％） 子代基因型分析 ABI 3730 Cervus 3.0软件分析 获得子代的亲本来源
利用ssr标记进行基因定位的方法
利用ssr标记进行基因定位的方法你知道基因吗？就是那些在我们身体里，像一本超级复杂的百科全书一样，决定了你我长得怎么样、喜欢吃什么、甚至哪儿最容易发胖。
嘿，说起来，基因定位可是个不小的工程。
不过，今天咱们不聊怎么找到那个“特别的基因”，而是聊聊一个特别有意思的工具——SSR标记！这种东西就像个“基因侦探”，能帮你快速找到基因的“住址”，简直厉害得不得了。
首先呢，得知道SSR是什么。
你别看它名字有点像是啥高大上的科学术语，其实它的全称就是“简单序列重复”。
简单来说，就是在基因组里那些重复出现的简单序列，就像你每天刷朋友圈看到的那些重复的广告一样。
不过，这些“广告”对科学家们可有大用武了！科学家发现，虽然它们看似简单重复，但它们的变化非常有意思，不同个体之间的重复序列数目可以大不相同。
这就是SSR标记的基础。
SSR标记如何帮助咱们定位基因呢？其实嘛，想象一下你去逛一个大市场，每个摊位上卖的东西不一样，但你特别有眼力，能通过摊位上独特的标志，立马知道这个摊位卖的是什么。
SSR标记就像这些“摊位标志”，它能帮助科学家准确地把某个基因的位置找出来。
更重要的是，它们不像其他基因标记那样需要过多的实验条件，操作起来特别方便，就像你在厨房里用个小小的刀具，轻松剁菜一样。
大家可能会问，咋用SSR标记进行基因定位呢？其实方法还挺简单的！咱们得先拿到研究对象的DNA，就像在市场上选个摊位，选定了之后就开始对这个DNA做个小小的“检查”。
这个检查可不是我们去体检，什么量血压什么的，而是用一种叫做PCR的技术，把DNA的特定部分做个放大。
通过放大，科学家就能看到那些SSR区域，数一数它们重复的次数。
别看这些重复的序列很简单，但它们在每个人、每个物种里都有很大的差异，甚至能区分出亲戚之间的差异呢！所以，科学家可以通过这些“标志”来确定一个个体的基因是否和另一个个体一致，甚至能够精准定位到特定的基因。
听起来是不是有点像侦探破案？没错！SSR标记的一个最大好处就是它非常灵活，适用于各种各样的物种。
SSR和ISSR技术原理及主要技术特点
SSR 和ISSR技术原理及主要技术特点(2009-07-01 07:42:31)SSR简单序列重复（simple sequen ce repeat）SSR的产生是在DNA复制或修复过程中DN A滑动和错配或者有丝分裂、减数分裂姐妹染色单体不均等交换的结果。
原理：微卫星的突变率在不同物种、在同一物种的不同位点和同一位点的不同等位基因间存在很大差异。
但尽管它们分布于基因组的位置不同，但其两端序列多是保守的单拷贝序列，因而可以根据这两端的序列设计一对特意引物，通过PCR技术将其间的核心微卫星D NA 序列扩增出来，利用电泳分析技术就可获得其长度多态性。
技术特点：（1）一般检测到的是一个单一的多等位基因位点。
（2）呈共显性遗传，成呈孟德尔式遗传。
故可鉴定杂合子和纯合子。
（3）需DNA少。
（4）标记位点专化性。
（5）标记数量丰富。
覆盖整个基因组。
而且均匀分布。
（6）实验重复性好，结果可靠性高。
（7） SSR序列的两侧序列常较保守，在同种而不同遗传型间多相同。
（8）多数SSR无功能作用，增加或减少几个重复序列的频率高，因而在品种间具广泛位点变异。
