肿瘤基因突变检测标本要求.
肿瘤基因突变检测
肿瘤基因突变检测癌症是一类难以预防的疾病，中晚期癌症治愈的可能性又很小，而早期癌症的治愈率可达65%以上，有些肿瘤可达90%以上，因此，战胜癌症的关键是早期发现癌症。
由于癌症早期常无特殊症状，甚至毫无症状，故癌症的早期发现、早期诊断主要是通过定期健康体检和人群筛查完成。
目前筛查癌症的方法主要是通过化验血肿瘤指标及B超、CT、MRI、PET-CT 等检查，但这些方法的敏感性和特异性均不高，发现有异常时往往已是中晚期。
17种常见高发肿瘤，包括乳腺癌（breast cancer）、结肠癌（colorectalcancer）、子宫癌（endometrial cancer）、脑胶质瘤（glioma）、白血病（leukemia）、肺癌（lungcancer）、淋巴癌（lymphoma）、成神经管细胞瘤（medulloblastoma）、黑色素癌(melanoma)、间皮瘤(mesothelioma) 、多性骨髓瘤(multiple myeloma) 、卵巢癌(ovarian cancer)、胰腺癌(pancreatic cancer) 、真性红细胞增多(polycythemia vera) 、前列腺癌(prostatecancer) 、肾细胞癌(renal cell cancer)和恶性内瘤(sarcoma)，其发病机制涉及与多种肿瘤发生共同相关的肿瘤易感基因群介导的分子改变，参与了肿瘤发生的早期分子事件。
系统寻找和探讨它们在肿瘤发生发展过程中的遗传学变异，对阐明肿瘤早期发生机制及寻找肿瘤早期预警、早期诊断和早期治疗的分子靶标都具有重要的现实意义。
利用高通量分子测序技术平台，可同时开展多个肿瘤基因突变检测项目，如EGFR、K-RAS 、N-RAS、B-RAF、PI3K 、p53、p16、BRCA1、BRCA2等。
K-RAS 基因(K-ras,p21)突变检测KRAS基因（K-ras,p21）检测是目前医生了解大肠癌患者癌基因状况最直接、最有效的方法，通过检测不仅可以深入了解癌基因的情况，更重要的是筛选出针对抗表皮生长因子受体靶向药物治疗有效的大肠癌患者，帮助医生选择对肿瘤病人最有效的治疗方法。
癌症基因突变检测—标本运输
癌症基因突变检测—标本运输概述癌症基因突变检测是一项重要的诊断方法，可以帮助医生确定癌症患者的治疗方案。
为了确保检测的准确性和可靠性，标本的运输过程至关重要。
本文档旨在介绍癌症基因突变检测标本的正确运输方法。
标本运输前的准备在运输标本之前，需要进行以下准备工作：1. 标本选择：选择适合检测的标本类型，如血液、组织样本等。
确保标本的数量足够，以满足检测的需求。
2. 标本采集：使用正确的采样工具采集标本，并遵循标本采集的相关指南。
3. 标本储存：将采集好的标本正确存放在适当的中，并根据要求进行冷藏或冷冻。
标本运输在标本运输过程中，需遵循以下步骤：1. 包装标本：将标本安全地包装在密封的中，以防止泄漏或损坏。
确保标本的密封性能良好，可以耐受运输过程中的震动和压力。
2. 温度控制：根据标本类型的要求，选择适当的温度控制方法。
对于需要冷藏的标本，使用冷藏剂或冰袋保持低温。
对于需要冷冻的标本，使用干冰或液氮进行冷冻保护。
3. 运输标签：在标本上粘贴清晰可读的运输标签，包括患者的姓名、标本类型、采集日期和运输日期等信息。
4. 运输方式：选择可靠的运输方式，如专业物流公司，确保标本能够安全且及时地送达目的地。
在选择运输方式时，确保符合相关的法规要求和运输规定。
标本运输后的处理标本运抵实验室后，进行以下处理：1. 标本接收：实验室接收标本后，应进行确认并记录标本的相关信息，包括运输日期和标本完整性等。
2. 标本储存：实验室将标本储存在适当的条件下，根据实验需要进行保存和处理。
安全注意事项在标本运输过程中，需要注意以下事项：1. 避免直接接触标本：在装填标本、更换干冰等操作时，应戴上手套，避免直接接触标本，以防止交叉污染。
2. 避免破损和泄漏：在包装标本时，确保标本完整无破损，并使用可靠的密封措施，避免标本泄漏。
3. 遵守法规要求：运输标本时，需遵守相关的法规要求和运输规定，确保标本的安全性和合规性。
以上是关于癌症基因突变检测标本运输的简要介绍。
肿瘤项目样本要求
检测样本及要求1、肿瘤基因突变、表达检测样本要求：手术组织、新鲜组织、穿刺组织、10%中性福尔马林固定，石蜡包埋的组织；石蜡白片：10张（5um）或5张（10um）的白片，为保证切片组织中含有足够比例的肿瘤细胞（>70%），需要加同一张HE染色片（或邮件告之送检标本HE染色后肿瘤细胞量）。
新鲜组织：手术或穿刺标本，采集的标本切成黄豆粒大小2-3个，迅速放到1.5ml 的EP管中（内装有1ml样本专用保存液，用无水乙醇代替也可）。
尽可能采集肿瘤组织，癌旁或正常组织会影响基因检测的灵敏度。
样本运输：所有白片需在切好后2周内常温送检，如用EP管，管口用封口膜密封，以防运输过程中渗漏。
将送检样本的病理号写于申请单上。
样本拒收标准：非10%中性福尔马林固定组织；送检样本信息与申请单不符者；组织自溶、退变的。
2、肿瘤基因多态性检测样本要求：外周血，EDTA抗凝，2-3ml（2ml即可）。
样本运输：冰袋冷藏运输，如用EP管，封口膜密封，以防运输过程中渗漏。
样本拒收标准：样本与检验申请单信息不符者，或申请单信息缺失者；未使用合适抗凝剂；容器破损，有渗漏者或选择不当；出现溶血、严重凝血等情况。
3、HER2：FISH检测必须标注一定是白片（固定在切片上的），不能放在EP管中，PCR法检测可放在EP管中。
样本要求：10%中性福尔马林固定，石蜡白片：4um，4-5张，防脱硅胶片，为保证切片组织中含有足够比例的肿瘤细胞（>70%），需要加同一张HE染色片。
样本运输：所有白片需在切好后2周内常温送检，并将送检样本的病理号写于申请单上。
