最新PDB数据库简介

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PDB数据库

Experimental technique used for the structure determination.
Literature citation that defines the coordinate set. REMARK records present experimental details, annotations, comments, and information not Included in other records.
• • • • • • • 1. Experimental Method 2. Classification 3. Source 4. Ligand 5. Amino acid sequence 6. secondary structure 7. Disulfide bond
Data Bank
/pdb/home/home.do
取材自葉雅玲
PDB (Protein Data Bank)
•蛋白質資料銀行，收集了全世界利用核磁共振、 X-ray繞射實驗、理論模擬所解出來的蛋白質和 DNA的三度空間立體結構 •此資料庫所提供的資訊是全球最重要的蛋白質結構資料來源。主要的資訊有，原子的空間座標、引用文獻、形成α-helix和β-sheet的胺基酸序列、雙硫鍵連結模式、與蛋白質結合的ligand、參與生化功能的residue
wwwrcsborgpdbhomehomedo取材自pdbproteindatabank?蛋白質資料銀行收集了全世界利用核磁共振xray繞射實驗理論模擬所解出來的蛋白質和引用文獻形成helix和sheet的胺基酸序列雙硫鍵連結模式與蛋白質結合的ligand參與生化功能的residuefirstlineentrycontainspdbidcodeclassificationdepositiondescriptionmacromolecularcontentsentrylistkeywordsdescribingmacromoleculeexperimentaltechniqueusedstructuredetermination

结构生物学--第7章--生物大分子结构数据库--ZH--2019

（Research Collaboration for Structural Bioinformatics, RCSB）管理
/pdb/
wwPDB In 2003
✓RCSB PDB (USA) ✓PDBe (UK) ✓PDBj (Japan) ✓BMRB (USA) ：Biological Magnetic
作业1和2
• 1. 在pdb数据库中查找单克隆抗体的结构(PDB号:1igt )。找出结晶条件、分辨率、Rfactor、Rfree、空间群。
• 2. 在PDB数据库中下载该结构，用PyMOL软件做一张该单克隆抗体的图片。要求cartoon形式展示（show(S)-cartoon ），去除水分子(hide(H)-water)，分别用紫黄两色色表示抗体的重链和轻链(做这个大家可以尝试，我会课堂演示)，在图片上标记抗体各区域的名称。图片背景为白色（displaybackground-white），分辨率300 dpi。
• 实验（X射线晶体衍射、核磁共振NMR、电子显微镜）测定的生物大分子的三维结构。
• 其中主要是蛋白质的三维结构，还包括核酸、糖类、蛋白质与核酸复合物的三维结构。
3. PDB数据格式
PDB的数据结构：对于每一个结构，包含名称、参考文献、序列、一级结构、二级结构和原子坐标等信息
分子类别— PDB文本文件，用写字板打开转运蛋白
结构生物学第7章生物大分子结构数据库
及结构比对 ZH 2019-05
蛋白质结构数据库
Protein Data Bank（PDB）
一、PDB(Protein Data Bank）
1.PDB概述最重要的蛋白质分子结构数据库 1971年代建立于美国Brookhaven国家实验室 1988年由美国结构生物信息学研究合作组织

oracle12c的CDB与PDB

oracle12c的CDB与PDBoracle12c的CDB与PDBoracle12c的新特性Oracle 12C引⼊了CDB与PDB的新特性，在ORACLE 12C数据库引⼊的多租⽤户环境（Multitenant Environment）中，允许⼀个数据库容器（CDB）承载多个可插拔数据库（PDB）。

