第五章分子标记辅助育种

合集下载

《分子标记辅助育种》课件

基于分子标记的品种鉴定方法
SSR
利用SSR标记的特定序列，对植物品种进行指纹图谱构建。
SNP
AFLP
通过对SNP位点进行基因型检测，进行品种鉴定和鉴别。
通过AFLP分析，对DNA片段进行电泳分离，进行品种鉴定。
基于分子标记的遗传分析方法
1
关联分析
通过比较基因型和表型数据，寻找遗传
遗传图谱
2
基于分子标记的基因组选择方法
SNP array
利用高通量芯片分析大规模SNP位点，实现基因组宽选择。
Genotyping-by-sequencing
通过测序分析SNP位点，实现高密度基因组选择。
Marker-assisted recurrent selection
基于标记信息辅助进行循环选择，加快育种进程。
意义
分子标记辅助育种能解决传统育种中的难题，如长时间、低效率、受到环境因素等限制，同时提高育种效率和精度。
优势
该技术可以加快育种进程、提高选择准确性、节省育种材料和资源，并可对育种过程进行精确控制。
分子标记的种类及原理简介
SSR
简单重复序列，通过PCR扩增的缺陷突变位点。
SNP
单核苷酸多态性，常见基因组标记，便于高通量测定。
《分子标记辅助育种》 PPT课件
分子标记辅助育种是利用特定的DNA序列进行作物品种遗传变异和育种相关性分析的先进技术。本课件将介绍分子标记辅助育种的原理、应用及相关方法。
什么是分子标记辅助育种？
定义
分子标记辅助育种是一种利用特定DNA序列的基因标记来辅助育种的技术，通过分析和检测基因标记，可以更快、更准确地选育出优良的品种。
AFLPபைடு நூலகம்

分子标记辅助育种技术

分子标记辅助育种技术分子标记辅助育种技术第一节分子标记的类型和作用原理遗传标记是指可以明确反映遗传多态性的生物特征。

在经典遗传学中，遗传多态性是指等位基因的变异。

在现代遗传学中，遗传多态性是指基因组中任何座位上的相对差异。

在遗传学研究中，遗传标记主要应用于连锁分析、基因定位、遗传作图及基因转移等。

在作物育种中，通常将与育种目标性状紧密连锁的遗传标记用来对目标性状进行追踪选择。

在现代分子育种研究中，遗传标记主要用来进行基因定位和辅助选择。

1、形态标记形态标记是指那些能够明确显示遗传多态性的外观性状。

如、株高、穗型、粒色等的相对差异。

形态标记数量少，可鉴别标记基因有限，难以建立饱和的遗传图谱。

有些形态标记受环境的影响，使之在育种的应用中受到限制。

2、细胞学标记细胞学标记是指能够明确显示遗传多态性的细胞学特征。

如染色体的结构特征和数量特征。

核型：染色体的长度、着丝粒位置、随体有无。

可以反映染色体的缺失、重复、倒位、易位。

染色体结构特征带型：染色体经特殊染色显带后，带的颜色深浅、宽窄和位置顺序,可以反映染色体上常染色质和异染色质的分布差异。

染色体数量特征—是指细胞中染色体数目的多少。

染色体数量上的遗传多态性包括整倍体和非整倍体变异。

细胞学标记优点：克服了形态标记易受环境影响的缺点。

缺点：（1）培养这种标记材料需花费大量的人力物力；（2）有些物种对对染色体结构和数目变异的耐受性差，难以获得相应的标记材料；（3）这种标记常常伴有对生物有害的表型效应；（4）观察鉴定比较困难。

