CT图像三维重建系统的设计与实现_韩成虎
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1 医学图像三维重建系统的功能分析
通过对当前各种三维重建系统的调研, 以及针对 医生的实际需求进行统计分析,CT 图像三维重建系统 主要包括以下业务功能:
(1)可 以 对 三 维 图 像 进 行 任 意 角 度 的 旋 转 、 任 意 方 向的平移以及剖切、手术开窗等操作,从而得到更加丰 富的诊断信息;可以选择多种方式阅片,可以调整图像
(3)图像配准 医学图像的配准是指将两幅或多幅图像通过空间 变换,进行匹配、叠加,使两幅图像的解剖对应点达到 空间位置的一致, 即在两张匹配的图像上能找到人体 上的同一解剖点,使医护人员可以快速找到病患、手术 或诊断的匹配点。 目前医学图像配准主要分为基于特征的图像配准 和基于图像灰度信息的图像配准两大类。 配准的过程 主要包括四个模块:变换、插值、准则、优化。 在确定变 换方式后,把待配准图像变换到参考图像的坐标系中, 由于经过变换后的位置可能不在网格点上, 这时可通 过插值的方法获取变换后点的亮度值,例如线性插值、 断 层 插 值 、邻 域 插 值 等 [5]。 此外,二维预处理还提供了二维阅图功能,包括 3 个断层上的图像同时显示、图像浏览、动画播放、标注、
关键词: CT 图像; 三维重建; 面绘制; 体绘制
0 引言
医学图像三维重建技术, 是指利用计算机技术对 二维医学图像进行分析处理,把图像中感兴趣的器官、 病变体等区域通过分割技术提取出来, 然后进行三维 图像模型重建显示,并进行定性、定量分析的技术。 三 维医学图像提供比二维切片图像更加丰富的机体内部 信息,得到立体逼真的人体组织、器官显示,为医生临 床实践提供可视化和模拟手术信息, 可以大大提高医 疗诊断的准确性, 在医学诊断治疗等许多临床领域具 有特殊应用价值。 自 20 世纪 90 年代起,医学图像三维 重建技术越来越受到人们的重视, 并成为近年图像学 术界的研究热点之一[1]。
CT 图像三维重建系统功能框架图如图 1 所示。 从功能流程来看,CT 图像三维重建系统主要分为 图像导入显示、二维预处理、三维绘制三大模块。 3.1 图像导入 图像导入显示模块主要是提供对多种医学图像数 据格式的支持, 能提供对 DICOM3.0 标准规定的数 据 进行读取、存储、转换等功能。 CT 图像遵从 DICOM 格 式,在 DICOM 标准中详细定义了图像及其相关信息的
趨趷 现代计算机 2013.01 中
开发案例
用 Marching Cubes 算法对 CT 医学图像进行三 维 绘 制 的功能,真实再现了物体的三维面貌,具有较强的实用 性。 和其他算法的重建结果比较,Marching Cubes 方法 的优点是重建速度较快,对硬件要求较低,缺点是易丢 失纹理细节,仅适用表面特征分明的组织和器官(例如 骨骼),不适合血管、细支气管等精细组织和器官。
(2)图像分割 通过滤波处理消除噪声可以以提高图像质量,但 用户更加关心的是病灶区域, 需要对图像进行分割处 理, 图像分割是图像配准、 三维显示等后续操作的基 础,对三维重建结果的准确性影响很大。 本文重点研究 了分割算法里面的经典算法— ——分水岭算法, 分水岭 算法是一种基于形态学的图像处理方法, 它可以满足 系统 CT 图像分割功能的要求。 分割算法中用到 VTK 类的示例如下: vtkRegionGrowImageFilter: 它 的 输 入 是 一 个 Volume,输出也是一个 Volume, 这个 Filter 类主要提供接 口,主要有:
当前面绘制和体绘制的算法很多, 本系统着重研 究了具有代表性的 Marching Cubes 算法,并加以改进。
