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NCBIblast使用教程

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Blast简介（一）
BLAST 是由美国国立生物技术信息中心（NCBI）
开发的一个基于序列相似性的数据库搜索程序。 BLAST是“局部相似性基本查询工具”(Basic Local Alignment Search Tool)的缩写。
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Blast简介（二）
Blast 是一个序列相似性搜索的程序包，其中包含了很多个独立的程序，这些程序是根据查询的对象和数据库的不同来定义的。比如说查询的序列为核酸，查询数据库亦为核酸序列数据库，那么就应该选择 blastn程序。
2.其他站点：
/blast/ /ncbi_blast.html /blast/（果蝇）
…
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Blast结果给出的信息
Blast结果会列出跟查询序列相似性比较高，符合限定要求的序列结果，根据这些结果可以获取以下一些信息。 1.查询序列可能具有某种功能 2.查询序列可能是来源于某个物种 3.查询序列可能是某种功能基因的同源基因 … 这些信息都可以应用到后续分析中。
1.基本概念相似性，同源性 2.Blast介绍 Blast资源和相关问题 3.Blast的应用网络版，单机版 4.深入了解Blast(改进程序，算法基础) 5.其他的序列相似性搜索工具（fasta）
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生物序列的相似性
相似性(similarity)：是指一种很直接的数量关系，比如部分相同或相似的百分比或其它一些合适的度量。比如说，A序列和B序列的相似性是80％，或者4/5。这是个量化的关系。当然可进行自身局部比较。
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Blast任务提交表单（二）
2.设置各种参数部分
设置搜索的范围，entrez关键词，或者选择特定物种
一些过滤选项，包括简单重复序列，人类基因组中的重复序列等

NCBI在线BLAST使用方法与结果详解

NCBI正在线BLAST使用要领与截止详解之阳早格格创做BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一套正在蛋黑量数据库或者DNA数据库中举止相似性比较的分解工具.BLAST步调能赶快与公启数据库举止相似性序列比较.BLAST截止中的得分是对于一种对于相似性的统计证明.BLAST 采与一种局部的算法赢得二个序列中具备相似性的序列.Blast中时常使用的步调介绍：1、BLASTP是蛋黑序列到蛋黑库中的一种查询.库中存留的每条已知序列将逐一天共每条所查序列做一对于一的序列比对于.2、BLASTX是核酸序列到蛋黑库中的一种查询.先将核酸序列翻译成蛋黑序列（一条核酸序列会被翻译成大概的六条蛋黑），再对于每一条做一对于一的蛋黑序列比对于.3、BLASTN是核酸序列到核酸库中的一种查询.库中存留的每条已知序列皆将共所查序列做一对于一天核酸序列比对于.4、TBLASTN是蛋黑序列到核酸库中的一种查询.与BLASTX差异，它是将库中的核酸序列翻译成蛋黑序列，再共所查序列做蛋黑与蛋黑的比对于.5、TBLASTX是核酸序列到核酸库中的一种查询.此种查询将库中的核酸序列战所查的核酸序列皆翻译成蛋黑（每条核酸序列会爆收6条大概的蛋黑序列），那样屡屡比对于会爆收36种比对于阵列.底下是简直支配要领1，加进正在线BLAST界里，不妨采用blast特定的物种（如人，小鼠，火稻等），也不妨采用blast所有的核酸或者蛋黑序列.分歧的blast步调上头已经有了介绍.那里以时常使用的核酸库动做例子.2，粘揭fasta要领的序列.采用一个要比对于的数据库.闭于数据库的证明请瞅NCBI正在线blast数据库的简要证明.普遍的话参数默认.3，blast参数的树立.注意隐现的最大的截止数跟E值，E值是比较要害的.筛选的尺度.末尾会证明一下.4，注意一下您输进的序列少度.注意一下比对于的数据库的证明.5，blast截止的图形隐现.出啥佳道的.6，blast截止的形貌天区.注意分值与E值.分值越大越靠前了，E值越小也是那样.7，blast截止的仔细比对于截止.注意比对于到的序列少度.评介一个blast截止的尺度主要有三项，E值（Expect)，普遍性(Identities)，缺得或者拔出（Gaps）.加上少度的话，便有四个尺度了.如图中隐现，比对于到的序列少度为1405，瞅Identities那一值，才匹配到1344bp,而输进的序列少度也是为1344bp（瞅上头的图），便证明比对于到的序列要少一面.由Qurey（起初1）战Sbjct(起初35)的起初位子可知，5'端是是多了一段的.偶尔也要注意3'端的.附：E值（Expect)：表示随机匹配的大概性，E值越大，随机匹配的大概性也越大.E值交近整或者为整时，具原上便是实足匹配了.普遍性(Identities)：或者相似性.匹配上的碱基数占总序列少的百分数.缺得或者拔出（Gaps）：拔出或者缺得.用"—"去表示.。