样本拒收标准：送乳腺癌检测，非浸润性乳腺组织的；非10%中性福尔马林固定组织的；非防脱硅胶片的。
4、HBV、HCV检测样本要求：血清，2-3ml（1ml即可）。
样本运输：冰袋冷藏运输，如用EP管，需封口膜密封，以防运输过程中渗漏。
样本拒收标准：样本与检验申请单信息不符者，或申请单信息缺失者；容器破损，有渗漏者或选择不当。
肿瘤组织基因检测不合格-概述说明以及解释
肿瘤组织基因检测不合格-概述说明以及解释1.引言1.1 概述概述肿瘤组织基因检测在近年来得到了广泛的应用和关注。
通过对肿瘤组织的基因检测，可以了解肿瘤的发生机制、遗传变异情况以及患者可能的治疗反应。
然而，随着肿瘤组织基因检测的普及，也出现了一些不合格的检测结果。
本文将对肿瘤组织基因检测不合格的问题进行探讨和分析。
首先，我们将介绍肿瘤组织基因检测的重要性，包括其在个体化治疗中的作用以及对临床决策的影响。
然后，我们将详细介绍肿瘤组织基因检测的流程和方法，以帮助读者更好地理解该技术的应用和潜在问题。
接下来，我们将探讨肿瘤组织基因检测不合格的可能原因。
这些原因包括样本采集和处理的问题、测试方法和设备的选择以及数据分析和解读的误差等。
我们将通过分析这些问题，帮助读者了解为何会出现不合格的检测结果，以及如何避免这些问题的发生。
最后，我们将探讨肿瘤组织基因检测不合格可能对临床治疗和患者带来的影响，并提出解决肿瘤组织基因检测不合格的方法。
这些方法包括对检测流程的优化、技术设备的升级以及专业人员的培训和规范化等。
通过采取这些措施，我们可以提高肿瘤组织基因检测的准确性和可靠性，为患者提供更加有效的个体化治疗策略。
本文的目的是希望引起人们对肿瘤组织基因检测不合格问题的重视，并提出相应的解决方案。
通过更好地了解和解决这些问题，我们可以更好地利用肿瘤组织基因检测的优势，为患者提供更好的治疗效果，并推动个体化医疗的发展。
1.2文章结构文章结构本文将从肿瘤组织基因检测的重要性、检测的流程和方法以及可能导致不合格结果的原因三个方面进行论述。
首先，我们将介绍肿瘤组织基因检测的重要性，说明其在肿瘤诊断、治疗选择以及预后评估中的作用。
其次，我们将详细介绍肿瘤组织基因检测的流程和方法，包括样本采集、DNA/RNA提取、基因检测技术的选择和数据分析等方面的内容。
最后，我们将探讨肿瘤组织基因检测不合格的可能原因，如技术问题、样本质量、数据解读等因素可能导致检测结果的不准确性。
EGFR基因突变(ARMS法)检测标准操作规范
EGFR基因突变(ARMS法)检测标准操作规范EGFR基因突变（ARMS法）检测标准操作规范1、目的：明确EGFR基因突变（ARMS法）检测操作、结果判断、报告内容及质控管理规程，保证检测结果的可靠性。
2、执行人：李文辉、郭志云3、试剂来源：苏州为真生物医药科技有限公司4、质控物：阴性、阳性对照均为试剂配套。
5、实验操作步骤：5.1 DNA提取FFEP样本DNA的提取(QIAGEN)（1）切片、烤片：切3~5张厚度为8~10μm的组织片，捞至普通玻片上（若为小组织，则切10张，同一玻片可捞多张），60℃考片30分钟；大组织另外切一张3μm组织片进行常规HE染色，作病理评估之用。
（2）脱蜡：将组织切片置于二甲苯中室温脱蜡2次，每次10min；随后浸入100%乙醇3min。
将组织切片依次室温置于100%、80%、70%梯度乙醇中各2min，复水后，室温浸入去离子水3min。
（3）评估、刮片：组织片经病理评估后，用洁净盖玻片刮取癌组织密集区域，并转移至洁净的1.5ml EP管中；小组织全部刮取至1.5ml EP管中。
（4）消化：加入180μl ATL和20μl蛋白酶K，震荡混匀，根据组织大小可增加消化液的用量，56℃，1h，根据组织大小可延长消化时间甚至过夜消化（期间可以适当摇晃颠倒样品，使之混匀裂解充分；可裂解至组织消化完）。
（5）升温：将温度调至90℃，作用1h（注意管盖，90℃高温可能会导致爆盖以致液体被蒸发；时间不要太长1小时足够；一个水浴锅时，56℃到90℃之间过渡时应将样本置于室温中，待温度完全升到90℃后再将样本放进去）。
（6）短暂离心使液体聚于管底，加入200μl AL，震荡混匀，然后加入200μl无水乙醇，震荡混匀。
（7）短暂离心使液体聚于管底，将整个液体全部移入收集柱中，然后8000rpm 离心1min，丢弃收集管后将收集柱至于新的收集管中。
（8）加入500μl AW1漂洗液，离心8000rpm，1min，丢弃收集管后将收集柱至于新的收集管中。
脑肿瘤标本的正确采集方法
脑肿瘤标本的正确采集方法一、脑肿瘤病理检查、影像学检查采集取样1、病理检查病理检查是指通过穿刺、活检等方式，取出脑肿瘤组织进行病理检查，能够明确肿瘤的性质，从而为后续的治疗提供准确的方案。
2、影像学检查影像学检查是指CT、核磁共振等，通过影像学检查能够了解到肿瘤的大小、位置等情况，还可以了解到周围的神经和血管是否受到了压迫，对疾病的治疗有一定的帮助作用。
除此之外，脑肿瘤的取样还包括脑脊液检查等。
二、脑部肿瘤基因检测样本采集方式1、基因检测样本采集方法基因检测主要针对的是肿瘤组织本身的DNA，因此需要采集肿瘤组织样本。
对于脑部肿瘤，一般有以下几种样本类型可供采集。
（1）手术组织样本手术组织样本是目前采集脑部肿瘤样本的主要方式，一般是在手术过程中通过手术器械采集肿瘤组织，然后送到实验室进行基因检测。
手术组织样本采集的优点是样本质量高，适用于各种基因检测。
（2）穿刺组织样本穿刺组织样本是通过穿刺或者抽取肿瘤组织进行采集，一般适用于无法手术的患者。
但是穿刺组织样本采集的质量相对较低，有可能会影响基因检测结果。
（3）体液样本体液样本主要是指脑脊液，是通过腰椎穿刺采集。
但是，脑脊液中的肿瘤细胞数量较少，因此对于一些基因检测来说，样本数量不足可能会影响结果。
2、注意事项采集脑部肿瘤基因检测样本时，需要注意以下几点：（1）手术前准备需要提前告知患者采集样本的具体过程和注意事项，并且检查患者是否存在过敏史和药物过敏等情况。
