中国首个NGS在临床肿瘤学实践中的大规模调研报告
NGS在肺癌中的应用与报告解读
随机 (手术、穿刺切片)
肿瘤负荷
(病灶大小多少,是否转移)
ctDNA有什么特点? 丰度低!
真实世界48.3%样本 ctDNA占比不足1% 如此低丰度的突变是否有临 床意义?
3000例肺癌血液样本中ctDNA丰度的分布
ctDNA中的低丰度突变真实存在且有临床意义
在成对血液与组织样本中,血液中 检出的丰度为1%以下的突变中 82.8%为与组织吻合的突变位点 这些突变所对应的组织中突变丰度 平均为12%
C
肿瘤细胞占比66%,突变丰度33%
肿瘤组织中的突变丰度与肿瘤细胞占比 密切相关
*在发生拷贝数变异的情况下,突变丰度可能会超过50%
问题6 组织中的低丰度突变是否意义不大?
组织病理评估可以帮助解读肿瘤组织的检测结果,突变的丰度与肿瘤细胞占比密切相关。 未有研究表明,低丰度突变不能指导用药。传统ARMS检测不区分丰度
突变的相对丰度
T790M的相对丰度(RAF)低 可能提示 合并有其他耐药机制
NGS报告解读案例
病例一 MET 14号跳读使用TKI之后继发耐药机制
基线检测:MET exon14skip
MET TKI耐药后检测:MET激酶域点突变
NGS可以发现新的耐药机制
合作发表 Lung Cancer. 2017 Sep 16
病例二 ALK罕见融合对ALK TKI敏感
基线检测:MET exon14skip
NGS可以发现新的耐药机制
CEBPZ:exon3
ALK:exon20
NGS可以检测未知的融合基因
• 精确定位断点,精确区分融合类型 • 发现novel 融合基因
约86% ALK融合为经典的EML4-ALK融合
14% 有
NGS技术在肿瘤个体化治疗中的应用研究
NGS技术在肿瘤个体化治疗中的应用研究引言:肿瘤是世界范围内一种常见病,其发病率和死亡率仍然居高不下。
多年来,人们持续不断地进行着与肿瘤治疗相关的研究和探索,目的是为了找到更有效的治疗方法。
近年来,基因组测序技术(Next Generation Sequencing,NGS)在肿瘤的个体化治疗方面取得了显著的突破。
本文将探讨NGS技术在肿瘤个体化治疗中的应用研究。
一、肿瘤个体化治疗的概念和意义肿瘤个体化治疗,也被称为精准医学或个性化治疗,是根据患者肿瘤的个体遗传特征和其它相关因素,通过对患者进行基因组测序和分析,来制定适合患者个体情况的治疗方案。
相较于传统的肿瘤治疗方法,个体化治疗可以更准确地指导治疗方案的制定,从而提高治疗的成功率和患者的生存率。
因此,肿瘤个体化治疗被认为是未来肿瘤治疗的一个重要发展方向。
二、NGS技术在肿瘤个体化治疗中的应用1. 肿瘤基因组测序NGS技术可以快速高效地对肿瘤样本进行基因组测序,以获取肿瘤细胞中遗传变异的信息。
通过对肿瘤基因组的测序分析,可以发现肿瘤细胞中潜在的致病突变和基因的异常表达,为制定个体化治疗方案提供依据。
同时,肿瘤基因组测序还可用于监测肿瘤的进展和转移,以及评估肿瘤治疗的效果。
2. 靶向治疗的指导NGS技术不仅可以揭示肿瘤的遗传变异,还可以预测肿瘤对特定药物的敏感性。
通过整合多组学数据,如基因组、转录组和蛋白质组等信息,可以寻找到与肿瘤发生和发展相关的关键突变,并进一步预测肿瘤对特定靶向治疗药物的敏感性。
这种个体化的药物选择可以增强治疗的针对性,提高抗肿瘤疗效。
3. 肿瘤免疫治疗的筛选免疫治疗是目前最热门的肿瘤治疗方法之一。
NGS技术可以用于分析肿瘤细胞的免疫组库,并发现肿瘤细胞中存在的免疫逃逸机制和潜在的靶点抗原。
通过对患者肿瘤免疫组库的分析,可以评估免疫疗法的应用前景,并为制定个体化的免疫治疗方案提供依据。
4. 微环境治疗的优化肿瘤微环境是肿瘤细胞周围的细胞和分子组成的复杂网络系统。
从外科视角看NGS的实际临床应用
从外科视角看NGS的实际临床应用自动化高通量测序技术(NGS)作为一项革命性的基因分析工具,已经在临床研究和诊断中得到广泛应用。
从外科视角来看,NGS在实际临床应用中具有许多优势和潜在的应用价值。
首先,NGS可以快速获得大量的基因组信息。
传统的基因测序方法需要对单个基因进行分析,而NGS能够在相对短的时间内对数万个基因进行扩增和测序。
这样,医生可以更全面地了解患者的疾病基因组特征,从而更好地进行诊断和治疗。
其次,NGS可以帮助外科医生进行个体化治疗。
患者的基因组是独一无二的,因此治疗方法也应该因人而异。
NGS可以帮助医生确定患者患其中一种疾病的风险,并为个体化治疗提供依据。
例如,在癌症治疗中,医生可以通过NGS确定患者个体基因组的突变特征,从而选择更加有效的治疗攻击方式。
NGS还可以在外科手术中提高术前、术中和术后的治疗效果。
术前,医生可以通过对患者基因组的全面分析,预测手术的风险,帮助医生更好地为患者做手术准备。
术中,医生通过NGS可以实时监测手术过程中的基因组变化,及时调整手术策略,提高手术成功率。
术后,医生可以通过对患者基因组的分析,指导术后护理和康复,降低术后并发症的发生。
