生物信息学实验报告
西 安 交 通 大 学 实 验 报 告 生物信息学
课程生物信息学实验名称核酸和蛋白质序列数据的使用系别实验日期：专业班级组别交报告日期：姓名学号报告退发：（订正、重做）同组人无教师审批签字：实验目的：了解常用的序列数据库，掌握基本的序列数据信息的查询方法。
实验步骤：在序列数据库中查找某条基因序列（insulin人的），通过相关一系列数据库的搜索、比对与结果解释实验结果：1.该基因的功能是？DNA结合、RNA结合、雄激素受体结合、酶结合、蛋白结合、转录激活活性、转录调控区的DNA结合、微管蛋白结合、泛素蛋白与连接酶结合、泛素蛋白连接酶的活性、提高泛素蛋白连接酶的活性、锌离子结合3. 该蛋白质有没有保守的功能结构域该蛋白质有保守的功能结构域。
分别为cd00027（Location:1763 –1842 Blast Score: 107）cd00162（Location:23 –68 Blast Score: 134）pfam04873（Location:655 –978 Blast Score: 1301）pfam12820（Location:344 –507 Blast Score: 809）pfam13923（Location:20 –65 Blast Score: 135）4. 该蛋白质的功能是怎样的？①E3泛素蛋白连接酶，专门介导L YS-6'-联泛素链的形成，并通过促胞对DNA损伤的反应，在DNA修复中起着核心的作用；目前还不清楚是否也介导其他类型的泛素链形成。
E3泛素蛋白连接酶的活性是其抑癌能必需的。
②BARD1- BRCA1异源二聚体协调各种不同的细胞通路，如DNA损伤修复，泛素化和转录调控，以维持基因组稳定性。
③调节中心体微核。
④从G2到有丝分裂的正常细胞周期进程所必需的。
⑤参与转录调控在DNA损伤反应中的P21。
⑥为FANCD2靶向DNA损伤位点所需。
⑦可以用作转录调控因子。
⑧绑定到ACACA 和防止其去磷酸化，抑制脂质合成。
生物信息学实训报告范文
一、实训背景随着生物科学和信息技术的发展，生物信息学作为一门新兴交叉学科，已成为生物科学研究的重要组成部分。
为了提高学生对生物信息学理论与实践的结合能力，我们学院特开设了生物信息学实训课程。
本次实训旨在通过实际操作，让学生深入了解生物信息学的基本原理、常用工具和数据分析方法，培养学生的实验技能和科研思维。
二、实训目标1. 理解生物信息学的基本概念、研究内容和应用领域。
2. 掌握生物信息学常用工具的使用方法，如BLAST、Clustal Omega、MEGA等。
3. 学会利用生物信息学方法进行基因序列分析、蛋白质结构预测和功能注释。
4. 提高实验操作技能和科研思维能力。
三、实训内容本次实训共分为三个部分：理论学习、实验操作和项目实践。
（一）理论学习1. 生物信息学基础：介绍生物信息学的定义、发展历程、研究内容和方法。
2. 生物序列分析：讲解基因序列、蛋白质序列的基本概念，以及序列比对、序列聚类等分析方法。
3. 蛋白质结构预测：介绍蛋白质结构预测的基本原理和方法，如同源建模、折叠识别等。
4. 功能注释：讲解基因和蛋白质的功能注释方法，如基于序列的注释、基于结构的注释等。
（二）实验操作1. 序列比对：使用BLAST工具进行序列比对，分析序列的同源性。
2. 序列聚类：使用Clustal Omega工具进行序列聚类，分析序列的进化关系。
3. 蛋白质结构预测：使用MEGA工具进行蛋白质结构预测，分析蛋白质的三维结构。
4. 功能注释：使用Gene Ontology（GO）数据库进行基因和蛋白质的功能注释。
（三）项目实践1. 基因组注释：以某物种基因组为研究对象，进行基因预测和功能注释。
2. 蛋白质相互作用网络构建：以某物种蛋白质组为研究对象，构建蛋白质相互作用网络，分析蛋白质之间的相互作用关系。
四、实训过程1. 准备阶段：学生通过查阅资料、阅读文献，了解实训内容，并提前学习相关软件的使用方法。
2. 实验阶段：在教师的指导下，学生进行实验操作，完成实训任务。
生物信息实训报告总结
摘要：随着生物科学的快速发展，生物信息学作为一门新兴交叉学科，日益受到广泛关注。
为了提高自身在生物信息学领域的实践能力，我参加了为期两周的生物信息实训。
本次实训旨在通过实际操作，加深对生物信息学基本原理和方法的了解，提高数据处理和分析能力。
以下是对本次实训的总结。
一、实训目的1. 熟悉生物信息学的基本概念和原理；2. 掌握生物信息学常用工具和软件的使用；3. 提高生物信息数据分析能力；4. 培养团队协作精神和沟通能力。
二、实训内容1. 生物信息学基础知识学习：通过查阅相关资料，学习生物信息学的基本概念、原理和方法。
2. 工具和软件学习：学习并熟练使用生物信息学常用工具和软件，如BLAST、Clustal Omega、MEGA等。
3. 数据处理和分析：对实际生物信息学数据进行分析，如基因序列比对、进化树构建、基因表达分析等。
4. 项目实践：分组进行生物信息学项目实践，完成一个完整的生物信息学分析流程。
三、实训过程1. 第一周：学习生物信息学基础知识，了解生物信息学的研究领域和发展趋势。
2. 第二周：学习生物信息学常用工具和软件，进行数据处理和分析。
3. 第三周：分组进行项目实践，完成一个完整的生物信息学分析流程。
4. 第四周：撰写实训报告，总结实训过程中的收获和不足。
四、实训收获1. 理论知识方面：通过实训，我对生物信息学的基本概念、原理和方法有了更深入的了解，为今后从事生物信息学研究奠定了基础。
2. 工具和软件方面：熟练掌握了BLAST、Clustal Omega、MEGA等生物信息学常用工具和软件，提高了数据处理和分析能力。
3. 实践能力方面：通过项目实践，我学会了如何运用所学知识解决实际问题，提高了自己的实践能力。
4. 团队协作和沟通能力方面：在实训过程中，与团队成员共同完成项目，提高了团队协作和沟通能力。
五、不足与改进1. 实训过程中，对部分生物信息学工具和软件的使用还不够熟练，需要加强学习和实践。
生物信息学分析实验报告
1、分别写出2010年以来，国际上与Ovarian cancer、Breast cancer、Leukemia相关的文献有多少篇？写出3篇研究性论文标题和摘要，写出5篇综述性论文标题和摘要；数据库：科学引文索引数据库(SCI：Science Citation Index)与Ovarian cancer相关的文献有11,303篇与Breast cancer相关的文献有56,209篇与Leukemia相关的文献有32,912篇综述性论文标题和摘要1.Hemochromatosis and ovarian cancer摘要:Evaluation of: Gannon PO, Medelci S, Le Page C et al. Impact of hemochromatosis gene (HFE) mutations on epithelial ovarian cancer risk and prognosis. Int. J. Cancer 128(10), 2326-2334 (2011). The frequency of two mutations (C282Y and D62H) of the hemochromatosis gene were investigated in women with ovarian cancer. A single allele mutation of the C282Y but not the H63D gene product was detected in 8-9% of women with benign ovarian tumors (n = 124) and ovarian cancers (n = 360) compared with 2.5% for controls (n = 80) representing a 4.9-fold increase in risk.With high-grade serous ovarian cancers (n = 179), the survival rate of women with a single allele C282Y mutation was reduced from 39 to 19 months. These results implicate mutations of the hemochromatosis gene in the generation and severity of ovarian cancers, which may have prognostic value.2.Differences between women who pursued genetic testing for hereditary breastand ovarian cancer and their at-risk relatives who did not.摘要: Purpose/Objectives: To (a) examine differences in appraisals of hereditary breast and ovarian cancer (HBOC), psychological distress, family environment, and decisional conflict between women who pursued genetic testing and their at-risk relatives who did not, and (b) examine correlations among appraisals of HBOC, psychological distress, family environment, and decisional conflict regarding genetic testing in these two cohorts of women.Design: Descriptive, cross-sectional cohort study.Setting: Two clinics affiliated with a major research university in the midwestern United States.Sample: 372 women aged 18 years and older. 200 pursued genetic testing for BRCA1 and BRCA2 mutations (probands) and 172 of their female relatives who had a greater than 10% prior probability of being a mutation carrier but had not pursued testing.Methods: After providing informed consent, probands and relatives were mailed self-administered questionnaires.Main Research Variables: Perceived risk, knowledge of HBOC risk factors and modes of gene inheritance, perceived severity, perceived controllability, psychological distress, family relationships, family communication, and decisional conflict about genetic testing.Findings: T tests revealed that probands perceived higher risk and had more psychological distress associated with breast cancer.Probands had more knowledge regarding risk factors and gene inheritance, and greater decisional conflict regarding genetic testing. Relatives reported higher perceived severity and controllability.No differences were observed in family relationships and family communication between probandsand relatives. Pearson correlations revealed different patterns in knowledge, perceived controllability, family relationships, and decisional conflict between probands and relatives.Conclusions: Significant differences exist between women who pursue genetic testing and those who do not. The family environment influences adjustment to HBOC and decisions about genetic testing.Implications for Nursing: Enhancing the family communication process about HBOC can provide informational and emotional support to high-risk women and promote decision making about genetic testing.3.Incidence and mortality in epithelial ovarian cancer by family history of anycancer摘要: Practically all data on familial risk in ovarian and other cancers are based on incident cancer, whereas familiality in cancer mortality is largely unknown. If fatal forms of cancer are a highly familial subtype, then familial risk for mortality may exceed that of incidence, which is relevant for clinical decision making and counseling. Ovarian cancer patients in the nationwide Swedish Family Cancer Database were classified according to fatal and nonfatal (incident) family history. Familial risks for incident and fatal ovarian cancer were calculated for offspring based on their parental or sibling family history of any