种群遗传学中微卫星DNA标记的应用-分子生物学论文-生物学论文

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微卫星DNA标记技术及其在遗传多样性研究中的应用_徐莉

微卫星DNA标记技术及其在遗传多样性研究中的应用_徐莉

西北植物学报2002,22(3):714—722Acta Bot.Boreal.-Occident.Sin.文章编号:1000-4025(2002)03-0714-09微卫星DNA标记技术及其在遗传多样性研究中的应用①徐 莉,赵桂仿(西北大学生命科学学院,西安710069)摘 要:微卫星DN A的高突变率、中性、共显性及其在真核基因组中的普遍性,使其成为居群遗传学研究、种质资源鉴定、亲缘关系分析和图谱构建的优越的分子标记。

本研究系统介绍了微卫星DN A在结构和功能上的特点,并对微卫星DN A标记技术应用的遗传学机理和一般方法进行了扼要的阐述。

另外,本研究还探讨了微卫星DN A标记技术在遗传多样性研究中的应用现状,并进一步提出其发展前景。

关键词:微卫星DN A;微卫星DN A标记;遗传多样性中图分类号:Q946.33 文献标识码:AMicrosatellite DNA marker and its applicationin genetic diversity researchXU Li,ZHAO Gui-fang(Colleg e of Life Science,Nor thw est University,Xi an710069,China)Abstract:Beca use of its hy pe rva ria bility,neutra lity,co-do minance and ubiquity in eukary otic g eno mes, micr osatellite DN A is becoming pr efer red mo lecula r mar ker for po pulatio n g enetic studies,a s w ell a s fo r strain identification,kinship analy sis,and mapping pur po se.Th e paper presents th e structural and func-tio na l charac teristics o f micro sa telli te DN A sy stema tically,and show s the genetic mecha nism fo r applica-tio n of micr osatellite DN A mar ker and its gener al me tho ds.It is also discussed that micro sa tellite DN A mar ker is utilized in ge netic div ersity r esea rch now aday s and its develo pment in the futur e.Key words:micr osatellite DN A;mic rosatellite DN A mar ker;g enetic div ersity物种的灭绝,遗传多样性的丧失,生态系统的退化和瓦解,使生物多样性研究成为目前的一个热点。

DNA分子标记技术的研究与应用

DNA分子标记技术的研究与应用

DNA分子标记技术的研究与应用一、本文概述本文旨在对DNA分子标记技术的研究与应用进行全面的概述。

DNA分子标记技术作为现代分子生物学领域的一项重要工具,已经在生物学研究、遗传育种、疾病诊断等多个领域展现出广泛的应用前景。

本文首先介绍了DNA分子标记技术的基本概念、发展历程以及主要类型,包括限制性片段长度多态性(RFLP)、随机扩增多态性DNA(RAPD)、扩增片段长度多态性(AFLP)和单核苷酸多态性(SNP)等。

接着,文章详细阐述了这些技术在不同领域中的具体应用,包括基因克隆、基因定位、遗传图谱构建、物种亲缘关系分析、基因表达和调控研究等。

本文还讨论了DNA分子标记技术在实践应用中面临的挑战和未来发展趋势,如高通量测序技术的结合、大数据分析的利用以及生物信息学的进一步发展等。

通过本文的综述,旨在为相关领域的研究人员和技术人员提供一个全面、深入的了解DNA分子标记技术的平台,以促进该技术的进一步发展和应用。

二、DNA分子标记技术的基本原理与类型DNA分子标记技术是一种直接以DNA多态性为基础的遗传标记技术,其基本原理在于利用DNA分子在基因组中存在的丰富的多态性,通过特定的技术手段将这些多态性转化为可识别的遗传信息,从而实现对生物个体或群体的遗传差异进行精确分析。

这种技术以其高度的准确性、稳定性和多态性,在生物学研究、遗传育种、种质鉴定、基因定位、分子育种、疾病诊断等领域中得到了广泛应用。

基于DNA-DNA杂交的分子标记技术:这类技术主要包括限制性片段长度多态性(RFLP)和DNA指纹技术。

它们通过比较不同个体或群体间DNA片段的杂交信号差异,揭示出基因组中的多态性。

这类标记具有稳定性高、共显性遗传等特点,但操作复杂、成本较高。

基于PCR的分子标记技术:随着聚合酶链式反应(PCR)技术的出现和发展,基于PCR的分子标记技术应运而生。

这类技术包括随机扩增多态性DNA(RAPD)、扩增片段长度多态性(AFLP)和序列特征化扩增区域(SCAR)等。

应用微卫星标DNA记对三个封闭群兔遗传分析

应用微卫星标DNA记对三个封闭群兔遗传分析
申幸 娇 , 岳 秉 飞
( 中 国食 品 药 品 检 定研 究 院 , 北 京 1 0 0 0 5 0 )
【 摘 要] 目的
检测 国内 E t 本大耳 白兔 、 青紫蓝兔 、 新 西兰 白兔 的遗传 背景及遗传结构 , 为 封闭群兔遗传 检
测 方 法 建 立 和 标 准 化 提 供 基 础 资 料 。 方 法 应 用 1 8个 微 卫 星 标 记 及 荧 光 标 记 一 半 自动 基 因 分 型 技 术 对 三 个 群 体 9 5个 个 体 进 行 H a r d y . We i n b e r g检 测 , 统 计 每 个 位 点 等 位 基 因频 率 、 杂合 度、 F值 、 遗 传 距 离 等 信 息 。 结 果 三 个 种
间分 化 明显 。个 别 位 点 偏 离 遗 传 平 衡 , 推 测 人 工 繁 育 过 程 中存 在 一 定 问 题 。
【 关键 词 】 日本 大 耳 白兔 ; 青紫蓝兔 ; 新 西 兰 白兔 ;封 闭群 ; 微 卫 星
【 中图分类号】R 3 3 2
【 文献标识码 】A
【 文章编号 】 1 6 7 1 - 7 8 5 6 ( 2 0 1 3 ) 0 9 - 0 0 1 2 — 0 7
d o i :1 0 . 3 9 6 9 . j . i s s n . 1 6 7 1 . 7 8 5 6 .2 0 1 3 . 0 0 9 . 0 0 3
Ge ne t i c a na l y s i s o f t h r e e g r o u ps o f c l o s e d c l o l o n y r a bb i t s u s i n g
e x p e c t e d h e t e r o z y g o s i t y, t h e F— s t a t i s t i c v a l u e a n d t h e g e ne t i c d i s t a n c e we r e c o u nt e d. Re s u al t s I n t h r e e po pu l a t i o n s

