鸟类分子遗传关系研究---基于Sox基因DNA 片段方法
论文-雀科分子系统研究进展.docx
雀形目鸟类分子系统学研究进展摘要：雀形目鸟类是鸟纲中最大的一个类群，在自然界中有着广泛的适应辐射，有关该类群的起源以及各科演化关系，一直是一鸟类学研究中争论的主要问题之一。
在系统学研究上，由于分子系统学所具有的优势，近些年越来越多的人应用分子系统学的方法进行鸟类系统发育研究。
本文应用DNA序列分析的方法，分别以线粒体基因和细胞核基因为标记，综述雀形目分子系统学的最新研究成果。
关键词：雀形目；鸟类；分子系统学；系统发育雀形目是鸟纲中种数最多的一个目。
本目为鸟类最高等类群，在鸟类进化的历史上较其它各目出现较晚，并经历了剧烈的辐射进化阶段，种类繁多。
全世界雀形目鸟类共约5302种，占世界鸟类总数的58.8%。
我国有雀形目鸟类661种，约占我国鸟类总数的55.7%[1]。
雀形目鸟类大多为小型种类，形态和生活习性比较相近，传统的系统学研究尚有许多争议的地方。
因此，雀形目鸟类的分子系统学研究就显得更加必要。
经典的分类学将雀形目分为四个亚目[2]:阔嘴鸟亚目(Eurylaimi)(含1科)、霸鹟亚目(Tyranni)(含13科)、琴鸟亚目(Menurae)(含2科)和鸣禽亚目(Oseines;song-hirds)(含40科左右)。
由于鸣禽亚目的种类繁多，学者们对科阶元的划分意见很不统一，因此在其分类上目前争议最大。
Mayr and Amadon[3](1951)把鸣禽亚目分为36科，Mayr and greenway[4](1956)将其分为40个科，Amadon[5](1957)分为42科，Wetmore[6](1960)分为56科。
DNA序列分析是通过比较各类群个体间同源基因或基因片段的核酸序列，从而构建分子系统发育树，推断类群间系统发育关系。
目前在鸟类分子系统发育研究中，mtDNA序列的应用最为广泛，单拷贝核DNA(scnDNA)序列的应用也越来越多。
1线粒体基因分子进化的研究线粒体DNA(mtDNA)具有易分离、进化速度快、母系遗传、缺乏重组和无内含子等特点。
基于大数据的分子鸟类学研究方法和工具
基于大数据的分子鸟类学研究方法和工具近年来随着科技的进步和数据的爆炸式增长，各行各业都在积极探索如何利用大数据。
而在鸟类学领域，随着许多新技术的应用，也逐渐出现了基于大数据的分子鸟类学研究方法和工具。
分子鸟类学是鸟类进化和分类学的研究领域，它依靠DNA、RNA或蛋白质等分子水平的数据，研究鸟类的进化、分类和系统发育等问题。
而基于大数据的分子鸟类学研究方法和工具则是指利用大量、多源、多类型的鸟类分子数据，并运用多种统计学、计算机科学等分析方法和工具，进行高效、精准的鸟类分子研究。
与传统的分子鸟类学方法相比，基于大数据的方法所依赖的数据规模更大、来源更广泛、类型更多元化，因此具有更高的数据分析效率和准确性。
同时，这些方法也为鸟类学家提供了更多的分析视角和工具，如DNA条形码、基因组学分析、群体遗传学分析、生态系统网络分析等。
其中，基于DNA条形码技术的大规模DNA样本快速鉴定工具被广泛应用于鸟类分子鉴定和分类研究中。
DNA条形码利用生物体内的一段特定DNA序列作为“条形码”，通过比对不同物种的条形码，就可以快速、精准地鉴定出不同物种之间的差异和联系。
这种技术不仅可以节省实验时间和成本，更重要的是能够挖掘出潜在的物种多样性和遗传多样性，为进一步的鸟类分子研究提供数据支持。
除了DNA条形码技术，基因组学分析也成为了一种重要的分子鸟类学研究方法。
随着高通量测序技术的广泛应用，鸟类学家已经能够获得越来越丰富、详尽的鸟类基因组和转录组数据。
这些数据不仅可以被用于研究鸟类的物种分化和进化，还可以为鸟类分类提供补充和修正。
另一方面，在分子鸟类学领域，群体遗传学分析也是一项重要的工具。
群体遗传学分析不仅可以用来比较不同鸟类群体之间的基因差异，还可以用来推测鸟类群体之间的基因流动和历史变迁，为研究鸟类灭绝和多样性保护提供数据支持。
此外，生态系统网络分析也逐渐成为应用于鸟类学研究的新方法和工具。
生态系统网络分析利用网络模型和复杂系统理论等技术，通过分析鸟类生态系统中的物种之间交互关系，挖掘生态系统中潜在的植物-鸟类、鸟类-昆虫、鸟类-人类等之间的协同作用和共生关系。
鸟类的遗传和分子进化学研究
鸟类的遗传和分子进化学研究鸟类是地球上生态系统中一个非常重要的物种类群。
它们包括了非常多样化的鸟种，它们在不同的环境下生存着，并且不断地进化着。
在鸟类这个类群中，许多关于生理学、遗传学、行为学和生态学等方面的问题都得到了广泛关注，并且得到了越来越多的研究。
可以说，鸟类的研究已经进入了一个全新的时代，这也是因为现代分子技术的进步提供了更多的可能性，让鸟类研究真正开始从分子层面展开。
此篇文章将探讨鸟类的遗传和分子进化学研究。
一、鸟类的遗传学与其他生命形式一样，鸟类的比较早期的遗传学研究也只能通过显微镜下观察染色体和遗传变异进行研究。
现代分子技术在过去几十年里的不断发展，让遗传学的研究范围和方法变得更加广泛和深入。
现在，我们可以使用更加简单有效的技术来研究鸟类遗传。
当然，遗传学研究的一个重要领域就是DNA分子。
研究DNA内在的序列对遗传特征的影响，可以更深层次地研究动物的物种起源和物种分类。
通过对鸟类基因进行比较和分析，研究人员可以推测地球上某些生物的进化历程与生态适应性，并从而帮助我们了解环境的变革和变化，以及鸟类演化的历史。
二、分子进化学分子进化学综合了生物化学、生物物理学、基因学、分子生物学和进化学等多种学科的知识，主要研究群体的基因形态和遗传演化。
研究人员将不同物种的DNA序列进行比较分析，以推测它们之间的生物学的演化历程。
这个方法被称为分子时钟，它有助于我们研究群体间的遗传差异和共同祖先。
一般来说，DNA序列的差异参数越少，我们就更可以认为这些物种越亲近，有共同祖先。
在基因研究中，通常使用的incognatious的DNA (mtDNA)和核DNA是最常用的分子材料。
相比之下，mtDNA的遗传变异更少，根据这个变异率进行物种分离时间的估计更可信，并且研究结果的可重复性要高很多。
三、分子标记分子标记是指研究一个特定物种的不同个体之间的遗传差异的特殊DNA片段。
通常，研究人员会挑选小段的DNA来进行分析，包括单核苷酸多态性（SNP）和微卫星重复序列。
鸟类分子系统学与演化历程的研究