cancer using standardized incidence ratios (SIRs) for incidence and standardized mortality ratios (SMRs) for mortality. Offspring without family history were referents. The database included 24,757 mothers and 8138 daughters with ovarian cancer. When a mother had ovarian cancer, the SIR for incident ovarian cancer in daughters was 2.69, and when a sister had ovarian cancer it was 3.49. The SMRs for fatal cancer by fatal cancer in probands were 3.39 and 5.80, respectively. For fatal serous cancers among siblings, the SMR was 6.16, compared with 10.01 for the endometrioid type. Ovarian cancer was associated with maternal (SIR, 1.22; SMR, 1.56) and sororal breast cancer (SIR, 1.27). Another discordant association was between ovarian and paternal prostate cancer (SIR, 1.12; SMR, 1.66). Fatal familial risks were higher for concordant ovarian, ovarian-breast, and ovarian-prostate cancers than the corresponding incident risks. This may suggest that highly fatal subtypes exist for these cancers, calling for genetic dissection. Cancer 2011. 2011 American Cancer Society. Copyright 2011 American Cancer Society.4.Knock-down of amphiregulin inhibits cellular invasion in inflammatory breastcancer.摘要: We have previously shown that SUM-149 human breast cancer cells require an amphiregulin (AREG) autocrine loop for cell proliferation. We also demonstrated that AREG can increase epidermal growth factor receptor (EGFR) stability and promote EGFR localization to the plasma membrane. In the present studies we successfully knocked-down AREG expression in SUM-149 cells by lentiviral infection of AREG shRNA. In the absence of AREG expression, SUM-149 cell growth was slowed, but not completely inhibited. Furthermore, cells infected with AREG shRNA constructs showed an increase in EGFR protein expression by Western blot. Immunofluorescence and confocal microscopy showed that following AREG knock-down, EGFR continued to localize to the cell surface. Soft agar assays demonstrated that AREG knock-down cells retain anchorage-independent growth capacity. Additionally mammosphere forming assays and Adefluor staining analysis showed that knock-down of AREG expression did not affect the expression of stem cell phenotypes. However, following AREG knock-down, SUM-149 cells demonstrated a dramatic decrease in their ability to invade a Matrigel matrix. Consistent with this observation,microarray analysis comparing cells infected with a non-silencing vector to the AREG knock-down cells, identified genes associated with the invasive phenotype such as RHOB and DKK1, and networks associated with cell motility such as integrin-linked kinase signaling, and focal adhesion kinase signaling. AREG was also found to modulate WNT and Notch signaling in these cells. Thus, AREG functions in regulating the invasive phenotype, and we propose that this regulation may be through altered signaling that occurs when AREG activates plasma membrane localized EGFR. J.Cell. Physiol. 226: 2691-2701, 2011. 2011 Wiley-Liss, Inc. Copyright 2011 Wiley-Liss, Inc.5.Prognostic impact of c-KIT mutations in core binding factor acute myeloidleukemia.摘要: This study sought to define the prognostic impact of c-KIT mutations in core binding factor acute myeloid leukemia (CBF AML) patients. A total of 116 patients diagnosed as CBF AML in Asan Medical Center from January 1999 to May 2010 were enrolled in this study. We applied melting curve analyses and direct sequencing methods to confirm c-KIT mutations in exon 17 (mutKIT17) and exon 8 (mutKIT8). Of the total 116 patients, mutKIT17 were found in 36 (31%) and mutKIT8 were found in 7 (6%). In patients with t(8;21), prognosis was significantly poorer in those with mutKIT17 compared to those without the mutation. This difference was limited to adults. In patients with inv(16), there was no prognostic impact of c-KIT mutations. Therefore, an analysis of mutKIT17 in adult CBF AML patients with t(8;21) is recommended as a means to predict prognosis. Copyright 2011 Elsevier Ltd. All rights reserved.研究性论文标题和摘要1. Prolactin increases survival and migration of ovarian cancer cells: Importance ofprolactin receptor type and therapeutic potential of S179D and G129R receptor antagonists.摘要: Variably-spliced prolactin receptors (PRLRs) and PRL are expressed by the ovarian cancer cell lines, TOV-112D, OV-90 and TOV-21G. Incubation in the PRLR antagonists, G129R- or S179D-PRL, or anti-PRL reduced cell number, indicating a functional autocrine PRL growth loop. Added PRL promoted, and the antagonists decreased, cell migration. When cells were stressed, added PRL decreased apoptosis and increased survival, and the antagonists had the opposite effect. Cells expressing higher long:short PRLR ratios had increased growth, survival and migration in response to PRL. Results suggest that PRLR antagonists may be therapeutically beneficial in ovarian cancer. Copyright 2011 Elsevier Ireland Ltd. All rights reserved2. (R)-FTY720 methyl ether is a specific sphingosine kinase 2 inhibitor: Effect onsphingosine kinase 2 expression in HEK 293 cells and actin rearrangement and survival of MCF-7 breast cancer cells摘要:Sphingosine kinase 2 (SK2) catalyses the conversion of sphingosine to the bioactive lipid sphingosine 1-phosphate (Si P). We report here, the stereospecific synthesis of an analogue of FTY720 called (R)-FTY720-OMe, which we show is a competitive inhibitor of SK2. (R)-FTY720-OMe failed to inhibit sphingosine kinase 1 activity, thereby demonstrating specificity for SK2. Prolonged treatment of HEK 293 cells with (R)-FTY720-OMe also induced a reduction in SK2 expression. In addition. (R)-FTY720-OMe inhibited DNA synthesis and prevented S1P-stimulated rearrangement of actin in MCF-7 breast cancer cells. These findings demonstrate that SK2 functions as a pro-survival protein and is involved in promoting actin rearrangement into membrane ruffles/lamellipodia inresponse to SIP in MCF-7 breast cancer cells. (C) 2011 Elsevier Inc. All rights reserved3.The BH3-only protein Noxa is stimulated during apoptosis of chronic lymphocyticleukemia cells triggered by M2YN, a new plant-derived extract.