BLAST使用方法

BLAST使用方法BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一种用于比较生物学序列的工具，可以在数据库中查找类似序列，并计算它们之间的相似度。

BLAST可用于寻找相似的基因、蛋白质序列、DNA序列等，以及用于确定序列的功能和进化关系。

本文将介绍BLAST的使用方法。

2. 准备序列：在使用BLAST之前，你需要准备你想要比较的序列。

可以是DNA序列、蛋白质序列或其他生物学序列。

可以从公共数据库如NCBI的GenBank中获取序列，也可以使用你自己的实验数据。

3.选择数据库：BLAST使用数据库来存储和检索序列。

常见的数据库包括NCBI的NT数据库（核苷酸数据库），NR数据库（非冗余蛋白质数据库）等。

根据你的研究需要，选择适合你的数据库。

你也可以建立自己的数据库，将实验室内部的数据添加到其中。

4.运行BLAST：使用BLAST的命令行接口或网页界面，输入你的序列和数据库信息，运行BLAST。

下面是使用命令行接口运行BLAST的示例：`$ blastn -query sequence.fasta -db nt -out result.txt`在这个命令中，`blastn`是BLAST程序的名称，`sequence.fasta`是包含你的序列的FASTA文件，`nt`是数据库的名称，`result.txt`是结果输出的文件。

