《计算化学理论和应用》 (1)
理论计算化学的方向和应用研究
理论计算化学的方向和应用研究引言理论计算化学是一门基础研究领域,使用物理、化学和数学等学科的理论和计算方法,研究分子的结构与性质、反应机理、能量表面、电荷密度、溶解度等问题,广泛应用于化学、生物、医学等领域。
理论计算化学不仅是解释实验现象的重要工具,也是实验科学发展过程中提出新假说和新观念的源泉。
本文将简要介绍理论计算化学的研究方向和应用领域。
一、量子化学量子化学是理论计算化学的重要分支,主要研究原子与分子的量子力学问题。
量子化学可用于分子能量计算、反应机理研究、化学动力学仿真、分子催化探索等领域。
其中,计算分子光谱是其中最重要的应用之一。
量子化学的成功应用主要归功于高水平计算方法的发展,例如基组方法、密度泛函理论和适用于非绝热过程的方法等。
二、分子模拟分子模拟是应用计算机计算得出分子性质的系统科学,可以研究大分子的结构、动力学和热力学性质,对于生物、材料、能源等领域的应用极为广泛。
其中,分子动力学模拟是近年来研究重点之一。
分子动力学是一种通过模拟分子在系统中随时间变化的过程,研究分子的探究。
利用分子动力学模拟,可以预测分子的构象、结构和动力学性质,从而为实验提供指导。
三、化学信息学化学信息学是一门通过计算机处理大量化学数据,探索物质和化学现象的领域。
它涉及到机器学习、化学计量学、数据库和化学信息检索等方面。
化学信息学主要运用于化合物的数据管理和预测、健康食品配方设计和生物医学研究等领域。
化学信息学中的分子描述符可以通过数学方法将化合物转化为数字序列,用于分类、模式识别、化学计量等应用。
四、化学计算机辅助设计化学计算机辅助设计是指借助计算机辅助设计模拟、优化和预测分子结构和性质,实现分子的合成、设计和功能研究的过程。
利用计算机辅助设计,可以快速预测大量新化合物的结构和性质,帮助化学家理解和控制物质的性质和行为。
同时,计算机辅助设计还可用于预测通量、毒性、有活性化合物库的筛选等。
五、材料计算化学材料计算化学是将理论计算化学的方法应用于材料领域,从原子尺度预测物质的性质和材料的结构。
计算化学及其应用1
最小基组
• 只有中性原子的轨道壳层才给定基函数 • 比方对C元素有1s, 2s, 2px, 2py, 2pz • STO-3G • 3 GFT拟合一个STO • STO的指数从原子计算得到, 用一些典型的分
子来调整 • 这也称为单zeta基组 (zeta, , 是Slater型轨道
的指数)
双Zeta基组 (DZ)
• 正负号只有相对的意 义, 没有绝对的意义
定域分子轨道
• 定域分子轨道形成一个正交归一函数集合, 占据 与非占据之间也正交
• 仅仅分布在1到2个原子上, 至多3个原子上 • 可以与化学上的电子分布的直观概念联系起来:
Lewis构造, 杂化, 成键(s, p键) • 可以用于改进算法, 因为它具有相当的可加性 • 计算量不再随N4增加, 而是相当线性地增加 • 离域分子轨道和定域分子轨道可以通过一个酉
• 这样得到的原子轨道称为分子中的原子轨道, 把分 子波函数用这种轨道投影出来, 再进展Mulliken集 居数分析
AOIM对Mulliken分析的改进
自然键轨道(NBO)分析 :// /~nbo5/
使用自然正交的轨道(一阶约化密度的本征轨道) 进展轨道分析
自然轨道与原子轨道只是定性相似 因为正交, 所以轨道之间没有重叠, 与化学键性质
层电子的静电势 • 可以用更少的基函数来描写原子(但是却引入了其
它近似) • 对于重元素, 赝势可以把难以处理的相对论效应给
包括进去, 改善了计算结果
计算化学及其应用
单电子性质 One Electron Properties
分子轨道的概念
• 波函数的整体性: 体系的电子是整体分布在 整个空间的
• 波函数的可分性: 电子在整个能量区间或空 间是有相对分布的
计算化学的研究与应用
计算化学的研究与应用计算化学是一门使用计算机模拟和分析分子结构、反应机理和性质等方面的化学现象的科学。
它以分子轨道理论、密度泛函理论、分子动力学、反应动力学和化学信息分析等为基础,形成了一套独立的理论体系和计算方法。
计算化学的发展推动了许多领域的进步,例如新材料的研发、天然药物的开发和环境保护等。
计算化学的研究内容非常广泛,包括从分子结构和性质到反应机理和催化剂等多方面的内容。
它不仅可以预测实验无法测量的化学反应的速率和产物,更可以帮助人们理解化学现象的本质和规律。
在研究物理化学、有机化学、材料化学和生物化学等方面都有广泛的应用。
计算化学的模拟方法包括了量子力学模拟和经典力学模拟。
量子力学模拟是将分子看作量子力学体系,计算分子的波函数、能级和电子密度等,从而计算分子的性质。
常用的量子化学方法有哈特里-福克方程、密度泛函理论等。
经典力学模拟常用于分子动力学、粘滞度计算和动力学模拟等方面。
分子动力学模拟能够通过模拟分子的形态和运动,推断出分子的性质和反应机制。
计算化学的应用非常广泛。