鸟类分子系统学与演化历程的研究鸟类是地球上最为美丽、多样化且神秘的生物之一，其精美的羽毛和运动能力一直深深吸引着人类的关注。
而在鸟类科学中，分子系统学研究一直是受到广泛关注的领域之一，它主要利用鸟类DNA序列的差异和相似性，来研究鸟类的系统分类和演化历程。
鸟类分子系统学的基础鸟类分子系统学的基础是分子生物学技术，即通过分析DNA、RNA等生物分子的序列差异和相似性来进行分类和演化研究。
目前，鸟类分子系统学研究主要使用的是线粒体DNA和核DNA序列。
在这两者中，线粒体DNA序列通常用于研究同一种和同一属不同种鸟类的分岐关系，而核DNA序列则可以更好地应用于研究不同属和不同科之间的进化关系。
通过鸟类DNA序列的分析，鸟类学家可获得分类和演化历程等诸多信息，例如不同鸟类的进化时间、进化速率、物种间的进化关系、种类间的近亲关系等。
这些数据有助于我们更好地了解鸟类的分布地理和生态学特性等信息。
鸟类分子系统学的研究方法鸟类分子系统学研究的方法主要有两种，自下而上和自上而下。
自下而上的方法主要使用的是群体遗传学理论，即从单个个体或小群体的DNA序列出发，逐步构建群体之间的进化关系和分类系统。
这种方法可以帮助我们更好地理解物种之间的进化关系和进化历程，但它也存在着误解一些物种和忽略长时间进化历程等缺陷。
自上而下的方法则是由生态学家和形态学家领导，从上层开始推断分类学，然后再去研究各个细节。
这种方法相对来说更加顾及到整个演化进程，在演化树上会考虑更多变量的影响。
目前，这两种方法综合使用都是比较合理的，但鸟类分子系统学人员往往会根据其研究的问题和质量要求来选择不同的研究方式。
鸟类分子系统学的研究成果在鸟类分子系统学研究中，许多重要的成果被获得。
例如，基于分子数据的鸟类分类学是不同于传统形态分类学的一种分类方法，通过对鸟类DNA序列的比较，可以发现许多形态相似的鸟类实际上有着不同的进化关系，从而需要重新调整它们的分类。
用基因组学解码鸟类演化史
形 尾 巴等 。 在 白垩 纪 。 所 有现 代鸟类 的祖先发 生 了第一
次分 化 ， 出现 了一些 飞行 能力 不太 强 的鸟类 祖先 ， 其 中 包括 鸵鸟 的祖先 。这次分 化后 形成 的另外一 支 又出现
一
次分 化 ， 成为 如今 的鸡 、 鸭、 鹅 的祖先 。 这 是 目前 可 以 比较 确 定 的 结 果 。 之 后 鸟 类 的 祖 先 经 历 了生 物 演 化 史 上 一 次 重 大 事
类多 样性 背后 的分子 机理 是什 么 ？ 像 南 极 的企鹅 。 又 是 怎 么 演 化 出适 应 各 自环 境 的 特 征 ？ 这 些 问题 都很 有趣 ， 但 要 回答 清 楚 则 不 容 易 。
这 些 已经 分 化 出来 的物 种 外 ， 代表 其 余 ９ ５ ％ 现 代 鸟 类
哪些 出现早 ， 哪些 后 出现 ？ 由 于 在 极 短 的 时 间 内 分 化 出
众 多物种 。 使 得 这 些 问题 很 难 回答 。 人 们 在 这 些 问 题 上
做过 许 多研究 ， 但答 案从 来 就没有 统一 过 。还有 ， 鸟类
能适 应各 种环 境 的背后 ， 其 遗 传 物 质 ＤＮＡ 发 生 了 哪 些
前
沿
Ｆ Ｒ ｏ ＮＴ Ｉ Ｅ Ｒ
用 基 因组 学解码 鸟 类 演化 史
◎胡 皓夫
地 球 上 现 存 的几 千 种 各 式 各 样 的 美 丽 可 爱 的 鸟 ， 它们 都 是 如何 演化 的 。 之 间 的亲 缘 关 系又 是 怎 样 的 ， 它们 适应 不 同环 境 的能 力 背 后 有 什 么 样 的遗 传物 质基 础 。 科 学 家
代 文 明 中 都 是 重 要 的 崇 拜 对 象 。它 的 图 腾 常 常 出 现 在 出土 的陶 器 、 玉器 和 古 代壁 画上 。像 《 山 海 经 》中 就 有
鸟类和哺乳动物动态响应的分子基础
鸟类和哺乳动物动态响应的分子基础动态响应是生物体对内外环境变化产生的生理反应，它是适应环境，保持生命平衡的基础。
鸟类和哺乳动物作为高等生物，其响应机制涉及到许多细胞因子、信号通路和调控因子等分子组成。
本文将就鸟类和哺乳动物的动态响应机制进行分子层面的探讨。
鸟类的动态响应分子基础鸟类是一类特殊的动物，它们在生存和繁殖中对环境的适应性比哺乳动物更高。
在动态响应过程中，鸟类通过一系列信号通路来调节细胞的功能和形态变化。
其中，核因子kappa B（NF-κB）是鸟类中常见的信号通路之一。
NF-κB是一种转录因子，它具有广泛的生物学功能，能够在胚胎发育、免疫应答、炎症反应、细胞周期调节等方面发挥作用。
近年来的研究表明，在鸟类中，NF-κB能够参与到发育、免疫调节、繁殖等多个生物学过程中。
例如，当天赐和鸟儿在进行繁殖和育雏时会受到诸如温度等环境因素的影响，这些因素会激活鸟类中的NF-κB信号通路，进而影响鸟类的行为和生理状态。
除了NF-κB之外，STAT3信号通路也是在鸟类动态响应中发挥了重要作用的信号通路之一。
STAT3是一种重要的细胞因子调节蛋白，能够促进细胞分裂、增殖和抑制细胞凋亡等生物学功能。
由于在不同的细胞中对STAT3信号通路的响应机制不同，因此在鸟类中对于STAT3信号通路的研究仍有待深入。
哺乳动物的动态响应分子基础哺乳动物作为一类高等动物，其动态响应机制同样也涉及到许多细胞因子、信号通路和调控因子。
其中，诸如钙信号通路、磷酸酯酶信号通路和MAPK信号通路等均是常见的信号通路。
钙信号通路是哺乳动物中广泛应用的信号传导机制之一，它能够调节细胞分化、细胞增殖和胚胎发育等方面的生物学过程。
在哺乳动物中，钙离子通过钙离子结合蛋白进入到细胞内，进而影响细胞的转录和翻译等生物学功能。
磷酸酯酶信号通路是一个广泛存在于哺乳动物中的信号传导机制。
具体来说，磷酸酯酶可以调节细胞膜的离子通道和酶活性等，从而影响细胞的信号转导过程。
鸟类发育的分子机制和演化
鸟类发育的分子机制和演化鸟类是脊椎动物中最为多样化的一类群体，其丰富的生态系统和行为模式为人们所熟知。
鸟类的高度适应性和强大的适应能力使得它们在自然界中具有很高的竞争力，而这些竞争力的形成与鸟类发育的分子机制和演化密切相关。
鸟类的分子机制鸟类的分子机制主要包括基因、蛋白质和其他生物大分子等各种生化过程，其中基因在鸟类进化中扮演了重要的角色。
鸟类的基因组较为简单，其大小和组织方式均与哺乳动物存在很大差异。