Marching Cubes 算法的过程描述如下: (1)将 三 维 离 散 规 则 数 据 场 分 层 读 入 内 存 ; (2)每次扫 描 两 层 数 据 ,读 取 两 张 切 片 ,形 成 一 个 结构体; (3)两张切片的 8 个角点构建成一个立方体; (4)将 体 素 每 个 角 点 的 函 数 值 和 给 定 的 等 值 面 值 做比较,从左至右、从前到后的顺序处理每一层中的立 方体,抽取每个立方体中的等值面; (5)然 后 从 下 到 上 顺 序 处 理 到 n-1 层 , 至 算 法 结 束,根据各三角面片上各顶点的坐标绘制等值面。 数据流结构为:读取器-提取等值面-数据处理-映 射器-实例化角色-绘制器-绘制窗口-交互器-交换方 式。 VTK 提供了两种提取等值面的类:滤波器 vtkContourFilter 和 封 装 了 Marching Cubes 算 法 的 vtkMarchingCubes。 数据处理方面,通过 vtkPolyDataNormals 类可 在等值面上产生法向量, 然后通过 vtkStripper 类在等 值 面 上 产 生 纹 理 或 三 角 面 片 [6]。 通过结合 VTK 和 C++编程开发,本系统实现了采
开发案例
文 章 编 号 :1007-1423(2013)02-0054-04
DOI:10.3969/j.issn.1007-1423.2013.02.014
CT 图像三维重建系统的设计与实现 *
韩成虎 1 , 韩成龙 2 , 丘文峰 1
(1. 广东医学院信息工程学院, 东莞 523808; 2. 广东省廉江市人民医院骨科, 廉江 524400)
3 CT 图像三维重建系统整体框架与实现
在三维重建系统中,CT 图像原始序列经过二维预 处理后, 会转换为一个规则的三维体数据场, 通过切 割、配准等技术所得到的图像是待重建组织区域,在数 据场中以体素形式记录了三维空间的分布情况。 三维 重建的主要任务就是要从三维空间数据场中把切割出 来的部位或导入的二维图像构建出具体的三维立体模 型,实现立体空间可视化、操控和测量等功能。
测量等功能。
3.3 三维绘制技术
经过图像分割等二维处理, 把图像中感兴趣的区 域提取出来后,需要对这些数据进行三Biblioteka Baidu绘制,本系统 三维绘制模块中使用面绘制和体绘制技术进行重建。
面绘制处理的是整个体数据场中的小部分数据, 速度较快, 可以快速灵活地对图像进行变换和旋转等 操作。 面绘制重建的只是物体表面,内部丰富信息无法 表现,不能保留数据的完整性,适合于绘制表面特征分 明的组织和器官。 面绘制对表面分割的依赖性比较大, 对分割精确程度的要求很高。 系统测试表明,如果物体 形状不明显,或者亮度变化小的软组织,例如血管等组 织,显示出来的三维效果会比较差。
趨趲 现代计算机 2013.01 中
开发案例
部分组成, 通过 C++语言来调用 VTK 的类库函数,可 以实现 CT 图像的三维重建[3]。 2.2 VTK 的可视化研究
VTK 采用管道机制实现数据和图像 的 可 视 化 ,根 据所获得的原始数据类型以及所要显示的结果, 通过 各种滤波器对管道中的数据进行处理, 选择适当的算 法构建起可视化流程。 管道机制主要包含图形、可视化 两种图像处理模式。
VoidSetMaxDifferentValue(double v); VoidSetSeedPoint(int x,int y,int z); VoidSetMaxChangeValue(double v);
这个 Filter 的最终结果是,将图像中分割区域内的 灰度保持与输入相等, 而分割区域外的灰度值被置背 景色。
现代计算机 2013.01 中 趨趶
开发案例
做好准备。 中值滤波是常用的非线性滤波方法,也是图 像处理技术中最常用的预处理技术, 它的基本思想是 将滤波窗口内的最大值和最小值均视为噪声, 用滤波 窗口内的中值代替窗口中心像素点的灰度, 在一定程 度上抑制了噪声。 它是基于图像滤波器包围的图像区 域中像素的排序,在平滑脉冲噪声方面非常有效,能有 效地去除随机噪声,而且对边缘的模糊程度较小。
图形模式主要用来将数据集的几何形状展示为直 观的三维图形,利用实体、光照、照相机、绘制窗口等类 库属性进行设置和操作, 完成图像生成和用户交互的 功能,包括实现图像的旋转、平移、滚动、亮度、角度、颜 色、方向、位置、缩放、纹理、反光等功能。