此外,NGS还可以用于外科病例的基因组筛查和研究。
临床外科常见的疾病包括肿瘤、先天性畸形、心血管疾病等,而这些疾病往往与基因组的异常有关。
通过对大量病例的NGS分析,可以更深入地了解这些病例的基因组特征,并发现与疾病相关的新基因。
这有助于科学家和医生进一步研究疾病的发病机制,并开发更精准的治疗方法。
然而,NGS在外科领域的应用仍然存在一些挑战和限制。
首先,NGS的成本较高,且需要复杂的技术和设备支持。
这使得它在一些资源有限的医疗机构难以普及。
其次,NGS分析的数据量庞大,需要高度专业的生物信息学分析能力进行数据解读。
此外,NGS技术在一些特定的基因序列分析上仍存在局限性,如复杂的基因结构和一些基因的多样性。
综上所述,NGS作为一项革命性的基因分析工具,在外科视角下具有重要的临床应用价值。
NGS深度基因测序技术在疾病诊断医学中的前景展望
NGS深度基因测序技术在疾病诊断医学中的前景展望NGS(Next-Generation Sequencing)深度基因测序技术是近年来迅速发展的一项重要技术,其在疾病诊断医学中有着广阔的前景。
NGS技术具有高通量、高灵敏度、高准确性和低成本等优势,已经被广泛应用于疾病的诊断、预测、治疗和个体化医疗等方面。
首先,NGS技术在疾病诊断中的应用前景广阔。
传统的基因测序技术需要耗费大量时间和资源,不能满足快速准确诊断的需求。
而NGS技术通过并行测序大量DNA片段,可以在较短的时间内完成大规模基因测序,从而为疾病的早期诊断和个体化治疗提供有力支持。
通过对患者基因组的全面分析,可以发现潜在的致病基因变异,帮助医生做出准确的诊断。
此外,NGS技术还能够识别疾病的基因模式和相关的基因表达变化,为病理生理过程的理解提供更多线索。
其次,NGS技术可以为疾病的预测和风险评估提供更准确的方法。
通过对大规模样本的基因组分析,可以发现潜在的致病基因和易感基因,为疾病的患病风险评估提供基础。
NGS技术的高通量和高灵敏度能够检测极低频率的基因变异,从而发现对特定疾病易感的遗传变异。
此外,NGS技术还能够对复杂疾病的遗传因素、环境因素和生活方式因素进行深入研究,为疾病的预防和干预提供更全面的信息。
NGS技术在疾病治疗中也具有巨大的发展潜力。
通过对患者基因组的深度测序,可以预测个体对特定药物的反应,从而实现个体化的药物选择和用药方案设计。
NGS技术还可以帮助医生监测疾病的微环境和基因表达变化,为精准治疗和药物研发提供重要参考。
此外,NGS技术还可以通过筛查患者、亲属和群体中潜在的致病基因变异,为基因治疗和基因编辑提供有力支持。
值得注意的是,NGS技术在疾病诊断医学中的应用还面临一些挑战和障碍。
首先,NGS技术的数据处理和分析需要强大的计算和存储能力,这对医疗机构的硬件设施和人员技术素养提出了要求。
其次,如何对庞大的基因组数据进行准确解读和诊断,仍然是一个亟待解决的问题。
最新!张绪超教授解读中国首个《NGS报告解读指引》
最新!张绪超教授解读中国首个《NGS报告解读指引》2021 年3 月,《二代测序临床报告解读指引》(以下简称《指引》)在《循证医学》正式发布,作为中国首个针对二代测序(Next Generation Sequencing, NGS)报告解读规范性文件,《指引》不仅为检验机构提供了如何规范 NGS 报告的指南,也为临床医生提供了解读策略,将进一步规范中国肿瘤 NGS 报告的临床实践,为广大患者的临床获益提供保障。
我们邀请了《指引》的执笔组长,广东省肺癌研究所所长张绪超教授,为我们讲述《指引》诞生背后的故事。
「让中国临床医生能够在二代测序报告解读当中成为专家,更准确地把报告数据应于临床精准诊断和用药」Q:张绪超教授,您好,首先恭喜《二代测序临床报告解读指引》正式发布,您作为执笔组长,能为我们介绍一下《指引》的初衷和目标吗?张绪超教授:NGS 检测服务已经成为临床实践的常规,也是临床精准用药的必备工具。
但全球临床医生在 NGS 解读报告能力方面都有待进一步提升,如果过度解读、无法解读或者是不正确的解读具体报告,都不利于患者临床用药。
国际上第三方公司和管理机构都要求规范的报告结果和解读,这种规范对于 NGS 最后一公里应用于临床非常重要。
所以我们制定《指引》的目标和初衷就是让中国临床医生能够在二代测序报告解读当中成为专家,能够更好地、更准确地把这些报告的数据应用于临床精准诊断和用药。
「简洁明确,能够让医生一看就懂」Q:《二代测序临床报告解读指引》有哪些亮点?张绪超教授:《指引》亮点主要包括:● 第一是简洁精炼专家组是希望通过简化的方式,让我们临床医生一看就能够理解,从而快速、准确解读 NGS 报告。
《指引》也是我们现在知道的首个针对二代测序报告解读规范性文件(中文版)。
● 第二是凝聚多学科专家的智慧《指引》在吴一龙教授(CSCO 临床肿瘤标志物主任委员、《指引》名誉主编)带领下,汇聚 80 多位专家参与讨论并成功撰写最终定稿。
二代测序(NGS)在肿瘤检测中的应用
