2020版：高通量测序技术临床规范化应用北京专家共识(肿瘤部分)
高通量基因测序技术在肿瘤研究中的应用研究
高通量基因测序技术在肿瘤研究中的应用研究在现代医学研究中，基因测序技术作为一项重要工具，为人类对肿瘤发生、发展以及治疗的研究提供了强大的支持。
特别是高通量基因测序技术的出现，为科学家们提供了更高质量的测序数据，加速了肿瘤研究的进展。
本文将要探讨高通量基因测序技术在肿瘤研究中的应用，并对其带来的影响进行评估。
一、高通量基因测序技术简介高通量基因测序技术，也称为次代测序技术（Next-Generation Sequencing，NGS），相对于传统测序技术具有更高的测序速度、更低的成本以及更高的测序深度等优势。
通过高通量基因测序技术，科学家们可以在较短的时间内获得大规模的基因序列数据，从而更全面地了解肿瘤的遗传特征和突变情况。
二、高通量基因测序技术在肿瘤分型中的应用通过高通量基因测序技术，可以对肿瘤样本中的基因组进行全面的测序分析，从而确定肿瘤的分型。
肿瘤的分型在临床治疗中具有重要的意义，可以帮助医生选择最佳的治疗方案，提高患者的生存率。
高通量基因测序技术可以检测出肿瘤样本中各种类型的突变，从而确定肿瘤的具体类型，并进行进一步的分析和研究。
三、高通量基因测序技术在肿瘤突变检测中的应用肿瘤突变是肿瘤发生和发展的重要原因之一。
通过高通量基因测序技术，可以高效地检测出肿瘤样本中的各种突变。
首先，科学家们可以通过测序技术获取肿瘤样本中的突变情况；其次，利用基因数据库和生物信息学工具进行数据分析，筛选出与肿瘤相关的突变位点，并进一步探究其在肿瘤发生和发展中的作用。
四、高通量基因测序技术在肿瘤治疗中的应用在肿瘤治疗中，个体化治疗是一种越来越受欢迎的治疗模式。
通过高通量基因测序技术，可以对肿瘤样本进行全基因组测序，分析肿瘤关键致病基因的变异情况，为患者制定个体化治疗方案提供有力支持。
此外，利用高通量基因测序技术还可以监测肿瘤治疗的疗效，指导治疗的调整，并对肿瘤耐药机制进行研究。
五、高通量基因测序技术在肿瘤研究中的挑战与展望尽管高通量基因测序技术在肿瘤研究中有着广泛的应用前景，但仍然面临一些挑战。
高通量测序技术在肿瘤治疗中的应用教程
高通量测序技术在肿瘤治疗中的应用教程引言：随着科技的快速发展，高通量测序技术成为研究肿瘤基因组学的重要工具。
通过高通量测序技术，科学家们可以对肿瘤发展的分子机制进行更深入的研究，并为肿瘤的诊断和治疗提供更有效的方法。
本篇文章将为您介绍高通量测序技术在肿瘤治疗中的应用，并提供一份简明的教程。
一、什么是高通量测序技术？高通量测序技术是一种通过并行读取DNA或RNA序列的技术，它可以快速，精确地测定一组DNA或RNA的序列。
与传统的测序方法相比，高通量测序技术具有更高的通量，更快的速度和更低的成本。
二、高通量测序技术在肿瘤治疗中的应用1. 肿瘤基因组测序: 通过对肿瘤基因组的测序，科学家们可以发现与肿瘤相关的突变和变异。
这一信息可以帮助医生进行肿瘤分型和患者个体化治疗的选择，从而提高治疗的准确性和有效性。
2. 肿瘤亚克隆演化分析: 肿瘤是一种高度异质性的疾病，肿瘤内的细胞可以拥有不同的基因组突变和变异。
高通量测序技术可以帮助科学家们理解肿瘤亚克隆演化的过程，并发现导致肿瘤进展和耐药的机制。
这有助于开发更有效的靶向治疗策略。
3. 癌症免疫治疗: 高通量测序技术可以帮助研究人员研究肿瘤免疫学的核心机制。
通过测序患者的T细胞受体和B细胞受体，科学家们可以了解肿瘤微环境中的免疫细胞状态，并优化免疫治疗方案，提高治疗效果。
4. 肿瘤药物敏感性预测: 高通量测序技术可以预测患者对不同抗癌药物的敏感性。
通过测定肿瘤样本中的特定基因表达水平和突变情况，科学家们可以预测患者对不同药物的反应，从而为个体化治疗方案提供指导。
三、高通量测序技术的步骤1. 样本采集与预处理：收集患者的肿瘤组织样本或体液样本，并进行样本的预处理，包括DNA / RNA的提取和纯化。
2. 文库构建：将提取的DNA / RNA进行文库构建。
具体步骤包括DNA或RNA的片段化，连接DNA / RNA测序接头，PCR扩增等。
3. 高通量测序：将文库进行高通量测序。
北京市卫生健康委员会关于印发北京市各医疗质量控制和改进中心2020年度工作要点的通知
北京市卫生健康委员会关于印发北京市各医疗质量控制和改进中心2020年度工作要点的通知文章属性•【制定机关】北京市卫生健康委员会•【公布日期】2020.05.06•【字号】•【施行日期】2020.05.06•【效力等级】地方规范性文件•【时效性】现行有效•【主题分类】医疗质量正文北京市卫生健康委员会关于印发北京市各医疗质量控制和改进中心2020年度工作要点的通知各区卫生健康委，各三级医院，各采供血机构，各相关医疗质量控制和改进中心：为持续推进本市医疗质量控制和改进工作，协助卫生健康行政部门、相关医疗机构和采供血机构更好地开展相关专业工作，我委组织制定了《北京市各医疗质量控制和改进中心2020年度工作要点》，现印发给你们，请认真抓好落实。
北京市卫生健康委员会2020年5月26日北京市各医疗质量控制和改进中心2020年度工作要点一、北京市血液净化质量控制和改进中心（一）针对新冠肺炎疫情防控过程中血液透析室遇到的实际问题进行总结分析，形成分析报告。
（二）对《血液净化标准操作规程（2020版）》开展质控培训，落实相关工作。
（三）通过对质控小组工作范围和工作要点的培训，积极推动质控小组在透析室质控工作中的作用。
（四）完成血液净化培训基地的复审再认证工作。
（五）根据《血液净化标准操作规程（2020版）》，修订北京市血液透析室（中心）质控标准，并完成一次全市范围的血液透析室（中心）质控检查，并形成检查报告，向市卫生健康委提出工作建议。
二、北京市医院感染管理质量控制和改进中心（一）根据国家卫生健康委发布的医院感染基本制度的要求，结合本市院感防控的特点，编写本市院感基本制度细则，开展院感防控基本制度的培训、专项检查及制度落实的核查工作。
（二）继续开展医院感染病例日常监测和重点高风险环节监测。