如果使用网页版BLAST，你只需将序列和数据库信息输入网页表单，点击运行即可。

5.解析结果：BLAST运行完成后，会生成一个结果文件，其中包含比对结果和相似度分数。

你可以使用BLAST提供的工具来解析和可视化这些结果，以便进一步分析。

结果中通常包括比对的相似度分数、比对的位点、比对的长度、匹配的碱基或氨基酸序列等。

通过分析结果，你可以确定序列的功能和进化关系，或者寻找可能的同源序列。

6.参数调整：BLAST提供了许多参数用于调整比对过程和结果的特性。

NCBI在线BLAST使用方法与结果详解

NCBI在线BLAST使用方法与结果详解BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。

BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。

BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。

BLAST 采用一种局部的算法获得两个序列中具有相似性的序列。

Blast中常用的程序介绍：1、BLASTP是蛋白序列到蛋白库中的一种查询。

库中存在的每条已知序列将逐一地同每条所查序列作一对一的序列比对。

2、BLASTX是核酸序列到蛋白库中的一种查询。

先将核酸序列翻译成蛋白序列（一条核酸序列会被翻译成可能的六条蛋白），再对每一条作一对一的蛋白序列比对。

3、BLASTN是核酸序列到核酸库中的一种查询。

库中存在的每条已知序列都将同所查序列作一对一地核酸序列比对。

4、TBLASTN是蛋白序列到核酸库中的一种查询。

与BLASTX相反，它是将库中的核酸序列翻译成蛋白序列，再同所查序列作蛋白与蛋白的比对。

5、TBLASTX是核酸序列到核酸库中的一种查询。

此种查询将库中的核酸序列和所查的核酸序列都翻译成蛋白（每条核酸序列会产生6条可能的蛋白序列），这样每次比对会产生36种比对阵列。

下面是具体操作方法1，进入在线BLAST界面，可以选择blast特定的物种（如人，小鼠，水稻等），也可以选择blast所有的核酸或蛋白序列。

不同的blast程序上面已经有了介绍。

这里以常用的核酸库作为例子。

2，粘贴fasta格式的序列。

选择一个要比对的数据库。

关于数据库的说明请看NCBI在线blast数据库的简要说明。

一般的话参数默认。

3，blast参数的设置。

注意显示的最大的结果数跟E值，E值是比较重要的。

筛选的标准。

最后会说明一下。

4，注意一下你输入的序列长度。

注意一下比对的数据库的说明。

5，blast结果的图形显示。

没啥好说的。

6，blast结果的描述区域。

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息学方法
BLAST
宿主菌
细胞转化
几周的时间蛋白质分离纯化及性质测定
Gene family Or
Protein Family
几分钟的时间
Function annotation

BLAST
Web Access
Text
Wang LS, Gao PJ, cellulase,et al.
? RPS BLAST
– searches a database of PSSMs – tool for conserved domain searches
Basic Local Alignment Search Tool
? Widely used similarity search tool
? Heuristic approach based on
ACATGGACCCT ...
Protein Words
Query : GTQITVEDLFYNIATRRKALKN
WGoTrdQsize = 3 (default)
TQI
Word size can only be 2 or 3
Make a lookup table of words
QIT ITV
Basic Local Alignment Search Tool
?Why use sequence similarity? ?BLAST algorithm ?BLAST statistics ?BLAST output ?Examples
Why Do We Need Sequence Similarity Searching?
11-mer
GTACTGGACAT
WORD SIZE

BLAST使用方法

BLAST使用方法一、BLAST的安装和准备工作2.获取待比对的序列文件，可以是FASTA格式的DNA或蛋白质序列。

二、BLAST的常用参数和选项1. Program：指定使用哪种BLAST程序（如BLASTn、BLASTp等）。

2. Database：指定使用哪个数据库进行比对。

3. Query：指定待比对的序列文件。

4. E-value：期望值。

一种描述比对结果误差率的指标，值越小表示结果越可信。

通常情况下，E-value小于0.01被认为是显著结果。

5. Word size：BLAST在比对时使用的核心词的长度。

长度越大表示查全率（sensitivity）越高，但速度会减慢。

6. Gap open：允许在比对过程中插入空位（如插入一个碱基）。

Gap open参数定义了开放一个空位的惩罚分数。

7. Gap extension：允许空位的延伸。

Gap extension参数定义了延伸一个空位的惩罚分数。

三、使用BLAST进行比对1.命令行方式：-打开命令行界面，并定位到BLAST软件的安装目录。

- 输入命令，指定BLAST程序、数据库、查询文件和其他参数。

例如：blastn -db nt -query query.fasta -out output.txt -evalue 0.01-运行命令，BLAST将开始进行比对并生成结果文件。

