(简)发酵过程参数相关分析(庄英萍)
(简)发酵过程参数相关分析
代谢曲线对照
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常规发酵过程分析的缺陷性
分析发酵数据时,通过产品小试研究形成工厂生产的 工艺控制为目标,把重点放在寻找最佳的操作点或某 参数时序变化规律,在方法上主要依据人工经验的试 差法,由此逐渐形成作为生产工艺管理的工艺规程。
----缺乏机理性认识,有局限性。 发酵过程动力学研究强调了参数趋势曲线的动态性并 采用了过程数学模拟等进行仿真,可进一步总结经验 规律,引入动态优化控制方法,为过程工艺优化研究 提供了内容。
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参数曲线相关分析的优势
从发酵过程多尺度系统理论来看,参数趋势曲 线相关有可能是某一尺度的线性或动力学行为, 也可能是多尺度系统的结构性突变,因此用常 规的单一尺度模式有时就无法解释过程中发生 的许多现象。 虽然这些过程检测大多是环境中的状态或操作 量,但可以通过进一步分析,得到反映分子、 细胞和反应器工程水平的不同尺度问题的联系, 从而实现跨尺度观察和跨尺度操作。
发酵过程参数相关分析原理及应用
国家生化工程技术研究中心(上海) 庄英萍 ypzhuang@
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主要内容
发酵过程特性概述 发酵过程的参数分类及检测 理化相关 生物相关 应用举例 下阶段工作展望
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发酵过程特性概述
生物反应器中基因、细胞和反应器不同尺度网络之 间存在着以时间为坐标多输入多输出的互动关系。 表现在同一尺度下多过程的耦合,不同尺度下也往 往会有不同过程发生。 多尺度的研究方法要求从一个尺度观察另一尺度现 象,即所谓跨尺度观察与控制,即可能提供在生物 技术研究中所没有发现的现象。 研究尺度间相互作用和耦合的原则和条件,只有这 样才能进一步分析不同尺度下的各种子过程之间的 相互量化关系,并与已知条件关联,构成描述复杂 系统的综合模型或描述。
生物搅拌反应器内混合情况的CFD模拟及在发酵中的应用
开发应用2008,Vol .25N o .7化学与生物工程Chemistry &Bioen gineering54 收稿日期:2008-03-21作者简介:蒋啸靖(1982-),女,上海人,硕士研究生,研究方向:发酵工程;通讯联系人:张嗣良,教授。
E -mail :siliangzh @ecust .edu .cn 。
生物搅拌反应器内混合情况的CFD 模拟及在发酵中的应用蒋啸靖,夏建业,赵 劼,储 炬,王永红,庄英萍,张嗣良(华东理工大学生物反应器国家重点实验室,上海200237) 摘 要:用计算流体力学(CF D )方法模拟了50L 生物反应器中不同的搅拌桨组合对搅拌流场、混合时间的影响,并从流体力学角度对生物反应器搅拌桨组合进行了优化。
将模拟优化结果用于重组大肠杆菌发酵过程,结果表明,优化后的搅拌桨组合可以改善发酵罐内部的流场和气体分布,能够明显降低获得相同溶氧所需的转速和最大通气量,而菌体生物量和产酶水平也略有提高。
关键词:计算流体力学;生物搅拌反应器;多桨叶系统中图分类号:T Q 920.1 文献标识码:A 文章编号:1672-5425(2008)07-0054-04 生物搅拌反应器中流体混合过程对放大培养是一个关键的限制因素,不同的搅拌桨组合对混合过程有很大影响,随着桨叶组合不同,反应器内各处的流体力学性能、溶氧浓度、营养物浓度、湍流能量耗散强度等参数也有很大不同[1~3]。
混合时间是表征搅拌槽反应器内流体混合过程、评定搅拌器效率的一个重要参数。
Kalischew ski 等[4]及Jaramilo 等[5]分别在搅拌反应器和环流反应器中研究了氧传递系数与混合时间的关系,结果表明对混合时间的研究能给出反应器中总体反应速率及传质和传热速率的信息。
然而,实验测定混合时间无法在不透明的罐体中进行,所测数据被限制在罐体中的个别点,所需设备价格昂贵,并且要求满足严格的实验条件。
近年来,计算流体力学(CFD )方法在发酵过程研究中获得长足发展,利用CFD 方法可以方便地获得搅拌槽内的混合信息,节省大量的研究经费,获得实验手段所不能得到的数据。
发酵参数及控制
(3)通过补料调节pH ①调节补糖速率、空气流量来调节pH ②当NH2-N低,pH低时补氨水; 当NH2-N低,pH高时补(NH4)2SO4
(4)加酸碱调pH
5、pH值
pH的控制
(5)发酵的不同阶段采取不同的pH值
在生长期和生产期的pH分别控制在6.5 和7.0时,可使利福霉素B的产率比整 个发酵过程的pH维持在7.0的情况下的 产率提高14%。
在补料分批培养的基础上间歇放掉部分发酵液(带 放),称为半连续培养。某些品种采取这种方式,如 四环素发酵
优点 放掉部分发酵液,再补入部分料液,使代谢有
害物得以稀释有利于产物合成,提高了总产量。