（三）开展北京市第九次院感现患率调查。
（四）利用《北京市医疗机构依法执业自查系统》收集医院感染疑似暴发、暴发和医院感染聚集事件的零报告及感染病例。
《高通量宏基因组测序技术检测病原微生物的临床应用规范化专家共识》要点
《高通量宏基因组测序技术检测病原微生物的临床应用
规范化专家共识》要点
1.术语标准化：为了避免混淆和误解，专家共识明确了一些术语的定义，包括“高通量宏基因组测序”、“病原微生物”、“DNA序列中的细菌”等。
这有助于各个实验室在交流和报告结果时使用一致的术语。
2.样本采集和存储：专家共识提供了关于病原微生物检测样本采集和
存储的指导，包括不同类型样本（如血液、尿液、呼吸道标本等）的采集
方法、存储条件和保存时限。
这有助于确保样本的质量和可靠性。
3.样本前处理：在进行高通量宏基因组测序之前，样本需要经过一系
列前处理步骤来减少污染和提取纯净的DNA。
专家共识对样本前处理方法
进行了评估，并提供了一些建议和技巧。
4.数据分析：高通量宏基因组测序技术产生大量的DNA序列数据，而
正确且准确的数据分析是关键。
专家共识探讨了不同的数据分析方法，包
括序列质量控制、去除宿主DNA序列、去除污染序列、序列比对和分类等。
此外，针对不同的病原微生物，还提供了相应的数据分析策略。
5.结果解释和报告：高通量宏基因组测序技术可以提供详细的病原微
生物信息，包括物种鉴定、抗药性基因检测等。
专家共识指导了如何正确
解读和报告这些结果，包括确定阈值、结果解释的限制、结果比对和报告
格式等。
6.质控和规范化：为了确保高通量宏基因组测序技术的可靠性和准确性，质控和规范化非常重要。
专家共识列出了一系列质控措施和规范要求，包括样本质量评估、实验室设施要求、实验人员培训等。
2020版：高通量测序技术临床规范化应用北京专家共识(遗传病部分)
2020版：高通量测序技术临床规范化应用北京专家共识（遗传病部分）遗传病是指由于基因突变或染色体数目或结构变异导致的疾病。
根据遗传物质的改变情况，可分为单基因病、多基因病、染色体病、线粒体遗传病和体细胞遗传病[1]。
目前，人类在线孟德尔遗传数据库（OMIM）已经收录了6 000多种分子基础已知的遗传病[2]。
因为遗传异质性和表型多样性，以往的检测方法例如Sanger测序和染色体芯片分析（CMA）等在成本、通量和诊断敏感性等方面难以满足临床应用需求。
近年来，高通量测序即下一代测序（NGS）技术因其可同时对多个基因，甚至全外显子组和全基因组进行测序，现已被广泛应用于遗传病诊断领域，极大地提高了遗传病诊断的预期[3]。
但与以往技术相比，基于NGS技术的检测操作步骤多，对人员能力要求高，不规范使用或过度使用都有可能给受检者及其家庭造成不可预期的困扰和伤害，为保障高通量测序技术在遗传病临床检测中的规范应用，在借鉴国内外相关指南、标准、规范和权威发表的文献，以及《高通量测序技术临床检测规范化应用北京专家共识（第一版通用部分）》[4] （以下简称"通用共识"）的基础上，北京市临床检验中心、北京医学会检验医学分会、首都医科大学临床检验诊断学系、北京市医学检验质量控制和改进中心牵头起草了《高通量测序技术临床规范化应用北京专家共识（第一版遗传病部分）》。
本共识中的声明内容为专家讨论并推荐的要点。
遗传病高通量测序实验室建设的总体要求遗传病高通量测序实验室建设时，在实验室环境条件（通风、温湿度、洁净和防震等）、仪器设备配备及日常维护与定期校准和人员专业知识及能力要求等总体上应满足"通用共识"的要求[4]，实验室分区设计则在遵循"通用共识"中所阐述的"32字原则"上，同时要考虑遗传变异检测的特点。
实验室应根据不同的遗传检测项目、检测流程、测序平台、建库策略及工作量大小制订切实可行的分区方案。
高通量宏基因组测序技术检测病原微生物的临床应用规范化专家共识
高通量宏基因组测序技术检测病原微生物的临床应用规范化专家共识引言高通量宏基因组测序技术是一种快速、灵敏、高通量的新一代测序技术，它能够同时检测多个样本中的病原微生物，并提供详细的遗传信息。
随着相关技术的不断创新和发展，高通量宏基因组测序技术已经在临床微生物学的研究和诊断中取得了显著的突破。
为了规范和促进该技术在临床应用中的使用，研究人员、临床医生和相关专家共同制定了本文档，旨在提供高通量宏基因组测序技术检测病原微生物的临床应用规范化专家共识。
背景病原微生物的检测对于诊断和治疗临床感染疾病非常重要。
传统的微生物学检测方法存在一定的局限性，如无法同时检测多个病原微生物，检测结果需要较长时间等。
而高通量宏基因组测序技术可以通过同时测定多个DNA或RNA样本中的微生物基因组序列，快速、准确地鉴定和定量病原微生物，并提供详细的遗传信息。
技术原理高通量宏基因组测序技术主要包括DNA或RNA的提取、文库构建、测序和数据分析等步骤。
首先，从临床样本中提取DNA或RNA，并使用特定的引物扩增目标基因组或全基因组序列。
然后，将扩增的DNA或RNA文库构建成测序文库，经过高通量测序仪进行测序。
最后，通过数据分析得到鉴定和定量病原微生物的结果。
临床应用1. 临床诊断高通量宏基因组测序技术可以快速鉴定病原微生物，并提供详细的遗传信息，对于临床感染疾病的诊断非常有价值。
通过该技术，可以检测多种微生物，包括细菌、真菌和病毒等，为临床医生提供准确的诊断依据。
2. 菌群分析高通量宏基因组测序技术可以对人体菌群进行深入研究。
通过测序分析，可以了解人体内各种微生物的组成和数量，对于研究肠道菌群与人体健康之间的关系非常重要。
3. 药物耐药性检测高通量宏基因组测序技术可以用于检测病原微生物对药物的耐药性。
通过测序分析，可以对病原微生物的基因组进行全面检测，并鉴定其中的耐药基因。
这对于合理选择抗生素和制定个体化的治疗方案非常有意义。
4. 疫情监测高通量宏基因组测序技术在疫情监测中也发挥着重要作用。
高通量基因测序技术在肿瘤研究中的应用
高通量基因测序技术在肿瘤研究中的应用随着现代医学的发展以及科学技术的进步，对于肿瘤的了解越来越深入，也越来越清楚，肿瘤是由基因突变导致的一种疾病。