在材料化学领域,计算化学可以提供原子、分子和晶体的结构预测与设计。
例如计算模拟可以通过计算材料的结构和物理性质来为新材料的研发提供帮助。
在生命科学研究领域,计算化学可以计算分子的三维结构和互作模式,推断出分子之间的相互作用机制,并预测其活性和功能。
例如仿真分子可以帮助人们了解蛋白质的折叠和结构,从而为药物的研发提供帮助。
此外,计算化学还广泛应用于新能源技术、环境保护和化学教育等领域。
当然计算化学的研究还有很多不足。
例如,计算误差和计算效率等问题需要进一步解决。
因此计算化学科学家们正在不断钻研新的理论方法和计算算法,以提高计算化学的准确性和效率。
同时,开发更高性能的计算机也是进一步发展计算化学的重要前提。
总之,计算化学作为一种新型的研究方法,正在得到越来越广泛的应用。
我们相信,随着计算技术的发展和理论方法的创新,它将会变得更加普及和高效,为人类解决更多的实际问题提供帮助。
理论计算化学研究的发展与应用
理论计算化学研究的发展与应用随着科技的不断发展,计算机化学成为了化学领域发展的新方向之一,其中理论计算化学作为计算机化学的核心理论之一,其研究对象是分子和分子间相互作用,通过对于分子的结构、电子性质、振动性质、能量性质等方面的计算研究,进而推进了化学领域理论发展以及在实验上的应用。
今天我们就来探讨一下理论计算化学在化学领域中的发展与应用。
一、理论计算的发展史理论计算的发展与应用在化学领域已经历了几十年的发展历史,从20世纪50年代初的Hückel理论,到20世纪70年代的密度泛函理论,再到现代DFT(密度泛函理论)的理论、HF(Hartree-Fock)方法、MP2(Möller-Plesset二级)方法以及半经验法、分子力学和分子动力学等方法,这些理论方法不仅广泛应用于理论计算,更为实验人员提供了丰富的实验支持。
二、理论计算在各个领域中的应用1.材料领域材料领域是理论计算应用的重点之一。
在该领域,理论计算可以用于查找新型材料的特性,如能带结构、电子结构和磁性等。
它们能够预测材料的物理性质和化学性质等方面的变化,并提供有关材料的各种周期性和非周期性性质的信息,帮助实验人员更好地理解和设计材料。
2.药物研究理论计算在药学领域中得到了广泛的应用。
它可以用来预测药物的药效学和动力学性质,如生物利用度、代谢途径和药物作用机制等。
此外,理论计算还可以用于优化分子结构,提高其生物可利用性,并做出预测,判定分子是潜在药物还是毒物。
3.催化研究理论计算可用于研究催化剂在反应中的作用。
通过计算反应速率常数,以及解析反应机理和过渡态性质,来预测反应动力学参数,从而提高反应效率和选择性。
此外,理论计算还可以用于优化催化剂的结构和表面形貌,从而提高其反应活性和稳定性。
4.纳米技术在新材料和纳米领域,理论计算可以用于设计纳米材料的结构和属性,预测纳米材料的稳定性和响应性。
例如,可以应用丰富的量子力学和计算方法来探讨石墨烯、碳纳米管等材料纳米结构的性质,并进行计算模拟以进行性能优化。
《计算化学简介》课件
3 分子模拟在纳米材料研究中的应用 4 计算机辅助药物设计
通过模拟纳米材料的结构和性质,提供设 计和优化纳米材料的指导。
利用计算方法筛选药物分子,加速新药开 发和优化过程。
计算化学未来的发展方向与挑战
大数据和人 工智的应用
利用大数据和人工 智能技术,提高计 算化学的速度和准 确性。
宏观化学过 程的计算模 拟
发展能够模拟宏观 化学过程的计算方 法,如催化剂反应 和材料合成。
多尺度计算 的发展
将不同尺度的计算 方法结合,实现对 分子和材料性质的 准确预测。
挑战与机遇
面临着大规模计算、 能源和环境问题等 挑战,同时也具备 推动计算化学发展 的巨大机遇。
通过计算和分析分子的轨道来预测和解释其性 质和反应。
常用的计算化学软件工具
如Gaussian、VASP和GAMESS等,提供各种计算 化学方法和模拟工具。
计算化学在化学研究中的应用
1 结构优化和反应动力学模拟
2 化学反应机制的研究
通过计算方法优化分子结构,模拟和预测 化学反应的速率和机理。
揭示化学反应的过程和机理,为实验设计 和化学品的合成提供指导。
2
发展历程
经过半个多世纪的快速发展,在理论、方法和应用方面都取得了重大突破和进展。
3
应用领域
被广泛应用于药物设计、材料科学、反应机制研究等领域,对推动化学发展起到了积 极作用。
计算化学所需的数学和物理基础知识
量子力学基础
研究微观粒子的行为和性质,是计算化学的 基石。
统计力学
研究集合中的微观粒子的统计性质,为模拟 和预测宏观行为提供基础。
《计算化学简介》
计算化学是研究如何运用计算方法解决化学问题的学科。本PPT课件将介绍计 算化学的概念、发展历史、基本方法和常用软件工具、应用领域以及未来发 展方向和挑战。
北京师范大学《计算化学理论和应用》Kohn-Sham方法
渐近性质
1,所有交换相关泛函都存在自相互作用的问题; 2,影响估计自由基均裂所需能量; 3,包含电荷转移过程的过渡态能垒。
