分子生物信息学作业实验一
分子生物学试验报告
分⼦⽣物学试验报告分⼦⽣物学实验报告实验⼀真核基因组DNA的制备与分析⼀、实验步骤1、材料处理（1）取0.5cm的⽼⿏尾巴组织块，⽤⽣理盐⽔洗净，剪碎⾄糜状。
（2）将上述组织碎末加⼊盛有500uL裂解液的2mL离⼼管中，37℃⽔浴1h。
2、⽤蛋⽩酶K和苯酚处理细胞裂解液（1）加50uL蛋⽩酶K，温和的将酶混⼊粘滞的溶液中。
（2）将裂解细胞的悬浮液置于55℃⽔浴3h，不时的温和旋动该粘滞溶液，⾄看不到明显的组织块为⽌。
（3）将溶液冷却⾄室温，加500uL的Tris平衡酚，缓慢的来回颠倒离⼼管⾄两相混合形成乳浊液，于室温以5000g离⼼10min，使两相分开。
（4）⽤⼤⼝径移液管将上层粘稠的⽔相移到⼀洁净的离⼼管中，⽤酚重复抽提2次。
（5）第三次酚抽提后，将⽔相移⾄另⼀离⼼管中，于室温加100uL的10M⼄酸铵和1000uL 的⼄醇，转动离⼼管使溶液充分混合，DNA⽴即形成沉淀，通常可⽤吸管将沉淀从⼄醇溶液中移除。
如果DNA沉淀为碎⽚，则与室温离⼼收集。
（6）DNA沉淀⽤70%的⼄醇洗涤，离⼼收集。
将离⼼管于室温下放置实验台上，直⾄⼄醇挥发殆尽。
不要使DNA沉淀完全⼲燥，否则极难溶解。
（7）待沉淀将近透明后加适量的TE溶解DNA，通常需要12-24⼩时使DNA完全溶解，将DNA 溶液存于4℃.3、DNA琼脂糖凝胶电泳检测（1）制备0.6%的琼脂糖凝胶。
（2）取适量DNA样品，与凝胶上样缓冲液混合，加⾄上述凝胶上样孔内。
（3）取适量标准DNA溶液同样加⾄凝胶上样孔内。
（4）电泳，电压为1V/cm，距离以阳极⾄阴极为准。
（5）电泳结束后，将凝胶放⼊含溴化⼄锭（0.5ug/mL）的⽔中室温浸染10min，⽤紫外灯观察凝胶和照相。
⼆、实验结果如上图所⽰，基因组DNA在0.6%琼脂糖凝胶上跑出30kb左右的单⼀条带（λDNA/Hin d III Marker），但有个别组的样没有明显的条带出现。
三、结果分析提取的基因组DNA⽚段只有30kb左右，偏⼩。
生物信息学作业(一)
生物信息学实验作业一1、了解NCBI、DDBJ、EMBL上网的方法自学各网站相关介绍。
答：（1）、NCBI: （National Center of Biotechnology Information，简称NCBI）美国国立生物技术信息中心。
其主页为：。
NCBI 是在NIH的国立医学图书馆（NLM）的一个分支。
NLM是因为它在创立和维护生物信息学数据库方面的经验被选择的，而且这可以建立一个内部的关于计算分子生物学的研究计划。
NCBI的任务是发展新的信息学技术来帮助对那些控制健康和疾病的基本分子和遗传过程的理解。
NCBI有一个多学科的研究小组包括计算机科学家，分子生物学家，数学家，生物化学家，实验物理学家，和结构生物学家，集中于计算分子生物学的基本的和应用的研究。
他们一起用数学和计算的方法研究在分子水平上的基本的生物医学问题。
这些问题包括基因的组织，序列的分析，和结构的预测。
在1992年10月，NCBI承担起对GenBank DNA序列数据库的责任。
NCBI 受过分子生物学高级训练的工作人员通过来自各个实验室递交的序列和同国际核酸序列数据库（EMBL和DDBJ）交换数据建立起数据库。
同美国专利和商标局的安排使得专利的序列信息也被整合。
BLAST是一个NCBI开发的序列相似搜索程序，还可作为鉴别基因和遗传特点的手段。
BLAST能够在小于15秒的时间内对整个DNA数据库执行序列搜索。
NCBI提供的附加的软件工具有：开放阅读框寻觅器（ORF Finder），电子PCR，和序列提交工具，Sequin和BankIt。
所有的NCBI数据库和软件工具可以从WWW 或FTP来获得。
NCBI还有E-mail服务器，提供用文本搜索或序列相似搜索访问数据库一种可选方法。
主要任务：（1）建立关于分子生物学，生物化学，和遗传学知识的存储和分析的自动系统（2）实行关于用于分析生物学重要分子和复合物的结构和功能的基于计算机的信息处理的，先进方法的研究（3）加速生物技术研究者和医药治疗人员对数据库和软件的使用。
分子生物学实验报告
分子生物学实验报告分子生物学实验报告引言分子生物学是一门研究生物大分子结构、功能和相互作用的学科，通过实验手段揭示生命现象的分子机理。
本实验旨在探究DNA复制过程中的关键步骤，以及RNA转录和蛋白质翻译的基本原理。
实验一：DNA复制DNA复制是细胞分裂过程中必不可少的步骤，它保证了遗传信息的传递和维持。
本实验通过模拟DNA复制过程，研究DNA复制酶的作用和复制的准确性。
材料：- DNA模板- DNA聚合酶- 引物- dNTPs- 缓冲液方法：1. 准备反应体系，包括DNA模板、DNA聚合酶、引物、dNTPs和缓冲液。
2. 在适当的温度下，将反应体系放入PCR仪中进行反应。
3. 取样并进行凝胶电泳分析，观察DNA复制产物。
结果：通过凝胶电泳分析，我们观察到DNA复制产物的出现。
这表明DNA聚合酶能够在模板DNA上合成新的DNA链，并且复制的过程较为准确。
讨论：DNA复制的准确性是生命传递遗传信息的基础。
DNA聚合酶具有校正功能，能够识别和修复错误的碱基配对。
这种精确性保证了基因组的稳定性和可靠性。