然而，单个基因的突变只能解释少数癌症的发生，多数肿瘤是由多个基因突变所导致的，因此为了更好地理解肿瘤的形成和发展，需要对于人体的基因组进行深入的解析，这就需要高通量基因测序技术。
下面，本文将详细讲述高通量基因测序技术在肿瘤研究中的应用，包括其原理、分类以及具体应用，旨在为读者提供更深入的了解。
一、高通量基因测序技术原理高通量基因测序技术，又称为次代测序技术，是指通过一种高效、高速、低成本的方法对于基因组进行测序。
大量的全基因组或目标基因组的高通量测序可以实现对于疾病基因的大规模筛查，以及对于潜在疾病基因的发现。
高通量基因测序技术的原理是：将DNA样本分成小片段，通过荧光标记或PCR扩增的方式将小片段序列化，再将序列化的小片段通过高通量测序仪进行测序，最后使用计算机将得到的数据进行分析和整理。
通过对这些数据的分析和整理，可以得到人体的基因型和表型，从而为疾病诊断和治疗提供更准确的基础数据。
二、高通量基因测序技术分类在高通量基因测序技术中，常用的测序方法有三种：Sanger测序、 Roche/454测序以及Illumina/Solexa测序。
（1）Sanger测序Sanger测序是目前最早的测序技术之一，采用化学方法和电泳技术进行测序。
它可以测序最长的DNA序列，精度高，但速度比较慢，而且性价比不高。
（2）Roche/454测序Roche/454测序是第一代高通量测序技术，它采用了单个克隆扩增的方式，可以同时测序几千个小片段。
这种测序方法速度很快，但还是存在很多问题，如测序错误率高和成本较高等。
（3）Illumina/Solexa测序Illumina/Solexa测序是目前主要采用的高通量测序技术，它采用非克隆扩增的方式，可以同时测序上亿个小片段。
这种测序方法速度快、成本低、准确性高，具有许多优势。
高通量测序技术在肿瘤精准医学中的应用
高通量测序技术在肿瘤精准医学中的应用近年来，随着生物技术的快速发展和大规模测序技术的成熟，高通量测序技术在肿瘤精准医学领域得到了广泛的应用。
高通量测序技术能够迅速、准确地获取基因组的信息，为肿瘤的个性化治疗提供了重要的依据。
一、肿瘤的基因组学研究高通量测序技术的应用使得肿瘤的基因组学研究成为可能。
通过对肿瘤的基因组进行测序，可以获得肿瘤细胞中存在的各种基因突变、基因重排、拷贝数变异等遗传变异的信息。
这些遗传变异可以为肿瘤的发生机制和进展提供重要线索，有助于我们对肿瘤的认识和治疗策略的制定。
二、靶向治疗的指导高通量测序技术能够为肿瘤的个性化治疗提供指导。
通过对肿瘤基因组的测序，可以分析出肿瘤细胞中存在的突变基因和激活的信号通路，从而为选择合适的靶向治疗药物提供依据。
例如，EGFR突变是肺癌中常见的突变之一，而EGFR-酪氨酸激酶抑制剂就可以对这类肺癌进行靶向治疗。
通过高通量测序技术的应用，可以帮助医生更准确地判断患者的突变情况，从而制定更精确的治疗方案。
三、肿瘤免疫治疗的研究肿瘤免疫治疗是肿瘤精准医学中的重要治疗策略之一。
高通量测序技术的应用使得肿瘤免疫治疗的研究更为深入。
通过测序分析，可以获得肿瘤细胞中存在的免疫逃逸机制和免疫抑制分子的表达情况。
这些信息有助于我们了解肿瘤细胞如何逃避免疫系统的攻击，并为开发新的免疫治疗策略提供依据。
四、肿瘤进展和治疗效果的监测通过高通量测序技术，可以在治疗过程中对肿瘤基因组进行多次测序，从而监测肿瘤的进展和治疗效果。
通过比较不同时间点的测序结果，可以观察到肿瘤在基因组水平上的变化，评估治疗效果的好坏，并根据实时的情况进行治疗调整。
这对于精准医学的实施和治疗效果的评估至关重要。
综上所述，高通量测序技术在肿瘤精准医学中起到了至关重要的作用。
它不仅帮助我们更好地了解肿瘤的基因组学特征，为靶向治疗和免疫治疗提供依据，还可以监测治疗效果和预测肿瘤的进展。
相信随着测序技术的不断发展和成熟，高通量测序技术将在肿瘤精准医学中发挥更加重要的作用，为肿瘤患者带来更好的治疗效果和生存质量。
2020版：高通量测序技术临床规范化应用北京专家共识(肿瘤部分)
2020版：高通量测序技术临床规范化应用北京专家共识（肿瘤部分）随着个体化医学的发展和"精准医学"概念的提出，肿瘤药物治疗发展迅速，临床研究逐渐发现并证实更多与药物治疗疗效预测相关的基因突变[1]。
传统的基因突变检测方法如Sanger测序、焦磷酸测序和实时荧光PCR等仅能对单个基因，或者单个基因的部分外显子突变进行检测，采用上述传统基因突变检测方法同时检测多个基因，一则需要的样本量大，其次需要更长的检测时间和更大的工作量。
高通量测序（HTS）即下一代测序（NGS），能够同时对上百万甚至数十亿个DNA片段进行测序，可实现在较低的成本下，一次对多至上百个肿瘤相关基因、全外显子以及全基因组进行检测，而且需要的样本量并不增加。
因其在通量、成本和效率方面的优势，NGS在实体肿瘤体细胞基因突变中展现了其广阔的应用前景[2]。
NGS检测流程复杂，对实验室环境条件、人员能力及质量管理要求高。
前期，北京市临床检验中心、北京医学会检验医学分会、首都医科大学临床检验诊断学系、北京市医学检验质量控制和改进中心牵头制定了《高通量测序技术临床检测规范化应用北京专家共识（第一版通用部分）》（以下简称"通用共识"）[3]。
实体肿瘤体细胞基因突变NGS检测中，低频突变、肿瘤异质性、样本种类多样、样本质量差别较大等均给实验室检测带来了挑战，因此其在方法建立、分析前、中、后质量控制等方面均有其特殊之处。
为规范实体肿瘤体细胞基因突变NGS检测，在借鉴相关指南、规范及权威发表的文献基础上，专家组又起草了《高通量测序技术临床规范化应用北京专家共识（第一版肿瘤部分）》。
本共识中的声明内容为专家讨论并推荐的要点。
实体肿瘤体细胞基因突变NGS检测实验室建设的总体要求开展高通量测序临床检测的实验室应依据卫办医政发[2010]194号文件《医疗机构临床基因扩增检验实验室管理办法》，通过省级卫生行政部门相应技术审核和登记备案后，方可开展临床检测工作。
胃癌高通量测序临床应用中国专家共识(2023年版)解读PPT课件
