Promega—PolyATract mRNA Isolation System III
polya结合蛋白结构
polya结合蛋白结构标题:PolyA结合蛋白在基因调控中的作用引言:PolyA结合蛋白是一类在真核生物中广泛存在的蛋白质,其主要功能是结合mRNA的PolyA尾巴,参与基因调控过程中的转录、剪接、转运和稳定等关键步骤。
本文将重点探讨PolyA结合蛋白在基因调控中的作用机制和相关研究进展。
一、PolyA结合蛋白的基本特征PolyA结合蛋白是一类具有高度保守性的蛋白质,在不同真核生物中的序列和功能有所差异。
其结构特点主要包括:1)富含亮氨酸和精氨酸残基,这些氨基酸可以与RNA结合形成电荷相互作用;2)具有多个RNA结合结构域,如RRM(RNA recognition motif)和KH(K homology)结构域;3)通过不同的功能结构域与其他蛋白质相互作用,参与多种基因调控过程。
二、PolyA结合蛋白在转录调控中的作用1.促进转录启动:PolyA结合蛋白能够与转录起始复合体相互作用,增强转录因子的结合能力,从而促进转录的启动。
2.转录终止和聚合酶II解离:PolyA结合蛋白与转录复合物结合,参与转录终止和RNA链的剪切、聚合酶II的解离,确保mRNA链的稳定和准确终止。
三、PolyA结合蛋白在mRNA剪接中的调控1.剪接调控:PolyA结合蛋白能够与剪接酶、剪接调控因子相互作用,调节剪接的选择性和效率,影响基因表达的多样性和可变性。
2.外显子跳跃:PolyA结合蛋白能够识别剪接内含子区域,参与外显子跳跃的过程,使得同一个基因产生多个变异的转录产物。
四、PolyA结合蛋白在mRNA转运和稳定中的功能1.mRNA核质转运:PolyA结合蛋白通过与其他转运蛋白的相互作用,参与mRNA的核质转运过程,确保mRNA的稳定性和准确性。
2.mRNA稳定性调控:PolyA结合蛋白能够与RNA降解相关的酶相互作用,调节mRNA的稳定性,影响基因表达的水平和持续时间。
五、PolyA结合蛋白的研究进展1.结构解析:通过X射线晶体学和核磁共振技术,已经解析了多个PolyA结合蛋白的三维结构,揭示了其与RNA结合的机制和结构特征。
Promega_PolyATract mRNA Isolation Systems Protocol
PolyATtract mRNA Isolation Systems
INSTRUCTIONS FOR USE OF PRODUCTS Z5200, Z5210, Z5300 AND Z5310.
1. Description..........................................................................................................2 2. Product Components and Storage Conditions ............................................4 3. Creating a Ribonuclease-Free Environment.................................................5 4. Protocol for Large-Scale mRNA Isolation: PolyATtract Systems I and II ........................................................................6
IMPORTANT NOTICE The magnet used with this system generates a very strong magnetic field. Do not place the magnet near computer screens, diskettes, pacemakers or other electronic equipment. Note: Due to its strong attraction to metal objects, the magnet may chip upon sudden hard impact with such objects. The chips could potentially cause eye injury. Wear protective eyewear when handling this unit. If you have additional questions, please contact Promega Technical Services by phone at 800-356-9526 or by e-mail: techserv@.
