抗原表位研究方法进展_宋帅
B细胞抗原表位的研究进展及其应用
原表位分析的研究方法， 以及 抗 原表 位 在 流 感 流 行 预 测 及 疫 苗 安全 性 方 面 的应 用 。 ［ 关 键 词 ］ Ｂ细 胞 表 位 ； 进展 ； 应用 ［ 中 图分 类 号 ］ Ｒ ３ ９ ２ ． １ １ ［ 文献标识码］ Ａ ［ 文章编号］ １ ０ ０ ９ — ０ ０ ０ ２ （ ２ ０ １ ３ ） ０ ２ — ０ ２ ６ ６ — ０ ５
是 针 对 表 位 而 不 是 针 对 完 整 的抗 原 分 子 。 表 位 一 般
只 占５ ～ ７个 氨基 酸 残 基 或单 糖 残 基 的大 小 ， 最 多 不 超过２ Ｏ 个氨基 酸残 基 ］ 。 根据 表位 对机 体 的影 响 ， 可分 为保护性 表位 、 致 病 性表位 、 自身抗原 交叉 反应 表位及 异 嗜性表 位 ； 根 据 表 位特 异 性免 疫应 答 的程度 ， 可将 抗原 中的表 位 分 为免疫 优势 表位 、 亚优 势表位 和 隐性表 位 ； 根 据与 抗 原受体 细胞 结合 的不 同 ， 分 为 Ｂ细胞抗 原表 位和 Ｔ
综
述
Ｂ细 胞 抗 原 表 位 的 研 究 进 展 及 其 应 用
郭春 艳 ， 赵 向绒 ， 胡军
１ ．陕 西 省 人 民 医 院 ；２ ．西安 交通 大 学 医 学 院 第三 附属 医院 ；陕 西 西 安 ７ １ ０ ０ ６ ８
［ 摘要 ］ 抗 原 表位 是抗 原 分 子 中决 定 抗 原 特 异 性 的特 殊化 学基 团 ， 其 对 于 研 究特 异 性 免 疫 应答 有着 重要 意 义 。 简 要
抗原表位分析新突破：基于氨基酸多样性解谜
抗原表位分析新突破：基于氨基酸多样性解谜抗原表位分析是生物药物领域中的重要研究方向，它关注的是抗原与抗体之间的相互作用。
抗原表位是抗原分子上能够与抗体结合的特定区域，对于疫苗设计、药物研发和免疫治疗等方面具有重要意义。
近年来，基于氨基酸多样性的抗原表位分析取得了新的突破，为我们解谜抗原与抗体之间的相互作用提供了新的思路和方法。
一、氨基酸多样性与抗原表位抗原表位通常由抗原分子上的氨基酸残基组成，而氨基酸的多样性决定了抗原表位的多样性。
在过去的研究中，科学家们主要通过实验方法来鉴定抗原表位，但这种方法费时费力且成本高昂。
而基于氨基酸多样性的抗原表位分析则能够更加高效地预测和鉴定抗原表位。
二、氨基酸序列分析的应用氨基酸序列分析是基于氨基酸多样性的抗原表位分析中的重要方法之一。
通过对抗原分子的氨基酸序列进行比对和分析，可以发现其中的共享序列和保守序列，从而预测可能的抗原表位。
这种方法不仅能够节省时间和成本，还能够提供更全面的抗原表位信息。
图1。
三、结构预测与抗原表位除了氨基酸序列分析，结构预测也是基于氨基酸多样性的抗原表位分析中的重要方法之一。
通过利用蛋白质结构预测算法，可以预测抗原分子的三维结构，并进一步预测抗原表位的位置和特征。
这种方法能够更加准确地预测抗原表位，为疫苗设计和药物研发提供更可靠的依据。
图2。
四、机器学习在抗原表位分析中的应用近年来，机器学习技术在生物药物领域中得到了广泛应用，包括抗原表位分析。
通过建立机器学习模型，可以从大量的氨基酸序列和结构数据中学习抗原表位的特征，从而预测新的抗原表位。
这种方法不仅能够提高预测的准确性，还能够加快研究的进展速度。
五、抗原表位分析的应用前景基于氨基酸多样性的抗原表位分析为疫苗设计、药物研发和免疫治疗等方面提供了新的思路和方法。
通过准确预测和鉴定抗原表位，科学家们可以设计出更有效的疫苗和药物，从而提高治疗效果和生活质量。
未来，随着技术的不断发展和创新，抗原表位分析将在生物药物领域发挥越来越重要的作用。
蛋白质抗原表位研究进展
收稿日期:2006204225;修回日期:20062092083通讯作者:毛旭虎,湖北人,教授,硕士生导师。
作者简介:李海侠(19802),女,硕士研究生,主要从事单克隆抗体,基因工程抗体和蛋白质抗原表位筛选及鉴定的实验研究。
E 2mail:yingchun1220@yahoo 蛋白质抗原表位研究进展李海侠综述;毛旭虎3审校(第三军医大学临床微生物及免疫学教研室重庆市生物制药工程技术研究中心,重庆400038)摘 要:本文综述了蛋白质抗原表位的种类及特性,回顾了近几年来实验确定和理论预测B 细胞蛋白质抗原表位的常用方法,介绍了表位作图和表位疫苗的研究现状。
关键词:抗原表位;噬菌体随机肽库;表位预测;表位作图;表位疫苗中图分类号:R 392.11文献标识码:A文章编号:100525673(2007)0120054205 免疫细胞通常难以借助其表面受体识别整个蛋白质抗原分子,而仅识别抗原肽分子上的一个特定部分即表位(Ep it ope ),又称为抗原决定簇(Antigen 2ic deter m inant )。
因而表位代表了抗原分子上的一个免疫活性区,负责与抗体分子或免疫细胞表面的抗原受体结合,严格说来,抗体的特异性是针对表位而不是针对完整的抗原分子的〔1〕。
一个蛋白质抗原,它不但含有B 细胞、Th 细胞、CT L 细胞、NK 细胞等与免疫识别密切相关的表位结构,同时还含有一些对于保护性免疫不利的结构。
如:毒性或抑制性表位、优势非中和性表位、病理及自身抗原交叉反应性表位等。
人们还认识到同一分子的众多表位中,各表位对抗原性的贡献不同,有优势表位和非优势表位之分。
此外,表位间的相对位置、构象特征、表位侧翼顺序等也与表位功能的表达密切相关。
而表位的功能表达还取决于MHC 限制位(Agret ope )、组织位(H ist ot ope )等相关结构。
许多研究发现,天然蛋白质在引发免疫反应时,不能满足清除病原体的需要。