微卫星在种群遗传学中的应用

微卫星在种群遗传学中的应用

微卫星在种群遗传学中的应用随着科学技术的不断进步,生物学科研中的一些新方法也随之兴起。

其中,微卫星(microsatellite)就是其中之一。

微卫星是DNA序列中的一种重复序列,长度在1-6bp之间,因为重复序列的数量很多,微卫星在某些物种中的数量可以达到成千上万。

微卫星在种群遗传学中的应用越来越被重视,成为研究物种遗传结构、种群遗传多样性以及基因流动性的重要工具。

一、微卫星的优势与其他分子标记技术相比,微卫星具有以下优势:1、高变异性:微卫星是DNA上的多态性序列,比其他标记技术如限制性片段长度多态性(RFLP)或单核苷酸多态性(SNP)具有更高的变异性。

微卫星的变异程度达到了每10-20个个体就有一个变异点的程度,因此微卫星能够良好的反映物种的遗传多样性,和种属内个体之间的差异。

2、复制简单:微卫星的复制是某些酶的嘌呤基连续重复所导致的,而重复本身又是由于DNA拷贝时酶的差异而导致的。

由于这种复制机制相对比较简单且具有高变异性,因此微卫星标记信息容易获取且普遍适用于各种不同物种的基因组研究。

3、高复杂度:许多物种中,微卫星起着网络化基因座的作用,并且能形成微卫星基因组层面的加合效应,在整个基因组层面表现很强的复杂度。

二、微卫星在种群遗传学的应用还是非常丰富的,涉及到种群遗传结构、遗传多样性、基因流动性等多个方面。

1、遗传多样性和遗传结构:微卫星可以被用来研究自然界中物种的基因组遗传多样性和繁殖策略,利用这个标记技术研究物种的遗传结构。

例如,微卫星可被用来研究澳洲袋鼠的个体基因组的遗传变异。

澳洲袋鼠借由基于微卫星之间的多态性来进行种群区分分析,分组的结果能够十分有效的体现出不同种群间的遗传多样性以及遗传结构。

还有一项研究则是在英国白蚁中进行的,作者对微卫星技术的应用进行了比较,表明微卫星基因座显示出了更高的跨年度变异,但较低的异构形式,以及和更准确的频率测定结果,从而对于暴露白蚁生态分布模式的研究具有更高的价值。

种群遗传学中微卫星DNA标记的应用-分子生物学论文-生物学论文

种群遗传学中微卫星DNA标记的应用-分子生物学论文-生物学论文

种群遗传学中微卫星DNA标记的应用-分子生物学论文-生物学论文——文章均为WORD文档,下载后可直接编辑使用亦可打印——微卫星广泛存在于真核生物基因组中,一般由1~6个碱基组成重复片段,因为其种类多、分布广及重复次数在个体间具有高度的变异性呈现高度的多态性、共显性,所以微卫星DNA标记已经成为种群遗传学中被广泛应用的分子标记。

下面由学术堂为大家整理出一篇题目为种群遗传学中微卫星DNA标记的应用的分子生物学论文,供大家参考。

原标题:微卫星DNA标记应用前景浅议摘要:微卫星广泛存在于真核生物基因组中,一般由1~6个碱基组成重复片段,因为其种类多、分布广及重复次数在个体间具有高度的变异性呈现高度的多态性、共显性,所以微卫星DNA标记已经成为种群遗传学中被广泛应用的分子标记。

就微卫星的结构、功能及其形成机制方面在特定基因定位,种群遗传结构分析、种群内亲缘关系界定、物种进化分析等方面的应用进行阐述。

关键词:微卫星;物种进化;基因图谱;亲子鉴定分子标记是以个体之间的遗传物质内核苷酸序列变异为基础的遗传标记,是DNA水平上遗传多态性的直接的反映。

微卫星标记是继RFLP、AFLP之后的一种新的遗传标记。

微卫星标记已被广泛应用于保护遗传学研究的各个领域,包括种群遗传多样性评估、种群遗传结构分析、遗传图谱构建、基因定位和亲子鉴定等。

1 微卫星标记的发现20世纪70年代,生物科学家Litt[1]等在研究寄居蟹基因组DNA 时发现其基因组中存在许多不同碱基的重复序列。

在后续研究中,发现人、动物和酵母基因组中均存在大量类似的重复单元并于1988年将此重复序列作为新的遗传标记并应用于人类,创造出微卫星(Microsatellite)的名称。

2 微卫星的结构微卫星又称简单重复系列(Simple SequenceR e p e a t s,S S R)或简单串联重复序列多态性(S h o r tTandem Repeat Polymorphism,STRP),这些位点由短的重复串联序列(1~6 bp)组成。

微卫星DNA

微卫星DNA

微卫星DNA微卫星DNA在种下分化及近缘种的鉴定中的应用农业昆虫与害虫防治姚远M071105摘要:微卫星DNA标记作为一种多态性和稳定性高、重复性好、呈共显性的分子遗传标记技术,目前已被广泛应用于昆虫学的研究中。

本文介绍了微卫星DNA标记的基本原理和特点,并综述了近年来该技术在昆虫种群遗传结构及分化、近缘种的鉴定、遗传图谱的构建、基因定位以及系统发生等领域中的应用。

关键词: 微卫星DNA标记;多态性;分化;种群早在1974 年,Skinger在蟹的DNA 中发现了一类短串联重复序列TAGG。

随后人们在人、动物和酵母的基因组中都发现了大量的简单重复序列,因为其比小卫星(10~25bp)短,每个重复单位仅1~6bp,重复数10~20次,是头尾相连的串联重复序列,故称微卫星(microsatellite),又称为简单序列重复DNA(Simple Sequence Repeat,SSR)。

重复类型有两种单核苷酸如A/T、C/G;四种二核苷酸重复AT/TA、AC/TG、AG/TC、CG/GC 以及三、四核苷酸重复类型等,但研究发现较多的为AC/TG,约占57%,其它类型较少。