缺点 丢失了未利用的养分和处于生产旺盛期的菌体, 代谢产生的前体也可能被丢失,提炼的发酵液的总体 积更大
微生物的培养方式
1、分批培养
微生物生长分为:迟滞期、对数生长期、稳定期和死亡期
在迟滞期,菌体没有分裂只有生长,因为当菌种接种入 一个新的环境,细胞内的核酸、酶等稀释,这时细胞不 能分裂,细胞个体增大。当接种的是饥饿或老龄的微生 物细胞,或新鲜培养基营养不丰富时,迟滞期将延长。
当细胞内的与细胞分裂相关的物质浓度达到一定程度, 细胞开始分裂,这时细胞生长很快,比生长速率达到最 大值,几近常数,细胞活力很强,生长速率大小取决于 培养基的营养和环境。这个时期称为对数生长期。
6、溶解氧
溶解氧(DO)是需氧微生物生长所必需的。在发酵 过程中有多方面的限制因素,而溶氧往往最易成为控制 因素。
在28℃氧在发酵液中的100%空气的饱和浓度只有 0.25 mmol.L-1左右。在对数生长期即使发酵液中的溶氧 能达到100%空气饱和度,若此时中止供氧,发酵液中 溶氧可在几秒(分)钟之内便耗竭,使溶氧成为限制因 素。
09第九章:发酵过程优化与放大概论(精品课程)
关键技术 •在线检测参数 •实验室手工测定参数 •间接参数(代谢流特征 或工程特征)
功能
BlORADAR。
•适应多种反应器特点 •融合多种过程理论和 控制理论 •工艺分析与操作 •远程通讯与异地数据 传送和分析
/jpkc/fjgc
发酵过程优化与放大概论
数学模型、静态和动态优化、系统识别、自适应控制、 专家系统、模糊控制、神经元网络、各种混沌现象的研究 复杂性 动态性 多容量过程 不可预测性 高度非线性 线性或拟线性关 系的数学摸型 发酵过程参数趋势曲线相关
困难
发酵生产完 整过程
跨尺度观察
/jpkc/fjgc
/jpkc/fjgc
发酵过程优化与放大概论
v发酵过程优化控制中的方法和手段
第二部分
发酵过程优化控制中的方法和手段
/jpkc/fjgc
发酵过程优化与放大概论
v发酵过程优化控制中的方法和手段
数据驱动型方法
/jpkc/fjgc
发酵过程优化与放大概论
v生物反应器过程的多尺度理论——发酵过程优化 与方法基础
代谢调控研究 代谢工程研究 过程数据采集 和处理的困难 发酵过程酶学 研究的困难 发酵工艺优化研究 的基本思路 单一生理调控机制, 缺乏全局性的概念 • 仍旧局限于寻求培养基配方和最佳的温度、pH、DO等 • 缺乏微观的实时的代谢调控 /jpkc/fjg手段
方法和装备技术研究
/jpkc/fjgc
发酵过程优化与放大概论
v发酵过程优化控制中的方法和手段
基本方法
● 基于参数相关的发酵过程多水平(尺度)问题研 究的优化技术 ● 发酵过程多参数调整的放大技术 区分三个水平(尺度)问题 生物反应器的传递与混和 不同环境条件下的代谢动力学特征 细胞代谢流的迁移 基因水平的启动与表达 …
两次诱导实现重组大肠杆菌高密度_高表达研究
两次诱导实现重组大肠杆菌高密度、高表达研究3马文峰 庄英萍33 郭美锦 丁满生 储 炬 张嗣良(华东理工大学生物反应器工程国家重点实验室国家生化工程技术研究中心 上海 200237)摘要:通过不同温度诱导模式对大肠杆菌高密度,高表达的研究,确定两次升温诱导模式实现大肠杆菌高密度、高表达重组人载脂蛋白的目的。
实验证实两次诱导成功的避免了乙酸对高密度、高表达的影响,最终发酵的细胞密度OD 600达150,蛋白表达量418g ・L 21,证明两次升温诱导的发酵方法在高密度、高表达外源蛋白上是成功的,从而为基因工程菌规模化生产奠定了基础。
关键词:重组大肠杆菌,ApoA 2I M ilano ,高密度,高表达,两次诱导中图分类号:T Q92016 文献标识码:A 文章编号:025322654(2005)022******* 3国家高技术研究发展计划(“863”计划)(No 12002AA217021)国家重大科技专项资助(No 12002AA2Z3451)33通讯作者 Tel:086221264252234,Fax:086221264253702,E 2mail:YPZ@nc 2bi o 1com收稿日期:2004207205,修回日期:2004209201Study on the Recom b i nan t Human ApoA 2I M il ano H igh D en sity and H ighExpressi on by Two Tem pera ture 2Sh i fted I nducti on i n Escherich ia coli3MA W en 2Feng Z HUANG Ying 2Ping 33 G UO Mei 2J in D I N G Man 2ShengCHU Ju ZHANG Si 2L iang(East China U niversity of Science and Technology,S tate Key Laboratory of B ioreactorEngineering,N ational R eserch Center for B iotechnology,Shanghai 200237)Abstract:The