单晶结构解析技巧

单晶结构解析技巧

1. 通常，H原子的处理方法作者要给出:

(1)一般通过理论加H，其温度因子为固定值，可通过INS等文件查看

(2) 水分子上H原子可通过Fourier syntheses得到

(3)检查理论加上的H原子是否正确，主要看H原子的方向。若不正确则删去再通过Fourier syntheses合成得到

(4) 检查H原子的键长、键角、温度因子等参数是否正常。通过检查分子间或分子内的H键是否合理最易看出H键

的合理性

(5) 技巧：有时通过Fourier syntheses得到的H原子是正确的，可一计算其温度因子等参就变得不正常，则可以固定

其参数后再精修（如在INS中的该H原子前用afix 1,其后加afix 0）

(6) 各位来说说方法与心得？

2.

胡老师，下面的问题怎么解决啊？谢谢您。

220_ALERT_2_B Large Non-Solvent C Ueq(max)/Ueq(min) ... 3.70 Ratio

222_ALERT_3_B Large Non-Solvent H Ueq(max)/Ueq(min) ... 4.97 Ratio

342_ALERT_3_B Low Bond Precision on C-C bonds (x 1000) Ang (49)

B 级提示当然得重视了。建议你先把H撤消，精修到C的热椭球不太变形和键长趋正常。

如做不到就要看空间群？衍射点变量比太小？以至追查到原始数据的录取参数和处理等。

这些粗略意见仅供参考，如何？

3.

在XP中画图时，只有一部分，想长出另外的对称部分。我是envi完了，然后sgen长出来的，可是和symm显示的对称信息不一样。比如：我根据envi的结果用sgen O1 4555得到的是O1A而不是O1D，这跟文献中标注的不一样啊，怎么统一呢？很困扰，忘达人指教。

xp里是按顺序编号的，第一个sgen出的的统一为A,依次标号。你如果想一开始就统一D的话，重新name一下

4.

高氯酸根怎么精修呀？我用的SHETXL6.1版的，最好告诉我怎么用其中的XSHELL来做，我觉得他好用！Method 1DFIX

Dfix 1.42 0.02 Cl1 O1 Cl1 O2 Cl1 O3 Cl1 O4

Dfix 1.42 0.02 O1 O2 O1 O3 O1 O4 O2 O3O2 O4O3 O4

Method 2SADI

Sadi 0.01 Cl1 O1 Cl1 O2 Cl1 O3 Cl1 O4

Sadi 0.01 O1 O2 O1 O3 O1 O4 O2 O3 O2 O4 O3 O4

5. 晶体的无序是怎么造成的呀，是晶体培养的问题吗？

如果无序太多，在解单晶的时候怎么办？我指的是很多的点，没有结构，他们的峰值都大于了0.5

大于0.5没什么的，解完后都在1以下就可以了。特殊的比较大的在重原子附近也没有关系

5.

比较确切的定义是单胞中你测定的或你设想的“化学式”的数目。

在分子晶体中，Z 是分子数，在其它各类晶体中则为化学式个数。

例如有机物一般是分子数目，离子晶体像NaCL只好说化学式为4。

Z 的数字决定于你的化学式。三斜晶系的P-1空间群的Z多为2。由于双聚等原因如将双聚体写成你的化学式，那么Z就变为1了。但是就拿这个三斜晶系来说，出现Z为4或6的情况也是可能的。这时分子形成双聚或者三聚，而你指定的分子式只是个单体罢了。测定结构初期得到单胞以后，往往希望知道单胞中有几个"分子",如你知道了或提出了化学式，从我们介绍的范氏半径或原字体积即可毛估这个为整数的Z了，不必测密度就知道Z是很有意义的，因分子式有误Z将不会合理，你不愿试一试？

6.

其实现在水簇或者各种氢键越来越受到重视。但是给水加氢总是遇到很多麻烦，大家都希望能有一些实际可以用的经验来指导一下大家。您能给我们一些建议吗？有时候键长不合理（但是又没有其他合适的参峰），键角合理，您说这样如何加氢？我仔细浏览了论坛的一些文章，您能给这些经验做一个评价吗？哪位大侠清楚DFIX和AFIX的用法及格式，请详细指点一下。Thanks a lot还有，差值加氢的时候如果找不到q，可以用cent产生个点，然后命名为氢吗？？把O原子改成C原子,然后再看Q有没有了;如果没有放大Q值到100,不行放大到500个Q值我想你会加上去的!固定H的温度因子为母原子的1.5倍,然后再把C改成O,计算,大功告成我非常关心这两条经验。麻烦您！

从这个贴子了解到大家对H的指定问题非常热中，只好再谈谈我的看法仅供大家参考了。我曾表白原则上X光衍射不能准确测定H的位置，现在我仍旧这样看而不太懂所谈经验。即使是低温也很困除非是做低温的中子衍射工作，不过眼下我们没有条件且无法短平快！在网上曾经提出过一些有助于寻找H位置的想法，因为水在晶体中必定与周边形成氢键。可是如一位网友所说水处在对称中心的位置上时，那么可肯定H呈无序分布无法指定的。反过来讲如果一个结构报告把H参数都准确列出，我们可以认定这是一篇高水平的研究。理论加H是基于分子几何构型指定H 的辅助方法，水和甲基等等都不是它可应付得来的。看来是介绍能量优化理论计算来指定H的时候了，将请国武老师贴出两篇好文章供分享。有关的计算程序已在论文中列出并可在网上下载，希望这种“理论加氢”方法得以推广。参考文献

1. Z. Anorg. Allg. Chem., 2003, 629: 666-672

2. Acta Cryst., 2004, B60: 179-183

首先，x-ray衍射是不能准确确定H的真实位置的。

其次，对于N，O等上面的活性氢最好在dmap上找。

再次，H的位置的确定一定要考虑其化学合理性，即H和周围原子形成的氢键的键长键角要合理。

基于上述原则，具体的方法一般是：

1。先在dmap上找到活性氢的位置，如果找不出，就给更大的Q值，然后用dfix固定，在ins文件里编辑。

2。精修后，检查H的位置是否化学合理。

3。在xp里面，用himp固定X-H的键长。

4。在ins文件里，将dfix去掉，同时在新加的氢的前面加上afix 03，并将其温度因子改为-1. ——————————————————————————

处理水上H的一个小技巧

通常有机骨架上的C和N以及羟基（-OH）上的H都可以利用几何加氢的方法来处理，但是水分子上的氢却不能这样做。

在晶体学数据比较好的情况下，水分子的H原子在残余峰上还是有迹可循的。通常需要考虑两方面的因素：

1）H-O-H的键长和键角（个人认为键长应在0.65-1.15之间，键角在95-115之间）；

2）氢键，水分子的H应位于能形成合适的氢键位置上，而不是随意的位置。

基于以上两点考虑，在用SHELXTL程序精修时，在主体骨架都确定之后把残余峰的数量改为50，甚至更大（PLAN 50）,然后在O周围的残余峰中仔细辨认，把位置合适的残余峰定为H。

从残余峰中得到H原子，键长一般不是理想的键长，而且位置在经修过程可能会发生改变，为了解决这些问题，我们可以这样来做。

在精修以前打开*.ins文件，找到先前确定的H原子，如：