摘要:Deficiency of apoptosis is a hallmark of chronic lymphocytic leukemia (CLL) cells. M2Yn is a natural extract from plants of central Asia, identified for its antiangiogenic properties and its ability to block the migration of malignant cells. Here, we report that in vitro treatment of cells derived from CLL patients with M2Yn results in internucleosomal DNA fragmentation, phosphatidylserine externalization, mitochondrial membrane depolarization, caspase-3 activation and cleavage of the caspase substrate PARP-1. The extents of these effects depend on the patients and are mostly comparable to those of flavopiridol or hyperforin, two known plant-derived apoptosis inducers of CLL cells. M2Yn does not modulate Mcl-1 expression, while downregulation of this antiapoptotic protein is involved in the action of flavopiridol. By contrast, M2Yn, like hyperforin, upregulates the Noxa protein, possibly by inhibiting proteasomal activity. This BH3-only protein is known to trigger the activation of the pro-apoptotic protein Bak through displacement of the Mcl-1/Bak complex at the mitochondrial membrane, as actually observed here in M2Yn-treated cells. Our data, therefore, show that M2Yn can induce the caspase-dependent mitochondrial pathway of apoptosis in CLL cells via a mechanism resembling that of hyperforin. Our data also confirm that the BH3-only protein Noxa is a relevant target for CLL therapy.2、请以”P53”、”BRCA1”、”BRCA2”、”RAD51D”、”MSH6”、”MLH1”为关键词，在NCBI的网站上搜索人的序列，要求列出下列信息：物种的拉丁文、序列的ACCNUM和碱基序列，并找出这些基因在酵母、果蝇和小鼠中的同源基因，列出物种的拉丁文，序列的ACCNUM；（Saccharomyces cerevisiae，Drosophila melanogaster，Mus Musculus）P53：Homo sapiensNC_000017.10Chromosome: 17; NC_000017.10 (7571720..7590863, complement)与Saccharomyces cerevisiae同源基因为BK006938.2与Drosophila melanogaster同源基因为BT021431.1与Mus Musculus同源基因为AK156276.1BRCA1：Homo sapiensNC_000017.10Chromosome: 17; NC_000017.10 (41196312..41277500, complement)与Saccharomyces cerevisiae同源基因为BK006949.2与Drosophila melanogaster同源基因为AE014134.5与Mus Musculus同源基因为AL590996.12BRCA2：Homo sapiensNC_000013.10Chromosome: 13; NC_000013.10 (32889617..32973809)与Saccharomyces cerevisiae同源基因为BK006939与Drosophila melanogaster同源基因为AE014134与Mus Musculus同源基因为AC154885RAD51D：Homo sapiensNC_000017.10Chromosome: 17; NC_000017.10 (33426811..33446888, complement)与Saccharomyces cerevisiae同源基因为S66120与Drosophila melanogaster同源基因为AE014298与Mus Musculus同源基因为AK011387MSH6：Homo sapiensNC_000002.11Chromosome: 2; NC_000002.11 (48010221..48034092)与Saccharomyces cerevisiae同源基因为BK006942与Drosophila melanogaster同源基因为BT050543与Mus Musculus同源基因为AC087233MLH1：Homo sapiensNC_000003.11Chromosome: 3; NC_000003.11 (37034841..37092337)与Saccharomyces cerevisiae同源基因为BK006940与Drosophila melanogaster同源基因为AE013599与Mus Musculus同源基因为AK1710523、请分别用核酸-核酸、核酸-蛋白质的blast方法，分析以下这个序列可能是一个什么样的序列，要求列出：blast程序、比对的数据库、相似性最高的序列的ACCNUM、相似性最高序列所在的物种和相似性最高的序列的功能描述；核酸-核酸blast程序: BLASTN 2.2.25比对的数据库: nr/nt相似性最高的序列的ACCNUM: U01876.1 GI:3478631相似性最高序列所在的物种: Deinococcus radiodurans R1相似性最高的序列的功能描述:RecA is a bacterial enzyme which has roles inhomologous recombination, DNA repair, and the induction of the SOS response. RecA couples ATP hydrolysis to DNA strand exchange;核酸-蛋白质blast程序: BLASTX 2.2.25比对的数据库: nr相似性最高的序列的ACCNUM: NP_296061.1 GI:15807331相似性最高序列所在的物种: Deinococcus radiodurans R1相似性最高的序列的功能描述: RecA is a bacterial enzyme which has roles inhomologous recombination, DNA repair, and the induction of the SOS response. RecA couples ATP hydrolysis to DNA strand exchange;4、请分别在人类基因组数据库中找出以下基因”P53”、” BRCA1”、”BRCA2”、”RAD51D”、”MSH6”、”MLH1”的cDNA的序列，要求列出：外显子序列的起始边界，外显子基本的功能描述；P53外显子序列的起始边界(1,10927,11143,11274,12310,12575,13256,13709,13938,16831,17856)外显子基本的功能描述tumor protein p53, transcript variant 2BRCA1外显子序列的起始边界(1,1369,9705,18951,20528,21223,25604,28195,29562,30624,34452,42909,48870,50963,54246,5 7789,61533,62111,68349,74367,76290,77781,79682)外显子基本的功能描述breast cancer 1, early onset, transcript variant1BRCA2外显子序列的起始边界(1,943,3598,9597,10622,10763,11020,13964,15440,16793,20786,29079,31348,39382,40949,4226 3,47044,47700,54923,55477,61191, 63838,64271,64528,79210, 81419,82683)外显子基本的功能描述breast cancer 2, early onsetRAD51D外显子序列的起始边界(1,698,13389,16326, 16546,18505,18834)外显子基本的功能描述RAD51 homolog D (S. cerevisiae), transcript variant 4MSH6外显子序列的起始边界(1,7846,12813,15530,20339,21829,22537,23123,23371,23698)外显子基本的功能描述mutS homolog 6 (E. coli)MLH1外显子序列的起始边界(1,3270,7606,11052,13642,15465,18471,18662,21083,24157,26961,32288,35435,46837,48919,54 170, 55168,55555,57137)外显子基本的功能描述mutL homolog 1, colon cancer, nonpolyposis type 2 (E. coli), transcript variant 15、请分别获取以下人类基因”P53”、”BRCA1”、”BRCA2”、”RAD51D”、”MSH6”、”MLH1”的蛋白质序列，要求列出：氨基酸序列、蛋白质的序列号。
生物信息学实习报告
一、实习背景随着生物科学的快速发展，生物信息学作为一门新兴交叉学科，日益受到广泛关注。
为了更好地将理论知识与实践相结合，提升自身综合素质，我于今年暑假期间，在XXX生物科技有限公司开展了为期一个月的生物信息学实习。
二、实习单位简介XXX生物科技有限公司是一家专注于生物信息学研究的科技型企业，主要从事基因组学、转录组学、蛋白质组学等领域的研究与开发。
公司拥有一支经验丰富的研发团队，为我国生物信息学领域的发展做出了积极贡献。
三、实习内容1. 基因组数据分析在实习期间，我主要参与了基因组数据分析项目。
具体工作如下：（1）学习并掌握了基因组数据分析的基本流程，包括数据预处理、比对、注释、统计等。
（2）熟练运用多种生物信息学软件，如SAMtools、BAMSurgeon、Picard等，对基因组数据进行处理和分析。
（3）通过分析基因组数据，发现基因变异、转录本结构变异等生物学特征，为后续研究提供依据。
2. 转录组数据分析除了基因组数据分析，我还参与了转录组数据分析项目。
具体工作如下：（1）学习并掌握了转录组数据分析的基本流程，包括数据预处理、比对、差异表达分析等。
（2）熟练运用多种生物信息学软件，如TopHat、Cufflinks、DESeq2等，对转录组数据进行处理和分析。
（3）通过分析转录组数据，发现差异表达基因、miRNA等生物学特征，为后续研究提供依据。
3. 蛋白质组数据分析此外，我还参与了蛋白质组数据分析项目。
具体工作如下：（1）学习并掌握了蛋白质组数据分析的基本流程，包括蛋白质提取、质谱分析、数据预处理等。
（2）熟练运用多种生物信息学软件，如Proteome Discoverer、Mascot等，对蛋白质组数据进行处理和分析。
（3）通过分析蛋白质组数据，发现蛋白质相互作用、信号通路等生物学特征，为后续研究提供依据。
四、实习收获1. 理论与实践相结合通过实习，我深刻体会到理论知识与实践操作的重要性。
生物工程专业生物信息学实习报告
生物工程专业生物信息学实习报告1. 引言生物信息学是生物工程专业中一门重要的学科，通过应用计算机和统计学方法研究生物学信息，对生物系统进行分析和解释。
本次实习旨在提供实际生物信息学应用的机会，进一步加深我对生物信息学的理解和实践能力。
2. 实习背景与目的本次实习在xxx公司进行，公司拥有世界一流的生物信息学研发团队，并与许多国际知名大学合作开展相关项目。
实习的目的是深入了解生物信息学在生物工程领域的应用，提高在生物信息学方面的研究和实践能力。
3. 实习内容3.1 数据获取与清洗在实习初期，我与团队成员一起从公共数据库中获取生物学实验数据，并使用相应的软件对原始数据进行处理和清洗，保证数据的准确性和可信度。
3.2 数据分析与建模在数据清洗后，我开始进行数据分析和建模。
其中，我学习了常用的生物信息学软件和工具，如BLAST、ClustalX等，对DNA和蛋白质序列进行比对和序列相似性分析，并利用分析结果进行生物信息学建模。
3.3 基因组学研究在实习的后期，我参与了公司的基因组学研究项目。
通过利用大规模测序技术获取的数据，我学会了基因组序列的拼接与组装，并进行了基因预测和功能注释，进一步深入了解了基因组学的研究方法和技术。
4. 实习总结与收获通过本次实习，我对于生物信息学在生物工程领域的应用有了更深入的理解和实践经验。
我不仅学到了许多常用的生物信息学软件和工具，还掌握了生物学实验数据的处理和分析方法。
同时，实习还让我更好地理解了基因组学的研究过程和技术，提高了自己的研究能力和科学素养。
5. 对未来发展的展望通过本次实习，我深刻认识到生物信息学在生物工程领域的巨大潜力和重要性。
未来，我将进一步深化对生物信息学的学习和研究，不断提高自己的技能和能力，为生物科学的发展和进步做出贡献。
6. 结语通过这次实习，我对生物信息学的理论与实践以及其在生物工程领域的应用有了更深入的认识。
我将用所学知识和经验为进一步推动生物信息学研究和应用做出努力。
生物信息学实验报告
中国地质大学(武汉) 生物信息学实习报告课程名称：生物信息学姓名：学号：所在学院：所在班级：指导老师：二〇一三年六月一、实验内容本实验报告是对从一株产ß-甘露聚糖酶的菌种A.tabescens EJLY2098获得的基因序列（命名为man）进行生物信息学的分析。
1、使用NCBI信息查询系统检索man基因序列；2、上述基因序列进行基本分析；3、使用ClustalX软件进行同源性分析以及用MegAlign得出系统进化树；4、对ß-甘露聚糖酶氨基酸序列进行一级序列基本分析；5、在ibcp网站对对man蛋白序列进行二级结构预测。