te mperature effect on the reco mbinant pr otein p r oducti on f or mati on was investigated in p resent study 1The culture te mperature of gr owth phase is 30℃,and the culture te mperature of inducti on phase was ar 2ranged according t o three modes 1H ign cell 2density and high ex p ressi on culture of E 1coli t o pr oduct reco mbinant hu 2man apoli popr otein A 2I M ilano by tw o te mperature 2shifted inducti on 1T wo te mperature 2shifted inducti on was carried out high density and high ex pressi on reco mbinant hu man Apo A 21M ilano 1The reco mbinant p r otein Apo A 2I M ilano reached 418g ・L 21with the final cell density of OD 6001501And the t w o te mperature 2shifted inducti on av oided the acetic acid successfully t o the influence of the high density and high ex p ressi on 1T wo te mperature 2shifted inducti on was vi 2able in high density culture and high ex pressi on of heter ogenous pr otein in reco mbinati on E 1coli 1The sduty p r ovides a basic work for p r oducti on of reco mbinant Apo A 2I M ilano in scale 1Key words:Reco mbinant E 1coli ,Apo A 2I M ilano ,H igh density,H igh expressi on,T wo te mperature 2shifted induc 2ti on 大肠杆菌表达异源蛋白的方式依启动子不同,分为组成型和诱导型。
尾气分析在发酵食品行业中的应用
尾气分析在发酵食品行业中的应用董克武;黎路【摘要】发酵尾气在线监测对于发酵食品的品质控制、产量提高具有重要意义.对发酵尾气数据进行分析,不仅可以了解发酵的状态和进程,判断底物消耗,还能帮助判断发酵终点.文章介绍了常用的尾气分析方法以及目前尾气分析在氨基酸、有机酸、酶制剂等发酵食品中的应用情况.过程气体质谱分析仪是一种高精度、实时的在线气体分析仪器,具有可监测通道数多、长期稳定性好等特点,对于食品发酵过程尾气监测具有极大的应用潜力.【期刊名称】《食品与机械》【年(卷),期】2015(031)001【总页数】3页(P235-237)【关键词】尾气分析;发酵食品;过程气体质谱分析仪;在线监测【作者】董克武;黎路【作者单位】上海舜宇恒平科学仪器有限公司,上海200233;上海舜宇恒平科学仪器有限公司,上海200233【正文语种】中文发酵食品是利用有益微生物加工制造的一类食品,具有独特的风味和一些特异性营养因子,有些功能性发酵食品因具有某种生理活性物质还可以起到调节机体生理功能的作用[1]。
常见的发酵食品有氨基酸、有机酸、酶制剂、酵母、淀粉及淀粉糖、多元醇和特种功能的发酵制品等。
发酵食品的生产过程需要利用微生物体的代谢作用,并借助于对代谢过程的控制来获得所需产品,其中包括大量复杂的生化反应和迁移现象,不同种类的微生物利用碳水化合物、蛋白质等原料,采用不同的代谢途径产生各种代谢产物[2]。
生物发酵反应代谢过程中的参数变化,如:温度、酸碱性、氧化还原电位、溶解氧、尾气组分等,是发酵过程状态的实时反映。
在现代化的食品研究和生产中,为了获得更好的产品和更高的产率,提升市场竞争力,就需要通过在线监测实时跟踪这些发酵过程关键参数的变化,实施调控优化发酵过程[3]。
1 尾气分析的意义在温度、pH、溶解氧、尾气组分等参数中,尾气组分浓度的变化反映了整个发酵过程中物质的变化情况,尤其对于耗氧和兼性好氧发酵来说,尾气中CO2和O2的变化,反映了发酵过程中微生物的代谢状态和代谢途径,已经被作为衡量发酵水平的重要指标气体[4,5]。
工业羽毛蛋白胨对红霉素基因工程菌ZLl004发酵过程的影响
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文 章编 号 : 10 ・6 92 1)00 5 —7 0 18 8 (0 11—7 10