二代测序(NGS)在肿瘤检测中的应用什么是二代测序?二代测序是一种高通量测序技术,又称为下一代测序,指的是与Sanger测序技术相比,能同时进行大量DNA或RNA序列测序的新一代测序技术。
二代测序主要包括Illumina、Ion Torrent、BGI等不同平台,都具有高通量、高灵敏度、高精度、低成本等优势。
它已经广泛应用于基因组学、转录组学、表观基因组学以及其他生命科学领域的研究和应用中。
二代测序的优缺点相较于传统的sanger测序、PCR技术、FISH等,二代测序优点有哪些?01产量高:能够一次性测序数百万到数千万条读段,比传统高出好几个数量级,大大提高了测序数据的覆盖率和可靠性。
02准确性高:高质量的测序和分析能够避免Sanger测序中的一些错误,如Sanger测序就很难以高的可信度将7个A和8个A区分开来。
03灵敏度高:能够检测到低浓度样本中的DNA或RNA。
04检测范围广:能够同时进行多种基因检测。
对于只能切一次的小样本,又同时需要多种基因检测,二代测序是最好的选择,这对患者意义重大。
二代测序也能够用于基因组学、转录组学、表观遗传学等多个领域的研究和应用。
05成本低:相比传统测序技术,二代测序每个基因的成本更低。
当然二代测序也有些短板:01对样本质量要求较高:如果样本有大量炎症、坏死、氧化等可能导致数据质量的下降。
02数据分析难度较大:由于数据量大、质量不一和分析方法复杂等问题,对数据分析和解读的要求较高。
03报告周期长:相对于传统检测,二代测序复杂的实验流程和分析需要耗费时长更长。
二代测序对肿瘤患者有什么意义呢?二代测序在肿瘤领域中,可以帮助医生更好地了解肿瘤的性质、演化过程和药物敏感性等,从而为肿瘤的诊断、治疗和预后评估提供更精准的指导。
具体包括以下几个方面:01帮助诊断二代测序技术可对患者的基因组进行全面测序,帮助医生判断某些疾病是否是遗传性的。
对于有明显家族肿瘤史者,有必要进行特定的遗传性肿瘤综合征基因检测。
ngs发展现状及未来趋势分析
ngs发展现状及未来趋势分析随着科技的不断发展,基因组学领域的NGS(Next Generation Sequencing)技术也在不断进步和变革。
NGS技术的广泛应用已经改变了我们对基因组及其功能的认识,并在许多领域中发挥着重要的作用。
本文将对NGS技术的发展现状进行概述,并分析未来的趋势。
首先,让我们回顾一下NGS技术的发展历程。
NGS技术是一种高通量的DNA测序技术,相比传统的测序方法,它具有更快、更便宜和更准确的特点。
首次商用化的NGS平台是2005年由Illumina推出的Solexa测序技术。
这项技术在测序长度、通量和准确性方面都有重大突破,为基因组学研究提供了强大的工具。
此后,其他公司如Roche/454、ABI/SOLiD等也相继推出了自己的NGS平台,推动了NGS技术的快速发展。
NGS技术的应用领域广泛,其中最重要的就是基因组学研究。
基因组学是研究基因组结构、功能和演化的学科,而NGS技术使得研究人员能够高效地获取大规模的基因组信息。
通过NGS技术,人类基因组计划(Human Genome Project)得以顺利完成,为人类基因组的理解奠定了坚实的基础。
NGS技术还被广泛应用于肿瘤学、遗传学、种群遗传学、微生物学等领域,加速了这些领域的研究进展。
在NGS技术的发展中,不断提高测序质量和降低测序成本是一项重要任务。
随着NGS平台的不断升级和改进,测序质量得到了大幅提升,错误率大大降低。
同时,NGS技术的成本也在逐渐降低,使得更多的研究者能够负担得起这项技术。
这些改进和降低成本的努力有助于推动NGS技术的普及和应用。
未来,NGS技术仍然有许多发展的空间和潜力。
首先,随着单次测序长度的不断增加,NGS技术将能够更全面地读取基因组信息。
这将有助于更好地理解基因组结构和功能。
其次,NGS技术的应用领域将进一步扩展。
例如,在临床医学中,NGS技术已经开始应用于个体化医疗和疾病预测。
未来,随着技术的进一步发展,NGS技术可能成为早期癌症筛查和疾病诊断的重要工具。
NGS技术在医学诊断中的应用
NGS技术在医学诊断中的应用随着科技的不断进步,新一代测序技术(NGS)已经被越来越广泛地应用于临床诊断领域。
NGS技术在医学诊断中的应用可以帮助我们更准确地了解疾病的发病机制、预后以及疾病的治疗效果等方面,进而更加精确地制定个性化的治疗方案,为患者提供更好的医疗服务。
本文将深入探讨NGS技术在医学诊断中的应用。
NGS技术简介NGS技术是指在高通量的测序平台下,同时对多个待测样品进行高通量测序的技术。
NGS技术的优势在于速度快、数量大、准确性高,并且可以高通量同时检测多个样品。
随着NGS技术的不断发展,它已经广泛应用于医学领域,如基因筛查、个性化医学、汉斯顿分析、癌症诊断和治疗等。
NGS技术在医学诊断中的应用被广泛应用于人类疾病的遗传学研究、癌症分子生物学和基因组医学等领域。
NGS技术在遗传学研究中的应用NGS技术可以用于分析人类遗传学。
在过去,遗传学分析主要是用单一的基因测序技术来检测一些已知的遗传缺陷。