3、蛋白质标记用作遗传标记的蛋白质分为酶蛋白质和非酶蛋白质两种。

非酶蛋白质：用种子储藏蛋白质经一维或二维聚丙烯酰胺凝胶电泳，根据显示的蛋白质谱带或点，确定其分子结构和组成的差异。

酶蛋白质：利用非变性淀粉凝胶或聚丙烯酰胺凝胶电泳及特异性染色检测，根据电泳谱带的不同来显示酶蛋白在遗传上的多态性。

蛋白质标记的不足之处：（1）每一种同工酶标记都需特殊的显色方法和技术；（2）某些酶的活性具有发育和组织特异性；（3）标记的数量有限。

分子标记辅助育种文献带读

分子标记辅助育种文献带读
分子标记辅助育种是现代育种技术中的重要组成部分，它利用分子标记（如DNA标记）来辅助育种工作。

这项技术可以帮助育种者更准确、更高效地进行品种改良，提高作物的产量、抗病性和适应性。

在育种文献中，分子标记辅助育种的研究和应用已经成为一个热门话题，涉及到了许多方面的内容。

首先，分子标记辅助育种涉及到的技术和方法是非常丰富多样的，包括PCR扩增、基因组测序、SNP分析、遗传图谱构建等。

这些技术的发展和应用为育种工作提供了强大的工具和手段，使育种者能够更好地理解作物的遗传特性，加速育种过程。

其次，分子标记辅助育种在不同作物上的应用也是一个重要的研究方向。

无论是谷物作物、蔬菜、水果还是经济作物，分子标记辅助育种都有着广泛的应用前景。

研究人员通过分子标记技术可以筛选出具有优良性状的基因型，加快了育种的进程，提高了育种的精准度。

此外，分子标记辅助育种还涉及到了许多实际应用案例和成功经验。

通过文献阅读，我们可以了解到不同研究团队在不同作物上
的分子标记辅助育种项目，以及取得的成果和经验教训。

这些案例可以为我们提供宝贵的借鉴和启示，指导我们在具体育种项目中更好地应用分子标记技术。

最后，分子标记辅助育种的发展也面临着一些挑战和问题，比如标记-性状关联的不确定性、成本效益等。

通过文献的带读，我们可以了解到当前分子标记辅助育种领域的热点问题和未来的发展方向，为我们在该领域的研究和实践提供指导。

综上所述，分子标记辅助育种是一个非常重要且复杂的课题，通过文献的带读可以帮助我们更全面地了解这一领域的最新进展和研究动态，为我们在育种工作中更好地应用分子标记技术提供指导和帮助。

分子辅助育种的常见分子标记(共16张PPT)

传统育种法:
相关的品种、亚种、种
基因转移表型选择
相关的品种
、亚种、种
标记辅助选择:
相关的品种
、亚种、种
基因转移基因型选择
相关的品种
、亚种、种
由此可见，传统育种法和标记辅助选择法在本质上没有什么区别，但在选择效率和准确性方面，后者比前者大大提高。
三、分子标记辅助育种需具备的基本条件
1、分子标记与目标基因共分离或紧密连锁； 2、分子标记检测容易，重演性好； 3、基本实验手段及计算机统计分析软件。 1.8
三、常见的分子标记
（二）、AFLP标记 1、定义：即扩增片段长度多态性，是一种将RFLP与PCR相结合的分子标记。
2、基本原理：其基本原理是对基因组DNA限制性酶切片段进行选择性扩增，模板是连接
双链人工接头的酶切片段，引物的结合部位是接头以及与之相连的酶切片段中的几个碱基序列。
AFLP基本原理
三、常见的分子标记
（三）、SSR标记
1、基本原理： SSR即微卫星DNA，是一类由几个（多为1-5个）碱基组成的基序串联重复而成的DNA序列，其长度一般较短，广泛分布于基因组的不同位置，如（CA） n、（AT）n、（GGC）n等重复。不同遗传材料重复次数的可变性，导致了 SSR长度的高度变异性，这一变异性正是SSR标记产生的基础。
1
AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
2
AT AT AT
3
三、常见的分子标记
2、SSR标记的特点：（1）数量丰富，广泛分布于整个基因组；（2）具有较多的等位性变异；（3）共显性标记，可鉴别出杂合子和纯合子；（4）实验重复性好，结果可靠；（5）由于创建新的标记时需知道重复序列两端的序列信息，因此

