VASP经典学习教程,有用

V ASP 学习教程太原理工大学量子化学课题组

2012/5/25 太原

目录

第一章Linux命令 (1)

1.1 常用命令 (1)

1.1.1 浏览目录 (1)

1.1.2 浏览文件 (1)

1.1.3 目录操作 (1)

1.1.4 文件操作 (1)

1.1.5 系统信息 (1)

第二章SSH软件使用 (2)

2.1 软件界面 (2)

2.2 SSH transfer的应用 (3)

2.2.1 文件传输 (3)

2.2.2 简单应用 (3)

第三章V ASP的四个输入文件 (3)

3.1 INCAR (3)

3.2 KPOINTS (4)

3.3 POSCAR (4)

3.4 POTCAR (5)

第四章实例 (5)

4.1 模型的构建 (5)

4.2 V ASP计算 (8)

4.2.1 参数测试 (8)

4.2.2 晶胞优化(Cu) (13)

4.2.3 Cu(100)表面的能量 (14)

4.2.4 吸附分子CO、H、CHO的结构优化 (15)

4.2.5 CO吸附于Cu100表面H位 (17)

4.2.6 H吸附于Cu100表面H位 (18)

4.2.7 CHO吸附于Cu100表面B位 (19)

4.2.8 CO和H共吸附于Cu100表面 (20)

4.2.9 过渡态计算 (21)

第一章Linux命令

1.1 常用命令

1.1.1 浏览目录

cd: 进入某个目录。如：cd /home/songluzhi/vasp/CH4 cd .. 上一层目录；cd / 根目录；

ls: 显示目录下的文件。

注：输入目录名时，可只输入前3个字母，按Tab键补全。1.1.2 浏览文件

cat：显示文件内容。如：cat INCAR

如果文件较大，可用：cat INCAR | more (可以按上下键查看) 合并文件：cat A B > C (A和B的内容合并，A在前，B在后) 1.1.3 目录操作

mkdir：建立目录；rmdir：删除目录。

如：mkdir T-CH3-Rh111

1.1.4 文件操作

rm：删除文件；vi：编辑文件；cp：拷贝文件

mv：移动文件；pwd：显示当前路径。

如：rm INCAR rm a* (删除以a开头的所有文件)

rm -rf abc (强制删除文件abc)

tar：解压缩文件。压缩文件？？rar

1.1.5 系统信息

df：分区占用大小。如：df -h

du：各级目录的大小。

top：运行的任务。

ps ax：查看详细任务。

kill：杀死任务。如：kill 12058 （杀死PID为12058的任务）注：PID为top命令的第一列数字。

第二章SSH软件使用

2.1 软件界面

SSH界面

SSH transfer

2.2 SSH transfer的应用

2.2.1 文件传输

从本地文件中，把所需的计算文件直接拖到服务器中。一般就是V ASP计算的四个文件INCAR，KPOINTS，POSCAR，POTCAR。

2.2.2 简单应用

在右侧文件夹中可以直接构建文件夹，删除文件，修改文件。

从SSH要cd到某个文件夹下时，可先从SSH transfer进入，直接复制路径栏，可快速进入。

第三章V ASP的四个输入文件

3.1 INCAR

SYSTEM = name

ENCUT = 400

PREC = Medium

EDIFF = 5E-4

EDIFFG = -0.1

GGA = 91

VOSKWN = 1 ! 磁性计算

ISYM = 0 ! 对称0 无1 有

LREAL = .FALSE. ! 倒空间

ISPIN = 2 ! 2 磁性计算1 不进行

ISTART = 0 ! 0初次计算，1再次计算

ICHARG = 2 ! 2构造原子密度

ISMEAR = 2 ! -5 半导体；DOS 静态计算0；原胞较大，k点

小于4，单个原子，小分子；1 2金属体系。SIGMA = 0.1

IBRION = 2 ! 1 DIIS, 2 CG, 5 频率，3 过渡态

ISIF = 2 ! 2 结构优化，3 晶胞优化

NSW = 200 ! 离子运动步数

POTIM = 0.05 ! 步长

NELMIN = 4 ! 最小迭代次数

NELM = 200 ! 最多迭代次数

LWAVE = .FALSE. ! 不输出波函数

LCHARG = .FALSE. ! 不输出密度函数

3.2 KPOINTS

对于表面

surface

M

5 5 1

0 0 0

对于分子和原子

atom or molcular

1

Rec

0 0 0 1

3.3 POSCAR

CH4在Co100表面Top位的吸附!(名称)

1.0

5.0120000839 0.0000000000 0.0000000000

0.0000000000 5.0120000839 0.0000000000

0.0000000000 0.0000000000 15.3159999847

Co H C

16 4 1

S

Direct

0.000000000 0.000000000 0.108070001 T T T

0.000000000 0.000000000 0.333149999 T T T

0.250000000 0.250000000 0.000000000 F F F

0.250010014 0.250000000 0.225119993 T T T

0.500000000 0.000000000 0.108060002 T T T

0.500000000 0.000000000 0.333149999 T T T

0.750000000 0.250000000 0.000000000 F F F

0.749989986 0.250000000 0.225119993 T T T

0.000000000 0.500000000 0.108070001 T T T

0.000000000 0.500000000 0.333139986 T T T

0.250000000 0.750000000 0.000000000 F F F

0.250010014 0.750000000 0.225130007 T T T

0.500000000 0.500000000 0.108070001 T T T

0.500000000 0.500000000 0.333149999 T T T

0.750000000 0.750000000 0.000000000 F F F

0.749989986 0.750000000 0.225119993 T T T

0.500079989 0.501429975 0.451510012 T T T

0.292820007 0.502219975 0.546630025 T T T

0.601890028 0.680920005 0.546850026 T T T

0.602090001 0.323870003 0.547209978 T T T