CDB全称为Container Database，中⽂翻译为数据库容器，PDB全称为Pluggable Database，即可插拔数据库。

在ORACLE 12C之前，实例与数据库是⼀对⼀或多对⼀关系（RAC）：即⼀个实例只能与⼀个数据库相关联，数据库可以被多个实例所加载。

⽽实例与数据库不可能是⼀对多的关系。

当进⼊ORACLE 12C后，实例与数据库可以是⼀对多的关系。

下⾯是官⽅⽂档关于CDB与PDB的关系图。

cdb相当于操作系统，调⽤并管理各个pdb。

pdb相当于真正提供业务需求的数据库实例。

oracle 12c安装后只创建了cdb，需要⾃⼰⽣成相应的pdb。

oracle 12c使⽤了CDB-PDB架构，类似于docker，在container-db内可以加载多个pluggable-db.安装成功后修改tnsnames.ora我的在D:\app\oracle\product\12.1.0\dbhome_1\NETWORK\ADMIN⽂件夹下############################tnsnames.ora#######################cdborcl =(DESCRIPTION =(ADDRESS_LIST =(ADDRESS = (PROTOCOL = TCP)(HOST = localhost)(PORT = 1521)) )(CONNECT_DATA =(SERVICE_NAME = orcl) #cdb的db_name))#pdbpdborcl =(DESCRIPTION =(ADDRESS_LIST =(ADDRESS = (PROTOCOL = TCP)(HOST = localhost)(PORT = 1521)))(CONNECT_DATA =(SERVICE_NAME = pdborcl) #pdb的db_name))##########################tnsnames.ora######################数据库下拉框会出现pdborcl选项遇到的坑使⽤system登录,PLSQL Developer选择ORCL,执⾏select name,open_mode from v$pdbs; ⽤来查看当前CDB容器中包含的PDB容器pdborcl的open_mide的状态是READ WRITE,使⽤pdborcl也能登录,但是你重启服务器这个状态会变为这时候PLSQL Developer选择pdborcl就不能登录了,出现错误因为服务器重启时，pdb默认不启动PLSQL Developer选择ORCL. system登录(或使⽤sqlplus)执⾏alter pluggable database PDBORCL open; 启动pdb创建⽤户创建新⽤户，注意CDB容器中创建⼀个通⽤⽤户，⽤户名必须以C##或者c##开头，因为CDB中默认创建的是common user如果想要创建本地⽤户，则要在PDB容器中创建，下⾯会说如何切换到PDB容器create user C##test identified by 123456; //其中C##test为⽤户名，123456为密码给新⽤户授权grant create session to C##test;grant create table to C##test;grant create tablespace to C##test;grant create view to C##test;切换⾄查到的某个PDB容器(上⾯查到的是PDBORCL)注意使⽤这个命令需要的sysdba级别的权限，否则⽆法执⾏,切换后才可使⽤当前pdb的私有⽤户进⾏操作,12c数据库创建完成后，默认情况下使⽤sqlplus / as sysdba 登录连接的是CDB。

oracle12c创建可插拔数据库（PDB）与用户详解

oracle12c创建可插拔数据库（PDB）与⽤户详解前⾔由于oracle 12c使⽤了CDB-PDB架构，类似于docker，在container-db内可以加载多个pluggable-db，因此安装后需要额外配置才能使⽤。

⼀、修改listener.ora , tnsnames.ora###listener.ora###LISTENER =(DESCRIPTION =(ADDRESS = (PROTOCOL = TCP)(HOST = localhost)(PORT = 1521))(CONNECT_DATA = (SERVICE_NAME = orcl)))#sid list列举cdb和所有pdb的数据库名，所有sid与oracle环境变量保持⼀致#SID_LIST_LISTENER =(SID_LIST =(SID_DESC =(GLOBAL_DBNAME = orcl) #cdb db_name(SID_NAME = orcl))(SID_DESC =(GLOBAL_DBNAME = pdborcl) #pdb db_name(SID_NAME = orcl)))###listener.ora#####tnsnames.ora####cdborcl =(DESCRIPTION =(ADDRESS_LIST =(ADDRESS = (PROTOCOL = TCP)(HOST = localhost)(PORT = 1521)) )(CONNECT_DATA =(SERVICE_NAME = orcl) #cdb的db_name))#pdbpdborcl =(DESCRIPTION =(ADDRESS_LIST =(ADDRESS = (PROTOCOL = TCP)(HOST = localhost)(PORT = 1521)))(CONNECT_DATA =(SERVICE_NAME = pdborcl) #pdb的db_name))##tnsnames.ora###在客户端连接时使⽤“service_name+domain_name”连接。