分子标记辅助的遗传育种实践

分子标记辅助的遗传育种实践分子标记辅助的遗传育种实践遗传育种是农作物改良中的重要手段，为了提高育种效率和准确性，科学家们通过分子标记技术的应用，开展了分子标记辅助的遗传育种实践。

这项技术的出现，极大地促进了农作物育种的进程。

分子标记是一种通过DNA序列检测和分析的方法，可以确定特定基因位点的遗传信息。

借助这项技术，育种者可以更加准确地筛选和选择具有优良基因的个体，从而加速了育种过程中的杂交和选择。

与传统育种相比，分子标记辅助的育种具有更高的效率和准确性。

在实践中，科学家们首先通过分析物种的基因组，发现了与目标性状相关的分子标记。

这些标记可以是单核苷酸多态性（SNP）或简单重复序列（SSR）等。

然后，他们利用这些标记开展杂交和选择。

通过对大量杂交个体进行分子标记的检测，科学家可以快速筛选出携带目标基因的个体，并将其作为亲本进行后续的杂交。

这种方式避免了传统育种中的大量试验和大规模筛选的工作，提高了育种效率。

此外，在分子标记辅助的育种中，科学家还可以利用分子标记数据进行定位和图谱构建。

通过分析标记位点的位置和分布，可以预测携带目标基因的染色体区域，从而缩小育种目标的范围。

同时，构建遗传图谱可以帮助科学家更好地理解物种的遗传结构和基因座位间的连锁关系，为育种的进一步研究提供了基础。

分子标记辅助的遗传育种实践已经在多个农作物中得到了成功应用。

例如，在水稻育种中，通过分子标记技术可以筛选出高产、抗病、抗虫等多种优良性状的基因，从而加速了新品种的培育。

此外，分子标记还可以用于小麦、玉米、大豆等农作物的育种中。

总之，分子标记辅助的遗传育种实践为农作物改良提供了一种高效、准确的方法。

通过利用分子标记技术，育种者可以更加精确地选择优良基因，加速杂交和选择的过程，并为育种研究提供基础。

随着技术的不断发展，分子标记辅助的遗传育种将在农业生产中发挥愈加重要的作用。

分子标记辅助选择在玉米育种中应用

分子标记辅助选择在玉米育种中的应用分子标记的应用极大地提高了性状选择的效率和准确性，在玉米育种中，分子标记辅助选择是通过分析与目标基因紧密连锁的分子标记来判断目标基因是否存在，大大加速目标基因的转移和利用，从而提高回交育种的效率，较早淘汰不利相关性状，设计和培育理想品种，其快速、准确的优越性已在实践中表现。

1 分子标记辅助选择在玉米育种中的应用1.1 品质性状利用分子标记辅助选择在优质蛋白、高赖氨酸等品质性状上取得一定进展。

白鹏飞等（2011）利用分子标记辅助选择构建qpm近等基因系，以phi057为特异性引物，对90个回交群体各世代进行选择，构建出一批来自不同遗传背景的qpm近等基因系。

梁国虎等（2011）利用基因内的分子标记获得的聚合家系不仅保持了良好的糯性，还显著提高了赖氨酸含量。

杨耀迥等（2010）利用与糯玉米隐性基因（w）x紧密连锁的3对ssr标记phio22、phio27和phio61进行辅助选择选育，在甜质s1家系早代实现了隐性纯合wxwx基因的分子标记辅助选择。

1.2 丝黑穗病玉米丝黑穗病是东北地区玉米的限制性病害，每年给农业生产造成巨大的损失。

石红良等（2005）以mo17（抗）×黄早四（感）分离群体，检测到一致性的qtl分别位于bin 2.09和3.04上。

吉林省农科院与中国农大合作玉米丝黑穗病基因定位，已将主效qtlqhsr1定位在第2染色体bin2.09区段内，找到主效qtl，解释36%的表型变异。

在主效qtl区域发展高密度分子标记，继续精细定位，最终将主效qtl限定在分子标记sts6及sts8的170 kb范围内，此区间发展14个分子标记。

吉海莲等（2007，2012）采用元分析技术，获得2个“一致性”抗病qtl，并选用抗玉米丝黑穗病自交系mo17和sh15为供体，与受体感病自交系黄早四和昌7-2构建回交群体（bc3f1＼bc4f2），通过连锁不平衡分析，在染色体2.09和3.04区段发掘和验证2个抗玉米丝黑穗病主效qtl，连锁标记分别为umc2077和phio53或bnlg1965。