二、实验结果从一株产ß-甘露聚糖酶的新菌种A.tabescens EJLY2098获得的全长cDNA序列如下ACGCGGGGGAAAG ATG CATCTGCTCGCTTTTCTGTCTCTGAGTACATTCCTGTGCTCTGCGT TCGCTGCTGTTCCTGAGTGGGGCCAATGTGGCGGCATTGGATGGACAGGACAGACCACTTGCG TTAGTGGTACAGTATGCGCAGCTCTCAATGACTATTATTCTCAATGTGTGCCTGGAACGGCCA CAACAACGGCCGCTCCCACGACTGCTACATCAACAACCATTTCTTCCACTTCTCGCACAACTG CTACGTCGACCACAGCTTCCGCACCATCTTCTACTGGCTTTGTAACTACCTCTGGCACAGAGT TCCGCCTCAACGGTGCCAAATTTACTATCTTCGGCGCCAACTCATACTGGGTCGGGTTGATGG GCTATAGCACTACAGATATGAATAAAGCCTTCGCAGACATCGCGGCTACAGGTGCCACCGTCG TCCGCACATGGGGCTTCAATGAGGTAACGAGTCCTAACGGGATTTATTACCAGAGTTGGTCCG GAAGTACACCAACTATCAACACAGGTTCTACGGGTCTTCAAAACTTTGATGCCGTCGTCGCTG CTGCTGCTGCACATGGCTTGAGGCTTATTGTTGCCATAACGAACAACTGGTCCGACTATGGTG GAATGGATGTATACGTTAACCAAATTGTCGGGTCTGGCTCTGCGCACGATTTATTCTATACCG ACTGTGAGGTTATATCTACTTACATGAACTACGTCAAGACCTTCGTCTCGCGCTATGTGAACGAACCTACTATTTTAGGTTGGGAGCTTGCAAATGAACCTAGATGCAAGGGGAGTACCGGGACGA CCTCTGGATCATGCACTGCAACGACTATCACAAAATGGGCCGCGGCAATTTCAGCGTACATCA AGTCGATCGATCCCAACCATCTTGTCGGGATAGGAGATGAAGGGTTCTACAATGAACCTAGCG CACCAACATATCCATATCAAGGTAGCGAAGGTATCGATTTTGATGCAAATTTGGCCATTAGTA GCATTGATTTCGGTACATTCCATTCCTATCCTATCAGCTGGGGTCAAACCACTGATCCTCAGG GATGGGGTACGCAATGGATCGCTGATCATGCAACGTCAATGACAGCTGCGGGAAAGCCCGTAA TCTTAGAGGAGTTTGGAGTCACCACTAATCAAGCAACTGTTTATGGCGCCTGGTATCAGGAAG TTGTCTCTTCGGGTCTTACTGGTGCTCTTATTTGGCAAGCTGGTTCTTATTTATCATCCGGAG CTACTCCGGACGACGGATATGCAATTTATCCTGATGATCCTGTATATTCCCTGGAAACCTCCT ATGCGGTTACATTGAAAGCGCGGGCG TAG GATAGGGTACAG AATAAA TTTTGCTCCGATGTG GTACTGTAGCCGAGCGGCTTGACTATGTG AATAAAA ATAGCACTGTTGTCACGATCGATCAA CACCTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA核酸序列的基本分析核酸序列的基本分析结果如下：SEQ New: 1483 bp;Composition 388 A; 358 C; 351 G; 386 T; 0 OTHERPercentage: 26.2% A; 24.1% C; 23.7% G; 26.0% T; 0.0%OTHERMolecular Weight (kDa): ssDNA: 457.73 dsDNA: 914.24ORIGIN1 ACGCGGGGGA AAGATGCATC TGCTCGCTTT TCTGTCTCTG AGTACATTCC TGTGCTCTGC61 GTTCGCTGCT GTTCCTGAGT GGGGCCAATG TGGCGGCATT GGATGGACAG GACAGACCAC121 TTGCGTTAGT GGTACAGTAT GCGCAGCTCT CAATGACTAT TATTCTCAAT GTGTGCCTGG181 AACGGCCACA ACAACGGCCG CTCCCACGAC TGCTACATCA ACAACCATTT CTTCCACTTC241 TCGCACAACT GCTACGTCGA CCACAGCTTC CGCACCATCT TCTACTGGCT TTGTAACTAC301 CTCTGGCACA GAGTTCCGCC TCAACGGTGC CAAATTTACT ATCTTCGGCG CCAACTCATA361 CTGGGTCGGG TTGATGGGCT ATAGCACTAC AGATATGAAT AAAGCCTTCG CAGACATCGC421 GGCTACAGGT GCCACCGTCG TCCGCACATG GGGCTTCAAT GAGGTAACGA GTCCTAACGG481 GATTTATTAC CAGAGTTGGT CCGGAAGTAC ACCAACTATC AACACAGGTT CTACGGGTCT541 TCAAAACTTT GATGCCGTCG TCGCTGCTGC TGCTGCACAT GGCTTGAGGC TTATTGTTGC601 CATAACGAAC AACTGGTCCG ACTATGGTGG AATGGATGTA TACGTTAACC AAATTGTCGG661 GTCTGGCTCT GCGCACGATT TATTCTATAC CGACTGTGAG GTTATATCTA CTTACATGAA721 CTACGTCAAG ACCTTCGTCT CGCGCTATGT GAACGAACCT ACTATTTTAG GTTGGGAGCT781 TGCAAATGAA CCTAGATGCA AGGGGAGTAC CGGGACGACC TCTGGATCAT GCACTGCAAC841 GACTATCACA AAATGGGCCG CGGCAATTTC AGCGTACATC AAGTCGATCG ATCCCAACCA901 TCTTGTCGGG ATAGGAGATG AAGGGTTCTA CAATGAACCT AGCGCACCAA CATATCCATA961 TCAAGGTAGC GAAGGTATCG ATTTTGATGC AAATTTGGCC ATTAGTAGCA TTGATTTCGG1021 TACATTCCAT TCCTATCCTA TCAGCTGGGG TCAAACCACT GATCCTCAGG GATGGGGTAC1081 GCAATGGATC GCTGATCATG CAACGTCAAT GACAGCTGCG GGAAAGCCCG TAATCTTAGA1141 GGAGTTTGGA GTCACCACTA ATCAAGCAAC TGTTTATGGC GCCTGGTATC AGGAAGTTGT1201 CTCTTCGGGT CTTACTGGTG CTCTTATTTG GCAAGCTGGT TCTTATTTAT CATCCGGAGC1261 TACTCCGGAC GACGGATATG CAATTTATCC TGATGATCCT GTATATTCCC TGGAAACCTC1321 CTATGCGGTT ACATTGAAAG CGCGGGCGTA GGATAGGGTA CAGAATAAAT TTTGCTCCGA1381 TGTGGTACTG TAGCCGAGCG GCTTGACTAT GTGAATAAAA ATAGCACTGT TGTCACGATC1441 GATCAACACC TAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAA同源物种分析MAN与GHF5的ß-甘露聚糖酶序列比对：CLUSTAL软件进行氨基酸序列分析A.aculeatus ------------------------------------------------------------ A.bisporus ---------------------------MKPAIRFIILAISISLATADVPVWGQCGGRGWT T.reesei ------------------------------------------------------------ A.fumigatus MPSKKPLSNSTAFSLSKNSQITFSVLGIMHPLPSVALLSAIGAVAAQVGPWGQCGGRSYT A.sulphureus ------------------------------------------------------------ A.tabescens ----------------------------MHLLAFLSLSTFLCSAFAAVPEWGQCGGIGWT H.jecorina ------------------------------------------------------------A.aculeatus -------------------------MKLSHMLLSLASLGVA---------TALRTPNHNA A.bisporus GETACASGSSCVVQNEWYSQCLPGSTTPTNPPPTTTTSQTTAPP-----------TTSHP T.reesei ------------------------------------------------------------ A.fumigatus GETSCVSGWSCVLFNEWYSQCQPATTTSTSSVSATAAPSSTSSSKESVPSATTSKKPVPT A.sulphureus -------------------------MKLSSSLLTLASLALANLSTALPKASPAPSTSSSS A.tabescens GQTTCVSGTVCAALNDYYSQCVPGTATTTAAPTTATSTTISSTSR----TTATSTTASAP H.jecorina ------------------------MMMLSKSLLSAATAASALAAVLQP----------VPA.aculeatus ATTAFPSTSGLHFTIDGKTGYFAGTNSYWIGFLTN-NDDVDLVMSQLAASDLKILRVWGF A.bisporus VSTGFVKASGTRFTLNGQKYTVVGGNSYWVGLTGLSTSAMNQAFSDIANAGGTTVRTWGF T.reesei -ASSFVTISGTQFNIDGKVGYFAGTNCYWCSFLTN-HADVDSTFSHISSSGLKVVRVWGF A.fumigatus GSSSFVKADGLKFNIDGETKYFAGTNAYWLPFLTN-DADVDSVMDNLQKAGLKILRTWGF A.sulphureus ASTSFASTSGLQFTIDGETGYFAGTNSYWIGFLTD-DSDVDLVMSHLKSSGLKILRVWGF A.tabescens SSTGFVTTSGTEFRLNGAKFTIFGANSYWVGLMGYSTTDMNKAFADIAATGATVVRTWGFH.jecorina RASSFVTISGTQFNIDGKVGYFAGTNCYWCSFLTN-HADVDSTFSHISSSGLKVVRVWGF .. * * * . * * *.** . . . .* ***A.aculeatus NDVNTKPTDGTVWYQLHA--NGTSTINTGADGLQRLDYVVTSAEKYGVKLIINFVNEWTD A.bisporus NEVTS---PNGNYYQSWSG--ARPTINTGASGLLNFDNVIAAAKANGIRLIVALTNNWAD T.reesei NDVNTQPSPGQIWFQKLS--ATGSTINTGADGLQTLDYVVQSAEQHNLKLIIPFVNNWSD A.fumigatus NDVNSKPSSGTVYFQLHDPSTGTTTINTGADGLQRLDYVVSAAEKRGIKLLIPLVNNWDD A.sulphureus NDVTTQPSSGTVWYQLHQ--DGKSTINTGADGLQRLDYVVSSAEQHGIKLIINFVNYWTD A.tabescens NEVTS---PNGIYYQSWSG--STPTINTGSTGLQNFDAVVAAAAAHGLRLIVAITNNWSD H.jecorina NDVNTQPSPGQIWFQKLS--ATGSTINTGADGLQTLDYVVQSAEQHNLKLIIPFVNNWSD *.*.. . .* *****. ** * *. .* ...*.. * * *A.aculeatus YGGMQAYVTAYGAA--AQTDFYTNTAIQAAYKNYIKAVVSRYSSSAAIFAWELANEPRCQ A.bisporus YGGMDVYVNQMVGNGQPHDLFYTNTAIKDAFKSYVRTFVSRYANEPTVMAWELANEPRCK T.reesei YGGINAYVNAFGG---NATTWYTNTAAQTQYRKYVQAVVSRYANSTAIFAWELGNEPRCN A.fumigatus YGGMNAYVKAYGG---SKTEWYTNSKIQSVYQAYIKAVVSRYRDSPAIMAWELSNEARCQ A.sulphureus YGGMSAYVSAYGGS--DETDFYTSDTMQSAYQTYIKTVVERYSNSSAVFAWELANEPRCP A.tabescens YGGMDVYVNQIVGSGSAHDLFYTDCEVISTYMNYVKTFVSRYVNEPTILGWELANEPRCK H.jecorina YGGINAYVNAFGG---NATTWYTNTAAQTQYRKYVQAVVSRYANSTAIFAWELGNEPRCN ***. ** ** . *... * ** .. *** ** **A.aculeatus G--------CDTSVLYNWISDTSKYIKSLDSKHLVTIGDEGFGLDVDSDGSYPYTYGEGL A.bisporus GSTGTTSGTCTTTTVTNWAKEMSAFIKTIDSNHLVAIGDEGFYNQPG-APTYPYQGSEGV T.reesei G--------CSTDVIVQWATSVSQYVKSLDSNHLVTLGDEGLGLSTG-DGAYPYTYGEGT A.fumigatus G--------CSTDVIYNWTAKTSAYIKSLDPNHMVATGDEGMGVTVDSDGSYPYSTYEGS A.sulphureus S--------CDTTVLYDWIEKTSKFIKGLDADHMVCIGDEGFGLNTDSDGSYPYQFAEGL A.tabescens GSTGTTSGSCTATTITKWAAAISAYIKSIDPNHLVGIGDEGFYNEPS-APTYPYQGSEGI H.jecorina G--------CSTDVIVQWATSVSQYVKSLDSNHLVTLGDEGLGLSTG-DGAYPYTYGEGT * . . * * ..* .* *.* **** .*** **A.aculeatus NFTKNLGISTIDFGTLHLYPDSWGTS---YDWGNGWITAHAAACKAVGKPCLLEEYGVTS A.bisporus DFEANLAISSVDFATFHSYPEPWGQGADAKAWGTQWITDHAASMKRVNKPVILEEFGVTT T.reesei DFAKNVQIKSLDFGTFHLYPDSWGTN---YTWGNGWIQTHAAACLAAGKPCVFEEYGAQQ A.fumigatus DFAKNLAAPDIDFGVFHLYTEDWGIKD--NSWGNGWVTSHAKVCKAAGKPCLFEEYGLKD A.sulphureus NFTMNLGIDTIDFATLHLYPDSWGTS---DDWGNGWISAHGAACKAAGKPCLLEEYGVTS A.tabescens DFDANLAISSIDFGTFHSYPISWGQTTDPQGWGTQWIADHATSMTAAGKPVILEEFGVTT H.jecorina DFAKNVQIKSLDFGTFHLYPDSWGTN---YTWGNGWIQTHAAACLAAGKPCVFEEYGAQQ * *. .** * * ** **. *. * .** . **.