ISSR简单序列重复间（inter-simple sequen ce repeat）原理：用锚定的微卫星DNA为引物，即在SSR序列的3’端或5’端加上2~4个随机核苷酸，在PCR中，锚定引物可以引起特意位点退火，导致与锚定引物互补的间隔不太大的重复序列间D NA片段进行PCR扩增。
所扩增的多个条带通过聚丙烯酰胺凝胶电泳或者琼脂糖凝胶电泳得以分辨，扩增带多为显性表现。
技术特点：（1）快速，高效，不需构建基因组文库。
（2）扩增基因组D N A适用于任何富含S S R重复单元和SSR广泛分布的物种，可同时提供多位点信息和提示不同卫星座位个体间变异的信息。
SSR标记在亲本和孤雌生殖后代鉴定中的应用的开题报告
SSR标记在亲本和孤雌生殖后代鉴定中的应用的开
题报告
一、选题背景及意义
SSR (Simple Sequence Repeats)即单序列重复，在基因组中普遍存在，是基于反复序列的DNA分子标记。
SSR标记具有高度的可塑性、富集性、多态性等特性，广泛应用于分子遗传学研究、基因组学、育种和种质资源鉴定等领域。
亲本鉴定及孤雌生殖后代鉴定是应用SSR标记的重要研究方向。
亲本鉴定即通过分子标记技术鉴定有性繁殖物种中个体之间的亲缘关系，这在动植物育种过程中具有重要的应用价值。
而孤雌生殖后代鉴定则是指未经受精卵发育成熟的雌性个体所产生的后代的亲本鉴定，具有很高的理论兴趣和实际应用价值。
二、研究内容及方法
本研究以不同材料为研究对象，应用SSR技术对亲本鉴定及孤雌生殖后代鉴定进行分子标记，研究其在物种鉴定、种质资源利用、亲缘关系分析等方面的应用。
具体研究步骤如下：
1. 确定研究对象，收集有关材料，并进行DNA提取和PCR扩增。
2. 选择合适的SSR引物，进行PCR扩增和电泳分析，获得数据。
3. 运用分子遗传学及统计学方法，对SSR数据进行聚类分析、亲缘关系分析等，确定亲本关系和孤雌生殖后代的亲本。
三、预期结果及意义
通过本次研究，能够深入探究SSR在亲本鉴定及孤雌生殖后代鉴定中的应用，发掘分子标记鉴定技术在生物学领域的重要作用。
同时，结
果还将为物种保护、种质资源利用、育种、种子工程等领域提供一定的理论及实践依据。
SSR分析遗传多样性
SSR分析遗传多样性SSR（Simple Sequence Repeat，简称SSR），也称为微卫星分子标记，是一类单核苷酸序列的重复结构，广泛分布在基因组中。
SSR具有高度多态性、遗传稳定性好、易于分析和重复性高等优点，因此在遗传多样性研究中得到广泛应用。
首先，选择适当材料是进行SSR分析的基础。
一般来说，选择具有代表性的材料样本，包括不同种群、地理分布范围广等特点的样本，以最大程度地反映种群的遗传多样性。
样本采集时应注意确保样本的纯度，避免杂交或污染。
同时，还要保证样本数量足够，以提高分析的准确性与可靠性。
其次，进行实验方法。
SSR分析主要包括DNA的提取、PCR扩增和基因分型三个步骤。
DNA提取是获取样本基因组DNA的关键步骤，要注意选择适当的提取方法，以保证提取的DNA质量和纯度。
PCR扩增是从样本DNA中扩增出所需的微卫星DNA序列，需要根据相关文献选择适当的引物。
在PCR扩增过程中，要注意避免扩增偏倚，并进行质控措施以确保扩增产物的准确性。
基因分型是利用PCR扩增得到的扩增产物进行电泳分析，可以采用聚丙烯酰胺凝胶电泳或毛细管电泳等方法。
