分子生态学复习

1.生物学种/系统发生物种/分类学物种概念

答：生物学物种是：实际上或潜在地能互相交配的自然种群的集合，该集合与其他这类集合存在生殖隔离。系统发育的物种是最小的可鉴别的单系生物类群，在该生物类群中存在祖先与后裔的亲本模式。分类学物种是形态相似并且具有特异的表观特征的个体所组成的种群，该物种概念被植物分类学家广泛使用。

2.基因、等位基因、单位基因、基因型、表型、基因流。

答：基因是产生一条多肽链或功能RNA所需的全部核苷酸序列；等位基因一般指位于一对同源染色体的相同位臵上控制着相对性状的一对基因；基因型是指某一生物个体全部基因组合的总称；表型是具有特定基因型的个体，在一定环境条件下，所表现出来的性状特征的总和。基因流：遗传物质从一个种群转移到另一个种群的过程，包括传播以及随后的个体、繁殖体或配子的繁殖。

3.哈温平衡、观测杂合度和期望杂合度

答：哈迪—温伯格平衡是指在一个有性繁殖、无穷大、随机交配并且无选择作用的种群中，基因型频率和基因频率在是在世代间保持不变。观测杂合度是种群中实际的杂合度水平。期望杂合度是种群处于哈迪—温伯格平衡时，预期的杂合度水平。

4.人工选择、自然选择

答：自然选择是指在生存斗争中适者生存，不适者被淘汰的现象;包含了两个阶段,第一阶段:由产生出新的合子的一系列过程组成，并产生新的变异。第二个阶段：即淘汰阶段，从幼体（或胚胎）阶段到成体和生殖时期。人工选择是指针对特定性状进行育种，使这些性状的表现逐渐强化，而人们不需要的性状则可能逐渐消匿的过程

5.二叉树/系统发生树类别特点

答：系统发生树主要归为以下四类：距离法、简约法、最大似然法和贝叶斯法。

距离法是基于度量所有两两类群间的进化差异来构建系统树，这些度量可以根据DNA序列数据中核苷酸的差异的数量来计算，或者基于等位酶或微卫星所提供的等位基因频率来估计；

最大简约树是步数最少的系统树，也就是通过最少数量的突变来解释系统树上的谱系分布。最大简约树会把系统树上的特征的一致性最大化，如果数据的多态性不足则无法反映真实的系统发育关系。

最大似然法明确地使用概率模型，其目标是寻找能够以较高概率产生观察数据的系统发生树。最大似然法是一类完全基于统计的系统发生树重建方法的代表。该方法在每组序列比对中考虑了每个核苷酸替换的概率。

贝叶斯法在某些方面与最大似然法相似，关键的差异在

于，对于给定的进化模型和数据，贝叶斯法会把某个特定树是正确的可能性最大化。

【树可分为有根树和无根树两类；有根树是具有方向的树，根据系统发生树可推断出物种的起源，包含唯一的节点，将其作为树中所有物种的近的共同祖先。最常用的确定树根的方法是使用一个或多个无可争议的同源物种作为外群，这个外群要足够近，以提供足够的信息，但又不能太近以至于和树中的种类相混。把有根树去掉根即成为无根树，一棵无根树在没有其他信息（外群）或假设（如假设最大枝长为根）时不能确定其树根。无根树是没有方向的，其中线段的两个演化方向都有可能。】

6.溯祖理论/最近共祖

答：溯祖理论，一种群体遗传学理论。在追溯过去的时候，始于多个当代样本的等位基因会在过去发生合并（通过某个共同的祖先合并到一起），该理论可以鉴别这些等位基因发生合并的节点。

最近共祖：指的是在过去食物，两个或多个遗传谱系的最近祖先。

7.谱系地理学及其分子标记物、谱系分选

答：谱系地理学：一个研究领域，吧遗传谱系间的进化关系与其地理位臵进行比较，以了解对基因、种群和物种的当前分布造成最大影响的是哪些因素。

谱系地理学研究的理想标记是线粒体或叶绿体基因组；其特点是易于操作，动物线粒体DNA相对较高的突变率以及假定缺失重组（动物线粒体）或重组率低（植物叶绿体）而导致有效的克隆遗传等。

谱系分选；多个种群或物种最近源自一个共同的祖先种群或物种的过程，分化产生的多个种群目前彼此间存在生殖隔离，从而每个种群或物种形成一个单独的遗传谱系。

8.有效种群大小和实际种群大小

答：现实种群中所有个体数目，称为实际种群大小；一个理想种群（具有相等的性比、随机交配而且繁殖成功率没有差异）的个体数目，称为有效种群大小。

9.杂交带及其在保护生物学中的应用/杂种

杂交带：在有限的地理区域内，两个不同物种的成员发生接触并相互杂交。

杂种：来自不同种群或物种的雄性与雌性交配而产生的后代。

10.婚配制度及其基本类型特征

答:婚配制度有：单配制（一雄一雌）、一雄多雌、一雌多雄、多雄多雌制、乱交。

多雄多雌制是指一组两个或两个以上的雄性与两个或两个以上的雌性社会性结合的情况。

乱交是指任意的雌性可以与任意的雄性交配而没形成

任何的社会关系。

11.偶外交配/偶外受精/婚外父权及其影响因素

答：偶外受精：个体由社会性配偶以外的伴侣进行受精。

影响因素:○1年龄，在某些物种中，偶外受精更可能发生在年老的雄性中○2生境结构，特别是繁殖生境开放与隐蔽程度，可能会影响偶外受精的频率。

12.分子钟概念及其应用前提要求及如何应用

答;一种理论，采用校准的年代计算序列分化的速率，

然后用这一速率对成对的序列进行分析，确定序列彼此间分

化所经历的时间。前提要求：假设DNA序列的进化速率恒定。

分子钟要基于经过精确年代测定的地质事件或化石记录，而

且应该特别针对所研究的基因区域和分类群进行校准。

13.遗传拯救过程

答：遗传拯救，通过向种群中迁入个体而引入新的等位

基因，从而导致近交衰退的下降。

14.遗传漂变过程

答：遗传漂变是由于配子的随机取样而导致的，种群内

世代间等位基因频率的改变过程。

15.近交净化作用

答：近交净化作用。通过自然选择从一个近交的种群中

清除有害的等位基因。

16.社会性繁殖