微生物的分类
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表型分类重在应用，不涉及生物进化或不以反映生 物亲缘关系为目标。 b）按照生物系统发育相关性水平来分群归类，其目标 是探寻各种生物之间的进化关系，建立反映生物系 统发育的分类系统。
从进化论诞生以来，已经成生物学家普遍接受的分类原则 生物系统学(systematics)
章节内容
第一节 通用分类单元
3）型(form或type)：常指亚种以下的细分。当同种或同
亚种不同菌株之间的性状差异，不足以分为新的亚种时，可以
细分为不同的型。
例如抗原特征的差异分为不同的血清型；对噬菌体裂解反应的 不同分为不同的噬菌型等 菌株与型的区别： 菌株之间不存在鉴别性特征的差异，命名不同的菌株无需分类学
依据，
不同型的细菌之间存在鉴别性特征的差异，命名或鉴定不同的型 必需有分类学依据。
微生物分类学（microbial taxonomy） 是一门按微生物的亲缘关系把它们安排 成条理清楚的各种分类单元或分类群（ taxon）的科学
它的具体任务有三即 分类（classification） 鉴定（identification） 命名（nomenclature）
生物分类的二种基本原则：
a）根据表型(phenetic)特征的相似程度分群归类，这种
科（Family）
属（Genus）
种（Species）
常用的细菌分类学术语：
1）培养物(culture)：一定时间一定空间内微生物的细胞群或生长
物。如微生物的斜面培养物、摇瓶培养物等。
2）菌株(strain)：从自然界中分离得到的任何一种微生物的纯
培养物都可以称为微生物的一个菌株；用实验方法(如通过诱变 ) 所获得的某一菌株的变异型，也可以称为一个新的菌 株，以便与原来的菌株相区别。
Bacillus subtilis（Ehrenberg）Cohn 1872
由于细菌分类单元的划分缺乏一个易于操作的统一标准， 为了减少因采用不同标准界定分类单元所造成的混乱，
细菌系统分类也像其他生物分类一样采用“模式概念”
种和亚种指定模式菌株（type strain）； 亚属和属指定模式种（type species）； 属以上至目级分类单元指定模式属（type genus）； 模式菌株应送交菌种保藏机构保藏，以便备查考和索取。
种名在后，常用拉丁文形容词表示，全部小写 若所分离的菌株只鉴定到属，而未鉴定到种，可用sp.来表示，
例如 Bacillus sp. spp. 复数
例1：大肠埃希氏菌（简称大肠杆菌） Escherichia coli（Migula）Castellani et Chalmers 1919 例2：枯草芽孢杆菌（简称枯草杆菌）
三、rRNA和系统发育树
1. rRNA的序列和进化
培养微生物
提取并纯化rRNA
rRNA序列测定
分析比较
微生物之间的系统发育关系
2. 特征序列或序列印记（signature sequence）
通过对r RNA全序列资料的分析比较（特别是 采用计算机）发现的在不同种群水平上的特 异特征性寡核苷酸序列，或在某些特定的序 列位点上出现的单碱基印记。
系统分类单元、种的概念、学名、亚种
第二节 微生物在生物界的地位
生物界级分类学说、五界系统、三域学说及其发展、 ※微生物的进化
第三节 各wenku.baidu.com类微生物的分类系统纲要
原核微生物分类系统纲要、※真菌的分类系统纲要
第四节 微生物的鉴定
经典分类鉴定方法、现代分类鉴定方法。
第一节 通用分类单元
分类(classification)：根据一定的原则对微生物进行分群归类， 根据相似性或相关性水平排列成系统，并对各个分类群的特征 进行描述，以便查考和对未被分类的微生物进行鉴定； 命名(nomenclature)：是根据命名法规，给每一个分类群一个 专有的名称；
5. 16SrRNA分子中的某些碱基顺序非常保守，以 致在30多亿年的进化中仍保持着原初的状态， 而不像另一些顺序那样变化很大，因此可用作 探索自古至今生物的主要进化历程；