电泳分析结果可用于构建遗传图谱、计算遗传相似性和种群遗传结构等。
最后，进行数据分析。
根据电泳分析结果，我们可以计算各个样本的等位基因频率和遗传多样性指数等。
等位基因频率是指不同等位基因在样本中的占比，可以用于估计种群的遗传多样性和变异程度。
遗传多样性指数包括多态信息内容（PIC）、香农信息指数（I）和Weir&Cockerham's Fst等。
PIC是一种测量位点多态性的指标，I是一种描述群体内基因多样性的指标，Fst则是一种测量种群间基因流动程度的指标。
这些指标的计算可以借助计算机软件进行。
总结来说，SSR分析遗传多样性是一种重要的分子标记技术，其研究流程包括材料选择、实验方法和数据分析等步骤。
通过SSR分析，可以揭示不同种群之间的遗传多样性特征，为种质资源鉴定、基因组定位和保护物种等方面的研究提供重要依据。
SSR技术原理-方法及步骤
SSR技术1. SSR简介说明：简单重复序列(Simple Sequence Repeat，SSR)，简单重复序(SSR)也称微卫星DNA，其串联重复的核心序列为1-6 bp，其中最常见是双核苷酸重复，即(CA) n和(TG) n每个微卫星DNA的核心序列结构相同，重复单位数目10-60个，其高度多态性主要来源于串联数目的不同。
SSR标记的基本原理：根据微卫星序列两端互补序列设计引物，通过PCR反应扩增微卫星片段，由于核心序列串联重复数目不同，因而能够用PCR的方法扩增出不同长度的PCR 产物，将扩增产物进行凝胶电泳，根据分离片段的大小决定基因型并计算等位基因频率。
在真核生物中，存在许多2-5bp简单重复序列，称为“微卫星DNA”其两端的序列高度保守，可设计双引物进行PCR扩增，揭示其多态性。
SSR具有以下一些优点：(l)一般检测到的是一个单一的多等位基因位点；(2)微卫星呈共显性遗传，故可鉴别杂合子和纯合子；(3)所需DNA量少。
显然，在采用SSR技术分析微卫星DNA多态性时必须知道重复序列两端的DNA序列的信息。
如不能直接从DNA数据库查寻则首先必须对其进行测序。
SSR的分类：根据SSR核心序列排列方式的不同，可分为3种类型：1）完全型(perfect)，指核心序列以不间断的重复方式首尾相连构成的DNA。
如：ATATATATATATATATATATATATATATATATAT；2）不完全型(imperfect)，指在SSR的核心序列之间有3个以下的非重复碱基,但两端的连续重复核心序列重复数大于3 。
如：ATATATATGGATATATATATCGATATATATATATATATGGATATATATAT；3）复合型(compound) ，指2个或2个以上的串联核心序列由3个或3个以上的连续的非重复碱基分隔开,但这种连续性的核心序列重复数不少于5 。
如：ATATATATATATATGGGATATATATATATA 。
基于SSR优化反应体系的茄子亲子鉴定
Ｐ ｔｒ ｉ ｅｔ ｆ ｇ ｐ ａ ｔ（ ｏａ ｕ ｍｅｏ ｇ ｎ ． ａｅｎｔ Ｔ ｓ ｏ ｇ ｌｎ Ｓ ｌｎ ｍ ｌｎ ｅ ａＬ ） ｙ Ｅ
Ｂａ ｅ ｎ Ｏ ｐ ｉ ｉｅ Ｓ Ｒｅ ｃ ｉｎ Ｓ ｓｅ ｓ ｄ ｏ ｔｍ ｚ ｄ Ｓ Ｒ ａ ｔ ｙ ｔｍ ｏ