（2）手术时注意手术时需要选择合适的采集器具，避免对肿瘤组织造成损伤，同时要避免采集到正常组织，以免影响检测结果。
（3）样本保存采集完样本后，需要尽快将样本送到实验室进行处理，同时需要注意样本保存的温度和时间，避免样本失效。
3、基因检测的意义脑部肿瘤的基因检测可以帮助医生更加准确地判断肿瘤类型和治疗方案。
例如，某些基因突变会导致肿瘤对某些化疗药物产生抗药性，如果能够及时发现这些基因突变，就可以避免使用无效的化疗药物，从而提高治疗效果。
《肿瘤突变负荷检测及临床应用中国专家共识(2020 年版)》要点
《肿瘤突变负荷检测及临床应用中国专家共识（2020 年版）》要点以免疫检查点抑制剂（ICIs）为主的免疫治疗显著提高了晚期恶性肿瘤患者的客观缓解率（ORR）和总生存期（OS），然而整体单药有效率不足20%，且费用普遍较高，也常伴随不同程度的免疫相关不良反应。
因此，亟需寻找准确可靠的生物标志物筛选免疫治疗的潜在获益患者。
以肿瘤基因变异数目为特征的肿瘤突变负荷（TMB）显示出与ICIs疗效的相关性，但在临床研究和实践过程中TMB评估尚缺乏统一标准。
1 TMB的定义TMB一般指特定基因组区域内每兆碱基对（Mb）体细胞非同义突变的个数，可以间接反映肿瘤产生新抗原的能力和程度，已被证实可预测多种肿瘤的免疫治疗疗效。
【专家共识】：TMB 一般是指特定区域内体细胞非同义突变的个数，通常用每兆碱基有多少个突变表示（XX 个突变/Mb）。
TMB评估受样本质量和数量、检测基因组大小、生信分析方法等多种因素影响，临床应用前应了解TMB的适用范围。
不同检测方法获得的TMB应进行系统评估,判断是否具有可比性。
TMB 数值可反映肿瘤内产生肿瘤新抗原的潜力，与DNA修复缺陷密切相关，在多种肿瘤中dMMR和MSI-H患者具有较高的TMB。
2 TMB的临床意义2.1 组织TMB可作为免疫治疗独立的疗效预测生物标志物【专家共识】：tTMB是一个新兴的独立ICIs治疗疗效预测标志物，与多种肿瘤类型ICIs单药或两种ICIs联合治疗的疗效相关，已证实可作为泛癌种免疫治疗疗效的预测标志物。
推荐既往标准治疗后疾病进展且没有更好替代疗法的实体瘤患者，尤其是高TMB的患者进行TMB检测，有助于扩大免疫治疗获益人群。
中国人群TMB的独立预测价值仍需更多前瞻性研究验证。
2.2 血液TMB与tTMB具有显著相关性【专家共识】：目前研究证据显示在NSCLC中bTMB与tTMB 具有显著相关性，但bTMB 检测无统一标准。
多项回顾性研究发现高bTMB与NSCLC患者接受单药ICIs治疗获益显著相关，但尚未获得高级别前瞻性临床研究证实。
肿瘤相关突变基因检测试剂(高通量测序法)性能评价通用注册技术审查指导原则
附件1肿瘤相关突变基因检测试剂（高通量测序法）性能评价通用注册技术审查指导原则本指导原则旨在指导注册申请人对肿瘤相关基因检测试剂分析性能评价注册申报资料的准备及撰写，同时也为技术审评部门对注册申报资料的技术审评提供参考。
本指导原则是针对肿瘤相关基因检测试剂分析性能评价的一般要求，申请人应依据产品的具体特性确定其中内容是否适用，若不适用，需具体阐述理由及相应的科学依据，并依据产品的具体特性对注册申报资料的内容进行充实和细化。
本指导原则是对申请人和审查人员的指导性文件，但不包括注册审批所涉及的行政事项，亦不作为法规强制执行，如果有能够满足相关法规要求的其他方法，也可以采用，但需要详细阐明理由，并对其科学合理性进行验证，提供详细的研究资料和验证资料，相关人员应在遵循相关法规的前提下使用本指导原则。
本指导原则是在现行法规和标准体系以及当前认知水平下制定的，随着法规和标准的不断完善，以及科学技术的不断发展，本指导原则相关内容也将适时进行调整。
一、适用范围本指导原则所述肿瘤相关基因检测试剂分析性能评价主要是指基于高通量测序（high-throughput sequencing）即下一代测—1 —序（next generation sequencing，NGS），又称为大规模平行测序（massively parallel sequencing，MPS），体外检测人体组织肿瘤细胞中的肿瘤相关基因变异。
用于检测体细胞突变的NGS正在广泛用于肿瘤诊疗相关的分子检测，包括对特定基因的DNA/RNA进行测序，以寻找与肿瘤临床诊疗相关的基因变异。
肿瘤基因突变类型包括点突变、插入、缺失、基因重排、拷贝数异常等广义的基因突变。
基于NGS测序原理的体外诊断（In Vitro Diagnosis，IVD）检测可能包括以下步骤：样本收集、处理和保存、核酸提取及处理、文库制备、测序和碱基识别、序列比对、变异识别和过滤、变异注释和解读以及检测报告的生成。
基因检测项目
×5
C-kit基因突变+PDGFRA基因突变
3000.00
/
C-kit及PDGFRA突变类型可以预测伊马替尼和舒尼替尼的疗效，其中：
1、C-kit外显子11突变者使用伊马替尼疗效最佳；
2、舒尼替尼治疗原发C-kit外显子9突变和野生型GIST患者的生成获益优于C-kit外显子11突变患者；
270700003
×2
N-ras基因突变检测（12、13、61位点）
1200.00
/
晚期转移性结直肠癌（mCRC）患者在治疗前均应进行K-ras状态的检测，只有野生型才建议抗EGFR抗治疗，突变型不能从该治疗中获益。进一步研究发现，K-ras野生型患者如果发生N-ras基因突变时，也不能从西妥昔单抗或帕尼单抗治疗中获益，因此结直肠癌患者如果要使用EGFR抗体药物除了要检测K-ras、B-raf基因状态外还应检测N-ras基因状况
科研
/
DHFR基因多态性(C829T)
EDTA抗凝血4mL，4℃运输
5个工作日
/