PDB数据库简介

PDB数据库简介
精品课件
生物数据库的种类
精品课件
生物数据库的种类
➢序列数据库
• 核酸序列数据库 (EMBL、GenBank、DDBJ) • 常用蛋白质序列数据库(Swissprot,PIR)
➢结构数据库
• 蛋白质结构数据库( PDB ) • 蛋白质分类数据库(SCOP、CATH )
➢其它数据库
精品课件
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PDB数据库的详细字段说明
精品课件
PDB数据库的详细字段说明
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详细信息
精品课件
三维结构
配体小分子
β-折叠
α-螺旋
精品课件
三、结构模型显示
生物大分子三维立体结构显示的软件：PyMol、 RasMol、Chimera、VMD、Swiss-PdbViewer等
通过这些软件可以对此三维结构进行查看、编辑，进一步应用于研究。
Protein Data Bank
蛋白质结构数据库
/pdb/home/home.d o
精品课件
一、基本概况
➢ 美国Brookhaven实验室1971年建立的大分子结构数据库,PDB蛋白质晶体结构资料数据库 (Protein Date Bank)。
➢ PDB数据库的维护由结构生物信息学研究合作组织 (Research Collaboration for Structural Bioinformatics,RCSB) 负责。
精化搜索结果
精品课件
相关介绍
下载氨基酸序列及二级结构的信息
配体不同
分辨率不同
精品课件
PDB数据库文件
包括分子类别、发布日期，PDB-ID
关键字列表测定结构所用的试验方法

PDB数据库中查找蛋白质结构数据

PDB数据库中查找蛋白质结构数据PDB数据库中查找蛋白质结构数据1.引言- 背景介绍- 目的说明2.数据来源- PDB数据库简介- 数据收集方式- 数据质量评估3.数据检索- 数据检索接口介绍- 检索条件说明- 高级检索技巧4.数据- 数据接口介绍- 文件格式- 批量技巧5.数据解析与分析- 常用解析工具介绍- 解析数据格式说明- 数据处理与分析方法6.数据可视化- 数据可视化工具介绍- 数据可视化方法与技巧 - 图表与解释7.应用案例- 蛋白质结构预测- 蛋白质功能预测- 药物设计与筛选8.结果展示与讨论- 数据统计与分析结果展示 - 结果解读与讨论- 结果的局限性与改进方向9.结束语- 总结本文的主要内容- 对未来的展望与建议附件：1.数据检索和操作手册2.数据解析和分析工具列表3.数据可视化工具使用指南4.应用案例数据集示例法律名词及注释：1.PDB数据库：蛋白质数据银行（Protein Data Bank）是一个存储蛋白质、核酸和其他生物大分子结构数据的公共数据库。