而且根据微卫星核心序列排列方式的不同,可分为完全(perfect),不完全(imperfect)和复合型(compound)微卫星。

20世纪七八十年代以来,伴随着分子生物学的飞速发展,出现了多种多样的DNA分子标记[1]。

目前常用的DNA分子标记技术有限制性片段长度多态性( restriction fragment length polymorphism,RFLP) 、数量可变的串联重复序列(variable number of tandem repeat,VNTR) 、随机扩增多态性DNA ( random amp lified polymorphic DNA,RAPD) 、扩增片段长度多态性( amp lified fragment length polymorphism,AFLP) 、微卫星标记(microsatellite marker) 、简单重复序列间扩增( inter-simple sequence repeat,ISSR)和单核苷酸多态性( single nucleotide polymorphysm,SNP) 。

微卫星DNA标记在畜禽遗传选育中的应用

微卫星DNA标记在畜禽遗传选育中的应用

微卫星DNA标记在畜禽遗传选育中的应用摘要概述了微卫星DNA的结构、功能及形成机制,对其在分子标记方面的特点及在基因定位、基因图谱绘制、分析群体遗传结构、预测杂交优势等畜禽遗传选育方面的应用优势进行了分析。

关键词微卫星;分子标记;多样性;基因分析长期以来,对畜禽的遗传选育研究的准确性和敏感性始终受数量与环境影响,难以提高选育的效率和选育过程的预见性。

直到近年微卫星标记技术的出现,人类对畜禽品种遗传与选育的研究进度才明显加快。

微卫星标记在畜禽品种资源分类及遗传多态性评估和保存研究中,因为数量大、分布广且均匀、多态信息含量高、检测快速方便等优点,被公认为理想分子选择标记而在畜禽遗传选育中得到广泛应用。

1微卫星DNA的结构特点微卫星(microsatellite)一般以1~6个碱基为核心序列,首尾相连组成串联重复序列[1]。

这种序列存在于几乎所有真核生物的基因组中,均匀分布于基因的间隔区和内含子、外显子和调控区(如启动子、增强子)。

在染色体上,除着丝粒及端粒区域外,其他区域也广泛散在分布有微卫星位点(Winter,1992)[2]。

微卫星是一种多态标记,本身却无位点特异性,为了解决不同实验室用不同方式所做图谱的合并、融合问题,Beckmann等(1990)在序列示踪位点(Sequence Tagged Site,STS)的基础上提出以微卫星核心序列为中心,两侧各加上一段侧翼序列,这两段侧翼序列可以将包含于它中间的微卫星特异地定位于基因组的某一部位,构成可通过PCR技术从基因组中检测出来的序列示踪微卫星座位(Sequence Tagged Microsatellite Site,STMS)[3],微卫星DNA由其核心序列和两侧的侧翼序列构成,侧翼序列使某一微卫星特异定位在染色体的一定位置,核心序列重复数的不同是构成微卫星多态性的基础。

因DNA在复制和修复过程中碱基的滑动、错配或减数分裂过程中姊妹染色单体的不均等交换。

微卫星技术及其应用

微卫星技术及其应用
3.4 构建指纹图谱
基因组中各微卫星位点除重复数不同外,其碱基组成和结构是相似的,因此可以以微卫星的核心序列如(AC)n、(TG)n等作为多位点探针,在基因组中同时检测多个位点。由于不同个体、品种(系)或群体在被检测位点上存在一定的差异,通过电泳及杂交,这些差异将表现为杂交带的有无,即产生微卫星DNA指纹图。B.Beyerman等通过DNA指纹印迹技术,利用简单重复序列(GATA)1和(GTG)5作探针,证实了大麦和甜菜DNA指纹印迹区带的显著差异。
2.3 通用性与保守性
微卫星DNA所在区域在生物的基因组中是比较保守的,某一物种的微卫星引物可在相关密切的物种中使用,这使得减少获取微卫星的工作量和加快比较基因组作图的工作进度成为可能。
2.4 共显性遗传
微卫星DNA呈孟德尔共显性遗传模式,可以区别纯合显性个体和杂合显性个体,这为遗传研究提供了更多的可供分析的信息。
1.微卫星DNA的特点及分类
微卫星DNA具有丰富的多态性,主要表现在核苷酸重复单位数目的多态性和重复序列中核苷酸的替换多态性。一般认为,一个微卫星DNA核心序列重复数目越高,其等位基因数目也就越多,多态性就越丰富。微卫星DNA遵循孟德尔遗传规律,能够稳定地从上一代传给下一代,且等位基因间呈现共显性遗传。除此以外,微卫星标记还具有DNA用量少、反应速度快、操作简易、结果重复性好等特点。
3.6 分子标记辅有很大的潜力,它改变了从表型值推断基因型值的选择过程。分子标记辅助选择相对于传统的表型选择来说,可以获得更大的遗传进展,尤其对于低遗传力性状、限制性状和后期表达的性状,能增大选择强度,缩短世代间隔,提高选择的准确性。Zhang等利用微卫星标记来预测产量和估计杂种优势。
微卫星DNA分子标记及其应用

微卫星DNA标记及其应用

微卫星DNA标记及其应用

微卫星DNA 标记是继RFLP 技术之后发展起来的新一代的分子遗传标记技术。

微卫星DNA 的PCR 产物检测方法主要有同位素标记引物的聚丙烯酰胺电泳法、荧光标记引物的测序法以及聚丙烯酰胺凝胶电泳银染法等。

自20世纪80年代以来,经过二三十年的不断发展,微卫星DNA 标记技术因其数量大、分布广且均匀、多态性丰富、呈孟德尔共显性遗传、检测快速方便以及结果稳定可靠等优点,已被广泛应用于各个领域。

1微卫星DNA 标记的发现1974年,Skinner 等在研究寄居蟹的基因组时发现了微卫星DNA 的重复序列。

此后,在人、动物和酵母的基因组中都发现了类似大量的简单重复序列。

直到1986年,Ail 等首次用合成的微卫星寡核苷酸作为探针用于人的指纹分析,这时才得到重视。

1988年,Jeffreys 等人做了进一步的研究并使之发展成为新的遗传分子标记系统。

1989年,Litt 等[1]扩增到了人类基因组微卫星序列,从而创造了“微卫星(mi -crosatellite )”这个名称。

2微卫星DNA 的结构微卫星DNA 又称简单重复序列(simple sequence re -peats ,SSR)或短串联重复序列(short tandem repeats ,STR),是指以少数几个核苷酸(一般是1~6个)为单位串联重复的DNA 序列。