尽管如此，鸟类的基因组仍然包含了一些非常重要的成分，如C-myc、p53和TPN等关键基因。
C-myc是鸟类细胞中起核心调控作用的一种基因，它参与调节细胞增殖和分化，进而影响鸟类的体格发育和特征表达。
p53是一种常见的肿瘤抑制基因，它参与细胞的修复和再生过程中，对细胞死亡和生长的调控作用非常显著。
TPN 则是一种鸟类中流行的低标签关键蛋白，在鸟类进化和发育中均起到关键的调控作用。
与基因组有关的还有鸟类的表观遗传学机制。
表观遗传学研究的是非DNA序列的遗传信息和影响它们的方法，而表观遗传学机制也是对生物的生理、形态和行为的影响非常显著的一种因素。
鸟类的表观遗传学机制的主要特征在于DNA甲基化、组蛋白修饰和微小RNA的调控等方面。
这些机制表明必须承认鸟类发育进化过程中表观遗传学机制的重要性。
鸟类的演化鸟类的演化过程从形态学上刻画了鸟类的特征和分类，从影响分子机制上比较揭示了鸟类发育的特异性。
鸟类的演化是一个长期的过程，存在许多分岐演化。
鸟类演化的主要阶段可划分为四个时期，从最基础的原始鸟类到最后的现代鸟类，其中经过了“中源鸟”和“近源鸟”的演化。
在两翼壁虎科出现之前，原始鸟在晚侏罗世和早白垩世已经出现。
从所发现的鸟类包括Archaeopteryx lithographicus 和青岛鸟、基尼鸟等原始鸟物种，可以看出原始鸟足弱质重，企鹅样翼。
中源鸟时期始于白垩纪晚期至晚下白垩纪中期之间，该时期鸟类已有羽翼的形态，并且羽毛和软组织的细节得以保存下来，是为鸟类演化的关键时期，它为鸟类的后来发育打下了坚实的基础。
湖南省第十三届自然科学优秀学术论文 (2)
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美国佛罗里达大学分子遗传与微生物实验室CaballeroSoojung Seo美国佛罗里达大学分子遗传与微生物实验室在限差分异质多尺度方法在Rechard方程中的应用陈福来湘南学院任理中国农业大学Mid-Infrared Emission Characteristic and Energy Transfer of Ho3+ -Doped Tellurite Glass Sensitized by Tm3+陈敢新湖南人文科技学院张勤远华南理工大学姜中宏华南理工大学一种基于PCR的植物RNA干扰表达载体快速构建法——用于发夹结构RNA的表达陈己任湖南农业大学熊兴耀湖南农业大学王天祥不同配方施肥对长期缺施钾肥的红壤性水稻土微生物特性的影响陈建国湖南农业大学资源环境学院张杨珠湖南农业大学资源环境学院曾希柏中国农科院农业环境与可持续发展研究所溶胶-凝胶法制备铝掺杂氧化锌薄膜的工艺优化陈建林长沙理工大学陈鼎湖南大学陈振华湖南大学敬钊缨毛蛛胱氨酸结毒素的分子多样性和进化研究陈金军湖南农业大学邓梅春湖南师范大学贺权源湖南师范大学具有最大κ重局部指数的双对称本原矩阵陈佘喜湖南科技大学数学与计算科学学院柳柏濂华南师范大学数学科学学院采用聚氨酯泡沫模板制备沥青基炭泡沫陈亚中南大学陈白珍中南大学石西昌中南大学前列环素对香烟提取物所致肺气肿的保护作用及机制研究陈燕中南大学湘雅二医院花岡正幸日本信州大学陈平中南大学湘雅二医院处理生活污水湿地植物的筛选与净化潜力评价陈永华中南林业科技大学吴晓芙中南林业科技大学蒋丽娟中南林业科技大学基于Web GIS的长沙市雷暴天气短期预报模型的研究与应用陈勇长沙市气象局匡方毅肖波铅对鲫鱼细胞骨架蛋白稳定性的影响成嘉长沙学院张东裔褚武英长沙学院气体分子在掺杂graphene表面的吸附研究戴佳钰国防科学技术大学理学院袁建民国防科学技术大学理学院电极材料对分子器件整流性能影响的密度泛函理论研究邓小清长沙理工大学周继承中南大学张振华长沙理工大学通过石墨烯自旋阀的磁输运丁开和长沙理工大学朱振刚马丁路德大学Jamal 马丁路德大学Berakdar稀土掺杂对锂电正极材料LiNi1/3Co1/3Mn1/3O2结构和电化学性能的影响丁燕怀湘潭大学流变学研究所张平湘潭大学流变学研究所姜勇湘潭大学流变学研究所电厂锅炉混煤掺烧技术研究与实践段学农湖南省电力公司试验研究院朱光明湖南省电力公司试验研究院焦庆丰湖南省电力公司试验研究院一种双波段高功率微波源樊玉伟国防科学技术大学光电科学与工程学院钟辉煌国防科学技术大学训练部李志强国防科学技术大学光电科学与工程学院高压对辊粉碎的微分剪切理论及数学模型甘建国长沙建设机械研究院中联重科研究院支架辅助弹簧圈栓塞颅内宽颈动脉瘤的临床疗效高小平湖南省人民医院余翔湖南省人民医院张抗南湖南省人民医院岩爆发生和烈度分级预测的距离判别方法及应用宫凤强中南大学资源与安全工程学院李夕兵中南大学资源与安全工程学院基于水泥混凝土路面脱空板使用寿命的脱空等级划分方法龚先兵湖南省高速公路管理局CREB在VIP促人支气管上皮细胞损伤修复过程中的作用管茶香中南大学基础医学院崔艳茹中南大学基础医学院孙国瑛中南大学基础医学院中国常染色体隐性遗传早发性帕金森病parkin、PINK1、DJ-1、ATP3A2基因突变分析郭纪锋中南大学湘雅医院肖彬中南大学湘雅医院廖冰中南大学湘雅医院一种新型木结构墙体的热湿性能分析郭兴国湖南大学土木工程学院陈友明湖南大学土木工程学院张乐湖南大学土木工程学院长株潭港口的定位研究韩时琳长沙理工大学慈庆玲中交第三航务工程勘察设计院有限公司赵利平长沙理工大学基于布雷顿循环的联产装置火用优化郝小礼湖南科技大学张国强湖南大学Acidianus manzaensis 浸出黄铜矿过程中矿物表面硫形态分析何环中南大学资源加工与生物工程学院夏金兰中南大学资源加工与生物工程学院杨益中南大学资源加工与生物工程学院熔融煤灰在锅炉规律硅铝质卫燃带上的结渣特性何金桥长沙理工大学科协时章明中南大学陈冬林长沙理工大学求解非均质多孔介质中非饱和水流问题的自适应多尺度有限元方法贺新光湖南师范大学资源与环境科学学院任理中国农业大学资源与环境学院中药足浴配合西药治疗老年人下肢动脉粥样硬化30例临床观察洪秀琴湖南省老年医院欧春莲湖南省老年医院唐建明湖南省老年医院基于HMM的单样本可变光照、姿态人脸识别胡峰松湖南大学张茂军国防科技大学邹北骥中南大学比较番茄红素、氟伐他汀钠抗家兔动脉粥样硬化形成作用胡敏予中南大学李毅琳中南大学蒋重和湖南师范大学无线传感器网络中基于协同压缩方法的MAC协议胡玉鹏湖南大学林亚平湖南大学蒋红艳湖南大学我国区域科技投入促进经济增长绩效评价——基于滞后性的绩效分析胡振华中南大学商学院刘笃池中南大学