可视化模式可将图像信息转换成图形数据, 构建 图形的几何表示, 再利用图像管线将这种表示绘制在 渲染窗口中。 医学 CT 图像数据属于结构化点阵数据, VTK 使 用 了 数 据 流 的 方 式 将 图 像 信 息 转 换 成 图 形 数 据,可以方便实现结构化点阵数据的图像处理。 映射器 是连接可视化模型与图像模型的路径, 原始数据经过 各种过滤器的处理后,把数据对象转换成图像数据,然 后把对象加入到绘制器,在电脑上显示图像,实现使用 者与图像的交互,通过设置相关参数,实现旋转图像以 便用户可以从各个角度观看图像[4]。
的显示比例,例如图像的整体或局部缩放、多幅图像同 时显示、分屏显示等;可以对图像进行标注、测量,以便 在阅片的同时记录获取的信息。
(2)提供预处理功 能 ,可 以 进 行 增 强 、滤 波 、切 割 、 配准等操作,可将原始数据分成物体、背景、骨骼、软组 织 等 多 种 类 型 ,并 将 感 兴 趣 的 区 域 提 取 出 来 [2]。
体绘制面向的是全部体数据, 直接将三维数据场 中各体素进行处理,进而合成具有三维效果的图像。 系 统测试表明, 体绘制对于一些形状特征模糊不清的组 织、器官进行三维显示时具有很好的效果,在体绘制各 步骤设定了相应的参数供用户选择, 以实现图像重建 的最佳效果。 三维显示部分包括获取冠状面、矢状面和 任意割面的等功能。
组成格式和传输方法, 利用这个标准, 我们可以通过 C++语言和 VTK 在系统内建立一个接口来完成影像数 据的输入、输出工作。
现有的 VTK 封装了可以直接读取 DICOM 图像的 C++类 vtkDICOMImageReader,极大地简化了使用 VTK 工具包读取 DICOM 医学图像的过程。 首先读取切片数 据,将其转换为开发工具 VTK 所支持的一种数据表达 形式, 然后根据其文件物理结构建立起相应的数据模 型。 数据模型属于结构点阵数据,其拓扑和几何都是隐 含知道的,只需知道数据的维数、数据源和数据空间, 利 用 Visualization Tool2kit 类 库 中 的 vtkVolumeReader 函数可以很方便地读取切片数据, 只需要设置切片间 距、切片起始段(例如从第 1 个切片到 45 个切片)等参 数便可读取数据对象。
(3)支持海量数据快速分析计算 ,快 速 实 现 CT 图 像三维医学体数据场的可视化, 包括面绘制和体绘制 重建技术,提供动态窗宽、窗位调节等功能。
2 开发工具及开发原理
2.1 开发平台 本系统采用的开发平台是 Visual C++和 VTK(Vi-
sualization Toolkit), 系统采用 C++进行系统界面设计、 核心算法编程和系统集成,用 VTK 编程实现三维可视 化。
图 1 CT 图像三维可视化系统功能框架图
3.2 二维预处理 (1)图像滤波 受环境影响,从 CT 机获取的二维序列图像有很多
噪音,可以通过滤波操作进行降噪,滤波算法在于设计 一个匹配的滤波器和恰当的阈值 , 而 CT 图像里面 的 CT 值提供了相关的参数。 本文主要研究通过中值滤波 进行降噪, 并提取图像中有用的部位为后续三维重建
摘 要: 医学图像三维重建能够为用户提供真实立体感的三维医学图像,在诊断治疗、虚拟手术等 方面具有重要的研究和应用价值。 通过对医学图像三维重建的相关技术进行研究, 得出 CT 图像 三 维重 建 系 统功 能 框 架 ,分 析 可 视化 工 具 VTK 实现 三 维 可视 化 的 原理 ,并 就 数据 导入、滤波、分割、配准、三维绘制等功能进行研究开发,实现 CT 图像的三维重建。
VTK 视觉化工具函式库是由 美 国 Kitware 公 司 研 究的一种用于图像处理及可视化的软件开发包, 是一 个开放源码、 跨平台、 支援平行处理的图形应用函式 库。 VTK 类库由计算机图像处理、显示和可视化处理三
* 基金项目:湛江市 2010 年度科技攻关项目(No.2010C3111012) 收稿日期:2012-11-30 修稿日期:2012-12-25 作者简介:韩成虎,男, 广东廉江人,硕士,研究方向为医学信息化