Ａｂ ｔ ａ ｔ Ｔ ｓａ ｌ ｈ ｒｐ ｄ ａ ｄ ａ ｃ ｒ ｔ ｕ ｉ ｅ ｅ ｔ ｎ ｔｃ ｎｑ ｅｕ ｉ ｇＳ Ｒ ｍａ ｋ ｒ ｓａ ｆ ｃｉｅ ｍｅ ｓ ｒ ｏ ｇ ｐ ａ ｔ ｓｒ ｃ ： ｏｅ ｔ ｂ ｉ ａ ｉ ｎ ｃ ｕ ａｅ ｐ ｒ ｙ ｄ ｔｃ ｉ ｈ ｉ ｕ ｓ Ｓ ｒ ｅ ｎ ｅ ｅ ｔ ａ ｕ ｅｆ ｒ ｇ ｌ ｎ ｓ ｔ ｏ ｅ ｎ ｉ ｖ ｅ ｓ ｅ ｕ ｔ ｏ ｔ １ Ｓ ｖ ｎ ｐ ｍｅ ｓｗｅ ｅｓ ｌｃｅ ｒ ｍ ０ ｐ ｉ ｆＳ Ｒ， ｈ ｃ ａ ｅ ｓ ｂ ｅ ａ ｄ ｐ ｌ ｍｏ ｐ ｉ ａ ｌ ｃ ｔ ｎ ｐ ｏｉ ｓ ｅ ｄ ｐ ｒ ｙ ｃ ｎｒ ． ｅ ｅ ｒ ｒ ｒ ｅｅ ｔｄ ｆｏ ４ ａｒ ｏ Ｓ ｗ ｉｈ ｇ ｖ ｔ ｌ ｎ ｏ ｙ ｒ ｈ ｃ ｍｐ ｉ ａｉ ｒ ｆ ｅ ． ｉ ｏ ｉ ｓ ａ ｉ ｆ ｏ ｌ
Ｋｅ ｒ ｓ： ａｅ ｉ ｓ； Ｓ ｒ ａ ｔ ｎｓ ｓ ｍ； ｇ ｐ ａ ｔ ｙ ｗｏ ｄ ｐ ｔｍ ｔ ｔ ｔ Ｓ Ｒ； ｅ ｃ ｉ ｙ ｔ ｙｅ ｏ ｅ ｅ ｇ ｌｎ
我 国是 茄子 生 产大 国 ， 栽种 面 积 和产 量 占世
于 ＳＲ标记构建 了茄子种 内分子遗传图谱 ，Ｓ Ｓ ＳＲ 标记 已经应用于茄子遗传研究的各个重要领域 。 但是 利 用 Ｓ Ｒ标记 进行 茄 子 品 种 亲子 鉴 定 还 未 Ｓ
试 验结果显示 ， ７ Ｓ Ｒ多态标记 在 ２个杂交种及亲本 中表现一致 ， 有 对 Ｓ 且为共显性 ， 条带清 晰 ， 以作 为茄 可 子 的亲子鉴定标记 ， 便于明确 父母 本来 源及杂交种纯度 ， 提高育种效 率。
苹果品种鉴定技术规程 ssr分子标记法全文
苹果品种鉴定技术规程 ssr分子标记法全文苹果品种鉴定技术规程—— SSR分子标记法一、技术原理SSR（Simple Sequence Repeats）分子标记法是一种常用的遗传标记技术，也称为微卫星标记法。
该技术基于植物DNA中包含的重复序列，通过PCR扩增特定的SSR位点，进而对DNA序列进行分析，从而实现对苹果品种的鉴定。
二、实验步骤1. DNA提取：从苹果叶片或幼芽中提取基因组DNA。
2. SSR扩增反应：选择特定的SSR引物对DNA进行PCR扩增反应，得到扩增产物。
3. PCR产物分析：将PCR产品通过电泳方法分离在聚丙烯酰胺凝胶上，通过比较DNA片段迁移距离，鉴定不同苹果品种之间的差异。
三、实验材料1.离心管和PCR试管：用于提取DNA和进行PCR反应。
2. DNA提取试剂盒：用于提取DNA样品。
3. SSR引物组合：根据需要选择适宜的SSR引物。
4. PCR试剂盒：用于PCR反应。
5. DNA电泳试剂盒：用于DNA样品分离。
四、实验操作细节1. DNA提取：按照DNA提取试剂盒的说明进行操作，提取苹果叶片或幼芽中的基因组DNA。
2. SSR扩增反应：准备PCR反应体系，包括DNA模板、引物、酶和缓冲液等。
根据引物选择，设置合适数量的PCR反应管。
3. PCR条件设置：根据引物的特性，设置适当的扩增温度和周期。
4. PCR产物分析：将PCR反应产物通过电泳方法分离在聚丙烯酰胺凝胶上，根据DNA片段大小进行鉴定。
5.结果解读：根据电泳图像，比较不同苹果品种之间的DNA条带差异，判断品种间的差异和相似性。
五、结果分析1. SSR分离电泳图像：根据电泳分离的结果，分析苹果品种之间的遗传关系和差异。