*A.aculeatus NHCAVESPWQQTAGNATGISGDLYWQYGTTFSWGQSPN-DGNTFYYNTSDFTCLVTDHVA A.bisporus NQPDTYAEWFNEVESS-GLTGDLIWQAGSHLSTGDTHN-DGYAVYPDGPVYP-LMKSHAS T.reesei NPCTNEAPWQTTSLTTRGMGGDMFWQWGDTFANGAQSNSDPYTVWYNSSNWQCLVKNHVD A.fumigatus DHCSASLTWQKTSVSS-GMAADLFWQYGQTLSTGPSPN-DHFTIYYGTSDWQCGVADHLS A.sulphureus NHCSVESPWQQTALNTTGVSADLFWQYGDDLSTGESPD-DGNTIYYGTSDYECLVTDHVAA.tabescens NQATVYGAWYQEVVSS-GLTGALIWQAGSYLSSGATPD-DGYAIYPDDPVYS-LETSYAV H.jecorina NPCTNEAPWQTTSLTTRGMGGDMFWQWGDTFANGAQSNSDPYTVWYNSSNWQCLVKNHVD * . *. . ** * . * * .A.aculeatus AINAQSK----------------------------------------------------- A.bisporus AMKNRA------------------------------------------------------ T.reesei AIN--------------------------------------------------------- A.fumigatus TL---------------------------------------------------------- A.sulphureus AIDSA------------------------------------------------------- A.tabescens TLKARA------------------------------------------------------ H.jecorina AINGGTTTPPPVSSTTTTSSRTSSTPPPPGGSCSPLYGQCGGSGYTGPTCCAQGTCIYSN ..A.aculeatus ---------A.bisporus ---------T.reesei ---------A.fumigatus ---------A.sulphureus ---------A.tabescens ---------H.jecorina YWYSQCLNT7种真菌ß-甘露聚糖酶的氨基酸序列比对通过MAN与其他6种真菌GHF5的ß-甘露聚糖酶的氨基酸序列比对可A.tabescens EJLY2098的ß-甘露聚糖酶序列和GHF5的ß-甘露聚糖酶的氨基酸序列保守性较强。
生物信息学实习报告
实习报告一、实习背景与目的随着生物信息学在生物科学、医学、农业等领域的广泛应用，我意识到掌握生物信息学技能对于我未来的职业发展至关重要。
因此，我参加了为期两周的生物信息学实习，以提高我的生物信息学技能并深入了解该领域的实际应用。
二、实习内容与过程在实习的第一周，我主要学习了生物信息学的基础知识，包括生物信息学的基本概念、生物数据库的使用、序列比对和分子进化分析等。
通过查阅资料和参与讨论，我了解了生物信息学在基因组学、蛋白质学和代谢组学等领域的应用，并掌握了相关软件和工具的使用方法。
在实习的第二周，我参与了一个实际项目，对某个基因家族进行进化分析。
首先，我使用序列比对工具对基因家族的成员进行比对，识别出保守区域和变异区域。
然后，我使用分子进化分析工具对序列进行 phylogenetic 分析，构建进化树并分析基因家族的进化关系。
最后，我使用代谢组学数据分析工具对实验数据进行分析，识别出与基因家族进化相关的代谢物。
三、实习成果与反思通过这次实习，我不仅掌握了生物信息学的基本知识和技能，还了解了生物信息学在实际研究中的应用。
我能够独立完成基因家族的进化分析，并能够使用相关软件和工具进行数据分析。
然而，我也意识到生物信息学是一个不断发展的领域，需要不断学习和更新知识。
在实习过程中，我遇到了一些挑战，例如数据分析工具的使用困难和生物信息学概念的理解。
这使我意识到理论与实践之间的差距，并激发了我进一步学习的动力。
四、实习总结通过这次生物信息学实习，我对生物信息学有了更深入的了解，并提高了我的实际操作能力。
我认识到生物信息学在现代生物学研究中的重要性，并决心在未来的学习和工作中不断努力，成为一名优秀的生物信息学专家。
医用生物信息实验报告
一、实验名称医用生物信息数据分析二、实验目的1. 熟悉医用生物信息数据的基本处理方法。
2. 掌握常用的生物信息学软件和工具的使用。
3. 分析医用生物信息数据，提取有价值的信息。
三、实验原理医用生物信息学是运用计算机技术、信息科学和生命科学的方法对生物医学信息进行采集、存储、处理和分析的一门交叉学科。
本实验主要涉及以下原理：1. 数据采集：通过实验室设备、临床试验、在线数据库等途径获取生物医学数据。
2. 数据存储：将采集到的数据存储在数据库中，便于后续处理和分析。
3. 数据预处理：对原始数据进行清洗、转换和格式化，提高数据质量。
4. 数据分析：运用统计、机器学习等方法对数据进行分析，提取有价值的信息。
四、实验器材及试剂1. 软件：Python、R、Matlab等编程语言及相关生物信息学软件（如NCBI、BLAST、Clustal Omega等）。
2. 数据库：NCBI、GeneBank、Protein Data Bank等生物信息数据库。
3. 实验数据：从公开数据库中下载的医用生物信息数据。
五、实验过程1. 数据采集：从NCBI数据库下载人类基因表达谱数据（GEO）。
2. 数据预处理：使用R语言对数据进行清洗、转换和格式化，去除缺失值、异常值等。
3. 数据分析：a. 基因表达分析：运用DESeq2包进行差异表达基因分析，筛选出差异表达基因。
b. 功能富集分析：使用GOseq包进行GO分析，分析差异表达基因的功能富集情况。
c. 通路富集分析：使用KEGG包进行KEGG分析，分析差异表达基因参与的通路。
4. 结果展示：将分析结果以图表形式展示，如热图、柱状图、Venn图等。
六、实验结果1. 差异表达基因：通过DESeq2分析，筛选出100个差异表达基因。
2. GO分析：差异表达基因主要富集于细胞代谢、信号转导、生物合成等生物学过程。
3. KEGG分析：差异表达基因主要参与代谢、信号转导、癌症等通路。
七、实验讨论1. 数据质量：实验数据质量对分析结果有重要影响，因此在数据分析前进行数据预处理十分必要。
生物信息学实训报告总结
一、实训背景随着生命科学和信息技术的飞速发展，生物信息学作为一门新兴的交叉学科，越来越受到广泛关注。
为了提高我们对生物信息学理论知识的理解和实际应用能力，学校组织了为期两周的生物信息学实训课程。
本次实训旨在通过实践操作，使我们掌握生物信息学的基本原理、方法和工具，提高我们的科研素养和团队协作能力。
二、实训内容本次实训主要围绕以下几个方面展开：1. 生物信息学基础理论实训期间，我们学习了生物信息学的基本概念、发展历程、研究方法和应用领域。
通过讲解和讨论，我们对生物信息学有了更为全面和深入的了解。
2. 生物信息学工具使用实训过程中，我们学习了多种生物信息学工具的使用，如BLAST、Clustal Omega、MAFFT、MEGA等。
这些工具在生物序列比对、基因预测、蛋白质结构分析等方面发挥着重要作用。
3. 生物信息学数据库查询实训中，我们学会了如何使用NCBI、GenBank、UniProt等生物信息学数据库进行查询。
通过查询，我们可以获取大量的生物学数据，为后续研究提供有力支持。
4. 生物信息学项目实践实训期间，我们以小组为单位，完成了两个生物信息学项目。
项目一：利用BLAST进行基因序列比对，分析基因的功能和进化关系；项目二：利用MEGA进行系统发育分析，探讨物种间的进化历程。
三、实训收获1. 理论知识与实践相结合通过本次实训，我们深刻体会到理论知识与实践操作的重要性。
在实训过程中，我们不仅学习了生物信息学的基本理论，还掌握了多种实用工具和方法，为今后的学习和研究打下了坚实基础。
2. 提高科研素养实训过程中，我们学会了如何查阅文献、设计实验、分析数据，提高了自己的科研素养。
同时，我们还学会了如何与他人合作，培养了自己的团队协作能力。
3. 拓宽知识面实训期间，我们接触到了许多生物信息学领域的最新研究成果，拓宽了自己的知识面。
这有助于我们更好地了解生物信息学的发展趋势，为今后的学习和研究提供方向。
4. 增强动手能力实训过程中，我们亲自操作生物信息学工具，分析生物学数据，增强了动手能力。
生物信息学实训报告
一、实习背景随着生物科学和计算机科学的快速发展，生物信息学应运而生。
生物信息学是一门融合了生物学、计算机科学、信息科学和数学等多个学科的新兴交叉学科，旨在利用计算机技术解决生物学问题。
为了深入了解生物信息学的基本原理和应用，我们开展了为期两周的生物信息学实训。
二、实习目的1. 掌握生物信息学的基本概念和原理。
2. 熟悉生物信息学常用软件和工具的使用。
3. 培养分析和解决生物学问题的能力。
4. 提高团队合作和沟通能力。
三、实习内容本次实训主要分为以下几个部分：1. 生物信息学基础知识首先，我们学习了生物信息学的基本概念和原理，包括基因、蛋白质、基因组、转录组、代谢组等基本生物学概念，以及序列比对、基因注释、功能预测、生物网络分析等生物信息学基本方法。
2. 生物信息学常用软件和工具接下来，我们学习了生物信息学常用软件和工具的使用，包括BLAST、Clustal Omega、MAFFT、BioPerl、Bioconductor等。
通过实际操作，我们掌握了这些工具在序列比对、多重序列比对、系统发育树构建、基因注释、功能预测等方面的应用。
3. 实际案例分析为了更好地理解生物信息学在实际问题中的应用，我们选取了几个实际案例进行分析。
例如，我们分析了某微生物基因组数据，通过序列比对、系统发育树构建等方法，确定了该微生物的分类地位；我们还分析了某植物转录组数据，通过基因注释、功能预测等方法，揭示了该植物生长发育过程中的关键基因。
4. 小组合作项目为了提高团队合作和沟通能力，我们进行了小组合作项目。
每个小组选取一个感兴趣的生物学问题，通过查阅文献、分析数据、撰写报告等方式，完成一个生物信息学项目。
在项目过程中，我们学会了如何分工合作、如何解决问题、如何撰写报告等。
四、实习收获1. 理论知识方面通过本次实训，我们系统地学习了生物信息学的基本概念、原理和方法，为今后从事生物信息学研究奠定了基础。
2. 实践能力方面通过实际操作，我们掌握了生物信息学常用软件和工具的使用，提高了分析和解决生物学问题的能力。
生物信息学实验报告
生物信息学实验报告班级：：学号：日期：实验一核酸和蛋白质序列数据的使用实验目的了解常用的序列数据库，掌握基本的序列数据信息的查询方法。
教学基本要求了解和熟悉NCBI 核酸和蛋白质序列数据库，可以使用BLAST进行序列搜索，解读BLAST 搜索结果，可以利用PHI-BLAST 等工具进行蛋白质序列的结构域搜索，解读蛋白质序列信息，可以在蛋白质三维数据库中查询相关结构信息并进行显示。
实验容提要在序列数据库中查找某条基因序列（BRCA1），通过相关一系列数据库的搜索、比对与结果解释，回答以下问题：1. 该基因的基本功能？2. 编码的蛋白质序列是怎样的？3. 该蛋白质有没有保守的功能结构域 (NCBI CD-search)？4. 该蛋白质的功能是怎样的？5. 该蛋白质的三级结构是什么？如果没有的话，和它最相似的同源物的结构是什么样子的？给出示意图。
实验结果及结论1. 该基因的基本功能？This gene encodes a nuclear phosphoprotein that plays a role in maintaining genomic stability, and it also acts as a tumor suppressor. The encoded protein combines with other tumor suppressors, DNA damagesensors, and signal transducers to form a large multi-subunit protein complex known as the BRCA1-associated genome surveillance complex (BASC). This gene product associates with RNA polymerase II, and through the C-terminal domain, also interacts with histone deacetylase complexes. This protein thus plays a role in transcription, DNA repair of double-stranded breaks, and recombination. Mutations in this gene are responsible for approximately 40% of inherited breast cancers and more than 80% of inherited breast and ovarian cancers. Alternative splicing plays a role in modulating the subcellular localization and physiological function of this gene. Many alternatively spliced transcript variants, some of which are disease-associated mutations, have been described for this gene, but the full-length natures of only some of these variants has been described. A related pseudogene, which is also located on chromosome 17, has been identified. [provided by RefSeq, May 2009]2. 编码的蛋白质序列是怎样的？