随着NGS 技术的出现,遗传学分析变得快速、准确和全面。
NGS技术可以同时测定数百万个单核苷酸多态性(SNPs)和数千个基因,甚至可以进行全基因组测序,从而得出更加全面的遗传学分析结果。
此外,NGS技术可以实现快速的基因检测,并为存在疑难病例的患者提供解决办法。
通过NGS技术的应用,可以将传统的遗传分析从单一遗传突变研究扩展到多基因或全基因组突变研究,从而更好地诊断和治疗常见的遗传性疾病,例如先天性免疫缺陷病、遗传性失聪、先天性心脏病等疾病。
NGS技术在癌症分子生物学和基因组医学中的应用NGS技术可以大大拓展癌症分子生物学和基因组医学的研究范围。
NGS技术可以检测癌症基因组中的突变,包括癌症基因、肿瘤抑制基因和其他机制相关的基因突变。
这对于研究癌症分子生物学和基因组医学是非常重要的。
此外,NGS技术可以用于建立癌症基因组数据库,实现大规模的癌症基因组分析和数据处理,为新型抗癌药物的开发提供基础研究支持。
临床NGS检测报告解读与肿瘤精准诊疗护理课件
肿瘤患者康复与随访
康复训练
根据患者的具体情况,制定康复 训练计划,包括肢体功能训练、 语言康复等。
随访管理
定期对患者进行随访,监测病情 变化,及时调整治疗方案,提高 治疗效果。
05
案例分享与讨论
BIG DATA EMPOWERS TO CREATE A NEW
ERA
典型病例分析
1 2 3
病例一
鼓励患者家属参与护理,提供必 要的家庭和社会支持,让患者感
受到关爱和温暖。
患者生活护理与饮食指导
生活护理
关注患者的日常生活需求,提供必要的日常照护 ,如口腔护理、皮肤护理等。
饮食指导
根据患者的病情和营养需求,制定个性化的饮食 方案,提供营养支持。
运动与休息
指导患者进行适当的运动和休息,促进身体康复 ,提高生活质量。
靶向药物选择与使用
根据患者的基因突变,选择能够针对 性抑制肿瘤生长的靶向药物。
根据基因测序结果,选择能够与肿瘤 细胞特定基因突变结合的靶向药物, 从而精准地抑制肿瘤细胞的生长,提 高治疗效果并降低副作用。
免疫治疗在肿瘤中的应用
利用免疫系统来攻击肿瘤细胞的治疗方法。
通过激活或增强患者自身的免疫系统来识别和攻击肿瘤细胞,从而达到治疗肿瘤 的目的。免疫治疗已成为肿瘤治疗的重要手段之一,尤其在某些类型的癌症中取 得了显著疗效。
预后判断
根据突变类型和特点,评 估患者的疾病预后和生存 期。
临床指导
为医生制定治疗方案和患 者管理提供依据。
耐药性分析及指导治疗
耐药性分析
分析突变基因与耐药性的关系, 预测患者对抗癌药物的反应。
指导治疗
根据耐药性分析结果,为患者提供 针对性的治疗方案和药物选择。
NGS行业调研报告
NGS行业调研报告NGS(Next Generation Sequencing)是一种新型的高通量测序技术,被广泛应用于生命科学研究领域。
本文将对NGS行业进行调研,分析其市场状况和未来发展前景。
首先,NGS行业是一个快速发展的行业。
随着科技的进步和生物学研究的深入,NGS技术不断被改进和完善,使其成本和时间效率大幅提高。
因此,越来越多的机构和实验室开始采用NGS技术进行基因测序和研究,推动了行业的快速增长。
其次,NGS技术在医学领域具有巨大的潜力。
NGS技术可以帮助科学家们更好地理解人类基因组的结构和功能,揭示基因和疾病之间的关联。
这对于精准医学的发展至关重要,可以为疾病的预防、诊断和治疗提供更准确的依据。
因此,NGS技术在医学领域的应用前景非常广阔。
此外,NGS技术还在农业和环境保护等领域发挥着重要作用。
它可以帮助农业科学家们提高农作物的产量和质量,提供更有效的方法来预防和控制病虫害。
在环境保护方面,NGS技术可以用于监测环境中的微生物种群,评估生态系统的健康状况,为环境管理和保护提供科学依据。
然而,尽管NGS技术有巨大的潜力和广阔的应用前景,仍然存在一些挑战和问题需要克服。
首先,NGS技术的成本较高,限制了其在一些实验室和机构的普及和应用。
其次,NGS技术的数据处理和分析也面临着巨大的挑战,需要更强大的计算资源和数据分析工具来处理和解读海量的测序数据。
综上所述,NGS行业是一个快速发展且具有巨大潜力的行业。
随着NGS技术的不断进步和应用领域的拓宽,NGS行业有望在未来取得更大的发展。
然而,为了实现其潜力,行业需要进一步降低成本、提高效率,并加大对数据分析的研究和投入,以推动NGS技术的广泛应用和市场的发展。
肿瘤治疗到底有没有黑幕医生张煜要与卫健委专家团公开辩论
能够与调查该事件的专家团队进行公开辩论,一是为了将此事解释清楚,给患者及民众“一个交代”;二是向民众科普肿瘤治疗的相关知识,了解肿瘤治疗中的诊治原则。
2020年年底,世界卫生组织国际癌症研究机构(IARC)发布了2020年全球最新癌症负担报告。
报告显示,病人自身的求生欲以及医患关系后面利益的纠葛,使得癌症治疗对于很多患者家庭来说都是“生命不能承受之重”。
《中国经济周刊》记者针对目前肿瘤诊疗过程中争议较多的种种疑问进行了调查。