工 业 羽 毛 蛋 白胨 对 红 霉 素 基 因工 程 菌 Z O 4 酵 过 程 的影 响 LI 0 发
陈竹 李万钧z 储炬, 庄英萍1 张嗣良 ,
f 华东理工 大学生物反应器 工程国家重点实验室 ,上海 2 0 3 ;2 宜都东阳光生化制药有 限公 司,湖北 4 30 ) 1 027 4 3 0
摘要 :本 文在5 L 酵罐上研究 了工业羽毛蛋 白胨对 红霉素基 因工程菌Z 10 发酵过程的影响 ,结果表 明发 酵培养基 中加 0发 L 04 入较 多的羽毛蛋 白胨不 利于红霉素 的合成 ,而加入适量 的羽毛蛋 白胨可 有效提升整个 发酵 过程的摄氧 率( OUR 水平 、促进 菌体 ) 对碳氮源 的利用和红霉素 的合成 。进 一步对培养基进行优化 ,采用06 .%羽 毛蛋 白胨、33 . %黄豆饼粉 ,发酵 结束 时红霉素效价达 14 7 / 2 8 U mL, A组分达9 7 g / 7 4 gmL,分别 比对照高 1.1 t 99 %。利用显微 图像及形态分析软件 对发酵周期 内的菌 丝形态进 8 %*l . 2 1 4 行 了跟踪 定量研 究,分析表明培养基 中加入适量羽毛蛋 白胨可优化菌 丝形态 ,使其 朝有利于红霉素合成的方 向进行分化 。 关键 词:红霉 素;工业羽毛蛋 白胨 ;基 因工程菌 ;菌丝形态 中图分类号:T 4 55 Q 6. 文献标识码 : A
r c mb n n ta n Z 0 4 we e i v s g t d i 0 e m e tr Th e u t h we h ta d n o mu h I P wa eo i a ts i L1 0 r n e t a e n 5 L f r n e . e r s ls s o d t a d i g t c F s r i o n t e e c a o h r t r my i y t e i , ie a d n p r p i t m o n fI P c u d e f c i ey e h n e o n f i 1 r t e e y h o c n s n h s s wh l d i g a p o ra e a u t F o l fe t l n a c b i f o v t e OUR v l n mp o e s b ta e u i z t n a l a r t r my i r d c i n Th e e tt n m e im s h 1 e d i r v u s t t ia i swe l se y h o c n p o u t . e f r n a i d u wa e a r l o o m o
基于多尺度参数相关分析的细胞培养过程优化与放大
基于多尺度参数相关分析的细胞培养过程优化与放大庄英萍;田锡炜;张嗣良【摘要】细胞大规模培养过程是活体细胞代谢的过程,因此存在着基因、细胞、反应器多尺度相关关系.通过对生物反应过程中生理代谢特性参数检测,并分析参数的理化相关和生物相关,可以实现多尺度观察与调控.主要介绍了在生物过程优化与放大研究中,整合分析与细胞生理代谢特性相关的参数变化信息以及反应器流场特性参数变化信息,从而实现微观与宏观相结合的过程优化方法以及细胞生理和反应器流场特性相结合的过程放大策略.【期刊名称】《生物产业技术》【年(卷),期】2018(000)001【总页数】7页(P49-55)【关键词】多尺度;参数相关分析;微观与宏观代谢;生理与流场特性;优化与放大【作者】庄英萍;田锡炜;张嗣良【作者单位】华东理工大学生物反应器工程国家重点实验室,上海 200237;华东理工大学生物反应器工程国家重点实验室,上海 200237;华东理工大学生物反应器工程国家重点实验室,上海 200237【正文语种】中文大规模细胞培养过程的对象,可以是微生物、动物、植物等各种细胞的培养过程,而通过细胞大规模培养过程可以得到细胞菌体、酶、初级或次级代谢产物、蛋白表达产物等产品,可以生产出人们所需要的医药、食品、化工、农业、能源等领域的各类用品,满足国民经济的发展需求。
尤其是在石油和煤炭资源即将耗竭之际,社会经济的主体将会从碳氢化合物(石油和煤炭)经济转变为碳水化合物(各类糖作为基础原料)经济,因此高效利用可再生资源,并解析细胞大规模培养过程中复杂生命代谢的主体——细胞生理代谢机理,最终实现细胞大规模培养过程的优化与放大、生产出低成本的各类产品已成为生物制造领域的主要研究内涵之一。
1 生物过程多尺度理论与装备细胞大规模培养的生物反应过程中,细胞生命代谢过程是一个复杂的系统过程:首先微生物菌种的基因决定了该代谢过程的基本特性,如顶头孢霉菌(Cephalosporium Acremonium)主要代谢产物是头孢菌素C,这就是基因尺度决定细胞代谢的基本特性;然而反应器的设计与操作条件差异又有可能改变细胞代谢的特性,同样是上述菌种的代谢过程,代谢调控策略(培养基配方、补料策略等)的变化,会引起最终目标产物产量的差异,这表明,细胞代谢特性除了受基因信息影响外,还会受到操作条件的影响;而反应器的不同结构会对物质传递造成很大的差异,最终也会导致代谢产物产量的差异。