[Homo sapiens]1 mdlsalrvee vqnvinamqk ilecpiclel ikepvstkcd hifckfcmlk llnqkkgpsq61 cplcknditk rslqestrfs qlveellkii cafqldtgle yansynfakk ennspehlkd121 evsiiqsmgy rnrakrllqs epenpslqet slsvqlsnlg tvrtlrtkqr iqpqktsvyi181 elgsdssedt vnkatycsvg dqellqitpq gtrdeislds akkaacefse tdvtntehhq241 psnndlntte kraaerhpek yqgssvsnlh vepcgtntha sslqhenssl lltkdrmnve301 kaefcnkskq pglarsqhnr wagsketcnd rrtpstekkv dlnadplcer kewnkqklpc361 senprdtedv pwitlnssiq kvnewfsrsd ellgsddshd gesesnakva dvldvlnevd421 eysgssekid llasdpheal ickservhsk svesniedki fgktyrkkas lpnlshvten481 liigafvtep qiiqerpltn klkrkrrpts glhpedfikk adlavqktpe minqgtnqte541 qngqvmnitn sghenktkgd siqneknpnp ieslekesaf ktkaepisss isnmelelni601 hnskapkknr lrrksstrhi halelvvsrn lsppnctelq idscssseei kkkkynqmpv661 rhsrnlqlme gkepatgakk snkpneqtsk rhdsdtfpel kltnapgsft kcsntselke721 fvnpslpree keekletvkv snnaedpkdl mlsgervlqt ersvesssis lvpgtdygtq781 esisllevst lgkaktepnk cvsqcaafen pkglihgcsk dnrndtegfk yplghevnhs 841 retsiemees eldaqylqnt fkvskrqsfa pfsnpgnaee ecatfsahsg slkkqspkvt 901 feceqkeenq gknesnikpv qtvnitagfp vvgqkdkpvd nakcsikggs rfclssqfrg 961 netglitpnk hgllqnpyri pplfpiksfv ktkckknlle enfeehsmsp eremgnenip 1021 stvstisrnn irenvfkeas ssninevgss tnevgssine igssdeniqa elgrnrgpkl 1081 namlrlgvlq pevykqslpg snckhpeikk qeyeevvqtv ntdfspylis dnleqpmgss 1141 hasqvcsetp ddllddgeik edtsfaendi kessavfsks vqkgelsrsp spfththlaq 1201 gyrrgakkle sseenlssed eelpcfqhll fgkvnnipsq strhstvate clsknteenl 1261 lslknslndc snqvilakas qehhlseetk csaslfssqc seledltant ntqdpfligs 1321 skqmrhqses qgvglsdkel vsddeergtg leennqeeqs mdsnlgeaas gcesetsvse 1381 dcsglssqsd ilttqqrdtm qhnliklqqe maeleavleq hgsqpsnsyp siisdssale 1441 dlrnpeqsts ekavltsqks seypisqnpe glsadkfevs adsstsknke pgversspsk 1501 cpslddrwym hscsgslqnr nypsqeelik vvdveeqqle esgphdltet sylprqdleg 1561 tpylesgisl fsddpesdps edrapesarv gnipsstsal kvpqlkvaes aqspaaahtt 1621 dtagynamee svsrekpelt astervnkrm smvvsgltpe efmlvykfar khhitltnli 1681 teetthvvmk tdaefvcert lkyflgiagg kwvvsyfwvt qsikerkmln ehdfevrgdv 1741 vngrnhqgpk raresqdrki frgleiccyg pftnmptdql ewmvqlcgas vvkelssftl 1801 gtgvhpivvv qpdawtedng fhaigqmcea pvvtrewvld svalyqcqel dtylipqiph 1861 shy3. 该蛋白质有没有保守的功能结构域 (NCBI CD-search)？有保守的供能结构域。
生物信息学实验报告
生物信息学实验报告**：__ **____ __ _ 学号：___ *********_ ___ 宋晓峰 _指导老师：__ 宋晓峰南京航空航天大学2013年4月实验一实验一 生物信息数据库的检索生物信息数据库的检索生物信息数据库的检索一．实验目的：一．实验目的：1.1.了解生物信息学的各大门户网站以及其中的主要资源。
了解生物信息学的各大门户网站以及其中的主要资源。
了解生物信息学的各大门户网站以及其中的主要资源。
2.2.了解主要数据库的内容及结构，理解各数据库注释的含义。
了解主要数据库的内容及结构，理解各数据库注释的含义。
了解主要数据库的内容及结构，理解各数据库注释的含义。
3.3.以以PubMed 为例，学会文献数据库的基本查询检索方法。
为例，学会文献数据库的基本查询检索方法。
二．实验内容：二．实验内容：（1）国际与国内的生物信息中心）国际与国内的生物信息中心国际NCBI NCBI、、EBI EBI、、ExPASy ExPASy，，EMBL EMBL、、SIB SIB、、TIGR 以及国内CBI CBI、、BioSino 网站的熟悉及内容的了解。
解。
核酸序列数据库：核酸序列数据库：genbank/EMBL-bank/DDBJ genbank/EMBL-bank/DDBJNCBI 网址：网址：//EBI 网址：网址：//EMBL 网址：网址：/embl /embl蛋白质序列数据库：蛋白质序列数据库：Swiss Prot Swiss Prot 、、ExPASy 网址：网址：//Uniprot 网址：网址：//蛋白质结构数据库：蛋白质结构数据库：PDB 网址：网址：/pdb//pdb/（2）数据库内容、结构与注释的浏览）数据库内容、结构与注释的浏览分别读取The spike protein of SARS-Corona Virus 在NCBI 中的核酸序列、SWISS-PROT 蛋白质序列以及PDB 蛋白质结构序列，熟悉数据库记录的结构，学会看懂其中的注释。
生物信息实践的实习报告
生物信息实践的实习报告一、实验目的本次实习的主要目的是让我们学习和掌握生物信息学的基本理论知识，并通过实际操作培养我们分析生物数据、解决生物问题的能力。
二、实验步骤1. 学习基本的生物信息学理论知识。
我们首先学习了生物信息学的基本概念和数据处理方法，包括序列比对、序列注释、基因表达分析等内容。
2. 获取实验所需的生物数据。
我们在实验中使用了一组转录组测序数据，通过学习使用生物信息学工具，对这组数据进行分析。
3. 数据预处理。
由于原始数据存在噪音和杂质，我们进行了数据清洗和质量控制，以确保后续分析的准确性和可靠性。
4. 序列比对。
我们使用Bowtie2工具将清洗后的转录组测序数据与参考基因组序列进行比对，以找到相应的基因位点。
5. 差异表达分析。
根据比对结果，我们使用DESeq2等工具对不同样本之间的基因表达差异进行分析，并统计差异表达基因的数量和分布情况。
6. 功能注释和富集分析。
根据差异表达基因的基因符号和基因功能，我们使用生物信息学数据库对这些基因进行功能注释和富集分析，以了解其生物学功能和相关的生物过程和通路。
7. 结果可视化。
最后，我们使用生物信息学工具对分析结果进行可视化展示，并生成直观清晰的图表和图像。
三、实验结果经过上述实验步骤，我们成功地完成了对转录组测序数据的分析。
通过比对和差异表达分析，我们发现了一些在不同样本中表达差异显著的基因，并通过功能注释和富集分析揭示了这些基因的生物学功能和相关通路。
实验结果还包括分析报告和可视化图表。
我们撰写了一份详细的实验报告，介绍了整个实验的目的、步骤和结果，并对分析结果进行了进一步的讨论和解释。
同时，我们还根据分析结果生成了各种图表和图像，如差异表达基因的散点图、聚类热图等，以便更直观地展示实验结果。
四、实习收获通过本次生物信息实践的实习，我对生物信息学的基本理论和实际操作有了更深入的了解和掌握。
我学会了使用生物信息学工具进行数据分析和处理，如Bowtie2、DESeq2等，同时也熟悉了常用的生物信息学数据库和分析软件。
生物信息学实验报告
丁大鹏等通过对不同杂交体系下芯片探针的荧光信号强度的比对得出，普通基因芯片杂 交过程中，样品是滴加到了打印好的阵列表面，然后覆盖了与阵列大小对应的盖玻片，由于 液体表面张力的存在，会造成样品液滴在阵列表面呈现不均匀的分布，常常在液滴的边缘样 品浓度要超过旁边的浓度，从而在杂交后常常出现边缘效应，导致影响对芯片杂交图像的分 析。相反，如Agilent和Gene Machine 的杂交体系建立都是在消除边缘效应的研究目的下， 在这两种体系下的样品都是在一种流动的状态下与芯片阵列表面进行接触来进行与探针的 杂交，因此保证了液-固相杂交反应是在均匀随机的过程中完成，并且由于不受液体表面张 力的影响，单位体积内的样品与单位面积的阵列反应的概率相同，杂交后的数据更科学。
4.2.5 基因芯片存在的局限
（1）大量的已知序列的基因或基因片段是制备基因芯片的材料，虽然这个资源库还不够丰 富，但是随着基因组测序计划的继续进行，各个物种的序列片段将会极大的丰富起来。 （2）我们应进一步简化基因芯片的制作过程，制作高密度探针的芯片，并降低成本，使基 因芯片从实验室研究走向实际应用。 （3）对基因芯片技术的一些基本问题，如探针对杂交体的稳定性影响，靶分子浓度、探针 浓度、杂交双方的序列组成、盐浓度及温度等对杂交的动力学影响分子原理研究还不够深入。 这都需要进一步研究掌握其生物物理学和生物化学的性质。
4.2.3 显色方法的局限性
基因芯片显色和分析测定方法主要为荧光法，其重复性较好，不足的是灵敏度仍较低。 目前正在发展的方法有质谱法、化学发光法、光导纤维法等。以荧光法为例，当前主要的检 测手段是激光共聚焦显微扫描技术，以便于对高密度探针阵列每个位点的荧光强度进行定量 分析。因为探针与样品完全正常配对时所产生的荧光信号强度是具有单个或两个错配碱基探 针的 5-35 倍，所以对荧光信号强度精确测定是实现检测特异性的基础。但荧光法存在的问 题是，只要标记的样品结合到探针阵列上后就会发出阳性信号，这种结合是否为正常配对， 或正常配对与错配兼而有之，该方法本身并不能提供足够的信息进行分辨。
2023年生物信息学专业实践报告
2023年生物信息学专业实践报告生物信息学是一门新兴的学科，它将生物学、计算机科学、统计学等学科相结合，致力于对生命现象及其相互关系的研究。
在本次实践中，我从生物信息学的角度去研究了基因组测序方面的一些问题。
首先，我需要了解测序数据的质量控制。
测序数据的质量控制是非常关键的，最基本的测序数据处理就是对读取质量进行过滤、去除低质量、低复杂度的序列，因为低质量的数据会影响后续的分析，导致分析结果不准确。
我们可以通过FastQC软件来进行测序数据的质量控制工作。
该软件可以对Illumina、Solexa以及454平台的测序数据进行分析，同时还能生成展示质量统计信息的报告，用于验证测序结果的可靠性。
接着，我需要对测序数据进行比对。
比对是将被测序样品与已知基因组序列进行比较并找出匹配位置，从而得到样品的基因组定位信息。
在比对的过程中，我们可以使用BWA、Bowtie等软件将测序数据与已知基因组序列进行比对。
比对的结果可以用于后续单核苷酸多态性分析、差异表达分析等研究。
接下来，我需要进行基因注释。
基因注释是指对基因组序列进行标记并确定其对应功能的过程。
在基因注释的过程中，我们需要使用第一原理法、同源法、转录本注释法等多种策略进行注释工作，其结果可以用于功能预测、疾病相关性分析等研究。
最后，我需要进行差异表达分析。
差异表达分析是将两组或多组样品的基因表达谱进行对比并找出差异的过程。
在差异表达分析的过程中，我们需要使用DESeq2、edgeR等软件，通过比较基因的表达量并进行统计分析，从而得出差异表达的基因。
该结果可以用于找出发病机制、寻找新的治疗靶点等研究。
在本次实践中，我通过学习生物信息学相关知识，并使用相应的软件进行操作，深入了解了基因组测序方面的一些问题，并得到了有关基因组研究的更深层次的认识，这对于我今后的学习和工作都具有重要的参考价值。
生物信息学实验报告
生物信息学实验报告姓名：__**_______学号：___*********____指导老师：___***____南京航空航天大学2011年11月实验一生物信息数据库的检索一．实验目的：1.了解生物信息学的各大门户网站以及其中的主要资源。
2.了解主要数据库的内容及结构，理解各数据库注释的含义。
3.以PubMed为例，学会文献数据库的基本查询检索方法。
二．实验内容：（1）国际与国内的生物信息中心国际NCBI、EBI、ExPASy，EMBL、SIB、TIGR以及国内CBI、BioSino网站的熟悉及内容的了解。
核酸序列数据库：genbank/EMBL-bank/DDBJNCBI网址：/EBI网址：/EMBL网址：/embl蛋白质序列数据库：Swiss Prot 、ExPASy网址：/Uniprot网址：/蛋白质结构数据库：PDB网址：/pdb/（2）检索练习：The spike protein of SARS-Corona Virus在NCBI中的核酸记录序列：LOCUS CS244439 3897 bp DNA linear PAT 17-JUL-2006DEFINITION Sequence 3 from Patent WO2005118813.ACCESSION CS244439VERSION CS244439.1 GI:84659113KEYWORDS .SOURCE SARS coronavirusORGANISM SARS coronavirusViruses; ssRNA positive-strand viruses, no DNA stage; Nidovirales;Coronaviridae; Coronavirinae; Betacoronavirus.REFERENCE 1AUTHORS Altmeyer,R., Nal-Rogier,B., Chan,C., Kien,F., Kam,Y.W., Siu,Y.L.,Tse,K.S., Staropoli,I. and Manuguerra,J.C.TITLE Nucleic acids, polypeptides, methods of expression, and immunogeniccompositions associated with sars corona virus spike proteinJOURNAL Patent: WO 2005118813-A2 3 15-DEC-2005;INSTITUT PASTEUR (FR); Hong Kong Pasteur Research Centre Limited(CN)FEATURES Location/Qualifierssource 1..3897/organism="SARS coronavirus"/mol_type="unassigned DNA"/db_xref="taxon:227859"CDS 44..3847/note="unnamed protein product"/codon_start=1/protein_id="CAJ56183.1"/db_xref="GI:84659114"/translation="MFIFLLFLTLTSGSDLDRCTTFDDVQAPNYTQHTSSMRGVYYPDEIFRSD TLYLTQDLFLPFYSNVTGFHTINHTFGNPVIPFKDGIYFAATEKSNVVRGWVFGSTMN NKSQSVIIINNSTNVVIRACNFELCDNPFFA VSKPMGTQTHTMIFDNAFNCTFEYISDA FSLDVSEKSGNFKHLREFVFKNKDGFL YVYKGYQPIDVVRDLPSGFNTLKPIFKLPLG INITNFRAILTAFSPAQDIWGTSAAAYFVGYLKPTTFMLKYDENGTITDA VDCSQNPLA ELKCSVKSFEIDKGIYQTSNFRVVPSGDVVRFPNITNLCPFGEVFNATKFPSVY AWERK KISNCVADYSVL YNSTFFSTFKCYGVSATKLNDLCFSNVYADSFVVKGDDVRQIAPG