2. SSR结构鉴定：通过比对已知品种的SSR位点，来反推未知品种的SSR结构和遗传关系。
3. SSR图谱构建：通过整理分析的SSR位点数据，构建苹果品种的SSR图谱，进一步研究苹果品种的遗传表达规律。
ssr分析的基本原理
ssr分析的基本原理SSR分析的基本原理。
SSR（Simple Sequence Repeat）是一种常用的分子标记技术，它是通过PCR扩增DNA中的简单重复序列而得到的。
在分子生物学和遗传学研究中，SSR分析被广泛应用于种质资源鉴定、遗传多样性分析、遗传连锁图谱构建等领域。
本文将介绍SSR分析的基本原理，以帮助读者更好地理解和应用这一技术。
首先，我们需要了解SSR的基本结构。
简单重复序列是由1-6个碱基组成的短序列，这些序列在基因组中可以连续重复数次，形成了多态性位点。
SSR分析就是利用这些多态性位点进行遗传分析。
在PCR扩增过程中，引物会特异性地结合到目标DNA序列的两端，然后进行扩增，最终得到一系列不同长度的DNA片段。
这些不同长度的片段就是由于样品中存在着不同数量的重复序列而导致的。
其次，SSR分析的原理是基于多态性位点的存在。
由于不同个体之间存在着基因组中SSR位点的差异，因此在PCR扩增后得到的DNA片段长度也会有所不同。
通过检测这些不同长度的DNA片段，我们可以对不同个体进行鉴定和区分。
这种基于多态性位点的分析方法，使得SSR成为了一种非常有价值的分子标记技术。
另外，SSR分析的基本原理还包括了PCR扩增和电泳分析。
在进行SSR分析时，首先需要设计引物，这是非常关键的一步。
引物的选择会直接影响到PCR扩增的效果和结果的准确性。
然后进行PCR扩增，得到DNA片段混合物。
最后，将PCR产物进行聚丙烯酰胺凝胶电泳分析，根据DNA片段的长度差异，就可以对不同样品进行鉴定和分析。
总的来说，SSR分析的基本原理是基于DNA序列中的简单重复序列，利用PCR扩增和电泳分析得到多态性位点的DNA片段，从而对不同个体进行鉴定和分析。
这一技术的应用范围非常广泛，可以在植物、动物、微生物等各个领域得到应用。
通过对SSR分析的基本原理的深入了解，我们可以更好地应用这一技术，为科研工作提供更多的帮助和支持。
在实际应用中，我们还需要注意引物的设计、PCR扩增条件的优化、电泳分析结果的解读等方面的问题。
SSR亲子鉴定技术
到不同大小的DNA片段，再以重复序列中的共有序 列作为核酸探针进行杂交，对所得到不同生物个体相 似DNA片段的带型图谱(即DNA指纹图谱，对每一个 体都是独特的)进行分析的方法。
2.6 微卫星 DNA（SSR）
一般由2 个～6 个碱基构成一个核心序列,核心序列在
长度上呈串联重复排列,主要由核心序列拷贝数目的变
影响微卫星亲子鉴定的因素
3. 上游等位基因扩增丢失(Upper allele dropout) 当等位基因的大小存在差异时,片段小的等位基因往 往比片段大的等位基因扩增效率高，因此常导致较大 的等位基因在杂合体中无法检测到。
多重PCR体系（multiplex PCR）
不同荧光标记(FAM, HEX, NED, er al.)， PCR反应完后将产物 混合后上机
化构成的多态性。
分型原理
免疫学的方法可以用来进行同种异型遗传标记的分型
，以特异性的抗体检测同种异型抗原，确定遗传标记
的型别。如红细胞被动凝集抑制试验、酶联免疫分析
