上机实习二：数据格式和数据转换(bioedit和readseq)
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分析方法（举例）
在本地计算机上利用BioEdit工具进行分析 打开要分析序列的文件并copy序列，在BioEdit分析工 具的“File”栏目选择“New from Clipboard”粘贴序列
在本地计算机上利用BioEdit工具进行分析 打开要分析序列的文件并copy序列，在BioEdit分析工 具的“File”栏目选择“New from Clipboard”粘贴序列 选择被粘贴序列的名称，在“Sequence”栏目点击 “Nucleic Acid→Nucleotide Composition” 文字分析结果和图形结果
在“Create Restriction Map”页面中选择限制性内切酶种 类、选择阅读框等后点击“Generate Map”
分析结果
4. DNA序列格式修饰
根据需要展示DNA序列
10个碱基一列，每行n列
用数字刻度显示每个碱基位置
用颜色显示不同碱基
在序列左侧标注序列名称
分析方法（举例）
分析方法－翻译选择的DNA序列区段，显示DNA和 氨基酸序列（举例3）
在SRS检索主页（http://srs.ebi.ac.uk）点击“Tools” 在Tool网页选择“Nucleic Tools→Nucleic Translation →ShowseqN”，点击“Launch”
在ShowseqN网页在“display format”栏目选择“one frame translation”、选择阅读框和遗传密码类型，输入编码区，粘 贴序列
分析方法－翻译选择的DNA序列区段（举例2）
在SRS检索主页（http://srs.ebi.ac.uk）点击“Tools” 在Tool网页选择“Nucleic Tools→Nucleic Translation →Transeq”，点击“Launch” 在Transeq网页选择阅读框和遗传密码类型，输入编 码区，粘贴序列 分析结果
选择被粘贴序列的名称，在“Sequence”栏目点击“Nucleic Acid→Complete”获得互补序列、“Nucleic Acid→Reverse Complete”获得反向互补序列、“Nucleic Acid→DNA-RNA”获 得RNA序列 在“Edit”栏目选择“Copy Sequence to clipboard (Fasta Format)”将获得的序列粘贴到另一个文件
互补序列 （complement)
反向序列 （reverse)
AGAGCACTCTAGATCGTAAGTAGAGTGACGCACACCTGGGTACCGGTAAAAA
反向互补序列 TCTCGTGAGATCTAGCATTCATCTCACTGCGTGTGGACCCATGGCCATTTTT （reverse complement) RNA序列
阅读框 1 阅读框 2 阅读框 3
分析方法－翻译全长DNBiblioteka Baidu序列（举例1）
在本地计算机上利用BioEdit工具进行分析 打开要分析序列的文件并copy序列，在BioEdit分析工 具的“File”栏目选择“New from Clipboard”粘贴序列 选择被粘贴序列的名称，在“Sequence”栏目点击 “Nucleic Acid→Translate →Frame 1”获得氨基酸序列 分析结果
File：文件菜单
Edit：编辑菜单 Sequence: 序列菜单 Alignment： 排列菜单 View：视图菜单 Accessory Application：应用程序菜单 RNA：RNA序列分析菜单 World wide web：网络菜单 Options：选项菜单 Window：窗口菜单 Help：帮助菜单
2. 序列变换 DNA－DNA序列之间变换
DNA－RNA序列之间变换
原始DNA序列
AAAAATGGCCATGGGTCCACACGCAGTGAGATGAATGCTAGATCTCACGAGA TTTTTACCGGTACCCAGGTGTGCGTCACTCTACTTACGATCTAGAGTGCTCT
上机实习 核酸序列的基本分析方法
序列检索（NM_015013 ）
Bioedit软件介绍和部分功能使用
序列格式转换 序列比对
序列检索 Bioedit软件介绍和部分功能使用
序列格式转换
序列比对
Bioedit软件介绍和部分功能使用
• Lasergene • Bioedit软件的菜单
分析结果
3.分析限制性内切酶（restriction endonuclease）消化 位点