细菌mRNA的提取方法
细菌mRNA的提取方法庞昕 周冬生 杨瑞馥(军事医学科学院微生物流行病研究所,北京100071)摘 要: mRNA提取技术不仅是分子生物学技术的重要组成部分,也是功能基因组学科研技术的重要基础。
随着细菌的后基因组时代的到来,寻求一种有效的提取细菌mRNA的方法成为迫切需要解决的问题。
介绍细菌mR NA的特点、提取方法、标记和稳定性问题。
关键词: 细菌 mRN A 提取Summary of Bacteria mRNA ExtractionPang Xin Zhou Dongsheng Yang Ruifu(Institu te o f M icr obiology and Ep ide miology,Beij ing100071)Abstract: mRNA ex traction is not only the important par t of molecular biolo gy technolo gy but also t he basic of the functional g enomics.W ith the advent o f the bacterial post-genome era,t here is an ur gent need for high efficient mRNA ex tractio n method fro m bacteria.M any scholars had done a lot about it in recent years.T his review summar ized the char-acter i stics,ex traction,labeling and stability of bacteria mRN A based on the r elevant resear ch articles.Key words: Bacteria mRN A Extractionm RNA即信使核糖核酸(messenger RNA)。
旱稻IRAT109苗期水分胁迫诱导表达差减cDNA文库的构建
旱稻IRAT109苗期水分胁迫诱导表达差减cDNA文库的构建1王海光 李自超中国农业大学农业部作物基因组学与遗传改良重点开放实验室,作物杂种优势研究与利用教育部重点实验室,北京市作物遗传改良重点实验室北京(100094)E-mail: lizichao@摘要:为了鉴定旱稻IRAT109苗期水分胁迫诱导表达基因,以PEG胁迫处理的根和叶为试验方,以未处理的对照材料为驱动方,通过抑制性差减杂交分别构建了PEG处理诱导的根和叶的差减文库。
文库包含2112个克隆,其中叶文库1344个,根文库768个。
随机挑选文库中800个克隆进行测序,得到unique EST384个。
Blast 分析表明文库中包含了很多在抵御干旱胁迫中发挥作用的基因,并且涉及到了合成渗透调节物质、抵御活性氧伤害、清除细胞毒素、蛋白质转换、加固细胞壁等多种植物抗旱机制。
还有一部分基因涉及氨基酸、碳水化合物、核酸和脂类等多种物质的代谢过程以及蛋白合成、转录、信号转导等生理生化过程。
只有少数基因参与植物在干旱胁迫下的伤害反应。
关键词:旱稻,水分胁迫,表达序列标签(EST),抑制性差减杂交(SSH),差减文库干旱经常会影响植物生长发育,造成作物严重减产,成为制约农业发展的重要因素。
为了适应干旱胁迫,植物在长期的进化中逐渐建立起了适应和抗性机制。
研究植物抗旱分子机理,克隆相关抗性基因,对于作物抗旱分子育种和农业的节水抗旱具有重要意义。
根据水分供应情况,稻类作物在人工选择和自然选择下分化为水稻和旱稻,二者主要差别在于抗旱性的不同,水稻是天然“敏旱类型”,需要在完全淹水条件下生长,旱稻则是天然“抗旱类型”,全生育期可不灌水或在干旱严重时辅以适量灌溉,其单位面积灌水量不足水稻的20%[1]。
因此,旱稻是研究植物抗旱性的理想材料。
利用具有显著抗旱性的旱稻研究水分胁迫诱导表达基因,对于改良作物抗旱性及抗旱品种选育提供基因资源和理论依据具有重要意义。
近年来,从外部形态结构到内在生理生化变化等方面对旱稻的抗旱性多有研究[2,3],但对于旱稻在水分胁迫下的基因表达却少有报道。
3种药物对老化卵母细胞4种母源mRNA水平的影响
动物学杂志Chinese Journal of Zoology2010,45(5):154 1633种药物对老化卵母细胞4种母源mRNA水平的影响叶小芳①②③陈静波①侯敏①汪立芹①赵云程①林嘉鹏①黄俊成①*(①新疆畜牧科学院农业部草食家畜繁育生物技术重点开放实验室乌鲁木齐830000;②石河子大学动物科技学院石河子832000;③新疆师范大学生命科学学院乌鲁木齐830000)摘要:利用Real-Time PCR技术定量分析了绵羊(Ovis aries)卵母细胞在生长-成熟-老化过程4种母源mRNA(Mater、Zar1、Dnmt1、GDF9)发生的动态变化,以及3种药物(咖啡因、DTT和矾酸盐)对老化卵母细胞母源mRNA水平的影响。