本文将从共识的背景与意义、高通量 测序技术在胃癌研究中的应用、共识 的主要内容等方面进行解读，重点阐 述高通量测序技术在胃癌临床实践中 的指导意义和应用价值。
02 胃癌高通量测序技术概述
高通量测序技术原理及流程
高通量测序技术原理
基于DNA片段得到海量序列数据。
03 胃癌高通量测序临床应用价值
早期筛查与诊断辅助
提高早期胃癌检出率
通过高通量测序技术，可以实现对胃癌相关基因变异的快速、准确检测，有助于在早期 阶段发现胃癌，提高检出率。
辅助诊断
高通量测序技术可以检测肿瘤组织中的基因突变、基因表达异常等，为胃癌的诊断提供 重要辅助信息。
个体化治疗方案制定依据
基因拷贝数变异检测
通过高通量测序技术，检测胃癌相关基因的拷贝数变异情况，如基因扩增或缺失。这些变异可能影响基因的表达和功 能，与胃癌的进展和预后有关。
基因融合检测
利用高通量测序技术，检测胃癌中可能存在的基因融合现象。基因融合可能导致新的融合蛋白的产生， 从而影响胃癌细胞的生长和转移能力。
数据质量控制与标准化处理
指导靶向治疗
高通量测序技术可以检测胃癌患者的基因突 变情况，为患者提供个性化的靶向治疗方案 。
预测化疗药物敏感性
通过对胃癌患者的基因表达谱进行分析，可 以预测患者对化疗药物的敏感性，指导临床 用药。
预后评估及复发监测
评估预后
高通量测序技术可以检测与胃癌预后 相关的基因变异，为患者提供预后评 估信息。
专家共识的重要性
为了规范高通量测序技术在胃癌研究中的应用，提高胃癌的诊疗水平，中国专家制定了《胃癌高通量测序临床应 用中国专家共识（2023年版）》。该共识对于指导临床医生合理应用高通量测序技术，推动胃癌精准医疗的发展 具有重要意义。
高通量基因测序技术在肿瘤治疗中的应用
高通量基因测序技术在肿瘤治疗中的应用高通量基因测序（Next-generation sequencing，NGS）技术是一种在较短时间内高效并且经济地测定DNA序列的技术。
它能够对整个基因组进行测序，并且可以同时测定多个样本的DNA序列。
近年来，高通量基因测序技术在肿瘤治疗领域的应用越来越广泛，为肿瘤的预防、诊断和治疗提供了强大的工具和支持。
首先，高通量基因测序技术在肿瘤基因组学研究中有着重要的作用。
肿瘤是由多个基因突变所引起的疾病，基因突变的鉴定对于肿瘤的疾病诊断、预后评估和治疗决策具有重要意义。
高通量基因测序技术可以对肿瘤样本中的基因突变进行全面的分析，包括单核苷酸变异(SNV)、插入缺失(Indel)、重排、拷贝数变异(CNV)等。
通过对大量的肿瘤样本进行测序分析，可以发现与肿瘤相关的突变和关键的致癌基因，并且揭示肿瘤发生和发展的分子机制，为肿瘤的分类和治疗提供了重要的依据。
其次，高通量基因测序技术可以应用于肿瘤的个性化治疗。
个性化治疗是根据肿瘤患者的遗传特征和基因突变来选择最合适的治疗方案。
高通量基因测序可以快速鉴定出患者肿瘤中的特定突变，从而筛选出最适合的药物靶标和药物。
例如，EGFR 突变在非小细胞肺癌患者中非常常见，可以通过高通量基因测序技术鉴定出患者是否有EGFR突变，在选择药物治疗时就可以选择EGFR抑制剂，提高治疗的有效性。
此外，高通量基因测序技术能够提供关于肿瘤的复发和药物抵抗的信息，帮助医生及时调整治疗方案。
再次，高通量基因测序技术也可以应用于肿瘤筛查和早期预防。
肿瘤的早期发现和治疗可以极大地提高患者的生存率。
高通量基因测序技术可以对大规模的人群进行基因组测序分析，发现与肿瘤相关的基因突变和易感基因，从而实现对肿瘤的早期筛查和预防。
例如，乳腺癌患者中BRCA1和BRCA2基因突变与肿瘤发生的风险密切相关，通过对这些基因进行测序分析，可以帮助早期发现患者的遗传风险，从而采取积极的治疗和预防措施。
高通量宏基因组测序技术检测病原微生物的临床应用规范化专家共识ppt课件
鼓励微生物学、遗传学、临床医学等相关领域的专家加强跨学科合作， 共同推动高通量宏基因组测序技术在病原微生物检测中的临床应用和研 究进展。
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样本质量
01
样本采集和处理环节对测序结果至关重要，需要严格
控制样本质量，避免污染和误差。
数据分析
02 高通量测序产生的数据量庞大，需要建立完善的数据
分析流程和标准，确保结果的准确性和可靠性。
技术更新
03
随着测序技术的不断发展和进步，需要保持对新技术
的关注和应用，不断提高检测水平和效率。
06 总结和展望
02 高通量宏基因组测序技术 在实验室的应用
样本收集和处理
样本选择
选择适当的临床样本，如血液、 尿液、呼吸道分泌物等，根据患 者的症状和疑似病原体进行针对
性收集。
样本处理
对收集到的样本进行适当的处理 ，如离心、过滤等，以去除杂质
和富集病原微生物。
核酸提取
采用合适的核酸提取方法，如磁 珠法、柱层析法等，提取样本中
未来高通量宏基因组测序技术在病原微生物检测中的潜力 和前景
技术迭代升级
随着技术的不断发展，未来高通量宏基 因组测序技术的检测精度、效率和成本 等方面将持续优化，为病原微生物检测 提供更加可靠的技术支持。
VS
多组学联合分析
宏基因组测序技术可以与其他组学技术（ 如代谢组学、蛋白质组学等）进行联合分 析，深入挖掘病原微生物与宿主之间的相 互作用机制，为临床诊断和治疗提供更加 全面的信息。
05 案例分析和经验教训
案例介绍
案例背景
01
介绍某疫情的情况，包括疫情规模、影响范围、病原微生物特
高通量测序技术在肿瘤基因组学研究中的应用分析
高通量测序技术在肿瘤基因组学研究中的应用分析近年来，随着科技的进步和生物学研究的深入，高通量测序技术逐渐成为肿瘤基因组学研究的重要工具。
本文将分析高通量测序技术在肿瘤基因组学研究中的应用，并探讨其在肿瘤早期诊断、肿瘤个体化治疗和肿瘤预后评估等方面的潜在价值。
高通量测序技术是一种快速、高效的基因组测序技术，可以同时测定大量的DNA或RNA序列。
它的出现极大地推动了肿瘤基因组学研究的发展。
首先，高通量测序技术可以发现肿瘤细胞中的致病基因和突变基因。
通过对肿瘤细胞和正常细胞的基因组测序，可以找出它们之间的差异，进而确定肿瘤的驱动突变基因。