(简)发酵过程参数相关分析(庄英萍)
好氧生物反应器供氧情况变化引起的变化
当降低搅拌转速时,供氧速率(OTR)下降必然引起溶解氧 浓度(DO)的下降,这是一个属于生物反应器系统中的过程 传递和混和问题
d C KLa(C* C) OUR dt
如果DO下降到临界氧浓度以下时,就引起菌体呼吸强度 的减弱,这实质上是氧成为限制性基质时的动力学行为
生物相关:排气氧浓度与溶解氧浓度的对应关系
不同发酵周期的EO2浓度与DO的几种对应关系。这种不 同的对应关系是与不同操作条件和菌体呼吸强度有关的。
ECO2
DO
EO2
EO2 ECO2
DO
rpm
非碳源限制,临界氧浓度以下 (DO变化不显著)
rpm
h
EO2 ECO2
DO
碳源限制,临界氧浓度以下 (DO变化显著)
代谢曲线对照
常规发酵过程分析的缺陷性
分析发酵数据时,通过产品小试研究形成工厂生产的 工艺控制为目标,把重点放在寻找最佳的操作点或某 参数时序变化规律,在方法上主要依据人工经验的试 差法,由此逐渐形成作为生产工艺管理的工艺规程。 ----缺乏机理性认识,有局限性。 发酵过程动力学研究强调了参数趋势曲线的动态性并 采用了过程数学模拟等进行仿真,可进一步总结经验 规律,引入动态优化控制方法,为过程工艺优化研究 提供了内容。 ----强调参数各自的时序变化,缺乏数据时序 变化之间的相关分析
参数相关耦合的定义
参数耦合相关是指各种直接参数、间接参数 以及实验室手工参数随着发酵过程的进行而 变化,并且参数间发生某种耦合相关。 这种参数相关是生物反应器中物料、能量或 信息传递、转换、以及平衡或不平衡的结果, 其微观因素也许只是发生在基因、细胞或反 应器工程水平的某一个尺度上,但最终会在 宏观过程中有所反映,这就为我们研究生物 反应器中不同尺度的数据关联分析方法提供 了线索。
Co 2+对红霉素重组工程菌ZL1004发酵过程的影响
Sa c r poys r r h a aZL1 0 c ha o l po aeyt r e 04
S a g o gc o g, a a gca H a g igz i C uJ Z u n n —ig, h n n —h n Qi J n —h o, u n n —h h , h ag Y ni M , u Yigpn
88 9 中 国抗 Fra bibliotek 素 杂 志 2 1 年 1 月第 3 卷 第 l 期 00 2 5 2
文 章 编 号 : 10 —6 92 1)00 9 —5 0 18 8 (0 00 —8 80
Co+ 2 对红 霉 素 重组 工 程 菌Z 1 0 发 酵 过程 的影 响 L 04
尚永崇1 钱江潮 黄明志t 储炬 庄英萍1 , 张嗣良 李万钧2
( 1华东理工大学生物反应器工程 国家重点实验 室,上海 2 0 3 ;2宜都东 阳光生化制药有限公 司,宜昌 4 3 0 ) 027 4 30
红霉素发酵过程前期参数相关分析及调控
华 东 理 工 大 学 学 报 Journal of East Ch ina U niversity of Science and T echno logyV o l .30N o.62004212基金项目:上海市科委重点科技攻关项目(034319220)E -ma il :ypz @nc 2bi o .com 收稿日期:2003212221作者简介:庄英萍(19622),女,副研究员,硕士,研究方向为发酵过程优化和放大。
文章编号:100623080(2004)0620636204红霉素发酵过程前期参数相关分析及调控庄英萍13, 储 炬1, 张嗣良1, 赵见喜2, 杨生武2(1.华东理工大学生物反应器工程国家重点实验室,国家生化工程技术研究中心(上海),上海200237;2.湖南岳阳中湘康神药业有限公司,岳阳414000) 摘要:对红霉素发酵过程前期调控策略进行了研究,从宏观代谢流的变化着手,对表征细胞代谢特征的参数进行了相关分析,对发酵前期的摄氧率(OU R )、二氧化碳释放率(CER )及呼吸商(RQ )相关变化及红霉素发酵前期CER 与pH 的变化进行了分析,,在工业规模发酵罐上通过控制发酵过程前期补糖速率等措施,使发酵平均水平从原来的4500u mL 提高到了6000u mL 。
关键词:红霉素;发酵;摄氧率;呼吸商;参数相关中图分类号:TQ 920.6文献标识码:AParam eter Correlation Analysis and Opti m ization of Process i n theEarly Per iod of Erythrom yc i n Ferm en tationZH UA N G Y ing 2p ing13, CH U J u 1, ZH A N G S i 2liang 1, ZH A O J ian 2x i 2, YA N G S heng 2w u2(1.S ta te K ey L abora tory of B ioreactor E ng ineering ,N a tiona l E ng ineering R esea