系统发育树构建
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出最终鉴定结果。
鉴定板由读数仪自动读取吸光值，软件将该吸光 值与数据库对比，就可在瞬时给出鉴定结果。试 验结果可由系统进行自动分析、记录和打印 。 微生物鉴定数据库容量是目前世界上最大的，可 鉴定包括细菌、酵母和丝状真菌在内总计1973种 微生物，几乎涵盖了所有的人类、动物、植物病 原菌以及食品和环境微生物。
国际核苷酸序列数据库合作组织
GenBank由位于马里兰州Bethesda的美国国立卫生研 究院下属国立生物技术信息中心建立，与日本 DNA 数据库（DNA Data Bank of Japan，DDBJ）以及欧 洲生物信息研究所的欧洲分子生物学实验室核苷酸数 据 库 （ European Molecular Biology Laboratory ， EMBL）一起，都是国际核苷酸序列数据库合作的成 员。
细菌16S rRNA分子鉴定
经典分类鉴定方法
DNA碱基比例的测定 （G+C）mol%： ●测定方法：解链温度法（Tm值法） ●特点： (G+C)mol%值只能做否定判断；----（G+C） mol%值差别>5，属不同的种； 差别>10，属不同的属 。
（2） Leabharlann Baidu酸分子杂交法(DNA-DNA杂交) DNA-DNA分子杂交法原理：DNA分子 解链的可逆性和碱基配对的专一性。 DNA-DNA杂交（固相杂交法） 单链DNA（待测菌株）
数据库检索：Blast、Entrez
序列分析：序列对位排列、同源比较、进化分析。
统计模型：如隐马尔可夫模型(hidden Markov model, HMM)-基因识别、药物设计。最大似然模型(maximun likelihood model, ML)、 最大简约法(Maximun Parsimony, MP)--分子进化分析。
● DNA-PCR法 提取DNA——PCR扩增16SrRNA基因— —PCR产物纯化分析——16SrRNA基因 序列测定 ●相似性结果判断： 1. SAB≥95 %——同种 2. SAB为85~95%——同属 3. SAB≤85 %——不同属
Biolog鉴定系统可鉴定包括细菌、酵母和真菌在内约2000种微生物， 便于各领域的微生物实验室用于对微生物的鉴定 。鉴定原理公司独创 的碳源利用方法，利用微生物对不同碳源代谢率的差异，针对每一类 微生物筛选95种不同碳源，配合四唑类显色物质（如TTC、TV），固 定于96孔板上（A1孔为阴性对照），接种菌悬液后培养一定时间，通 过检测微生物细胞利用不同碳源进行新陈代谢过程中产生的氧化还原 酶与显色物质发生反应而导致的颜色变化（吸光度）以及由于微生物 生长造成的浊度差异（浊度），与标准菌株数据库进行比对，即可得
整理与服务，即管理好这些数据；二是从中发现新 的规律，也就是使用好这些数据。
具体地说，生物信息学是把基因组ＤＮＡ（脱氧核
糖核酸）序列信息分析作为源头，找到基因组序列
中代表蛋白质和RNA（核糖核酸）基因的编码区。
同时，阐明基因组中大量存在的非编码区的信息实
质，破译隐藏在DNA序列中的遗传语言规律。在 此基础上，归纳、整理与基因组遗传信息释放及其 调控相关的转录谱和蛋白质谱的数据，从而认识代 谢、发育、分化、进化的规律。
由于当前生物信息学发展的主要推动力来自分子生 物学，生物信息学的研究主要集中于核苷酸和氨基 酸序列的存储、分类、检索和分析等方面。
二、生物信息学的基本方法：
建立生物数据库：核苷酸顺序数据库(GENBANK)、Protein
Data Bank(PDB)、氨基酸顺序数据库(SWISS-PRO)、酵母基因 组数据库(YEASTS)、美国种质保藏中心(ATCC)、美国专利局 数据库(USPO)。
生物信息学
计算机运算速度: 18个月增长一倍; DNA序列数据: 14个月增长一倍;
一、定义
生物信息学（bioinformatics）是生物学与计算机
科学以及应用数学等学科相互交叉而形成的一门新
兴学科。它通过对生物学实验数据的获取、加工、 存储、检索与分析，进而达到揭示数据所蕴含的生 物学意义的目的。