商学院短暂性前脑缺血后TGF-β2及高尔基体变化的研究胡治平中南大学湘雅二医院范洁中南大学湘雅二医院曾六旺中南大学湘雅二医院酚羟基修饰的超高交联吸附树脂与XAD-4树脂对对硝基苯胺的吸附比较研究黄健涵中南大学王贤光中南大学黄可龙中南大学面向重组维修的机械系统可靠性建模与仿真黄良沛湖南科技大学刘德顺湖南科技大学岳文辉湖南科技大学允许k-幂等的符号k-幂等与射线k-幂等模式矩阵黄荣湘潭大学数学与计算科学学院HIF-1a和VEGF小干扰RNA对视网膜新生血管的抑制作用蒋剑中南大学湘雅医院眼科夏晓波中南大学湘雅医院眼科许惠卓中南大学湘雅医院眼科益肾通络方对体外大鼠肾小球系膜细胞增殖的抑制作用金红湖南师范大学易宇新中南大学湘雅医学院卢岳华湖南师范大学基于综合误差的自适应神经元控制策略及其在主动悬架中的应用金耀湖南师范大学于德介湖南大学光子晶体光纤中利用频率啁啾操控色散波雷大军湘南学院董辉湘南学院文双春湖南大学高血压时花生四烯酸乙醇胺转运体活性变化及其对CGRP释放的影响李岱中南大学湘雅医院陈本美中南大学分析测试中心彭军中南大学药学院隧道开挖地下水渗流的实例研究和一种新型集水排水系统李地元中南大学李夕兵中南大学李春林挪威科技大学油茶炭疽病拮抗内生细菌的分离鉴定李河中南林业科技大学周国英中南林业科技大学卢丽俐中南林业科技大学新能源产业是未来经济的制高点李金保中南大学冷俊峰中南大学基于DEA的行业协会绩效评价研究李科长沙民政职业技术学院基于最大熵原理的动态与随机出行选择模型李硕湖南大学土木工程学院张廷湖南大学土木工程学院基于定子磁链定向的间接定子量控制应用李祥飞湖南工业大学邹莉华湖南工业大学豆薯种子中的杀虫成分及其毒力测定李有志湖南农业大学魏孝义中科院华南植物园徐汉虹华南农业大学基于整个电网行波时差的故障定位方法李泽文长沙理工大学姚建刚湖南大学曾祥君长沙理工大学过氧化物酶体增殖物激活受体β在表皮生长因子诱导HaCaT角质细胞增殖中的作用梁鹏飞中南大学湘雅医院蒋碧梅中南大学基础医学院杨兴华中南大学湘雅医院低氧训练对大鼠肾组织细胞凋亡及HIF-1α、bax、bcl-2表达的影响林喜秀湖南师范大学医学院瞿树林湖南师范大学医学院陈嘉勤湖南师范大学体育学院混合范数下的最优化反演方法刘海飞中南大学阮百尧桂林理工大学柳建新中南大学马克思关于创新的思想刘红玉湖南大学科技经济与社会发展研究所彭福扬湖南大学科技经济与社会发展研究所贸易逆差是否削弱了一国国际竞争力刘建江长沙理工大学袁冬梅湖南师范大学不同施肥结构和调理剂对侵蚀红壤的修复效应刘杰湖南农业大学资源环境学院张杨珠湖南农业大学资源环境学院曾希柏中国农科院农业环境与可持续发展研究所一种锆基块体金属玻璃在其玻璃化温度附近的滑移摩擦学性能刘龙飞湖南科技大学张厚安湖南科技大学时存湖南科技大学中国南部-长沙市新CTX-Mβ-内酰胺酶（ESBLs）基因型在多种肠杆菌科细菌中的分布与传播刘文恩中南大学湘雅医院陈腊梅开福区疾病预防控制中心李虹玲中南大学湘雅医院跨国公司在华环境污染及其规制研究刘细良湖南大学转cry1Ac/sck基因抗虫水稻对稻田主要非靶标害虫的田间影响评价刘雨芳湖南科技大学贺玲湖南科技大学汪琼基于委员会的误分类采样主动学习龙军国防科学技术大学计算机学院殷建平国防科学技术大学计算机学院祝恩国防科学技术大学计算机学院Gnrh2 Gthβ和Gthr基因在不育三倍体鱼和可育四倍体鱼中的差异性表达龙昱原湖南师范大学博士毕业陶敏湖南师范大学刘少军湖南师范大学银纳米粒子热力学性质的尺寸效应罗文华湖南理工学院胡望宇湖南大学肖时芳湖南大学含反应扩散项的时滞细胞神经网络模型的W1,2（Ω）-与X1,2（Ω）-稳定性罗毅平湖南工程学院夏文华湖南工程学院刘国荣湖南工程学院一类泛函最优化问题的解的存在性罗智明湖南商学院张可村西安交通大学镍薄膜压痕蠕变行为的尺度依赖性马增胜湘潭大学龙士国湘潭大学周益春湘潭大学锰上层掺杂双层石墨烯的结构、电子和磁性质毛宇亮湘潭大学钟建新湘潭大学MICA基因多态性与沙眼衣原体感染和不孕症的关系梅冰中南大学湘雅医学院罗奇志中南大学湘雅医学院杜昆中南大学湘雅医学院基于词计算的语言动力系统及其稳定性莫红长沙理工大学科协王飞跃中国科学院自动化研究所风疹病毒感染人血管内皮细胞的差异表达基因及其分子生物过程的基因芯片筛选莫小阳湖南师范大学马文丽南方医科大学张亚莉贵阳医学院用ATRP方法制备聚苯乙烯/纳米二氧化硅杂化粒子欧宝立湖南科技大学李笃信中南大学水稻黄化苗突变体的C4光合特征欧立军湖南师大生科院具有SW缺陷石墨烯纳米带的羧基化学功能化欧阳方平中南大学黄兵清华大学徐慧中南大学基于灰色系统模型的城乡建设用地规模预测——以常德市鼎城区为例彭保发湖南文理学院胡曰利中南林业科技大学吴远芬中南林业科技大学一种新型水泥土圆弧连拱及桩反支墩复合支护结构在工程中的应用彭春雷湖南宏禹水利水电岩土工程有限公司王雄鹰华能湖南岳阳发电有限责任公司工程部孙茜湖南宏禹水利水电岩土工程有限公司湖南省高速公路滑坡研究彭立湖南省交通规划勘察设计院密蒙花提取物对去势雄兔干眼症的预防作用彭清华湖南中医药大学姚小磊湖南中医药大学吴权龙湖南中医药大学第一附属医院高效液相色谱法同时更灵敏快速的检测犬尿喹啉酸和色氨酸皮兰敢郴州市第一人民医院唐爱国中南大学湘雅二医院莫喜明中南大学湘雅二医院蓝桉树木园异型杂交及花粉污染的微卫星分子标记研究饶红欣湖南省森林植物园Briony Patterson塔斯马尼亚大学植物学系林业可持续发展研究中心Brad Potts塔斯马尼亚大学植物学系林业可持续发展研究中心电阻点焊电极冷却系统的数值研究饶政华中南大学能源科学与工程学院廖胜明中南大学能源科学与工程学院。
ISSR分析黑颈长尾雉的遗传多样性和亲缘关系的开题报告
ISSR分析黑颈长尾雉的遗传多样性和亲缘关系的开
题报告
标题：ISSR分析黑颈长尾雉的遗传多样性和亲缘关系的研究研究
摘要：黑颈长尾雉是一种重要的珍稀野生鸟类。
为了研究其遗传多
样性和亲缘关系，本研究选取了来自四川、云南、贵州、广西等不同地
理分布的黑颈长尾雉样本进行ISSR分析。
结果表明，黑颈长尾雉的遗传多样性较高，Nei's遗传多样性指数平均为0.2427，Shannon多样性指数平均为0.3569。
聚类分析显示了黑颈长尾雉的亲缘关系，不同地理分布
的样本之间存在一定的遗传差异。
关键词：黑颈长尾雉；ISSR分析；遗传多样性；亲缘关系
引言：黑颈长尾雉是中国特有的一种珍稀野生鸟类，主要分布于中
国西南地区。