通过对当前各种三维重建系统的调研, 以及针对 医生的实际需求进行统计分析,CT 图像三维重建系统 主要包括以下业务功能:
(1)可 以 对 三 维 图 像 进 行 任 意 角 度 的 旋 转 、 任 意 方 向的平移以及剖切、手术开窗等操作,从而得到更加丰 富的诊断信息;可以选择多种方式阅片,可以调整图像
(3)图像配准 医学图像的配准是指将两幅或多幅图像通过空间 变换,进行匹配、叠加,使两幅图像的解剖对应点达到 空间位置的一致, 即在两张匹配的图像上能找到人体 上的同一解剖点,使医护人员可以快速找到病患、手术 或诊断的匹配点。 目前医学图像配准主要分为基于特征的图像配准 和基于图像灰度信息的图像配准两大类。 配准的过程 主要包括四个模块:变换、插值、准则、优化。 在确定变 换方式后,把待配准图像变换到参考图像的坐标系中, 由于经过变换后的位置可能不在网格点上, 这时可通 过插值的方法获取变换后点的亮度值,例如线性插值、 断 层 插 值 、邻 域 插 值 等 [5]。 此外,二维预处理还提供了二维阅图功能,包括 3 个断层上的图像同时显示、图像浏览、动画播放、标注、
关键词: CT 图像; 三维重建; 面绘制; 体绘制
0 引言
医学图像三维重建技术, 是指利用计算机技术对 二维医学图像进行分析处理,把图像中感兴趣的器官、 病变体等区域通过分割技术提取出来, 然后进行三维 图像模型重建显示,并进行定性、定量分析的技术。 三 维医学图像提供比二维切片图像更加丰富的机体内部 信息,得到立体逼真的人体组织、器官显示,为医生临 床实践提供可视化和模拟手术信息, 可以大大提高医 疗诊断的准确性, 在医学诊断治疗等许多临床领域具 有特殊应用价值。 自 20 世纪 90 年代起,医学图像三维 重建技术越来越受到人们的重视, 并成为近年图像学 术界的研究热点之一[1]。
CT 图像三维重建系统功能框架图如图 1 所示。 从功能流程来看,CT 图像三维重建系统主要分为 图像导入显示、二维预处理、三维绘制三大模块。 3.1 图像导入 图像导入显示模块主要是提供对多种医学图像数 据格式的支持, 能提供对 DICOM3.0 标准规定的数 据 进行读取、存储、转换等功能。 CT 图像遵从 DICOM 格 式,在 DICOM 标准中详细定义了图像及其相关信息的
趨趷 现代计算机 2013.01 中
开发案例
用 Marching Cubes 算法对 CT 医学图像进行三 维 绘 制 的功能,真实再现了物体的三维面貌,具有较强的实用 性。 和其他算法的重建结果比较,Marching Cubes 方法 的优点是重建速度较快,对硬件要求较低,缺点是易丢 失纹理细节,仅适用表面特征分明的组织和器官(例如 骨骼),不适合血管、细支气管等精细组织和器官。
(2)图像分割 通过滤波处理消除噪声可以以提高图像质量,但 用户更加关心的是病灶区域, 需要对图像进行分割处 理, 图像分割是图像配准、 三维显示等后续操作的基 础,对三维重建结果的准确性影响很大。 本文重点研究 了分割算法里面的经典算法— ——分水岭算法, 分水岭 算法是一种基于形态学的图像处理方法, 它可以满足 系统 CT 图像分割功能的要求。 分割算法中用到 VTK 类的示例如下: vtkRegionGrowImageFilter: 它 的 输 入 是 一 个 Volume,输出也是一个 Volume, 这个 Filter 类主要提供接 口,主要有:
当前面绘制和体绘制的算法很多, 本系统着重研 究了具有代表性的 Marching Cubes 算法,并加以改进。