这对于了解肿瘤的发病机制、研究肿瘤的分子标记物以及寻找靶向治疗的方向具有重要意义。
其次，高通量测序技术可以实现肿瘤早期诊断。
肿瘤在早期阶段通常没有明显的临床症状，传统的肿瘤诊断方法往往依赖于肿瘤标志物或肿瘤影像学检查。
然而，这些方法存在许多局限性。
高通量测序技术可以通过对肿瘤组织或患者血液中的DNA或RNA进行测序，检测早期肿瘤相关基因的突变、融合等变异情况，从而实现早期诊断。
这为肿瘤的早期治疗提供了重要保障，也可以避免有毒的放疗和化疗对患者造成的不良影响。
此外，高通量测序技术还可以用于肿瘤个体化治疗。
通过对肿瘤基因组的测序，可以获取肿瘤的遗传变异信息，进而选择合适的靶向治疗方法。
目前，一些靶向治疗药物已经在临床中得到应用，取得了良好的疗效。
然而，由于患者的基因变异情况各不相同，对于同一种肿瘤患者，可能需要根据不同的基因型选择不同的治疗药物。
高通量测序技术可以帮助医生快速获取患者的基因信息，并根据其基因型选择最合适的个体化治疗方案，提高治疗效果。
最后，高通量测序技术在肿瘤预后评估方面也具有重要价值。
通过对肿瘤组织或血液中的基因组数据进行分析，可以预测患者的生存期、预后风险以及肿瘤的转移倾向等信息。
这些预测结果可以帮助临床医生制定更合理的治疗方案，提高患者的生存率和生活质量。
2020版：高通量宏基因组测序技术检测病原微生物的临床应用规范化专家共识(全文)
2020版：高通量宏基因组测序技术检测病原微生物的临床应用规范化专家共识（全文）宏基因组下一代测序（mNGS）技术直接针对标本中核酸无偏倚检测病原微生物序列。
但是，mNGS需经标本前处理、核酸提取、文库制备、上机测序、数据库比对、报告生成及结果解读等一系列过程，对技术平台及人员素质要求较高。
为规范mNGS技术在感染性疾病诊断中的应用，提高危急重症、疑难感染性疾病和新发突发传染病的救治水平，在多项国家科技专项的支持下，本领域有关专家起草了本共识，以促进mNGS技术的规范应用和良性发展。
快速准确的微生物鉴定技术始终是临床微生物关注的焦点。
传统微生物检验，诸如形态学、培养、抗原抗体及靶向核酸检测等方法在解决疑难及未知病原微生物上存在局限性［1, 2］。
新型宏基因组下一代测序（metagenomics next-generation sequencing，mNGS）技术直接针对样本中所有核酸进行无偏性测序，结合病原微生物数据库及特定算法，检测样本中含有的可能病原微生物序列。
随着该技术的社会经济成本不断降低和技术的不断完善，已逐渐从科研走向临床应用，成为临床疑难和未知病原微生物检验的重要手段［3］。
利用mNGS技术进行病原微生物检测需经样本前处理、核酸提取、文库制备、上机测序并满足测试的质量控制要求后，采用特定算法软件与专用的病原微生物数据库进行比对，实现对病毒、细菌、真菌、寄生虫及非经典微生物等的检测［1， 4, 5］。
mNGS技术不依赖培养，对常见病原微生物检验阴性、经验治疗失败、不明原因的危急重感染的病原学诊断以及新发突发传染病的病原体发现具有独特价值［6, 7］。
为进一步规范mNGS技术在感染性疾病诊断中的应用，提高危急重症和疑难感染性疾病的诊疗水平，在多项国家科技专项的支持下，参考国内外相关文献、共识与规范［8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15］，特别借鉴了《高通量测序技术临床检测规范化应用北京专家共识（第一版通用部分）》［16］，组织本领域有关专家起草了本共识，以促进mNGS技术的规范应用和良性发展。
高通量测序技术的临床应用及质量管理
高通量测序技术的临床应用及质量管理高通量测序技术，又称下一代测序技术（next generation sequencing，NGS），能够一次对大量核酸分子进行平行序列测定。
随着测序技术的发展及成本的降低，在临床遗传性疾病基因诊断、肿瘤的诊断、靶向治疗、液体活检、感染性疾病病原体筛查等方面得到了广泛应用。
由于NGS 检测步骤繁琐、流程复杂，对结果分析解读要求高，检测具有一定特殊性，在临床应用中伴随出现了许多问题，对其质量管理提出了新的挑战。
一、高通量测序技术在临床上的应用1.NGS在遗传病诊断中的应用：NGS技术的发展逐渐改变了遗传疾病诊断的方式。
根据不同文库构建方式，可分为全基因组（whole-genome sequencing，WGS）、全外显子（whole-exome sequencing，WES）、医学外显子、靶向基因测序等。
传统遗传病的研究方法是从临床表型到基因型分析，即所谓的“正向遗传学”研究方法。
随着NGS技术的发展，形成了以遗传信息为基础确定表型的“反向表型”研究方式，使临床医生能够根据个体的遗传变异准确预测疾病及相关临床表现。
当同种疾病不同患者的表型因人而异时，以基因型为基础的方法能够在疾病表征完全展现前对患者进行诊断，凸显了NGS技术在遗传性罕见疾病临床诊断中的优势［1］。
常用的研究方法包括：（1）使用WES或WGS分析具有相同临床特征的一组患者，筛选出不同患者中的相同变异；（2）先证者与父母或其他家庭成员同时进行WES或WGS 分析，并根据疾病遗传模式（常染色体显性、隐性、X连锁或新发变异）筛选出致病变异。
2.NGS在肿瘤诊断、靶向治疗以及预后监测中的应用：随着精准医学和测序技术的发展，NGS在肿瘤的早期筛查、诊断治疗、预后评估方面显示出独特优势。
NGS可用于识别癌症中常见的基因变异，包括单核苷酸变异（single nucleotide variation，SNV）、小片段插入缺失、拷贝数变异（copy number variation，CNV）以及某些恶性肿瘤中的融合基因［2, 3］。
二代测序技术在NSCLC中的临床应用中国专家共识（2020版）
二代测序技术在NSCLC中的临床应用中国专家共识（2020版）让我们一起学习啊！二代基因测序（next generation sequencing, NGS）又称为高通量测序，该技术能够同时对上百万甚至数十亿个DNA进行分析，实现了高通量测序的目标。