rch Cen ter f orB iotechnology in S hang ha i ECU S T ,S hang ha i 200237,Ch ina ;2.H unan Y uey ang Z hong x iang K ang shen P ha r m aceu tica l Co .L td .,Y uey ang 414000,Ch ina )Abstract :T he m etabo lic featu re of the early p eri od ferm en tati on p rocess of eryth rom ycin w ere studied .M on ito ring of som e on line p aram eters ,such as oxygew up take rate (OU R ),carbon di ox ide ex it rate (CER ),resp irato ry quo tien t (RQ ),w h ich are characteristics of m acro 2m etabo lic flux ,is the basis of the op ti m izati on of b i op rocess .T he stringen t gluco se feeding strategies in the early p hase w as adop ted and the p roductivity of eryth rom ycin w as raised to 6000u mL from 4500u mL .Key words :eryth rom ycin ;ferm en tati on ;oxygen up take rate ;resp irato ry quo tien t ;p aram eter co rrela 2ti on analysis 近年来,由于红霉素的衍生物如克拉霉素、阿齐霉素等半合成药物在疗效和作用上的不断发现,市场上对红霉素原料的需求大大增加,所以国内外有关红霉素生物合成研究的文献较多[1~3],它们对红霉素的代谢调控进行了研究,有的研究已涉及生物合成基因簇水平[4~5]。
(简)发酵过程参数相关分析(庄英萍)
(四)、生物相关
生物相关是指通过生物细胞的生命活动所引起的参数之间耦合 相关,主要体现在二种方式: 其一,通过生物细胞生长代谢后引起的培养液物性的变化,进 而引起的参数相关。
精品课件
菌体生长引起的生物相关特性
* 快速生长期时,培养液粘度上升,KLa下 降,引起DO水平的变化。
* 培养液粘度的变化也会引起溶解二氧化 碳CO2与排气二氧化碳浓度ECO2的差异。
当用λPL,C启动子构建表达载体时, PL,R启动子受λ噬菌体cI基因的负 调控,cI基因产生的阻遏蛋白结合 在操纵基因上,阻止转录的进行。 当在28~30℃培养时,利用cI的温 度敏感突变基因的突变体可以产生 有活性阻遏蛋白,阻遏PL,R转录, 细菌大量生长。温度上升到42℃, 造成阻遏蛋白失活,PL,R解除阻遏, 启动外源基因的高效转录和表达, 从而合成大量有价值的外源蛋白。
适应生物反应器的供氧能力,控制菌体生长速率与 最大生物量。
在菌体生长期完成后,在细胞水平控制比生长速率, 使菌体酶体系处于最有利于生产的状态,或控制比 生长速率来解决基因水平上的分解代谢产物的阻遏 作用。
低浓度葡萄糖可以降低高浓度时所引起的分解代谢 阻遏作用。
精品课件
生物相关:排气氧浓度与溶解氧浓度的对应关系
精品课件
代谢曲线对照
精品课件
常规发酵过程分析的缺陷性
分析发酵数据时,通过产品小试研究形成工厂生产的 工艺控制为目标,把重点放在寻找最佳的操作点或某 参数时序变化规律,在方法上主要依据人工经验的试 差法,由此逐渐形成作为生产工艺管理的工艺规程。
----缺乏机理性认识,有局限性。 发酵过程动力学研究强调了参数趋势曲线的动态性并 采用了过程数学模拟等进行仿真,可进一步总结经验 规律,引入动态优化控制方法,为过程工艺优化研究 提供了内容。
阿维菌素发酵过程参数相关特性研究及过程优化
阿维菌素发酵过程参数相关特性研究及过程优化
巫延斌;储消和;王永红;储炬;庄英萍;张嗣良
【期刊名称】《华东理工大学学报:社会科学版》
【年(卷),期】2007(000)005
【摘要】微生物发酵是一个复杂的生物过程,通过对阿维菌素发酵过程中反映菌体代谢的在线参数,如OUR、CER、RQ、DO、pH以及离线参数的相关性分析,根据分析结果对发酵过程工艺进行优化,提出在发酵后期根据RQ确定碳源补加时机、根据过程pH确定碳源补加速率,使阿维菌素的发酵单位从国内平均水平3.8 g/L提高到了5.05 g/L。
【总页数】4页(P)
【作者】巫延斌;储消和;王永红;储炬;庄英萍;张嗣良
【作者单位】华东理工大学生物反应器工程国家重点实验室;浙江升华拜克生物股份有限公司;华东理工大学生物反应器工程国家重点实验室;上海;浙江湖州
【正文语种】中文
【中图分类】TQ453
【相关文献】