2.网页方式（以NCBIBLAST为例）：- 打开NCBI网站的BLAST页面（）。

-选择需要使用的BLAST程序（如BLASTn、BLASTp等）。

-上传待比对的序列文件，或者粘贴序列文本到输入框中。

-选择适当的数据库和其他参数。

-点击“BLAST”按钮，等待比对完成。

四、解读BLAST结果1. E-value：表示在随机比对中获得与查询序列相似度更高的结果的期望概率。

E-value越小表示比对结果越显著。

2. Bitscore：用于表示比对结果的质量。

Bitscore越高表示比对结果越可信。

NCBI在线BLAST使用方法与结果详解

NCBI在线BLAST使用方法与结果详解BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。

BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。

BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。

BLAST 采用一种局部的算法获得两个序列中具有相似性的序列。

Blast中常用的程序介绍：1、BLASTP是蛋白序列到蛋白库中的一种查询。

库中存在的每条已知序列将逐一地同每条所查序列作一对一的序列比对。

2、BLASTX是核酸序列到蛋白库中的一种查询。

先将核酸序列翻译成蛋白序列（一条核酸序列会被翻译成可能的六条蛋白），再对每一条作一对一的蛋白序列比对。

3、BLASTN是核酸序列到核酸库中的一种查询。

库中存在的每条已知序列都将同所查序列作一对一地核酸序列比对。

4、TBLASTN是蛋白序列到核酸库中的一种查询。

与BLASTX相反，它是将库中的核酸序列翻译成蛋白序列，再同所查序列作蛋白与蛋白的比对。

5、TBLASTX是核酸序列到核酸库中的一种查询。

此种查询将库中的核酸序列和所查的核酸序列都翻译成蛋白（每条核酸序列会产生6条可能的蛋白序列），这样每次比对会产生36种比对阵列。

下面是具体操作方法1，进入在线BLAST界面，可以选择blast特定的物种（如人，小鼠，水稻等），也可以选择blast所有的核酸或蛋白序列。

不同的blast程序上面已经有了介绍。

这里以常用的核酸库作为例子。

2，粘贴fasta格式的序列。

选择一个要比对的数据库。

关于数据库的说明请看NCBI在线blast数据库的简要说明。

一般的话参数默认。

3，blast参数的设置。

注意显示的最大的结果数跟E值，E值是比较重要的。

筛选的标准。

最后会说明一下。

4，注意一下你输入的序列长度。

注意一下比对的数据库的说明。

5，blast结果的图形显示。

没啥好说的。

6，blast结果的描述区域。

NCBI Primer-BLAST使用方法

Primer-BLAST是NCBI的引物设计和特异性检验工具。

Primer-Blast介绍Primer-BLAST，在线设计用于聚合酶链反应（PCR）的特异性寡核苷酸引物。

Primer-BLAST可以直接从Blast主页（/）找到，或是直接用下面的链接进入：/tools/primer-blast/这个工具整合了目前流行的Primer3软件，再加上NCBI的 Blast进行引物特异性的验证。

Primer-BLAST免除了用另一个站点或工具设计引物的步骤，设计好的引物程序直接用Blast进行引物特异性验证。

并且，Primer-BLAST能设计出只扩增某一特定剪接变异体基因的引物–an important feature for PCR protocols measuring tissue specific expression（注：没办法准确的翻译，只好作罢，汗！）。

Primer-BLAST有许多改进的功能，这样在选择引物方面比单个的用 Primer3和NCBI BLAST更加准确。

Primer-BLAST的输入Primer-BLAST界面包括了Primer3和BLAST的功能。

提交的界面主要包括三个部分：target template（模板区）, the primers（引物区）, 和specificity check（特异性验证区）。