电子的非动态相关
H
H
E
H
H
H
H
H
H
a
b
H
H
a
b
a
b
DFT方法对自旋污染不敏感,但是杂化泛函除外
交换相关泛函应有的正确渐近性质
库仑作用
Vc (r1)
需要通过KS轨道来计算出电子密度,仍等同于 要计算四指标积分 N4
使用辅助基组展开电子密度的好处:
M
(r) cii (r) i1
“divide-and-Conquer (分而歼之)”方法
Yang.W. and Lee, T.-S. 1995. J.Chem. Phys. 103 5674
Kohn-Sham方法的局限
取决于波函数的精度以及是否有相应的算符
某些有算符而无严格泛函的物理量
例:
DFT:
Eee Ecolumb[0 ] Eexchange[0 ] E [ ] correlation 0
ΜΟ:
Eee
1
r i j ij
例:跃迁几率
ij i j
DFT自洽场收敛有时比HF困难
密度泛函方法求算得到的KS轨道往往自旋污染 比较小
例:三重态的苯胺阳离子
H N+
UHF/cc-pVDZ S2=2.50 得到平面结构为最稳定 BLYP/cc-pVDZ S2=2.01
1,经验规则,HF处理开壳层体系自旋污染较重时, 使用DFT处理能得到较好的结果;
2,DFT方法中杂化泛函所包含的HF交换项部分影 响计算结果
计算化学-第一-二章
原子的化学位移上(NMR) • 可以解释很多环化合物的稳定性差别
D. 化学反应机理
化学反应机理的研究主要在于确定其单 步反应的过渡态, 即势能面上的鞍点。
反应物
பைடு நூலகம்
产物
与确定分子的最稳定构型不同, 要研究反应 机理, 必须找到势能面上的鞍点, 在此鞍点处, 振动频率有且只有一个频率是虚数.
View 这里面的选项都是于分子的显 示有关的,如显示氢原子,显示键, 显示元素符号,显示哑原子显示坐 标轴等
可从GVIEW 中直接向高斯提交计算。这是GVIEW 作为高斯软件配
Calculalte: 套功能的重要体现。从所给的对话框中可以选择工作类型Job Type
(如优化,能量或频率等);计算方法Method(如半经验方法,HF 方法,DFT 方法,MP 方法等,还可以选定基组);Title(对所要做的 计算给一个说明,以备以后的查看) Link 0(给检查点文件命名,还 可以在此用RWF 命令设置临时数据交换文件的大小); General, Guess,(这两个选项主要是给出体系中各原子的连接关系及如何给出 初始猜测);NBO(可在此设定NBO 计算),PBC(可在此设定晶体 的有关计算),Solvation(可在此设定溶液中的计算,除了选择溶剂 外,还要选择模拟溶剂的理论模型)
此时会出现右边的窗口
根据C-F键的长度在 0.675和 2.700之间的方框内进行C-F键 的调整。完毕后点击OK即可。
(6).双击GVIEW界面上的 图标,出现以下窗口 这是GVIEW里内置的链烃库,选中乙烷
(7).在工作窗口内空处点左键
理论计算化学的应用与发展趋势
理论计算化学的应用与发展趋势概述理论计算化学是指利用计算机模拟和计算方法研究和预测分子结构、反应过程、性质和相互作用等化学问题的一门学科。
它基于量子力学理论和统计力学原理,并借助数学、物理和计算机科学等多个领域的方法和工具来解决化学问题。
随着计算机硬件和软件的迅速发展,理论计算化学在近年来得到了广泛应用,并在化学研究和工业发展中发挥了重要作用。
本文将介绍理论计算化学的应用领域和发展趋势。
应用领域理论计算化学的应用广泛涉及到无机化学、有机化学、生物化学等多个子领域,并在以下方面得到了广泛应用:1. 反应机理研究:通过分子动力学模拟和量子化学计算方法,可以对化学反应的机理和能垒进行预测和研究。
这对于有机合成的优化和新反应的设计具有重要意义。
2. 物质性质预测:理论计算化学可以预测化合物的各种性质,如结构、能量、电荷分布和谱学数据等。
这对于新材料的设计和发现、物性优化具有重要指导意义。
3. 催化剂设计:理论计算化学可以通过计算方法对催化剂活性位点进行预测和优化,从而指导合成新型高效催化剂的设计。
这对于环境保护和能源转化等领域的研究具有重要意义。
4. 药物设计:理论计算化学在药物设计中的应用也日益重要。
通过计算和模拟可以预测药物靶点的结构、药物分子和靶点之间的相互作用,从而优化药物的活性和选择性。
发展趋势随着计算机硬件和软件的不断发展,理论计算化学在以下方面的应用和发展将受到更多关注:1. 多尺度模拟:传统的理论计算化学方法多以分子为单位进行计算,但现实中的化学问题涉及到的尺度远远超出分子尺度。
因此,未来的发展趋势之一是将多尺度模拟方法引入理论计算化学,从分子尺度到材料尺度,甚至到器件尺度进行模拟和计算。
2. 机器学习:机器学习在化学领域的应用已经取得了很大的进展,未来将在理论计算化学中得到更多应用。
通过建立基于大量实验数据和计算数据的模型,从而预测分子性质、反应机理等。