结果显示,除Dnmt1在12h开始下降外,卵母细胞中其他3个基因的表达量都是从生发泡期逐渐下降,且在体外培养至24h降到最低,然后随着卵母细胞的老化又逐渐上升。
其中GDF9和Mater2个基因在30h组的卵母细胞中的表达量显著高于24h组卵母细胞(P<0.05)。
30h卵母细胞中Zar1和Dnmt1的转录水平与24h卵母细胞差异不显著(P>0.05)。
除Zar1外,咖啡因和DTT都显著降低了老化卵母细胞中其他3个基因的表达量(P<0.05),且所有基因表达量与24h 组卵母细胞差异不显著(P>0.05)。
矾酸盐处理后的卵母细胞其4种母源mRNA水平都是最高,除Zar1外其他3个基因表达量都显著高于24h组(P<0.05)。
结论是,Mater、Zar1、Dnmt1、GDF94种母源mRNA水平与卵母细胞质量成反比,咖啡因和DTT能在一定程度上延缓卵母细胞的衰老,改善卵母细胞质量;而矾酸盐则加速了卵母细胞老化进程,降低了卵母细胞质量。
关键词:咖啡因;DTT;矾酸盐;老化卵母细胞;母源mRNA中图分类号:S826文献标识码:A文章编号:0250-3263(2010)05-154-10The Effects of Three Drugs on Maternal mRNA Levelin Aged OocytesYE Xiao-Fang①②③CHEN Jing-Bo①HOU Min①WANG Li-Qin①ZHAO Yun-Cheng①LIN Jia-Peng①HUANG Jun-Cheng①*(①Key Laboratory of Reproduction&Breeding Biotechnology of Grass Feeding Livestock,Ministry of Agriculture,Xinjiang Academy of Animal Sciences,Urumqi830000;②College of Animal Science and Technology,Shihezi University,Shihezi832000;③College of Life Science,Xinjiang Normal University,Urumqi830000,China)Abstract:This study used Real-Time PCR technique to quantitatively analyze the expression of the maternal mRNA(Mater,Zar1,Dnmt1and GDF9)in growth-maturation-aging process of ovine oocytes and investigated the effect of caffeine,DTT and vanadate on the level of maternal mRNA in aged oocytes,respectively.The results showed that the expression of GDF9,Mater and Zar1decreased gradually from germinal vesicle phase to基金项目新疆维吾尔自治区科技攻关重点项目(No.200841122),中国博士后科学基金资助项目,国家高技术研究发展计划项目(No.2008AA101007);*通讯作者,E-mail:h_jc@;第一作者介绍叶小芳,女,博士研究生;研究方向:动物胚胎工程和生物技术;E-mail:YXF001982@。
polya氨基酸序列
polya氨基酸序列
PolyA尾巴并不存在于基因中,而是pre-mRNA 3'末端发生内部切割后聚腺苷酸反应的终产物。
因此,polyA并不是氨基酸序列,而是真核生物mRNA的3'末端的一种结构。
PolyA尾巴几乎存在于所有的真核生物中,其形成机制依赖于核酸内切酶切割和添加polyA。
在哺乳动物细胞中,这种修饰反应依赖于切割位点上游的AAUAAA序列,切割位点下游的富含GU或者U的序列以及AAUAAA序列上游的刺激序列。
在AAUAAA序列和下游富含U序列之间发生核酸内切酶切割,从而产生一个末端含有3'OH的上游序列和一个末端含有5'磷酸基因的下游序列。
上游序列末端发生聚腺苷酸化,添加上polyA尾巴,下游序列被降解掉。
PolyA尾巴对于mRNA的成熟来说发挥着至关重要的作用,它可以稳定mRNA,防止其发生降解。
在真核细胞中,尾巴长度的变动范围可以从酵母中的90个腺苷酸到哺乳动物中大概250个腺苷酸。
以上内容仅供参考,建议查阅专业生物学书籍或文献获取更多信息。
mRNA 3’ poly(A)加尾分析