展示DNA序列的酶切位点图
可选择限制性内切酶
分析方法（举例）
在本地计算机上利用BioEdit工具进行分析 打开要分析序列的文件并copy序列，在BioEdit分析工 具的“File”栏目选择“New from Clipboard”粘贴序列 选择被粘贴序列的名称，在“Sequence”栏目点击 “Nucleic Acid→Restriction Map”
1. 确定DNA序列的分子量和碱基组成 分子量（molecular weight） 单链DNA（single strand DNA，ssDNA）
双链DNA（double strand DNA，dsDNA）
碱基组成（composition） 各种碱基数量 各种碱基比例
分析举例
6. 上机操作
分别在Genbank数据库中检索NM_015013 ，并查 看该序列的文本（flat file）文件内容; 试比较Genbank和EMBL格式中主要字段的异同 ； 熟悉Bioedit综合序列分析软件，会利用该软件对 NM_015013 序列进行以下分析： 1. 确定DNA序列的分子量和碱基组成 2. 序列变换 3.分析限制性内切酶切割位点 4.DNA序列格式修饰 会利用readseq在线程序进行序列格式的转换。
在本地计算机上利用BioEdit工具进行分析 打开要分析序列的文件并copy序列，在BioEdit分析工 具的“File”栏目选择“New from Clipboard”粘贴序列 选择被粘贴序列的名称，在“File”栏目点击“Graphic View” 在“BioEdit Sequence Alignment Editor”页面中 选择各种参数修饰序列
DNA－蛋白质序列之间变换
AAAAATGGCCATGGGTCCACACGCAGTGAGATGAATGCTAGATCTCACGAG K N G H G S T R S E M N A R S H E K K M W A P M W G V P H H T A Q V * R D * E M C L * D I L S T R R
核酸序列的分析方法
序列检索 Bioedit软件介绍和部分功能使用
序列格式转换
序列比对
DNA序列格式转换
根据需要转换DNA序列
SeqVerter 1.3
ForCon 1.0
Readseq 2.1.22
http://www-bimas.cit.nih.gov/molbio/readseq/
分析方法（举例）
在本地计算机上利用BioEdit工具进行分析 打开要分析序列的文件并copy序列，在BioEdit分析工 具的“File”栏目选择“New from Clipboard”粘贴序列
在本地计算机上利用BioEdit工具进行分析 打开要分析序列的文件并copy序列，在BioEdit分析工 具的“File”栏目选择“New from Clipboard”粘贴序列 选择被粘贴序列的名称，在“Sequence”栏目点击 “Nucleic Acid→Nucleotide Composition” 文字分析结果和图形结果
在“Create Restriction Map”页面中选择限制性内切酶种 类、选择阅读框等后点击“Generate Map”
分析结果
4. DNA序列格式修饰
根据需要展示DNA序列
10个碱基一列，每行n列
用数字刻度显示每个碱基位置
用颜色显示不同碱基
在序列左侧标注序列名称
分析方法（举例）
分析方法－翻译选择的DNA序列区段，显示DNA和 氨基酸序列（举例3）
在SRS检索主页（http://srs.ebi.ac.uk）点击“Tools” 在Tool网页选择“Nucleic Tools→Nucleic Translation →ShowseqN”，点击“Launch”
在ShowseqN网页在“display format”栏目选择“one frame translation”、选择阅读框和遗传密码类型，输入编码区，粘 贴序列
分析方法－翻译选择的DNA序列区段（举例2）
在SRS检索主页（http://srs.ebi.ac.uk）点击“Tools” 在Tool网页选择“Nucleic Tools→Nucleic Translation →Transeq”，点击“Launch” 在Transeq网页选择阅读框和遗传密码类型，输入编 码区，粘贴序列 分析结果
选择被粘贴序列的名称，在“Sequence”栏目点击“Nucleic Acid→Complete”获得互补序列、“Nucleic Acid→Reverse Complete”获得反向互补序列、“Nucleic Acid→DNA-RNA”获 得RNA序列 在“Edit”栏目选择“Copy Sequence to clipboard (Fasta Format)”将获得的序列粘贴到另一个文件