机器学习与理论计算化学的结合将大大加速新材料和新药物的研发过程。
大连理工大学本科生《计算化学及其应用》期末大作业
《计算化学及其应用》期末大作业姓名:学号:班级:完成时间:大连理工大学一、(10分)分别举一例说明基于牛顿力学方程和薛定谔方程的计算化学方法及其优缺点。
基于牛顿力学方程的计算化学方法:分子力学方法优点:1.把分子用硬球和弹簧的方式来表示2.相对于初步搭建的分子模型, 可以更好地得到其稳定结构3.可以计算形变的相对能量4.计算成本低缺点:1.需要很多经验参数, 这些参数需要仔细测试和校准2.只能得到稳定几何结构3.无法得到电子相互作用的信息4.无法得到分子性质和反应性能的信息5.不能研究包含成键和断键的反应基于薛定谔方程的计算化学方法:密度泛函理论优点:1.使用完全的Schrödinger 方程, 原理上可以得到准确的电子分布2.可以很容易达到很高的精度3.可描述结构, 性质, 能量和反应性能4.可计算较大体系,计算成本中等缺点:1.需要泛函和参数, 体系的适用性必须以实验结果为依据2.对较小体系的试用性有限二、(30分)选择适当的基组和量子化学方法,分别优化一种简单有机阳离子和一种有机阴离子的几何结构。
要求分别给出(1)各输入文件中使用的基组和计算方法;(2)各结构所使用的电荷和自旋多重度;(3)各稳定结构的能量及优化的几何结构(附主要几何参数和各碳原子上的Milliken电荷)。
1.选择阴离子:OCH3—(1)输入文件中使用的基组:Hartree-fock计算方法:6-31G d(2)使用的电荷:-1自旋多重度:Singlet(3)稳定结构 ○1能量:○2优化的几何结构: 频率均为正值,已优化到稳定结构:主要的几何参数: 稳定的几何结构:2.选择阳离子:C6H5CH2+(1)输入文件中使用的基组:Hartree-Fock计算方法:6-31G d(2)使用的电荷:+1自旋多重度:Singlet(3)稳定结构○1能量:○2优化的几何结构:频率均为正值,已优化到稳定结构主要的几何参数:稳定的几何结构:3. (60分)选择适当的理论方法计算你所感兴趣的化学反应的势能面,要求(1)以表格的形式给出极小值和过渡态的最小频率值(cm-1) 、零点能矫正后的电子能(a.u.)、及其相对于反应物的能量( kcal/mol );(2)给出优化的几何结构(附主要几何参数);(3)作出反应势能面图。
理论化学和计算化学在化学科学中的应用
理论化学和计算化学在化学科学中的应用化学科学是一个广阔而又深奥的领域,涵盖着地球上所有物质的性质和变化的规律。
理论化学和计算化学作为化学科学最重要的分支之一,正在逐渐成为化学研究的核心。
本文将从理论化学和计算化学在化学科学中的应用方面进行介绍。
一、理论化学基础理论化学从广义上讲,是指多种方法与研究方法论体系上的各种派别。
其核心是要推导出物质基本的结构和动力学过程,对物质进行定量的描述和预测。
理论化学主要研究的领域包括化学反应机理、结构和物性表征、京都协议中关于温室气体的氧化还原反应的原理、光电子过程的奇点耦合、气相分析和表面科学等。
理论化学的基础研究是为了从基本定律(如量子力学等)出发,对化学思想和现象做出合理的解释,同时预测更加复杂、更加细分的化学情况。
理论化学能够正确描述市面上常见的生物分子和无机化学物种,许多已经成熟或还在开发中的计算方法都遵循了理论化学的基本定律。
二、计算化学的发展进程计算化学是利用模拟和数值计算方法来研究化学物质及其反应行为。
计算化学是化学、物理、数学和计算机科学的交叉学科,其目的是为了解决复杂的化学问题。
随着计算机性能的提高,计算化学的应用越来越广泛,从固体物理、物理化学、高分子化学到药物设计等各个领域都有广泛应用。
计算和模拟方法的结合是计算化学的核心,在尽可能保证计算精度的同时,能够研究物质的大尺度理论模型、大概率和低度量子化学、微细观方程的建立方法。
计算化学为化学思想和实验研究提供了理论依据,可以更加深刻地理解反应机理和力学性质,为分析实验结果提供了更加精确的叙述框架。
三、理论化学和计算化学的交叉应用理论化学和计算化学两个领域可以相互促进、相辅相成。
理论化学为计算化学提供了理论基础,而计算化学则可以验证理论假设和预测很多难以测量和可观察的物理属性和反应。
化学的复杂性使计算化学成为研究和解决化学问题的重要手段之一,而使用理论化学给计算化学提供指导,则使计算化学获得了许多算法和方法,从而使计算准确度更高,应用场景也更加广泛。
高三化学:《第二节化学计量在实验中的应用一》教学讲解(新人教版必修2)
高三化学:《第二节化学计量在实验中的应用一》教学讲解(新人教版必修2)(一)指导思想与理论依据物质的量及其单位摩尔是国际单位制中的基本物理量和单位,也是化学学科两个非常重要的概念,本节教学对整个高中化学的学习乃至今后继续学习起着重要的指导作用,为便于学生理解抽象概念,可采用类比方法,类比方法是根据两个或两类对象之间的某些属性上相同,而推出它们在其他属性也相同的一种科学方法。