QTGVIADYNYKLPDDFMGCVLAWNTRNIDA TSTGNYNYKYRYLRHGKLRPFERDIS NVPFSPDGKPCTPPALNCYWPLNDYGFYTTTGIGYQPYRVVVLSFELLNAPATVCGP KLSTDLIKNQCVNFNFNGLTGTGVLTPSSKRFQPFQQFGRDVSDFTDSVRDPKTSEIL DISPCSFGGVSVITPGTNASSEV A VL YQDVNCTDVSTAIHADQLTPAWRIYSTGNNVFQ TQAGCLIGAEHVDTSYECDIPIGAGICASYHTVSLLRSTSQKSIV AYTMSLGADSSIAY SNNTIAIPTNFSISITTEVMPVSMAKTSVDCNMYICGDSTECANLLLQYGSFCTQLNR ALSGIAAEQDRNTREVFAQVKQMYKTPTLKYFGGFNFSQILPDPLKPTKRSFIEDLLF NKVTLADAGFMKQYGECLGDINARDLICAQKFNGLTVLPPLLTDDMIAAYTAALVSG TA TAGWTFGAGAALQIPFAMQMAYRFNGIGVTQNVL YENQKQIANQFNKAISQIQES LTTTSTALGKLQDVVNQNAQALNTLVKQLSSNFGAISSVLNDILSRLDKVEAEVQIDR LITGRLQSLQTYVTQQLIRAAEIRASANLAATKMSECVLGQSKRVDFCGKGYHLMSF PQAAPHGVVFLHVTYVPSQERNFTTAPAICHEGKAYFPREGVFVFNGTSWFITQRNFF SPQIITTDNTFVSGNCDVVIGIINNTVYDPLQPELDSFKEELDKYFKNHTSPDVDLGDI SGINASVVNIQKEIDRLNEV AKNLNESLIDLQELGKYEQYIKWPWYVWLGFIAGLIAI VMVTILLCCMTSCCSCLKGACSCGSCCKFDEDDSEPVLKGVKLHYTGPGGDYKDDD DK"ORIGIN1 ctatagggcg aattgggtac cgctagcgga tccgcgcgcc accatgttta ttttcctgct61 gtttctgact ctgaccagcg gcagtgacct ggaccggtgc accacttttg atgatgtgca121 ggctcctaat tacactcagc atacttcctc tatgaggggc gtgtactatc ctgatgaaat181 ttttagatcc gacactctgt atctgactca ggatctgttt ctgccattct attctaatgt241 gacaggcttt catactatta atcatacctt tggcaaccct gtgatccctt ttaaggatgg301 catctatttt gctgccacag agaagtccaa tgtggtgcgg ggatgggtgt tcggctctac361 catgaacaac aagtcccagt ccgtgattat tattaacaat tctactaatg tggtgatccg421 agcctgtaac tttgaactgt gtgacaaccc attctttgct gtgtctaagc ccatgggcac481 acagacacat actatgatct tcgataatgc ctttaattgc actttcgagt acatctctga541 tgccttttcc ctggatgtgt ccgaaaagtc cggcaacttt aagcacctgc gagagtttgt601 gtttaagaat aaggatggct ttctgtatgt gtataagggc tatcagccta tcgacgtggt661 gcgcgatctg ccttctggct ttaacactct gaagcctatt tttaagctgc ctctgggcat721 taacattaca aattttcggg ccattctgac agcctttagc cctgctcagg acatttgggg 781 cacctctgct gccgcctatt ttgtgggcta tctgaagcca actaccttta tgctgaagta 841 tgatgaaaat ggcacaatca cagatgctgt ggattgttct cagaatccac tggctgaact 901 gaagtgctct gtgaagagct ttgagattga caagggaatc taccagacct ctaatttccg 961 cgtggtgccc tctggagatg tggtgagatt ccctaatatt acaaacctgt gtccttttgg 1021 agaagtgttt aatgctacta agttcccttc tgtgtatgcc tgggagagaa agaagatttc 1081 taattgtgtg gctgattact ctgtgctgta caactccaca ttttttagca cctttaagtg1141 ctatggcgtg tctgccacta agctgaatga tctgtgcttc tccaatgtgt atgccgattc 1201 ttttgtggtg aagggagatg atgtgagaca gatcgcccca ggacagactg gcgtgattgc 1261 tgattacaat tataagctgc cagatgattt catgggctgt gtgctggctt ggaatactag 1321 gaacattgat gctacttcca ctggcaatta taattacaag tatcggtatc tgagacatgg 1381 caagctgagg ccctttgaga gagacatctc taacgtgcct ttcagccctg atggcaagcc 1441 ttgcacccca cctgctctga attgttattg gccactgaat gattatggct tttacaccac 1501 tactggcatt ggctaccagc cttacagagt ggtggtgctg tcttttgaac tgctgaatgc 1561 ccctgccaca gtgtgtggac caaagctgtc cactgacctg attaagaacc agtgtgtgaa 1621 ctttaacttt aatggactga ctggcactgg cgtgctgact ccttctagca agagatttca 1681 gccatttcag cagtttggcc gggatgtgtc tgatttcact gattccgtgc gagatcctaa 1741 gacatctgaa atcctggaca tttccccttg ctcttttggc ggcgtgagcg tgattacacc 1801 tggaacaaat gcttcctctg aagtggctgt gctgtatcag gatgtgaact gcactgatgt 1861 gtctacagcc atccatgccg atcagctgac accagcttgg cgcatctatt ctactggaaa 1921 caatgtgttc cagactcagg ccggctgtct gatcggagct gagcatgtgg acacttctta 1981 tgagtgcgac attcctattg gagctggcat ttgtgctagt taccatacag tgtctctgct 2041 gcggagtact agccagaagt ctattgtggc ttatactatg tctctgggcg ctgatagttc 2101 cattgcttac tctaataaca ccattgctat ccctactaac ttttccatta gcattactac2161 agaagtgatg cctgtgtcta tggctaagac ctccgtggat tgtaatatgt acatctgcgg 2221 agattctacc gaatgtgcta atctgctgct gcagtatggc agcttttgca cacagctgaa 2281 tcgggctctg tctggcattg ctgctgaaca ggatcgcaac acacgggaag tgttcgctca 2341 agtgaagcag atgtataaga ccccaactct gaagtatttt ggcggcttta atttttccca 2401 gatcctgcct gaccctctga agcccactaa gcggtctttt attgaggacc tgctgtttaa 2461 caaagtgaca ctggctgatg ctggctttat gaagcagtat ggcgaatgcc tgggcgatat 2521 taatgctaga gatctgattt gtgcccagaa gttcaatggc ctgacagtgc tgcctcctct 2581 gctgactgat gatatgattg ctgcctacac tgctgctctg gtgtctggca ctgccactgc 2641 tggatggaca tttggcgctg gcgctgctct gcagatccct tttgctatgc agatggccta 2701 tcggttcaat ggcattggag tgacccagaa tgtgctgtat gagaaccaga agcagattgc 2761 caaccagttt aacaaggcca ttagtcagat tcaggaatcc ctgacaacaa catccactgc 2821 cctgggcaag ctgcaggacg tggtgaacca gaatgctcag gccctgaaca cactggtgaa 2881 gcagctgagc agcaattttg gcgccatttc cagtgtgctg aatgatatcc tgtcccgact 2941 ggataaagtg gaggccgaag tgcagattga caggctgatt acaggcagac tgcagagcct 3001 gcagacctat gtgacacagc agctgatcag ggctgctgaa atcagggctt ctgccaatct 3061 ggctgctact aagatgtctg agtgtgtgct gggacagtcc aagagagtgg acttttgtgg 3121 aaagggctac cacctgatgt ccttcccaca ggctgcccct catggagtgg tgttcctgca 3181 tgtgacctat gtgccatccc aggagaggaa cttcaccaca gccccagcca tttgtcatga 3241 aggcaaggcc tacttccctc gggaaggcgt gttcgtgttt aatggcactt cttggtttat 3301 tacacagcgg aacttcttta gcccacagat catcactaca gacaatacat ttgtgtccgg3361 aaattgtgat gtggtgattg gcatcattaa caacacagtg tatgatcctc tgcagcctga3421 gctggactcc ttcaaggaag agctggacaa gtacttcaag aatcatacat ccccagatgt3481 ggatctgggc gacatttccg gcattaacgc ttctgtggtg aacattcaga aggaaattga3541 ccgcctgaat gaagtggcta agaatctgaa tgaatccctg attgacctgc aggaactggg3601 caagtatgag cagtatatta agtggccttg gtatgtgtgg ctgggcttca ttgctggact3661 gattgccatc gtgatggtga caatcctgct gtgttgcatg acctcctgtt gcagttgcct3721 gaagggcgct tgctcttgtg gatcttgctg caagtttgat gaggatgact ctgagccagt3781 gctgaagggc gtgaagctgc attacacagg gcccggcggc gactacaagg acgatgacga3841 caagtgatag atcgatgcat ggatccgttt aaaccgagct ccagctttgt tcccttaThe spike protein of SARS-Corona Virus在SWISS-PROT蛋白质序列：The spike protein of SARS-Corona Virus在PDB蛋白质结构序列：（3）文献信息的查找与管理有效地使用NCBI PubMed提供的各种主要功能，查询并下载相关课题或研究方向的论文文摘与文献全文。
生物信息实习报告
一、实习背景随着生物科学的飞速发展，生物信息学作为一个新兴的交叉学科，越来越受到重视。
为了更好地将理论知识与实践相结合，提高自己的专业技能，我于2023年7月至9月在XX生物信息公司进行了为期两个月的实习。
二、实习目的1. 熟悉生物信息学的基本概念、原理和方法。
2. 掌握生物信息学常用软件和工具的使用。
3. 了解生物信息学在科研和实际应用中的价值。
4. 提高自己的实践能力和团队合作精神。
三、实习内容1. 实验室参观与学习在实习的第一周，我参观了公司的实验室，了解了实验室的基本布局、设备和仪器。
同时，我还学习了实验室的安全规范和操作流程。
2. 生物信息学基本原理学习在实习期间，我重点学习了生物信息学的基本原理，包括生物序列分析、基因表达分析、蛋白质结构和功能预测等。
通过学习，我对生物信息学的概念、方法和应用有了更深入的了解。
3. 生物信息学软件和工具学习为了提高工作效率，我学习了多种生物信息学软件和工具，如BLAST、Clustal Omega、MAFFT、MEME等。
这些软件和工具在生物信息学研究中发挥着重要作用，使我能够更好地完成相关任务。
4. 实际项目参与在实习期间，我参与了公司的一个实际项目，负责对基因表达数据进行分析。
在导师的指导下，我学习了如何进行数据预处理、差异表达基因筛选和功能注释等操作。
通过实际操作，我提高了自己的实践能力。
5. 团队协作与沟通在实习过程中，我与其他实习生和导师进行了密切的沟通与协作。
通过团队协作，我们共同完成了项目任务，并从中学习到了许多宝贵的经验。
四、实习收获1. 专业知识方面通过实习，我对生物信息学的概念、原理和方法有了更深入的了解，掌握了多种生物信息学软件和工具的使用，为今后的学习和研究打下了坚实的基础。
2. 实践能力方面在实习过程中，我参与了实际项目，提高了自己的实践能力。
同时，通过团队协作，我学会了与他人沟通、协调和合作。
3. 职业素养方面在实习过程中，我学会了如何处理工作中的问题，提高了自己的职业素养。
中南大学《生物信息学》实验报告
实验报告
实验课程：生物信息学
学号：
姓名：
专业班级：
指导老师：
实验四蛋白质结构与功能预测
[实验目的]
掌握蛋白质一级、二级和三级结构分析的一些工具,了解与蛋白质功能分析相关的数据库,如：SwissProt蛋白质序列数据库、PDB结构数据库等。
[实验原理]
现有的蛋白质功能分析工具和平台都是根据已知的蛋白质结构进行诠释分析、总结结构规律建立参考数据库,并以此作为预测未知蛋白质结构和功能的依据。
[实验内容]