这些重复序列的重复次数和重复程度在不同的生物体内高度变化,并且随机分布于真核生物基因组中[2-3]。

普遍认为,在染色体上,除着丝粒及端粒区域外,其他区域也广泛散在分布有微卫星位点[4]。

Weber 根据微卫星核心序列排列方式的不同,将其分为完全(无间隔)、不完全(有非重复单位的碱基间隔)和复合型(2个或更多重复单位彼此毗邻连续出现)微卫星3种类型。

3微卫星DNA 标记的优缺点3.1优点①分布广泛。

微卫星DNA 广泛且均匀地分布于真核生物基因组中。

②多态性丰富。

由于微卫星在不同个体中的重复单位数目变异大,因而造成其长度具有高度的多态性,使其可以包含大量丰富的信息。

微卫星标记及其在动物遗传育种中的应用

微卫星标记及其在动物遗传育种中的应用

涉及 D N A结 构 , 通常与表型无关 , 这 种 方 法 可在 较 短 时 间 内 ,使 用非 常 低廉 的费用 检 测 出 1 个 群 体 的 全 部 有 害基 因。家 畜 中用 分 子遗 传 学 基 因技 术 研 究 发 现 的遗传 缺 陷 , 多 数是使 用 微卫 星标 记发 现 的。
示 动 物所 带 遗传 信 息 的 内容 ,准 确确 定 Q T L在 基 因
星序列存在 困难 ; 微卫星位点的获得较为繁琐 , 花费 较 大 ,须 进 行基 因文 库构 建 ,分 子 杂 交 等一 系 列 工
作, 分 析 成本 高 , P C R扩 增 产物 在 检测 过程 中常 出现 “ 影 子 带 ”和一 些 没有 被 扩增 的无 效基 因 , 都 会 给 鉴
检 测 动物 个 体基 因型 ,统 计 出动 物 群 体水 平 上 微卫
星座位等位基因的数 目及频率 ,并结合分子遗传学 和数量遗传学原理 ,计算 出各个 品种的平均遗传杂 合 度 和彼 此 间 的遗 传 距离 ,然后 进 行 多个 品种 群 间 的聚类分析 , 从而初步评估该 品种的遗传多样性 , 品 种间的亲缘远近和遗传分化关系。 杂 种 优 势 的大小 在 一 定 程度 上 取 决 于亲 本 间遗 传差异的大小 , 即遗传距离。有人用 D N A多态性测 定 品种或 品系间的差异 ,并据此得 出遗传距离 比其
繁 育 改 良
微 卫 星 标 记 及 其 在 动 物 遗 传 育 种 中 的 应 用
孙庆 华 陈 小兵 2
( 1 . 黑龙 江省杜 尔伯 特 蒙 古族 自治县 畜牧 兽 医兽 医局 黑龙 江杜 尔伯特 1 6 6 2 0 0 ,
2 . 黑龙 江 省杜 尔伯特 蒙古族 自治县职 教 中心 黑龙 江杜 尔伯 特 1 6 6 2 0 0)

微卫星DNA分析技术在分子系统学中的应用

微卫星DNA分析技术在分子系统学中的应用

微卫星DNA分析技术在分子系统学中的应用随着科技的不断发展,微卫星DNA分析技术在分子系统学中的应用日益成熟和普及。

微卫星是指短重复序列,由不超过10个碱基组成,无编码功能,分布广泛且保守性低,因此非常适合用作物种间、种群间和个体间遗传结构的研究。

本文将就微卫星DNA分析技术在分子系统学中的应用,从分子系统学的基本概念、微卫星DNA分析技术及其优势、分子系统学在分类学、物种鉴定和种群遗传学等领域的应用方面进行介绍。

一、分子系统学的基本概念分子系统学是系统学的一个分支,研究物种进化关系及系统发育史。

随着分子生物学和生物信息学的发展,离子条件等发生了质的飞跃,其中微卫星DNA分析技术成为了分子系统学中重要的研究手段之一。

微卫星DNA指的是一种遗传物质,它的信息量非常大,能够对同一物种甚至不同物种间的遗传差异进行分析,是分子系统学中的重要分析手段。

二、微卫星DNA分析技术及其优势微卫星DNA分析技术是分子生态学/分子系统学的一项基础技术,其基本原理是利用PCR技术扩增目标微卫星位点,根据PCR 产物的大小和组合情况进行鉴定,再利用DNA测序技术将目标微卫星位点的序列进行分析,从而获得微卫星DNA遗传信息。

微卫星DNA分析技术有很多优势,如高度稳定、信息丰富、检测灵敏度高、重复性好、通用性强等,可以应用于物种间、种群间以及个体间的遗传关系研究,是当今分子生态学/分子系统学中受到广泛认可的重要技术。

三、微卫星DNA在分类学中的应用分类学是生物学的一个重要分支,它研究物种间的分类关系及其分类法则,而微卫星DNA技术在物种分类学中广泛应用。

通过微卫星DNA技术,可以对物种内部的遗传差异进行研究,从而了解物种间或种群间的遗传分化程度,进而了解物种的分布、迁移和形成历史,为物种的分类和系统发育等提供了重要的分子生物学依据。

四、微卫星DNA在物种鉴定中的应用物种鉴定是生态学和保护生物学中的一个重要研究内容。

微卫星DNA技术可以应用于物种鉴定研究中,特别是在对难以识别的物种进行鉴定上,如鱼类、昆虫、鸟类等。

微卫星DNA标记及其应用

微卫星DNA标记及其应用

微卫星DNA标记及其应用
瞿陆峰;潘伟荣;曾养志
【期刊名称】《畜牧与饲料科学》
【年(卷),期】2010(031)004
【摘要】微卫星DNA存在于大多数生物的基因组中,一般由1~6个核苷酸的串联重复片段构成,由于重复单位的重复次数在个体间呈高度变异性并且数量丰富,所以微卫星DNA标记的应用范围非常广泛.笔者就微卫星DNA标记在基因组连锁图构建、基因定位、QTL分析、标记辅助选择、杂种优势预测、亲缘关系鉴定、近交动物以及医学等方面的应用作逐一概述.
【总页数】3页(P6-8)
【作者】瞿陆峰;潘伟荣;曾养志
【作者单位】云南农业大学动物科学技术学院,云南,昆明,650201;云南农业大学动物科学技术学院,云南,昆明,650201;云南农业大学动物科学技术学院,云南,昆
明,650201
【正文语种】中文
【中图分类】Q75
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微卫星DNA标记技术及其应用