如物质的量与其他学生熟悉的量类比、摩尔与其他国际单位的类比、集合思想的类比等,运用类比思想阐释物质的量及其单位摩尔的意义,能够提高这两个概念与其他概念之间的兼容性,有利于对这两个陌生概念的深刻理解和掌握。
(二)教学背景分析学习内容分析:“化学计量在实验中的应用”是以化学基本概念为基础,与实验紧密联系,强调概念在实际中的应用,本节教学对整个高中化学的学习乃至今后继续学习起着重要的指导作用。
教材内容具有概念比较多,且抽象又难于理解的特点。
教材首先从为什么学习这个物理量入手,指出它是联系微观粒子和宏观物质的纽带,认识引入物质的量在实际应用中的重要意义,即引入这一物理量的重要性和必要性。
然后介绍物质的量及其单位,物质的量与物质的粒子数之间、物质的量与质量之间的关系。
应注意不要随意拓宽和加深有关内容,加大学生学习的困难。
学生情况分析:对于“物质的量”这个新的“量”和“摩尔”这个新的“单位”,学生是很陌生的,而且也很抽象,但通过学习和生活经验的积累,他们已经知道了生活中常用的一些“量”和“单位”,如长度、质量、时间、温度,米、千克等教学方式与教学手段说明:采用创设情境方式,通过故事(一粒米的称量)和生活实例,以聚微成宏的科学思维方式,引出新的物理量—物质的量,搭建起宏观与微观的桥梁。
通过学生列举生活中的常用单位(箱、包、打等)与抽象概念类比、国际单位之间的类比、集合思想的类比教学,将抽象的概念形象化,让学生感受概念的生成过程,初步形成物质的量的概念并理解其重要性。
计算化学与其应用—势能面模型与分子轨道经验理论
作为分析手段的计算化学
有些问题计算化学可以很容易回答, 但是有些是难 以回答的
稳定性和反应性不是准确的概念
因为要针对特定的反应而言
其它类似的概念也有类似的情况:
共振 亲核性 官能团的离去能力
VSEPR 等等.
常见的问题是关于能量差, 能量微商, 几何结构, 电 子分布方面的
变化趋势比绝对数值容易得到 气相和非极性溶液体系比水溶液体系简单 几何结构和电子分布比能量容易计算 振动光谱和NMR谱比电子谱容易计算 键能, 电离能(IP), 电子亲和能(EA), 活化能计算
能面
分子的Schrodinger 方程
H ˆE
H 是系统的量子力学Hamilton量(是一个包 含微商的算符)
E 是体系的能量 波函数 (包含我们想知道的所有体系信息) ||2 是粒子的几率分布
分子的Hamilton量
H ˆ e l e c t i r o n s 2 m 2 e i 2 n u A c l e i2 m 2 A 2 A e l e c t i r o n sn u A c l e i e r 2 i A Z A e l e c i t r j o n s e r 2 i j n A u c l B e ie 2 Z r A A B Z B
i 2 A2 m A i
r r r A iA i j ij A B A B
2h1,me 1,e1
1 b o h ra 00 .5 2 9 2A o 1 H artree= E h2 7 .2 eV 6 2 7 .5 k cal/m o l2 6 2 5 .5 k J/m o l
解 Schrödinger 方程
只有对非常简单的体系才能得到解析解 例如方势阱中的粒子, 谐振子, 氢原子可精
理论化学计算方法的发展与应用现状
理论化学计算方法的发展与应用现状随着科技的不断进步,计算化学已经成为当今化学界的一个重要分支。
它通过模拟物质颗粒的相互作用,揭示化学反应的本质和规律,为实验研究提供了一个有力的支撑手段。
作为计算化学的一门重要学科,理论化学计算方法涉及到量子力学、分子动力学等多种理论和计算模型,其发展与应用也正日益受到关注。
1. 理论化学计算方法的发展历程理论化学计算方法的诞生可以追溯到上世纪二三十年代,当时出现了运用量子力学和统计力学进行分子动力学计算的方法。
随着计算机技术的飞速发展,计算机辅助量化计算方法的研究也日益深入,包括各种电子结构理论计算方法、多体理论计算方法、分子模拟计算方法、反应动力学计算方法以及分子设计计算方法等。
值得一提的是,1980年代末至1990年代初,密歇根大学、斯坦福大学等著名研究机构提出了薛定谔方程的密度泛函理论(DFT)。
这种方法在处理大分子系统时计算速度更快、计算精度更高,成为当时理论化学计算领域的一项重大突破。
2. 理论化学计算方法的应用领域理论化学计算方法在现代化学研究中具有广泛的应用领域,包括:(1) 化学反应机理研究:化学反应机理一直是物质科学研究的重要问题。
而利用理论化学计算方法模拟和分析化学反应的机理,可以揭示很多实验无法观测到的反应细节和分析反应途径,为研究化学反应机理提供了重要的研究手段。
(2) 分子构象研究:分子构象是描述分子结构和功能关系的基本概念,而理论化学计算方法可以对分子的能量和几何构型进行计算和优化,探索分子的构象空间,识别分子的构象类型和相关属性的变化规律。