(完整版)分子标记辅助选择育种

分子标记辅助选择育种传统的育种主要依赖于植株的表现型选择(Phenotypieal selection) 。

环境条件、基因间互作、基因型与环境互作等多种因素会影响表型选择效率。

例如抗病性的鉴定就受发病的条件、植株生理状况、评价标准等影响；品质、产量等数量性状的选择、鉴定工作更困难。

一个优良品种的培育往往需花费7〜8年甚至十几年时间。

如何提高选择效率，是育种工作的关键。

育种家在长期的育种实践中不断探索运用遗传标记来提高育种的选择效率与育种预见性。

遗传标记包括形态学标记、细胞学标记、生化标记与分子标记。

棉花的芽黄、番茄的叶型、抗TMV的矮黄标记、水稻的紫色叶鞘等形态性状标记，在育种工作中曾得到一定的应用。

以非整倍体、缺失、倒位、易位等染色体数目、结构变异为基础的细胞学标记，在小麦等作物的基因定位、连锁图谱构建、染色体工程以及外缘基因鉴定中起到重要的作用，但许多作物难以获得这类标记。

生化标记主要是利用基因的表达产物如同工酶与贮藏蛋白，在一定程度上反映基因型差异。

它们在小麦、玉米等作物遗传育种中得到应用。

但是它们多态性低，且受植株发育阶段与环境条件及温度、电泳条件等影响，难以满足遗传育种工作需要。

以DNA多态性为基础的分子标记，目前已在作物遗传图谱构建、重要农艺性状基因的标记定位、种质资源的遗传多样性分析与品种指纹图谱及纯度鉴定等方面得到广泛应用，尤其是分子标记辅助选择（molecular marker-as —sisted selection , MAS育种更受到人们的重视。

第一节分子标记的类型和作用原理一、分子标记的类型和特点按技术特性，分子标记可分为三大类。

第一类是以分子杂交为基础的DNA标记技术，主要有限制性片段长度多态性标记(Restriction fragment length polymorphisms，RFLP标记)；第二类是以聚合酶链式反应(Polymerase chain reaction ，PCR反应)为基础的各种DNA指纹技术。

第5章_分子标记辅助选择育种

amplification of tracts of DNA defined by border sequences that hybridize to selected DNA polymerase primers
Requires: - target DNA - thermostable DNA polymerase (Taq) - oligonucleotide primer(s) (7-30nt) - dNTPs + Mg++
Amplified frangment length Polymorphism
Simple sequenc增片断长度多态性
简单序列重复
Simple mucleotide polymorphism
单核苷酸多态性
分子标记的遗传基础
标记辅助选择的主要方面是对目标基因的选择，有人称之为前景选择（foreground selection）。前景选择的可靠性主要取决于标记与目标基因间连锁的紧密程度。若只用一个标记对目标基因进行选择，则标记与目标基因间的连锁必须非常紧密，才能够达到较高的正确率。
四、数量性状基因的定位
四.影响分子标记辅助选择 (MAS) 的因素
大量理论和实践研究表明，影响 MAS 选择效率的因素非常复杂，其中标记与基因 (QTL) 之间的距离、目标性状的遗传率、群体大小和性质、选用分子标记数目以及标记与基因 (QTL) 的连锁相等是重要因子。
1 标记与连锁基因 (QTL) 间的连锁程度前景选择的准确性主要取决于标记与目标
3 群体大小和性质
群体大小是制约MAS选择效率的重要因素之一。一般情况下，MAS群体大小不应小于 200个。选择效率随着群体增加而加大，特别是在低世代，群体连锁不平衡性越大，M AS效率就越高。由两个自交系杂交产生的F2 群体，其连锁不平衡性往往最大，因而其M AS效率也较高。