等。
血清型多数属于电泳性质上的多态性，需要采用凝胶
电泳技术分型。
2.5 染色体型
染色体多态性又称异态性（ heteromorphism) ，是
分离且自由组合。但如果在家系中有无效等位基因存在, 则能够导致个体的基因型与经典的孟德尔遗传明显不一 致，从而使得parentage assignment与实际不符。
影响微卫星亲子鉴定的因素
2. “结巴”带(Stutter bands)的存在 在用变性聚丙酰胺凝胶检测微卫星位点的PCR 扩增产物 时,有时1 个等位基因不是1 条带,而是由1 个主带和数条 附加带组成,这些附加带称作“结巴”带或“阴影”带( Shadow bands) ，给数据读取带来一定误差。
SSR分析的原理及操作技术
用聚丙烯酰胺凝胶电泳对扩增产物进行检测时，通 常PCR产物在变性聚丙烯酰胺凝胶上分离效果优 于非变性胶。因为杂合个体在PCR后期的循环中 会产生异源双链分子，导致在杂合的情况下胶中产 生了3条带甚至是4条带，而不是正常的2条带。这 种情况出现会干扰等位基因的统计。
染色方法与原理
▪ 溴化乙锭（EB）染色法：但是聚丙烯酰胺对荧光燃料溴化乙锭
PCR反应体系
▪ Mg2＋溶液 ：其浓度直接影响引物退火的特异性、产物特异性以及酶的 催化能力和准确性等，适当降低Mg2＋浓度可增加特异性。
▪ 模板DNA：一般1ng/1µL，模板浓度过高会导致反应的非特异性增加； ▪ dNTP ：常用浓度为50-200mol/L，种dNTP浓度应相等，浓度过高易产
▪ 这些网格孔径的平均直径决定于丙烯酰胺和双功能交联剂 的浓度。
聚丙烯酰胺凝胶
▪ 变性聚丙烯酰胺凝胶
用于单链DNA片断的分离与纯化。这些凝胶在尿素或甲酰胺等抑制核 酸碱基配对的试剂的存在下发生聚合。变性的DNA在这些凝胶中的迁 移率几乎与其碱基组成及序列完全无关。
▪ 非变性聚丙烯酰胺凝胶
用于双链DNA片段的分离和纯化。双链DNA在非变性聚丙烯酰胺凝胶 中的迁移率通常与其大小的常用对数值成反比。然而，电泳迁移率也受 其碱基组成和序列的影响，因此，大小完全相同的两条DNA的迁移率 可相差10％。非变性聚丙烯酰胺凝胶主要用于制备高纯度的DNA片段 和检测蛋白质－DNA复合物。
电泳介质
▪ 琼脂糖凝胶 ▪ 聚丙烯酰胺凝胶
优点： ① 分辨率极高，可分开长度仅相差0.1％的DNA分子，即 1000bp中相差1bp； ②从聚丙烯酰胺凝胶中回收的DNA纯度很高，可用于要 求最高的实验。
聚丙烯酰胺凝胶
▪ 聚丙烯酰胺凝胶是由丙烯酰胺单体，在催化剂 TEMED(N,N,N,N’一四甲基乙二胺)和过硫酸铵的作用下， 聚合形成线状长链，在交联剂如N,N-甲叉双丙烯酰胺参与 下的共聚合反应中，聚丙烯胺的链与链之间交叉联接而形 成三维带状网络结构的凝胶。
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GS Junior 基因 序列分析仪
SSR标记
高通量测序法
Illumina MiSeq
Ion Torrent
序列的拼接， 标记的查找
近缘种之间标记的通用
基于微卫星标记亲子鉴定方法下的鱼类选育项目
取繁殖亲本的鳍条组织，掌握亲本的基因组DNA信息
不同家系繁殖后
混合饲养在pond或tank中， 使子代在相同的环境条件 下生长
合、稳定性好、遵循孟德尔分离定律、共显性遗