mRNA 3’ poly(A)加尾分析在真核生物中,mRNA的3’末端通常会被加上一串嘌呤核苷酸,被称为poly(A)尾巴,Poly(A) 尾是一段可变长度的腺苷核苷酸长链。
这个poly(A)尾在mRNA的稳定性、转运和翻译中起着重要的作用。
mRNA 3’poly(A)加尾分析是一种常见的用于研究mRNA分子的3’端加尾现象的生物学技术,其在基因表达调控、细胞发育和疾病研究等领域都具有重要的应用价值。
mRNA 3’poly(A)加尾分析可以帮助我们了解mRNA的加工、稳定性和转运机制,以及与转录后调控相关的生物学过程。
此外,该技术还在药物开发、疾病诊断和治疗等方面发挥着重要作用,有助于深入理解疾病的分子机制,并为治疗策略的设计提供有价值的信息。
3’端带有poly(A)尾巴的mRNA分子。
基于内切酶和LC-MS技术的mRNA 3’polyA加尾分析,利用RNAse T1酶切与oligo dT磁珠纯化得到polyA尾,再通过液相色谱质谱联用(LC-MS)技术对polyA尾进行定性和定量分析。
该方法也是当前mRNA体外制备工艺中较为常用的polyA加尾分析方法。
百泰派克生物科技(BTP)通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证。
公司基于Thermo公司的Obitrap Fusion Lumos质谱仪结合Nano-LC纳升色谱技术,建立了高精确度的mRNA 3’polyA加尾分析平台,为您提供一站式的mRNA 3’polyA加尾分析服务,精准分析polyA尾的长度。
欢迎免费咨询,了解更多详情!中/英文项目报告在技术报告中,百泰派克会为您提供详细的中英文双语版技术报告,报告包括:1.实验步骤(中英文)。
2.相关的质谱参数(中英文)。
3.mRNA 3’ poly(A)加尾分析详细信息。
4.质谱图片。
5.原始数据。
mRNA 3’ poly(A)加尾分析一站式服务您只需下单-寄送样品。
百泰派克一站式服务完成:样品处理-上机分析-数据分析-项目报告。
[整理版]polya(多聚腺苷酸)
PolyA(多聚腺苷酸)解释通常位于mRNA上的150-200个腺苷酸残基(又称为特殊的尾巴结构)。
多聚腺苷酸化是指多聚腺苷酸与信使RNA(mRNA)分子的共价链结。
在蛋白质生物合成的过程中,这是产生准备作翻译的成熟mRNA的方式的一部份。
在真核生物中,多聚腺苷酸化是一种机制,令mRNA分子于它们的3'端中断。
多聚腺苷酸尾(或聚A尾)保护mRNA,免受核酸外切酶攻击,并且对转录终结、将mRNA从细胞核输出及进行翻译都十分重要。
一些原核生物的mRNA都会被多聚腺苷酸化,但多聚腺苷酸尾的功能则与真核生物有所不同。
当去氧核糖核酸(DNA)在细胞核内转录成核糖核酸(RNA)的过程中及完成后,多聚腺苷酸化就会出现。
当转录停止后,mRNA链会由核酸外切酶及RNA聚合酶切开。
切开位点的附近有着AAUAAA序列。
当mRNA被切开后,会加入50-250个腺苷到切开位点的3'端上。
这个反应是由多聚腺苷酸聚合酶。
多聚腺苷酸化过程1,切割及多聚腺苷酸化特异因子(CPSF)及切割活化因子(CstF)两个蛋白质复合物会开始与末端的RNA聚合酶Ⅱ结合。
2,当RNA聚合酶Ⅱ前进时经过多聚腺苷酸化信号序列的CPSF,及CstF转移至新的mRNA前体,CPSF会与AAUAAA序列结合,而CstF会与其后3的GU序列或充满U的序列结合。
4,CPSF及CstF会在约AAUAAA序列后35个核苷启动切割。
多聚腺苷酸聚合酶(PAP)会立即展开编写多聚腺苷酸尾。
细胞核内的多聚腺苷酸结合蛋白(PABPN1)会立即与新的多聚腺苷酸序列结合。
5,CPSF会开始游离,而PAP会继续多聚腺苷酸化及编写约50-250个核苷(视乎生物的品种)的腺苷尾。
PABPN1会成为一种分子尺,界定多聚腺苷酸化何时停止。
PAP会开始游离,及PABPN1继续维持结合状态。
连同5'端帽,这相信是可以帮助mRNA运离细胞核。
内部连结相关的蛋白质及复合物:RNA聚合酶RNA聚合酶Ⅱ相关的化合物有:。
前胃泌素释放肽ProGRP生物信息学分析及抗原决定簇预测
前胃泌素释放肽ProGRP生物信息学分析及抗原决定簇预测①郭玉凤张婷张超薛振伟孔晓娜周小林(中国辐射防护研究院,太原030006)中图分类号R392.11Q811.4Q518.1文献标志码A文章编号1000-484X(2021)23-2827-05[摘要]目的:分析预测前胃泌素释放肽(ProGRP)蛋白结构及其抗原决定簇,为抗ProGRP单克隆抗体的筛选及其相应的抗原结合位点的确定提供可靠依据。
方法:从NCBI网站获取ProGRP不同亚型的氨基酸序列进行比对分析(Clustalw),运用不同生物信息学软件分析蛋白理化性质(Protparam),跨膜区(TMHMM),二级结构、亲水性、表面可及性、柔韧性和抗原指数(DNAstar Protean),三级结构(Swiss Model)以及抗原决定簇(BepiPred-2.0及ABCpred)。