微卫星DNA标记技术及其应用

微卫星DNA标记技术及其应用
代金霞
【期刊名称】《农业科学研究》
【年(卷),期】2005(026)001
【摘要】微卫星DNA是高等真核生物基因组中种类多、分布广、具有高度的多
态性和杂合度的分子标记,由于其具有多态性检出率高、信息含量大、共显性标记、实验操作简单、结果稳定可靠等优点,已经成为种群遗传学研究中被广泛应用的分
子遗传标记.微卫星DNA标记技术在动物亲缘关系的鉴定、特定基因定位、群体
遗传结构的分析、物种的进化和系统发生以及遗传基因连锁图谱的构建等方面已得到了广泛的应用.因此,就微卫星DNA遗传标记的原理、特点及应用等方面进行综述.
【总页数】5页(P67-70,79)
【作者】代金霞
【作者单位】宁夏大学,生命科学学院,宁夏,银川,750021
【正文语种】中文
【中图分类】Q75
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微卫星DNA遗传标记的研究进展及应用

微卫星DNA遗传标记的研究进展及应用

星 的多 态性 。需 要指 出的是 , 由不 正常 的碱 基替 换 、 配不 错 均等 交换 。 会造 成 微卫 星序 列 的不完 整 重 复 , 这样 的被 另 外 的核 苷酸 打 断的序 列也 称为 微卫 星序列 。因此 , 据微 卫星 根 核心序 列排 列方 式 的不 同 , b r We e 将其 分 为完 全 、不 完全 和 复合 型微卫 星 。
2 应 用 及 展 望
侧 翼 区所 在染 色体 位置 不 同 , 者 两者均 不 同 。 或 对侧 翼序 列 研 究表 明 , 卫 星侧 翼 序 列突 变 少 , 般 为单 拷 贝 序列 , 微 一 因
畜牧 与 饲 料 科 学
An l u b n r d F e c n e i s a dy a e d S i c ma H n e
2 1 3 ( :5 6 0 0, 1 9)6 — 6
微卫星 D A遗传标记的研究进展及应用 N
张志 涛 , 志峰 , 建梅 李 金
( 江苏 省 如 皋市 白蒲镇 畜 牧 兽 医站 , 苏 江 如皋 26 1) 2 5 1
17 9 4年 S inr等 在 寄 居 蟹 的 基 因 组 中 发 现 了 含 kn e A G T G重 复单 位 的简 单重 复序 列 随后 也 在 人和 其 他真 核
基 因组 中发 现 了 大 量 简 单 重 复 序 列 , 为 其 重 复 单 位 小 ( 因 核 心 序 列 2 4b )故 称 微 卫 星 。 后 来 研 究 还 发 现 微 卫 星 是 一  ̄ p,
有 广 阔的应 用前 景。对微 卫 星 D A进 行 了概述 , N 并对其 应 用及展 望进 行介 绍 , 以期 为 相 关研 究提 供参 考 。
关 键 词 : 卫 星 D A; N 微 N D A指 纹 图 ; 遗传 连 锁 图 ; 记 辅 助 选 择 标 中 图分 类 号 :8 33 ¥1. 文 献标 识 码 : A

微卫星标记

微卫星标记

鳗及其近交后代微卫星分子标记研究RAPD指纹方面的初步研究,但采用微卫星分子标记进行分析的研究还相对较少。

而微卫星分子标记方法在动植物育种上己经作为一种育种辅助标记广泛应用。

2遗传标记的发展及应用遗传标记(GelleticMarkers)是指与目标性状紧密连锁,同该性状共同分离可以明确反映遗传多态性的生物特征,是基因型特殊的可识别的表现形式,它是生物分类学、育种学、遗传学和物种起源与进化等研究的主要技术指标之一。

广义的遗传标记是指可遗传的并可检测的DNA序列或蛋白质,狭义的遗传标记概念只是指DNA分子标记(Parke:。

tal.,1998)。

理想的遗传标记一般必须达到以下几个要求: (1)具有高度的多态性;(2)共显性遗传,即利用分子标记可鉴别二倍体中杂合和纯合基因型;(3)能明确辨别等位基因;(4)遍布整个基因组;(5)除特殊位点的标记外,要求分子标记的位点均匀分布于整个基因组;(6)选择中性,即无基因多效性;(7)检测片段简单、快速,实验程序易自动化;(8)开发成本和使用成本尽量低廉;(9)在实验室内和实验室间重复性好,便于数据交换。

但是,目前发现的任何一种分子标记均不能满足以上所有要求(贾继增,1996;邱芳等,1998;赵淑清等,2000)。

遗传标记已作为一种辅助育种标记广泛应用于动、植物及其它领域。

从不同层次水平上看,它可分为形态学标记、细胞学标记、生化标记、分子标记四种2.1形态学标记形态学标记(MO甲hologicalmarkers)是指那些从表型上看显示遗传多态性的特征,即生物特征,如鱼的体高、体长、体色等。

由于形态学标记易观察、识别,因此它一直是选种、育种的重要标记,也是孟德尔遗传学创立的重要基础。

由自发突变或物理化学诱变均可获得具有特定优良性状的形态特征,通过人工选育工作使那些优良胜状稳定遗传下来,从而达到选育的目的和效果,自上个世纪80年代,我国科研工作者就开始采用形态学方法对鱼类种质资源鉴定进行研究,李思发等(1990) 对长江、珠江、黑龙江鳞、墉、草鱼种质资源进行了调查和研究。