2020年全球新发各类癌症共计1930万例,死亡近1000万例。
几乎每5人中就有1人在一生中会罹患癌症,而每8名男性、每11名女性中即有1人因癌症而死亡。
即使在医疗水平已经相当发达的今天,癌症本身所隐含的不确定性,新疗法和新药物所需的昂贵治疗费用,一问:过度诊疗是普遍存在的现象吗?4月18日,张煜在知乎上发文称,在绝大多数情况下肿瘤的治疗不应该造成人财两空,治疗效果应该比目前更好并且花费更少。
张煜表示,目前医疗行业最大的问题,并不是以药养医,而是监督力度缺乏,导致某些医生肆意妄为,由此而来的不良医疗行为伤害了患者的利益,是导致医患纠纷增加的重要因素,同时这也是导致普通民众认为看病难、看病贵的重要原因。
针对张煜提出的有些医生在肿瘤治疗中有明显的不端行为这一说法,记者咨询了一些业内人士。
一些肿瘤科专家对记者表示,尽管对于 “不端行为”这一提法有些争议,但是在过往的诊疗经历中,过度检查、超限用药及重复给药的现象普遍存在。
多位肿瘤患者对《中国经济周刊》记者说,在治疗过程中,过于频繁的影像检查是最常见的问题。
有患者称,自己从肿瘤确诊到第一次手术,不到一个月的时间内就经历了6次同一部位的增强CT检查,其中3次是同一医院开出的检查要求。
“如果说不同医院之间因为仪器差别、影像科技术人员的技术差别要求重复检查,我还能理解,为什么同一家医院需要在术前两周之内提出3次检查要求?骨巨细胞瘤又不是高度恶性肿瘤,两周时间肿瘤会发生那么明显的变化吗?”患者对记者讲述自己的质疑。
二代测序临床报告解读指引
2020年8月第20卷第4期循证医学The Journal of Evidence-Based MedicineAug.2020Vol.20No.4二代测序临床报告解读指引二代测序临床报告解读专家组[摘要]二代测序(next generation sequencing,NGS)已成为中国临床肿瘤医生常用检测工具,而中国超90%临床医生需要NGS报告解读支持。
因此,为提升临床医生NGS报告解读能力,特编写了NGS临床报告解读指引,以帮助临床医生梳理NGS报告解读逻辑,快速抓取关键信息,同时尽可能规避过度解读基因组信息导致的潜在危害。
本文从临床靶点或驱动基因相关体细胞变异注释及解读、NGS报告解读及临床决策、可报告范围及质量控制等方面详细介绍了NGS报告解读应遵循的恰当的结构化循证原则,正确理解NGS报告的逻辑结构、抓取关键信息并综合分析,为肿瘤患者带来切实的临床获益。
帮助医生在综合浏览完一份样本检出的所有分子变异后,结合患者的基本临床信息以及既往或同期其他配对样本检测结果,综合判断患者疾病的全面分子特征谱及其演化过程,了解这些信息所提示的生物学意义和临床意义,最终做出正确的临床决策。
[关键词]二代测序;报告解读;指引[中图分类号]R446.7[文献标识码]A DOI:10.12019/j.issn.1671⁃5144.2020.04.001 Standards and Guidelines for the Interpretation of Next GenerationSequencing Clinical ReportsNext Generation Sequencing Clinical Report Interpretation Expert GroupAbstract:In China,next generation sequencing(NGS)has became a common molecular testing tool used by clinical oncologists,however,NGS clinical reports could be overwhelming for some clinicians who are unfamiliar with NGS.Approximately90%of clinicians are dependent on external support for the interpretation of NGS reports.In order to improve the clinicians ability to interpret and derive more information from NGS reports,a working group comprised of clinical oncologists and NGS professionals from all over China have compiled relevant standards and guidelines to equip the clinicians with the knowledge to identify the key information and avoid the over⁃interpretation of genomic information from NGS clinical reports.This article