分子标记辅助育种技术

分子标记辅助育种技术分子标记辅助育种技术是在水稻、小麦、玉米、大豆、油菜等重要作物上，通过利用与目标性状紧密连锁的DNA分子标记对目标性状进行间接选择，以在早代就能够对目标基因的转移进行准确、稳定的选择，而且克服隐性基因再度利用时识别的困难，从而加速育种进程，提高育种效率，选育抗病、优质、高产的品种。

（一）发展回顾我国的农作物分子标记辅助育种的研究始于90年代初，在过去的近十年时间里，取得了重要的研究进展：1.构建了水稻等作物的染色体遗传图谱；2.构建了水稻染色体物理图谱；3.利用分子标记对我国作物种质资源遗传多样性进行了初步的研究；4.对一些重要的农艺性状进行了定位、作图与标记，相应的基因克隆已在进行。

在基因组计划开展以来的短短的几年时间内，主要农作物的遗传连锁图的绘制均已完成。

1996年我国用RFLP标记对水稻进行作图，构建了水稻12条染色体的完整连锁图。

此后，又构成了有612个标记的水稻遗传连锁图，较好地满足水稻遗传育种工作的需要。

除水稻之外，还绘制了谷子的RFLP连锁图。

构建了大豆分子标记遗传框架图、小麦野生近缘植物小伞山羊草的连锁图以及小麦的第1、第5、第6染色体部分同源群RFLP连锁图等。

1997年，利用广陆矮4号水稻品种构建的BAC文库，建立了631个长度不同的跨叠群。

用水稻遗传图谱上的RFLP标记及STS标记确定了631个跨叠群在水稻12条染色体上的位置，绘制出了水稻的染色体物理图。

该物理图长为352284Kb，覆盖了水稻基因组的92%。

我国近年来对作物的重要性状，如育性基因、抗性基因及产量性状基因的作图与标记方面开展了大量研究工作。

在育性方面，找到了与光敏核不育水稻的光敏不育基因位点连锁的RFLP标记。

定位了水稻不育系5460F的育性隐性单基因tms1，并找到与之紧密连锁（1.2cM）的RFLP标记。

定位水稻野败不育系恢复基因的两个主效基因Rfi3和Rfi4，初步确定了与其中Rfi3基因紧密连锁(2.7cM)的RFLP标记，并已转化为STS标记。

利用分子标记辅助育种

利用分子标记辅助育种一、分子标记辅助育种概述分子标记辅助育种是现代生物技术与传统育种方法相结合的一种高效育种技术。

它利用分子标记与目标基因紧密连锁的特性，在作物育种过程中对目标基因进行追踪和选择，从而显著提高育种效率和准确性。

随着分子生物学技术的不断发展，分子标记辅助育种已成为作物遗传改良的重要手段，在农业生产中发挥着越来越重要的作用。

二、分子标记辅助育种的关键技术1. 分子标记类型- SSR标记（简单重复序列标记）：SSR标记具有多态性高、共显性遗传、重复性好等优点。

其核心是由1 - 6个核苷酸组成的简单重复序列，广泛分布于基因组中。

通过设计特异性引物对SSR区域进行扩增，根据扩增产物的长度多态性来检测个体间的差异。

例如，在水稻育种中，利用SSR 标记可以有效区分不同品种的水稻，为品种鉴定和纯度检测提供了可靠的方法。

- SNP标记（单核苷酸多态性标记）：SNP标记是基因组中单个核苷酸的变异，是最常见的遗传变异类型。

它具有数量多、分布广泛、检测通量高的特点。

SNP标记的检测方法包括基于PCR的方法、芯片技术和新一代测序技术等。

在玉米育种中，SNP标记已被广泛应用于全基因组关联分析（GWAS），用于挖掘与重要农艺性状相关的基因位点，为分子标记辅助选择提供了丰富的标记资源。

- AFLP标记（扩增片段长度多态性标记）：AFLP标记结合了RFLP（限制性片段长度多态性）和PCR技术的优点，具有较高的多态性检测效率。

其原理是通过对基因组DNA进行限制性内切酶酶切，然后连接特定的接头，再进行选择性扩增。

扩增产物通过电泳分离，根据片段长度多态性来分析遗传差异。

在小麦育种中，AFLP标记可用于构建遗传连锁图谱，定位控制小麦抗病性、品质等性状的基因。

2. 目标基因定位与克隆- 连锁分析：连锁分析是通过研究标记与目标基因在染色体上的连锁关系来定位目标基因的方法。