由于其生态环境遭受破坏和过度捕猎等因素的影响，黑颈
长尾雉的种群数量受到了严重的威胁，已被列入国家保护动物名录。
为
了更好地保护和管理黑颈长尾雉的种群，了解其遗传多样性和亲缘关系
十分必要。
遗传多样性是物种生存和进化的基础，对于维护种群健康和增强适
应能力有着重要的作用。
ISSR（Inter-Simple Sequence Repeat，简并序列重复间隔）分子标记是一种可靠的分子遗传标记方法，具有单态性高、多态性强、无需PCR扩增等优点，被广泛应用于种群遗传结构及亲缘关
系的研究。
本研究将采用ISSR分析方法，评估不同地理分布的黑颈长尾雉的遗传多样性和亲缘关系，为黑颈长尾雉的种群保护和管理提供科学依据。
鸟类遗传学问题解析方法归纳
鸟类遗传学问题解析方法归纳介绍本文档将总结鸟类遗传学问题解析的方法，并提供一些简单的策略，避免引入法律复杂性。
遗传学问题解析方法1. 遗传变异的检测- 遗传变异是鸟类遗传学研究的重要内容，可以通过一些分子生物学技术来检测。
常用的方法包括：- PCR（聚合酶链式反应）：用于扩增DNA片段，便于后续分析。
- DNA测序：确定DNA序列，识别遗传变异。
2. 种群遗传结构分析- 研究鸟类种群的遗传结构可以了解其遗传多样性和基因流情况。
常用的方法包括：- 同功酶分析：通过电泳方法分离同功酶，评估种群内和种群间的遗传差异。
- 微卫星分析：通过PCR扩增微卫星位点并测序，分析种群的遗传多样性和遗传流动。
3. 突变鸟种的遗传机制研究- 突变鸟种是指在特定基因发生突变导致其外貌或行为与其他同种鸟类有明显差异的鸟种。
研究其遗传机制可以使用以下方法：- 基因测序：测序突变基因，寻找与突变现象相关的基因变异。
- 基因表达分析：研究突变基因的表达水平和模式，揭示其对外貌或行为的影响。
4. 群体遗传和物种保护- 群体遗传研究对于物种保护和管理具有重要意义。
常用的方法包括：- 遗传标记分析：使用基因标记（如微卫星）评估物种的遗传多样性、群体状况和遗传连通性。
- 遗传流动模型：通过数学模型分析遗传交流和迁徙模式，为物种保护和管理提供指导。
简单策略和注意事项- 遵循简单策略可以避免遗传学研究中的法律复杂性。
- 使用经过验证的实验方法和分析工具，避免引入不确定因素。
- 合法收集样本和数据，确保遵守国家和地区的法律和伦理规定。
- 合理规划实验设计，减少实验偏差和结果解读的困扰。
结论通过合理选择遗传学问题解析方法，并遵循简单的策略，鸟类遗传学研究可以更加简单和可靠。
同时，注意合法和伦理问题，确保研究过程的合规性和可持续性。
鸟类线粒体基因组和它们之间的关系研究
鸟类线粒体基因组和它们之间的关系研究鸟类一直是动物界中最受欢迎的类别之一。
它们在生态系统中起着重要的作用，而其奇妙的演化历程也吸引了无数生物学家的兴趣。
近年来，随着分子生物学技术的不断发展，研究者们开始更加关注鸟类基因组的研究。
其中，鸟类线粒体基因组的研究尤为重要。
一、什么是线粒体基因组线粒体是细胞内的一种细胞器，其主要功能是参与能量代谢。
它不仅拥有自己的基因组，而且还与细胞核基因组相互作用，共同控制着细胞的生命活动。
线粒体基因组非常小，只有几个万个碱基对，而且它们是以环形DNA的方式存在的。
线粒体基因组的核苷酸序列可以用于建立演化树和对种群遗传变异进行研究。
二、鸟类线粒体基因组的特点与哺乳动物线粒体基因组相比，鸟类线粒体基因组具有以下几个显著的特点：1. 大小相对较小。
鸟类线粒体基因组的大小通常为16-18kbp，而哺乳动物线粒体基因组的大小大多在16-20kbp之间。
2. 碱基组成比例不均衡。
鸟类线粒体基因组的碱基组成具有良好的GC偏差。
这种偏差形成的原因可能与鸟类线粒体基因组的演化有关。
3. 缺少端粒酶基因。
与哺乳动物线粒体基因组相比，鸟类线粒体基因组中缺少端粒酶基因。
4. 编码的蛋白质结构特点。
鸟类线粒体基因组编码的蛋白质具有一些特殊的结构。
例如，其中的细胞色素b基因具有较长的通道结构，这与其在线粒体呼吸链中的特殊作用有关。
三、鸟类线粒体基因组与鸟类演化的关系鸟类线粒体基因组的研究有助于我们更好地了解鸟类的演化历程。
早期的研究表明，鸟类的基因组演化是高度相似的，这表明鸟类的起源不是单一的，而是多个祖先进化而来。
后来的研究发现，在不同鸟类物种中线粒体基因组的变异速率具有明显的差异。
例如，鸽子基因组的变异速率很慢，而珠鸡则相反。
这些差异可能反映了不同生态环境下的选择压力和物种适应力。
四、应用鸟类线粒体基因组的研究有多种应用。
例如，它可以用于建立物种特异性的分子标记，对个体识别、种群遗传结构分析和物种鉴定等方面具有重要的意义。
家养鸟类DNA指纹图谱的建立和遗传学分析
家养鸟类DNA指纹图谱的建立和遗传学分析随着人们对自然科学的研究越来越深入，遗传学作为一门新兴的学科已经受到越来越多人的重视。
家养鸟类的DNA指纹图谱的建立和遗传学分析也成为了人们的研究重点。
一、DNA指纹图谱的建立DNA指纹是一种基于DNA序列的个体识别技术。
在建立DNA指纹图谱时，首先需要提取鸟类的DNA样本，可以采用血液、羽毛或口腔粘液等样品提取方式。
提取好的DNA样本需要进行PCR扩增以获得足够数量的DNA。
PCR扩增的产物会在凝胶电泳中形成DNA带，根据DNA带的大小和数量，可以建立DNA指纹图谱，并记录下每只鸟类的DNA指纹。
二、家养鸟类DNA指纹图谱的遗传学分析家养鸟类的DNA指纹图谱能够为遗传学分析提供重要的依据。
首先可以利用DNA指纹图谱判断家养鸟类的亲缘关系，如子代与亲本之间的亲缘关系、同一亲本子代之间的亲缘关系等。
此外，还可以分析鸟类的种群结构和群体历史。
通过比对不同个体之间的DNA指纹图谱，可以发现遗传多样性和基因频率等信息，从而研究鸟类的遗传演化、进化和分化等问题。
三、家养鸟类DNA指纹辨识技术的应用前景家养鸟类DNA指纹辨识技术的应用前景十分广泛。
首先，可以用于宠物鸟类的识别和管理，帮助养鸟人员快速精准地辨认不同的宠物鸟类。
其次，家养鸟类DNA指纹辨识技术还可以用于繁殖管理。
通过对配种鸟类的DNA指纹进行分析，可以评估配种的情况和效果，为繁殖管理提供科学依据。
四、家养鸟类DNA指纹图谱建立及分析中需要注意的问题在家养鸟类DNA指纹图谱的建立和遗传学分析过程中，需要注意以下几个问题。
首先是鸟类样本的选择问题。
要保证DNA样本的质量和数量，选择合适的样品非常重要。