NGS检测的适用人群共识1：推荐所有病理诊断为肺腺癌、含有腺癌成分的肺癌以及不能分型的晚期新发或术后复发的NSCLC患者常规进行基因检测。
【I 级推荐】对经小标本活检诊断为含有腺癌成分或具有腺癌分化的混合型鳞癌，以及年轻或不吸烟/少吸烟肺鳞癌患者，也推荐进行基因检测。
【II级推荐】注：虽然单纯肺鳞癌患者中有4%的表皮生长因子受体（EGFR）突变率，但尚无证据支持肺鳞癌患者使用靶向EGFR酪氨酸激酶抑制剂（TKI）显著获益，因此不推荐对单纯肺鳞癌患者进行EGFR基因检测。
共识2：针对敏感型突变发生率高的NSCLC患者（见“共识1”），常规基因检测结果为阴性时，建议使用中国国家药品监督管理局（National Medical Products Administration, NMPA）或美国食品药品监督管理局（Food and Drug Administration,FDA）批准的NGS产品进行复检。
【III级推荐】晚期新发或术后复发NSCLC患者首次进行基因检测的共识意见共识3：针对晚期新发或术后复发的NSCLC患者，首次检测建议采用NMPA批准的检测产品，检测至少包括NSCLC常见驱动基因: EGFR突变（应涵盖18号、19号、20 号、21号外显子），以及ALK 融合、ROS1融合。
【I级推荐】共识4：针对晚期新发或术后复发的NSCLC患者，结合患者实际临床情况，如需获得更多的潜在靶点信息，首次检测建议采用NMPA 或FDA批准的检测产品，检测包括BRAF V600E、KRAS（如G12C等）、NTRK1/2/3融合、MET14号外显子跳跃突变和MET扩增、ERBB2 20号外显子插入、RET融合等少见驱动基因变异。
高通量测序技术的临床应用
高通量测序技术的临床应用随着分子生物学的迅速发展和进步，检测技术也得到了迅速的发展，今天的高通量测序技术经历了几代人的发展。
近年来，其性能和技术日趋成熟和稳定，为精细医学在病原鉴定、肿瘤识别、疾病诊断、遗传病检测等领域提供了一个新的方向。
它提供了一种有效的分析和检测工具，通过测定和分割DNA或RNA序列，可以发现更多与疾病和微生物有关的基因组。
掌握信息，迅速掌握病因和感染相关患者的临床特点，为快速准确的诊断疾病、治疗效果和预后提供依据，对我们做疾病预测是非常重要的。
一、高通量测序技术的概述高通量测序技术（next-generation sequencing,NGE)，又称下一代测序技术，与传统的一代测序技术相比，测序技术以其成本低、高通量、速度快等优点得到了广泛的应用。
而且在遗传领域已经广泛分布，包括遗传疾病诊断，携带者筛查，植入前遗传学，临床医学说明等。
根据测序的范围，NGS也大致可分为三类：全基因组基因组测序，全外显子测序，靶向基因测序。
测序技术的出现，直接而深刻地揭示了核酸分子的深层信息，为人类提供了决定性的技术手段，高通量测序技术在过去的二十年中得到了迅速的发展，这些测序技术在过去的二十年中已经成功地推向市场，并且在相关的基础应用、科学研究和临床应用等方面也显著增加。
在最近几年，临床上对高通量测序技术的应用越来越广泛，需求量也不断增加，在临床的多个领域都发挥着重要的作用，如新生儿的疾病筛查、检测各种肿瘤、对新型病毒的基因测序以及遗传疾病的检测等多个方面。
二、高通量测序技术的临床应用1、对临床上微生物的基因鉴别应用细菌、真菌、支原体、衣原体、寄生虫、病毒等微生物与人体健康系统的稳定密切相关，人体拥有由细菌、真菌、病毒等微生物组成的最大、最复杂的胃肠系统，而人类许多疾病都与微生物系统失衡或微生物入侵密切相关，高通量测序技术的出现为大型复杂微生物区系的鉴定、检测和研究提供了强有力的技术支持。
2、在新生儿疾病筛查的应用临床上使用的每一项技术都是一个渐进的过程，在新生儿重症监护室，遗传性疾病和先天性畸形是儿童死亡的主要原因，应用NGS技术对NICU的儿童进行检查是人类的第一步，对于重病儿童，准确的诊断与生死息息相关，可以减少住院时间，改善临床效果。
高通量测序技术在肿瘤诊断中的应用
高通量测序技术在肿瘤诊断中的应用随着基因测序技术不断的发展，尤其是高通量测序技术的应用，肿瘤诊断越来越具有智能化和精准化，高通量测序技术已成为目前肿瘤诊断中应用最为广泛的技术之一。
一、高通量测序技术的优势高通量测序技术是一种高效的基因测序技术，它采用了大量的并行测序方法和基于DNA合成的“二代”测序技术，将有机体的基因组序列快速准确地测序出来。
相较于传统的测序方法，高通量测序技术具有更快的测序速度，更高的测序精度和更低的误识别率等优点。
其次，高通量测序技术可以同时测序多个DNA样品，大大提高了数据的获取效率。
这使得在肿瘤诊断和治疗方面呈现出了巨大的潜力。
例如，在肿瘤样品中，由于存在许多不同的肿瘤细胞亚群，标准的靶向测序可能会错过若干关键变异。
而高通量测序技术可以在不同亚向之间进行区分，从而能够更加准确和全面地评估基因组的变异。
二、高通量测序技术在肿瘤诊断中的应用在肿瘤诊断中，高通量测序技术已被广泛应用于各个层面，包括肿瘤基因诊断，预后分析，药物治疗等。
下面来具体阐述一下：1. 肿瘤基因诊断高通量测序技术可以快速准确地检测肿瘤中的基因变异和突变。
这项技术能够发现那些早期的基因突变并在治疗最为有效的时期进行启动治疗。
在肺癌中，使用高通量测序技术可以分析各种基因突变、表观遗传学和非编码RNA，这些厚重的信息将有助于提供定制化的治疗方案。
2. 预后分析高通量测序还可以用于肿瘤病人的预后分析，预后分析涉及到肿瘤细胞凋亡过程、自噬等生理和代谢因素。
这项技术对于乳腺癌、肺癌、肝癌等不同种类的肿瘤有着不同的意义，可以帮助医生更好地评估病情。
3. 药物治疗高通量测序技术还可以为肿瘤病人制定个性化的药物治疗方案。
以肺癌为例，药物敏感度测试提供了快速确定患者个性化药物治疗方案的机会。
在公司检测的患者中，肺癌药物执行率达到了73%。
与标准基因研究相比，高通量测序技术具有更高的精度和指导性。
三、高通量测序技术面临的挑战高通量测序技术在肿瘤诊断中应用广泛，但也面临着许多挑战。