跟其它的BLAST一样，点击底部的“Advanced parameters”有更多的参数设置。

在“PCR Template”下面的文本框，输入目标模板的序列，FASTA格式或直接用Accession Number。

如果你在这里输入了序列，是用于引物的设计。

Primer-BLAST 就会根据你输入的序列设计特异性引物，并且在目标数据库（在specificity check区选择）是唯一的。

引物（Primers）如果你已经设计好了引物，要拿来验证引物的好坏。

可以在Primer Parameters 区填入你的一条或一对引物。

NCBI在线BLAST使用方法与结果详解

NCBI在线BLAST使用方法与结果详解BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。

BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。

BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。

BLAST 采用一种局部的算法获得两个序列中具有相似性的序列。

Blast中常用的程序介绍：1、BLASTP是蛋白序列到蛋白库中的一种查询。

库中存在的每条已知序列将逐一地同每条所查序列作一对一的序列比对。

2、BLASTX是核酸序列到蛋白库中的一种查询。

先将核酸序列翻译成蛋白序列（一条核酸序列会被翻译成可能的六条蛋白），再对每一条作一对一的蛋白序列比对。

3、BLASTN是核酸序列到核酸库中的一种查询。

库中存在的每条已知序列都将同所查序列作一对一地核酸序列比对。

4、TBLASTN是蛋白序列到核酸库中的一种查询。

与BLASTX相反，它是将库中的核酸序列翻译成蛋白序列，再同所查序列作蛋白与蛋白的比对。

5、TBLASTX是核酸序列到核酸库中的一种查询。

此种查询将库中的核酸序列和所查的核酸序列都翻译成蛋白（每条核酸序列会产生6条可能的蛋白序列），这样每次比对会产生36种比对阵列。

下面是具体操作方法1，进入在线BLAST界面，可以选择blast特定的物种（如人，小鼠，水稻等），也可以选择blast所有的核酸或蛋白序列。

不同的blast程序上面已经有了介绍。

这里以常用的核酸库作为例子。

2，粘贴fasta格式的序列。

选择一个要比对的数据库。

关于数据库的说明请看NCBI在线blast数据库的简要说明。

一般的话参数默认。

3，blast参数的设置。

注意显示的最大的结果数跟E值，E值是比较重要的。

筛选的标准。

最后会说明一下。

4，注意一下你输入的序列长度。

注意一下比对的数据库的说明。

5，blast结果的图形显示。

没啥好说的。

6，blast结果的描述区域。

NCBI—blast和PDB的使用和介绍

原来是蛋白质，就可以直接用 protein blast
可以输入序列号或FASTA序列接受默认参数，点击开始搜索
腺苷脱氨酶
分子类型：氨基酸序列长度：352
已经发现潜在的同源性的领域, 请点击图像下面的详细结果
P03958的保守序列展示特征序列
其他资源的链接说明目标序列描述部分
ቤተ መጻሕፍቲ ባይዱ
返回
返回
http://www.ncbi.nlm.n·/BLAS T/ 2.根据数据类型，选择合适的程序 3.填写表单信息 4.提交任务 5.查看和分析结果
在此输入P03958
Result counts displayed in gray indicate one or more terms not found
腺嘌呤核苷/AMP脱酰氨基酶
生物过程
细胞成分
谢谢！
PDB的介绍与运用
研究生物大分子的资源
11个结构 6个引证9个配体 2个网页
显示或下载的形式
综合报告
digital object 2价锌离子能稳定鼠 identifier：数字对科腺甙脱氨酶的结构
象标识
酶的分类编片段号
分类：水解酶
类型：多肽
化学配合基成分
外部域注释
聚合物
脱氨酶分子功能
NCBI-BLAST 和PDB 的使用和介绍
常用的BLAST工具
核库蛋核质酸中白蛋蛋酸数翻的质白白序据译核-质质蛋列库成酸序序核白翻中蛋译列列苷质译的白成比-酸核序成序质的对-酸列蛋列核序蛋数比白比苷列白据对质对酸质-核库序序序酸翻列列列数译-比蛋比据后对白对的
BLAST的搜索步骤
1.登陆blast主页