实验二：RNA转录RNA转录是将DNA信息转录成RNA的过程，它是基因表达的第一步。
本实验旨在研究RNA转录的机制和调控。
材料：- DNA模板- RNA聚合酶- 引物- NTPs- 缓冲液方法：1. 准备反应体系，包括DNA模板、RNA聚合酶、引物、NTPs和缓冲液。
2. 在适当的温度下，将反应体系放入PCR仪中进行反应。
3. 取样并进行凝胶电泳分析，观察转录产物。
结果：凝胶电泳分析显示出RNA转录产物的出现。
这表明RNA聚合酶能够在DNA模板上合成RNA链。
讨论：RNA转录是基因表达的第一步，它决定了细胞内特定基因的表达水平。
RNA聚合酶通过与DNA模板的互作用，选择性地合成特定的RNA链。
这种选择性转录是基因调控的关键。
实验三：蛋白质翻译蛋白质翻译是将RNA信息翻译成蛋白质的过程，它是生物体内蛋白质合成的关键步骤。
生物信息学,实验一
实验一文献检索和浏览各大生物分子数据库一、实验目的1、学习文献检索方法2、了解生物信息学常用数据库的结构二、实验内容本实验通过登陆GenBank、EMBL、DDBJ三个国际上权威的核酸序列数据库、GDB基因组数据库、人类基因组数据库Ensembl、表达序列标记数据库dbEST、序列标记位点数据库dbSTS，以及PIR、SWISS-PROT、TrEMBL蛋白质序列数据库、蛋白质数据仓库UniProt、生物大分子数据库 PDB等，了解各数据库的结构，。
三、实验仪器、设备及材料计算机（联网）四、实验原理建立生物分子数据库的动因是由于生物分子数据的高速增长，而另一方面也是为了满足分子生物学及相关领域研究人员迅速获得最新实验数据的要求。
生物分子信息分析已经成为分子生物学研究必备的一种方法。
数据库及其相关的分析软件是生物信息学研究和应用的重要基础，也是分子生物学研究必备的工具。
国际上权威的核酸序列数据库有三个，分别是美国生物技术信息中心（NCBI）的GenBank （/web/Genbank/index/html）、欧洲分子生物学实验室的EMBL-Bank（简称EMBL，/embl/index/html）及日本遗传研究所的DDBJ （http://www.ddbj.nig.ac.jp/）。
三个数据库中的数据基本一致，仅在数据格式上有所差别，对于特定的查询，三个数据库的响应结果一样GDB（/）是一个出现较早的基因组数据库。
目前GDB包含对下述三种对象的描述：（1）人类基因组区域，包括基因、克隆、PCR标记物、断点、细胞遗传学标记、易碎位点、 EST、综合区域、contigs、重复等；（2）人类基因组图谱，包含细胞遗传学图谱、连接图谱、辐射混合图谱、contig 图谱、集成图谱，所有这些图谱都可以被直观地显示出来；（3）人类基因组中的变化，包括基因突变和基因多态性，加上等位基因频率数据。
Ensembl (/）是一个综合性基因组数据库，Ensembl包括所有公开的人类基因组DNA序列，通过注释形成的关于序列的特征。
分子生物学实验3篇
分子生物学实验第一篇：PCR技术在分子生物学中的应用PCR（聚合酶链式反应）是分子生物学中一项广泛应用的技术，被用于DNA的扩增和检测。
PCR技术已经成为了分子生物学和生物医学研究的基础技术之一。
PCR技术被广泛的应用于遗传学、人类学、医学研究、植物学和动物学研究等各领域。
PCR技术的基本原理是：通过提取DNA，将DNA特异性引物与模板DNA相结合，利用热稳定DNA聚合酶和四种脱氧核苷酸为反应体系提供能量，使其在一定条件下循环扩增目标DNA片段。
通过PCR扩增后的DNA片段可以进行进一步的分析和检测。
PCR技术的扩增具有明显的优势，可同时扩增不同长度的DNA片段，扩增时间短，扩增的精度和重复性高，且所需的样本量小。
PCR技术在分子诊断、基因组学和分子系统学等领域的应用不断扩展和深化。
随着PCR技术的不断发展，PCR在分子生物学研究中的应用越来越广泛，成为分子生物学研究的重要工具。
第二篇：RNA干扰技术在分子生物学中的应用RNA干扰（RNAi）是分子生物学中一种重要的现象，其中小分子RNA片段通过RNAi途径参与靶基因的沉默和调节。
RNAi技术是人类基因功能研究中最具前途的一种技术之一。
RNA干扰技术的基本原理是通过利用RNAi分子的特异性配对功能，引导RNAi分子与靶基因mRNA相结合，导致mRNA的降解和翻译的抑制，实现对基因表达的调控。
RNA干扰技术在分子生物学研究中有广泛的应用，如：功能基因的筛选、基因表达调节、基因功能验证等。
RNA干扰技术具有多种优点，如高效性、特异性强、节约时间、资源和成本等方面的优势，逐步成为生命科学研究中的重要工具。
在研究过程中，RNA干扰技术常用于寻找分子病理学中新的治疗靶点，鉴定靶点基因和靶点蛋白，为新药物的开发和临床治疗提供了重要的理论和实验基础。
第三篇：基因克隆技术在分子生物学中的应用基因克隆技术始于20世纪70年代，是指将DNA分子导入到载体中，使其在细胞中进行表达的过程。
分子生物学实验
实验一基因组DNA的提取1.实验目的：基因组DNA的提取通常用于构建基因组文库、Southern杂交（包括RFLP）及PCR分离基因等。
通过本实验熟悉不同生物的基因组DNA提取原理和方法，并具备根据不同材料调整提取液成分以获得高质量DNA的能力。