1.具多个质量特性的印染生产过程参数优化研究 [J], 吴政治;李劲;李洪
2.发酵过程多水平问题及其生物反应器装置技术研究--基于过程参数相关的发酵过程优化与放大技术 [J], 张嗣良
3.梅岭霉素发酵过程参数相关分析和优化 [J], 庄英萍;陈斌;晏秋鸿;储炬;郭美锦;张嗣良
4.基于过程参数相关分析的鸟苷发酵过程优化 [J], 蔡显鹏;陈双喜;储炬;庄英萍;张嗣良;王焕章;刘咏梅
5.阿维菌素发酵过程参数相关特性研究及过程优化 [J], 巫延斌; 储消和; 王永红; 储炬; 庄英萍; 张嗣良
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几个重要的间接参数计算公式
(二)、 参数相关基本特性
各种直接参数、间接参数以及手工测定的实
验室参数随着发酵过程的进行而变化,并且参数间
发生某种耦合相关,这种参数相关反映了发酵过程 多尺度(水平)的问题特征。
发酵过程检测参数的特性
所检测到的参数均是动态平衡的结果 检测参数 = 供给 — 消耗 残留基质浓度对代谢的影响 限制性基质的概念
物理参数
温度 压力 功率输入 通气流量 泡沫水平 加料速率 基质 前体 诱导物 培养液重量 培养液体积 生物热 培养液表观 粘度
直接参数
化学参数
成分浓度 糖 氮 前体 诱导物 产物 中间代谢物 金属离子 脱氢酶活力 各种酶活力 细胞内成分 蛋白质 DNA RNA
积累消耗量 基质 酸 碱 消泡剂 细胞量 气泡含量 气泡表面积 表面张力
化学过程:发生某些化学反应的结果
*酸碱加入
∽ pH, 加入某种酸碱物质引起的pH的变化
理化相关
* 搅拌转速、通气流量、罐压力 ∽ 溶解氧 DO
转速↑,气泡↑,气液接触表面积↑,KLa↑,OTR〉OUR,DO↑
理化相关
* 通气流量 ∽ 排气二氧化碳(ECO2 ) * 通气流量 ∽ 溶解二氧化碳(PCO2) ∽pH
生物相关
产生的二氧化碳可以用青霉素产生菌的生长和产物形成的化学 简式来说明: 菌体生长:C6H12O6+NH3+3.3O2+0.06H2SO4 0.42C7.1H13.2O4.4N0.06S+3CO2+4.8H2O 菌体维持:C6H12O6+6O2 6CO2+6H2O 青霉素生产: C6H12O6+(NH4)2SO4 + 0.5O2 + PAA C9H12O4N2S+2CO2+H2O 糖对pH的影响主要从二个方面起作用,一方面,由于糖的 补入,立即被菌体利用形成CO2,溶解的二氧化碳使培养液的pH
h
ECO2 EO2
DO
加糖
加糖
rpm
rpm
碳源限制,临界氧浓度以上 (EO2变化显著)
非碳源限制,临界氧浓度以上 (EO2变化不显著)
h
h
补糖与排气CO2 、pH的关系
青霉素发酵过程,补糖将引起排气CO2浓度 的增加和培养液pH下降,产生的二氧化 碳和pH的变化可用下述简图描述:
加糖
pH ECO2 (h)
带有计算机系统的的生物反应器检 测参数示意图
间接参数
摄氧率( OUR) 二氧化碳生成率( CER) 呼吸商( RQ ) 细胞浓度( X ) 细胞生长速率( Rx) 比生长速率(μ) 细胞得率( Y X/S) 糖利用率 氧利用率 比基质消耗率( u) 前体利用率 产物量( P) 比生产率(υ) 体积氧传递系数( KLa) 功率、功率准数 雷诺数 细胞量 生物热 碳平衡 能量平衡
pH 氧化还原电位 溶解氧浓度 溶解 CO2 浓度 排气 O2 分压 排气 CO2 分压 其他排气成分
生化反应过程中参数检测的复杂性
1)反应器上插入的传感器必须能耐热,经受高温灭 菌; 2)菌体以及其他固体物质极易吸附在传感器的表面, 使一些传感器的使用性能受到影响; 3)生物反应过程往往是耗氧的过程,故在反应器内 通气带来的气泡影响,往往对测量过程会造成干扰; 4)使用在反应器上的传感器,其结构必须防止杂 菌进入和避免产生灭菌死角,因而使传感器结构复 杂或使其检测性能产生变化; 5)生化反应过程中化学成分的分析往往是重要的检 测内容,但对其电信号的转换困难。
高搅拌转速时菌体生长与KLa变化
高转速时的头孢C菌丝形态变化
头孢菌素C发酵过程菌体生长引起的参数变化
头孢菌素C发酵过程菌体生长与产量的关系
金霉素发酵后期发酵液稀化现象
发酵过程中泡沫与KLa的关系
代谢引起的生物相关
通过生物细胞及代谢途径的不同所引起的活性 变化,直接对控制对象特性发生影响。
菌体细胞代谢活性变化而直接引起的某测定参数的变 化,即为代谢特性参数相关。 ----代谢强度的变化 ----代谢途径的变化 ----引起的基质消耗或代谢产物形成的不同 代谢活性变化:环境条件的线性或动力学因素、细胞 内某调节因子引起的代谢流迁移、基因水平的信息流。
发酵过程中补糖策略的实施
发酵过程中以某一营养物质作为限制性基质, 采用营养物流加技术是常用的一种发酵调控策略。 其中以流加糖(淀粉或葡萄糖)是最普遍采用的方 法,归纳起来主要有以下几点理由。 适应生物反应器的供氧能力,控制菌体生长速率与 最大生物量。 在菌体生长期完成后,在细胞水平控制比生长速率, 使菌体酶体系处于最有利于生产的状态,或控制比 生长速率来解决基因水平上的分解代谢产物的阻遏 作用。 低浓度葡萄糖可以降低高浓度时所引起的分解代谢 阻遏作用。