6. 16SrRNA的分子量适中，在核糖体所含的三种 rRNA中，其核苷酸数分别约为2900、1540和 120个，其中的16SrRNA不但核苷酸数适中，而 且信息量较大且易于分析，故是理想的研究材 料。
4）种（species）： 物种，生物分类中基本的分类单元
高等生物中，“生殖隔离”被看作是区分物种的标准
微生物的种：具有高度特征相似性的菌株群，这个菌株群与其
他类群的菌株有很明显的区别。
二、微生物的命名
双名法，由二个拉丁字或希腊字或拉丁化了的其它文字组成，
一般用斜体表示
属名在前，一般用拉丁字名词表示，字首字母大写
第二节 微生物在生物界的地位
一、生物的界级分类学说
两界系统
三界系统
四界系统
五界系统
六界系统
二、三域学说及其发展
选用16SrRNA进行研究的主要原因是：
1.16SrRNA普遍存在于原核生物和真核生物细胞中， 故可用以比较它们在进化上的相互联系； 2.16SrRNA有重要且恒定的生理功能； 3.在细胞中含有较大量的易于提取的rRNA； 4.rRNA的基因在细胞中不像质粒DNA那样会转移，而 是稳定的；
特征序列有助于迅速确定某种微生物的 分类归属，或建立新的分类单位。
3. 系统发育树(phylogenetic tree)
通过比较生物大分子序列差异的数值构
建的系统树称为分子系统树，其特点是用一
种树状分枝的图型来概括各种(类)生物之间
的亲缘关系。
1）生命的第三种形式——古生菌
动物界和植物界
原核生物和真核生物（20世纪60年代）
鉴定(identification或determination)：借助于现有的微生物
分类系统，通过特征测定，确定未知的、或新发现的、或未 明确分类地位的微生物所应归属分类群的过程。
一、分类单元及其等级
界 （Kingdom） 门 （Phylum） 纲（Class） 目（Order） 根据Carl Woese的 理论，现在还在界 之上使用域(domain) （把全部生物先分为 古生菌域、细菌域和 真核生物域， 域下面再分界。）
古细菌(archaebacteria) 真细菌(Eubacteria) 真核生物(Eukaryotes)
从进化论诞生以来，已经成生物学家普遍接受的分类原则 生物系统学(systematics)
章节内容
第一节 通用分类单元
3）型(form或type)：常指亚种以下的细分。当同种或同
亚种不同菌株之间的性状差异，不足以分为新的亚种时，可以
细分为不同的型。
例如抗原特征的差异分为不同的血清型；对噬菌体裂解反应的 不同分为不同的噬菌型等 菌株与型的区别： 菌株之间不存在鉴别性特征的差异，命名不同的菌株无需分类学
依据，
不同型的细菌之间存在鉴别性特征的差异，命名或鉴定不同的型 必需有分类学依据。
微生物分类学（microbial taxonomy） 是一门按微生物的亲缘关系把它们安排 成条理清楚的各种分类单元或分类群（ taxon）的科学
它的具体任务有三即 分类（classification） 鉴定（identification） 命名（nomenclature）
生物分类的二种基本原则：
a）根据表型(phenetic)特征的相似程度分群归类，这种
科（Family）
属（Genus）
种（Species）
常用的细菌分类学术语：
1）培养物(culture)：一定时间一定空间内微生物的细胞群或生长
物。如微生物的斜面培养物、摇瓶培养物等。
2）菌株(strain)：从自然界中分离得到的任何一种微生物的纯
培养物都可以称为微生物的一个菌株；用实验方法(如通过诱变 ) 所获得的某一菌株的变异型，也可以称为一个新的菌 株，以便与原来的菌株相区别。
Bacillus subtilis（Ehrenberg）Cohn 1872
由于细菌分类单元的划分缺乏一个易于操作的统一标准， 为了减少因采用不同标准界定分类单元所造成的混乱，
细菌系统分类也像其他生物分类一样采用“模式概念”