2.实验原理利用基因组DNA较长的特性，可以将其与细胞器或质粒等小分子DNA分离。
加入一定量的异丙醇或乙醇，基因组的大分子DNA即沉淀形成纤维状絮团飘浮其中，可用玻棒将其取出，而小分子DNA则只形成颗粒状沉淀附于壁上及底部，从而达到提取的目的。
在提取过程中，染色体会发生机械断裂，产生大小不同的片段，因此分离基因组DNA时应尽量在温和的条件下操作，如尽量减少酚/氯仿抽提、混匀过程要轻缓，以保证得到较长的DNA。
一般来说，构建基因组文库，初始DNA长度必须在100kb以上,否则酶切后两边都带合适末端的有效片段很少。
而进行RFLP和PCR分析，DNA长度可短至50kb，在该长度以上，可保证酶切后产生RFLP片段（20kb以下），并可保证包含PCR所扩增的片段（一般2kb以下）。
不同生物（植物、动物、微生物）的基因组DNA的提取方法有所不同，不同种类或同一种类的不同组织因其细胞结构及所含的成分不同，分离方法也有差异。
在提取某种特殊组织的DNA时必须参照文献和经验建立相应的提取方法，以获得可用的DNA大分子。
尤其是组织中的多糖和酶类物质对随后的酶切、PCR反应等有较强的抑制作用，因此用富含这类物质的材料提取基因组DNA时，应考虑除去多糖和酚类物质。
材料植物愈伤组织，真菌菌丝，细菌培养液。
设备微量移液器，冷冻高速离心机，台式高速离心机，水浴锅，陶瓷研钵，50ml离心管（有盖）及5ml 和1.5ml离心管，弯成钩状的小玻棒。
试剂1.尿素提取液(7 mol /L Urea、50 mm ol /L Tris-HC l pH 8.0、62.5mmol /L NaCl、1% SDS )2.CTAB 提取液( 0.1 m ol /L Tris.HCl pH 7.5、1.5% CTAB、0.7 m o l /L NaCl、10 mm ol /LED TA) ，用前加入1%β-巯基乙醇3.CTAB/NaCl溶液：4.1g NaCl溶解于80ml H2 O,缓慢加入10g CTAB,加水至100ml。
分子生物学实验报告全解(有图有真相)
分子生物学实验报告慕蓝有志班梦想学院目录实验一细菌的培养 (2)实验二质粒DNA的提取 (4)实验三琼脂糖凝胶电泳法检测DNA (7)实验四质粒DNA酶切及琼脂糖电泳分析鉴定 (9)实验五聚合酶链反应（PCR）技术体外扩增DNA (11)实验六植物基因组DNA提取、酶切及电泳分析 (14)实验七RNA分离与纯化 (17)实验八RT-PCR扩增目的基因cDNA (19)实验九质粒载体和外源DNA的连接反应 (21)实验十感受态细胞的制备及转化 (23)实验十一克隆的筛选和快速鉴定 (25)实验十二地高辛标记的Southern杂交 (27)实验十三阿拉伯糖诱导绿色荧光蛋白的表达 (31)思考题 (32)分子实验心得总结 (33)实验一细菌的培养一、目的学习细菌的培养方法及培养基的配置。
二、原理在基因工程实验和分子生物学实验中，细菌是不可缺少的实验材料。
质粒的保存、增殖和转化；基因文库的建立等都离不开细菌。
特别是常用的大肠杆菌。
大肠杆菌是含有长约3000kb的环状染色体的棒状细胞。
它能在仅含碳水化合物和提供氮、磷和微量元素的无机盐的培养基上快速生长。
当大肠杆菌在培养基中培养时，其开始裂殖前，先进入一个滞后期。
然后进入对数生长期，以20~30min复制一代的速度增殖。
最后，当培养基中的营养成分和氧耗尽或当培养基中废物的含量达到抑制细菌的快速生长的浓度时，菌体密度就达到一个比较恒定的值，这一时期叫做细菌生长的饱和期。
此时菌体密度可达到1×109~2×109/mL。
培养基可以是固体的培养基，也可以是液体培养基。
实验室中最常用的是LB培养基。
三、实验材料、试剂与主要仪器（一）实验材料大肠杆菌（二）试剂1. 胰蛋白胨2. 酵母提取物3. 氯化钠4. 1mol/L NaOH5. 琼脂粉6. 抗生素（氨苄青霉素、卡那霉素等）（三）仪器1. 培养皿2. 带帽试管3. 涂布器4. 灭菌锅5. 无菌操作台（含酒精灯、接种环、灭菌牙签等）6. 恒温摇床四、操作步骤（一）LB培养基的配制配制每升培养基，应在950m1去离子水中加入：细菌培养用胰蛋白胨10g细菌培养用酵母提取物5gNaCl 10g摇动容器直至溶质完全溶解，用1mol/L NaOH调节pH位至7.0。
生物信息学作业1.doc
生物信息学实验作业试验一一．找到编码拟南芥（arabidopsis）phyA（光敏色素A）基因的核酸序列编号, 并记录查找过程。
GI：224576211步骤1．进入NCBI主页2．搜索arabidopsis phyA3．Arabidopsis thaliana phytochrome A (PHYA) gene, partial cds4．VERSION：GI：224576211二．以phyA为检索词，在pubmed数据库中分别检索在题目和关键词字段中含有该检索词的文献，记录检索出的条目数目。
Results: 614三．仔细阅读所查询核酸序列在NCBI和EMBL数据库中格式的解释，理解各字段的含义，并比较NCBI 与EMBL中序列格式的异同。
实验二一．分析你感兴趣核酸序列的分子质量、碱基组成。