科研实验中的生物信息学工具使用教程

科研实验中的生物信息学工具使用教程生物信息学是将数学、统计学和计算机科学应用于生物学研究的交叉学科。

在现代科研中，生物信息学工具已经成为了生物学实验和研究的重要组成部分。

本文将介绍几种常用的生物信息学工具，并提供详细的使用教程。

1. BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）BLAST是生物信息学领域中最常见的工具之一，用于在数据库中快速比较DNA或蛋白质序列的相似性。

以下是使用BLAST进行基本比对的步骤：（1）打开NCBI网站，并进入BLAST页面。

（2）选择“nucleotide”或“protein”，取决于你要比对的序列类型。

（3）复制粘贴或上传你要比对的序列。

（4）选择合适的数据库进行搜索，如“nr”（非冗余数据库）。

（5）点击“BLAST”按钮，等待搜索结果。

BLAST会为你提供一个比对报告，其中包含了与你的查询序列相似的序列列表。

2. EMBOSS（European Molecular Biology Open Software Suite）EMBOSS是一个开源的生物信息学软件包，提供了一系列用于序列分析和比对的工具。

以下是使用EMBOSS进行序列分析的步骤：（1）打开EMBOSS软件（可以下载并安装在你的计算机上）。

（2）选择合适的工具，如“water”（Smith-Waterman比对算法）。

（3）输入查询序列和数据库序列。

（4）设置相关参数，如匹配分数和距离惩罚。

（5）点击“Run”按钮，等待分析结果。

EMBOSS将为你提供一个比对报告，并给出一些统计数据，如匹配分数和最佳比对。

3. R/BioconductorR是一种统计软件和编程语言，Bioconductor是R语言的一个生物信息学扩展包，提供了丰富的生物信息学工具和分析方法。

以下是使用R/Bioconductor进行基因表达分析的步骤：（1）打开R软件并加载Bioconductor包。

NCBI在线BLAST使用方法与结果详解

NCBI在线BLAST使用方法与结果详解NCBI在线BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一种广泛使用的生物信息学工具，用于比对和分析DNA、RNA或蛋白质序列。

它可以对已知和未知序列进行，找到与查询序列相似的序列，并提供有关相似性和功能的信息。

使用NCBI在线BLAST可以分为四个主要步骤：选择BLAST程序，输入查询序列，选择目标数据库，解析和分析结果。

第一步：选择BLAST程序NCBI提供了多种BLAST程序可供选择，包括BLASTN（DNA对DNA的比对）、BLASTP（蛋白质对蛋白质的比对）、BLASTX（DNA对蛋白质的比对）等。