provides a detailed introduction on the logically structured evidenced⁃based principles of NGS reports including the interpretation of somatic mutations related to clinical targets or driver genes,the proper interpretation of genomic results to inform clinical decision⁃making,reportable scope,sample quality control,and other relevant information included in NGS clinical reports.With a better grasp on the information from NGS reports,the clinicians should be able to integrate the basic clinical information,other past or present test results,and the molecular profile of the patient to comprehensively assess the patient s disease and tailor a treatment strategy that will benefit the patient.Key words:next generation sequencing;report interpretation;guideline背景目前二代测序(next generation sequencing,NGS)已成为中国临床肿瘤医生常用检测工具,中国临床肿瘤学会(Chinese Society of Clinical Oncology,CSCO)肿瘤生物标志物专家委员会发布的第1个NGS临床应用调研显示,大于30%的肿瘤科医生每月NGS检测量超5个,而中国超过90%临床医生需要NGS报告解读支持。
ngs行业报告
ngs行业报告NGS行业报告。
NGS(Next Generation Sequencing)是一种高通量的基因组测序技术,它已经成为生命科学领域的重要工具。
NGS技术的快速发展和广泛应用对生物医学研究、临床诊断、农业科学等领域产生了深远影响。
本文将对NGS行业的发展现状、市场规模、技术趋势和应用前景进行深入分析。
NGS行业的发展现状。
随着NGS技术的不断成熟和降低成本,NGS行业在过去十年里取得了长足的发展。
NGS技术已经成为生物医学研究的重要工具,广泛应用于基因组学、转录组学、表观基因组学等领域。
同时,NGS技术也在临床诊断、个性化医疗、药物研发等方面发挥着越来越重要的作用。
NGS行业的市场规模。
根据市场调研机构的数据显示,NGS行业的市场规模在过去几年里呈现出快速增长的趋势。
预计到2025年,全球NGS市场规模将达到数十亿美元。
其中,医疗保健领域对NGS技术的需求将继续增长,成为NGS行业的主要驱动力。
NGS技术的趋势。
随着NGS技术的不断创新和改进,NGS行业呈现出一些明显的技术趋势。
首先,NGS技术的成本将进一步降低,使得更多的实验室和机构能够使用NGS技术进行基因组测序。
其次,NGS技术的测序速度和精度将得到进一步提升,使得NGS技术能够更好地满足不同研究和临床应用的需求。
此外,NGS技术还将向单细胞测序、元基因组学、长读长序列等方向发展,拓展了NGS技术的应用领域。
NGS技术的应用前景。
NGS技术在生命科学领域的应用前景非常广阔。
在基因组学研究领域,NGS 技术已经成为了解生命基因组的重要工具,为人类疾病的研究和治疗提供了重要支持。
在临床诊断领域,NGS技术已经开始应用于癌症的早期筛查、遗传病的诊断等方面。
未来,随着NGS技术的不断发展,它将在临床诊断、个性化医疗、药物研发等领域发挥越来越重要的作用。
总结。
NGS行业作为生命科学领域的重要技术和工具,已经取得了长足的发展。
随着NGS技术的不断创新和应用,NGS行业的市场规模将继续扩大,技术趋势将不断向前发展,应用前景将更加广阔。
NGS在胃肠肿瘤中的应用【51页】
伊立替康+西妥昔单抗±维罗非尼治疗BRAF突变的mCRC患者的随机研究:SWOG S1406
SWOG S1406:患者特征
西妥昔单抗 + 伊立替康(n=50)a
维罗非尼 + 西妥昔单抗 + 伊立替康 (n=49)a
中位年龄,岁 (范围)
除了BRAF抑制剂获得推荐以外,此更新还有一个含义:旧版指南不推荐在BRAF突变者中单纯使用EGFR单抗,而新版指南推荐在联合BRAF抑制剂的情况下使用EGFR单抗。
RAS其他位点突变对预测西妥昔单抗疗效的影响
Br J Cancer. 2009 Aug 18;101(4):715-21.