(3) 新材料设计:对于设计新的功能化材料,理论化学计算方法是一种经济而有效的研究手段。
通过分析并模拟材料的化学、物理性质,可以指导实验研究中材料的合成和性能测试。
(4) 量子化学计算:量子化学研究的主要目的是研究分子能量和分子间作用力的量子机制,解释反应机理和反应过程,并进行分子的设计和分子谱的预测等。
计算化学在化学中的应用
计算化学在化学方面的应用摘要:计算化学在最近十年中是发展最快的化学研究领域之一,通过对具体的分子系统进行理论分析和计算,能比较准确地回答有关稳定性、反应机理等基本化学问题。
如今计算化学已被广泛用于材料、催化和生物化学等研究领域。
本文主要就计算化学的背景、计算化学常用的方法及其在化学化工中的应用等几个方面作一简单介绍。
关键词计算化学材料催化应用Abstract: Computational chemistry is one of the fastest growing areas of chemical research in the last decade. Through theoretical analysis and calculations to a specific molecular system, one can accurately answer the basic chemical problems, for example, the stability and the reaction mechanism, etc. Today, computational chemistry has been widely used in materials, catalysis and biochemistry research. In this paper, the background of computational chemistry, the commonly used methods in computational chemistry and its application in chemistry and chemical industry have been briefed respectively.Key words:Computational chemistry; Materials; Catalysis; Application1、计算化学的背景介绍计算化学(Computational Chemistry)在最近10年是发展最快的化学研究领域之一。
化学计量学的理论和应用
化学计量学的理论和应用化学计量学是化学研究中很重要的一部分,它描述了化学反应中原子、分子和离子之间数量关系的定量关系。
本文将探讨化学计量学的基本理论和应用,并介绍它在化学研究中的重要性。
1. 化学计量学的基本理论1.1. 反应物和生成物的化学计量关系在化学反应中,反应物的数量通常会影响生成物的数量。
反应物和生成物之间的数量关系由化学方程式中的系数表示。
例如,以下反应:2H2(g) + O2(g) → 2H2O(l)表明2摩尔氢气和1摩尔氧气反应生成2摩尔液态水。
1.2. 摩尔质量和化学计量学的关系摩尔质量是元素或化合物的摩尔质量的单位质量,通常以克/摩尔表示。
化学计量学涉及到计算元素和化合物的数量,因此对于元素或化合物,计算摩尔质量是很重要的。
例如,氧气的摩尔质量为32克/摩尔,表明1摩尔氧气具有32克的质量。
1.3. 摩尔比例和当量当两个或多个元素或化合物参与反应时,他们之间的摩尔比例是很重要的。
例如,氢气和氧气反应时,他们的摩尔比例为2:1。
当两种或多种物质发生反应时,它们的当量也是很重要的。
当量是指特定元素或化合物在某个反应中所需的摩尔数。
例如,酸和碱反应时,它们的当量分别是酸的氢离子和碱的氢氧根离子。
2. 化学计量学的应用2.1. 化学分析化学计量学在化学分析中有着重要的应用。
通过计算化学反应中所需的反应物和生成物数量,可以确定该反应中参与的物质的量。
这种方法被称为直接分析法。
例如,化学计量学可以用于计算某种金属离子在水中的浓度。
2.2. 盐类制备制备盐类也是化学计量学的应用之一。
通过计算反应中所需的物质数量,可以制备具有特定化学成分和性质的盐类。
例如,可以通过硫酸和氨水的反应来制备硫酸铵。
2.3. 氧化还原反应氧化还原反应是一种重要的化学反应类型,也是化学计量学的重要应用之一。
在氧化还原反应中,原子或分子的氧化态发生变化,并伴随着电子的转移。
通过计算反应过程中电子的转移数量,可以确定该反应中化学物质的量。
hit计算化学第一章-理论概述
分子 (材料) CAD
合成路线 CAD
计算化学的主要研 究内容
如何进行计算化学
计算方面
化学中 的问题
物理模型 数学模型
公式算法
试算分析 输出结果
调试
编程
如何进行计算化学
分子模拟
化学中 的问题
构建 分子模型
几何优化 构象分析
试算分析 输出结果
寻找过渡态 方法
能量优化 方法
能量优化方法