算法：如自动序列拼接、外显子预测和同源比较、遗传算法、 人工神经网络(artificial neural network)。
三、生物信息学的研究内容
生物信息学的研究内容是伴随着基因组研究而发展
的。广义地说，生物信息学从事对基因组研究相关
生物信息的获取、加工、存储、分配、分析和解释。
这个定义的含义是双重的：一是对海量数据的收集、
四、生物信息学 – 研究方向
基因组序列装配 基因识别 基因功能预报 基因多态性分析 基因进化 mRNA结构预测 基因芯片设计 基因芯片数据分析 疾病相关基因分析
蛋白质序列分析 蛋白质家族分类 蛋白质结构预测 蛋白质折叠研究 代谢途径分析 转录调控机制 蛋白质芯片设计 蛋白质芯片数据分析 药物设计
五、通过学习逐渐掌握以下内容：
搜索网上生物信息学资源 运用Blast等工具检索数据库 多序列比对 构建系统发育树
三大基因数据库
NCBI的网址是： http://www.ncbi.nlm.nih.gov EMBL核酸序列数据库 http://www.ebi.ac.uk/embl/ DDBJ数据库 http://www.ddbj.nig.ac.jp/
GenBank ， DDBJ ， and EMBL, 所有这 3 个中心都可 以独立地接受数据提交，而 3个中心之间则逐日交换 信息，并制成相同的充分详细的数据库向公众开放。 因此他们是相等的。
主要的数据库资源
数据库是生物信息学的主要内容，各种数据库几乎覆盖了 生命科学的各个领域。 核酸序列数据库主要有GenBank, EMBL, DDBJ等. 蛋白质序列数据库有SWISS-PROT, PIR, OWL, NRL3D, TrEMBL等， 蛋白质片段数据库有PROSITE, BLOCKS, PRINTS等， 三维结构数据库有PDB, NDB, BioMagResBank, CCSD等， 蛋白质结构有关的数据库还有SCOP, CATH, FSSP, 3D-ALI, DSSP等， 与基因组有关的数据库还有ESTdb, OMIM, GDB, GSDB 文献数据库有Medline, Uncover等。
鉴定板由读数仪自动读取吸光值，软件将该吸光 值与数据库对比，就可在瞬时给出鉴定结果。试 验结果可由系统进行自动分析、记录和打印 。 微生物鉴定数据库容量是目前世界上最大的，可 鉴定包括细菌、酵母和丝状真菌在内总计1973种 微生物，几乎涵盖了所有的人类、动物、植物病 原菌以及食品和环境微生物。
国际核苷酸序列数据库合作组织
GenBank由位于马里兰州Bethesda的美国国立卫生研 究院下属国立生物技术信息中心建立，与日本 DNA 数据库（DNA Data Bank of Japan，DDBJ）以及欧 洲生物信息研究所的欧洲分子生物学实验室核苷酸数 据 库 （ European Molecular Biology Laboratory ， EMBL）一起，都是国际核苷酸序列数据库合作的成 员。
细菌16S rRNA分子鉴定
经典分类鉴定方法
DNA碱基比例的测定 （G+C）mol%： ●测定方法：解链温度法（Tm值法） ●特点： (G+C)mol%值只能做否定判断；----（G+C） mol%值差别>5，属不同的种； 差别>10，属不同的属 。
（2） Leabharlann Baidu酸分子杂交法(DNA-DNA杂交) DNA-DNA分子杂交法原理：DNA分子 解链的可逆性和碱基配对的专一性。 DNA-DNA杂交（固相杂交法） 单链DNA（待测菌株）
数据库检索：Blast、Entrez
序列分析：序列对位排列、同源比较、进化分析。
统计模型：如隐马尔可夫模型(hidden Markov model, HMM)-基因识别、药物设计。最大似然模型(maximun likelihood model, ML)、 最大简约法(Maximun Parsimony, MP)--分子进化分析。
● DNA-PCR法 提取DNA——PCR扩增16SrRNA基因— —PCR产物纯化分析——16SrRNA基因 序列测定 ●相似性结果判断： 1. SAB≥95 %——同种 2. SAB为85~95%——同属 3. SAB≤85 %——不同属