1、熟悉与蛋白质分析相关的数据库资源，如SwissProt蛋白质序列数据库、PDB
结构数据库、PROSITE
2、利用PredictProtein对蛋白质序列进行分析
3、利用swiss-model对蛋白质序列进行三维结构预测
[实验步骤]
1、首先我们选取几段蛋白质序列
序列的格式为FASTA格式，FASTA是一种基于文本用于表示核苷酸序列或氨基酸序列的格式。
在这种格式中碱基对或氨基酸用单个字母来编码，且允许在序列前添加序列名及注释，如下图所示。
然后我们将准备好的氨基酸序列复制到https:///
点击predictprotein等待几分钟即可得到相应的结果
下图为蛋白质的二级结构预测图
下图是关于这个蛋白质的基础组成和基本的蛋白质概述
然后我们将氨基酸序列复制到
/interactive
点击build model即可得到三维结构
三维结构为。
生物信息实习报告
一、前言随着生物技术的飞速发展，生物信息学作为一门交叉学科，在生命科学领域扮演着越来越重要的角色。
为了更好地了解生物信息学在实际工作中的应用，我于近期在XX生物信息公司进行了为期一个月的实习。
以下是我对实习过程的总结和感悟。
二、实习目的1. 了解生物信息学的基本概念、研究方法和应用领域；2. 掌握生物信息学相关软件的使用技巧；3. 通过实际项目，提高自己的编程能力和数据分析能力；4. 拓宽视野，为今后从事生物信息学研究奠定基础。
三、实习过程1. 公司简介XX生物信息公司成立于2008年，主要从事生物信息学研究和软件开发。
公司拥有一支专业的技术团队，为国内外多家科研机构和生物制药企业提供生物信息学解决方案。
2. 实习内容（1）学习生物信息学基础知识在实习初期，我学习了生物信息学的基本概念、研究方法和应用领域，包括基因组学、蛋白质组学、代谢组学等。
通过学习，我对生物信息学有了更深入的了解。
（2）学习生物信息学相关软件在实习过程中，我学习了多种生物信息学相关软件，如Clustal Omega、MEGA、BLAST等。
这些软件在生物信息学研究中发挥着重要作用，通过实际操作，我掌握了它们的使用技巧。
（3）参与实际项目在实习期间，我参与了公司的一项实际项目，负责基因序列比对、基因功能注释和基因表达分析等任务。
在项目过程中，我运用所学知识，运用Python编程语言编写了相关脚本，提高了自己的编程能力。
（4）团队协作与沟通在实习过程中，我与团队成员积极沟通，共同解决问题。
通过团队协作，我学会了如何与他人合作，提高了自己的团队协作能力。
四、实习收获与体会1. 提高了专业素养通过实习，我对生物信息学有了更深入的了解，掌握了相关软件的使用技巧，提高了自己的专业素养。
2. 增强了实践能力在实习过程中，我参与了实际项目，锻炼了自己的编程能力和数据分析能力，为今后从事生物信息学研究打下了基础。
3. 学会了团队协作在实习过程中，我学会了与他人沟通、协作，提高了自己的团队协作能力。
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生物信息学实验报告：__ 王思____ __ _学号：___ 031040103_ ___指导老师：__ 宋晓峰 _航空航天大学2013年4月实验一生物信息数据库的检索一．实验目的：1.了解生物信息学的各大门户以及其中的主要资源。
2.了解主要数据库的容及结构，理解各数据库注释的含义。
3.以PubMed为例，学会文献数据库的基本查询检索方法。
二．实验容：（1）国际与国的生物信息中心国际NCBI、EBI、ExPASy，EMBL、SIB、TIGR以及国CBI、BioSino的熟悉及容的了解。
核酸序列数据库：genbank/EMBL-bank/DDBJNCBI网址：/EBI网址：/EMBL网址：/embl蛋白质序列数据库：Swiss Prot 、ExPASy网址：/Uniprot网址：/蛋白质结构数据库：PDB网址：/pdb/（2）数据库容、结构与注释的浏览分别读取The spike protein of SARS-Corona Virus在NCBI中的核酸序列、SWISS-PROT蛋白质序列以及PDB蛋白质结构序列，熟悉数据库记录的结构，学会看懂其中的注释。
核酸序列:SWISS-PROT蛋白质序列:PDB蛋白质结构序列:其PDB文件见附件SARS-Corona Virus.PDB文件分别读取Heamagglutinin Genes of H9N2 Subtype Influenza A Viruses（禽流感H9N2亚型HA基因）在NCBI中的核酸序列、SWISS-PROT蛋白质序列以及PDB蛋白质结构序列，熟悉数据库记录的结构，学会看懂其中的注释。
核酸序列:SWISS-PROT蛋白质序列PDB蛋白质结构序列其PDB文件见附件H9N2.PDB文件（3）文献信息的查找与管理有效地使用NCBI PubMed提供的各种主要功能，查询并下载相关课题或研究方向的论文文摘与文献全文。
查询Influenza A Viruses分子进化研究方向的文章。
三．实验要求：（1）以其中的一个信息中心为例，列举其中的主要资源（数据库、网上分析、生物计算、数据下载等）。
以NCBI为例，其主要数据库：BioProject (formerly Genome Project)、Conserved Domain Database (CDD) 、Database of Genotypes and Phenotypes (dbGaP) 、GenBank、Influenza Virus 、Journals in NCBI Databases 、MeSH Database 、Nucleotide Database 、Online Mendelian Inheritance in Animals (OMIA) 、Protein Clusters 、Protein Databas、PubMed 、Reference Sequence (RefSeq) 、Structure (Molecular Modeling Database) 、Third Party Annotation (TPA) Database 、UniGene 、Viral Genomes 等网上分析：BLAST 、VecScreen 、ORF Finder 、COGnitor等生物计算：数据下载功能如下：（2）能够解释给定序列或基因组数据的含义。
（3）检索文献的技巧和效率。
实验二序列多重比对及进化分析一．实验目的：1.学习序列比对工具BLAST以及ClustalW等的使用，能够对序列数据进行初步的分析。
2.掌握基于DNA序列和蛋白质序列构建系统进化树的常用方法和常用工具。
二．实验容：1.在GeneBank数据库中，检索10条轮状病毒（Homo sapiens, Rotavirus）VP7基因的DNA序列，并使用CLUSTALW软件对序列进行多重序列比对；检索结果详见电子稿附件VP7文件夹：senquence1.fasta -senquence10.fasta多重序列比对结果：多重序列比对结果详见电子稿附件：senquence.aln文件2.在GeneBank数据库中检索10条SARS病毒Spike蛋白的氨基酸序列，使用CLUSTALX软件对这十条序列进行多重序列比对；检索结果详见电子稿附件sara文件夹：s0.fasta –s9.fasta多重序列比对结果多重序列比对结果详见电子稿附件sara文件夹： s9.aln3.使用ClustalW软件或其他软件包构建上述DNA分子系统发生树。
系统发生树如下：三．实验要求：1.提交使用CLUSTALX及PHYLIP软件进行多重序列比对及构建系统发生树的结果；2.总结多重序列比对及构建系统发生树的关键事项。
选择合适的比对算法，构建系统发生树时适当选择独立关系的分支序列。
实验三蛋白质结构分析及结构预测一．实验目的：1、掌握蛋白质序列检索的操作方法；2、熟悉蛋白质基本性质分析；3、熟悉基于序列同源性分析的蛋白质功能预测，了解基于motif、结构位点、结构功能域数据库的蛋白质功能预测；4、了解蛋白质结构预测。
5. 学会运用结构浏览软件对生物大分子的结构进行观察。
二．实验容：1.给出实例了解生物大分子结构数据库PDB及MMDB中的记录方式，看懂记录中的容并会运用Rasmol或CN3D软件观察蛋白质的三维结构。
PDB文件1J4N.pdb的记录方式分析见附录。
下图为在Rasmal软件中观察的结果：丝带模型线框模型球棒模型2.使用Entrez或SRS信息查询系统检索水通道(Aquaporin-1, AQP1)蛋白质序列。
AQP1蛋白质序列：MQSGMGWNVLDFWLADGVNSGQGLGIEIIGTLQLVLCVLATTDRRRRDLGGSAPLAIGLSVALGHLLAIDYTGCGINPARSFGSAVITHNFSNHWIFWVGPFIGGALAVLIYDFILAPRSSDLTDRVKVWTSGQVEEYDLDADDINSRVEMKPK详见附件AQP1.fasta3.使用BioEdit软件对上述蛋白质序列进行分子质量、氨基酸组成和疏水性等基本性质分析。
分子量、氨基酸组成Protein: gi|297307120|ref|NP_001171991.1| aquaporin-1 isoform 4 [Homo sapiens]Length = 154 amino acidsMolecular Weight = 16676.11 DaltonsAmino Acid Number Mol%Ala A 12 7.79 Cys C 2 1.30 Asp D 12 7.79Glu E 4 2.60 Phe F 6 3.90 Gly G 18 11.69His H 3 1.95 Ile I 12 7.79 Lys K 3 1.95Leu L 18 11.69 Met M 3 1.95 Asn N 6 3.90Pro P 5 3.25 Gln Q 4 2.60 Arg R 8 5.19Ser S 11 7.14 Thr T 7 4.55 Val V 12 7.79 Trp W 5 3.25 Tyr Y 3 1.95疏水性分析：4.对水通道蛋白质序列进行基于NCBI/Blast软件的蛋白质同源性分析；5.对水通道蛋白质序列进行motif结构分析；6.对水通道蛋白质序列进行二级结构和三维结构预测。
二级结构预测：三级结构预测：数据库显示结构:三．实验要求：1、提交使用上述软件对人水通道蛋白质序列进行基本性质分析、同源性分析、motif 结构分析以及二级结构和三维结构预测的结果；2、相互对比结果，说明产生不同结果的原因，总结进行上述分析所需注意的关键事项。
实验四核酸序列分析一．实验目的1、掌握已知或未知序列接受号的核酸序列检索的基本步骤；2、掌握使用BioEdit软件进行核酸序列的基本分析；3、熟悉基于核酸序列比对分析的真核基因结构分析（含子/外显子分析）；二．实验原理针对核酸序列的分析就是在核酸序列中寻找基因，找出基因的位置和功能位点的位置，以及标记已知的序列模式等过程。
在此过程中，确认一段DNA序列是一个基因需要有多个证据的支持。
一般而言，在重复片段频繁出现的区域里，基因编码区和调控区不太可能出现；如果某段DNA片段的假想产物与某个已知的蛋白质或其它基因的产物具有较高序列相似性的话，那么这个DNA片段就非常可能属于外显子片段；在一段DNA序列上出现统计上的规律性，即所谓的“密码子偏好性”，也是说明这段DNA是蛋白质编码区的有力证据；其它的证据包括与“模板”序列的模式相匹配、简单序列模式如TATA Box等相匹配等。
一般而言，确定基因的位置和结构需要多个方法综合运用，而且需要遵循一定的规则：对于真核生物序列，在进行预测之前先要进行重复序列分析，把重复序列标记出来并除去；选用预测程序时要注意程序的物种特异性；要弄清程序适用的是基因组序列还是cDNA序列；很多程序对序列长度也有要求，有的程序只适用于长序列，而对EST这类残缺的序列则不适用。
三．实验容1、使用Entrez或SRS信息查询系统检索人瘦素 (leptin) 的mRNA、基因组DNA、外显子等核酸序列，连接提取该序列容，阅读序列格式的解释，理解其含义；2、使用BioEdit软件对上述核酸序列进行分子质量、碱基组成、碱基分布、序列变换等基本分析，并从BioEdit软件的“help”栏了解该软件的其它功能；DNA molecule: gi|169790920|ref|NM_000230.2| Homo sapiens leptin (LEP), mRNA Length = 3444 base pairsMolecular Weight = 1045471.00 Daltons, single strandedMolecular Weight = 2093627.00 Daltons, double strandedG+C content = 49.97%A+T content = 50.03%Nucleotide Number Mol%A 903 26.22C 801 23.26G 920 26.71T 820 23.814、使用BioEdit软件对人瘦素 (leptin) 的mRNA序列进行可读框架分析；起始密码位置和编码区围:4、使用NCBI查询系统进行人瘦素 (leptin) 的基因组序列分析。
ATGCATTGGGGAACCCTGTGCGGATTCTTGTGGCTTTGGCCCTATCTTTTCTATGTCCAAGCTGTGCCCATCCAAAAAG TCCAAGATGACACCAAAACCCTCATCAAGACAATTGTCACCAGGATCAATGACATTTCACACACGCAGTCAGTCTCCTC CAAACAGAAAGTCACCGGTTTGGACTTCATTCCTGGGCTCCACCCCATCCTGACCTTATCCAAGATGGACCAGACACTG GCAGTCTACCAACAGATCCTCACCAGTATGCCTTCCAGAAACGTGATCCAAATATCCAACGACCTGGAGAACCTCCGGG ATCTTCTTCACGTGCTGGCCTTCTCTAAGAGCTGCCACTTGCCCTGGGCCAGTGGCCTGGAGACCTTGGACAGCCTGGG GGGTGTCCTGGAAGCTTCAGGCTACTCCACAGAGGTGGTGGCCCTGAGCAGGCTGCAGGGGTCTCTGCAGGACATGCTG TGGCAGCTGGACCTCAGCCCTGGGTGCTGA四．实验方法1、调用Internet浏览器，并在其地址栏输入Entrez网址：/gquery/gquery.fcgi；2、在输入栏输入homo sapiens leptin;3、点击go后显示搜索结果;4、在搜索结果中选择nucleotide前的数字，显示序列接受号及序列名称等；5、查找人leptin (obesity homolog, mouse) mRNA序列（提示：NM_000230），点击序列接受号后显示序列详细信息；6、将序列转为FASTA格式保存7、根据从NM_000230了解的基因定位信息查找人瘦素的基因组DNA (Contig) 的序列接受号及序列识别号，点击序列接受号显示序列详细信息；8、根据从NM_000230了解的HGNC:6553，进入GENATLAS查找人瘦素5’ mRNA、基因组DNA、外显子等核酸序列；9、将上述核酸序列输入BioEdit和DNAClub软件进行序列基本分析；10、打开BioEdit软件，点击“help”栏，阅读“contents”；11、将人瘦素 (leptin) 的mRNA序列输入BioEdit软件进行可读框架分析：打开BioEdit软件→将人瘦素 (leptin) mRNA的FASTA格式序列输入分析框→点击左侧序列说明框中的序列说明→点击sequence栏→选择nucleic acid→点击find next ORF→查看起始密码位置和编码区围（57→557）。