2.数据检索接口：指数据库提供的用于用户查询所需数据的接口，通过指定检索条件从数据库中获得相应数据。

3.数据接口：指数据库提供的用于用户获取数据文件的接口，用户可以根据需要选择格式和数据量。

4.数据解析工具：用于将数据文件转换成可读性更高、易于分析的格式的软件或脚本。

5.数据可视化工具：用于将数据转化为可视化图表或图像的软件或库，提供更直观的数据展示效果。

PDB数据库.ppt

胺基酸序列的來源─UNIPROT da胺ta基ba酸se序列 232個胺基酸的序列
Identification of helical substructures.
Identification of sheet substructures.
Identification of turns and other short loop turns which normally connect
First line of the entry, contains PDB ID code, classification, and date of deposition.
Description of macromolecular contents of the entry.
List of keywords describing the macromolecule. Experimental technique used for the structure
other secondary structure segments.
胺基酸 X軸的座標 Y軸的座標 Z軸的座標
出現的原子
胺基酸位置
Chain terminator.
Structure Details → Description、Polymer Type、Formula Weight、Ligands Protein Details → UniProt Information、EC number、Associated Pathways
Protein Data Bank
/pdb/home/home.do
取材自葉雅玲
PDB (Protein Data Bank)
•蛋白質資料銀行，收集了全世界利用核磁共振、 X-ray繞射實驗、理論模擬所解出來的蛋白質和 DNA的三度空間立體結構

蛋白质pdb

蛋白质pdb
蛋白质结构数据库(ProteinDataBank,简称PDB)是美国纽约Brookhaven国家实验室于1971年创建的。

为适应结构基因组和生物信息学研究的需要，1998年10月由美国国家科学基金委员会、能源部和卫生研究院资助，成立了结构生物学合作研究协会(ResearchCollaboratoryforStructuralBioinformat，ics,简称RCSB)。

PDB数据库改由RCSB管理，目前主要成员为拉特格斯大学(RutgersUniversity)、圣地亚哥超级计算中心(SanDiegoSupercomputerCen，ter,简称SDSC)和国家标准化研究所(NationalInsti，tutesofStandardsandTechnology,简称NIST)。

和核酸序列数据库一样，可以通过网络直接向PDB数据库提交数据。

PDB是目前最主要的收集生物大分子(蛋白质、核酸和糖)2.5维（以二维的形式表示三维的数据）结构的数据库，是通过X射线单晶衍射、核磁共振、电子衍射等实验手段确定的蛋白质、多糖、核酸、病毒等生物大分子的三维结构数据库。

随着晶体衍射技术的不断改进，结构测定的速度和精度也逐步提高。

90年代以来，随着多维核磁共振溶液构象测定方法的成熟，使那些难以结晶的蛋白质分子的结构测定成为可能。

蛋白质分子结构数据库的数据量迅速上升。

据2000年5月统计，PDB数据库中已经存放了1万2千多套原子坐标，其中大部分为蛋白质，包括多肽和病毒。

此外，还有核
酸、蛋白和核酸复合物以及少量多糖分子。

核酸三维结构测定进展迅速。

PDB数据库中已经收集了800多套核酸结构数据。

药效基团及三维结构数据库

Muegge等提出了一种基于药效基团过滤（pharmcophore point fliter）的方法来鉴别化合物的类药性，药效基团包括胺、氨基化合物、醇、酮、砜、磺胺基、羧酸基、氨基甲酸、胍、脒、脲、酯。
药效基团过滤模型I （pharmcophore point fliter I）的方法用来区别药物和非药物分子，基本的规则包括：
§7.3 药效基团及三维结构数据库搜寻
药效基团（3D-Pharmacophore）指这些在药物分子识别中起重要作用的原子和基团及它们的三维空间排列。药效基团模型间接给出了受体活性结合口袋的形状、静电以及构象特征经典的药效基团包括氢键供体、氢键受体、带电或离子基团、疏水基团、芳香基团以及这些原子或基团的空间距离、角度和二面角等几何限制等
（2）配体集的大小大多数方法一般只处理分子数少于100的配体集，如 HipHop、HypoGen、MPHIL和RAPID；有一种方法从众多的小分子中提炼出一个较小的分子集，通过对小分子的活性进行排序，选择活性最好的一部分小分子，这种方法的缺点就是忽略了不少小分子并且影响很大。 SCAMPI方法是一种从1000－2000个配体中构建药效基团的方法。
162,609 3,425
现有供查询的免费化合物数据库
数据库名称 CCDC Cambridge Crystallographic Data Center 3D Molecular Modeling Database, Tokyo University NCI Drug Information System 3D Database, National Cancer Institute NCI Database 化合物数 272,000 网址 /
PDB数据库以文本文件的方式存放数据，每个分子各用一个独立的文件。除了原子坐标外，还包括物种来源、化合物名称、结构递交者以及有关文献等基本注释信息。此外，还给出分辨率、结构因子，温度系数、蛋白质主链数目、配体分子式、金属离子、二级结构信息、二硫键位置等和结构有关的数据。

