check-cif常见a类错误解答

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问题： 解 完 晶 体 后 check cif 出 现 A 类 错 误 No s.u. Given for Flack
Parameter ..............
?
不知道如何解决
解决方法：你这个结构是否有手性？
1. 如果有手性且有重原子，那在修正中加入 Flack 指令，修正后重新产生 CIF。
附：
关于 CIF 检测中出现的 A,B 等类错误的说明
一般分为 8 类，分别为： # _0xx - general # _1xx - cell/symmetry # _2xx - adp-related # _3xx - intra geometry # _4xx - inter geometry # _5xx - coordination geometry # _6xx - void tests # _7xx – various test 下面我们分几次把问题的简要说明翻译成献给大家，希望能对您有所帮助！
mixed
问题：
PLAT211_ALERT_2_A ADP of Atom C3 is NPD .....................
?
解决方法：原子非正定，无序或者空间群错误， 或者数据不好。这个原子如果
在结构中不甚重要，可以按各向同性处理，一般不影响发表 。用 ISOR 命令各
向同性，应该可以解决。
2. 如果没有手性，或有手性但用 Mo 靶做小于 Si 元素的结构，则可在 CIF 的原
子信息这一栏的最后面添加一句话，如下所示：
_chemical_formula_sum
'C10 H18 O5 '
_chemical_formula_moiety
'C10 H18 O5 '
_chemical_formula_weight
问题： ABSTM02_ALERT_3_A Test not performed as the _exptl_absorpt_correction_type has not been identified. See test ABSTY_01.
解决方法：The absorption correction should be one of the following * none * analytical * integration * numerical * gaussianLeabharlann Baidu* empirical * psi-scan * multi-scan * refdelf * sphere * cylinder
问题：
CIF Contains no X-H Bonds ......................
?
CIF Contains no X-Y-H or H-Y-H Angles ..........
?
解决方法：在 ins 文件中将 Bond 改为 Bond $h 命令,再在 XL 中精修一下就可以
_201 检测分子结构主体中各向同性的非氢原子，各向同性在通常的精修中并不 常用，只是在处理无序是才用到。
_202 检测溶剂分子或阴离子中各向同性的非氢原子
_211 检测主体分子的 NPD ADP's 。检测主体分子中各相异性参数中负值部分 （NPD is non-positive displacement ）
218.25
_chemical_melting_point
_chemical_absolute_configuration 这样就可以了
? ' unk '
问题： 一个 B 类错误：Merging of Friedel Pairs is STRONGLY Indicated 解决方法：在 ins 文件中加入 MERG 3 重新精修一轮即可。
PLAT093_ALERT_1_A No su's on H-atoms, but refinement reported as . 解决方法：在 cif 里将_exptl_crystal_density_meas 0 改为：_exptl_crystal_density_meas ? 将_refine_ls_hydrogen_treatment mixed 改为：_refine_ls_hydrogen_treatment constr
问题：
DENSX01_ALERT_1_A The ratio of the calculated to measured crystal density
lies outside the range 0.80 <> 1.20
Calculated density = 1.753
Measured density = 0.000
_212 检测溶剂或阴离子分子的 NPD ADP's 。检测溶剂或阴离子分子中各相异性 参数中负值部
_213 主体分子中 ADP maximum/minimum 比例检测，较大的值意味着无序没有 处理。
_214 溶剂或阴离子中 ADP maximum/minimum 比例检测，较大的值意味着无序 没有处理。
_223 检测非主体结构氢原子 Ueq(max)/Ueq(Min)范围。对比平常之大的比值发出 警报
_230, _233 : Hirschfield 刚性键检查。相近化学特征的原子应具有相同程度的各 相异性参数，无序或过度精修可能会导致大小不一。原子的错误判定也会有这样 的结果。DELREF 技术 (e.g.DIFABS, SHELXA, XABS2) 校正的数据通常对含重 原子的键有较大的 DELU 值
?
PLAT057_ALERT_3_C Correction for Absorption Required RT(exp) ... 1.11 解决方法：主要注意 cif 文件中的以下这几行，_exptl_absorpt_correction_type 这 一项只要做了 xcif 就一般会自动填 'Multi-scan'，你也可根据自己的校正方法来 填。
问题：
PLAT220_ALERT_2_A Large Non-Solvent O Ueq(max)/Ueq(min) ... 7.95 Ratio PLAT222_ALERT_3_A Large Non-Solvent H Ueq(max)/Ueq(min) ... 7.78 Ratio 这二条是指原子有较大的非正定，说明没有修正好。 解决方法：可以考虑将这个有较大无序的 O 进行分比（如占位率 0.5：0.5）再修。 如果是衍射数据质量不够好而无法得到好的修正结果，那只有重新采集数据了。
问题：
Hirshfeld Test Diff for C1 - C2
..