噬菌体展示技术及其在动物病毒性疾病中的应用
噬菌体展示技术及其在动物病毒性疾病中的应用许达;黄小健;李春玲;陈金顶;李淼;宋帅【摘要】Phage display is the technology that allows expression of exogenous (poly) peptides on the surface of phage particles. In recent years, phage display technology has made a great progress in applications about animal viral diseases, and showed a clear advantage in some areas, such as screening viral epitope, antiviral peptides and vaccine design et al. This review focuse on introducing its theory and applications in viral diseases. And hope to make a guide to follow-up study.%噬菌体展示技术是在20世纪80年代中期兴起的一项技术,该技术可以实现外源蛋白质或多肽基因的表达产物与噬菌体衣壳蛋白融合,进而展示到噬菌体表面.近年来,噬菌体展示技术在动物病毒性疾病中的应用范围越来越广,在筛选动物病毒抗原表位及抗病毒多肽、疫苗研制等领域显示出了明显的优势.文章就噬菌体展示技术的基本原理及噬菌体展示技术在动物病毒性疾病方面的应用作一综述,以期对后续噬菌体展示技术在病毒性疾病的诊断、防制等方面的应用作指导.【期刊名称】《中国畜牧兽医》【年(卷),期】2012(039)005【总页数】4页(P60-63)【关键词】噬菌体展示技术;病毒;抗原表位;抗病毒多肽;疫苗【作者】许达;黄小健;李春玲;陈金顶;李淼;宋帅【作者单位】广东省农业科学院兽医研究所,广东省兽医公共卫生实验室,广东广州510640;华南农业大学兽医学院,广东广州510642;广东省动物疫苗供应站,广东广州510520;广东省农业科学院兽医研究所,广东省兽医公共卫生实验室,广东广州510640;华南农业大学兽医学院,广东广州510642;广东省农业科学院兽医研究所,广东省兽医公共卫生实验室,广东广州510640;广东省农业科学院兽医研究所,广东省兽医公共卫生实验室,广东广州510640【正文语种】中文【中图分类】Q782噬菌体展示技术是一种可用于筛选功能性多肽的生物技术，George（1985）首次报道成功地将R1核酸内切酶基因在丝状噬菌体（filamentous bacteriophage，fd）的外壳表达，从而建立了噬菌体展示技术。
抗原表位
研究方法
2.2 基因工程法（噬菌体随机肽筛选法）
该法先利用基因克隆技术将合成的 一组寡核苷酸混合物（小肽基因混 合物）克隆至线性噬菌体基因组中 ，使之以融合蛋白的形式在噬菌体 的外壳蛋白的氨基端表达。再利用 生物素或酶标记的抗体筛出特异的 噬菌体，并进行扩增，再筛选，从 结合特异抗体的噬菌体DNA序列推 断出氨基酸序列，并合成相应的短 肽，验证筛选结果。
从软件预测出的抗原表位须用实验来进一步验证。
以往合成的序列肽仅模拟蛋白质的线性表位，这无疑会遗漏众 多的构象性表位信息。近些年来,随着生物信息学和分子生物 学技术的飞速发展，采用计算机预测和试验相结合的方法进行 构象性表位分析和定位得到了迅速发展，一些可用的基于Web 的预测软件已经公布，如 CEP软件、DiscTope 软件和 MEPS软 件。
缺点是其所用的数据库有限，并且连续位点内的残基被认为 是同等重要的。显然那些不重要的残基归入计算会明显降低 相关性。
(4)可塑性方案(Flexibility)
指蛋白抗原构象不是刚性不变的，其多肽链骨架有一定程度 的活动性，活动性强的氨基酸残基即可塑性大的位点，易形 成抗原表位。Karplas 和Schulz基于已知结构的31个蛋白 质，发展了一种预测蛋白质片段活动性的方法。
可预测蛋白质β转角的有Chou-Fasman，Garnier，Cohen 等方法。其中各种方法预测的成功率均不超过65%。一般认 为Cohen方法对转角的预测正确率很高，对于已知折叠类型 的蛋白质(αα类，ββ类，α/β类)正确率高达95%，对于未知 结构类型的蛋白质，可用3种类型分别预测，3类预测一致 的转角对预测表位有帮助。
疫苗研发中的抗原表位识别与设计
疫苗研发中的抗原表位识别与设计2020年，全世界都被新冠病毒所困扰，而此时，疫苗被认为是战胜这场疫情的关键之一。
随着科技的发展，人类对于疫苗的研发也在不断进步。
而其中，抗原表位识别与设计则成为了一个不可或缺的环节。
什么是抗原表位？在研发疫苗时，科学家需要针对病原体的抗原进行研究，而抗原表位则是构成抗原的一部分。
它是指抗原分子上的某个部分，可以被抗体所识别并结合。
如果设计出的疫苗中包含能够诱导人体产生有针对性的抗体的抗原表位，那么该疫苗就有望对相应的疾病产生有效的预防和治疗效果。
抗原表位的识别在疫苗研发中，首先需要确定相应疾病的抗原表位，这个过程也被称为表位识别。
而表位识别的方法就是通过分析病原体的抗原蛋白结构，找寻抗原表位所在的位置，再通过相应的技术手段来验证和确认它的确是抗原表位。
在过去的几十年中，分子生物学、生物化学和免疫学的不断发展，为抗原表位的识别提供了更加精细和高效的技术手段。
其中，神经网络、机器学习等人工智能技术也开始在表位识别领域中得到应用。