生物大分子空间结构数据库(PDB)简介

生物大分子空间结构数据库(PDB)简介
王三山
【期刊名称】《生命的化学》
【年(卷),期】1991(11)2
【摘要】随着分子生物学的迅速发展,生物大分子结构与功能关系的研究成为当代生物化学的热点之一。

越来越多的研究者对于核酸、蛋白质及其它生物大分子的空间结构的兴趣与日俱增。

仅仅对于生物大分子立体结构的笼统描述已经不能满足研究人员的需要,为了深入了解诸如酶与底物相互作用等问题的确切图象。

【总页数】3页(P13-15)
【关键词】生物大分子;空间结构;数据库;PDB
【作者】王三山
【作者单位】中国科学院上海生物化学研究所
【正文语种】中文
【中图分类】Q71
【相关文献】
1.蛋白质数据库(PDB)在基础生物化学课程教学中的应用 [J], 张斌;黄伟伟
2.IPET:测定独个生物大分子三维空间结构的实验方法 [J], 张腾;彭云辉;童慧
敏;Matthew J Rames;张磊;任罡
3.生物大分子数据库的现状及发展趋势 [J], 曲春旭;来鲁华;等
4.生物大分子"液–液相分离"调控染色质三维空间结构和功能 [J], 高晓萌; 张治华
5.浙江大学化学生物和药物研究所基因药物与生物大分子研究室简介 [J],
因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。

药物综合数据库PDB

有效使用PDB
• 信息模块简要介绍
• 如何设定条件精准检索国内重要城市医院市场信息？ • 如何有效分析国内品种产量及企业主营业务收入，利润？ • 如何检索历年全球畅销药数据？ • 如何查阅全球药品研发基本面信息？ • 其他
市场信息更新提示窗口登录窗口
药品基础信息：基础信息：基本介绍、合成工艺、制剂配方、临床开发、知识产权、市场动态、药品标准、药品说明书、行保事项、药典涵盖情况、基本药物与医保、国内新药批准情况等
切换视图的表现方式：如柱状图，饼图，面积图，气泡图等标签显示：选择是否将数字标记在图表上检索条件：输入需要检索的信息，完成所需的分析功能导出图表
有效使用PDB
• 信息模块简要介绍 • 如何设定条件精准检索国内重要城市医院市场信息？
• 如何有效分析国内品种产量及企业主营业务收入，利润？
• 如何检索历年全球畅销药数据？ • 如何查阅全球药品研发基本面信息？ • 其他
网址：
PDB 可以帮助您：
• 监控国内22城市重点医院药品销售，帮您及时洞悉市场用药格局及增长 • 监控国内5000家医药工业企业原料药、制剂产量产值 • 监控国内4000家企业基本财务情况（包括上市及非上市企业的主营业务
收入、利润） • 监控历年全球畅销药（销售额前500前）产品目录及销售额 • 监控国外上市的药物品种，进入I/II/III期临床试验的品种 • 更多……
选中“国内生产情况”模块。
在药品中文名中输入“阿莫西林” ，设置年份 2011，结果出现 140 条信息，显示了各个企业 2011 年的原料药、制剂产量信息。多于 75 条的信息需要点击下一页翻看。
选中“企业”模块，可查询到国内外制药企业的财务信息和基本资料。具体查询方法如下：输入企业关键字，模糊查询，设查询方式“like”,例如需要查询江苏恒瑞医药股份时，首先输入“恒瑞”。而后点击检索，查询结果页面如图。第三排为江苏恒瑞医药股份有限公司。点击“详细信息”，进入企业基本资料和财务信息页面。