当标记与目标基因紧密连锁时，它们在遗传过程中倾向于一起传递。

第五章分子标记辅助育种

变性
变性，退火
PCR
CEL I
走胶，检测
第三节分子标记在育种中的应用
分子图谱的构建品种、品系鉴定和杂交种纯度分析亲缘关系分析基因标记及标记辅助育种（Markerassisted Selection，MAS）数量性状因位点（QTL）的分子标记辅助选择
1 分子图谱的构建
主要包括以下步骤：
Indica (151) TCATCCAGCTATTCGCTAATGTTTATGTGTTGTAGGAAATATGGATCACT Japonica (151) TCATCCAGCTATTCGCTAATGTTTATGTGTTGTAGGAAATATGGATCACT
Right primer
G C A T
G C A T
数量极多，遍及整个基因组；
多态性高，利用大量引物、探针可完成覆盖基因组的分析；
表现为中性，即不影响目标性状的表达，与不良性状无必然的连锁；
许多标记为共显性。
Molecular Marker
Based on variation in the DNA sequence Single base mutation
l 基于Southern杂交的分子标记基于PCR技术的分子标记
一、基于Southern杂交的分子标记
限制性片段长度多态性（Restriction Fragment Length Polymorphism）小卫星DNA（Minisatellite DNA）
1 RFLP标记
RFLP标记的原理植物基因组DNA上的
Right primerrimer
Indica (1) CGGCATATGCTATTTTCTTTGCATCTTTTAACTCTTTATGGTTCTCTCAT Japonica (1) CGGCATATGCTATTTTCTTTGCATCTTTTAACTCTTTATGGTTCTCTCAT

鲟鱼育种技术之分子标记辅助育种的应用与展望

102 2018年第5期
技术交流
部分序列、细胞色素b、12s rRNA、 16s rRNA等基因作为分子标记进行研究。Ludwig等对19种鲟属及1种白鲟属共计1238条鲟鱼的mtDNA控制区进行研究，表明种间异质性存在于所有品种中。Krieger等通过mtDNA序列探究北美鲟形目鱼类系统发育关系，表明美洲白鲟与中吻鲟、湖鲟与短吻鲟均为姐妹类群。张四明等研究者首次检测了我国鲟形目鱼类共12种mtDNA ND4L和ND4基因序列，表明鳇属可归并到鲟属，达氏鲟与中华鲟亲缘关系最近且环太平洋地区鲟科鱼类可能有共同的起源。本课题组对我国五种鲟鱼线粒体DNA控制区不同种类串联重复序列的研究发现达氏鳇和史氏鲟重复序列单元相似度为82.93％，西伯利亚鲟和俄罗斯鲟相似度为90.59％, 并推测不同地理区域相同五种的重复序列可能发生过分子内重组。通过对鲟鱼系统进化分析，为我国建立鲟鱼供有效依据。
（三）鲟鱼功能基因与基因组研究
关于水产动物基因组学上的研究，目前已获得鲤鱼、罗非鱼、虹鳟、斑点叉尾鮰、半滑舌鳎和大黄鱼等养殖经济鱼类的全基因组序列，并开展了丰富的功能基因相关研究。与这些鱼类相比，鲟鱼染色体数量庞大，且为多倍体，目前尚未获得完整的全基因组序列的报道，因此对于功能基因及基因组学相关研金平等通过SSH技术构建了一，素有“活化石”之称。鲟鱼浑身上下都是宝，其卵做成的鱼子酱更有“黑色黄金”的美誉。鲟鱼因其重要的经济价值而成为我国重要的淡水养殖品种。由于鲟鱼性成熟晚，繁殖周期长，育种的世代间隔很长，仅通过传统手段开展鲟鱼育种周期太长，从而限制了优良品种的选育。利用分子标记辅助育种对鲟鱼一些重要经济性状，如抗病、繁殖、生长等数量性状的分子标记开发和应用能够实现亲鱼的早期选择，大大缩短世代间隔和育种周期。目前，世界许多国家通过分子生物技术手段开展了对不同种鲟鱼遗传多样性分析、种质资源保护、遗传背景检测、功能基因克隆等方面的研究。与发达

