最新手把手教你构建系统进化树

设定完成，点compute，开始计算得到进化树构建的 结果。
双击文字，可以修改树枝后的名称，名称要么全部 斜体，要么全部不斜体，无法只让拉丁文斜体
双击文字，可以修改树枝后的名称，名称要么全部 Βιβλιοθήκη Baidu体，要么全部不斜体，无法只让拉丁文斜体
系统发育进化树优化后，复制黏贴到WORD里，用Microsoft office打 开可直接在原图上编辑，将拉丁文斜体，用WPS office打开无法在原 图上编辑，需要用画图软件将拉丁文斜体
MEGA是一个关于序列分析以及比较统计的软件。现主要介 绍使用Mega 6.0构建系统进化树的方法。供大家参考。
用MEGA构建进化树有以下步骤：
1、测序：
将克隆扩增测序得到的基因进行测序。
2、NCBI上做Blast
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/Blast.cgi
该图显示的是
序列全长的 FASTA格式下 载。
因为我采取基于氨
基酸序列比对，所 以选择coding sequences和fasta protein，下载编码 区氨基酸序列。
文件名未下载时不要更改，下下来之后再更改
将所有下载下来的fasta格式序列用记事本打 开，集中到一个记事本里
MEGA6可以识别fasta格式文件。如图，将全 部-基因.txt重命名为全部-基因.fasta
结束语
谢谢大家聆听！！！
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4、构建系统进化树
打开保存的*.meg格式文件，选择邻接法构建系统发育 进化树。
以外米缀蛾的cds为例，点击cds，出现下图。
点击FASTA，出现下图。
该图为外米缀蛾的 FASTA格式，如何保 存见下图
一般情况下点
击该页的右上 角有send 图标， 选择后点击 create file 即 可下载。Txt可 以打开。
长 的 时 间 隧 道，袅
手把手教你构建系统进化树
系统发生树（英文：Phylogenetic tree） 又称为演化树（evolutionary tree），是 表明被认为具有共同祖先的各物种间演化关 系的树。是一种亲缘分支分类方法 （cladogram）。在树中，每个节点代表其 各分支的最近共同祖先，而节点间的线段长 度对应演化距离（如估计的演化时间）。
进 入 夏 天 ，少 不了一 个热字 当头， 电扇空 调陆续 登场， 每逢此 时，总 会想起 那 一 把 蒲 扇 。蒲扇 ，是记 忆中的 农村， 夏季经 常用的 一件物 品。 记 忆 中 的故 乡 ， 每 逢 进 入夏天 ，集市 上最常 见的便 是蒲扇 、凉席 ，不论 男女老 少，个 个手持 一 把 ， 忽 闪 忽闪个 不停， 嘴里叨 叨着“ 怎么这 么热” ，于是 三五成 群，聚 在大树 下 ， 或 站 着 ，或随 即坐在 石头上 ，手持 那把扇 子，边 唠嗑边 乘凉。 孩子们 却在周 围 跑 跑 跳 跳 ，热得 满头大 汗，不 时听到 “强子 ，别跑 了，快 来我给 你扇扇 ”。孩 子 们 才 不 听 这一套 ，跑个 没完， 直到累 气喘吁 吁，这 才一跑 一踮地 围过了 ，这时 母 亲总是 ，好似 生气的 样子， 边扇边 训，“ 你看热 的，跑 什么？ ”此时 这把蒲 扇， 是 那 么 凉 快 ，那么 的温馨 幸福， 有母亲 的味道 ！ 蒲 扇 是 中 国传 统工艺 品，在 我 国 已 有 三 千年多 年的历 史。取 材于棕 榈树， 制作简 单，方 便携带 ，且蒲 扇的表 面 光 滑 ， 因 而，古 人常会 在上面 作画。 古有棕 扇、葵 扇、蒲 扇、蕉 扇诸名 ，实即 今 日 的 蒲 扇 ，江浙 称之为 芭蕉扇 。六七 十年代 ，人们 最常用 的就是 这种， 似圆非 圆 ， 轻 巧 又 便宜的 蒲扇。 蒲 扇 流 传 至今， 我的记 忆中， 它跨越 了半个 世纪， 也 走 过 了 我 们的半 个人生 的轨迹 ，携带 着特有 的念想 ，一年 年，一 天天， 流向长
•选择打开方式为MEGA6，打开全部-基因.fasta，自动跳出序列窗口 •用ClustalW做多序列联配
以.meg格式保 存结果
回到MEGA主窗口 打开所保存的文件（.meg）
点击按钮打开文件窗口
显示保守位点 显示变异位点
回到MEGA主窗口构建进化树
选择邻接法建树
当前打开的文件
选择Bootstrap 检验
比对找到相似度最高的几个基因，将这几个基因的序 列（Fasta格式文件）下载下来，或点击GenBank登录号， 复制FSATA格式，整合在一个*.txt文档中。
3、比对序列，比对结果转化为*.meg格式
用Mega 6.0的ClustalW做多序列联配，比对结果用 *.meg格式保存。或者用Clustal X软件进行比对，比对结果 保存为*.aln,再用Mega 6.0转化为*.meg格式。