二氢叶酸还原酶（DHFR)是甲氨蝶昤（MTX)靶标酶，MTX抗肿瘤作用的基本原理是竞争性结合DHFR，使二氢叶酸不能被还原成四氢叶酸。研究发现DHFR基因多态性829位点发生C>T突变，使DHFR表达水平上升，导致肿瘤细胞对甲氨蝶呤敏感性降低
2、用药方面：Ⅱ期MMR缺陷的结肠癌患者对5-FU的治疗效果不明显，不适合5-FU治疗；
3、诊断方面：MMR蛋白检测可用于诊断Lynch综合征（HNPCC）。
/
MSI微卫星+MMR蛋白
2800.00
片段分析+IHC
1、预后方面：MMR缺陷或者MSI-H的结直肠癌者预后较好。
基因突变的检测与诊断
基因突变的检测与诊断在人类健康领域的研究中，基因突变的检测与诊断扮演着至关重要的角色。
随着科学技术的不断发展，人们对基因突变的了解也日益深入。
本文将探讨基因突变的检测方法以及其在诊断中的应用。
一、基因突变的概念与分类基因突变是指基因序列中的改变，它可以是单一碱基的替换、插入或缺失，也可以是基因片段的重排。
基因突变可以分为遗传突变和获得性突变两种类型。
遗传突变是指在生殖细胞中发生的突变，可被传递给后代。
而获得性突变则是在体细胞中发生的突变，通常不能遗传给后代。
二、基因突变的检测方法1. 基因测序技术基因测序技术是识别基因突变最常用的方法之一。
通过测序技术，可以准确地确定基因序列中每个碱基的顺序，从而找出潜在的突变位点。
目前最常用的测序技术包括传统测序法、Sanger测序法和高通量测序技术。
高通量测序技术的出现，极大地提高了测序的效率和准确性。
2. 基因芯片技术基因芯片技术是一种高通量的基因检测方法，可用于同时检测上千个基因的表达水平和突变情况。
该技术通过将已知基因序列打印在芯片上，检测样品中的RNA或DNA与芯片上的探针结合程度来确定基因是否突变。
基因芯片技术有着快速、高效和经济的特点，广泛应用于基因表达分析和遗传突变的筛查。
3. PCR技术PCR技术（聚合酶链式反应）是一种快速检测基因突变的方法。
它通过多轮的温度变化来扩增目标DNA片段，然后通过凝胶电泳等方法检测扩增产物是否存在突变。
PCR技术的优点是操作简单、快速，对样本要求较低，被广泛应用于基因突变的筛查和遗传疾病的诊断。
三、基因突变的诊断应用1. 遗传病的诊断基因突变是遗传病发生的重要原因之一。
通过基因突变的检测与诊断，可以明确患者的遗传病类型，帮助医生制定个性化的治疗方案。
例如，囊性纤维化的发病与CFTR基因突变密切相关，通过检测CFTR 基因突变可以确定囊性纤维化的诊断。
2. 肿瘤的诊断与治疗基因突变在肿瘤的发生和发展中起着至关重要的作用。
靶向药物治疗的靶点突变检测与筛选方法
靶向药物治疗的靶点突变检测与筛选方法靶向药物是一种针对肿瘤发生的分子机制和变化的药物治疗方法。
与传统的化疗药物相比，靶向药物具有更好的疗效和较少的副作用，因此被广泛应用于肿瘤治疗中。
为了使靶向药物治疗更加精准和有效，靶点突变的检测与筛选方法显得至关重要。
本文将介绍一些常用的靶向药物治疗的靶点突变检测与筛选方法。
一、组织样本获取与处理靶向药物治疗的靶点突变检测与筛选首先需要获取肿瘤组织样本，并进行适当的处理。
常用的组织样本包括肿瘤活检样本和手术切除标本。
其中，肿瘤活检样本通常通过穿刺或内窥镜等方式获取，而手术切除标本则需要进行切片和固定处理，以保证样本的质量和稳定性。
二、分子生物学方法1. 蛋白质结构分析：通过蛋白质结构分析来确定靶点的结构和功能特征，从而了解靶点是否存在突变。
常用的方法包括X射线晶体学、核磁共振和电子显微镜等。
2. DNA测序技术：DNA测序技术是靶点突变检测的重要方法之一。
常用的DNA测序方法包括Sanger测序、高通量测序和全外显子测序等。
这些方法可以对肿瘤组织样本中的基因进行全面和准确地检测，以寻找可能存在的靶点突变。
3. PCR技术：聚合酶链式反应（PCR）是检测靶点突变的常用方法。
通过特异性引物扩增突变位点，然后进行电泳分析，可以快速、准确地检测有无靶点突变。
常见的PCR技术包括限制性片段长度多态性（RFLP）分析、聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性（PCR-RFLP）分析和荧光定量PCR等。
4. 荧光原位杂交（FISH）技术：FISH技术可以在细胞或组织水平上检测靶点的基因拷贝数和突变情况。
通过使用特异性探针与靶点序列杂交，可以对这些序列进行显微观察和分析，以确定靶点的突变状态。
三、免疫组织化学（IHC）技术免疫组织化学技术是一种通过对组织样本进行抗体标记和染色的方法来检测蛋白质的表达情况。
对于靶向药物治疗的靶点突变筛选来说，IHC技术可以帮助我们直接观察和分析靶点是否突变。
肿瘤收样标准更新
肿瘤收样标准更新
各位同事及代理商伙伴
关于肿瘤临床标本选择，在和实验室沟通后，对于标本的选择建议按照以下优先级别选择送样：
1.优先选择石蜡白片标本；
2.其次考虑肿瘤组织标本；
3.如果无法满足上述标本要求，可选择送检胸腹水标本；（胸腹水有条件者建议先离心后，做成石蜡切片送检。
）
4.送检石蜡蜡块标本，可能检测周期需要适当延迟（1-2个工作日）；建议石蜡蜡块直接做成切片送检。
5.血液标本原则上不收取检测。
（如有特殊情况，需要和病人及医生沟通清楚，血液检测的局限性及结果假阴性的可能性较高）
（“备注：血液样本进行游离肿瘤DNA（循环肿瘤DNA,ctDNA）检测呈现阴性结果有以下可能：
1）患者肿瘤的固有基因型为阴性基因型（如基因突变阴性、基因融合阴性、基因扩增阴性等）；
2）患者血液样本中的游离肿瘤DNA发生降解，造成检测结果阴性的假象（假阴性）。
特别说明：细胞内DNA一旦脱离细胞游离到血液中成为游离DNA （如循环肿瘤DNA, ctDNA），将会失去细胞的保护作用而自发性或继发性断裂、降解，且细胞内DNA脱离细胞时间越长，降解率越大；因此，使用血液样本进行循环肿瘤DNA检测时建议抽血2小时内进行检测，以免因循环肿瘤DNA降解而影响检测结果的判断。
