重复序列-分类TE统计

6. 小卫星DNA：Minisatellite
7. 微卫星DNA：Microsatellite 8. 转座子：Transposable elements
(DIRS)
20.Penelope-like elements (PLEs),
9. DNA转座子：DNA transposons
10. 反转录转座子：Retrotransposons 11. 长末端重复： long terminal repeat 12.Long interspersed nuclear elements （LINEs） 13.Short interspersed nuclear elements （SINEs） 14.Miniature Inverted-repeat Transposable Elements (MITEs)
Non-autonomous：
can move by themselves require the presence of another TE to move
酵母：3%
占比/genome
果蝇：22% 家蚕：35% 人类：45% 玉米：80% 小麦：85% 染色体结构 基因组大小 基因组重排
作用
新基因生成 基因机构及调控
分类
Mutator
PIF
转座子分类非常复杂
纲（Class）
复制方式是否需要ＲＮＡ介导
亚纲（sub-Class） 目（Order）
依据转座子编码酶、插入机制、整体结构的不同 编码区和非编码区结构 序列相似性
超科（Superfamily） 科（Family）
亚科（sub-Family）
Байду номын сангаас
1. 串联重复：tandem repeat 2. 散在重复：interspersed repeat 3. 片段重复：segmental duplication 4. 简单序列重复：Simple sequence repeats, SSRs 5. 卫星DNA：Satellite DNA
散在重复
反转录转座子 Non-LTR SINEs
PLE
Alu ERV Ty3-gypsy Ty1-copia
微 小 简 卫 卫 卫 单 星 星 星 重 复 串联重复
DNA
DNA DNA
LTR
转座子：
基因组上可以改变自己位置的一段DNA序列。通俗而言，copy-paste，cut-paste
Autonomous：
机制
小麦：>70%
占比
人：>42%
转座子 反转录转座子 长末端重复LTR
Autonomous
逆转录酶
天冬氨酸蛋白酶 GAG开放阅读框
核糖核酸酶 Pol开放阅读框
ERV
Ty1-copia Ty3-gypsy
特异家族
小麦Angela, 大麦BARE1，水稻Opie家族等 整合酶位置不同
转座子 反转录转座子
转座子分类系统
邢鹏伟 2018.09
片段重复
Tc1/Mariner PIF
MITEs
hAT CACTA Harbinger
DNA转座子
Helitrons
DIRS
DIRS penelope Jockey R2 RTE L1
AmnSINE V-SINE CORE-SINE LINEs
重复序列
转座子(TE)
non-LTR
LINE
autonomous 7000bp
SINE
non-autonomous 50-500bp
Alu and B1: 1.1million and 650k copies in human and mouse genomes, respectively
转座子 DNA转座子
主要为剪切-粘贴， 无RNA介导 发生在细胞周期S期 may be duplicated
机制
小麦：~15%
占比
人：~2%
转座子 DNA转座子
动物
Helitrons
结构
rolling circle replication Autonomous Non-auto
植物 非自主
转座子 DNA转座子 转座酶
Helitrons
结构
rolling circle replication Autonomous Non-auto
15.Arthrobacter luteus (Alu) 16. 内源性逆转录病毒Endogenous retroviruses (ERV) 17.terminal inverted repeats (TIRs; 10–15 bp) 18.target site duplications (TSDs). 19.Dictyostelium intermediate repeat sequence
转座子 反转录转座子
use a "copy-and-paste" mechanism, whereby they are first transcribed into RNA, then converted back into identical DNA sequences using reverse transcription, and these sequences are then inserted into the genome at target sites. 复制-粘贴 RNA介导
1 2
转座子 DNA转座子
MITE
复制-粘贴 非RNA介导 non-autonomous 50-500bp
插入基因丰富的区 域，影响基因表达
Superfamily
PIF/Harbinger Tc1/mariner Piggybac CACTA hAT
Family
wTourist, Acrobat, Hearthealer Stowaway CMITES