《高通量宏基因组测序技术检测病原微生物的临床应用规范化专家共识》(2020)要点汇总
41.《高通量宏基因组测序技术检测病原微生物的临床应用规范化专家共识》（2020）要点建议1原则上，临床怀疑病原微生物感染，常规方法未得到明确病原学证据而影响临床救治时，可利用mNGS进一步确认。
鼓励临床在排除常见病原微生物后有目的选择mNGS。
申请单应填写临床表现、症状体征、治疗经过、现病史、流行病学史及既往史等。
测序实验室应让申请者知晓不同类型感染性疾病的标本选择、采集时机、采集方式、送检量、转运及储存条件、不同mNGS检测策略的适用范围。
疑为传染病应符合国家相关生物安全标本采集及转运要求。
申请者可提出重点关注的病原体，如呼吸道病毒、结核分枝杆菌、真菌及寄生虫等。
实验室应提供适宜临床使用的申请单，内容应包括不同mNGS测序策略及对应的适应证。
（三）报告解读原则1.mNGS结果分析：2.mNGS结果确认：3.mNGS阳性阈值及判读标准：4.微生物种群致病：5.不可培养或难培养微生物的结果验证：6.致病菌、定植菌和污染菌：7.高度传染性微生物：8.提高测序深度：建议2mNGS作为一种新型检测方法，其临床意义仍未超出核酸检测范畴，它补充了传统病原微生物确认的Koch法则。
mNGS可检测难培养、罕见或新发病原微生物，可同时给出多种病原微生物信息，因此，在一份无菌部位来源的临床标本（尤其脓肿）中检出微生物种群（包括不同类别或同类不同种属）不应轻易视为污染。
如果这些微生物的存在符合临床诊断，应给予抗菌药物全覆盖，这恰好体现了该技术对全面认识病原微生物的优越性。
mNGS常规数据量对耐药和毒力基因检测有局限性，如需耐药和致病信息需提高测序数据量。
建议3如果检出的病原微生物符合临床预期，应确认序列结果的准确性和特异性。
为提高结果的特异性，降低错误率，即使病原微生物也应建立阳性阈值。
阳性阈值建立在微生物特异序列数及其在基因组覆盖度上。
临床医生在解读条件致病菌时，应排除污染和背景微生物，考虑患者免疫状态及与临床表现的符合性。
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2020版：高通量测序技术临床规范化应用北京专家共识（肿瘤部分）随着个体化医学的发展和"精准医学"概念的提出，肿瘤药物治疗发展迅速，临床研究逐渐发现并证实更多与药物治疗疗效预测相关的基因突变[1]。
传统的基因突变检测方法如Sanger测序、焦磷酸测序和实时荧光PCR等仅能对单个基因，或者单个基因的部分外显子突变进行检测，采用上述传统基因突变检测方法同时检测多个基因，一则需要的样本量大，其次需要更长的检测时间和更大的工作量。
高通量测序（HTS）即下一代测序（NGS），能够同时对上百万甚至数十亿个DNA片段进行测序，可实现在较低的成本下，一次对多至上百个肿瘤相关基因、全外显子以及全基因组进行检测，而且需要的样本量并不增加。
因其在通量、成本和效率方面的优势，NGS在实体肿瘤体细胞基因突变中展现了其广阔的应用前景[2]。
NGS检测流程复杂，对实验室环境条件、人员能力及质量管理要求高。
前期，北京市临床检验中心、北京医学会检验医学分会、首都医科大学临床检验诊断学系、北京市医学检验质量控制和改进中心牵头制定了《高通量测序技术临床检测规范化应用北京专家共识（第一版通用部分）》（以下简称"通用共识"）[3]。
实体肿瘤体细胞基因突变NGS检测中，低频突变、肿瘤异质性、样本种类多样、样本质量差别较大等均给实验室检测带来了挑战，因此其在方法建立、分析前、中、后质量控制等方面均有其特殊之处。
为规范实体肿瘤体细胞基因突变NGS检测，在借鉴相关指南、规范及权威发表的文献基础上，专家组又起草了《高通量测序技术临床规范化应用北京专家共识（第一版肿瘤部分）》。
本共识中的声明内容为专家讨论并推荐的要点。
实体肿瘤体细胞基因突变NGS检测实验室建设的总体要求开展高通量测序临床检测的实验室应依据卫办医政发[2010]194号文件《医疗机构临床基因扩增检验实验室管理办法》，通过省级卫生行政部门相应技术审核和登记备案后，方可开展临床检测工作。
实验室环境条件（如通风、温湿度、洁净度和防震要求等）、实验室人员的专业知识和能力、试剂耗材的质检、仪器设备配备与维护校准等应满足"通用共识"的要求[3]。
一、实验室分区实验室分区在满足"通用共识"要求的基础上，同时考虑肿瘤基因突变NGS检测的特点，根据项目、测序平台、检测技术流程、样本类型和样本量等进行合理设置。
实体肿瘤体细胞基因突变检测通常分析敏感性较高，以单核苷酸变异（SNVs）为例，肿瘤组织和血浆样本分别能够检出突变等位基因百分比低于5%和1%的SNVs，因此开展实体肿瘤体细胞基因突变NGS检测的实验室应尤其注意对实验室进行合理分区，以防止污染。
以杂交捕获法NGS为例，建议分区考虑以下方面："试剂准备区"是最洁净的区域，应独立成区；福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）样本需要设置"样本制备前区"，进行样本的切片，注意该区域不要与常规病理检测区域共用；"样本制备区"用于样本DNA提取；组织或细胞DNA样本如通过超声打断进行片段化处理，在有条件的情况下建议实验室单独设置"打断区"；DNA片段分析如采用琼脂糖凝胶电泳，可以单独设置"电泳区"；"文库制备区"用于打断后的DNA加A尾、加接头、标签等；"扩增一区"进行文库的预扩增和纯化等；"杂交捕获区"进行序列的捕获、富集和纯化；"扩增二区"进行文库的扩增、定量和混合；"测序区"完成高通量测序。
不同检测流程，其分区设置有所不同，实验室应根据"通用共识"的"32字原则"来考虑实验室分区设置。
如果实验室采用多重PCR捕获，在扩增的同时进行捕获，则根据检测流程可以考虑某一扩增区和捕获区域合并；如果采用的片段化方式是酶消化，则无需设置"打断区"，可以和"文库制备区"共用；如果使用生物分析仪对提取核酸进行片段分析，无需单独设置"电泳区"，可以和"文库制备区"共用；血浆提取的循环肿瘤DNA（ctDNA）如直接建库，无需设置"打断区"。