抗原表位的设计确定抗原表位后，就是抗原表位的设计。
在疫苗研发中，抗原表位的设计对于疫苗的预防和治疗效果至关重要。
抗原表位的设计包括两个方面：首先是设计需要包含抗原表位的疫苗载体；其次是对抗原表位进行优化和改造，以增强其免疫原性。
在设计疫苗载体时，科学家需要考虑多种因素，例如疫苗的制备和稳定性、疫苗的递送方式等等。
此外，还需要关注疫苗中其他的抗原成分，以最大限度地增强疫苗的免疫原性。
针对抗原表位的优化和改造，则需要考虑一系列问题，如选择合适的肽段、评估肽段的免疫原性和结构学性质、探索肽段的结构跨度等等。
此外，在优化和改造抗原表位的过程中，还可以引入多种技术手段，如合成生物学、蛋白工程技术等等。
结论抗原表位识别与设计是疫苗研发中的一个至关重要的过程。
它将为科学家们提供关键信息和技术指导，使疫苗的研制更加科学和高效。
相信在不久的将来，随着研究的深入以及相关技术的不断提高，人类将会开发出更加高效、安全、具有针对性的疫苗，从而为人类的健康事业作出更大的贡献。
抗原表位研究的金指标方法
抗原表位研究的金指标方法抗原表位研究的金指标方法是一种重要的发现抗原表位的技术，它用于确定蛋白质表位，特别是抗原表位。
金指标方法的基本思想是，将待测的抗原蛋白与具有不同反应性的一组抗原抗体复合，通过检测抗原抗体在相应抗原条件下的共结合能力，以及抗原与抗原抗体之间的亲和力，来确定抗原蛋白的抗原表位。
金指标方法的工作原理是，先将待测的抗原蛋白与一组具有不同反应性的抗原抗体复合，然后将抗原抗体测试在不同条件下的共结合能力，以及抗原与抗原抗体之间的亲和力，并将这些信息整合成一个“金指标”，以此来确定抗原蛋白的抗原表位。
金指标方法是基于一组抗原抗体的反应性和抗原蛋白的反应性，根据这些信息来确定抗原蛋白的抗原表位的，因此，在使用金指标方法之前必须对抗原抗体的反应性和抗原蛋白的反应性进行有效的评估，以便确定抗原蛋白的抗原表位。
首先，需要准备一组具有不同反应性的抗原抗体，它们必须与待测抗原蛋白的抗原表位有关，以及能够形成有效的共结合物。
然后，需要通过实验测量抗原抗体与抗原蛋白的共结合能力，以及抗原与抗原抗体之间的亲和力，并将这些信息整合成一个“金指标”，以此来确定抗原蛋白的抗原表位。
金指标方法可以用于确定抗原表位，也可以用于比较不同抗原蛋白的抗原表位，以及研究多个抗原表位如何影响抗原蛋白的生物特性。
此外，它还可以揭示抗原表位的结构和功能，以及抗原蛋白的免疫学功能，为开发新的免疫诊断试剂以及疫苗研发提供重要的基础信息。
金指标方法的灵敏度很高，它可以检测抗原表位的位置和结构，以及抗原蛋白与其他蛋白的相互作用，可以用于研究抗原蛋白的抗原表位。
然而，金指标方法也有一些局限性，比如抗原抗体的选择和准备，抗原抗体的反应性，抗原表位的结构等。
因此，在使用金指标方法之前必须仔细评估抗原抗体的反应性，以及抗原蛋白的反应性，以便确定抗原蛋白的抗原表位。
抗原表位鉴定与作图
抗原表位，又称抗原决定簇，是抗原分子抗原性的基础。正确而详细地绘制抗原表位图谱对疾病地诊断、设计无毒副作用地多表位疫苗以及免疫治疗试剂等具有积极的意义。因此目前在预防医学领域许多关于以表位为基础的，如表位疫苗和特异性诊断试剂等的研究也就成了热点。
而噬菌体展示技术作为近年来新兴起的研究蛋白质抗原表位的有利工具，已经成功地鉴定出了多种病原微生物地抗原表位。
这就为揭示一些病原体未知地抗原表位，从而进一步达到预防和控制疾病地发生提供了条件。表位作图可用于检测免疫反应特异性或不同抗体的鉴别以及蛋白质在细胞中的定位。
表位可根据其功能的不同分为两种不同类型：①线性表位(1inear)：为小的线状肽链序列，约为5～20个氨基酸；②构象表位(conformational)：由蛋白折叠而形成的较大的区域。抗原—抗体结合晶体结构研究表明存在两种类型的表位。
④筛选基于表位基序的疾病、肿瘤等新的特异诊断标志物；
⑤高通量发现同源蛋白中全部保守性和特异性表位
⑥筛选功能性抗体表位或者抗体中和性及可及性表位；
⑦为表位水平分析病毒遗传进化和变异，提供抗原漂移和转移的直接证据。
线性表位的抗体结合位点与其氨基酸侧链骨架之间形成了较强的多样性结构，并与相邻的肽链序列连接在一起，这些表位也被称为连续性表位。事实上线性表位需要某些局部的结构变形或为紧密的、但并非连续的氨基酸序列，如那些兼性。螺旋结构。因此，所谓线性表位的描述是不够确切的。所有与抗体结合位点功能相关的结构，均位于一个肽链片段之中。而来自于该片段之外的其他序列，对于抗体结合位点的构成并非重要。
通过新型生物合成肽法进能鉴定多抗表位，且能获知靶蛋白上全部且精细线性B细胞表位。
目前的表位鉴定技术能够实现：
(完整word版)抗体的研究进展
论文抗体的研究进展姓名:兰永波学号：201240700066专业12生物技术科目：免疫学抗体的研究进展摘要：抗体是生物及医学领域中用途最为广泛的蛋白质分子。
自抗体被发现以来, 人们有计划地对抗体基因序列进行改造，使抗体及其相关产品在多种疾病诊断和治疗中发挥着重要的作用。
抗体的研究进展经历了从多克隆抗体、单克隆抗体到基因工程抗体 3 个发展阶段.近年来，新型抗体的研究逐渐成为热点.关键词:抗体;基因工程；单克隆抗体Abstract： Antibodies are a class of widely used protein molecules in the biological and medical fields. People designedly rebuild the genetic sequence of antibody since antibody was discovered, which makes antibody and correlative products play an important role in many disease diagnosis and therapy。