分子标记辅助选择育种

玉米分子标记连锁图谱(6-10)
（5）产量①性单状位QT点L分Q析TL分析
玉米产量性状QTL分布（1-5染色体）玉米Βιβλιοθήκη 量性状QTL分布（6-10染色体）
【三】目标基因的标记筛选
目标基因的标记筛选（gene tagging）是进行分子标记辅助选择（MAS）育种的基础。用于MAS育种的分子标记须具备三个条件：
模拟研究发现随着 QTL 增加，MAS 效率降低。当目标性状由少数几个基因(1-3)控制时，用标记选择对发掘遗传潜力特别有效，然而当目标性状由多个基因控制时，由于需要选择世代较多，加剧了标记与 QTL 位点重组，降低了标记选择效果，在少数 QTL 可
8 控制数量性状QTL的划分、定位及其效应分布
1 标记与连锁基因 (QTL) 间的连锁程度前景选择的准确性要紧取决于标记与目标基因的
连锁强度，标记与基因连锁得愈紧密，依据标记进行选择的可靠性就愈高。
此外，重组值r也影响到由该标记位点等位基因分离产生遗传方差的大小r值越小，遗传方差越大，数量性状的选择效率越高。
2 性状的遗传率
性状的遗传率极大地影响MAS 选择效率。遗传率较高的性状，依照表型就可较有把握地对事实上施选择，如今分子标记提供信息量较少，MAS效率随性状遗传率增加而显著降低。利用MAS技
并把目标基因定位于分子图谱上。
（3）简便快捷的标记检测方法。
3.分子标记辅助选择育种的差不多程序：第一步，目标基因的精细定位，要求目标基因有一个与其紧
密连锁的分子标记，同时目标基因座位与分子标记座位之间的遗传距离小于5cM；第二步，采用RFLP、RAPD、AFLP、SSR等分子标记进行多态性检测；第三步，利用计算机分析多态性；第四步，应用RFLP、RAPD、AFLP、SSR等标记针对育种群体进行分子标记辅助选择。

分子标记的发展及分子标记辅助育种

分子标记的发展及分子标记辅助育种分子标记是一种分子生物学技术，利用分子标记可以对生物体进行精确的鉴定和分类，从而为种质资源的收集、保存和利用提供了科学依据，也为育种研究提供了有力的工具。