Composition 35 A; 25 C; 35 G; 15 T; 0 OTHERPercentage: 32% A; 23% C; 32% G; 14% T; 0%OTHERMolecular Weight (kDa): ssDNA: 34.26 dsDNA: 67.8二．列出你所分析核酸序列（或部分序列）的互补序列、反向序列、反向互补序列、DNA双链序列和RNA 序列。
R S1 ACTACTCGAG AAGCAGCGAC AGAGGCGTTA GCCCGCTCAG CAGACTGGCA GTTCTCTACC61 GACAAAAAAG AGGTAGGAGG CACAGTAATG ATACAGGCGT AGCAGGAGGGC S1 CCCTCCTGCT ACGCCTGTAT CATTACTGTG CCTCCTACCT CTTTTTTGTC GGTAGAGAAC61 TGCCAGTCTG CTGAGCGGGC TAACGCCTCT GTCGCTGCTT CTCGAGTAGTR C S1 TGATGAGCTC TTCGTCGCTG TCTCCGCAAT CGGGCGAGTC GTCTGACCGT CAAGAGATGG61 CTGTTTTTTC TCCATCCTCC GTGTCATTAC TATGTCCGCA TCGTCCTCCCD DNA S1 GGGAGGACGA TGCGGACATA GTAATGACAC GGAGGATGGA GAAAAAACAG CCATCTCTTGCCCTCCTGCT ACGCCTGTAT CATTACTGTG CCTCCTACCT CTTTTTTGTC GGTAGAGAAC61 ACGGTCAGAC GACTCGCCCG ATTGCGGAGA CAGCGACGAA GAGCTCATCATGCCAGTCTG CTGAGCGGGC TAACGCCTCT GTCGCTGCTT CTCGAGTAGTRNA S1 GGGAGGACGA UGCGGACAUA GUAAUGACAC GGAGGAUGGA GAAAAAACAG CCAUCUCUUG61 ACGGUCAGAC GACUCGCCCG AUUGCGGAGA CAGCGACGAA GAGCUCAUCA三.列出核酸序列的限制性酶切位点分析结果（酶及识别位点）。
生物信息学实验一
生物信息学实验一简介：生物信息学实验一是生物信息学实验课程的第一部分，旨在介绍生物信息学的基本概念、工具和技术，以及生物信息学在生物学研究中的应用。
本实验将引导学生通过实际操作，学习并掌握生物信息学的基本原理和操作技巧。
实验设备和材料：- 计算机或笔记本电脑- 生物信息学软件（例如NCBI BLAST、UCSC Genome Browser等）- 相关数据库和工具（例如GenBank、KEGG等）实验目的：1. 了解生物信息学的基本概念和应用领域；2. 学习生物信息学的常用工具和技术；3. 掌握生物序列分析、基因注释和比对等基本操作；4. 学会使用生物信息学软件和数据库进行数据查询和分析；5. 培养科学研究的数据处理和解读能力。
实验步骤：1. 确定研究对象：选择一个感兴趣的生物学问题或基因序列进行研究。
2. 数据获取：使用生物信息学工具和数据库，获取与研究对象相关的生物序列数据。
3. 序列分析：使用生物信息学软件对序列数据进行分析，包括碱基组成、氨基酸序列、启动子分析等。
4. 基因注释：通过比对算法和数据库，对序列进行基因功能注释，确定基因的命名、结构和功能信息。
5. 比对分析：使用比对工具进行序列比对，比较两个或多个序列之间的相似性和差异性。
6. 数据解读：根据分析结果，结合相关文献和知识，对实验数据进行解读和分析，得出科学结论。
实验注意事项：1. 在进行实验前，先了解所要使用的工具和软件的基本操作方法和原理；2. 实验过程中注意数据安全和保密，不得将数据泄露或用于非科研目的；3. 在进行数据分析和解读时，务必准确、客观地进行，不得造假或歪曲实验结果；4. 注意数据的备份和存储，以防止数据丢失或损坏；5. 尊重他人的研究成果和知识产权，合理引用和参考相关文献。
实验结果与讨论：本实验所得的结果可以根据具体的研究对象和实验数据来展开讨论和分析。
例如，如果研究对象是某个基因序列，可以讨论其结构和功能，与其他基因的关联性，以及在哪些生物过程中有重要作用等。
分子生物学实验1
送测序及生物信息学分析
转化大肠杆菌DH5a 转化大肠杆菌
PCR检测筛选阳性转化子 PCR检测筛选阳性转化子
实验概况
实验时间：12月4日——12月8日 实验分工： 记录：陈倩 操作：米热、陈倩、李明惠、田江、上官俊红 每次实验前讨论，各有分工，实验中协调有序， 互帮互助
提取甘薯总RNA 提取甘薯总
反转录成cDNA第一链 反转录成 第一链 PCR扩增目的基因 扩增目的基因
关键： 关键：按顺序加液，并且每次都加到液面下 过程： 过程：变性——退火——延伸（循环）——电泳 泳 试剂： MiniQ H2O 10×PCR buffer 25mM MgCl2 试剂： 10mM dNTP mix 引物1(10µM) F-ADK 引物2(10µM) R-ADK Taq(2 to 5 units/ul) 模板（cDNA 结果： 结果：见图（无条带） 分析： 分析：点样少、模板浓度低，扩增的量少。
大肠杆菌感受态制备、 大肠杆菌感受态制备、转化