7.53 su
解决方法：ins 文件里加入 delu 0.02 c1 c2 （delu 限制所指定的原子具有接近指定范围内的位移参数）
问题：
PLAT052_ALERT_1_A (Proper) Absorption Correction Method Missing ..
一般可能出的问题就是这几行填得串了行，或者 T_min 与 T_max 填反了。仔细 检查
问题：
PLAT220_ALERT_2_B Non-Solvent C Ueq(max)/Ueq(min) ... 3.83 Ratio 解决方法：simu 0.01 0.02 3.8 $c （simu 限制在一定范围内的原子具有相同的位移参数）
_220 检测主体结构非氢原子 Ueq(max)/Ueq(Min)范围。对比平常之大的比值发出 警报。太高或太低的值表明原子可能定错(i.e. Br versus Ag)
_221 检测非主体结构非氢原子 Ueq(max)/Ueq(Min)范围。对比平常之大的比值发 出警报
_222 检测主体结构氢原子 Ueq(max)/Ueq(Min)范围。对比平常之大的比值发出警 报
_241, _242 检测相对于相邻原子过高或过低的 U(eq)值。原子的 U(eq) 值会被拿 去与所有非氢原子的平均 U(eq)去比较，如果值太大，可能是原子定错了。
_013 : 检测报告与衍射范围和数据的完整度 _020 : 检测 R(int)。R(int)最好小于 0.1。但是基于非常有限数量的平均数据的 R(int) 没什么意义 _021 : 检查 观测衍射数目/期望数目的比值 期待数目对应于劳埃群的不对称单 元中的数目。对于中心对称的结构，期望币值为小于或等于 1.0;对于非中心对称 结构则小于 2。超过这些数据可能是：对称性消光没有从观测数据中消除或采用 过多的数据进行精修 _022 :检测完整度，检测报道的独立衍射点与期望的给定的分辨率 _023 : Check θmax。检测分辨率。当 sin (θ)/λ <0.6 时，发布警告。 _024 : 检测优化的平均 Friedel 对。对于含有比硅轻的原子的 MoKa 数据，平均 Friedel 对是优先的。SHELXL97 精修中采用 MERG 4。 _025 : 检查 h,k,l 范围 _026 : 检查弱点，检查 2σ 以上的独立数据的衍射是否充分 _030 检测精修的消光参数是否有意义，检测它的值是否明显大于相应的 s.u。如 果不是，这个参数应从结构模型精修中删除。目前默认值为 3.33 s.u _032 检测 Flack 参数的 S.U. _033 检测 Flack 参数偏离零的程度，即检查绝对构型的正确性。 _040 检查化合物中碳原子上是否有氢原子 _041 比较报道的与计算的总分子式 Compare the Reported and Calculated Sum Formula _042 比较报道的与计算的残基分子式 Compare the reported and Calculated Moiety Formula _043 比较报道的和计算的分子量 Compare Reported and Calculated Molecular Weight _044 比较报道的和计算的分子量密度 _045 比较报道的和计算的 Z 值 _046 检测报道的 Z, MW, D(calc) 是否一致 _050 检测给出的 mu 值 _051 测试报道的和计算的 mu 的差别。 _052 测试吸收校正方法的条件 _053 测试晶体尺寸最小值 xtal_dimension_min 的条件 _054 测试晶体尺寸中间值 _055 测试晶体尺寸最大值
问题：
_diffrn_measured_fraction_theta_full Low ....... 0.93 采集数据的完成度偏低，通常要在 0.97 以上。最好是重新收集数据。 解决方法：omit 0 50
问题：
No su's on H-atoms, but refinement reported as . mixed 报告中显示对 H 原子的修正方法是混合模式但没有列出 H 原子相关的偏差。 解决方法：把.CIF 中的 "mixed" 改成 "constr" 就可以了。
问题：
Alert level A PLAT031_ALERT_4_A Refined Extinction Parameter within Range ...... 0.00 Sigma Alert level B PLAT232_ALERT_2_B Hirshfeld Test Diff (M-X) Zn -- O1 .. 21.64 su PLAT232_ALERT_2_B Hirshfeld Test Diff (M-X) Zn -- O2 .. 12.23 su 解决方法：第一个问题在 INS 文件中把 EXTI 这行命令删掉再修就可以了 后两个 B 类错误可以在-lst 文件中 BOND 的下一行使用如写命令，然后精修： ELMU Zn O1 Zn O2 SIMU 0.007 0.001 Zn O1 Zn O2
了
问题：
PLAT080_ALERT_2_A Maximum Shift/Error ............................ 0.37 修正轮数不够多 Maximum Shift/Error 值应该接近于 0，至少要在 0.02 以下。 解决方法：增加修正轮数（L.S. 后的数值改大）