种和亚种指定模式菌株（type strain）； 亚属和属指定模式种（type species）； 属以上至目级分类单元指定模式属（type genus）； 模式菌株应送交菌种保藏机构保藏，以便备查考和索取。
种名在后，常用拉丁文形容词表示，全部小写 若所分离的菌株只鉴定到属，而未鉴定到种，可用sp.来表示，
例如 Bacillus sp. spp. 复数
例1：大肠埃希氏菌（简称大肠杆菌） Escherichia coli（Migula）Castellani et Chalmers 1919 例2：枯草芽孢杆菌（简称枯草杆菌）
三、rRNA和系统发育树
1. rRNA的序列和进化
培养微生物
提取并纯化rRNA
rRNA序列测定
分析比较
微生物之间的系统发育关系
2. 特征序列或序列印记（signature sequence）
通过对r RNA全序列资料的分析比较（特别是 采用计算机）发现的在不同种群水平上的特 异特征性寡核苷酸序列，或在某些特定的序 列位点上出现的单碱基印记。
系统分类单元、种的概念、学名、亚种
第二节 微生物在生物界的地位
生物界级分类学说、五界系统、三域学说及其发展、 ※微生物的进化
第三节 各wenku.baidu.com类微生物的分类系统纲要
原核微生物分类系统纲要、※真菌的分类系统纲要
第四节 微生物的鉴定
经典分类鉴定方法、现代分类鉴定方法。
第一节 通用分类单元
分类(classification)：根据一定的原则对微生物进行分群归类， 根据相似性或相关性水平排列成系统，并对各个分类群的特征 进行描述，以便查考和对未被分类的微生物进行鉴定； 命名(nomenclature)：是根据命名法规，给每一个分类群一个 专有的名称；
5. 16SrRNA分子中的某些碱基顺序非常保守，以 致在30多亿年的进化中仍保持着原初的状态， 而不像另一些顺序那样变化很大，因此可用作 探索自古至今生物的主要进化历程；
6. 16SrRNA的分子量适中，在核糖体所含的三种 rRNA中，其核苷酸数分别约为2900、1540和 120个，其中的16SrRNA不但核苷酸数适中，而 且信息量较大且易于分析，故是理想的研究材 料。
4）种（species）： 物种，生物分类中基本的分类单元
高等生物中，“生殖隔离”被看作是区分物种的标准
微生物的种：具有高度特征相似性的菌株群，这个菌株群与其
他类群的菌株有很明显的区别。
二、微生物的命名
双名法，由二个拉丁字或希腊字或拉丁化了的其它文字组成，
一般用斜体表示
属名在前，一般用拉丁字名词表示，字首字母大写
第二节 微生物在生物界的地位
一、生物的界级分类学说
两界系统
三界系统
四界系统
五界系统
六界系统
二、三域学说及其发展
选用16SrRNA进行研究的主要原因是：
1.16SrRNA普遍存在于原核生物和真核生物细胞中， 故可用以比较它们在进化上的相互联系； 2.16SrRNA有重要且恒定的生理功能； 3.在细胞中含有较大量的易于提取的rRNA； 4.rRNA的基因在细胞中不像质粒DNA那样会转移，而 是稳定的；
特征序列有助于迅速确定某种微生物的 分类归属，或建立新的分类单位。
3. 系统发育树(phylogenetic tree)
通过比较生物大分子序列差异的数值构
建的系统树称为分子系统树，其特点是用一
种树状分枝的图型来概括各种(类)生物之间
的亲缘关系。
1）生命的第三种形式——古生菌
动物界和植物界
原核生物和真核生物（20世纪60年代）
鉴定(identification或determination)：借助于现有的微生物
分类系统，通过特征测定，确定未知的、或新发现的、或未 明确分类地位的微生物所应归属分类群的过程。
一、分类单元及其等级
界 （Kingdom） 门 （Phylum） 纲（Class） 目（Order） 根据Carl Woese的 理论，现在还在界 之上使用域(domain) （把全部生物先分为 古生菌域、细菌域和 真核生物域， 域下面再分界。）
古细菌(archaebacteria) 真细菌(Eubacteria) 真核生物(Eukaryotes)