”）。
egfr基因检测技术要点
egfr基因检测技术要点
EGFR（表皮生长因子受体）基因检测是一种用于检测肿瘤中EGFR基因突变或过表达的技术，尤其在肺癌的诊断和治疗中具有重要作用。
以下是EGFR基因检测技术的要点：
一、样本收集：从患者的组织样本（例如活检、手术标本）或液体生物标本（例如血液）中提取DNA。
对于肺癌患者，活检样本通常是首选。
二、DNA提取：使用合适的DNA提取方法，从收集的样本中提取出足够的DNA。
三、PCR扩增：使用聚合酶链式反应（PCR）技术，对EGFR基因的特定区域进行扩增。
这通常包括常见的突变热点区域，如第18、
19、20和21外显子。
四、突变检测：使用不同的分子生物学技术，如测序技术或聚合酶链反应-限制性片段长度多态性（PCR-RFLP），检测EGFR基因的突变。
最常见的EGFR突变包括点突变（如L858R）和缺失突变（如19号外显子缺失）。
五、荧光原位杂交（FISH）：对于EGFR基因的拷贝数分析，可以使用FISH技术，通过荧光标记的探针检测EGFR基因的拷贝数变化。
六、下一代测序（NGS）：利用高通量测序技术，如下一代测序，可以更全面地分析EGFR基因的突变和其他相关基因的变化。
七、质量控制：实施质量控制步骤，确保得到的数据准确可靠。
这可能包括检查实验室方法的重复性和准确性。
八、结果解释：解释EGFR基因检测的结果，特别是针对突变的类型和对治疗的预测。
一些突变可能与靶向治疗的敏感性或耐药性相关。
九、临床意义：将检测结果与患者的临床信息结合，为医生提供更好的治疗决策支持。
例如，在肺癌中，EGFR基因突变可以影响靶向治疗（如鲁替尼）的选择。
肿瘤基因突变检测标本要求
肿瘤比例：标识肿瘤丰富的区域，提高肿瘤细胞比例用于检测
▪ 尽量去除非肿瘤组织及细胞，提高检测的敏感性
▪ 不同敏感性的检测方法对肿瘤比例要求不一样
▪ 测序法：〉10%
▪ ARMS法：〉1%
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12
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13
细胞学标本
胸水、肺泡冲洗液和痰液标本：肿瘤细胞含量不确定，通常很少
血液标本
血清、血浆标本：含肿瘤DNA，但含量不稳定，DNA片段化 循环血肿瘤细胞：可得较高质量肿瘤DNA，但量很少
1. Dacic S. Adv Anat Pathol 2008; 15(4):241-247.
2. Sequist LV, et al. Clin Cancer Res 2006; 12(14S):4403s-4406s.
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11
标本的病理评估内容
诊断：确保肿瘤组织是非小细胞性肺癌
肿瘤量：确保有足够的肿瘤组织用于突变检测 ▪ 尽量保证200-400个肿瘤细胞 ▪ 对技术成熟的实验室，可以尝试进行<200个肿瘤细胞的标本检测 ▪ 5-10uM 10张切片能满足突变检测需求 ▪ 当细胞数较少时,可以适当增加切片数,以满足检测需求
肿瘤基因突变检测标本
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1
用于突变检测的标本
病理评估合格的 标本适用于EGFR
基因突变检测
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建议采用灵敏度 高的ARMS检测
方法
2
肿瘤基因突变检测标本类型
冰冻组织
外科手术标本：最好标本，可得高质量肿瘤DNA 支气管镜、穿刺活检测标本：量少，但肿瘤DNA质量仍好
固定包埋组织
外科手术标本：可得足量肿瘤DNA，但DNA片段化 支气管镜、穿刺活检测标本：可得肿瘤DNA量少且片段化
肿瘤相关突变基因检测试剂(高通量测序法)性能评价通用注册技术审查指导原则
附件1肿瘤相关突变基因检测试剂(高通量测序法) 性能评价通用注册技术审查指导原则本指导原则旨在指导注册申请人对肿瘤相关基因检测试剂分析性能评价注册申报资料的准备及撰写，同时也为技术审评部门对注册申报资料的技术审评提供参考。
本指导原则是针对肿瘤相关基因检测试剂分析性能评价的一般要求，申请人应依据产品的具体特性确定其中内容是否适用，若不适用，需具体阐述理由及相应的科学依据，并依据产品的具体特性对注册申报资料的内容进行充实和细化。
本指导原则是对申请人和审查人员的指导性文件，但不包括注册审批所涉及的行政事项，亦不作为法规强制执行，如果有能够满足相关法规要求的其他方法，也可以采用，但需要详细阐明理由，并对其科学合理性进行验证，提供详细的研究资料和验证资料，相关人员应在遵循相关法规的前提下使用本指导原则。
本指导原则是在现行法规和标准体系以及当前认知水平下制定的，随着法规和标准的不断完善，以及科学技术的不断发展，本指导原则相关内容也将适时进行调整。