Biolog鉴定系统可鉴定包括细菌、酵母和真菌在内约2000种微生物， 便于各领域的微生物实验室用于对微生物的鉴定 。鉴定原理公司独创 的碳源利用方法，利用微生物对不同碳源代谢率的差异，针对每一类 微生物筛选95种不同碳源，配合四唑类显色物质（如TTC、TV），固 定于96孔板上（A1孔为阴性对照），接种菌悬液后培养一定时间，通 过检测微生物细胞利用不同碳源进行新陈代谢过程中产生的氧化还原 酶与显色物质发生反应而导致的颜色变化（吸光度）以及由于微生物 生长造成的浊度差异（浊度），与标准菌株数据库进行比对，即可得
整理与服务，即管理好这些数据；二是从中发现新 的规律，也就是使用好这些数据。
具体地说，生物信息学是把基因组ＤＮＡ（脱氧核
糖核酸）序列信息分析作为源头，找到基因组序列
中代表蛋白质和RNA（核糖核酸）基因的编码区。
同时，阐明基因组中大量存在的非编码区的信息实
质，破译隐藏在DNA序列中的遗传语言规律。在 此基础上，归纳、整理与基因组遗传信息释放及其 调控相关的转录谱和蛋白质谱的数据，从而认识代 谢、发育、分化、进化的规律。
由于当前生物信息学发展的主要推动力来自分子生 物学，生物信息学的研究主要集中于核苷酸和氨基 酸序列的存储、分类、检索和分析等方面。
二、生物信息学的基本方法：
建立生物数据库：核苷酸顺序数据库(GENBANK)、Protein
Data Bank(PDB)、氨基酸顺序数据库(SWISS-PRO)、酵母基因 组数据库(YEASTS)、美国种质保藏中心(ATCC)、美国专利局 数据库(USPO)。
生物信息学
计算机运算速度: 18个月增长一倍; DNA序列数据: 14个月增长一倍;
一、定义
生物信息学（bioinformatics）是生物学与计算机
科学以及应用数学等学科相互交叉而形成的一门新
兴学科。它通过对生物学实验数据的获取、加工、 存储、检索与分析，进而达到揭示数据所蕴含的生 物学意义的目的。
算法：如自动序列拼接、外显子预测和同源比较、遗传算法、 人工神经网络(artificial neural network)。
三、生物信息学的研究内容
生物信息学的研究内容是伴随着基因组研究而发展
的。广义地说，生物信息学从事对基因组研究相关
生物信息的获取、加工、存储、分配、分析和解释。
这个定义的含义是双重的：一是对海量数据的收集、
四、生物信息学 – 研究方向
基因组序列装配 基因识别 基因功能预报 基因多态性分析 基因进化 mRNA结构预测 基因芯片设计 基因芯片数据分析 疾病相关基因分析
蛋白质序列分析 蛋白质家族分类 蛋白质结构预测 蛋白质折叠研究 代谢途径分析 转录调控机制 蛋白质芯片设计 蛋白质芯片数据分析 药物设计
五、通过学习逐渐掌握以下内容：
搜索网上生物信息学资源 运用Blast等工具检索数据库 多序列比对 构建系统发育树
三大基因数据库
NCBI的网址是： http://www.ncbi.nlm.nih.gov EMBL核酸序列数据库 http://www.ebi.ac.uk/embl/ DDBJ数据库 http://www.ddbj.nig.ac.jp/
GenBank ， DDBJ ， and EMBL, 所有这 3 个中心都可 以独立地接受数据提交，而 3个中心之间则逐日交换 信息，并制成相同的充分详细的数据库向公众开放。 因此他们是相等的。
主要的数据库资源
数据库是生物信息学的主要内容，各种数据库几乎覆盖了 生命科学的各个领域。 核酸序列数据库主要有GenBank, EMBL, DDBJ等. 蛋白质序列数据库有SWISS-PROT, PIR, OWL, NRL3D, TrEMBL等， 蛋白质片段数据库有PROSITE, BLOCKS, PRINTS等， 三维结构数据库有PDB, NDB, BioMagResBank, CCSD等， 蛋白质结构有关的数据库还有SCOP, CATH, FSSP, 3D-ALI, DSSP等， 与基因组有关的数据库还有ESTdb, OMIM, GDB, GSDB 文献数据库有Medline, Uncover等。