微卫星分子标记技术在遗传学实验教学中的应用--科研转化为实验教学的实践和探索

微卫星分子标记技术在遗传学实验教学中的应用--科研转化为实验教学的实践和探索

微卫星分子标记技术在遗传学实验教学中的应用--科研转化为实验教学的实践和探索李洁;梁前进;靳溪;王红芳【摘要】The transforming of scientific research into experimental teaching is an important way to improve the quality of undergraduate experimental teaching.During the genetics experimental teaching,the introduction of genetic molecular markers techniques can help students understand the research method and application value of this technology.In the present experiments,the microsatellite molecular markers were applied for analyzing the genetic information of chloroplast DNA from the seed of pinus tabulaeformis.The result can be used to determine the sources of pollen grains and environmental changes that affect pollen diffusion conditions.The teaching practice shows that transforming scientific research into teaching experiments can not only provide new materials and methods for the experimental teaching,but also benefit the students to cultivate and train their scientific thinking ability,innovative spirit and practical ability.%在遗传学实验教学中,遗传分子标记实验的引入有助于学生深入理解该技术的研究方法和应用价值。

微卫星DNA与生物标记物的研究与应用

微卫星DNA与生物标记物的研究与应用

微卫星DNA与生物标记物的研究与应用随着科学技术的发展,微卫星DNA成为了生物学和遗传学研究中最重要的手段之一。

微卫星DNA是指重复序列长度在1-6个核苷酸的DNA序列,也被称为简单序列重复(SSRs)。

微卫星DNA在生物物种之间的遗传差异较大,并且具有高度的多态性和稳定性,因此已经广泛应用于遗传变异、基因型鉴定、亲缘关系分析、种群、遗传进化和基因底图等方面的研究中。

微卫星DNA在生物标记物研究中的应用在生物标记物研究中,微卫星DNA被广泛应用于不同类型的生物标记物的鉴定和分类。

这些生物标记物包括物种标记、个体标记和基因型标记。

物种标记微卫星DNA可以用于物种鉴定和分子系统学的研究中。

由于微卫星DNA具有个体差异性,因此可以用来区分各种生物物种。

比较微卫星DNA条带的长度和形状,可以鉴定不同物种之间的差异,用于确定野生动物的种类,以及监测不同生态环境中的物种多样性和生境变化。

个体标记微卫星DNA是个体标记的理想选择。

它们可以为研究人员提供一种高度敏感的方法,以确定对具有相似性状和功能的生物个体进行识别和鉴定。

微卫星DNA因为其多态性和稳定性,可以帮助鉴定动物个体的性别、年龄、生育状况等信息。

该技术可以广泛地应用于动物的基因记录和生态学调查。

基因型标记微卫星DNA在基因型记录和家谱研究中具有重要作用。

微卫星DNA可以用作一种指纹序列,可以帮助确定哪些DNA与那些个体相关。

这种技术广泛应用于繁殖学研究、育种和与疾病相关的基因分析中。

这对于育种和疾病基因的筛查有着非常重要的意义。

小结微卫星DNA技术发展地越来越成熟和完善,它不仅已被应用在生物多样性研究和资源保护方面,还推动了分子遗传育种和基因鉴定技术的发展。

微卫星DNA技术的应用使得人们理解到了生物的进化历程、个体差异、物种间的正反馈及其遗传背景,有助于人们更好地了解生物多样性及其遗传演变,推进基础科学的进展,以及解决人类面临的现实问题。

预计未来的微卫星DNA研究将进一步深入到更多的领域,从而解决更多生物多样性和资源保护的问题。

利用微卫星标记对绵羊进行亲子鉴定

利用微卫星标记对绵羊进行亲子鉴定

利用微卫星标记对绵羊进行亲子鉴定刘龙腾;贾春旸;努尔力·阿不力孜;张文祥;赵宗胜【摘要】采用微卫星DNA分子标记方法,通过对132只父系半同胞中国美利奴羊在BM4621、BM143、OarHH55、OarJMP8、BM6438、BM6506、BM1824、OarDB6、ILSTS0049个微卫星位点的分析,计算出了中国美利奴羊在这9个位点的等位基因频率及其分布规律,并对其中7组亲子进行了亲子鉴定.结果表明,这9个微卫星位点均表现为高度或中度多态性;9个微卫星位点在选择的7组亲子中,获得了0.999 8~0.999 9的父权概率,说明这9个微卫星位点即使在亲缘关系较近的群体中进行亲子鉴定也是可行的.【期刊名称】《江苏农业学报》【年(卷),期】2014(030)001【总页数】5页(P135-139)【关键词】STR基因座;分子标记;绵羊;亲子鉴定【作者】刘龙腾;贾春旸;努尔力·阿不力孜;张文祥;赵宗胜【作者单位】石河子大学动物科技学院,新疆石河子832003;石河子大学动物科技学院,新疆石河子832003;石河子大学动物科技学院,新疆石河子832003;石河子大学动物科技学院,新疆石河子832003;石河子大学动物科技学院,新疆石河子832003【正文语种】中文【中图分类】S826.8+6在现代动物育种中,由于要利用各种亲属的表型信息,准确的系谱记录十分重要,然而在有些情况下,不能准确地确认某些个体的父本,不能准确地判断个体的亲缘关系,从而影响绵羊育种工作的顺利开展。

因此对家畜特别是种公畜的系谱确证就显得更为重要。

用微卫星DNA 进行亲子鉴定是一新兴的生物技术,在国内外多种家畜和动物上做过试验并取得较好的结果。

Glowatek-Mullis 等[1]用分属不同染色体的多态微卫星位点成功解决了以前用血型无法解决的35 头牛的血缘控制问题。

Fredholm 等[2]用6 ~9 个分属不同染色体的多态微卫星位点鉴定了来源于12 个品种狗的血缘,此外还利用微卫星位点对一个有争议的母本进行了确认(概率99.99%)。