结果:ProGRP具有3个同型异构体,属于亲水性蛋白,半衰期为30h,无跨膜区;ProGRP氨基酸序列中含丰富的二级结构,包括α螺旋、β折叠、β转角和无规则卷曲;ProGRP具有5个潜在的抗原决定簇。
结论:该研究筛选的抗原决定簇具有较高的准确性,为鉴定ProGRP单克隆抗体结合位点以及小细胞肺癌(SCLC)的诊治奠定了良好的基础。
[关键词]ProGRP;生物信息学分析;理化性质;结构;抗原决定簇Bioinformatics analysis and epitope prediction of pro-gastrin-releasing peptide (ProGRP)GUO Yu-Feng,ZHANG Ting,ZHANG Chao,XUE Zhen-Wei,KONG Xiao-Na,ZHOU Xiao-Lin.China Institute for Radiation Protection,Taiyuan030006,China[Abstract]Objective:To analyze and predict the structure of pro-gastrin-releasing peptide(ProGRP)and its epitope,and provide a reliable basis for the screening of anti-ProGRP monoclonal antibodies and the determination of their corresponding antigen binding sites.Methods:Amino acid sequences of different subtypes of ProGRP were obtained from NCBI website for alignment analy‐sis(Clustalw).The physicochemical properties were analyzed by Protparam,the transmembrane helix by TMHMM,the secondary structure,hydrophilicity,surface accessibility,flexibility regions and antigen index by DNAstar Protean,the tertiary structure by Swiss Model,the epitopes by BepiPred-2.0and ABCpred.Results:ProGRP had three isoforms,which were hydrophilic proteins with a half-life of30hours and no transmembrane region.There were abundant secondary structures in the amino acid sequence of ProGRP,includingα-helix,β-fold,β-turn and random curl.ProGRP had5potential epitopes.Conclusion:The antigenic determinants screened in this study have high accuracy,which lays a good foundation for identifying the binding site of ProGRP monoclonal anti‐body and the diagnosis and treatment of small cell lung cancer(SCLC).[Key words]ProGRP;Bioinformatics analysis;Physicochemical properties;Structure;Epitope肺癌是发病率和病死率都极高的恶性肿瘤,其中小细胞肺癌(small cell lung cancer,SCLC)约占15%~20%[1]。
乳源活性肽对早期断奶仔猪胃泌素mRNA表达的影响
*基金项目:国家自然科学基金资助项目(No.30070565)。
张源淑:女,1962年生,副教授,博士。
收稿日期:2003-03-03接受日期:2003-04-10农业生物技术学报Journal of Agricultural Biotechnology 2004,12(1):61~65·研究论文·乳源活性肽对早期断奶仔猪胃泌素mRNA 表达的影响张源淑邹思湘赵茹茜陈伟华(南京农业大学农业部动物生理生化重点开放实验室,南京210095)摘要:为了进一步分析新生动物胃泌素机制,24头仔公猪分对照组(正常吃奶28d 断奶)、实验Ⅰ组(添喂10μmol/L β-酪啡肽-7)和实验Ⅱ组(添喂2g 酪蛋白的酶解物)。