其次是PCR扩增反应体系的优化问题，这是影响扩增效果和质量的重要因素。
还需要掌握准确的分析方法，如如何分辨不同长度的DNA带和如何验证DNA指纹图谱的可重复性等。
总之，家养鸟类DNA指纹图谱的建立和遗传学分析在研究鸟类遗传特征、品种鉴定、繁殖管理等方面都具有重要作用，并且应用前景广阔。
鸟类线粒体dna研究概述
鸟类线粒体dna研究概述线粒体DNA（mtDNA）是现代生物学研究中重要的遗传物质，由于它亲密地存在于各种生物体，因此研究它的基因组结构和遗传学变异具有重要的研究价值。
近年来，鸟类mtDNA研究取得了巨大进展，并在生物物种系统发生与进化历史研究中发挥了重要作用。
本文旨在概述近几十年来鸟类mtDNA研究的研究进展和发展趋势。
首先，本文从鸟类线粒体DNA的结构和特点入手，介绍了它与其它生物群体线粒体DNA的不同之处，如结构尺寸、基因构成等特征，以及这些特征为研究鸟类进化和分类等提供的信息。
其次，本文展示了在鸟类mtDNA研究中有效使用的技术，并说明了大量的线粒体DNA 序列分析可以检测鸟类的古属系统发育关系，以及确定物种分化和遗传多样性。
此外，本文还介绍了近年来鸟类mtDNA研究中取得的重大进展，如大规模线粒体DNA组织序列解析、古老线粒体DNA检测以及线粒体DNA遗传变异模式的研究。
随着近几十年的迅速发展，鸟类mtDNA研究已步入一个新的时代，它不仅可以提供深刻的见解，还为与之相关的其他重要研究领域提供了有用的线索，例如环境适应性、迁移模式、种群结构与基因流等研究。
因此，将来鸟类mtDNA研究有望进一步扩展，伴随着更多的研究和发现，我们将能够看到更多令人惊叹的结果。
综上所述，鸟类mtDNA研究是一个多层面的研究领域，其重要性在生物进化史的研究中无可否认。
研究者不仅可以更深入地了解鸟类mtDNA的结构和功能，还可以更好地阐明它与其它重要生物学领域之间的关系。
此外，未来的研究还可以深入探索鸟类mtDNA的演变机制，以便更好地理解其在物种分化和保存中的作用。
总之，鸟类mtDNA研究在生物学研究中具有重要价值，它不仅帮助我们更好地了解鸟类进化和分类，而且可以促进其它领域的研究。
未来的研究趋势可以预见，因为随着技术的不断改进，研究者将能够获得更多的线索和证据，以更好地理解鸟类mtDNA的结构、功能和演变机制，从而揭示更多的奥秘。
基因组学技术在鸟类种群进化研究中的应用
基因组学技术在鸟类种群进化研究中的应用随着基因组学技术的日益发展，越来越多的生物学领域开始应用这一技术手段来进行研究，鸟类种群进化研究也不例外。
本文将介绍基因组学技术在鸟类种群进化研究中的应用，包括基因组学技术的基本原理、鸟类基因组学研究进展以及鸟类种群进化研究中的新发现。
1. 基因组学技术的基本原理基因组学技术是指通过对生物体的基因组进行测序、分析和解读等手段，来研究生物体的遗传信息、进化历程和生物学特征等方面的技术手段。
其中，基因组测序是基因组学技术研究的基本手段之一，其原理是将待测序的DNA分子进行高通量序列分析，得到DNA序列信息并进行数据处理和注释，最终获得基因组结构和遗传信息等方面的数据信息。
2. 鸟类基因组学研究进展基于基因组测序技术的发展，越来越多的鸟类基因组学研究开始展开。
其中，全基因组测序是最常用的研究方法之一，通过测序鸟类的基因组DNA，可以获得丰富的基因组结构、遗传信息和进化历程等方面的数据。
同时，单个基因的测序和比较也可以为鸟类进化研究提供有力的支持。
通过基因组学技术的研究，科学家发现，鸟类亚洲种群的起源可以追溯到约1.35亿年前，而其与欧洲和非洲种群的祖先分离时间则为8000-10000万年前。
此外，鸟类基因组学研究还揭示了不同鸟类物种之间的基因组特征和差异，为研究鸟类的进化和适应性等方面提供了重要依据。
3. 鸟类种群进化研究中的新发现基于鸟类基因组学的研究，科学家们发现了一些有趣的新现象，促进了对鸟类进化和适应性等方面问题的研究。
例如，通过对啄木鸟基因组的分析，科学家们发现这些鸟类的基因组中具有高水平的基因家族扩张和基因转录的特征，为啄木鸟的适应性演化提供了重要依据。
此外，科学家们还利用基因组学技术对鸟类种群进化进行了深入探究，揭示了鸟类在不同进化时期的遗传变异和适应性演化等方面的机制。
例如，研究表明鸟类演化方向中存在着重大的非随机性和方向性，这些方向性反映了鸟类物种适应性演化的发展和变化趋势。
基于DNA条形码的鸟类系统分类研究
基于DNA条形码的鸟类系统分类研究近年来，基于DNA条形码的生物分类学研究已经成为了一个热门的领域，其中基于鸟类的分类研究也越来越受到关注。
DNA条形码是指通过序列分析短而高度变异的某一基因序列来对生物进行分类鉴定的一种方法。
与传统的分类方法相比，DNA条形码技术具有更高的分类分辨率、更少的依赖性和更高的范围性。
在鸟类分类方面，这种新技术的出现具有革命性的作用。
DNA条形码的优点在鸟类分类学中的应用鸟类是极具多样性的生物类群，目前已经发现了约10000种不同的鸟类，这些鸟类之间的形态、生态、遗传差异巨大。
在鸟类分类学中，传统的分类系统主要是基于鸟类的形态特征进行划分。
这种分类方式虽然已经为我们提供了非常有用的信息，但是在某些情况下，它仍然存在一些局限性，因为一些鸟类之间的形态上的差异很小，这种差异可能会随着生长环境的变化而变化，而另一些鸟类之间，即使它们在形态上有明显的差异，但它们可能是非常相近的物种，导致分类结果不够准确。
相比较传统的分类方法，DNA条形码技术的提出恰好弥补了传统分类方法的弊端。
它无视了分类对象的外部形态特征，而是专注于物种DNA序列的差异。
由于生物基因具有遗传稳定性，持续时间长，并且在遗传进化过程中高度变异，因此以DNA为基础的分类方法能够精准地区分具有不同地理分布区、生境及生态的物种。
而在DNA条形码技术中，通过对基因片段进行快速、准确的和低成本的测序，我们可以区分数千种不同的鸟类，从而能够更准确地地进行鸟类分类。
基于DNA条形码的鸟类分类研究现状基于DNA条形码的鸟类分类研究已经在科学领域中展开。
目前，有各种各样的条形码基因同时被应用在鸟类的分类研究中。
其中最常用的是组成细胞核的核DNA内转录间隔区ITS2区域和线粒体DNA中的Cytochrome c oxidase subunit I区域(COI)。
在多数研究中，研究仅基于COI区域，通常得到更好的分类结果。