蛋白质结构 pdb

蛋白质结构 pdb蛋白质结构PDB：探究生命的奥秘蛋白质是构成生命体的重要组成部分之一，具有多种生物功能。

了解蛋白质的三维结构对于理解其生物学功能和药物设计等方面具有重要意义。

而蛋白质数据库(PDB)则是全球范围内最重要的蛋白质结构数据库，为研究者提供了海量的蛋白质结构数据资源。

一、蛋白质结构的重要性蛋白质是生命体的重要组成部分之一，不仅仅是构成细胞和组织的基础，还具有多种生物学功能，如酶催化、信号传导、运输等。

蛋白质的生物功能与其结构密切相关，而蛋白质结构的研究也是生命科学的重要研究方向之一。

了解蛋白质的三维结构不仅有助于我们理解其生物学功能，而且还可以为药物设计提供参考。

二、蛋白质结构研究的方法主要的蛋白质结构研究方法包括：X射线晶体学、核磁共振、电子显微镜等。

其中，X射线晶体学是目前最常用的蛋白质结构研究方法，可以得到高分辨率的蛋白质结构信息。

三、蛋白质数据库PDB蛋白质数据库(PDB)是全球范围内最重要的蛋白质结构数据库。

该数据库由全球多个国家和地区的研究机构共同维护，包含了大量的蛋白质结构数据。

在PDB中，每个蛋白质结构都有一个唯一的标识符，称为PDB ID。

以PDB ID为索引，可以在PDB数据库中找到对应的蛋白质结构数据。

四、PDB的应用PDB数据库提供了海量的蛋白质结构数据资源，为研究者开展蛋白质结构研究和药物设计提供了重要的支持。

利用PDB数据库，研究者可以进行蛋白质结构分析、构建蛋白质结构模型、设计药物分子等。

此外，PDB数据库还提供了一些常用的工具和软件，如Pymol、Chimera等，方便研究者进行蛋白质结构分析和可视化。

五、结语蛋白质结构是生命体的重要组成部分之一，了解其结构对于理解其生物学功能和药物设计等方面具有重要意义。

蛋白质数据库PDB则是全球范围内最重要的蛋白质结构数据库，为研究者提供了海量的蛋白质结构数据资源。

通过利用PDB数据库，研究者可以深入探究生命的奥秘，为人类的健康和生命科学的进步做出贡献。

PDBsum数据库查询

um是可视化的
PDB网址：/pdb(美国)
PDBsum网址：/thornton-srv/databases/pdbsum/
输入蛋白质 PDB代码
搜索关键词
输入序列查询

查询胰岛素（Insulin）的蛋白质结构
/thornton-srv/databases/cgibin/pdbsum/GetPage.pl?doc=TRUE&pdbcode=n/a &template=doc_about.html
以文本格式存放数据包括原子坐标物种来源测定方法提交者信息一级结构二级结构等
PDBsum数据库查询
PDB与PDBsum
PDB（protein data bank） 1. 目前最主要的蛋白质分子结构数据库； 2. 1970年代建立，美国Brookhaven国家实验室维护管理; 3. 1988年，由美国RCSB(research collaboratory for structural biology)管理； 4. 以文本格式存放数据，包括原子坐标、物种来源、测定方法、提交者信息、一级结构、二级结构等； PDBsum数据库 PDBsum数据库：PDB注释信息综合数据库，具有检索、分析、可视化的功能。（已移至EBI）英国伦敦大学开发的 /bsm/pdbsum/数据库是基于网络的PDB 注释信息综合数据库。用于对PDB数据库的检索。使用十分方便。它将 RasMol、CN3D等分子图形软件综合在一起，同时具有分析和图形显示功能。

cdb和pdb

cdb和pdbOracle 12C引⼊了CDB与PDB的新特性，在ORACLE 12C数据库引⼊的多租⽤户环境（Multitenant Environment）中，允许⼀个数据库容器（CDB）承载多个可插拔数据库（PDB）。

