蛋白质二级结构预测精编版

图3.88 SEG搜索的低复杂度序列
18
是指编码这些氨基酸的DNA 序列为低复杂度序列
图3.89 ProDom搜索结果
19
PSI-BLAST搜索结果
20
图3.90 以MSF格式显示比对 (1/2) 21
图3.90 以MSF格式显示比对 (2/2) 22
图3.91 PROF预测结果（普通） 23
Shengwu Jishu
Then click here
PredictProtein (3/6)
9
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PredictProtein (4/6)
10
swjs@ujs.edu.cn 88797059
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PredictProtein (5/6)
11
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第3章 蛋白质序列分析 1
3.1 蛋白质一级结构分析 3.2 蛋白质结构特性分析 3.3 蛋白质功能特性分析 3.4 蛋白质二级结构预测 3.5 蛋白质三级结构预测
164 3.4 蛋白质二级结构预测
2
预测目的：看一看所提交的蛋白质序 列在哪里会形成α-螺旋和β-折叠？
现阶段：准确率不高。
3.4.1 SOPMA
3
网址：http://npsa-pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=npsa_sopma.html
2) Click here.
1) Paste your sequence here.
Example 3-23
4
对下面的蛋白质序列做二级结构预测分析
MLMPKKNRIAIYELLFKEGVMVAKKDVHMPKHPELADKNVPNLHVM KAMQSLKSRGYVKEQFAWRHFYWYLTNEGIQYLRDYLHLPPEIVPA TLRRSRPETGRPRPKGPEGERPARFTRGEADRDTYRRSAVPPGAD KKAEAGAGSATEFQFRGGFGRGRGQPPQ
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14
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预测结果目录
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图3.87 对序列进行PROSITE搜索 17源自文库
蛋白激酶C磷酸化位点 S/T-R/K
酪蛋白激酶II磷酸化位点 S/T--D/E 酪氨酸激酶磷酸化位点 十四烷酰化位点
AA: 氨基酸 OBS_sec: 二级结构的观测值 PROF_sec: 预测的二级结构 Rel_sec: 预测二级结构的可信度 SUB_sec: 预测的二级结构的集合
H: 螺旋 E: 折叠 L: 随机卷曲
O_3_acc: 相对亲水表面的观测值 P_3_acc: 预测的相对亲水表面 (b = 0 ~ 9%, i = 9% ~ 36%, e = 36% ~ 100%) Rel_acc: 预测亲水表面的可信度 SUB_sec: 预测的亲水表面的集合
PROF预测结果（详细）
24
图3.92 球蛋白预测
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Practice
26
把刚才课堂上讲的内容练习一遍。
Summary
27
SOPMA PredictProtein
SOPMA
28
网址：http://npsa-pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=npsa_sopma.html
Result of SOPMA (1/2)
5
Result of SOPMA (2/2)
6
166 3.4.2 PredictProtein (1/6)
7
网址：http://www.predictprotein.org/
Click here
PredictProtein (2/6)
8
swjs@ujs.edu.cn 88797059 88797059
2) Click here.
1) Paste your sequence here.
166 PredictProtein
29
网址：http://www.predictprotein.org/
Click here
PredictProtein (6/6)
12
Study 1
Paste your sequence here.
Then click here.
165
Example 3-24
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对下面的序列进行二级结构预测分析。
MLMPKKNRIAIYELLFKEGVMVAKKDVHMPKHPELADKNVPNLHVM KAMQSLKSRGYVKEQFAWRHFYWYLTNEGIQYLRDYLHLPPEIVPA TLRRSRPETGRPRPKGPEGERPARFTRGEADRDTYRRSAVPPGAD KKAEAGAGSATEFQFRGGFGRGRGQPPQ