传、易于PCR 扩增等特点使其成为了作为亲子鉴
定的首选分子标记方法。
微卫星亲子鉴定方法已经广泛的用于鱼类遗传选
育项目中。
SSR分子标记的开发
PCR扫描法 菌落原位杂交法 富集法 EST筛查法Roche 454 焦 磷酸测序 Illumina Solexa 合成测序 ABI SOLiD 连 接法测序
民事纠纷中争论或不确定的若干问题；
系谱追认、混合精液输精、不明确的偷配或乱配认证、双亲 资料混乱等，错误的系谱信息会使遗传进展的获得速度降低； 野外或人工饲养与繁殖的濒危动物, 对于其遗传资源的保护、 制订科学的配种方案提供清晰的系谱信息有极大的理论和现 实意义； 为避免后代中可能存在的近亲交配和控制小群体内的近交交 配导致的群体生活力下降。
影响微卫星亲子鉴定的因素
3. 上游等位基因扩增丢失(Upper allele dropout) 当等位基因的大小存在差异时,片段小的等位基因往 往比片段大的等位基因扩增效率高，因此常导致较大 的等位基因在杂合体中无法检测到。
多重PCR体系（multiplex PCR）
不同荧光标记(FAM, HEX, NED, er al.)， PCR反应完后将产物 混合后上机
亲子鉴定在水产动物 遗传育种中的应用
高泽霞
华中农业大学水产学院
2003年美国进攻伊拉克， 在战争中众多尸首中虽 然已面目全非，但运用 DNA技术，最终证实萨 达姆的两个儿子乌代和 库赛战死。
目 录
一、亲子鉴定的意义 二、常规亲子鉴定的方法和原理
三、水产动物亲子鉴定的方法及应用
一、亲子鉴定意义
高的微卫星位点；
选取一些位点后，用软件P-Loci做模拟分析，该软 件可基于亲本的遗传信息，推测所有可能产生的后
代的信息，并筛选出可以准确鉴定后代的微卫星位
点组合。 下载网址：
/genetics/ploci.htm
获取了子代的遗传信息后，结合亲本和子代的信息 ，用软件Cervus 3.0 作真实的亲子鉴定，寻找每一 个后代的父母本来源。
等电聚焦技术——根据酶蛋白分子的等电点不同，
在 pH 梯度介质中，酶蛋白分子聚焦在相应的等电点 pH位置上，形成狭窄而清晰的区带。
凝胶介质上酶区带的显现和鉴定酶蛋白分子经电泳
分离以后，利用酶特异性的催化活性，使之显色，表
现出特征性谱带，可据此作出同工酶型的判断。
酶谱技术：电泳和组织化学染色两亲子鉴定，只能否定， 不能肯定，也就是只能做亲权排除。
2.2 酶型
多态性同工酶 是指在同工酶中，那些由遗传所致，在不同
个体之间表现出酶蛋白一级结构差异，并可根
据这种差异将人群分为若干类型的同工 酶。
区带电泳
利用酶蛋白分子的电荷密度的
差异，不同酶蛋白分子在介质中
的迁移率不同，从而形成清晰的 区带。
同一种荧光标记，几 个SSR位点同时在一 个PCR反应里面扩增 大大节省成本
微卫星亲子鉴定在水产动物上的应用
Bernatchez, L., Duchesne P., 2000. Individual-based genotype analysis in studies of parentage and population assignment: how many loci, how many alleles? Canadian Journal of Fisheries and Aquatic Sciences 57, 1–12.