当在28~30℃培养时,利用cI的温
度敏感突变基因的突变体可以产生 有活性阻遏蛋白,阻遏PL,R转录,
细菌大量生长。温度上升到42℃,
造成阻遏蛋白失活,PL,R解除阻遏, 启动外源基因的高效转录和表达, 从而合成大量有价值的外源蛋白。
参数曲线相关分析的优势
从发酵过程多尺度系统理论来看,参数趋势曲 线相关有可能是某一尺度的线性或动力学行为, 也可能是多尺度系统的结构性突变,因此用常 规的单一尺度模式有时就无法解释过程中发生 的许多现象。 虽然这些过程检测大多是环境中的状态或操作 量,但可以通过进一步分析,得到反映分子、 细胞和反应器工程水平的不同尺度问题的联系, 从而实现跨尺度观察和跨尺度操作。
发酵过程参数检测技术要求越来越高
微生物学 生物化学 分子生物学 发酵工艺学 参数检测 (自动或手工检测) 综合性研究:
化学工程
现代控制理论 各种工程开发
在线计算机
定性和定量的描述
工业生产
——随着生物技术的快速发展,生化工程对传感技术、计 算机数据处理的要求越来越高,有望形成新的技术领域
(一)、 发酵过程的参数分类及检测
菌体生长与参数相关
菌体生长时菌量必定增加,由于测定技术的困难,可用菌体干重、 取样离心体积(PMV)、显示粘度、发酵液流出时间等表示。 菌体生长时,OUR与CER发生变化。但是由于OUR与所利用的碳源 的还原度有关,以及与菌体代谢途经密切相关,而CER主要涉及 到碳平衡,所以一般宜以CER与菌体生长相关。 氮源在菌体代谢过程中不能作为能源供应,因此氮源的变化一般 与菌体的维持无关。但是菌体生长时,必需由氮源提供生长所需 的N元素材料。 菌体生长所引起的培养液流变特性的变化,由此而引起反应器混 和传递特性的变化。KLa就是一个反映这种特性的较容易测定的 特征参数。 磷是菌体生长的重要因子,它既是菌体生长时的组成材料又是微 生物进行平衡生长的限制因素之一,因此在培养液中测定总磷或 溶磷含量是必要的,由此可以与其他生长有关的参数相关联。
代谢曲线对照
常规发酵过程分析的缺陷性
分析发酵数据时,通过产品小试研究形成工厂生产的 工艺控制为目标,把重点放在寻找最佳的操作点或某 参数时序变化规律,在方法上主要依据人工经验的试 差法,由此逐渐形成作为生产工艺管理的工艺规程。 ----缺乏机理性认识,有局限性。 发酵过程动力学研究强调了参数趋势曲线的动态性并 采用了过程数学模拟等进行仿真,可进一步总结经验 规律,引入动态优化控制方法,为过程工艺优化研究 提供了内容。 ----强调参数各自的时序变化,缺乏数据时序 变化之间的相关分析
发酵过程的特性
发酵过程多以分批操作形式进行,随着细胞生长 和代谢过程的变化,各种测量参数(自动或手工 实验室测定)随时间的变化而变化,通过对这些 变化进行研究,有可能获得对发酵工艺和过程控 制的有关认识,有利于发酵过程优化。 有必要在计算机辅助下对过程进行时序性综合研 究和分析。 通过这些趋势曲线可以看出检测参数的多样性、 时变性、相关耦合性和不确定性。
发酵过程特性产生的原因
随着菌体生长和基质消耗,过程状态随时间变化的, 因此测量参数的时变性反映了发酵过程的时变系统特 征。 由于发酵过程多容量性和严重非线性特征,表现在过 程测量参数的离散性,主要是细胞代谢对环境因子的 高度敏感性和细胞代谢的不可逆性,有时还表现在基 因水平的启动和表达的影响,输入的初始条件极细微 的差别会产生结果的巨大变化,即发酵过程混沌现象。 由于对上述现象缺乏认识,更无法控制,也就描述为 测量参数的不确定性,应加强有关生物学机理的认识, 才能在产品的工业发酵生产上取得突破性进展。
参数相关耦合的定义
参数耦合相关是指各种直接参数、间接参数 以及实验室手工参数随着发酵过程的进行而 变化,并且参数间发生某种耦合相关。 这种参数相关是生物反应器中物料、能量或 信息传递、转换、以及平衡或不平衡的结果, 其微观因素也许只是发生在基因、细胞或反 应器工程水平的某一个尺度上,但最终会在 宏观过程中有所反映,这就为我们研究生物 反应器中不同尺度的数据关联分析方法提供 了线索。
罐压测量与DO值
常规测量与代谢流方法测量的差异
理化相关(二)
*加油泡沫 ∽ CER, 气泡破裂释放CO2
理化相关
* 搅拌转速 ∽ pH
CO2 释放后pH变化
* 温度↓∽ DO
传感原理 :T↓,OUR↓,DO↑
理化相关的普遍特性
* 理化相关对不同细胞对象具有普遍性,
不因细胞生理活性的变化呈现不同的特 性。 要注意过程数据采集的非同步性引 起的误相关,特别要注意间接参数的变 化产生的对过程研究的误导。
直接参数 通过传感器把非电量变化直接转化为电量变化,
实时地送计算机数据采集。物理参数、化学参数、 生物量参数就地测量(in line)、在线测量(on line)
手工参数:取样后实验室手工测量参数,离线输入。 间接参数:由一些直接参数计算得到的各种反映过程特性的
参数。反映菌体代谢活性、反应器工程特性、反应 器操作特性等。
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