根据实际需求选择相应的BLAST程序。

第二步：输入查询序列在查询序列的文本框中输入待比对的序列。

可以输入单个序列，也可以上传包含多个序列的文件。

如果输入的序列是DNA或RNA序列，需要选择相应的序列类型。

此外，还可以选择是否使用掩码序列或低复杂性筛选来优化比对结果。

第三步：选择目标数据库用户可以选择目标数据库来与查询序列相似的序列。

NCBI提供了多个常用的数据库，如nr（非冗余蛋白质数据库）、nt（核酸数据库）等。

此外，还可以选择特定的物种数据库来限制比对范围。

第四步：解析和分析结果在BLAST运行完成后，会生成一个结果页面，其中包含了比对结果的详细信息。

结果页面包括比对统计信息、序列比对图、E值、分数等。

通过分析这些信息，可以了解查询序列与目标数据库中的序列之间的相似性和可能的功能。

此外，NCBI在线BLAST还提供了一些高级选项，例如使用特定的算法或参数来进行比对、设置比对阈值、选择比对输出格式等。

这些选项可以根据实际需求进行调整。

总结起来，使用NCBI在线BLAST可以通过选择BLAST程序、输入查询序列、选择目标数据库以及解析和分析结果来比对和分析序列。

通过权衡算法和参数选择，在特定数据库中找到与查询序列相似的序列，从而获得有关其相似性和功能的信息。

蛋白blast的操作方法

蛋白blast的操作方法
蛋白质BLAST是一种用于比对和识别已知蛋白质序列的工具。

下面是进行蛋白质BLAST的基本操作方法：
1. 打开NCBI（国家医学图书馆）的BLAST页面，网址为
2. 选择适合的蛋白质数据库。

在页面的“blastp”部分，可以选择不同的蛋白质数据库，如“nr”（NCBI非冗余蛋白质数据库），“pdb”（蛋白质数据银行）等。

3. 复制或输入要比对的蛋白质序列。

在页面的“Enter Query Sequence”部分，可以粘贴或输入要比对的蛋白质序列。

4. 设置其他参数。

可以根据需要设置其他参数，如过滤序列中的低复杂性区域，调整比对结果的显示方式等。

5. 点击“BLAST”按钮开始比对。

点击页面底部的“BLAST”按钮，系统将开始进行蛋白质比对。

6. 等待比对结果。

根据输入的蛋白质序列的长度和数据库的大小，比对过程可能需要一段时间。

可以在页面上监视比对进度。

7. 查看比对结果。

比对完成后，系统将显示比对结果。

可以查看比对的蛋白质序列，比对的统计信息和潜在的同源蛋白质。

8. 解释和分析比对结果。

根据比对结果，可以解释蛋白质的结构和功能，进一步分析和研究。

以上是蛋白质BLAST的基本操作方法，根据具体需求和研究目标，还可以进行更多的参数设置和高级分析。

NCBI中Blast种类及使用简介

NCBI中Blast种类及使用简介NCBI中Blast种类简介1． Blast Assembled Genomes在一个选择的物种基因组序列中去搜索。

2．Basic Blast2.1 nucleotide blast--- 用核酸序列到核酸数据库中进行搜索，包括3个程序2.1.1 Blastn----核酸序列（n）到核酸序列数据库中搜索，是一种标准的搜索。

2.1.2 megablast----该程序使用“模糊算法”加快了比较速度,可以用于快速比较两大系列序列。

可以用来搜索一匹ESTs序列和大的cDNA或基因组序列, 适用于由于测序或者其他原因形成的轻微的差别的序列之间的比较2.1.3 discontiguous megablast----与megablast不同的是主要用来比较来自不同物种之间的相似性较低的分歧序列。

2.2 Protein Blast2.2.1 Blastp ---蛋白质序列到蛋白质序列数据库中搜索，是一种标准的搜索。

2.2.2 psi-blast---位点特异迭代BLAST —用蛋白查询来搜索蛋白资料库的一个程式。

所有被BLAST发现的统计有效的对齐被总和起来形成一个多次对齐，从这个对齐，一个位置特异的分值矩阵建立起来。

这个矩阵被用来搜索资料库，以找到额外的显著对齐，这个过程可能被反复迭代一直到没有新的对齐可以被发现。

2.2.3 PHI-BLAST---以常规的表达模型为特别位置进行PSI - BLAST检索,找出和待查询序列具有一样的表达模型且具有同源性的蛋白质序列。

2.3 Translating BLAST2.3.1 blastx----先将待查询的核酸序列按6 种读框翻译成蛋白质序列,然后将翻译出的蛋白质序列与NCBI 蛋白质序列数据库比较。

2.3.2 tblastn-----先将核酸序列数据库中的核酸序列按6 种读框翻译成蛋白质序列,然后将待查询的蛋白质序列与翻译结果进行比较。

NCBI在线BLAST使用方法与结果详解

NCBI在线BLAST使用方法与结果详解NCBI（National Center for Biotechnology Information）是一个包含大量基因组学、生物信息学等相关数据和工具的数据库。

其中，BLAST （Basic Local Alignment Search Tool）是一种常用的序列比对工具，可用于在数据库中搜索相似序列。

一、BLAST简介BLAST是一种基于序列比对的方法，可用于确定一给定序列与数据库中序列的相似性。

其工作原理是将查询序列与数据库中的序列进行比对，并生成一个比对得分来衡量它们之间的相似程度。

通过BLAST的结果，可以获得序列的匹配位置、长度、相似性等信息，从而帮助研究人员进行更深入的生物学研究。

二、使用方法1. 打开NCBI网站首先，打开浏览器，输入NCBI的网址（https:///），进入NCBI的官方网站。

2. 进入BLAST页面在NCBI的主页上，找到“BLAST”或“BLAST and Alignments”选项，并点击进入BLAST页面。

3. 输入查询序列在BLAST页面上，找到“Enter Query Sequence”或“Enter accession number, gi, or FASTA sequence”等文本框，将需要查询的序列输入其中。