DNA分子标记技术在遗传育种中的应用

DNA分子标记技术在遗传育种中的应用

在育种学发展过程中,遗传标记经历了形态学、细胞学、生化和DNA分子标记四个阶段。

随着分子生物技术的发展,DNA分子标记技术为遗传育种提供了一种新的方法。

该技术的迅速发展为遗传育种注入了新的活力,改变了传统育种技术。

1DNA分子标记技术的优势形态学标记、细胞学标记、生化标记都是基因表达型的标记,多态性位点较少,对环境影响比较敏感,不能满足遗传分析的需要。

DNA分子标记建立在DNA序列多态性基础之上,它是基因的直接反应。

DNA分子标记有如下优越性:(1)极大的丰富性。

即使是单个核苷酸的差异都可以表现为DNA水平的遗传多态性,数量遍及整个基因组,直接以DNA的形式表现;因而,DNA分子标记的数量几乎是无限的。

(2)多态性高,变异类型丰富。

自然界存在许多等位变异,不需专门创造特殊的变异材料,分子标记的多态性在生物各个组织、各个发育时期都可检测到,不受季节和环境限制。

(3)分子标记本身无害。

表现“中性”,既不影响目标性状的表达,也与不良性状没有必然的连锁关系,对重要的经济性状很少有不良效应。

(4)许多分子标记表现为共显性,很容易区分杂合体和纯合体,能够鉴别纯合基因型与杂合基因型,提供完整的遗传信息。

2DNA分子标记技术分类与原理目前DNA分子标记已经发展了很多种,一般根据其所用的分子生物学技术大致可以分为三大类:第一类是以Southern杂交技术为核心的分子标记,称为第一代分子标记,RFLP;第二类是以PCR技术为核心的分子标记,称为第二代分子标记,如RAPD、AFLP、STS、SCAR、CAPS等;第三类是单核苷酸多态性(SNP)标记,称为第三代分子标记。

另外,由于其中有些DNA标记和重复序列密切相关,所以就把它们单独列为一类,以突出其独特性,如SSRS、SSR、小卫星DNA等。

2.1基于Southern杂交的分子标记限制性片段长度多态性(RFLP)是发展最早的DNA标记技术。

它是Grodzicker在1974年提出的,其基本原理是由于酶识别序列内的点突变或部分DNA片段的缺失、插入、重排、点突变、倒位和易位而引起酶切位点的缺失或获得,导致限制性位点改变。

小卫星dna标记的研究及其在动物遗传育种中的应用

小卫星dna标记的研究及其在动物遗传育种中的应用

小卫星dna标记的研究及其在动物遗传育种中的应用
随着物种多样性快速减少的问题日益突出,动物资源的有效管理成为了国家解决重大
环境问题的重要抓手之一。

动物遗传育种在生物多样性的保护和保存方面有着重要的作用,其中,小卫星DNA标记技术是目前比较流行的一种技术,它在动物遗传育种中被广泛应用。

那么小卫星DNA标记的研究和应用有什么情况呢?
小卫星DNA标记,是指在有生命活动的DNA前提下,将短长度的DNA序列克隆、筛选
出同义变异位点,在进行29个核苷酸以内的搜索,并提取由此构成的序列。

它与传统的
动物遗传标记技术不同,它可以迅速显示拷贝数的变异,并具有数据的可重复性、可比性
以及高可靠性等特点,从而大大改善了动物遗传育种的效率。

由于小卫星DNA标记技术具有快速、简便、方便检测等优势,已经在动物遗传育种方
面得到了广泛的应用。

目前,它已经应用于牛羊繁育血统识别和动物质量管理方面。

尤其
是在繁殖血统鉴定方面,它可以准确检测出国际公认的血统资源,从而有利于持续发展动
物资源。

在家畜犬的育种中,利用小卫星DNA的多态性,可以建立完整的血统识别系统以供参考,从而将该犬种的血统系列被准确地查询出来。

此外,由于小卫星DNA标记具有显著的
多态性,可以用来检测动物质量,从而更好地促进动物资源的合理开发利用,及其在资源
计划和育种管理中的应用。

总的来说,小卫星DNA标记的研究及其在动物遗传育种中的应用可以极大地帮助我们
更好地了解动物多样性的进化变异,促进动物资源的有效利用,不断改善动物育种的质量
水平,从而实现有效的动物遗传资源管理。

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种群遗传学中微卫星DNA标记的应用-分子生物学论文-生物学论文
——文章均为WORD文档,下载后可直接编辑使用亦可打印——微卫星广泛存在于真核生物基因组中,一般由1~6个碱基组成重复片段,因为其种类多、分布广及重复次数在个体间具有高度的变异性呈现高度的多态性、共显性,所以微卫星DNA标记已经成为种群遗传学中被广泛应用的分子标记。

下面由学术堂为大家整理出一篇题目为种群遗传学中微卫星DNA标记的应用的分子生物学论文,供大家参考。

原标题:微卫星DNA标记应用前景浅议
摘要:微卫星广泛存在于真核生物基因组中,一般由1~6个碱基组成重复片段,因为其种类多、分布广及重复次数在个体间具有高度
的变异性呈现高度的多态性、共显性,所以微卫星DNA标记已经成为种群遗传学中被广泛应用的分子标记。

就微卫星的结构、功能及其形成机制方面在特定基因定位,种群遗传结构分析、种群内亲缘关系界定、物种进化分析等方面的应用进行阐述。

关键词:微卫星;物种进化;基因图谱;亲子鉴定
分子标记是以个体之间的遗传物质内核苷酸序列变异为基础的遗传标记,是DNA水平上遗传多态性的直接的反映。

微卫星标记是继RFLP、AFLP之后的一种新的遗传标记。

微卫星标记已被广泛应用于保护遗传学研究的各个领域,包括种群遗传多样性评估、种群遗传结构分析、遗传图谱构建、基因定位和亲子鉴定等。

1 微卫星标记的发现
20世纪70年代,生物科学家Litt[1]等在研究寄居蟹基因组DNA 时发现其基因组中存在许多不同碱基的重复序列。

在后续研究中,发现人、动物和酵母基因组中均存在大量类似的重复单元并于1988年将此重复序列作为新的遗传标记并应用于人类,创造出微卫星(Microsatellite)的名称。

2 微卫星的结构
微卫星又称简单重复系列(Simple SequenceR e p e a t s,S S R)或简单串联重复序列多态性(S h o r tTandem Repeat Polymorphism,STRP),这些位点由短的重复串联序列(1~6 bp)组成。

这些微卫星序列广泛分布于基因组中,其重复次数以及重复程度在不同生物及个体之间呈现高度多态性。

依据微卫星核心序列的排列方式将微卫星分为3大类,完全重复(无间隔),不完全重复(间隔序列存在于重复单元中)和复合型(2个以上重复单元)。

3 微卫星的筛选
目前,获得微卫星DNA的方法有3种。

一是通过构建基因组文库,标记核心重复序列作为探针,与基因组文库进行杂交筛选,然后测序进而设计特异性引物等步骤;二是利用近缘物种DNA序列的同源关系,通过已知的微卫星引物跨种使用,进而筛选到适合新物种的微卫星DNA标记;三是利用高通量测序,构建文库,利用生物信息学知识进行大面积筛选。