This paper gives a brief account on the three stages for the rebuilding of antibody， namely, the stage of polyclonal antibodies，the stage of monoclonal antibody study and the stage of genetic engineering antibody study.In recent years，the novel antibodies gradually become a hot spot in research.Keywords： antibody； gene engineering； monoclonal antibody抗体在疾病的诊断、治疗和预防中发挥着重要的作用。
抗原表位研究方法进展_宋帅
动物医学进展,2010,31(12):87-91Pr ogress in Veterinary Medicine抗原表位研究方法进展宋 帅,李春玲*,贾爱卿,杨冬霞,李 淼(广东省农业科学院兽医研究所 广东省兽医公共卫生实验室,广东广州510640)收稿日期:2010-05-18基金项目:广东省农业攻关项目(2007A020300005-11)作者简介:宋 帅(1982-),男,河南汝州人,研究实习员,硕士,主要从事动物疫病及综合防控技术研究。
*通讯作者摘 要:抗原表位是抗原分子中的主要功能单位,能有效刺激机体的细胞免疫和体液免疫。
随着免疫学和生物信息学技术的不断发展,用于研究T 细胞表位和B 细胞表位的方法得到了很大的提高。
论文中概述了近几年用于研究T 细胞表位的预测方法和鉴定方法,以及在B 细胞表位研究中所用的表位肽扫描技术、蛋白质/切割0法、噬菌体展示技术、X -衍射与核磁共振、表位预测方法等技术,并对每种研究方法进行了比较,为从事抗原表位研究的人员提供参考,从而更有利于表位肽疫苗的研制和诊断方法的建立。
关键词:T 细胞表位;B 细胞表位;预测;鉴定中图分类号:S852.4文献标识码:A文章编号:1007-5038(2010)12-0087-05抗原表位又称抗原决定簇,是指抗原分子表面具有特殊结构和免疫活性的化学基团,具有刺激机体产生抗体或致敏淋巴细胞并能够被其识别的一个免疫活性区。
根据抗原表位特异性免疫应答的程度,可将抗原表位分为免疫优势表位、亚优势表位和隐性表位。
根据与抗原受体结合细胞的不同,分为B 细胞抗原表位和T 细胞抗原表位;其中B 细胞抗原表位则往往为亲水性肽段,一般位于抗原三维大分子的氨基酸长链折叠处[1],而T 细胞抗原表位往往仅为埋藏在蛋白质空间结构内部的疏水性肽段[2]。
根据表位对机体的影响,可分为保护性表位(免疫位)、致病性表位(变应位)和耐受性表位(耐受位)。
按抗原表位结构的不同分为连续性抗原表位和非连续性抗原表位,前者又称线型表位,是由肽链上顺序连续的氨基酸组成,后者又称构象型表位,是由那些空间邻近但顺序上不连续的氨基酸组成。
抗原表位设计及其在疫苗研发中的应用
抗原表位设计及其在疫苗研发中的应用随着科技的不断发展，医疗健康方面的研究也在不断深入。
疫苗研究和疾病预防尤其备受关注。
在疫苗研发中，抗原表位设计技术被广泛应用，成为疫苗研究的重要一环。
抗原表位是指抗原分子上能够与免疫系统中抗体或者T细胞受体结合的特定区域。
这些区域具有高度特异性和免疫原性，是疫苗研究中的关键点。
抗原表位设计是指利用分子生物学、生物信息学和结构生物学等手段来寻找和设计具有免疫原性的抗原表位。
这项技术可以大大提高疫苗的免疫原性，从而提升疫苗的质量和效果。
在抗原表位设计中，主要包括以下几个步骤：首先，通过生物信息学手段对抗原分子进行分析，确定抗原表位的位置和特征；其次，通过分子生物学技术构建和表达含有抗原表位的重组抗原蛋白；最后，通过动物实验和临床试验验证疫苗的免疫原性和保护效果。
目前，抗原表位设计技术主要应用于疫苗研究中。
例如，在研究流感病毒疫苗时，通过抗原表位设计可以针对流感病毒上的表位进行分析，并根据不同流感毒株的表位差异设计出更具有免疫原性的疫苗。
此外，抗原表位设计也被应用于艾滋病、乙肝等疫苗的研究中，并取得了一定的进展。
除了在疫苗研究中的应用，抗原表位设计技术还有其他潜在的应用。
例如，在药物研发中，利用抗原表位设计技术，可以设计出更具有特异性和选择性的药物分子，从而提高药物疗效和降低不良反应；在医疗诊断中，利用抗原表位设计技术，可以设计出更为敏感和特异的检测试剂盒，从而提高诊断的准确性和精度。
总的来说，抗原表位设计技术在疫苗研究中发挥了重要作用，为疫苗的研发和推广提供了有力支持。
随着人们对健康和疾病预防的重视，抗原表位设计技术也将得到更多的应用。
未来，科技的不断发展将会进一步推动抗原表位设计技术的发展和应用，为人类健康事业做出更大的贡献。
单抗的抗原表位的鉴定方法
单抗的抗原表位的鉴定方法
单抗的抗原表位的鉴定方法有多种，包括但不限于以下几种：
1. 噬菌体随机肽库：利用噬菌体展示技术，将多肽编码基因插入噬菌体外壳蛋白基因中，从而将多肽表达于噬菌体外壳表面，然后通过与特异性抗体结合，筛选出与抗体结合的噬菌体，再通过测序确定多肽序列，从而鉴定出抗原表位。
2. X-射线晶体学：通过X-射线晶体学技术，对抗原-抗体复合物进行结构解析，从而确定抗原表位的结构特征和空间构象。