• • • • 单纯形法 最速下降法 共轭梯度法 Newton-Raphson
化学中的常用软件
图谱解析 核磁图谱: ChemNMR:ChemDraw Ultra版本的一个插件,可以用来 估算大多数有机物的1H、13C化学位移及用线图表示的相 应图谱 C13 Module for ChemWindow:ChemWindow的一个插件, 可以用来估算大多数有机物的13C化学位移 gNMR:则可用来估算任何NMR活性核的化学位移,并 能画出非常逼真的图谱/ Sparky :二维核磁特别是对复杂2D NMR的解析
分子模型的适用范围
• 可以把分子结构, 性质和反应性能模型化 • 可以进行简单的定性解释, 也可以得到精 确的定量的结果 • 可以瞬间计算完成, 也可能花费超级计算 机几个月的时间 • 必须平衡计算成本和模型方法的精确度
简单搭建的分子模型
• 从一些标准的结构或部分来搭建 • 键长和配位都是固定的 • 从一些分子的结构来可以得到很好的定 性模型 • 便于使用而且很容易实现 • 可以对分子的三维结构给出直观的认识 • 对于分子性质, 能量或反应性能却一无所 知
凭什么相信计算
• 什么是计算所依据的“第一原理” • 无生命物质世界第一原理框架已经建立---量子 力学和统计力学(物理上) • 客观世界从物质构成而言就是仅仅由电子和原 子核组成的。正因为这种物质的统一性,无生 命物质的统一理论在物理上适用,在化学上也 如此。 • 自我批判是科学的生命力所在,第一原理在不 断发展中。
计算化学的应用
作者简介:程云峰(1980-),男,吉林人,广西大学化学化工学院在读硕士研究生联系人:龙翔云(1946-),男,湖南人,广西大学化学化工学院,教授,从事量化研究,E -mail:lwtjing@g 收稿日期:2006-11-15计算化学的应用程云峰,龙翔云,曹艳军(广西大学化学化工学院,广西南宁 530004)摘 要:随着计算化学方法不断完善和计算机技术迅猛发展,计算化学在化学研究中占有越来越重要的地位。
本文集中对实用性强、精度高的ab initio HF SCF,微扰M P 和密度泛函(DFT )等计算方法的特点和应用做了介绍。
关键词:量子化学;从头算;密度泛函理论中图分类号:O 6-04 文献标识码:A 文章编号:1671-9905(2007)04-0026-03随着化学理论的日臻成熟和计算机技术的发展,计算化学已被广泛用于分子结构、快速反应动力学和微观反应机理(分子反应动态学)等研究领域[1~3]。
它可以成功用于过渡态和反应途径;光、电、磁等性质;IR,NM R 和X 射线等光谱;晶体、催化和生物制药等[4~8]。
其方法和结果都显示出了其它研究手段无法比拟的优越性。
1 计算化学方法与应用在化学理论不断完善和计算机技术迅猛发展的同时,计算化学所计算的体系越来越大,计算的精度也越来越高,要获得好的理论结果就要有正确可靠的计算方法,针对不同的体系、不同的要求,选择合适的精度进行计算。
本文将集中对ab initio H F SCF,微扰MP 和密度泛函(DFT)这些实用性强、精度高的计算方法的特点和应用做一介绍,而其它更精确的方法由于需要庞大的计算资源,所能实现的研究体系很小,故不作详细论述。
111 Ab initio Hartree -Fock (HF)SCF 方法从头算法[9]在上个世纪70年代被逐渐开展,是求解多电子体系问题的量子理论全电子计算方法。
在/Born -Oppenheim er 近似、H artree(独立电子)近似和非相对论近似0基础上,不借助任何经验参数,通过求解HF 方程,进而得到各类体系的微观信息。
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UHFC1s C1s Nhomakorabea'
CH
a
'
CH a
CHb
'
CHb
CH
c
'
CH c
C2
pz
f
(1)
h(1)
N i
J
i
(1)
Ki
(1)
N i
Ji (1)
f
(1) h(1)
N i
J
i
(1)
Ki
(1)
N i
J
i
(1)
Beijing Normal University
相关能问题 积分计算的问题 基组问题 自洽场计算收敛问题
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双基,多基,分裂价基
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多基
可以接近Hartree-Fock极限 计算量大
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分裂价基基组 6-31G
内层
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Gauss Type Orbital (GTO)
( 2
)3/ 4
8
i
jk
i!
j
!k
!