目前,随着基因组计划的全面展开,三大DNA数据库Genebank、EMBL、DDJB收录的数据越来越多,通过检索比对将更容易获取更多的微卫星标记。

4 微卫星的特点
微卫星DNA遵循孟德尔遗传,呈共显性,在基因组中分布广、多态性高,实验操作简单,结果稳定可靠等优点,有效克服了RAPD、
AFLP等标记的随机性,即不同位点但大小相同的等位基因,所以微卫星成为分析生物群体遗传结构与变异的理想分子标记。

微卫星呈现多态性,主要体现在其核心序列的重复数的多态性以及等位基因位点的多态性。

研究结果表明,微卫星重复单元重复次数越多,其等位基因的数目也越多。

微卫星的突变率较高,在不同物种及个体之间的相同位点的不同等位基因和不同位点之间均存在较大的多态性。

微卫星DNA标记符合孟德尔遗传,遗传信息从上一代传递到下一代,并呈共显性,每个位点存在多个等位基因且具备较高的多态性,降低了自然选择对其的影响,且其结果稳定可靠。

一系列不同微卫星位点的等位基因数据,可以显示遗传重组和基因型关系,进而推算种群间的遗传交流。

因此,微卫星DNA标记被广泛应用于物种进化和种群结构等方面。

5 微卫星的应用
5.1 群体遗传结构分析
微卫星呈现共显性,属于单位点遗传标记。

每个微卫星位点存在多个等位基因,具有较高的杂合度,对于自然选择的影响较小,因此微卫星标记非常适合研究种群变异。

England[2]等利用8个微卫星位点对黑尾果蝇群体进行检测,发现微卫星比同工酶具有更高的多态性。

Machugh[3]等利用25个微卫星位点对39个不同品系的欧洲牛进行分析,计算其个体之间的遗传距离并构建遗传图谱,图谱显示与已知的遗传背景接近。

微卫星NA标记,基于其位点的不同等位基因及杂合性,在分析种群间的遗传结构都表现了高度的有效性。

5.2 物种进化和系统发生
微卫星的多态性可以反映物种的进化历程,物种的分化速度及遗传距离,基于此推断物种的系统进化与演变。

Estoup[4]等利用7个微卫星引物对7个西方蜜蜂群(3个非洲、4个欧洲)进行分析,表明
西方蜜蜂是由3个亲缘较远的蜜蜂群进化而来。

而Franck[5]则利用8微卫星位点分析埃及蜜蜂,表明埃及蜜蜂来源于西方蜜蜂,进一步研究意大利和西西里蜜蜂之间的遗传差异,从而阐明了两者的起源与进化。

5.3 遗传多样性与物种资源保护
物种灭绝消失,其遗传信息也将随之而去,导致自然界的遗传多样性降低。

因此,遗传多样性与保护已经成为生物多样性研究的主要内容。

微卫星成多态性,统计不同位点的等位基因数目和频率,进而分析物种种群的遗传结构,评估其遗传多样性;同时,计算不同品种之间的遗传变异关系。

选择有效基因,并对有效基因在世代过程中的传递进行跟踪,有意识的进行选种,防止有效基因因为遗传票变而丢失,进而提出可靠合理的遗传保护措施[6].目前,针对濒危野生动物,应当建立个体遗传,有意识的制定繁殖进化,防止近亲交配,导致物种衰退。

5.4 亲缘关系鉴定
微卫星位点多态性高,每个位点存在多个等位基因,并且遵循孟德尔遗传规律,呈显性,遗传信息稳定的进行世代传递。

微卫星在个体之间具有高度的个体专一性和多态性,基于以多个位点在一定的群体中计算等位基因的频率从而推断血缘鉴定。

目前,随着对动物个体及其品质的要求越来越高,明确的谱系在育种过程中是非常必要的。

大熊猫属于一雌多雄的生殖方式,利用微卫星张亚平等成功的对其家系进行了验证[7].
6 微卫星的相关问题
目前,微卫星标记被广泛应用于生物种群遗传学、种群生态学、亲子鉴定等领域,但是该技术也受到一些其他方面因素的制约。

一是微卫星的筛选,检测及鉴定;二是对于非损伤性获取样品进行检测也
存在一定的困难;三是PCR引物在不同物种间的保守性不高,需要针对不同物种设计特异性引物;四是引物扩增可能出现无效等位基因,导致结果无法使用。

同时,仍有很多有关微卫星的研究尚在探索中,如微卫星的功能、三碱基重复序列的不稳定性的分子机理,以及微卫星突变导致的疾病机理。

参考文献:
[1]Litt M , Luty J A. A Hypervariable Microsatellite Revealedby In Vitro Amplification of A Dinucleotide Repeat withinthe Cardiac Muscle Actin Gene[J].American Journal ofHuman Genetics,1989,44(3)。

[2] England P R, Briscoe D R. Microsatellite p Polymorphismsin a A w Wild p Population of Drosophila m Melanogaster.[J].Genetics Research, 1996, 67(3):285-290.
[3] Machugh D E, Shriver M D, Loftus R T, et al.Microsatellite DNA v Variation and the e Evolution,d Domestication and p Phylogeography of t Taurine andz Zebu c Cattle (Bos taurus and Bos indicus)。

[J]. Genetics,1997, 146(3):1071-1086.
[4] Estoup A, Garnery L. Microsatellite v Variation in h Honeyb Bee (Apis mellifera l.)p Populations: Hierarchicalgenetic[J]. Genetics, 1995(7)。

[5] Franck P, Garnery L, Solignac M, et al. Molecularc Confirmation of a A f Fourth l Lineage in h Honey b Beesfrom the Near East[J]. Apidologie, 2000, 31(2):167-180.
[6]黄磊,王义权。

微卫星分子标记在濒危动物保护遗传学研究中的应用[J].生物多样性,2004(5)。

[7]高焕,孔杰,于飞,等。

人工控制自然交尾条件下中国对虾父本的微卫星识别[J].海洋水产研究,2007,28(1)。

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