方法： 方法：CaCl2法 关键：是否将沉淀吹打混匀，水浴加热的时间。无 菌操作。 过程：接种——震荡过夜——离心——吹打混匀— —静置——离心——静置（2-7小时）——融化—— DNA与感受态细胞混匀——水浴加热——静置—— 加LB——复苏——离心——涂布——倒置培养—— 挑菌落。 试剂：LB液体培养基 分析： 分析： CaCl2 结果： 结果：见图（数量很少，无菌落重叠）
总RNA
提取甘薯总RNA▲
PCR—ADK
反转录成cDNA第一链
Байду номын сангаас
菌 落
▲大肠杆菌感受态制备
DNA
▲DNA的提取与检测
ADK菌检 菌检
实验小插曲
加氯仿振荡后离心，离心前清液在底层，离心后 未见分层； 摇匀后重新离心，离心后溶液分层，但上清液是 黄绿色； 摇匀后第三次离心，离心后分层成功。 为什么呢？？？ 与我们组有同样情况的第二组和我们都使用的是旋 涡仪振荡，其他小组使用手动摇匀。
生物信息学实验一
生物信息学实验一生物信息学实验一: DNA序列比对一、引言DNA序列比对是生物信息学中的基础操作之一。
DNA序列比对可以通过比较两个或多个DNA序列之间的相似性和差异性，进而揭示序列之间的进化关系、基因功能以及潜在的生物学意义。
本实验旨在介绍DNA序列比对的基本原理、常见比对工具以及实验操作步骤。
二、实验原理1. 基本原理DNA序列比对是指将两个或多个DNA序列在相同参考框架下进行对比，以确定序列之间的相似性和差异性。
基于比对结果，可以推断序列中的保守区域、突变位点、插入缺失等信息。
2. 比对方法常见的DNA序列比对方法包括全局比对和局部比对。
全局比对适用于两个序列长度相似且整体结构相似的情况，例如比对同一基因的两个亚型。
而局部比对适用于两个序列之间存在较大差异的情况，例如比对基因组中的编码区域。
3. 比对工具生物信息学领域中有许多常用的DNA序列比对工具，如BLAST （Basic Local Alignment Search Tool）、ClustalW和MUSCLE等。
每个工具都有其独特的优势和适用范围，根据具体的研究目的和样本特点选择合适的比对工具。
三、实验步骤1. 收集序列数据在进行DNA序列比对实验前，首先需要收集待比对的DNA序列数据。
可以从公共数据库（如GenBank）或实验室已有的数据中获取所需序列，并保存为FASTA格式。
2. 选择比对工具根据比对的目的和序列特点，选择合适的比对工具。
例如，对于全局比对，可以选用BLAST工具；对于局部比对，可以选择ClustalW或MUSCLE工具。
3. 导入序列数据将收集到的DNA序列导入所选择的比对工具中。
一般来说，比对工具能够接受FASTA格式的输入。
确保正确导入所有待比对的序列，并设置比对参数。
4. 进行比对运行选定的比对工具，开始进行DNA序列比对。
比对过程可能需要花费一定的时间，具体时间取决于比对工具的算法和序列的长度。
5. 分析比对结果比对完成后，可以获取比对结果。
分子生物学实验一二报告
分子生物学实验一二报告实验一：DNA提取引言：DNA提取是分子生物学实验中的基础实验，通过提取DNA我们可以进一步进行分子生物学上的一系列实验。
DNA提取的目的是从细胞中分离出DNA，常用于构建基因库、PCR扩增等实验。
材料与方法：1.取一定数量的细胞样本，如细菌、植物、动物组织等。
2.加入细胞裂解缓冲液，将细胞破裂释放DNA。
3.加入蛋白酶K以降解蛋白质。
4.加入酒精使DNA沉淀，并用无菌纯水洗涤DNA沉淀。
5. 用Tris-EDTA缓冲液溶解DNA。
6.用紫外可见光谱仪检测DNA浓度和纯度。
结果与讨论：通过以上步骤，我们成功地从细胞中提取出了DNA。
观察到DNA溶液呈现典型的黄绿色，说明DNA浓度较高。
利用紫外可见光谱仪检测DNA的浓度和纯度，结果显示DNA浓度为2μg/μL，纯度（A260/A280）为1.8，表明提取的DNA质量良好。
实验二：PCR扩增引言：PCR全称聚合酶链式反应，是一种快速、特异性并且高灵敏度的DNA扩增技术。
PCR可以扩增出目标DNA的大量复制品，常用于基因克隆、基因突变分析等实验。
材料与方法：1.准备PCR反应体系，包括目标DNA，引物，聚合酶、缓冲液及dNTPs。
2.将反应体系加入PCR仪中，设置好反应条件（温度、时间）。
3.进行PCR扩增反应。
4.用琼脂糖凝胶电泳检测PCR产物。
结果与讨论：通过PCR扩增反应，我们成功得到了目标DNA的扩增产物。
在琼脂糖凝胶电泳中观察到明显的目标DNA条带，且相对应的分子量与预期一致。
这表明PCR扩增反应成功地复制出了目标DNA，并得到纯净的PCR产物。
结论：通过DNA提取实验，我们成功地从细胞中提取出了DNA，并通过PCR扩增技术得到了目标DNA的扩增产物。
这些结果验证了我们实验的有效性，并为后续的分子生物学研究奠定了基础。
附注：以上报告仅为示例，实际报告应根据具体实验结果和实验目的进行撰写。
生物信息学作业实验