Marching Cubes 算法的过程描述如下: (1)将 三 维 离 散 规 则 数 据 场 分 层 读 入 内 存 ; (2)每次扫 描 两 层 数 据 ,读 取 两 张 切 片 ,形 成 一 个 结构体; (3)两张切片的 8 个角点构建成一个立方体; (4)将 体 素 每 个 角 点 的 函 数 值 和 给 定 的 等 值 面 值 做比较,从左至右、从前到后的顺序处理每一层中的立 方体,抽取每个立方体中的等值面; (5)然 后 从 下 到 上 顺 序 处 理 到 n-1 层 , 至 算 法 结 束,根据各三角面片上各顶点的坐标绘制等值面。 数据流结构为:读取器-提取等值面-数据处理-映 射器-实例化角色-绘制器-绘制窗口-交互器-交换方 式。 VTK 提供了两种提取等值面的类:滤波器 vtkContourFilter 和 封 装 了 Marching Cubes 算 法 的 vtkMarchingCubes。 数据处理方面,通过 vtkPolyDataNormals 类可 在等值面上产生法向量, 然后通过 vtkStripper 类在等 值 面 上 产 生 纹 理 或 三 角 面 片 [6]。 通过结合 VTK 和 C++编程开发,本系统实现了采
开发案例
文 章 编 号 :1007-1423(2013)02-0054-04
DOI:10.3969/j.issn.1007-1423.2013.02.014
CT 图像三维重建系统的设计与实现 *
韩成虎 1 , 韩成龙 2 , 丘文峰 1
(1. 广东医学院信息工程学院, 东莞 523808; 2. 广东省廉江市人民医院骨科, 廉江 524400)
3 CT 图像三维重建系统整体框架与实现
在三维重建系统中,CT 图像原始序列经过二维预 处理后, 会转换为一个规则的三维体数据场, 通过切 割、配准等技术所得到的图像是待重建组织区域,在数 据场中以体素形式记录了三维空间的分布情况。 三维 重建的主要任务就是要从三维空间数据场中把切割出 来的部位或导入的二维图像构建出具体的三维立体模 型,实现立体空间可视化、操控和测量等功能。
测量等功能。
3.3 三维绘制技术
经过图像分割等二维处理, 把图像中感兴趣的区 域提取出来后,需要对这些数据进行三Biblioteka Baidu绘制,本系统 三维绘制模块中使用面绘制和体绘制技术进行重建。
面绘制处理的是整个体数据场中的小部分数据, 速度较快, 可以快速灵活地对图像进行变换和旋转等 操作。 面绘制重建的只是物体表面,内部丰富信息无法 表现,不能保留数据的完整性,适合于绘制表面特征分 明的组织和器官。 面绘制对表面分割的依赖性比较大, 对分割精确程度的要求很高。 系统测试表明,如果物体 形状不明显,或者亮度变化小的软组织,例如血管等组 织,显示出来的三维效果会比较差。
趨趲 现代计算机 2013.01 中
开发案例
部分组成, 通过 C++语言来调用 VTK 的类库函数,可 以实现 CT 图像的三维重建[3]。 2.2 VTK 的可视化研究
VTK 采用管道机制实现数据和图像 的 可 视 化 ,根 据所获得的原始数据类型以及所要显示的结果, 通过 各种滤波器对管道中的数据进行处理, 选择适当的算 法构建起可视化流程。 管道机制主要包含图形、可视化 两种图像处理模式。
VoidSetMaxDifferentValue(double v); VoidSetSeedPoint(int x,int y,int z); VoidSetMaxChangeValue(double v);
这个 Filter 的最终结果是,将图像中分割区域内的 灰度保持与输入相等, 而分割区域外的灰度值被置背 景色。
现代计算机 2013.01 中 趨趶
开发案例
做好准备。 中值滤波是常用的非线性滤波方法,也是图 像处理技术中最常用的预处理技术, 它的基本思想是 将滤波窗口内的最大值和最小值均视为噪声, 用滤波 窗口内的中值代替窗口中心像素点的灰度, 在一定程 度上抑制了噪声。 它是基于图像滤波器包围的图像区 域中像素的排序,在平滑脉冲噪声方面非常有效,能有 效地去除随机噪声,而且对边缘的模糊程度较小。
图形模式主要用来将数据集的几何形状展示为直 观的三维图形,利用实体、光照、照相机、绘制窗口等类 库属性进行设置和操作, 完成图像生成和用户交互的 功能,包括实现图像的旋转、平移、滚动、亮度、角度、颜 色、方向、位置、缩放、纹理、反光等功能。
