保护碱基表
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不同内切酶对识别位点以外最少保护碱基数目的要求PCR设计引物时酶切位点的保护碱基表1
PCR设计引物时酶切位点的保护碱基表2
在分子克隆实验中，有时我们会在待扩增的目的基因片段两端加上特定的酶切位点，用于后续的酶切和连接反应。
由于直接暴露在末端的酶切位点不容易直接被限制性核酸内切酶切开，因此在设计PCR引物时，人为的在酶切位点序列的5‘端外侧添加额外的碱基序列，即保护碱基，用来提高将来酶切时的活性。
添加保护碱基，需要考虑两个因素：一是碱基数目，一是碱基种类。
添加保护碱基时，最关心的应该是保护碱基的数目，而不是种类。
什么样的酶切位点，添加几个保护碱基，是有数据可以参考的，见附表。
添加什么保护碱基，如果严格点，是根据两条引物的Tm值和各引物的碱基分布及GC含量。
如果某条引物Tm值偏小，GC%较低，添加时多加G或C，反之亦反。
保护碱基列表
PCR设计引物时酶切位点的保护
注释：
1．如果要加在序列的5‘端，就在酶切位点识别碱基序列（红色）的5’端加上相应的碱基（黑色），相同如果要在3‘端加保护碱基，就在酶切位点识别碱基序列（红色）的3’端加上相应的碱基（黑色）。
2．切割率：正确识别并酶切的效率
3。
加保护碱基时最好选用切割率高时加的相应碱基。
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内切酶保护碱基表
内切酶保护碱基表什么是内切酶内切酶是一类用于切割DNA或RNA分子的酶。
在DNA分子中，内切酶能够识别特定的碱基序列，并在该序列两侧剪断双链，形成切口。
内切酶在基因工程、分子生物学和医学研究中有着重要的应用。
内切酶的分类内切酶可以根据其切割产物的特征进行分类，常见的分类方法有以下几种：1. 双链切割酶双链切割酶能够同时在DNA分子的两条链上切割出两个切口。
根据切割的位置，双链切割酶又可以分为非对称性双链切割酶和对称性双链切割酶。
非对称性双链切割酶切割产物的两条链是不同长度的，而对称性双链切割酶切割产物的两条链长度相同。
2. 单链切割酶单链切割酶只在DNA分子的一条链上切割产生切口。
根据切割的位置，单链切割酶又可以分为3’端切割酶和5’端切割酶。
3’端切割酶切割产物的末端在3’端，而5’端切割酶切割产物的末端在5’端。
3. 偏心切割酶偏心切割酶在DNA分子的两条链上切割出的切口不在同一位置，形成不对称的切割产物。
偏心切割酶的切割位点在DNA分子上有一定的距离。
内切酶保护碱基表内切酶保护碱基表是一种记录内切酶切割位点的表格。
通过内切酶对特定碱基序列的识别，可以将切割位点记录在保护碱基表中。
保护碱基表以碱基的序号和切割位点的相对位置来表示。
例如，给定一个DNA序列，如果内切酶识别的切割位点位于该序列的第10号碱基之前两个碱基的位置，那么在保护碱基表中相应的位置会标注为-2。
内切酶保护碱基表的编制对于研究DNA序列的结构和功能有着重要的意义。
它可以帮助研究人员了解内切酶在DNA序列中的作用，进而推测DNA分子的结构和功能。
内切酶保护碱基表的构建步骤构建内切酶保护碱基表的步骤如下：1.选择合适的内切酶：根据研究的需要，选择适合的内切酶进行实验。
2.准备DNA样品：从生物体中提取DNA样品，并进行纯化处理。
3.选择适当的限制性内切酶切割条件：通过试验找到合适的限制性内切酶切割条件，使得切割效果最佳。
4.进行内切酶切割实验：按照选定的内切酶和切割条件，在实验室中进行内切酶切割实验。
酶切位点保护碱基表
酶切位点保护碱基表：PRC引物保护碱基的设计首先要明确什么是保护碱基限制性内切酶识别特定的DNA序列，除此之外，酶蛋白还要占据识别位点两边的若干个碱基，这些碱基对内切酶稳定的结合到DNA双链并发挥切割DNA作用是有很大影响的，被称为保护碱基。
添加保护碱基的目的在分子克隆实验中，有时我们会在待扩增的目的基因片段两端加上特定的酶切位点，用于后续的酶切和连接反应。
但实验证明，大多数限制酶对裸露的酶切位点不能切断。
必须在酶切位点旁边加上一个至几个保护碱基，才能使所定的限制酶对其识别位点进行有效切断。
因此在设计PCR引物时，为保护5` 端外加的内切酶识别位点，人为地在酶切位点序列的5‘端外侧添加额外的碱基序列，即保护碱基，用来提高酶切时的活性，使酶切完全。
其次，在分子克隆实验中选择载体的酶切位点时，相临的两个酶切位点往往不能同时使用，因为一个位点切割后留下的碱基过少以至于影响旁边的酶切位点切割。
添加保护碱基的原则添加保护碱基，需要考虑两个因素：一是碱基数目，一是碱基种类。
添加保护碱基时，最关心的应该是保护碱基的数目，而不是种类。
什么样的酶切位点，添加几个保护碱基，是有数据可以参考的。
一般情况下，普通的内切酶只加入两个保护碱基，其内切反应就可以正常进行；而有一类，仅仅只加入两个保护碱基，其内切反应就不能正常进行，这是因为内切酶不能正常结合DNA段上。
如NdeI就属这类，需要加入至少6个保护碱基，常用的HindIII也要三个。
添加什么保护碱基，如果严格点，是根据两条引物的Tm值和各引物的碱基分布及GC含量。
如果某条引物Tm值偏小，GC%较低，添加时多加G或C，反之亦反。
为了解不同内切酶对识别位点以外最少保护碱基数目的要求，NEB采用了一系列含识别序列的短双链寡核苷酸作为酶切底物进行实验。
实验结果对于确定双酶切顺序将会有帮助（比如在多接头上切割位点很接近时），或者当切割位点靠近DNA末端时也很有用。
在本表中没有列出的酶，则通常需在识别位点两端至少加上6个保护碱基，以确保酶切反应的进行。
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酶 Acc I Afl III Asc I Ava I BamH I Bgl II BssH II
PCR 设计引物时酶切位点的保护
寡核苷酸序列
GGTCGACC CGGTCGACCG CCGGTCGACCGG
切割率% 2 hr 20 hr
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CACATGTG CCACATGTGG CCCACATGTGGG
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