实验组于21d 断奶,连续添喂酪蛋白酶解物和β-酪啡肽-7液(每天2次,共20mL )。
断奶10d 后,3组动物各随机取6头同时剖杀,取胃窦部和十二指肠置液氮。
RT-PCR 检测分析表明:实验组胃窦和十二指肠中mRNA 的表达量均高于对照组,实验Ⅰ组差异极显著(<0.01)。
提示乳源活性肽可通过上调mRNA 的表达,刺激胃泌素的分泌,对仔猪胃内酸性环境的早日成熟和胃肠道发育具有促进作用。
关键词:断奶仔猪;β-酪啡肽-7;酪蛋白水解液;胃泌素;RT-PCREffect of Bioactive Peptides Derived from Casein on mRNA Express ofGastrin in Early Weaning PigletZHANG Yuan-Shu ZOU Si-Xiang ZHAO Ru-QianCHEN Wei-Hua(Key Laboratory of Animal Physiology and Biochemistry ,Ministry of Agriculture,Nanjing Agricultural University ,Nanjing 210095,China)Gastrin plays an important role for the growth of the gastrointestinal tract of early weaning piglet .To determine thisfunction,24male piglets were used and divided into 3groups:control group (weaning in 28day's old),Experiment I group (feeding with 10μmol/L β-casomorphin-7group)and Ⅱgroup (casein hydrolysate group ).Experimental groups were wean in 21days and fed with casein hydrolysate and β-casomorphin-7(2times every day,10mL every time ).After 10days ,6piglets random selected from every group were killed and stomach and duodenum were collected and stored in nitrogen for the RT-PCR of gastrin .The results showed that themRNA significantly increased in 21day's weaning piglets fed by casein hydrolysate and β-casomorphin-7than that of the control group.Experiment Ⅰgroup rose significantly (<0.01).This experiment demonstrated that feeding activing peptides derived from casein to some extent enhanced express of gastrin ,improved the secretion of gastrin and growth of intestines and stomach in early weaningpiglets.early weaning piglet;β-casomorphin-7;casein hydrolysate;gastrin;RT-PCR自20世纪70年代末发现动物和植物性饲料蛋白经酶处理可以产生各种生物活性肽以来,国内外对此进行了大量的研究。
报告载体及报告基因总结
报告基因载体(1)报告基因载体的特点:除了具有表达蛋白质所需要的结构外,理想的报告基因载体本身无调节结合位点或序列,而具有有意插入的调节结合位点,尽管可以从报告基因载体除去已知的结合位点,减少报告基因上游的转录,但从几千kb的DNA中去除所有潜在的调控序列是不可能的。
因此在使用报告基因载体时,应使用合适的对照载体。
报告基因质粒载体一般在大肠杆菌中繁殖,因此包括一个DNA复制起始点(ori)和基因筛选标记,通常为氨苄西林抗性基因(Ampr)。
另外还具有丝状噬菌体复制起始点(flori),可使载体形成单链DNA,便于基因突变和测序。
(2)报告基因和侧翼区:报告基因编码区和侧翼区常被改变。
例如,去除SEAP(分泌型碱性磷酸酶)羧基末端24个氨基酸,使SEAP能直接分泌到细胞外,因此测定SEAP活性不必裂解细胞。