若使用自动化建库的设备，在确认不产生交叉污染的前提下，可适当合并某些区域。
若实验室同时开展组织或细胞学样本基因组DNA和ctDNA检测时，因为两类样本的测序深度及检测限有较大差别，为避免高浓度组织核酸对低浓度ctDNA的污染，需要设置不同的样本制备区和文库制备过程中所涉及的相关区域。
【共识1】实体肿瘤体细胞突变检测通常分析敏感性较高，临床实验室应尤其注意合理分区，以防止污染。
杂交捕获法NGS建议的分区包括试剂准备区、样本制备前区、样本制备区、打断区、电泳区、文库制备区、扩增一区、杂交捕获区、扩增二区和测序区。
但是不同检测流程，分区设置有所不同，临床实验室应根据"通用共识"的"32字原则"来考虑实验室分区设置。
若实验室同时检测血浆和组织或细胞学两类样本，则需设置不同的样本制备区及其后续的文库制备过程中的相应区域。
二、实验室人员及能力要求实验室应具有可满足开展检测要求的相关专业人员，包括实验室负责人或技术负责人、"湿实验"的操作人员和"干实验"的生物信息学分析人员、遗传咨询人员（必要时）和信息系统建立及管理相关人员等，所有人员均需持续接受岗位相关的培训，并定期进行内部的能力评估[3]。
NGS实验室负责人或技术负责人应有全面的NGS及其实验室质量管理知识，对所开展的NGS检测项目及其质量保证关键环节具有清晰的认识。
"湿实验"操作人员应具有完成实验操作的能力，采用组织样本进行检测的实验室，还应包含病理医（技）师人员，制备组织切片进行HE染色，并能对切片中肿瘤组织的坏死情况、肿瘤细胞的含量和数量进行评估[4]。
生物信息学分析人员团队除需熟练掌握肿瘤基因突变NGS检测原理及常用软件外，还应配备具有临床肿瘤学和临床分子检测基本知识的人员。
签发报告人员应具备医学分子生物学和临床肿瘤学知识背景，能够熟练使用肿瘤基因相关数据库，掌握相关临床诊疗指南，了解肿瘤靶向和免疫治疗药物及其相关肿瘤基因突变研究的最新进展。
对于疑难病例或必要时，可由相关临床医生、病理医生、影像医生、医学遗传学家、肿瘤突变分子检测人员、相关的实验室其他人员、相关药师等来自不同专业的专家组成分子肿瘤专家组（MTB），依据基因突变检测结果，结合患者状况、临床表现、病理和影像学检查结果等，经充分讨论后，给出合理的个体化精准治疗方案[5]。
使用实验室自建检测（LDTs）的实验室，应配备"湿实验"和"干实验"研发人员，具备"湿实验"和"干实验"方法建立、优化和性能确认的能力。
其中生物信息学分析人员具有搭建序列比对、突变过滤、临床意义及靶向用药类、突变注释类以及本实验室内肿瘤基因突变临床有效性等的数据库的能力。
【共识2】NGS实验室负责人或技术负责人应有全面的NGS及其实验室质量管理知识。
采用组织样本进行检测的实验室，"湿实验"团队成员应包括病理医（技）师人员。
生物信息学分析团队中应有具备临床肿瘤学和临床分子检测基本知识的人员。
签发报告人员应具备医学分子生物学和临床肿瘤学知识背景，熟练使用相关数据库，掌握本领域的指南，了解相关研究的最新进展。
对于疑难病例或必要时，可由不同专业的专家组成的分子肿瘤专家组给出个体化治疗方案。
使用LDTs的实验室，应配备"湿实验"和"干实验"研发人员，其应具有正确设定肿瘤体细胞突变NGS检测临床预期用途、建立检测系统（含试剂配制和生物信息分析流程搭建等）及其使用SOPs以及完成LDTs性能确认的能力。
肿瘤基因突变NGS检测流程的建立与质量保证实验室可选择国家药品监督管理局（NMPA）批准的试剂盒，使用前应进行分析性能验证；如没有可用的批准试剂，或对批准试剂根据研究及临床诊疗指南进展进行了修改，即可设计建立LDTs。
使用LDTs进行NGS 检测的实验室，在建立检测流程前，应首先明确拟开展的NGS检测项目的临床预期用途，确定合适的检测基因及其突变[6,7]，建立并优化"湿实验"和"干实验"分析流程，并对测序平台、生物信息学分析流程分别进行性能确认，最后对检测方法进行全面的分析性能确认和一定的临床性能确认（适用时）[8,9]。
一、临床预期用途检测项目必须基于医学科学证据，有明确的临床预期用途。
实体肿瘤体细胞基因突变NGS检测的临床预期用途是用于药物疗效预测，即通过体细胞基因突变检测选择可能在靶向或免疫治疗药物中受益的患者以及监测耐药的出现[10]。
临床预期用途的叙述中应包括但不限于适用人群、样本类型、检测基因及其突变位点或突变类型和检测的临床意义[7]。
原则上，建议选择医学科学证据支持的、临床意义明确或有潜在临床意义的基因进行检测。
如果检测的临床意义是伴随诊断，预期用途中必须明确伴随诊断的药物和每种药物对应的实体肿瘤患者人群。
如果是非伴随诊断，预期用途中必须说明检测项目为非伴随诊断，由临床医生根据相应的疾病诊疗指南选择治疗药物。
二、NGS方法学建立及其关键环节的优化实体肿瘤体细胞基因突变NGS检测方法的建立与优化涉及分析前的样本采集、运送、保存及处理；分析中的"湿实验"（引物或探针设计及合成、核酸提取、文库制备、上机测序）和"干实验"即生物信息学分析流程等检测全过程；分析后的结果报告及解读、信息贮存及传递和保密（实验室信息管理系统）以及临床有效性数据的收集等。
此外，实验室需设计体细胞基因突变的识别策略，无论是否采用肿瘤组织与该患者正常组织或白细胞进行配对检测，都需要确认检测方法是否能有效区分体细胞突变和胚系突变。
1．待测基因位点的选择：需根据检测目的，依据医学科学证据选择待测基因位点。
如美国FDA 根据基因位点的临床意义等级将肿瘤基因突变NGS检测分为3个等级[11,12]：第一级为肿瘤的伴随诊断（CDx），为安全有效使用治疗药物所进行的必要检测，所测的基因位点具有明确的分析有效性和临床有效性，如EGFR、ALK、BRAF突变检测；第二级为专业指南推荐的具有显著临床意义的基因位点，其分析有效性和临床有效性可通过临床试验、指南或已发表的文献证实，如用于肿瘤突变负荷（TMB）和微卫星不稳定性（MSI）的检测；第三级为除第一、二级以外的，具有潜在临床价值的基因位点，已有基础或临床研究显示其临床意义，此类检测有可能用于临床试验受试者的筛选。