3. 丙氨酸扫描：利用丙氨酸替换法，将抗原中的每个氨基酸逐一替换为丙氨酸，然后检测替换后抗原与特异性抗体的结合能力，从而确定关键的抗原表位。
4. 氢氘交换质谱（HDX-MS）：通过氢氘交换质谱技术，检测抗原与特异性抗体结合时氢氘交换的情况，从而确定抗原表位的构象变化和亲和力。
5. 生物信息学表位预测方法：基于生物信息学技术，对已知的抗原和抗体序列进行分析和模拟，从而预测抗原表位的位置和特征。
总的来说，选择哪种方法取决于抗原表位的性质、抗体的特异性以及实验条件。
这些方法可以单独使用，也可以结合使用以提高鉴定结果的准确性和可靠性。
新型疫苗中抗原表位的预测和鉴定
新型疫苗中抗原表位的预测和鉴定随着新冠肺炎疫情的爆发，研究和开发疫苗的工作也在全球范围内加速进行。
新型疫苗技术中，抗原表位的预测和鉴定是极其重要的环节，关系到疫苗研发的效率和准确性。
一、抗原表位的定义和作用抗原表位是指抗原分子上能被免疫系统认知并结合抗体、T细胞受体等抗原识别分子的区域。
抗原表位的作用是与免疫系统的特异性受体一一对应，引发特异性免疫应答。
在疫苗研发中，确定和正确预测抗原表位，是制备高效疫苗的前提。
二、抗原结构预测技术抗原的三维结构决定了其中抗原表位的位置和形状。
因此，抗原结构预测技术是预测和鉴定抗原表位的重要手段之一。
目前广泛应用的一些抗原结构预测软件包括Phyre、Rosetta、I-TASSER、Modeller等。
这些软件通过计算、模拟等手段，将抗原分子的序列和三维结构联系起来，预测和探测抗原表位。
三、抗原表位鉴定技术除了抗原结构预测技术，抗原表位鉴定技术也是预测和确定抗原表位的重要手段。
其中最常用的方法是抗原表位映射和抗体筛选。
抗原表位映射通过对抗原分子中不同肽段与特定抗体的结合情况进行研究，确定抗原表位；而抗体筛选则是利用一些具有不同特异性的抗体，通过对抗原分子中的多个区域进行结合实验，最终确定抗原表位。
四、抗原表位的应用确定和鉴定抗原表位是疫苗研发的重要前置工作，它对制备高效和安全的疫苗具有重要意义。
在当前新冠肺炎的疫苗研发中，科学家们已经成功地预测和鉴定了新冠病毒的刺突蛋白上的重要抗原表位。
接下来，疫苗的开发工作将会基于这些信息来进行，力求制备出具有良好免疫效果和安全性的疫苗。
总之，抗原表位的预测和鉴定是新型疫苗研发的重要环节，现代科学技术为此提供了有力的支持。
在新冠肺炎疫情的背景下，科学家们正加紧研发新型疫苗，为抗击病毒提供有力保障。
疫苗研究中的抗原表位预测及其应用
疫苗研究中的抗原表位预测及其应用随着科技的发展和医学技术的进步，人类越来越能够控制和治愈许多疾病。
其中，疫苗的研制和使用是一项非常重要的领域。
疫苗的工作原理是通过引入一种被称为“抗原”的物质来刺激人体免疫系统产生抵抗病原体的抗体。
因此，抗原表位预测成为了疫苗研究中重要的一环。
抗原表位是指抗原分子上的一个小区域，它可以被特定的抗体所识别和结合。
在疫苗研究中，通过识别和利用这些抗原表位，研究人员可以制造出能够刺激人体免疫系统产生抵抗病原体的抗体的疫苗。
在过去几十年的疫苗研究中，科学家们主要通过实验室实验来鉴定抗原表位。
这种方法已经被证明是可行的，但是它的过程非常漫长和费力。
随着计算机技术的进步，疫苗研究人员开始探索使用计算机来预测抗原表位。
抗原表位预测是一个多学科领域，涉及生物学、计算机科学和统计学等。
目前，有多种方法可用于预测抗原表位。
下面，我们将介绍其中的一些方法。
1.序列比对法序列比对法是最简单和最常见的抗原表位预测方法之一。
该方法依赖于对大量已知抗原序列的比对和分析。
研究人员可以通过对这些序列进行分析，以识别与特定病原体相关的抗原表位。
虽然这种方法比较简单，但是它的准确性有限，因为它不能很好地处理序列变异的情况。
2.二级结构预测法二级结构预测法是通过计算蛋白质序列中二级结构元素的出现概率来预测抗原表位的一种方法。
该方法利用蛋白质的二级结构信息来预测哪些区域能够被抗体所结合。
这种方法比较准确，特别是对于那些有许多保守序列和结构的蛋白质来说。
3.机器学习法机器学习法是一种新兴的抗原表位预测方法。
它利用计算机算法和人工智能技术来识别与特定病原体相关的抗原表位。
该方法利用机器学习算法来分析大量已知的抗原和非抗原序列的特征，并用这些特征来预测待定的序列是否是抗原。
虽然这种方法还比较新颖，但是它已被证明是一种高效和准确的抗原表位预测方法。
除了在抗原表位预测中，抗原表位预测技术还被广泛应用于疫苗设计和疫苗评估。
抗原表位的名词解释
抗原表位的名词解释抗原表位（Epitope）是指存在于抗原分子表面上的特定区域，可以与抗体、T细胞受体或MHC分子结合并引发免疫应答。
抗原表位的研究对于了解免疫系统的运作机制以及疫苗和药物研发具有重要意义。
一、抗原表位的类型和特征抗原表位可以分为线性表位和立体表位两种类型。
1. 线性表位：也称为顺序表位，是由抗原连续的氨基酸序列组成。
线性表位通常呈现在抗原分子的表面，易被抗体或T细胞受体所识别。
线性表位的结构相对简单，可以直接通过药物或疫苗设计来干预免疫应答。
2. 立体表位：也称为构象表位，是由抗原分子在特定构象下形成的三维结构区域。
立体表位常存在于蛋白质和多肽类抗原中，通常由抗原的折叠和空间结构决定。
立体表位的复杂性使得其研究相对困难，但对于理解免疫识别和药物研发至关重要。
二、抗原表位的免疫识别机制抗原表位通过与抗体、T细胞受体或MHC分子结合来引发免疫应答。
1. 抗体识别：抗体是由B淋巴细胞产生的免疫球蛋白，其结构中的可变区域可以与抗原表位结合。
抗体与抗原表位的结合形成抗原抗体复合物，进而触发免疫应答。
抗体可以通过多种方式与抗原表位结合，如亲和力、特异性和亲和力成熟等。