去除荧光素酶的过氧化物酶体靶向序列,使荧光素酶转运到细胞质而非过氧化物酶体中。
为了使报告基因表达最大化,核糖体最佳结合序列(GCCGCCCCATG)被置于报告基因的5’端。
此序列能增加翻译效率,产生NcoI酶切位点,可使外源基因N末端与报告基因融合。
(3)多克隆位点:许多报告基因含有2个以上克隆位点(MCS),一个位于报告基因上游,用于插入假定的克隆启动子或增强子/启动子区;另一个位于其他位置,用于插入克隆调控元件,例如插入可远距离发挥作用的增强子。
另外,还有用于插入基因筛选标记的克隆位点,用于筛选稳定表达报告基因的宿主细胞。
MGS具有几个单酶切位点,用限制性内切酶催化可产生黏性末端。
DNA片段可插到此位点。
MCS还包括一个或两个MCS末端,此末端序列可由限制性内切酶催化断裂形成3’悬垂末端,可用核酸外切酶Ⅲ进行嵌套缺失分析。
(4)多聚腺苷酸信号:多聚腺苷酸(polyA)可增强哺乳细胞mRNA稳定性和mRNA的翻译。
polyA序列紧随报告基因之后,可指导RNA转录物3’端添加200~250个腺苷酸残基。
PTTG mRNA和CFTR mRNA在慢性胰腺炎和胰腺癌鉴别诊断中的应用
PTTG mRNA和CFTR mRNA在慢性胰腺炎和胰腺癌鉴别诊断中的应用李雅萍【摘要】Objective To explore the application of PTTG mRNA and CFTR mRNA in the differential diagnosis of chronic pancreatitis and pancreatic cancer. Method 20 cases of patients with chronic pancreatitis and 30 cases of patients with pancreatic cancer were selected. The expression of organize PTTG mRNA and CFTRmRNA in the two groups wasdetected,real-time reverse transcription-polymerase chain reaction(RT-PCR) technology was applied. The changes of the two markers were comparetively analysed. Results The expression rate of CFTRmRNA in chronic pancreatitis group and PTTGmRNA in pancreatic cancer group was respectively obviously higher(P<0.01). The expression quantity of PTTGmRNA and CFTRmRNA in chronic pancreatitis and pancreatic cancer were in the correlation(r=-0.526,-0.539,P<0.01). Conclution PTTGmRNA has higher sensitivity in diagnosis of pancreatic cancer,so does CFTRmRNA in diagnosis of chronic pancreatitis. Testing organization PTTGmRNA and CFTRmRNA can be used in the differential diagnosis of chronic pancreatitis and pancreatic cancer disease.%目的:探讨垂体肿瘤转化基因(PTTG)mRNA和囊性纤维跨膜转运调节因子(CFTR)mRNA在慢性胰腺炎和胰腺癌疾病中的变化及临床意义。
脯氨酸蛋白酶测定方法
脯氨酸内切蛋白酶的测定方法1定义:pH5.0 37℃条件下每分钟从Z-Gly-Pro-pNA释放1μM pNA所用的酶量为一个酶活力单位,以U表示。
2原理:脯氨酰内肽酶(prolyl endopeptidase,PEP)能特异性水解多肽链中脯氨酸残基羧基端肽键的丝氨酸蛋白酶。
以Z-Gly-Pro-pNA (N-卞氧羰基-甘氨酸-脯氨酸-硝基苯胺)为底物时,它水解脯氨酸羧基端肽键,生成Z-Gly-Pro和硝基苯胺,而硝基苯胺在410nm下的吸光值与其浓度在一定成范围内成正比,通过测定硝基苯胺的生成量来检测脯氨酸内肽酶的酶活力。
3试剂和溶液本标准中所用的试剂,在没有注明其他要求时,均指分析纯试剂和符合GB/T 6682中规定的三级水。
3.1 0.1M柠檬酸溶液:C4H2O7·H2O分子量为 210.14,0.1 mol/L溶液为21.01克/升。
