微生物基因组测序分析策略

基因组从头测序
细菌denovo
基因组调查 研究平台 Hiseq2000 精细图 Hiseq2000 完成图 Hiseq2000+(454) +(OM)+Sanger
测序深度 测序策略 建库策略
承诺指标
100X 91PE 500bp
无
150X 91PE 500bp+2K/5kb
Scaffold No. ≦ 60
查询网址：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/?term=
Conten
基因组从头测序
细菌基因组注释分析
编码基因预测方法 基因组注释方法
基因组重测序
宏基因组学分析
细菌基因组注释意义
自然现象
个体功能 （表型）
个体特征
个体特有 物质
特有基因
基因：有遗传效应的DNA片段，是控制生物性状的基本遗传单 位。特有基因的存在导致个体有特殊的功能。
把组装出的contigs或scaffolds从大到小排列，当其累计长度刚刚超过全部组 装序列总长度50%时，最后一个contig 或scaffold的大小即为N50的大小，N50 对评价组装序列的连续性、完整性有重要意义； N70和N90的计算方法与N50类 似，只是百分数变为70%或90%。
Q3：如何了解研究物种是否有参考基因组序列？
ORFs 基因家族分析 基因功能预测
KEGG/COG/SwissProt/TrEMBL/NR/GO
基因组从头测序
真菌denovo
基因组调查 研究平台 Hiseq2000 精细图 Hiseq2000
测序深度 测序策略 建库策略
承诺指标
50X 91PE 500bp
无
100X 91PE 170bp+500bp+5 kb
组装结果
Non-coding RNA注释 重复序列注释
精细图：进行精细 组装，多次调试， 承诺指标： scaffold < 45
完成图：进行精细 组装，多次调试、 补洞，承诺指标： 1 contig, 0 gap
COG注释
基因组环形图分析
基因预测
共线性分析 ORFs 基因家族分析 Ref_gene KEGG/COG/SwissProt /TrEMBL/NR/GO 基因功能注释

产品概述
从头测序即de novo 测序，不需要任何参考序列资料即可对某个物种进行测 序，用生物信息学分析方法进行拼接、组装，从而获得该物种的基因组序 列图谱。
全基因组序列图谱完成后，可以构建该物种的基因组数据库，为该物种的 后基因组学研究搭建一个高效的平台，为后续的基因挖掘、功能验证提供 DNA 序列信息。
细菌基因组注释意义
利
弊
基因组学（genomics。研究基因组的结构、功能及表达产物的学科。） 括 两 方 面 的 内 容 ： 以 全 基 因 组 测 序 为 目 标 的 结 构 基 因 组 学 （ structural genomics ）和以基因功能鉴定为目标的功能基因组学 （ functional genomics) ，又被称为后基因组（ postgenome ）研究。 功 能基 因组 学的 主要 任务 之一 是进 行基 因组 功能 注释 （ genome annotation），了解基因的功能，认识基因与疾病的关系，掌握基因 的产物及其在生命活动中的作用等。
K-mer分析
基因组从头测序
真菌denovo
Clean Reads rRNA & tRNA
组装
非编码RNA预测
组装结果评价
组装结果
重复序列分析
重复序列
分泌蛋白预测
基因预测
参考基因 共线性分析
基因组调查：只进行 粗略组装，一次调试， 不承诺组装指标。
精细图：进行精细组 装，多次调试，承诺 组装指标。
>150X 91PE 170bp+500bp+2K /5kb
1 contig, 0 gap
信息分析 项目周期
简单评估 40工作日
精细组装+高级 45工作日
完整组装+高级 75工作日
基因组从头测序
细菌denovo
细菌完成图（1 contig,0 gap）
多种策略综合运用： 1、Hiseq 1小2大片段数据组装 2、Optical mapping（可选） 3、454（可选） 4、补洞及验证（sanger平台） …
Scaffold N50 ≥ 300kb
信息分析 项目周期
简单评估 40工作日
精细组装+高级 70工作日
基因组从头测序
细菌denovo
基因组调查：只进 行粗略组装，一次 调试，不承诺组装 指标。
组装结果评价 测序数据 前噬菌体预测 De novo组装 基因组岛预测
CRISPR预测 rRNA & tRNA Repeat
微生物基因组测序分析

研究对象 简单基因组（质粒、支原体、衣原体等）、细菌、真菌、环境Meta

研究领域：

研究层面：基因组（DNA）、转录组（RNA）、表观（组蛋白修饰 和DNA甲基化）

相关仪器：Hiseq2000/2500/4000，Miseq (Illumina)；CG；Optical mapping (Opgen)；TripleTOF 5600、AB Sciex QTRAP 5500, etc...

BGI Trans-omics
基因组学
第一部分
基因组学研究 真菌
基因组调查 精细图 重测序 ITS测序
细菌
基因组调查 精细图 完成图 重测序
16s rDNA测序
ContenHale Waihona Puke Baidu
基因组从头测序
细菌基因组注释分析
编码基因预测方法 基因组注释方法
基因组重测序
宏基因组学分析
基因组从头测序
基因组从头测序
Schematic overview of the assembly algorithm
基因组从头测序
1、基因组调查
目的：
1、检查是否样品污染； 2、调查基因组情况（ GC含量、重 复序列、基因组大小、杂合度 等）； 3、为后续改善组装提供依据。
基因组从头测序
1、基因组调查
GC含量与Depth关联分析
基因组从头测序
FAQ
Q1：什么是Read、Contig、Scaffold？
Read：测序读到的碱基序列片段； Contig：由reads通过对 overlap区域拼接组装成的没有 gap的序列段； Scaffold：通过pair ends信息确定出的contig排列，中间有 gap。
Q2：什么是N50，N70，N90？