高级建模方法(第6-4节)-GaussView的使用

同一目录下，而后打开所有程序—附件—命令提示符， 输入DOS指令CD 来更改目录至C P计算程序
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Thermo3.exe所在目录下 ，输入：thermo3 12.out, 确认
后出现“scale factor for frequency=?”,输入0.95，确认
后得到C P计算输出文件THERMO.OUT ，更改文件名
往下拖动页面，应次得到： Ehomo: 位于Alpha occ行最后一个数据，见图9。 Elumo：位于Alpha virt行第一个数据，见图10. 在Mulliken atomic charges下面，找取最负电荷，即q-,和氢电荷中最正的， 即qH+,见图11 u:Dipole moment行，选tot值，如图12 α:Exact polarizability行选第1、第3和第6个数据，取平均值,如图13
课程作业时间及格式要求：
1、11月23日布置。 2、12月7日检查查找的系列化合物和性质。 3、12月14日计算中遇到的问题答疑。 4、12月28日-元月5日提交作业。 5、作业的文件名：姓名-学号-建模课程作业 6、作业的内容，参照科技论文的写作格式：前言 （研究的性质的意义），化合物名称，计算方法， 参数，建模及验证，预测，结论，参考文献。
谢谢！
数据查找
二.查找数据
C. 查找关键词zero, 如图14所示，即为ZPE值。 如图15， Sum of electronic and thermal Enthalpies后 为H值，Sum of electronic and thermal Free Energies后为G值。 如图16所示，tot行对应着Eth、Cv、S值。
数据查找
二.查找数据
D. 查找关键词Mol, 区分大小写，如图17所 示，取cm**3/mol为单位的数值，类似查找10， 取平均值，即为V.
Cp计算
一.输入文件制作
将高斯计算得到的输出文件(如12.out) opt freq至freq之间的内容删除后保存即可。
Cp计算
二. C P计算
把C P计算程序Thermo3.exe放在与刚才保存的文件
为12THERMO.OUT即可。
建模
用SPSS 12.0 for windows打开前面数据查 找所得的Excel表格，得到如图18所示界面 。在工具栏中选择Analyze—Regression— linear,如图19，选择相应的自变量和因变量 ，采用Stepwise方法即可得到相关方程，如 图20和图21。
二.查找数据 A. 用记事本打开12.out,查找，关键词 exact,看图6所示数据是否大于零，否则需
重新优化计算。
因为优化稳定构型时，不应该出现
负频。
数据查找
二.查找数据 B. 查找关键词freq三次后,查找关键词 scf,得到E值，如图7，复制数据填入表格
相应位置，见图8。
数据查找
二.查找数据
第7节 GaussView的使用
内 容 提 要 绘制构型 高斯计算 数据查找 Cp计算 建模
数据查找
一.查错 以1，2-PCPT为例，用GaussView程 序打开高斯输出文件12.out,查看有无异常， 如图5。防止优化过程中，因初始构型不 正确，变化成为其它结构。
数据查找
2D-QSAR基本原理
2D-QSAR方法
活性数据 分子结构、热力学参数
实验方法
Gaussian 03W,DFT方法 建立模型 SPSS 12.0 for Windows
交叉验证,F 检验,VIF 评价
预测相关活性
课程作业内容及要求：
1、查找文献，选择一个系列的化合物及相关性质。化合物的个数 尽量在15-20个以上，但不能少于10个。 2、根据化合物分子的大小确定计算的基组和方法。通常，计算方 法采用B3LYP。 3、首先用Chemdraw 程序绘制化合物分子的平面构型，保存上述 文件格式为*.cdx。采用Chem3D 程序打开*.cdx文件，得到化合 物分子的立体构型，保存上述文件格式为*.gjc，用记事本方式打 开文件*.gjc,得到化合物的空间坐标，加上Link 0部分、限定多 核计算、计算执行路径部分。 4、采用Gaussian03程序分别优化计算系列化合物各分子，查找分子 的结构、热力学参数数据。 5、采用SPSS程序建模，并对模型进行验证。 6、再采用上述计算方法，计算与本系列结构相近的、但没有实验 数据的5个分子的结构，采用步骤5中得到的模型预测这5个分子 的性质。