2. T细胞识别：T细胞由T淋巴细胞受体（TCR）进行抗原识别。
T细胞受体通过与抗原表位和MHC分子结合，完成对抗原的识别。
这种识别方式主要适用于具有抗原递呈功能的抗原呈递细胞，如树突状细胞和巨噬细胞。
T细胞识别抗原表位的过程是免疫应答的关键环节之一。
三、抗原表位的应用抗原表位的研究不仅对于免疫学基础研究有着重要意义，还在疫苗和药物研发中发挥着关键作用。
1. 疫苗设计：通过了解抗原表位的特点和免疫识别机制，可以有针对性地选择和设计特定的抗原表位作为疫苗免疫原。
疫苗中的抗原表位能够激活免疫系统，诱导抗体产生，从而提供免疫保护。
2. 药物研发：抗原表位研究可为药物研发提供重要线索。
通过识别和研究抗原表位，可以寻找到抗原分子与抗体或受体结合的关键位点，为药物设计和筛选提供靶点。
HIV的抗原表位研究的国内外进展
HIV的抗原表位研究的国内外进展
关琪;王素芬
【期刊名称】《沈阳医学院学报》
【年(卷),期】2005(7)4
【摘要】人类获得性免疫缺陷病毒（HIV）感染后，会刺激人体产生特异性免疫应答反应。
其中，以中和抗体为代表的体液免疫应答和以CD8＋的细胞毒性T淋巴细胞（CTL）及CD4＋的辅助性T淋巴细胞（HTL）为介导的细胞免疫应答，对控制HIV在体内的复制有重要作用。
在上述免疫应答的过程中，病原体自身所携带的抗原表位是刺激机体产生免疫应答的必备条件。
同时，抗原表位的变化也是HIV病毒逃逸机体免疫监视的重要机制之一。
本文试就HIV抗原表位的国内外的研究状况做一综述。
【总页数】3页(P265-267)
【作者】关琪;王素芬
【作者单位】沈阳医学院奉天医院检验科,沈阳,110024;辽宁大学法学院
【正文语种】中文
【中图分类】R373
【相关文献】
1.重组HIV抗原和多表位抗原的研究 [J], 宋晓国;凌世淦;张贺秋;陈坤;朱翠霞
2.抗原表位的研究方法及口蹄疫病毒抗原表位的研究进展 [J], 张中旺;张永光
3.口蹄疫病毒抗原表位和抗原位点的研究进展 [J], 吴磊;王建科;党江平;焦良奎
4.特发性膜性肾病靶抗原PLA2R抗原表位的研究进展 [J], 陈施晓;刘建华;秦晓松
5.HIV-1准种变化与人类白细胞抗原限制性细胞毒性T淋巴细胞表位的相关性研究[J], 黄广宇;毛青;邓国宏;兰林;李俊刚;蒋黎;周吉军;王宇明
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抗原表位鉴定方法的研究进展
抗原表位鉴定方法的研究进展孙娟;王愉涵;刘艳;郭进露;武丽涛;李冬民【期刊名称】《国外医学（医学地理分册）》【年(卷),期】2017(038)003【摘要】抗原决定簇又称为抗原表位,是抗原分子中决定抗原特异性的化学基团,也是蛋白质抗原性的基础.抗原抗体的特异性结合反应是针对特定的抗原表位而并非是完整的抗原,因此明确蛋白质的抗原表位对多肽和新型疫苗分子的设计及诊断试剂的发展具有重要意义.随着科技的发展,出现了一些新的鉴定单克隆抗体抗原表位的方法.本文在传统表位鉴定方法基础上简要综述了多技术结合鉴定抗原表位新方法.【总页数】5页(P291-295)【作者】孙娟;王愉涵;刘艳;郭进露;武丽涛;李冬民【作者单位】西安交通大学医学部基础医学院生物化学与分子生物学系,陕西西安710061;西安交通大学环境与疾病相关基因教育部重点实验室,陕西西安 710061;西安交通大学2013级临床医学五年制,陕西西安 710061;西安交通大学医学部基础医学院生物化学与分子生物学系,陕西西安 710061;西安交通大学环境与疾病相关基因教育部重点实验室,陕西西安 710061;西安交通大学2013级临床医学五年制,陕西西安 710061;西安交通大学医学部基础医学院生物化学与分子生物学系,陕西西安 710061;西安交通大学环境与疾病相关基因教育部重点实验室,陕西西安710061;西安交通大学2013级临床医学五年制,陕西西安 710061;西安交通大学医学部基础医学院生物化学与分子生物学系,陕西西安 710061;西安交通大学环境与疾病相关基因教育部重点实验室,陕西西安 710061;西安交通大学2013级临床医学五年制,陕西西安 710061;西安交通大学医学部基础医学院生物化学与分子生物学系,陕西西安 710061;西安交通大学环境与疾病相关基因教育部重点实验室,陕西西安 710061;西安交通大学医学部基础医学院生物化学与分子生物学系,陕西西安710061;西安交通大学环境与疾病相关基因教育部重点实验室,陕西西安 710061【正文语种】中文【中图分类】R751【相关文献】1.肿瘤相关糖抗原GM3及其衍生物合成方法研究进展 [J], 白国静;边晓杰;姚阔;吴俊琪;俞世冲;孟庆国;吴秋业2.肿瘤抗原细胞毒性T淋巴细胞表位鉴定和多肽疫苗的研究进展 [J], 吴亚红;高艳锋;祁元明3.抗原表位的研究方法及口蹄疫病毒抗原表位的研究进展 [J], 张中旺;张永光4.鸭坦布苏病毒E蛋白特异性抗原表位鉴定及Epitope-ELISA血清学诊断方法建立 [J], 李晨曦;白小飞;邵周伍林;张青山;刘明;张云5.抗原表位鉴定方法的研究进展 [J], 文雪霞;陈化兰;熊永忠;王秀荣因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
精子避孕疫苗抗原研究进展
精子避孕疫苗抗原研究进展
宋济范
【期刊名称】《国外医学：免疫学分册》
【年(卷),期】1995(018)003
【摘要】本文概述了精子避孕疫苗抗原研究现状，提出了筛选精子疫苗候选抗原若干标准，即：抗原应是精子特异的，而且最好是非种属特异的，存在于精子表面以及具有高免疫原性，同时对不同的候选抗原如：ＬＤＨＣ４，ＳＰ－１０、顶体蛋白、ＦＡ－１，ＡＨ－２０和ＰＨ－２０等精子蛋白现状作了简要介绍，并展示了基因工程技术应用于疫苗筛选的前景。