在过去的几十年里，分子标记在植物和动物育种中的应用得到了快速的发展，并取得了显著的成果。

分子标记的发展始于20世纪80年代初，当时人们发现了一种短序列的DNA片段可以在不同个体之间显示出遗传多样性，这是由于这些DNA片段的序列差异引起的。

这些DNA片段被称为分子标记，通过对它们进行分析可以对个体之间的遗传关系和遗传多样性进行研究。

最早被应用的分子标记技术是限制性片段长度多态性（RFLP），它通过酶切基因组DNA并利用凝胶电泳分析鉴定目标DNA片段。

随着技术的不断进步，研究者们开发了更多的分子标记技术，如随机扩增多态性DNA（RAPD）、简单重复序列（SSR）、单核苷酸多态性（SNP）等。

这些技术的应用使得分子标记研究更加快速、精确和可行，并且具有较高的标记密度和遗传显著性。

分子标记辅助育种是一种利用分子标记技术辅助繁殖和选育目标生物种的育种方法。

通过对目标性状的分子标记进行检测和分析，可以提高育种效率和精确性。

分子标记可以用来鉴定和筛选出具有良好性状的亲本，进行遗传多样性分析，生成遗传地图，以及进行分子辅助选择等。

分子标记辅助育种可以节省时间和人力，并且提高了育种的预测能力和成功率。

在植物育种中，分子标记辅助育种已经取得了显著成果。

例如，通过利用分子标记鉴定具有抗病性的基因或性状，育种者可以选择更适应特定环境或具有更好品质的材料，从而加速育种进程。

此外，分子标记辅助选育还可以用于配制亲本材料，避免不受欢迎的亲缘关系交配，从而提高杂交育种的成功率。

在动物育种中，分子标记辅助育种也得到了广泛应用。

例如，通过对动物基因组进行分子标记分析，可以提高畜禽在繁殖、营养和抗病等方面的性能。

另外，分子标记辅助选择还可以用于肉用动物的品质评估和选育，对于提高畜禽产品的品质和市场竞争力具有重要意义。

分子标记辅助育种课件

优点：只需要极少量的DNA模板；不需要Southern杂交；不需要预先知道DNA的序列信息；重复性好，可快速获得大量信息。
缺点：受专利保护
AFLP
( Amplified Fragment Length Polymorphism )
51
五、分子标记在生物技术中的应用
1.建立高密度的遗传连锁图谱
polymorphism，限制性内切酶酶切片段长度多态性) 标记；
（二）基于PCR的分子标记
1. 随机引物PCR标记： RAPD（randomly amplified polymorphic DNA ，
PCR 随机扩增基因组DNA多态性）标记； ISSR（inter-simple sequence repeats，简单重复序
4.2 RAPD 标记
1990年，Williams和Welsh等 • 技术：随机合成10-mer引物的PCR • 依赖：引物靶位点的突变（显性效应）
引物靶位点间序列大片段的缺失，插入(共显性效应)
• 特点：随机序列引物
随机检测等位基因
随机引物数目的增加所检测到的RAPD理论上可覆盖整个基因组
3.利用DNA分子标记可以鉴别品种，评估
品种纯度
4.育种中的分子标记辅助选择
第二节重要农艺性基因连锁标记的筛选技术
一、MAS育种的分子标记具备的条件 1.分子标记与目标基因紧密连锁 2.标记适用性强,重复性好,经济简便的检测大量个体 3.不同遗传背景选择有效
二、遗传图谱构建与重要农艺性状基因的标记
5`-3`序列 Sequence
GGG(ACA)5 GAT(ACA)5 GAC(ACA)5 GGG(CCA)5 GAT(CCA)5 GAC(CCA)5 AGG(CCA)5 AAT(CCA)5 AAC(CCA)5 TGG(CCA)5 TAT(CCA)5

分子标记辅助育种

（二）基于PCR的分子标记
1. 随机引物PCR标记：
RAPD（randomly amplified polymorphic DNA ， PCR 随机扩增基因组DNA多态性）标记； ISSR（inter-simple sequence repeats，简单重复序列间区多态性）标记。
（2）特异引物PCR标记： SSR (simple sequence repeats，简单序列重复，微卫星 ) 标记； STS (sequence tagged-site，序列标签位点 ) 标记； DD-PCR (differential display PCR，差异显示 PCR ) 标记。
多态性标记数 Polymorphic fragments 7 4 5 4 8 5 5 7 10 7 6
5`-3`序列 Sequence TTC(CCA)5 GAG(CGA)5 GTT(CGA)5 GCC(CGA)5 AAG(CGA)5 ATT(CGA)5 ATC(CGA)5 TAG(CGA)5 TTT(CGA)5 TCC(CGA)5
34
35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48
R-34
R-35 R-36 R-37 R-38 R-39 R-40 R-41 R-42 R-43 R-44 R-45 R-46 R-47 R-48
BARI-245
BARI-268 BARI-278 BARI-280 BARI-282 Z012L031L Z010JV45J Z127O108O Z127O115O Z149O046O BARI-210 ZB00-0140 Z1170016P Z1390023P Z028P057P
成本
高
较低