1 2
xi y
jzk
exp[r2 ]
(2i)!(2 j)!(2k)!
exp(mrm2 ) exp(nrn2 )
exp(
m n m n
rmn ) exp( rc2 )
例:cc-pVDZ, cc-pVTZ……cc-pV6Z aug-cc-pVTZ
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Gaussian程序中的Gen关键词
%chk=testgen.chk #p hf/gen test
Methyl gen basis set test
01 分子说明部分
H0 S 3 1.00 0.1873113696D+02 0.3349460434D-01 0.2825394365D+01 0.2347269535D+00 0.6401216923D+00 0.8137573262D+00 S 1 1.00 0.1612777588D+00 0.1000000000D+01 ****
极小基组 STO-3G iop(3/24=1)
(r
)
c1
(
21
)3/
4
exp(1r
2
)
c2
(
22
)3
/
4
exp(
2r
2
)
c3
(
23
)3
/
4
exp(3r
2
)
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优点:
能很好的预测分子结构
缺点:
1, 对于周期表末端的原子计算误差较大 2, 轨道形状固定,无法描述其在分子中的变化情况
rc
m rm m
nrn n
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( 2
)3/ 4
8
i
jk
i!
j
!k
!
1 2
xi
y
jzk
exp[r2 ]
(2i)!(2 j)!(2k)!
i, j, k 的意义: i j k l 角量子数
S Ner2 px Ner2 x py Ner2 y pz Ner2 z
基函数的一般规律
HF极限
计算量
STO-nG(基函数太小)-双、多基(计算量太大)-分裂价基 (计算量减小,但形状不好)-极化基(形状改进)-弥散基(改 进离核远处的电子运动行为)-ECP基组(为减少计算量,将 内层电子与核对价电子的作用看成有效势)
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在离核距离远处衰减太快 近核的地方不够尖锐 能很方便地解析求算3中心和4中心积分
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(r ) cs gs (s , r)
s
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Gaussian 基组
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C0 S 6 1.00 0.3047524880D+04 0.1834737130D-02 0.4573695180D+03 0.1403732280D-01 0.1039486850D+03 0.6884262220D-01 0.2921015530D+02 0.2321844430D+00 0.9286662960D+01 0.4679413480D+00 0.3163926960D+01 0.3623119850D+00 SP 3 1.00 0.7868272350D+01 -0.1193324200D+00 0.6899906660D-01 0.1881288540D+01 -0.1608541520D+00 0.3164239610D+00 0.5442492580D+00 0.1143456440D+01 0.7443082910D+00 SP 1 1.00 0.1687144782D+00 0.1000000000D+01 0.1000000000D+01 D 1 1.00 0.8000000000D+00 0.1000000000D+01 ++++ C0 SP 1 1.00 0.4380000000D-01 0.1000000000D+01 0.1000000000D+01 ****
平均势场单电子(Hartree)近似
hi
1 2
i2
M k 1
Zk rik
Vi
j
引入Slater行列式,得到Fock矩阵元
F
1 2
2
Zk
k
1
rk
P
1 2
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➢ 相关能问题 ➢ 积分计算的问题 ➢ 基组问题 ➢ 自洽场计算收敛问题
5.8kcal/mol
N
N
使用单一的原子轨道来描述分子轨道带来计算误差
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极化基组 6-31G* 6-31G**
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计算化学理论和应用 -第三讲
分子轨道方法总结
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分子总哈密顿
H i
12i2
k
1 2M
k2
i
Zk 1 ZkZl r r r k ik i j ij k l kl
Born-Oppenheimer近似
(Hˆ el VNN )e (R, r) Eele (R, r)
由于GTO本身的缺陷,对于远离核的电子行为描述 不好,如阴离子,孤对电子等 改进办法:加上轨道指数更小的更为弥散的基函数
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弥散基组 6-31+G 6-31++G
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CH0
6-31G(d,p)
****
F0
6-31G++(d,p)
****
10
为第一个碳原子添加弥散函数
SP 1 1.00
0.4380000000D-01 0.1000000000D+01 0.1000000000D+01
****
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基函数的选择
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Hartree-Fock-Roothaan方法
-LCAO法
F
1 2
2
Zk
k
1
rk
P
1 2
HF方法中的矩阵元求算,采取Fock算符的本征函数为基 Roothaan提出使用原子轨道作为基函数,从而将微分方 程求解问题简化为代数方程求解问题
dxx Ner2 x2 dxy Ner2 xy dxz Ner2 xz d yy Ner2 y2 d yz Ner2 yz dzz Ner2 z2
fxxx Ner2 x3 fxxy Ner2 x2 y fxyz Ner2 xyz
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开壳层体系的HF方法
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Virtual Orbitals
Occupie d Orbitals
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RHF
H
C
H
H
H
C
H
H
C1s
2
2 CHa
2 CHb
2 CHc
C
2
p1z
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R2s (r) R2 p (r)