【总页数】3页(P155-157)
【作者】宋济范
【作者单位】无
【正文语种】中文
【中图分类】R392－33
【相关文献】
1.从精子抗原研究进展看临床精子抗体检测技术 [J], 翟勇;胡承阅
2.精子抗原表位的研究进展 [J], 谭树红;秦瑛键;张朝晖(综述);刘永明(审校)
3.人细胞核自身抗原精子蛋白的研究进展 [J], 牛晓兵
4.筛选精子抗原的研究进展 [J], 朱雁飞;孙明;宋宝辉;唐小云
5.免疫避孕研究：精子抗原作为候选避孕疫苗 [J], 吕年青;赵金然
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动物医学进展,2010,31(12):87-91Pr ogress in Veterinary Medicine抗原表位研究方法进展宋 帅,李春玲*,贾爱卿,杨冬霞,李 淼(广东省农业科学院兽医研究所 广东省兽医公共卫生实验室,广东广州510640)收稿日期:2010-05-18基金项目:广东省农业攻关项目(2007A020300005-11)作者简介:宋 帅(1982-),男,河南汝州人,研究实习员,硕士,主要从事动物疫病及综合防控技术研究。
*通讯作者摘 要:抗原表位是抗原分子中的主要功能单位,能有效刺激机体的细胞免疫和体液免疫。
随着免疫学和生物信息学技术的不断发展,用于研究T 细胞表位和B 细胞表位的方法得到了很大的提高。
论文中概述了近几年用于研究T 细胞表位的预测方法和鉴定方法,以及在B 细胞表位研究中所用的表位肽扫描技术、蛋白质/切割0法、噬菌体展示技术、X -衍射与核磁共振、表位预测方法等技术,并对每种研究方法进行了比较,为从事抗原表位研究的人员提供参考,从而更有利于表位肽疫苗的研制和诊断方法的建立。
关键词:T 细胞表位;B 细胞表位;预测;鉴定中图分类号:S852.4文献标识码:A文章编号:1007-5038(2010)12-0087-05抗原表位又称抗原决定簇,是指抗原分子表面具有特殊结构和免疫活性的化学基团,具有刺激机体产生抗体或致敏淋巴细胞并能够被其识别的一个免疫活性区。
根据抗原表位特异性免疫应答的程度,可将抗原表位分为免疫优势表位、亚优势表位和隐性表位。
根据与抗原受体结合细胞的不同,分为B 细胞抗原表位和T 细胞抗原表位;其中B 细胞抗原表位则往往为亲水性肽段,一般位于抗原三维大分子的氨基酸长链折叠处[1],而T 细胞抗原表位往往仅为埋藏在蛋白质空间结构内部的疏水性肽段[2]。
根据表位对机体的影响,可分为保护性表位(免疫位)、致病性表位(变应位)和耐受性表位(耐受位)。
按抗原表位结构的不同分为连续性抗原表位和非连续性抗原表位,前者又称线型表位,是由肽链上顺序连续的氨基酸组成,后者又称构象型表位,是由那些空间邻近但顺序上不连续的氨基酸组成。
线型表位见于T 细胞表位和部分B 细胞表位,构象型表位只见于B 细胞表位[3]。
在机体的免疫系统中,免疫细胞通常难以借助其表面受体识别整个蛋白质分子,仅识别抗原分子上的抗原决定簇,也就是说抗体的特异性是针对抗原表位而不是针对完整的抗原分子的[4]。
表位一般只占5个~7个氨基酸或单糖残基的大小,最多不超过20个氨基酸残基。
抗原表位是蛋白质抗原性的基础,所以深入研究蛋白质抗原表位对疾病的诊断及预后判定,定点改造蛋白质分子以降低蛋白质药物的免疫原性,设计无毒副作用的人工疫苗以及免疫干预治疗等具有重要意义。
1 T 细胞表位的研究方法T 细胞表位是抗原蛋白中经抗原递呈细胞(an -tig en presenting cell,APC)处理,由主要组织相溶性复合物(major histocompatibility com plex,MH C)分子递呈给T 淋巴细胞受体的多肽片段。
主要涉及细胞毒性T 细胞(cytotox ic T cell,CT L )抗原表位和辅助性T 细胞(helper T cell,Th)抗原表位的研究,其中CT L 抗原表位与MH C Ñ类分子亲和肽相关,Th 抗原表位与M H C Ò类分子的亲和肽相关。
所以对T 细胞表位的筛选主要基于候选肽能否和MH C 分子结合。
与M H C Ñ类分子结合的多肽长度通常为8个~11个氨基酸,一般为9个,在序列特定位置上有锚点存在。
而MH C Ò分子亲和肽长度可达30个氨基酸以上,其结合基序存在不同程度的退化[5]。
随着免疫学和生物信息学技术的不断发展,对T 细胞表位的研究主要有以下几种方法。
1.1 合成肽法在机体的免疫系统中,T 细胞主要识别抗原分子上的线型表位。
所以根据抗原蛋白质分子的氨基酸序列随机合成或连续合成一个或几个重叠氨基酸的一系列肽段,然后通过多肽活性的检测实验进一步确定T 细胞表位。
此方法鉴定的T 细胞表位较可靠,且能发现一些不符合多肽结合基序(motif)的MH C 结合抗原肽。
Gerner W 等[6]将口蹄疫病毒结构蛋白分成442段肽段进行了淋巴细胞功能检测,最终确定了在VP1上第66位~第80位氨基酸组成的肽段为特异性T细胞表位。
但这种方法工作量大、费用高,而且重叠区之间的表位有可能被忽略,所以不能够鉴定出目的蛋白上所有的T细胞表位。
1.2免疫信息学预测法T细胞表位的预测研究始于对Th表位的预测,但对CTL表位预测的探索进展最快,研究最深入,预测最成功[7]。
目前,T细胞表位的预测方法主要有分子建模法、结合基序法、定量矩阵法和机器学习法等。
分子建模法可以揭示分子内部相互作用的机制,但不适合高通量的数据处理。