互补序列 （complement)
反向序列 （reverse)
AGAGCACTCTAGATCGTAAGTAGAGTGACGCACACCTGGGTACCGGTAAAAA
反向互补序列 TCTCGTGAGATCTAGCATTCATCTCACTGCGTGTGGACCCATGGCCATTTTT （reverse complement) RNA序列
阅读框 1 阅读框 2 阅读框 3
分析方法－翻译全长DNBiblioteka Baidu序列（举例1）
在本地计算机上利用BioEdit工具进行分析 打开要分析序列的文件并copy序列，在BioEdit分析工 具的“File”栏目选择“New from Clipboard”粘贴序列 选择被粘贴序列的名称，在“Sequence”栏目点击 “Nucleic Acid→Translate →Frame 1”获得氨基酸序列 分析结果
File：文件菜单
Edit：编辑菜单 Sequence: 序列菜单 Alignment： 排列菜单 View：视图菜单 Accessory Application：应用程序菜单 RNA：RNA序列分析菜单 World wide web：网络菜单 Options：选项菜单 Window：窗口菜单 Help：帮助菜单
2. 序列变换 DNA－DNA序列之间变换
DNA－RNA序列之间变换
原始DNA序列
AAAAATGGCCATGGGTCCACACGCAGTGAGATGAATGCTAGATCTCACGAGA TTTTTACCGGTACCCAGGTGTGCGTCACTCTACTTACGATCTAGAGTGCTCT
上机实习 核酸序列的基本分析方法
序列检索（NM_015013 ）
Bioedit软件介绍和部分功能使用
序列格式转换 序列比对
序列检索 Bioedit软件介绍和部分功能使用
序列格式转换
序列比对
Bioedit软件介绍和部分功能使用
• Lasergene • Bioedit软件的菜单
分析结果
3.分析限制性内切酶（restriction endonuclease）消化 位点
展示DNA序列的酶切位点图
可选择限制性内切酶
分析方法（举例）
在本地计算机上利用BioEdit工具进行分析 打开要分析序列的文件并copy序列，在BioEdit分析工 具的“File”栏目选择“New from Clipboard”粘贴序列 选择被粘贴序列的名称，在“Sequence”栏目点击 “Nucleic Acid→Restriction Map”
1. 确定DNA序列的分子量和碱基组成 分子量（molecular weight） 单链DNA（single strand DNA，ssDNA）
双链DNA（double strand DNA，dsDNA）
碱基组成（composition） 各种碱基数量 各种碱基比例
分析举例
6. 上机操作
分别在Genbank数据库中检索NM_015013 ，并查 看该序列的文本（flat file）文件内容; 试比较Genbank和EMBL格式中主要字段的异同 ； 熟悉Bioedit综合序列分析软件，会利用该软件对 NM_015013 序列进行以下分析： 1. 确定DNA序列的分子量和碱基组成 2. 序列变换 3.分析限制性内切酶切割位点 4.DNA序列格式修饰 会利用readseq在线程序进行序列格式的转换。
在本地计算机上利用BioEdit工具进行分析 打开要分析序列的文件并copy序列，在BioEdit分析工 具的“File”栏目选择“New from Clipboard”粘贴序列 选择被粘贴序列的名称，在“File”栏目点击“Graphic View” 在“BioEdit Sequence Alignment Editor”页面中 选择各种参数修饰序列
DNA－蛋白质序列之间变换
AAAAATGGCCATGGGTCCACACGCAGTGAGATGAATGCTAGATCTCACGAG K N G H G S T R S E M N A R S H E K K M W A P M W G V P H H T A Q V * R D * E M C L * D I L S T R R
核酸序列的分析方法
序列检索 Bioedit软件介绍和部分功能使用
序列格式转换
序列比对
DNA序列格式转换
根据需要转换DNA序列
SeqVerter 1.3
ForCon 1.0
Readseq 2.1.22
http://www-bimas.cit.nih.gov/molbio/readseq/