一、适用范围本指导原则所述肿瘤相关基因检测试剂分析性能评价主要是指基于高通量测序(high-throughput sequencing)即下一代测序(next generation1sequencing, NGS)，又称为大规模平行测序 (massively parallel sequencing , MPS),体外检测人体组织肿瘤细胞中的肿瘤相关基因变异。
用于检测体细胞突变的NGS 正在广泛用于肿瘤诊疗相关的分子检测，包括对特定基因的DNA/RNA 进行测序，以寻找与肿瘤临床诊疗相关的基因变异。
肿瘤基因突变类型包括点突变、插入、缺失、基因重排、拷贝数异常等广义的基因突变。
基于NGS 测序原理的体外诊断( In Vitro Diagnosis ，IVD ) 检测可能包括以下步骤：样本收集、处理和保存、核酸提取及处理、文库制备、测序和碱基识别、序列比对、变异识别和过滤、变异注释和解读以及检测报告的生成。
中国抗癌协会胆道恶性肿瘤靶向及免疫治疗指南2023要点
中国抗癌协会胆道恶性肿瘤靶向及免疫治疗指南（2023）要点胆道恶性肿瘤包括肝内胆管癌、肝外胆管癌及胆囊癌，约占所有消化道恶性肿瘤3%,近年来发病率呈上升趋势。
50%的胆道恶街中瘤病人在确诊时已为进展期生存期＜1年。
仅有10%左右的病人就诊时具有手术机会，术后1年内的转移复发率高达67%,5年生存率为5%〜15%o第一部分分子诊断篇1胆道肿瘤病理组织学分类胆道恶性上皮性肿瘤构成了胆道恶性W瘤的主要类型（表1）,胆管腺癌或胆囊腺癌占主要部分。
2019年WHO病理学分类标准中将胆囊及胆管系统腺瘤、囊腺瘤、乳头状瘤等良性肿瘤归于癌前病变。
2胆道恶性W瘤分子病理学研究进展2.1 胆管系统不同区域起源上皮性W瘤间的分子特征存在较显著差异2.2 起源同区域的胆道恶性W瘤之间分子特征存在差异2.3 流行病学因素对胆道恶性肿瘤分子特征的影响2.4 疾病进程对胆道恶性肿瘤分子特征产生的影响3胆道恶，的中瘤潜在治疗获益的分子靶点研究进展截至2023-12-01,已有多个药物在我国获批应用于胆道恶性W瘤或其他实体肿瘤的临床靶向治疗。
胆道恶街中瘤靶向治疗相关分子靶点变异频率及检测方法总结见表2o4胆道恶性W瘤免疫治疗响应相关生物标记物目前,包括程序性死亡配体-1（PD-11履白表达、肿瘤突变负荷（TMBX错配修复缺陷（dMMR）和微卫星不稳定性（MSI）等在内的多种生物标记物已被证实与实体肿瘤免疫治疗获益相关，在胆道恶性肿瘤方面也有多项研究评估免疫治疗相关分子标记物的报道。
4.1 MS1和dMMR4.2 PD-11表达4.3 TMB5肿瘤高通量分子检测要点按照我国《医疗机构临床基因扩增检验实验室管理办法》（卫办医政发〔2010〕194号），对我国境内肿瘤人群实施高通量基因测序的相关机构需通过省级卫生行政部门相应技术审核和登记备案后，方可开展肿瘤高通量基因测序工作。
肿瘤高通量基因测序全流程管理每个环节，包括样本质控或质量保证、样本预处理、接头连接、预扩增、基因组合靶区的捕获、靶区纯化、扩增文库构建质控定量后行高通量基因测序等，均应有标准的操作规程和完整的操作记录。
人类EGFR基因突变荧光PCR检测试剂盒说明书
人类EGFR基因突变荧光PCR检测试剂盒说明书【产品名称】通用名称：人类EGFR基因突变荧光PCR检测试剂盒英文名称：Shuwen®Human EGFR Gene Mutation Detection Kit for Real-Time PCR【包装规格】7测试/盒【预期用途】EGFR是一种细胞膜表面的糖蛋白受体，具有酪氨酸激酶（Tyrosine Kinase，TK）活性，是原癌基因c-erbB-1（HER-1）的表达产物。
EGFR的主要信号转导途径有：PI3K-PDK通路，RAS-RAF-MEK-ERK-MAPK通路，PLC-γ通路，JAK-STA T通路。
通过这些途径，将胞外信号转化为胞内信号，从而有效应对外界的信号刺激，调节细胞的生长、增殖、分化，抑制细胞的凋亡。
EGFR异常调节通过多种机制促进细胞恶性转化，包括受体的过度表达、突变、生长因子-受体自分泌环的活化以及特定的磷酸酶失活，其中涉及肿瘤发生和进展的机制中最常见的是EGFR的基因突变和过度表达。
EGFR基因位于7号染色体短臂7pl2-14区，由28个外显子组成。
其突变主要发生在EGFR酪氨酸激酶的A TP结合位点的编码区（第18-20外显子），研究表明，EGFR酪氨酸激酶抑制剂（例如吉非替尼、厄洛替尼和埃可替尼等）疗效与EGFR基因的突变有密切的相关性。
目前已经报道大约有30种突变与吉非替尼的药物反应相关，主要是19外显子上的缺失突变和21外显子上的L858R的点突变。