水产动物传统选育方法
不同家系分开繁殖 饲养在不同tank中
每个家系选择一部 分子代放于pond 或tank中混合饲养
待长到一定大小时 进行物理标记
一定时期后收获， 数据测量，不同家 系子代性状比较
传统物理标记方法的缺点： 需要个体长大一定大小时才能植入，之前各家系个体都必须 分开单独饲养，从而消耗大量的物力和财力； 家系前期的单独饲养时，不同缸之间会产生环境效应，影响
Jerry, D.R., Preston, N.P., Crocos, P. J., Keys, S., Meadows, J.R.S., Li, Y., 2006. Application of DNA parentage analyses for determining relative growth rates of Penaeus japonicus families reared in commercial ponds. Aquaculture 254, 171–181. Kim, S.G., Morishima, K., Satoh, N., Fujioka, T., Setsuo, S., Arai, K., 2007. Parentage assignment in hatchery population of brown sole Pleuronectes herzensteini by microsatellite DNA markers. Fisheries Science 73, 1087–1093 . Wang, H.P., Li, L., Geoff, W., Bonnie, B., Hong,Y., Gao, Z., Laura, T., O’Bryant, Paul., Dean, R., Russ, M., 2009. Evaluation of relative growth performance and genotype by environment effects for cross-bred yellow perch families reared in communal ponds using DNA parentage analyses. Aquaculture Research 40, 1363– 1373. ……越来越多的水产动物育种项目在采用SSR标记进行家系来源鉴定
对家系遗传性状的评估，从而减小选育的效率和准确性；
耗时耗力，限制了标记个体的数目，从而影响选育强度。
寻找一种方法：可以将不同家系个体从早期阶段就
开始混合饲养，消除不同环境条件造成的环境效应
，同时又可有效防止后代的近亲交配。
采用分子遗传标记做亲子鉴定，快速准确寻找不同
家系后代的亲本。
微卫星标记具有的密度大、多态性丰富、高度杂
SSR 位点在人类基因组中广泛分布, 具有丰富的多态位 点资源, 而且扩增STR基因座仅需要少量模板DNA。联 合使用多个SSR 位点,可满足各种需要。基于以上优点, 近几年人类做亲子鉴定多使用SSR 技术。
人类亲子鉴定常使用的 SSR位点： TH01 、 VW2FA31 、 TPOX 、 CSFIPO 、 FIBRA 、 D3S1358、D7S820、D8S1179 和D5S818。
Genemap® 4.0 software
影响微卫星亲子鉴定的因素
1. 无效等位基因(Null allele) 的存在
Null allele指不被PCR 扩增的等位基因,常常是由引物结合
部位的点突变、插入或缺失引起，另外DNA模板质量不 好或者量太少也可能导致PCR失败。
微卫星是中性标记,遵循孟德尔遗传定律,即等位基因独立
下载网址：
/pages/aboutCervus_Overview.jsp
♀
♂
基因型分析
巢式一步法PCR扩增
亲子鉴定步骤（以团头鲂为例）
SSR标记（14个） 亲本基因型分析 P-Loci软件模拟分析 筛选到9对（100％） 子代基因型分析 ABI 3730 Cervus 3.0软件分析 获得子代的亲本来源
化产生长度多态性。
具有高度多态、 共显性遗传 SSR 分型具有很高的灵敏度和良好的重复性,分型结果 稳定可靠。
SSR 技术较DNA指纹有更高的非父排除率和个人识别几 率。SSR位点的总识别率为0.9999999999999935 ,累计非 父排除为99. 999 %,在亲子鉴定中已达到很高的水平,因 此被称为“第二代DNA 指纹”。
分离且自由组合。但如果在家系中有无效等位基因存在, 则能够导致个体的基因型与经典的孟德尔遗传明显不一 致，从而使得parentage assignment与实际不符。
影响微卫星亲子鉴定的因素
2. “结巴”带(Stutter bands)的存在 在用变性聚丙酰胺凝胶检测微卫星位点的PCR 扩增产物 时,有时1 个等位基因不是1 条带,而是由1 个主带和数条 附加带组成,这些附加带称作“结巴”带或“阴影”带( Shadow bands) ，给数据读取带来一定误差。
此法常见于人类亲子鉴定 人类的血型通常分为 A 、 B 、 O 和 AB 四种。血型 的遗传借助于细胞中的染色体。ABO 血型系统的基
因位点在第 9 对染色体上。人的 ABO 血型受控于 A 、 B 、 O 三个基因，但每个人体细胞内的第 9 对染色 体上只有两个 ABO 系统基因，即为 AO 、 AA 、 BO 、 BB 、 AB 、 OO 中的一对等位基因，其中 A 和 B 基因为显性基因， O 基因为隐性基因。
PAGE胶
Genetic Analyzer
“结巴”带大多出现在重复单位为2 碱基的微卫星位