CDB全称为Container Database，中⽂翻译为数据库容器，PDB全称为Pluggable Database，即可插拔数据库。

在ORACLE 12C之前，实例与数据库是⼀对⼀或多对⼀关系（RAC）：即⼀个实例只能与⼀个数据库相关联，数据库可以被多个实例所加载。

⽽实例与数据库不可能是⼀对多的关系。

当进⼊ORACLE 12C后，实例与数据库可以是⼀对多的关系。

下⾯是官⽅⽂档关于CDB与PDB的关系图。

CDB组件（Components of a CDB）⼀个CDB数据库容器包含了下⾯⼀些组件： ROOT组件 ROOT⼜叫CDB$ROOT, 存储着ORACLE提供的元数据和Common User,元数据的⼀个例⼦是ORACLE提供的PL/SQL包的源代码，Common User 是指在每个容器中都存在的⽤户。

SEED组件 Seed⼜叫PDB$SEED,这个是你创建PDBS数据库的模板，你不能在Seed中添加或修改⼀个对象。

⼀个CDB中有且只能有⼀个Seed. 这个感念，个⼈感觉⾮常类似SQL SERVER中的model数据库。

PDBS CDB中可以有⼀个或多个PDBS，PDBS向后兼容，可以像以前在数据库中那样操作PDBS，这⾥指⼤多数常规操作。

这些组件中的每⼀个都可以被称为⼀个容器。

因此，ROOT(根)是⼀个容器，Seed(种⼦)是⼀个容器，每个PDB是⼀个容器。

每个容器在CDB中都有⼀个独⼀⽆⼆的的ID和名称。

怎么查看数据库是否为CDB？执⾏下⾯这条语句： select CDB from v$database; 如果得到的结果为YES，那么就是CDB的数据库，否则，则不是。

HBPDB数据库使用手册.

HBPDB数据库使用手册欢迎使用人类脑蛋白质数据库HBPDB，用户使用手册包括以下方面：1、HBPDB数据库功能简介2、HBPDB的界面简介3、HBPDB运行环境4、HBPDB数据库查询方法5、HBPDB查询结果说明1、HBPDB数据库功能简介人类脑蛋白质数据库HBPDB整合了UNIPROT，GO，KEGG等蛋白质数据库、基因分类数据库以及通路数据库的信息，构成了一个全面的，非冗余的人类脑蛋白质数据库，和Alzheimer、Parkinson相关的脑蛋白，并分析脑蛋白相关的基因功能分类及其在各通路上的相关作用与功能。

使用HBPDB不仅可以直接使用脑蛋白的信息查询数据库中记录的人类脑蛋白，还可以通过GO，KEGG，疾病查询相关的脑蛋白。

HBPDB同时提供数据下载，为生物学家研究脑蛋白和与Alzheimer、Parkinson相关的脑蛋白分析提供了便捷。

HBPDB的访问网址为：/brainprotein2、HBPDB的界面简介2.1HOME界面介绍人类脑蛋白质数据库HBPDB的主要特点、数据库构成和功能。

HDPDB提供四种查询方式，可以通过蛋白、GO、KEGG和疾病查询，通过SEARCH, PATHWAY, GENE ONTOLOGY, DISEASE进入查询界面。

2.1.1SEARCH界面提供四种查询方式，分别是蛋白名（Protein ID），蛋白记录号（Proteinaccession）, 关键字（Key Word），数据库（Database Name）。

（具体查询方法见4、HBPDB数据库查询方法）。

2.1.2PATHWAY界面提供四种查询方式，分别是基因名（Gene ID），蛋白记录号（Proteinaccession）, PATHWAY号（Pathway ID），关键字（Key Word），并提供了所有pathway 上人脑蛋白的查询功能。