外显子19上747-750位氨基酸的大约20种缺失约占所有突变的45%，其中以两种delE746-A750(2235_2249del15和2236_2250del15)最为常见，占到外显子19缺失总数的75%；外显子21上L858R的点突变占所有突变的45%左右；外显子18的3种点突变（G719X）约占5%；外显子20的突变占1%左右。
另外研究发现外显子20上的T790M突变与酪氨酸激酶抑制剂药物的耐药性相关。
肿瘤个体化治疗检测技术指南(试行)
肿瘤个体化治疗检测技术指南（试行）前言肿瘤的个体化治疗基因检测已在临床广泛应用，实现肿瘤个体化用药基因检测标准化和规范化，是一项意义重大的紧迫任务。
本指南从诊断项目的科学性、医学实验室检测方法的准入、样本采集至检测报告发出的检测流程、实验室质量保证体系四个方面展开了相关论述，使临床医生能够了解所开展检测项目的临床目的、理解检测结果的临床意义及对治疗的作用；医学实验室为患者或临床医护人员提供及时、准确的检验报告，并为其提供与报告相关的咨询服务。
检测技术的标准化和实验室准入及质量保证对临床和医学实验室提出了具体的要求，以最大程度的保证检测结果的准确性。
本指南是参考现行相关的法规和标准以及当前认知水平下制定的，随着法规和标准的不断完善，以及肿瘤个体化治疗靶点基因的不断发现，本技术规范相关内容也将进行适时调整。
本指南起草单位：中国医学科学院肿瘤医院分子肿瘤学国家重点实验室、苏州生物医药创新中心，经国家卫生计生委个体化医学检测技术专家委员会、中国抗癌协会相关专业委员会、中华医学会检验医学分会、中华医学会肿瘤学分会的专家修订。
本指南起草人：詹启敏、曾益新、王珏、姬云、钱海利、李晓燕、孙石磊目录肿瘤个体化治疗检测技术指南 (1)（试行）前言 (1)1. 本指南使用范围 (3)2. 简介 (3)3. 标准术语和基因突变命名 (3)标准术语 (3)基因突变命名 (4)参考序列 (4)各类变异 (5)4. 分析前质量保证 (7)样本类型及获取 (7)采样质量的评价 (8)样本采集中的防污染 (9)样本运送和保存 (9)5.分析中质量保证 (9)实验室设计要求 (9)检测方法 (10)DNA提取方法与质量控制 (16)RNA提取方法与质量控制 (17)试剂的选择、储存及使用注意事项 (18)核酸扩增质量控制 (18)人员培训 (19)方法的性能验证 (19)6. 分析后质量保证 (21)检测结果的记录 (21)失控结果的记录与分析 (21)报告及解释 (21)记录保留 (22)检测后基因咨询 (22)样本（及核酸）保留与处理 (22)检测与临床数据收集与分析 (22)7. 肿瘤个体化治疗检测的质量保证 (23)标准操作程序 (23)质控品 (23)室内质量控制 (24)室间质量评价 (25)PCR污染控制 (25)附录A：常见的检测项目 (26)基因突变检测项目 (26)A.1.1 EGFR基因突变检测 (26)A.1.2 KRAS基因突变检测 (27)A.1.3 BRAF基因突变检测 (29)A.1.4 C-KIT基因突变检测 (31)A.1.5 PDGFRA基因 (34)基因表达检测项目 (35)融合基因检测项目 (38)A.3.1 EML4-ALK融合基因检测项目 (38)基因甲基化检测项目 (40)A.4.1 MGMT基因甲基化检测 (40)1. 本指南使用范围本指南由国家卫生计生委个体化医学检测技术专家委员会制定，是国家卫生计生委个体化医学检测指南的重要内容，旨在为临床分子检测实验室进行肿瘤个体化用药基因的检测提供指导。
癌症基因突变检测—标本运输
癌症基因突变检测—标本运输
介绍
本文档旨在提供关于癌症基因突变检测标本运输的指导。
癌症基因突变检测是一项重要的检测方法，需要正确和安全地运输标本以确保准确性和可靠性。
标本准备
在运输标本之前，必须确保标本已经正确准备和采集。
标本应采集并放入适当的中，按照相关指南储存和标识，并附上必要的文档，如标本的身份信息和采集日期。
标本包装
合适的包装对于标本的安全运输非常重要。
标本应放入耐撞击和密封性好的中，并用防泄漏材料仔细密封。
确保外部清洁，并在上标注警示标识，以便识别其中的危险物品。
运输方式
选择合适的运输方式可以确保标本在运输过程中的安全。
常见的运输方式包括专业的生物医学运输服务、快递公司或专用的冷链
运输服务。
根据标本的特殊要求，选择适当的运输方式，并确保合
适的温度控制和运输时间。
运输文件
在标本运输过程中，必须配备必要的文件以确保其可追踪性和
完整性。
这些文件包括运输记录、损坏报告和目的地接收确认。
确
保适当的文件和标签完整填写，并与标本一同运输。
目的地接收
标本的目的地接收也是标本运输的重要环节。
在标本到达目的
地后，接收方应仔细检查标本的完整性和可用性，并记录相关信息。
如发现标本损坏或其他问题，应及时报告，并寻求解决方案。
结论
正确和安全地运输癌症基因突变检测标本对于确保该检测的准
确性和可靠性至关重要。
遵循本指南提供的建议，可以帮助确保标
本在运输过程中的安全性和完整性。
对于具体的运输需求，请根据
相关规定和指南进行操作。