不过，一些研究已经证明在有限的情况下，应用多个基因片段进行分类的结果更加精准。
鸟类羽毛发育的分子遗传学研究
鸟类羽毛发育的分子遗传学研究目前，鸟类的羽毛发育已经成为了分子遗传学研究中一个热门的研究领域。
随着DNA测序技术的不断发展，科学家们能够更加深入地研究鸟类羽毛发育的分子遗传学机制，这将有助于人们更加深入地理解鸟类大脑和鸟类行为学的机制。
近年来，科学家们利用生物学和基因分析技术，研究了鸟类羽毛发育的一些方面。
通过对鸟类胚胎和幼鸟的基因组进行测序，分析了鸟类羽毛大小和形态的遗传基础，发现了与羽毛发育相关的基因和通路，增加了人们对羽毛发育的理解。
例如，利用分子遗传学方法，科学家们已经发现了一些与羽毛发育相关的基因，例如beta-catenin和HOXC8等，这些基因不仅在鸟类中表达，而且可能在哺乳动物中也有相似的功能。
众所周知，beta-catenin在哺乳动物中发挥着重要的细胞增殖和分化调节作用，而在鸟类中，beta-catenin也参与了羽毛的发育过程。
另外，研究组还发现，不同类型的鸟类在羽毛发育上具有不同的基因表达模式和分子机制。
例如，在体型较大的鸟类（例如孔雀），表达的基因在羽毛形态、色彩、光泽等方面均不同于其他类型的鸟类，这表明了不同类型的鸟类在基因水平上的差异可能导致了其独特的羽毛形态。
同时，分子遗传学的研究也增加了对鸟类大脑和鸟类行为学的理解。
科学家们发现，一些与羽毛发育相关的基因同时也参与了鸟类大脑和行为学的发育。
例如，基因C-Fos在鸟类中与它们学习和记忆功能的发展有关，同时也与它们的羽毛生长速度密切相关。
这些研究对于理解鸟类的复杂生态学和认知行为学行为，以及可能为鸟类保护和人工培育鸟类做出重大贡献。
虽然鸟类羽毛发育的分子遗传学机制已经被研究了多年，但我们对于羽毛发育的多样性和遗传机制仍有很多需要了解和探索的地方。
我们需要更深入地了解鸟类基因组的结构和进化，以及更好地研究它们胚胎和肌肉组织在生长过程中的变化。
这些研究将有助于我们更好地理解鸟类的遗传学，包括其的形态进化和生态行为的演化。
鸟类行为和遗传学的关联研究
鸟类行为和遗传学的关联研究鸟类是自然界中极为丰富多彩的一群动物，拥有各种各样奇妙的行为和独特的生活方式。
有些鸟类可以在长达数年的时间里不断迁徙，有的可以在极端环境下生存，有的则会展现出独特的社交行为和群体智慧。
这些行为都是与鸟类的基因组密切相关的，因此，通过对这些行为和基因组的研究，我们可以更好地理解鸟类的特殊生态角色和进化历史，并且有利于更好地保护这些动物。
在过去几十年里，已经有了许多研究工作，通过DNA分析和行为观察对鸟类的基因和行为进行了深入分析。
例如，一些研究表明，父母和幼鸟之间的信号交流可以对幼鸟的明显影响起到关键作用。
实验表明，当鹦鹉从出生时就置于无声环境中成长时，它们的语言能力将会明显受到影响。
其他研究则探讨了鸟类对季节变化的适应能力，比如南瓜鸟日常茁壮成长的环境中，每年有着严格的繁殖季节，这与环境因素和内在生理考虑密切相关。
同时，遗传学也为鸟类行为的研究提供了更高效的途径。
通过对基因序列的对比和表达谱的分析，可以获得对基因系统和信号传递的深入了解，并从而解释鸟类的某些特定行为。
很多实验用于研究动物认知和学习能力，也是在这方面获得了显著进展。
例如，把家鸽藏在一个密闭的轮廓线框里，可以观察到鸽子会视频显示的地方从框内出现并尝试摆脱，表明鸽子能够将屏幕里的东西与房间外的物体区分开。
通过遗传研究，人们也验证了鸟类用来跟踪运动物体的视觉器官之一可以提供范围更宽、应对更快的可反转对象。
除了对行为和生理现象的研究外，基因组还为挖掘鸟类进化和修饰提供了宝贵的信息。
最近的一项研究表明，肉食性現代鳥類的祖先小空齒鳥含有一些相对于其食性的基因功能扩展，例如对语言和听觉的刺激、空间学习等。
有意思的是，与鸟类的行为模式和认知有关的遗传调节是高度通过地质时间长距离多次裂变和演化的。
一些研究表明，鸟类的内在时钟是基于日光周期的，这一性质在很多地方不同程度上影响着鸟类活动和日常节奏，甚至可以影响到繁殖季节时间的选择。
一种新的研究动物遗传关系的DNA分子标记方法
一种新的研究动物遗传关系的DNA分子标记方法
佚名
【期刊名称】《发明与创新：大科技》
【年(卷),期】2012()11
【摘要】成果简介：成功创新地研制出一种既简单快速又准确有效的Sox—HMGDNA片段的分子遗传标记方法。
该方法是基于sox基因家族的一对特殊的简并引物，对动物样品的基因组DNA进行PCR扩增，可获得大小、
【总页数】1页(P45-45)
【关键词】分子标记方法;DNA片段;遗传关系;动物;sox基因家族;基因组DNA;PCR扩增;分子遗传
【正文语种】中文
【中图分类】Q523.03
【相关文献】
1.DNA分子标记在动物种群遗传结构研究中的应用 [J], 戴伟;董文武;苗郑;王晓梅
2.DNA分子标记在水生动物遗传学上的研究进展 [J], 刘云国;陈松林;李八方;汪东风
3.DNA分子标记技术及其在水产动物遗传上的应用研究 [J], 高泽霞;王卫民;周小云
4.随机放大多态性DNA（RAPD）：—一种新的分子遗传标记技术 [J], 卢江
5.DNA分子标记技术在水生动物遗传多样性研究中的应用 [J], 王忠华;董西征;钱国英
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鸟类分子遗传关系研究
---基于Sox基因DNA 片段方法
摘要
根据多种动物Sox基因的HMG-box序列设计 一对特殊的简并引物，PCR扩增了鹌鹑、鹧鸪和 鸽子三种鸟类的Sox基因DNA片段,得到了大小和 数目不同的DNA片段，结果在鹌鹑个体发现了两 个约为200bp和1100bp的DNA片段，在鹧鸪个体 发现了三个约为200bp、1000bp和1200 bp的 DNA片段,在鸽子个体发现了五个约为200bp、 300bp、400bp、500bp和600bp的DNA片段。此 外，通过对其中200bp的DNA片段进行测序，通 过序列比较，分析了三种鸟类间的分子遗传关系。 本实验在建立鸟类的分子遗传特征标记和分析不 同鸟类之间的分子遗传关系方面具有重要的意义。
1.4克隆 对于需要进一步做序列分析的样品的 DNA片段用上海Sangon公司胶回收试剂盒 纯化，纯化方法参照产品手册进行。将回 收的DNA片段克隆于载体pMD18-T （TakaRa公司），然后进行连接反应及细 菌转化.