PFS
OS
2018版指南推荐BRAF V600E突变的mCRC患者,采用“伊立替康+西妥昔单抗或帕尼单抗+维罗非尼”(即VIC方案)作为二线以上治疗并将原来的脚注修改为“BRAF V600E基因突变者,将不太可能对西妥昔单抗或帕尼单抗的治疗产生应答,除非与BRAF抑制剂联合使用”。
主要终点:PFS关键次要终点:治疗相关毒性的发生率和严重程度OS在可测量疾病的患者亚组的ORR,包括经确认的以及未经确认的CR和PR
队列2:HER2扩增 RAS/BRAF-WT mCRC患者99例,HER2检测采用二代测序法(≥4个拷贝数)
研究结论:HER2扩增独立于RAS和BRAF V600E突变为一个独特的亚组;抗EGFR单抗疗效的阴性预测因子,其影响强度类似于RAS突变临床提示:建议在使用EGFR抑制剂前,进行HER2检测,早期识别HER2扩增患者,可以改善该亚组患者的生活质量甚至生存预后
POLEm的mCRC患者在PD-1治疗中获益
2023年NGS试剂盒行业市场调查报告
2023年NGS试剂盒行业市场调查报告市场调查报告:NGS试剂盒行业市场背景:NGS(Next Generation Sequencing,下一代测序)是指一种高通量测序技术,它在分子生物学、基因组学和生物信息学等领域有着广泛应用。
NGS试剂盒是进行NGS测序所必需的试剂盒,用于提取、准备和测序DNA或RNA样本。
目前,NGS技术已经在人类基因组学、肿瘤学、农业科学以及其他研究领域发挥了重要作用,因此NGS试剂盒市场也在不断增长。
根据市场研究公司的数据,NGS试剂盒市场在过去几年里维持了较快的增长速度,并预计未来几年仍将继续增长。
市场规模:NGS试剂盒市场的规模从2019年到2025年预计将以每年XX%的速度增长。
预计到2025年,市场规模将达到XX亿美元。
市场驱动因素:1. 科学研究和医学需求:NGS技术广泛应用于基础科学研究、新药研发、临床诊断和个体化医学等领域。
科学研究和医学需求的增加将推动NGS试剂盒市场的增长。
2. 技术进步:NGS技术不断进步,现在可以进行更快、更准确和更经济的高通量测序。
技术进步将促进NGS试剂盒的开发和市场需求。
3. 基因组学发展:随着基因组学的发展,对于大规模基因测序的需求也逐渐增加。
NGS试剂盒作为基因测序的重要工具,在这一领域有着广阔的市场前景。
市场分析:NGS试剂盒市场可以按照产品类型、应用领域和地理位置进行划分。
根据产品类型,NGS试剂盒市场可以分为DNA试剂盒、RNA试剂盒和其他试剂盒。
DNA试剂盒占据市场份额的最大部分,这主要是因为DNA测序在NGS技术中的广泛应用。
根据应用领域,NGS试剂盒市场可以分为临床诊断、基础研究和药物开发等。
临床诊断是NGS试剂盒市场的主要驱动力,这主要是因为NGS技术在临床诊断中能够提供更准确和个体化的结果。
根据地理位置,NGS试剂盒市场可以分为北美、欧洲、亚洲和其他地区。
目前北美是NGS试剂盒市场的最大消费地区,这主要是因为北美地区的科学研究和临床诊断需求较大。
下一代测序(NGS)技术的发展及在肿瘤研究的应用
下一代测序(NGS)技术的发展及在肿瘤研究的应用
邵向阳;徐伟文
【期刊名称】《分子诊断与治疗杂志》
【年(卷),期】2016(008)005
【摘要】下一代测序(next-generation sequencing,NGS)由于高灵敏度、高通量、高度自动化等特性,近年来在疾病的研究和诊断治疗中越来越多地被应用.下一代测
序技术的发展为肿瘤分子生物学的研究提供了新的手段.本文就下一代测序技术的
种类、特点、发展趋势及其在肿瘤研究中的应用作简要的综述.
【总页数】8页(P289-296)
【作者】邵向阳;徐伟文
【作者单位】南方医科大学生物技术学院,广东,广州510515;南方医科大学生物技
术学院,广东,广州510515
【正文语种】中文
【相关文献】
1.美国FDA发布2个指南文件以推动“下一代测序”技术发展 [J], 夏训明;
2.下一代测序技术在感染性疾病中的应用进展 [J], 周建霞;许爱国
3.脑脊液宏基因组下一代测序技术在中枢神经系统感染性疾病诊断中的应用 [J],
赵雪瑶;李大伟
4.下一代测序技术在食源性致病微生物风险识别和溯源中的应用 [J], 刘云哲;王琳;张喜悦;邹明;王君玮;赵格
5.脑脊液宏基因组下一代测序技术在中枢神经系统感染性疾病诊断中的应用 [J],
赵雪瑶;李大伟
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中国首个NGS在临床肿瘤学实践中的大规模调研报告
2018年《JCO Precision Oncology》发表了一项具有美国NGS 代表性的肿瘤医生调研报告:75.6% 的美国肿瘤医生都在用NGS 基因检测技术指导肿瘤治疗!1
2019年9月19日,CSCO燃石卫星会上报告了一项具有中国NGS代表性的肿瘤医生调研报告:95.4%的中国肿瘤医生愿意在未来推荐更多患者选择NGS检测,同时,在不考虑经济因素的情况下,46.5%的医生会推荐NGS大panel,大panel 的NGS已经逐渐成为临床选择趋势!2
▲中国NGS在临床肿瘤学实践中的调研报告
二代测序(NGS)又称大规模平行测序,能够同时对上百万甚至数十亿个DNA分子进行测序,实现了大规模、高通量测序的目标,是继Sanger 测序之后的革命性进步。
近年来,NGS技术发展迅速,其应用已进展至临床肿瘤检测,尤其在中国的普及发展,由于没有受到监管的控制,NGS的普及应用程度可能比国外更高。
中国肿瘤NGS临床普及应用程度有多高?没人统计过,基于此背景,CSCO肿瘤生物标志物委员会携手燃石医学共同发起和完成了具有中国NGS代表性的肿瘤医生调研报告。
(ppt内容来自2019年CSCO 燃石卫星会,旨在进行学习交流,侵删!)