广州大学学生实验报告开课学院及实验室：生命科学学院计机楼407 2013年11月 29日1页MEPKRIREGYLVKRGSVFNTWKPMWVVLLEDGIEFYKKKSDNSPKGMIPLKGSTLTSPCQDFGKRMFVFK ITTTKQQDHFFQAAFLEERDSWVRDTKKAIKCIEGGQKFARKSTRRSIRLPETVDLGALYLSMKDIEKGI>MOUSEMEPKRIREGYLVKKGSVFNTWKPMWVVLLEDGIEFYKKKSDNSPKGMIPLKGSTLTSPCQDFGKRMFVLK ITTTKQQDHFFQAAFLEERDAWVRDIKKAIKCIEGGQKFARKSTRRSIRLPETIDLGALYLSMKDPEKGI>CanisMEPKRIREGYLVKRGSVFNTWKPMWVVLLEDGIEFYKKKSDNSPKGMIPLKGSTLTSPCQDFGKRMFVFK ITTTKQQDHFFQAAFLEERDSWVRDTKKAIKCIEGGQKFARKSTRRSIRLPETVDLGALYLSMKDIEKGI>Gallus gallusMEREPMRIREGYLVKKGSMFNTWKPMWVVLLEDGIEFYKRKSDNSPKGMIPLKGSTINSPCQDFGKRMFV FKLTAAKQQDHFFQASYLEERDAWVRDIKKAIQCIDGGQRFARKSTRKSIRLPETINLSALYLSMKDPEK>Danio rerioMEPTTIREGYLVKKGTVLNSWKAVWVVLKDDAIEFFKKKTDRNAKGMIPLKGATLTSPCQDFSKRALVFK VSTAKNQDHYFQATHLEEREHWVKDIRRAITCLQGGKKFARKSTRRSIRLPESVNLSELYVCMKDPDRGV>chimpanzeeMEPKRIREGYLVKRGSVFNTWKPMWVVLLEDGIEFYKKKSDNSPKGMIPLKGSTLTSPCQDFGKRMFVFK ITTTKQQDHFFQAAFLEERDAWVRDMKKAIKCIEGGQKFARKSTRRSIRLPETIDLGALYLSMKDTEKGI3、以上构建系统进化树的方法为N-J法，请总结采用蛋白质序列构建系统进化树与采用DNA序列构建系统进化树所选用的程序的区别。
分子生物学实验技术
《分子生物学实验技术》实验报告实验一碱裂解法小量提取质粒DNA一、实验原理二、在碱性环境中, 细菌膜破裂释放内容物。
染色体DNA变性分开, 而质粒DNA虽变性但仍处于缠绕状态。
将pH调至中性并有高盐存在及低温的条件下, 染色体DNA.大分子量的RNA和蛋白质在SDS的作用下形成沉淀, 而质粒DNA仍然为可溶状态。
通过离心, 可除去大部分细胞碎片、染色体DNA.RNA及蛋白质, 最后用酚、氯仿抽提纯化得到质粒DNA。
三、操作步骤主要步骤1.细菌的培养2.细菌的收集和裂解3.质粒DNA的分离和纯化4.质粒的鉴定具体操作如下:1.取1.5 ml过夜菌液于EP管中, 12 000 r/min离心1min, 弃去上清液。
2.加100 μl 溶液Ⅰ, 剧烈震荡使菌体悬浮均匀, 室温放置5min 。
3.加200 μl 溶液Ⅱ（现配现用）, 轻柔颠倒混匀4~6次, 室温放置5min 。
4.加150μl预冷溶液Ⅲ, 轻柔颠倒混匀4~6次, 冰上放置10分钟。
5. 12 000 r/m离心10 分钟(如果上清液仍然浑浊, 可将上清液移出, 再次离心5分钟）。
6.吸出上清液，加2.5倍体积的无水乙醇，混匀，室温放置10分钟，12 000r/min离心10分钟，沉淀DNA 。
7.弃上清，挥干，所得DNA溶于30μlddH2O中，用于后续试验。
三、实验结果获取极少量白色固体, 主要为DNA, 也不排除有蛋白质等杂质, 但是不影响后续实验的继续进行。
实验二氯化钙法进行质粒转化及筛选一、实验原理细菌处于0 ℃, 在CaCl2低渗溶液中, 菌体细胞膨胀成球形, DNA则与CaCl2形成抗Dnase的羟基－磷酸钙复合物粘附于细胞表面, 经42 ℃短时间热冲击处理, 促进细胞吸收DNA复合物, 在丰富培养基上生长数小时后, 球状细胞复原并分裂增殖, 重组子的基因在被转化的细菌中得到表达, 在选择性培养基平板上, 可选出所需的转化子。
分子生物学实验
实验一CTAB法制备植物DNA一、实验目的通过本实验学习从植物组织中提取DNA的方法。
二、实验原理利用液氮对植物组织进行研磨，从而破碎细胞。
细胞提取液含有的CTAB溶解膜蛋白而破坏细胞膜，使蛋白质变性而沉淀下来。
EDTA抑制DNA酶的活性。
再用氯仿或苯酚抽提的方法去除蛋白，得到的DNA溶液经异丙醇沉淀。
三、仪器、材料与试剂（一）仪器1.台式离心机2.水浴锅3.摇床（二）材料与试剂1.2× CTAB缓冲液： 50 mmol/L Tris-HCl(pH8.0)0.7 mol/L NaCl10 mmol/L EDTA(pH8.0)1％CTAB20mmol/L 2-巯基乙醇(用前加入)2.异丙醇3.乙醇4.氯仿：异戊醇（24：1）5.5ml离心管和吸头6.研钵四、实验步骤：1.把已加入巯基乙醇的CTAB提取液放入65o C水浴中预热。
2.取10g-50g新鲜叶片，最好是嫩叶。
3.将叶片在无菌水下洗涤，吸干，放入液氮中冻结。
用研钵和研杵研成粉状，迅速加到1.5ml的试管中，大概试管的1/3-2/3。
4.在装有磨碎叶片的试管中加入0.5ml预热的CTAB，轻轻混匀，然后在65o C水浴中温育40分钟左右，不时混匀。