秤取21.01克柠檬酸溶解在去离子水中并定容至1000ml;3.20.2M磷酸氢二钠:Na2HPO4·2H2O分子量为 178.05,0.2 mol/L溶液为35.01克/升。
秤取35.01克磷酸氢二钠溶解在去离子水中并定容至1000ml;3.3PH4.0缓冲溶液:将0.1M柠檬酸12.29ml与0.2M磷酸氢二钠7.71ml混匀。
3.4 4mM Z-Gly-Pro-pNA(N-卞氧羰基-甘氨酸-脯氨酸-硝基苯胺,分子量426.43,瑞士Bachem),准确称取0.0171g Z-Gly-Pro-pNA (N-卞氧羰基-甘氨酸-脯氨酸-硝基苯胺),加入4ml二恶烷溶解,加入6mlPH4.0柠檬酸-磷酸氢二钠缓冲溶液溶解后即为PH5.0的底物溶液。
3.5 终止剂:0.2 mol/L碳酸钠溶液称取无水碳酸钠2.12g于烧杯中溶解,转至100mL容量瓶中定容。
4仪器和设备4.1 实验室常用仪器设备。
4.2 恒温水浴:(37±0.1℃)。
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采用Promega公司的PolyATract mRNA Isolation System III。
从总RNA中分离mRNA
1.探针的退火
1)在一个无菌的、无RNase的离心管中,加入未稀释的总RNA溶液,使终体积达到1.5ml。
可使用更大量的总RNA,其浓度可至过饱和,即有絮状RNA沉淀析出,但当有絮状RNA沉淀存在时,后续的退火反应操作会受到一定程度影响;也可使用更少量的总RNA(50ug),但mRNA产量可能无法保证。
2)将离心管置于65℃水浴中10分钟或略长时间。
3)加入15ul 的Biotinylated-Oligo(dT)探针和39ul的20×SSC到RNA中。
颠倒数次以混匀,静置于室温下至充分冷却。
这将需要10分钟或略少的时间。
在该溶液冷却期间,制备0.5×和0.1×SSC贮存液
2.贮存液制备
1)通过在三个无菌的、无RNase的离心管中各自混合30ul的20×SSC和1.170ml 的无RNase的水来制备三份1.2ml的无菌的0.5×SSC。
2)通过在三个无菌的、无RNase的离心管中各自混合7ul的20×SSC和1.393ml 的无RNase的水来制备三份1.4ml的无菌的0.1×SSC。
3.链霉抗生物素蛋白-磁珠(Streptavidin-Paramagnetic Particles)的漂洗
1)取三管链霉抗生物素蛋白-磁珠,轻弹离心管的底部使SA-PMPs重悬直至其充分分散,吸取悬液合并于一管。
2)使汇总的SA-PMPs重悬直至其充分分散,然后将离心管置于磁柱中直至SA-PMPs已经聚集在离心管壁上(大约30秒)。
小心地移出上清。
不要离心沉淀颗粒。
3)用0.5×SSC漂洗SA-PMPs三次(每次0.9ml),每次都使用磁柱来捕获它们,然后小心地移去上清。
4)重悬漂洗过的SA-PMPs于0.3ml的0.5×SSC中。
4.Oligo(dT)-mRNA退火杂合体的捕获和漂洗
1)将退火反应的全部成分加入到含有漂洗过的SA-PMPs的离心管中。
2)室温下静置10分钟。
每1-2分钟轻柔地颠倒一次以混匀。
3)用磁柱捕获SA-PMPs,小心移去上清,注意不要搅动SA-PMPs颗粒。
当总RNA为过饱和高浓度时溶液时,退火反应易形成黑色絮状物,磁柱吸附也难以压缩其体积,这时应小心吸取上清;保留上清直至确信mRNA的结合与洗脱已是令人满意。
4)用0.1×SSC(每次0.9ml)漂洗颗粒4次,其间轻弹离心管底部直至颗粒已被重悬。
最后一次漂洗后,在不搅动SA-PMPs的前提下,以8000rpm离心1分钟,尽可能多地移出液相。
5.mRNA的洗脱
1)为洗脱mRNA,将最终的SA-PMPs重悬于0.1ml的无RNase的水中,温柔地轻弹离心管以重悬颗粒。
2)65℃水浴2分钟。
3)用磁场捕获SA-PMPs,8000rpm离心30秒。
4)将含有洗脱的mRNA的液相移入一无菌的、无RNase的离心管中。
勿将颗粒丢弃。
5)重悬SA-PMP颗粒于0.15ml的无RNase的水中,65℃水浴2分钟,用磁场捕获SA-PMPs,8000rpm离心2分钟。
将洗脱液与5. 4)步骤中洗脱的mRNA合并。
6)如果这时有任何颗粒也被携带到终溶液中,可用10,000×g,4℃,5-10分钟的离心来去除。
小心地将RNA转入一新鲜的无RNase的离心管中。
6.mRNA的浓缩
1)加入等体积异丙醇,混匀。
通常立刻有肉眼可见之沉淀生成,立即以12000rpm 离心10分钟,沉淀mRNA。
或根据沉淀生成的难易,-20℃放置数小时或过夜再沉淀。
2)小心倒去异丙醇,加75%乙醇洗涤。
3)小心倒去75%乙醇,室温干燥。
4)将mRNA溶于20ul无RNase的水中。
注意管壁上通常会粘附大量mRNA沉淀,用枪头吸取水滴在管壁上滚动数次以尽可能回收mRNA。