史继红-西南医科大学图书馆

1.Arrowsmith知识发现系统简介
基于共词分析技术的Arrowsmith工具可以作 为专业人员的科研辅助工具，引导科研人员认识和发 现不同科学、不同研究方向之间潜在的有科学价值的 信息，以便进一步证实科学假设的可行性。
http://arrowsmith.psych.uic.edu/
Arrowsmith知识发现系统简介
*2.CiteCiStepSpaaccee
是一种基于JAVA的可视化文献分析软件，能够显示一 个学科或知识领域在一定时期的发展趋势、动向及研究热 点，发现若干个研究领域的演进历程。 http://cluster.cis.drexel.edu/~cchen/citespace/
3.SPSS
SPSS是世界上最早采用图形菜单驱动界面的统计软件， 最突出的特点就是操作界面极为友好，输出结果美观漂亮。
GoPubMed是利用生物信息学相关知识开发的一个可以对 PubMed检索结果进行聚类、分析的工具/智能搜索引擎。
高度相关的概念
各类统计分析
GoPubMed系统
各类统计分析 Top Years Top Countries Top Cities Top Journals Top Authors Top Terms
如果我们使用大数据分析工具，进行科研选题分析，结果会怎样？
1985年，芝加哥大学的Don.R Swanson教授，在研 究时偶然发现以雷诺氏病生理改变作为中间词，可将以鱼 油和雷诺氏病为主题词分别检索到的两组原本无联系的文 献联系起来，得出鱼油有助于雷诺氏病的治疗结论。于是， Swanson提出了基于文献的知识发现( Literature-based Discovery) 理论。
1. 文献分析工具 2. 本地PubMed 3. 本地PubMed的特点 4. 如何使用本地PubMed
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2019/6/17
阿里巴巴公司本 质上是一家数据公司， 做淘宝的目的不是为 了卖货，而是获得所 有零售的数据和制造 业的数据；
做物流不是为了 送包裹，而是这些数 据合在一起。
阿里巴巴对一个 人的了解程度远远超 过你自己，电脑会比 你更了解你。
4. GoPubMed系统
GoPubMed
2006年由德国Transinsight公司和德国Technical University Dresden合作开发，以PubMed为数据源、以语义检索为技术的 生命科学文献搜索引擎。
利用基因本体（gene ontology）和医学主题词表（mesh terms）对文献进行全面分析 。
Arrowsmith知识发现系统简介
截至2014年10月25日,文献A和C的 检索结果分别为795和801篇，A和 C之间没有共同的检索词出现，而运 用Arrowsmith工具，则A和C文献中 共同出现的词语形成的B集合中共有 861个词。
Arrowsmith知识发现系统简介
利用Arrowsmith中语义过滤器以 “Chemicals & Drugs”、“Genes & Molecular Sequences, and Gene & Protein Names”、“Physiology”进行 语义过滤，去除不相关的词。
基于PubMed开发的医学文献分析工具 —— 本地PubMed
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史继红
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哈尔滨医科大学图书馆2019/6/17
Arrowsmith知识发现系统简介
根据语义过滤，去除文献B中 不相关或相关度小的词。
Arrowsmith知识发现系统简介
结合文献全文发现，蛹虫草对炎性肠 病及消化系统疾病高度相关，但用以 治疗是否有效，需要在后续的临床研 究中加以验证。
参考：李文林,潘苏华,关洪月.基于Arrowsmith 探讨虫草素与肠粘 膜屏障功能稳定的潜在相关性.医学信息,2009,22(12):2684-2687.
GoPubMed系统
课题发展趋势
GoPubMed系统
地区分布图
GoPubMed系统
作者合作网络
5.Anne O'Tate
伊利诺伊大学芝加哥分校开发
http://arrowsmith.psych.uic.edu/cgi-bin/arrowsmith_uic/AnneOTate.cgi
Anne O‘Tate对PubMed检索结果 按照重要的单词、MeSH词、所 属单位、作者姓名、期刊和出版年 进行分组，点击给定的分组名称即 可显示该组别中的所有文章。
在此，以“虫草素与肠 粘膜屏障功能稳定的潜 在相关性研究”为例，介 绍Arrowsmith的使用方法。
Arrowsmith知识发现系统简介
以虫草素“cordycepin[ab]” 的检索结果为文献A集合
Arrowsmith知识发现系统简介
以肠黏膜“Intestinal Mucosal[TI]” 的检索结果为文献C集合
事实证明，Swanson开发的Arrowsmith分析系统， 发现了大量的新知识。2000年，美国情报科学与技术学 会(ASIST)因为其独特的情报学方法授予他该学会的最 高成就奖。
目前，除了Arrowsmith分析系统外，常用的文献分析软件还 有： HistCite； Bibexcel； SATI； Thomson Data Analyzer； CiteSpace； Pajek； Ucinet； Vosviewer； SPSS； Aureka； RefViz等，以及完全基于PubMed开发的德国的GoPubMed；中国 的bdPubMed；美国的Anne O'Tate、PubFocus以及欧洲的 CiteXplore等。
6.medline-ranker
马克斯•德尔布吕克分子医学中心开发 medline-ranker与用户输入的某个主题相比 较，自动推断出一组非常有判断力的单词，再用 这些单词对相关的文章进行评分和Βιβλιοθήκη Baidu序。
http://cbdm.mdc-berlin.de/~medlineranker/cms/medline-ranker