可视化模式可将图像信息转换成图形数据, 构建 图形的几何表示, 再利用图像管线将这种表示绘制在 渲染窗口中。 医学 CT 图像数据属于结构化点阵数据, VTK 使 用 了 数 据 流 的 方 式 将 图 像 信 息 转 换 成 图 形 数 据,可以方便实现结构化点阵数据的图像处理。 映射器 是连接可视化模型与图像模型的路径, 原始数据经过 各种过滤器的处理后,把数据对象转换成图像数据,然 后把对象加入到绘制器,在电脑上显示图像,实现使用 者与图像的交互,通过设置相关参数,实现旋转图像以 便用户可以从各个角度观看图像[4]。
的显示比例,例如图像的整体或局部缩放、多幅图像同 时显示、分屏显示等;可以对图像进行标注、测量,以便 在阅片的同时记录获取的信息。
(2)提供预处理功 能 ,可 以 进 行 增 强 、滤 波 、切 割 、 配准等操作,可将原始数据分成物体、背景、骨骼、软组 织 等 多 种 类 型 ,并 将 感 兴 趣 的 区 域 提 取 出 来 [2]。
体绘制面向的是全部体数据, 直接将三维数据场 中各体素进行处理,进而合成具有三维效果的图像。 系 统测试表明, 体绘制对于一些形状特征模糊不清的组 织、器官进行三维显示时具有很好的效果,在体绘制各 步骤设定了相应的参数供用户选择, 以实现图像重建 的最佳效果。 三维显示部分包括获取冠状面、矢状面和 任意割面的等功能。
组成格式和传输方法, 利用这个标准, 我们可以通过 C++语言和 VTK 在系统内建立一个接口来完成影像数 据的输入、输出工作。
现有的 VTK 封装了可以直接读取 DICOM 图像的 C++类 vtkDICOMImageReader,极大地简化了使用 VTK 工具包读取 DICOM 医学图像的过程。 首先读取切片数 据,将其转换为开发工具 VTK 所支持的一种数据表达 形式, 然后根据其文件物理结构建立起相应的数据模 型。 数据模型属于结构点阵数据,其拓扑和几何都是隐 含知道的,只需知道数据的维数、数据源和数据空间, 利 用 Visualization Tool2kit 类 库 中 的 vtkVolumeReader 函数可以很方便地读取切片数据, 只需要设置切片间 距、切片起始段(例如从第 1 个切片到 45 个切片)等参 数便可读取数据对象。
(3)支持海量数据快速分析计算 ,快 速 实 现 CT 图 像三维医学体数据场的可视化, 包括面绘制和体绘制 重建技术,提供动态窗宽、窗位调节等功能。
2 开发工具及开发原理
2.1 开发平台 本系统采用的开发平台是 Visual C++和 VTK(Vi-
sualization Toolkit), 系统采用 C++进行系统界面设计、 核心算法编程和系统集成,用 VTK 编程实现三维可视 化。
图 1 CT 图像三维可视化系统功能框架图
3.2 二维预处理 (1)图像滤波 受环境影响,从 CT 机获取的二维序列图像有很多
噪音,可以通过滤波操作进行降噪,滤波算法在于设计 一个匹配的滤波器和恰当的阈值 , 而 CT 图像里面 的 CT 值提供了相关的参数。 本文主要研究通过中值滤波 进行降噪, 并提取图像中有用的部位为后续三维重建
摘 要: 医学图像三维重建能够为用户提供真实立体感的三维医学图像,在诊断治疗、虚拟手术等 方面具有重要的研究和应用价值。 通过对医学图像三维重建的相关技术进行研究, 得出 CT 图像 三 维重 建 系 统功 能 框 架 ,分 析 可 视化 工 具 VTK 实现 三 维 可视 化 的 原理 ,并 就 数据 导入、滤波、分割、配准、三维绘制等功能进行研究开发,实现 CT 图像的三维重建。
VTK 视觉化工具函式库是由 美 国 Kitware 公 司 研 究的一种用于图像处理及可视化的软件开发包, 是一 个开放源码、 跨平台、 支援平行处理的图形应用函式 库。 VTK 类库由计算机图像处理、显示和可视化处理三
* 基金项目:湛江市 2010 年度科技攻关项目(No.2010C3111012) 收稿日期:2012-11-30 修稿日期:2012-12-25 作者简介:韩成虎,男, 广东廉江人,硕士,研究方向为医学信息化