简并引物的设计(课堂PPT)
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GeneFisher2
• 对引物的修饰
降低简并度的方法： 通过用次黄嘌呤代替简并度高的碱基 通过密码子偏好选择合适的碱基
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2020/4/24
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• 利用软件设计引物
Primerwk.baidu.com5.0 支持简并引物的设计 在线设计：CODEHOP
• 充分注意物种对于密码子的偏好性，选择该物种使用频率 高的密码子，以降低引物的简并性。
• 引物不要终止于简并碱基，对于大多数氨基酸残基来说， 意味着引物3’末端不要位于密码子的第三位。
• 在简并度高的位置，可用次黄嘌呤（dI）代替简并碱基。
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谢谢观赏
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GeneFisher2
• 对引物的修饰
降低简并度的方法：
通过密码子偏好选择合适的碱基
通过用次黄嘌呤代替简并度高的碱基
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简并引物设计原则
• 尽量选择简并度低的氨基酸区域为引物设计区。如甲硫氨 酸和色氨酸均只有一个密码子。尽可能不用含有亮氨酸、 精氨酸、丝氨酸的肽段。
简并引物的设计
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简并引物
• 简并引物：是克隆未知基因的一种引物设计方案。简
并引物的出现是出于遗传密码的简并性。有时需要根据一 段氨基酸的保守序列反推到DNA 水平设计引物。由于大多 数氨基酸的遗传密码不止一种，因此，由氨基酸序列反推 DNA 序列时，就遇到部分碱基的不确定性。这种不确定性 因物种或细胞亚结构的不同而异，这样设计出来的引物实
将搜索到的同一基因的不同氨基酸序列进 行多序列比对
• 确定合适的保守区域
设计简并引物至少需要上下游各有一个保 守区域，且两个保守区域相距50～400个氨 基酸为宜，使得PCR产物在150~1200bp之间， 最重要的是每一个保守区域至少有6个氨基 酸。
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• 利用软件设计引物
Primer 5.0 支持简并引物的设计 在线设计：CODEHOP
际上是多种序列的混和物，在某些位点有所变化，但大部 分还是相同的，称之为简并引物。
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简并引物设计方法
• 利用NCBI搜索不同物种中同一目的基 因的蛋白或cDNA编码的氨基酸序列。
因为不同物种的密码子偏好问题，不同的 核酸序列可能表达的氨基酸序列是相同的， 所以氨基酸序列才是真正保守的。
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• 对所找到的序列进行多序列比对
• 对引物的修饰
降低简并度的方法： 通过用次黄嘌呤代替简并度高的碱基 通过密码子偏好选择合适的碱基
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• 利用软件设计引物
Primerwk.baidu.com5.0 支持简并引物的设计 在线设计：CODEHOP
• 充分注意物种对于密码子的偏好性，选择该物种使用频率 高的密码子，以降低引物的简并性。
• 引物不要终止于简并碱基，对于大多数氨基酸残基来说， 意味着引物3’末端不要位于密码子的第三位。
• 在简并度高的位置，可用次黄嘌呤（dI）代替简并碱基。
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GeneFisher2
• 对引物的修饰
降低简并度的方法：
通过密码子偏好选择合适的碱基
通过用次黄嘌呤代替简并度高的碱基
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简并引物设计原则
• 尽量选择简并度低的氨基酸区域为引物设计区。如甲硫氨 酸和色氨酸均只有一个密码子。尽可能不用含有亮氨酸、 精氨酸、丝氨酸的肽段。
简并引物的设计
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简并引物
• 简并引物：是克隆未知基因的一种引物设计方案。简
并引物的出现是出于遗传密码的简并性。有时需要根据一 段氨基酸的保守序列反推到DNA 水平设计引物。由于大多 数氨基酸的遗传密码不止一种，因此，由氨基酸序列反推 DNA 序列时，就遇到部分碱基的不确定性。这种不确定性 因物种或细胞亚结构的不同而异，这样设计出来的引物实
将搜索到的同一基因的不同氨基酸序列进 行多序列比对
• 确定合适的保守区域
设计简并引物至少需要上下游各有一个保 守区域，且两个保守区域相距50～400个氨 基酸为宜，使得PCR产物在150~1200bp之间， 最重要的是每一个保守区域至少有6个氨基 酸。
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• 利用软件设计引物
Primer 5.0 支持简并引物的设计 在线设计：CODEHOP
际上是多种序列的混和物，在某些位点有所变化，但大部 分还是相同的，称之为简并引物。
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简并引物设计方法
• 利用NCBI搜索不同物种中同一目的基 因的蛋白或cDNA编码的氨基酸序列。
因为不同物种的密码子偏好问题，不同的 核酸序列可能表达的氨基酸序列是相同的， 所以氨基酸序列才是真正保守的。
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• 对所找到的序列进行多序列比对