5.用等体的24：1的三氯甲烷/异戊醇抽提匀浆液（在水浴过的试管中加入等体积的24：1），在摇床上摇荡20分钟。
6.10000转/min下离心15分钟，取上清液。
7.再加等体积的24：1，再摇荡10分钟，10000转/min下离心15分钟，取上清液。
8.加等体积的异丙醇（冷）沉淀DNA，加入时注意速度稍快一点。
9.将絮状DNA挑出用70%乙醇洗涤2次，再用无水乙醇洗1次。
10.如果DNA量少，可8000转/min下离心5分钟。
11.将DNA风干，加无菌水溶解。
置于4o C或-20o C冰箱中储存备用。
实验二植物DNA的SSR扩增一、实验目的通过本实验学习、掌握植物DNA的SSR扩增的基本原理和方法。
分子生物学实验报告
分子生物学实验报告 IMB standardization office【IMB 5AB- IMBK 08- IMB 2C】分子生物学实验报告专业：******班级：***指导老师：**学生姓名：***目录：实验一质粒DNA的小量制备实验二DNA的含量、纯度与分子量的电泳法测定实验三感受态细胞的制备及转化实验四PCR扩增技术与琼脂糖凝胶电泳检测分子生物学基础实验分子生物学实验技术已成为生物化学及分子生物学以及相关学科院系教学科研不可缺少的一部分。
为提高学生在分子生物学技术方面的动手能力，生物技术综合实验室主要开设常用而基本的分子生物学实验技术。
它的内容包括质粒DNA的制备；DNA的重组；PCR基因扩增等等。
实验一质粒DNA的小量制备一、实验原理要把一个有用的外源基因通过基因工程手段，送进细胞中去进行繁殖和表达，需要运载工具，携带外源基因进入受体细胞的这种工具就叫载体（vector）。
载体的设计和应用是DNA体外重组的重要条件。
作为基因工程的载体必须具备下列条件:(1)是一个复制子，载体有复制点才能使与它结合的外源基因复制繁殖；（2）载体在受体细胞中能大量增殖，只有高复制率才能使外源基因在受体细胞中大量扩增；（3）载体DNA链上有1到几个限制性内切酶的单一识别与切割位点，便于外源基因的插入；（4）载体具有选择性的遗传标记，如有抗四环素基因（Tc r），抗新霉素基因（Ne r）等，以此知道它是否已进入受体细胞，也可根据这个标记将受体细胞从其他细胞中分离筛选出来。
细菌质粒具备上述条件，它是基因工程中常用的载体之一。
质粒（plasmid）是一种染色体外的稳定遗传因子，大小在1～120kb之间，具有双链闭合环状结构的DNA分子，主要发现于细菌、放线菌和真菌细胞中。
质粒具有自主复制和转录能力，能使子代细胞保持它们恒定的拷贝数，可表达它携带的遗传信息。
它可独立游离在细胞质内，也可以整合到细菌染色体中，它离开宿主的细胞就不能存活，而它控制的许多生物学功能也是对宿主细胞的补偿。
改 分子生物学实验-实验操作1
5.向离心管中加入350µl溶液P3，立即温和地上下翻转6-8次， 充分混匀，此时将出现白色絮状沉淀。12,000rpm离心 10min，此时在离心管底部形成沉淀。 注意：P3加入后应立即混匀，避免产生局部沉淀。如果上清 中还有微小白色沉淀，可再次离心后取上清。 6.将上一步收集的上清液用移液器转移到吸附柱CP3中（吸附柱 放入收集管中），尽量不要吸出沉淀。12,000rpm离心3060s，倒掉收集管中的废液，将吸附柱CP3放入收集管中。 7.向吸附柱CP3中加入600µl漂洗液PW，12,000rpm离心3060s，倒掉收集管中的废液，将吸附柱CP3放入收集管中。 8.向吸附柱CP3中加入600µl漂洗液PW，12,000rpm离心3060s，倒掉收集管中的废液。
42℃热激转化90s 42℃热激转化90s
CaCl2 法制备E.Coli JM109 感受态细胞
37℃温柔孵育45min 37℃温柔孵育45min
涂布平板
37℃ 37℃过夜倒置培养
实验流程: 实验流程: 第三天 1PM-5PM 1PM-
观察阳性对照组 菌落生长情况
观察实验组菌 落生长情况
观察阴性对照组 菌落生长情况
观察空菌对照组 菌落生长情况
统计菌落数量
统计蓝斑，白斑 统计蓝斑， 菌落数量
有无菌落
统计菌落数量
计算感受态细胞 转化效率
挑取1 挑取1白色单菌落
37℃ 37℃液体培养基 过夜培养
实验流程: 实验流程: 第四天 8AM-5PM 8AM提取质粒DNA 提取质粒DNA
浓度1%琼脂糖凝胶电泳 浓度1%琼脂糖凝胶电泳 1%
37℃酶切反应3小时。
Hybrid site
培养基配制
LB液体培养基 每1L配量： • 蛋白胨 10g • 酵母提取物 5g • 氯化钠 5g • 滴加0.2mL 5mol/L NaOH ，调节pH值至7.0 LB固体培养基: 每100ml液体培养基添加1.5g琼脂 每组准备： 3个30ml 120ml
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实验一生物信息学数据库及信息检索
姓名：##### 学号：###### 班级：######
一：实验目的
1：了解NCBI、EMBL、SWISS-PROT、PDB数据库。
2：了解NCBI、EMBL数据库的检索系统ENTREZ、SRS，并掌握文献、序列的快速
高效检索方法。
二：实验内容及操作步骤
1.登陆NCBI、EMBL、SWISS-PROT、PDB数据库主页，打开数据库的SITE MAP页面，了解各数据库的结构和主要内容。