结合基序法简单易行,特别适合于可利用的试验数据不够多的MH C等位基因结合肽的预测。
定量矩阵法采用线性处理方法,依据的假设是肽序列残基对M H C结合的贡献是独立的,忽略了总体肽结构对结合的影响,且预测模型不容易加入新获得的试验数据,使得预测的通用性受到影响。
机器学习法可解决如何寻找核心结合基序问题,并能整合结合肽残基间相互作用的信息,提高预测的特异性、准确性和适用性[8]。
对CT L表位的预测已不仅仅局限于单纯的MH C分子亲和肽预测法,而是已经进入融合蛋白酶体裂解位点预测、抗原处理相关转运蛋白(trans-porter asso ciated w ith antigen pr ocessing,T AP)预测和MH CÑ类分子亲和肽预测为一体的系统建模阶段,所用的预测软件有NetCTL软件和EpiJen 软件等[9-10],这种综合预测方法明显优于单个预测方法,大大提高了预测的准确度,据报道EpiJen软件预测表位的正确率可达85%。
徐云升等[11]采用超模体、多项式和量化模体方案相结合的方法,对人乳头瘤病毒E7抗原上的限制性CT L表位进行了预测,结果预测出了16个、10个和3个九肽表位,合成并鉴定了其中5个九肽表位。
对Th细胞表位预测的方法仅限于M H C分子亲和肽预测法。
机器学习法是预测Th细胞表位的较先进的方法,它的使用大大提高了预测的特异性、准确性和适用性。
机器学习法主要包括人工神经网络、支持向量机器和隐马尔可夫模型等。
Zar our H M等[12]运用人工神经网络算法预测了黑色素瘤相应抗原上的Th细胞表位。
胡磊等[13]用支持向量机器法对人类白细胞抗原上的M H CÒ分子结合多肽进行了预测,预测的准确率达到77.62%,与支持向量机器法相比,支持向量机器法是一种更新的模式识别和分类工具。
其优势在于无需用特定方法确定网络结构,因此支持向量机器法的算法也较简单。
Ryuji I K等[14]在隐马尔可夫模型方法的基础上构建了隐马尔可夫模型,该模型不需要非结合肽序列数据,且预测准确度有所提高。
除了上述方法外,Le D J等[15]已证明可以利用噬菌体肽库展示技术,在噬菌体表面表达功能性肽-M H C复合体,并直接用T细胞筛选T细胞表位的可能性。
1.3多肽活性的鉴定目前,对于T细胞抗原表位多肽活性的鉴定主要有T淋巴细胞增殖试验、酶联免疫斑点试验、四氮唑化物比色法等[16-18]。
其中T淋巴细胞增殖试验是利用合成的多肽来诱导细胞活化增殖,再通过[3H]-胸腺嘧啶掺入到脱氧核苷酸链中而得到反映,但该法只能反映整体细胞的增殖状态,不能反映单个细胞的增殖状态。
酶联免疫斑点试验通过检测抗原诱导细胞因子的分泌来判定多肽的免疫活性,本法不但可以检测特异性细胞抗原表位,而且可以定量,因此自建立以来,得到了广泛应用。
四氮唑化物比色法测定是通过测定靶细胞代谢活性的减少来反映效应细胞所致靶细胞的死亡,本法简便,无需预标靶细胞,但由于微生物污染导致本法假阳性结果的可能性。
除以上几种鉴定方法外还有体外抗原递呈试验、流式细胞仪分析法等,但在实际应用中应根据具体情况选择最合适的方法。
2B细胞表位的研究方法2.1表位肽扫描技术是根据已知蛋白质抗原分子的基因序列,合成或表达连续的重叠短肽,与相应的单抗或多抗反应,分析检测结果,以确定相应的抗原表位。
这一技术要求有明确的抗原一级结构,并且检测结果为抗原线型表位,对构象型表位则无从获知。
基本方法有:¹根据蛋白质抗原分子的基因序列合成多肽片段,这些片段覆盖了整个蛋白质抗原分子序列并且部分重叠,然后利用单抗或多抗来检测能起阳性反应的片段,以获取抗原表位。
º设计相应的引物将蛋白质抗原分子进行分段表达,表达产物纯化后用特异性抗体进行检测,根据阳性反应肽段的相应编码基因片段进行表位推测。
周艳君等[19]将猪繁殖与呼吸综合征病毒M蛋白进行一系列的氨基酸截短表达,通过蛋白质免疫印迹试验证实了M蛋白第117位~第129位氨基酸序列可与猪繁殖与呼吸综合征的阳性血清进行特异性反应,从而确定出相应的B 细胞抗原表位。
»利用某些核酸外切酶具有选择性从3c末端切除核苷酸的活性,来消化编码区核苷酸88动物医学进展2010年第31卷第12期(总第210期)序列,并将不同消化时间的产物分别插入适当载体,经表达得到一系列长度不等的同源性多肽,有抗原性的多肽经免疫反应筛选出来,再测定相应的DN A 序列,即可知道表位图谱。
2.2蛋白质/切割0法此法是在获得蛋白质抗原分子的基础上用某种化学试剂或蛋白酶将纯化的蛋白质切割成若干小片段的多肽,用聚丙烯酰胺凝胶电泳、凝胶过滤和离子交换等方法将其分开,然后通过蛋白质免疫印迹、酶联免疫吸附试验等检测手段检测他们与不同单克隆抗体或高免血清是否有反应,从而确定蛋白质的抗原表位[20]。
或者是将蛋白质抗原和抗体先进行反应,然后利用蛋白酶进行水解,蛋白质上与抗体结合的部位将不被蛋白酶所作用,从而推测出相应的抗原表位。
2.3噬菌体展示技术此技术从随机肽库中可以直接筛选出能和抗体结合的表位,这些表位既可以是线型表位,也可以是模拟的构象型表位,而且这种方法不必预先确定蛋白质的氨基酸序列[21]。
其基本原理是将外源蛋白或多肽的基因与噬菌体外壳蛋白基因融合,以融合蛋白的形式在噬菌体表面表达出多肽序列,并保持特定的空间构象,利用特异性亲和作用来筛选特异性蛋白或多肽的一项新技术。
基本技术流程如下:将单克隆抗体包被聚乙烯平皿后,加入噬菌体肽库,使其充分与单克隆抗体反应后,洗去未结合的游离噬菌体,再用洗脱液将结合状态的噬菌体洗脱下来。
将其浸染宿主大肠埃希菌扩增后回收,再次与已包被单克隆抗体反应进行下一轮筛选。
通常经过3、4轮的筛选,并且每次增加筛选强度,这样就可获得与单克隆抗体结合较紧密的噬菌体克隆。