Gaussian中如何为不同原子指定不同基组

Gaussian中如何为不同原子指定不同基组

We m ay need a larger basis to describe the atom s involved in reaction, whil e describing

the rest of the system with sm aller basis sets.

In this case, we need the "Gen" keyword

A sam ple input:

#gfinput iop(6/7=3)

#B3LYP/Gen Opt

……

N1 N2 N3 0

6-311++G(d,p)

****

N4 N5 N6 0

6-31G

****

17:08 | 添加评论 | 固定链接 | 查看引用通告(0) | 写入日志

如何寻找transition state

如何寻找transition state

Answer:

A sam ple route section

#gfinput iop(6/7=3)

#B3LYP/6-31G(d) Opt(TS,Noeigen)

In order to increase the efficiency of the saddle point search,we could cal culate

the force constants by adding "CalcFC" keyword.

#gfinput iop(6/7=3)

#B3LYP/6-31G(d) Opt(TS,Noeigen,Cal cFC)

We can also ask Gassian to autom ati cally generate a gues structure for the reaction

by using keyword "QST3" or "QST2"

#gfinput iop(6/7=3)

#B3LYP/6-31G(d) Opt(QST3,Noeigen,CalcFC)

A+B-->C Reactant //title section

0 1

structure of A+B

A+B-->C Product

0 1

structure of C

A+B-->C TS

0 1

guess structure for the TS

Note:the corresponding atom s need to appear in the sam e order within all th e m olecule specifications.

发信人: ghb (Never is a long tim e), 信区: Gaussian

标题: Re: 如何寻找transition state?

发信站: BBS 大话西游站(Sat Jan 5 11:10:02 2002)

找TS好像也不是那么简单

我试了一下用QST2优化一个光环化反应的TS

用PM3方法，竟然out文件有240M！

而且link died at L9999

ft死了

仔细想想，其实也就是对反应物分子和产物分子的Redandunt coordinate

按照设定的path＝N做N等分，从这条路径找到一个近似的TS

如果用Z-m atrix一般都不会收敛

然后再逐步调整，根据Hessian判断是否到达了真正的TS

我试过这样做，不知道是否有用，大家讨论讨论吧：

用WinMopac2.0也可以做半经验的IRC计算，但不一定要从TS开始

可以选定Reaction Coordinate，让他从反应分子变到产物分子

例如对某个键断裂反应，选键长为反应坐标

可以写成这样的形式：1.5,1.6,1.7,1.725,1.75,…,3.4,3.6,4.0,…

在可能的TS附近可以写多一点

然后开始IRC，这样能够得到每个反应坐标处的一个初始构型

当然也有能量，键级等等

Winm opac做这个非常方便，只要吧要做IRC的设为-1，不优化的设为0，优化的设为1 利用这些初始构型，固定每个反应坐标，用比较高的基组进行优化

比如B3LYP/6-31G*

这样得到一系列构性，其基态能量最高者是否就是TS？

当然许多情况下还应该计算激发态，比如光反应。

寻找transition state是量子化学中比较难的一个问题吧

因为体系的波函数不如基态来的那么比较容易描述

关于你具体的说的那个反应，我觉得做法上可能有些技巧可以利用

如在做SQT2是，一般都不会直接输入反应物和产物的坐标

而是会相应作些调整，比如将active bond伸长15%~20%左右

这样做有利于加快计算速度

还有，transition state对基组和理论的选取非常敏感

所以要谨慎

17:04 | 添加评论 | 固定链接 | 查看引用通告(0) | 写入日志

Si的计算

最近在用Gauss研究和Si有关的体系。和导师讨论之后有一些收获，与大家共享。

1、理论分析

Si原子基态组态为3s23p2，即3s轨道填满，3p轨道填2个电子。这2个同科p电子耦合可以形成3P，1D和1S共三个谱项，每个谱项对应于一个总能。其中3P为基态，是9（3×3）重简并的（这里不考虑LS耦合）；1D和1S为激发态，分别是5重和单重简并的；因此共15个态。其能量由低到高的顺序可以由洪特规则判断为：3P1D–1S。

如果允许一个s电子激发到p轨道，则可以形成3s13p3的激发组态。由1个s电子和3个同科p 电子耦合可能形成的谱项可以如下判定：首先考虑3个同科p电子耦合，可以形成2P，2D和4S三个谱项；再耦合一个s电子，则可能形成的谱项为1P，3P；1D，3D；3S和5S，它们分别是3重、9重、5重、15重、3重和5重简并的，共40个态。由洪特规则判断其能量由低到高的顺序为：

5S–3D–3P–3S–1D–1P。

如果允许两个s电子都激发到p轨道，形成更高的激发组态3s03p4，则可能形成的谱项与3p2相同，为3P，1D和1S。

因此对于单重态Si原子，可能的谱项按能量由低到高应为：1D–1S–1D–1P–1D–1S；一共有

5+1+5+3+5+1＝20个不同的态；而对于三重态Si原子，可能谱项的顺序则为：3P–3D–3P–3S–3P，一共有9+15+9+3+9＝45个不同的态。接下来我们用CAS分别对单重态和三重态进行计算。

2、使用CAS进行计算单重态Si原子

对于CAS计算，需要指定活性空间的电子数N和分子轨道数M。对于Si原子，选择3s和3p价电子为活性空间的电子，并把3s和3p轨道作为活性空间的分子轨道，即N＝4，M=4。作为一个例子，这里选择较小的基组STO-3G计算。在通常情况下，还需要使用Guess=Alter或

Guess=Perm ute以确定所选的轨道是所需的。但由于这个例子非常简单，因此无需进行判断。

首先用如下的输入对单重态Si原子进行计算：

#P CASSCF(4,4)/STO-3G

Si Atom Singlet

0 1

Si

在输出文件中可以找到如下的信息（部分被省略）：

PRIMARY BASIS FUNCTION= 1 2 1 2

2 SYMMETR Y TYPE = 3

1 2

1 3

3 SYMMETR Y TYPE = 1