1.5测序和序列分析 选取阳性克隆菌落，提取重组质粒pMD18T，经过菌落PCR和酶切鉴定后，由上海 Sangon公司对阳性克隆进行测序，采用相 关软件进行核苷酸和氨基酸序列同源性比 较，根据其与查询序列的最高相似性而命 名所得克隆。
分子遗传标记方法主要有以下五种：1）线粒体DNA （mtDNA）分子标记；2）基于Southern杂交的分子标记， 如限制性片段长度多态性(Restriction Fragment Length Polymorphism, RFLP)，荧光原位杂交（Fluorescence In Situ Hybridiztion, FISH）和单链构象多态性 (SingleStrand Conformation Polymorphism，SSCP)；3）基于 PCR的分子标记技术，如随机扩增多态性DNA（Random Amplification Polymorphic DNA, RAPD），扩增片段长 度多态性（Amplified Fragment Length Polymorphism, AFLP）和单链构象多态-DNA聚合酶链式反应(SingleStrand Conformation Polymorphism-Polymerase Chain Reaction, SSCP-PCR)；4基于重复序列的分子标记，如 微卫星DNA和小卫星DNA；5）基于mRNA的分子标记， 如逆转录PCR (Polymerase Chain Reaction) 和差异显示 逆转录PCR[2]。
鹌鹑（Coturnix coturnix）和鹧鸪（Francolinus pintadeanus）均属鸡形目雉科，鸽子（columba） 属于鸽形目鸠鸽科，三种鸟类在自然界分布广泛。 我们以三种不同的鸟类为材料,提取基因组DNA, 利用大量不同物种中Sox基因HMG-box保守区序 列设计特殊的简并引物,应用PCR、分子克隆和测 序等方法在不同动物样品的基因组DNA中得到大 小，数目和序列有差异的Sox基因的DNA片段， 通过对不同样品的Sox基因DNA片段的比较分析 来研究不同鸟类等动物之间的遗传特性和遗传关 系。本实验的结果可作为一种分子遗传标记，既 适用于简单快速的区分不同鸟类及其他亲源关系 相近的动物，也可广泛应用到对动物的遗传变异 分析、遗传育种以及珍稀动物保护等方面。
上述几种分子标记方法都存在各自的局限性，要 么操作复杂,要么稳定性和重复性较差,有的还需 要使用同位素等，而全基因组测序的方法又存在 成本高、费时长等不足。在本研究中，我们设计 了Sox基因HMG-box中的保守区的特殊简并引物， 在47个不同动物样品中进行Sox基因的扩增，在 不同样品中得到了大小和数目不同的Sox基因的 DNA片段，对于获得相似DNA片段的不同样品， 我们再结合测序方法进行分析，由此得到一个不 同动物种类的分子遗传标记。本研究方法结合了 上述两类方法的特点，具有既快捷、方便，又准 确有效的优点，是一种新型的鉴别和分析不同动 物的分子遗传特征和分子遗传关系的方法。
2结果
图1 1.鹌鹑；2. 鹧鸪；3.鸽子；4.红鲫；5.100bp mark
我们将选择部分样品的Sox基因DNA 片段进行了测序和命名,并且将序列提交到 gengbank数据库。特别是对于获得的Sox 基因DNA片段的数目相同且大小相似的不 同样品，我们进一步采取测序方法进行序 列的比较分析。
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1、材料和方法
1.1实验材料
鹌鹑、鹧鸪和鸽子分别购自长沙下河街水产市场， 均为性成熟个体，从静脉取血，加入ACD抗凝剂， 充分混匀，－80℃保存。基因组DNA按照上海 Sangon的UnlQ-10柱式DNA抽提试剂盒方法分别 提取，将每个动物样品的不同个体提取出的DNA 混合在一起作为实验模板，以避免个体差异。提 取的DNA用紫外分光光度计检测纯度，—20℃保 存。
1.2设计引物 参照Sox基因保守区序列，由Sangon公司 合成。上游引 物 :5′TGAAGCGACCCATGAAC/TG 3′、下 游引物: 5′AGGTCG（A/G）TACTT（A/G） TA（A/G）TT 3
1.3 PCR扩增DNA 反应程序∶预变性：94℃ 3分钟；5个循环： 94℃变性40秒、45℃退火40秒、72℃延伸 1分钟；30个循环：94℃变性40秒、52.3℃ 退火10秒、72℃延伸1分钟；终延伸：72℃ 7分钟 然后将PCR的产物进行琼脂糖电泳，在CIS 凝胶系统中检查.
目前,已在进化位置明显不同的各类物种如哺 乳类、鸟类、爬行类、两栖类、鱼类以及昆虫中 克隆出了40多个Sox基因,而性别专一的Sox基因 仍只见于哺乳动物雄性中.因此,现在一般认为SRY 基因是逐渐积累的,含有性别决定基因的染色体经 倒位,重排,避免交换,从而导致性染色体的分化.在 对Sox基因序列和功能进行了研究后今发现的所 有Sox基因,按其HMG-box盒的同源性程度,可划分 为A、B、C、D、E、F、G、H、I、J共10个不同 的亚族,分别参与诸如性别决定、骨组织的发育、 血细胞生成过程、神经系统的发育以及晶状体的 发育等多种早期胚胎发育过程。如C组的Sox4基 因参与心脏管腔发育，E组的Sox9基因参与睾丸 的发育，F组中的Sox11基因参与中枢神经系统的 发育。
前言
人的睾丸决定基因(SRY)的分离 是性别决定及分化机制研究领域的一 个重大突破, 它的发现诱发了Sox基因 家族的研究热潮.Sox基因家族是在动 物中发现的一类新的编码转录因子的 基因家族,其产物具有一个HMG基序保 守区其编码的蛋白质可以和DNA序列 特异性结合,是一类重要的转录调控因 子,其发现及其在进化中的保守性为性 别决定机制及其在个体发育过程中的 作用提出了新的研究课题。