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用于突变检测的标本
• 肺叶切除 • 肺段切除 • 支气管镜活检 • 细针穿刺活检
手术 病理评估合格的 标本适用于EGFR 基因突变检测 标本 细胞学 标本
• 支气管刷片 • 胸水
活检 标本 血液学 标本
• 血浆
• 血清
建议采用灵敏度 高的ARMS检测 方法
• 痰
肿瘤基因突变检测标本类型
• 石蜡组织标本
• 细胞学标本
1、胸水样本、心包积液、脑脊液等，建议在收到标本后两个小时内离心收集沉淀细胞进行 检测，如来不及操作可离心后将沉淀冻存至-20℃保存，等使用时取出；亦可将沉淀包埋成 蜡块后再切片检测； 2、或者将样本直接放置4℃保存过夜再离心收集沉淀，可能会一定程度影响DNA的完整性 ，但一般不影响实验结果。细胞学标本建议涂片后经病理诊断含有肿瘤后在进行检测。
• 冰冻标本
– 组织离体后立即速冻<1h
病理评估不达标样本导致EGFR突变检 测呈阴性结果
4 例肺肿块切除标本EGFR突变检测呈阴性
肺转移性肝细胞性肝癌
小细胞性肺癌
肿瘤细胞太少
未检测到肿瘤组织
Rubbish In; Rubbish Out
选择正确、合适的肺癌组织，是保证突变检测成功第一步及重要的步骤
不同类型标本处理方式
• 新鲜组织标本：
• 1、迅速低温放置，如有条件可放置-80℃或者液氮保存，如果没有条件可使用-20℃保 存，但是保存时间不宜太久； 2、放入组织保存液中保存，组织保存液的能渗透0.5cm厚度的组织，因此用组织保存液 保存时，建议组织不宜过大。核酸在组织保存液中 37 ℃稳定存放1天，25 ℃稳定存放一 周，4 ℃ 1个月或–20 ℃长期存放 1、手术、穿刺、活检标本等放入10%中性福尔马林中固定后制作成蜡块，可保存数年之久 。(病理科常规处理样本方式)
• 血液标本
1、血液标本收集后使用EDTA抗凝，由于血浆、血清中游离核酸以及循环肿瘤细胞量极少 ，建议尽可能在收集标本后2小时内进行核酸提取，以避免核酸更深降解。
手术标本
标本接收、固定
组织处理、石蜡包埋
切片及H&E染色
组织学观察
• 标本通常较大，能提供足够的肿瘤组织用于检测 • 标本可以是冰冻或福尔马林固定组织
标本的病理评估内容
• 诊断：确保肿瘤组织是非小细胞性肺癌 • 肿瘤量：确保有足够的肿瘤组织用于突变检测 尽量保证200-400个肿瘤细胞 对于技术成熟的实验室，可以尝试进行<200个肿瘤细胞的标本检测
5-10uM 10张切片能满足突变检测需求
当细胞数较少时,可以适当增加切片数,以满足检测需求
• 固定包埋组织
• 细胞学标本 • 血液标本
血清、血浆标本：含肿瘤DNA，但含量不稳定，DNA片段化 循环血肿瘤细胞：可得较高质量肿瘤DNA，但量很少
1. Dacic S. Adv Anat Pathol 2008; 15(4):241-247. 2. Sequist LV, et al. Clin Cancer Res 2006; 12(14S):4403s-4406s. 3. Bai H, et al. J Clin Oncol 2009; 27(16):2653-2659.
收集胸水50-500mL 室温静置30分钟，吸去上清，剩余 5-50mL 沉淀物室温250g离心10分钟，吸去上清
低温保存
酒精固定涂片
福尔马林定切片
标本的质量控制
• 福尔马林固定的标本
– 固定要及时，离体后即时处理<1h – 固定液：10% 中性缓冲福尔马林（新鲜配制） – 固定液的量：应为组织体积的10倍以上 – 固定时间：小组织6-12h，大标本6-48h
支气管镜活检
标本较小 通常是福尔马林固定、石蜡包埋处理 建议采用灵敏度高的ARMS检测方法
细针穿刺活检
标本较小 通常是福尔马林固定、石蜡包埋处理 建议采用灵敏度高的ARMS检测方法
细胞学标本
涂片、染色 胸水或支 气管刷片 或痰液 液基细胞学
细胞蜡块，切片染色
病理诊断 病理诊断 病理诊断
• 肿瘤比例：标识肿瘤丰富的区域，提高肿瘤细胞比例用于检测
尽量去除非肿瘤组织及细胞，提高检测的敏感性 不同敏感性的检测方法对肿瘤比例要求不一样 测序法：〉10% ARMS法：〉1%
• 冰冻组织
– – – – – – – 外科手术标本：最好标本，可得高质量肿瘤DNA 支气管镜、穿刺活检测标本：量少，但肿瘤DNA质量仍好 外科手术标本：可得足量肿瘤DNA，但DNA片段化 支气管镜、穿刺活检测标本：可得肿瘤DNA量少且片段化 胸水、肺泡冲洗液和痰液标本：肿瘤细胞含量不确定，通常很少
• 细胞学标本中通常肿瘤细胞数目较少，需要采用灵敏度高的ARMS检测方法
• 建议有条件的病理科制备细胞蜡块：
– 处理流程：细胞学标本经离心处理后，常规福尔马林固定、处理及石蜡包埋即可 – 制备细胞蜡块的好处： （1）便于长期保存；（2）方便用于EGFR基因突变的检测及其他分
子生物学标记物的检测
四、胸水标本处理流程