（具体查询方法见4、HBPDB数据库查询方法）。

2.1.3GENE ONTOLOGY界面提供四种查询方式，分别是GO号（GO ID），蛋白记录号（Protein accession）, 关键字（Key Word），GO分类树（Ontologies），并提供了按GO层数查询人脑蛋白的功能。

pdb---百度百科

pdb百科名片PDB文件物理结构PDB文件物理结构在我们目前使用的掌上电脑中，Palm操作系统由于其功能强大、应用软件多等特点，占有很大的比例。

PDB文件是Palm OS操作系统上数据文件类型。

一般我们在使用Palm系统的电子书时都会遇到这种文件，一般用于电子书或手机电子书 pdb是Palm DataBase的缩写,Palm OS所用文件的扩展名为.pdb。

还表示碳氧同位素标准样品以及可编程延迟模块，是DSP中的一种模块，可以用来计数和延时。

目录PDB文件阅读器文件的结构1. PDB文件组成2. PDB文件文件头3. PDB文件记录入口4. AppInfo和SortInfo结构碳氧同位素标准样品在计算机数据手册中含义PDB文件阅读器文件的结构1. PDB文件组成2. PDB文件文件头3. PDB文件记录入口4. AppInfo和SortInfo结构碳氧同位素标准样品在计算机数据手册中含义.NET Framework PDB文件PDB—Protein Data Bank—蛋白质数据库?展开编辑本段PDB文件阅读器可以使用PalmReader打开。

如果想把PDB文件转换成TXT文件查看，可以使用WavePDB转。

一. 设计思路PC端的PDB文件查看软件不多，PDBingo1.504是英文界面，中文内容也显示不出，这样就很不方便。

并且一些电子图书也只能在模拟器上看，如果碰到不同内码的汉字更是麻烦，鉴于此，我利用工作之余写了这个免费程序，方便各位朋友查看PDB文件结果和查看电子图书，希望我的劳动能给各位带来方便。

二. 功能介绍1. 查看PDB文件头信息，可以修改名称，模拟器不支持中文PDB名称文件使用此功能修改比较方便；2. 查看所有记录，并显示各个记录的偏移地址、长度、属性、标识等信息；3. 记录可以分文本方式、十六进制单记录以及浏览全部方式查看，并可以快速定位；4. 可以浏览标准的电子书文件(包括压缩格式)；5. 可以转换BIG5的电子书为GB格式；6. 可以转换GB的电子书为BIG5格式；7. 可以设置、保存看书的前后景颜色和字体；8. 可以保存PDB文件内容到文本文件；三. 软件特点1. 完全免费；2. 完全支持中文；3. 软件支持文件拖拽，拖住PDB文件往里扔即可显示该文件信息；四. 程序下载：见扩展阅读编辑本段文件的结构下面着重分析该文件的结构，及其在PC机上生成的方法。

pdb数据库蛋白结合位点

PDB数据库中蛋白结合位点通常由一系列氨基酸残基组成，这些残基能够与其他分子发生相互作用。

根据蛋白结合位点的性质和功能，可以将其分为以下几类：
1.基质结合位点：用于结合小分子基质，如药物、阳离子等。

这些位点通常位于
蛋白质的凹陷区域，通过非共价键或离子键与基质相互作用。

2.蛋白结合位点：用于结合其他蛋白质。

这些位点通常位于蛋白质的表面区域，
通过非共价键形成蛋白质间的相互作用。

3.DNA/RNA结合位点：用于结合DNA或RNA分子。

这些位点通常位于蛋白
质的凹陷区域，通过氢键、离子键或范德华力与核酸相互作用。

4.金属结合位点：用于结合金属离子。

这些位点通常由蛋白质中的残基提供配位
位点，通过配位键与金属离子相互作用。

在PDB数据库中，可以通过相关工具和软件（如Discovery Studio等）来识别和定义蛋白结合位点，进而进行分子对接和打分等研究。