网址:NCBI: EMBL:
SWISS-PROT: /sprot/ PDB: /pdb/
2. 使用Entrez信息查询系统检索文献，并阅读感兴趣文献的摘要或全文。
2.1调用Internet浏览器并在其地址栏输入Entrez网址(/Entrez) ―进入NCBI主页―进入Entrez Home
页面选择pubmed文献数据库―在Search后的输入栏中选择Pubmed―在输
入栏内输入关键词Avian Influenza/Bird Flu―点击go查询。
统计查询结果，并阅读感兴趣文献的摘要或全文。
练习使用AND, OR, BUT逻辑词来限定关键词，
如Bird Flu AND human cases 等查询人感染禽流感的相关记录，比较查询结果。
2.2 学习使用limits等限制字段查询方式，检索与禽流感相关的文献，并统计
检索结果。
比较不同检索方式的查询效率。
2.2.1进入Entrez Home页面―选择Pubmed文献数据库―点击limits，进入与Pubmed有关的限制字段设置―如选择Title等不同字段，及限制期刊类型，作
者等进行查询。
2.2.2 Preview（搜索结果预览）/Index（索引词表检索）的应用。
所谓的索引
词表检索是当你选定查询字段并键入检索词如Bird Flu时―点击Index―这时
返回一个在该字段中的以“Bird Flu”开始的索引词表窗口，后面括弧中的数字
代表包含该索引词的记录条数选择一个或几个关键词，点击Preview可
进行结果的预览―点击Go可获得查询结果。
2.2.3 点击History，可以看到本次练习结果页面的历史记录。
包括所采用的主
题词、查询字段范围、花费时间、及相应结果等。
3.使用Entrez信息查询系统检索与禽流感相关的核酸序列，链接提取其中一条
感兴趣的序列内容，阅读序列格式的解释，理解其含义。
进入NCBI主页―进入Entrez Home页面选择Nucleotide数据库―在Search后的输入栏中选
择Nucleotide―在输入栏内输入关键词H5N1―点击go查询。
阅读查询结果，选
择一条感兴趣的核酸序列，点击该序列与数据库的超链接，阅读序列格式的解释，理解其含义。
4.GenBank数据库FASTA序列格式的显示与保存；
以步骤3所获得的感兴趣核酸序列结果页面为例，在显示模式“Display”的下
拉菜单中选择一个需要的序列格式如FASTA序列格式，然后点击Display按钮，结果就出现该序列的FASTA格式。
如果需要保存该条序列信息，可以直接通过点
击浏览器IE的“文件”菜单中的另存为命令将序列保存到本地计算机；也可以
利用Entrez系统自身的保存功能，即点击Send to，选择File,就会出现保存文
件相应的窗口，然后按指示操作即可。
5．使用SRS信息查询系统检索一条核酸序列，链接提取该序列内容，阅读序列格式的解释，理解其含义；比较NCBI与EMBL中序列格式的异同。
调用Internet 浏览器并在其地址栏输入SRS网址（），查询自己感兴趣的核酸序列。
三：实验结果
1、了解NCBI、EMBL和SWISS-PROT数据库的结构和主要内容。
答：(略)。
2、找到编码拟南芥（arabidopsis）phyA（光敏色素A）基因的核酸序列编号, 并记录查找过程。
答：○1进入NCBI主页
○2进入Entrez Home页面选择Nucleotide数据库
○3在输入栏内输入关键词arabidopsis[organism] phyA
○4点击go查询，阅读查询结果，点击fasta获取核酸序列
结果：arabidopsis phyA Nucleotide Sequence: NW_003302555
3、以phyA为检索词，在pubmed数据库中分别检索在题目和关键词字段中含有该检索词的文献，记录检索出的条目数目。
答：关键词字段条目数目：655;题目字段条目数目：58
4、仔细阅读所查询核酸序列在NCBI和EMBL数据库中格式的解释，理解各字段的含义，并比较NCBI与EMBL中序列格式的异同。
答： NCBI中的FASTA 序列格式包括三个部分：1.在注释行的第一列用字符“>”标识，后面是序列的名字和来源；2.标准的单字符标记的序列；3.可选的“*”表示序列的结束，它可能出现也可能不出现，但它是许多序列分析程序正确读取序列所必须的。
FASTA格式是序列分析软件最常用的格式。
这种格式提供了从一个窗口到另一个窗口非常方便的拷贝途径，因为序列中没有数字或其他非字符。
FASTA序列格式和蛋白质信息资源NBRF格式很相似。
EMBL与GenBank类似，通过大量信息来描述每个序列。
该信息组成一个个字段，每个字段有一个标识符。
这些标识符缩写成两个字母，某些字段还有次级字段。
每行序列后面的数字显示片段胡位置。
5、将GenBank数据库中检索出的任一条查询核酸序列以FASTA序列格式显示并保存。
答：>gi|339961166|pdb|1VTO|E Chain E, 1.9 A Resolution Refined Structure Of Tbp Recognizing The Minor Groove Of Tataaaag GCTATAAAAGGGCN。