✦调研方式:线上调研。
✦调研对象:30个省市的临床肿瘤医生(三甲医院,主治及以上为主)。
✦调研数量:1020名(980名曾推荐患者进行NGS检测的医生+ 40名未曾推荐患者进行NGS检测的医生)。
✦调研医生背景:看诊癌种与中国癌症流行数据一致(Globocan2018)。
中国首个NGS在临床肿瘤学实践中的大规模调研报告将分为以下
三个部分进行介绍:
① NGS临床应用习惯;② 不同癌种Biomarker 认知程度;③ NGS检测规范化情况。
① NGS临床应用习惯:
✦ NGS使用频率:>30%肿瘤医生每个月NGS检测处方量超过5个;表明NGS检测已成为中国肿瘤临床医生的常规检测工具!✦ NGS 检测主要目的:临床指导用药!(国内临床NGS检测主要目的:1. 临床指导用药;2. 复发监控、疗效评估;3. 跨适应症用药vs 美国临床NGS检测主要目的:1. 临床指导用药;2. 复发监控、疗效评估;3. 跨适应症用药)✦NGS使用目的与各癌种目前诊治现状高度相关:辅助诊断和用药:肺癌,结直肠癌,乳腺癌等;复发监控疗效评估:子宫内膜癌,淋巴瘤,肝癌等;跨适应症用药:淋巴瘤,乳腺癌,胃癌/食管癌等;临床入组:尿路上皮癌,卵巢癌,肝癌等。
✦遗传筛查关注度最高癌种:卵巢癌(54%)> 子宫内膜癌(38%)=乳腺癌(38%)> 结直肠癌(37%)等。
✦ NGS应用场景:以一线治疗为主导,NGS检测在临床诊疗的各阶段都有应用;晚期一线治疗(胰腺癌,淋巴瘤,肺癌等)> 术后辅助治疗(子宫内膜癌,肝癌,结直肠癌等)> 晚期后线治疗(胰腺癌,卵巢癌,淋巴瘤等) > 新辅助治疗(尿路上皮癌,前列腺癌,胃癌/乳腺癌等)。
✦NGS主要参数关注顺序:肿瘤医生在具体推荐检测panel 时,基因数目是临床考虑的主要参数。
基因数目 > 变异类型是否覆盖 > 测序深度 >最低检测限。
目前,超过半数临床医生开始关注NGS的具体质控参数。
在不考虑经济因素的情况下,46.5%的医生会推荐大panel,大panel的NGS已经逐渐成为临床选择趋势!
② 不同癌种 Biomarker 认知程度:
✦肺癌Biomarker:EGFR、ALK、ROS1、KRAS、PD-L1等。
62.8%的医生同时关注EGFR、ALK、ROS1这三个基因;免疫治疗在肺癌中受到认可,>50%医生关注PD-L1的表达;单次检测已经无法满足肺癌的临床需求,多基因平行检测是肺癌的刚需。
✦结直肠癌Biomarker:KRAS/NRAS、BRAF、MSI等。
✦胃癌/食管癌/EGJ
癌 Biomarker:MSI,PD-L1,TMB,HER2等。
✦乳腺癌 Biomarker:HER2,BRCA1/2,CDK4/6等。
✦全癌种免疫Biomarker:绝大多数医生重视免疫治疗,最为关注PD-L1的检出,此外,67.5%医生同时关注PD-L1和TMB。
③ NGS检测规范化情况:
✦选择检测平台时,精准检测、生信解读、质控成为临床医生最重要考量因素。
✦规范化检测背书:国际认证、NMPA审批;75.4%的医生认为,拥有国际质量管理体系证书代表NGS检测规范化!
✦ 23.27%临床专家对NGS实验室认证体系完全不了解。
✦月均>10个患者进行NGS检测的医生中,30.36%从未收到过送检样本不合格/样本质量警示提醒。
燃石内部数据显示样本质检不达标比例在0.5~5%。
✦ 58.47%的医生常规推荐1-2家检测公司,41.53%的医生常规推荐≥3家检测公司。
推荐比较多的检测公司有燃石医学,艾德生物,华大基因,世和基因,思路迪等。
✦中国NGS临床应用主要限制因素:价格高、是否有临床价值、缺少接触渠道。
价格高在美国也是主要限制因素。
✦超过 95% 医生愿意在未来推荐更多患者选择NGS检测!
重点总结:✦在推荐患者进行NGS检测的医生中,超过 30% 临床医生每月NGS检测大于5个,NGS已经成为肿瘤临床肿瘤医生常用检测工具;✦不同医生对NGS检测目的、临床应用场景略有不同,但均与各癌种目前诊治现状高度匹配;✦基因数目是临床选择NGS考虑的主要参数,在不考虑经济条件下,超过300基因的大panel成为临床选择趋势;✦免疫Biomarker如 PD-L1,TMB已经成为常用靶点之后临床最为关注的分子标志物;✦ 23% 的临床医生对NGS实验室认证体系完全不了解,超过 30% 常用NGS的临床医生从未收到不合格/警戒提示,90% 医生临床医生NGS报告需要解读,说明国内NGS检测的规范化及教育仍任重道远。
参考资料:
1.Freedman A N, Klabunde C N, Wiant K, et al. Use of next-generation sequencing tests to guide cancer treatment: results from a nationally representative survey of oncologists in the United States[J]. JCO Precision Oncology, 2018, 2: 1-13.
2.张绪超.,中国NGS在临床肿瘤学实践中的调研报告,PPT,CSCO燃石卫星会,20190919.
来源:基因Talk。