可以直接复制粘贴序列，或选择上传文件的方式输入。

4. 选择数据库在BLAST页面上，找到“Choose Search Set”或“Database”等选项，选择需要比对的数据库。

NCBI提供了多个数据库，如“nr”（非冗余蛋白数据库）、“nt”（非冗余核酸数据库）等，根据研究需要选择合适的数据库。

5. 设置参数根据需要，可以通过“Algorithm parameters”等选项来设置比对参数，如设置匹配的阈值、比对的方式等。

6. 运行BLAST设置完成后，点击“BLAST”或“Run BLAST”等按钮运行BLAST。

NCBI在线BLAST使用方法与结果详解

NCBI在线BLAST使用方法与结果详解之马矢奏春创作BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一套在卵白质数据库或DNA数据库中进行相似性比力的分析工具.BLAST法式能迅速与公开数据库进行相似性序列比力.BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明.BLAST 采纳一种局部的算法获得两个序列中具有相似性的序列. Blast中经常使用的法式介绍：1、BLASTP是卵白序列到卵白库中的一种查询.库中存在的每条已知序列将逐一地同每条所查序列作一对一的序列比对.2、BLASTX是核酸序列到卵白库中的一种查询.先将核酸序列翻译成卵白序列（一条核酸序列会被翻译成可能的六条卵白）,再对每一条作一对一的卵白序列比对.3、BLASTN是核酸序列到核酸库中的一种查询.库中存在的每条已知序列都将同所查序列作一对一地核酸序列比对.4、TBLASTN是卵白序列到核酸库中的一种查询.与BLASTX相反,它是将库中的核酸序列翻译成卵白序列,再同所查序列作卵白与卵白的比对.5、TBLASTX是核酸序列到核酸库中的一种查询.此种查询将库中的核酸序列和所查的核酸序列都翻译成卵白（每条核酸序列会发生6条可能的卵白序列）,这样每次比对会发生36种比对阵列.下面是具体把持方法1,进入在线BLAST界面,可以选择blast特定的物种（如人,小鼠,水稻等）,也可以选择blast所有的核酸或卵白序列.分歧的blast法式上面已经有了介绍.这里以经常使用的核酸库作为例子. 2,粘贴fasta格式的序列.选择一个要比对的数据库.关于数据库的说明请看NCBI在线blast数据库的简要说明.一般的话参数默认.3,blast参数的设置.注意显示的最年夜的结果数跟E值,E值是比力重要的.筛选的标准.最后会说明一下.4,注意一下你输入的序列长度.注意一下比对的数据库的说明.5,blast结果的图形显示.没啥好说的.6,blast结果的描述区域.注意分值与E值.分值越年夜越靠前了,E值越小也是这样.7,blast结果的详细比对结果.注意比对到的序列长度.评价一个blast结果的标准主要有三项,E值（Expect),一致性(Identities),缺失或拔出（Gaps）.加上长度的话,就有四个标准了.如图中显示,比对到的序列长度为1405,看Identities这一值,才匹配到1344bp,而输入的序列长度也是为1344bp（看上面的图）,就说明比对到的序列要长一点.由Qurey（起始1）和Sbjct(起始35)的起始位置可知,5'端是是多了一段的.有时也要注意3'真个.附：E值（Expect)：暗示随机匹配的可能性,E值越年夜,随机匹配的可能性也越年夜.E值接近零或为零时,具本上就是完全匹配了.一致性(Identities)：或相似性.匹配上的碱基数占总序列长的百分数.缺失或拔出（Gaps）：拔出或缺失.用"—"来暗示.。

NCBI在线Blast的图文说明

NCBI在线Blast的图文说明Blast（Basic Local Alignment Search Tool）是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。

BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。

BLAST 结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。

BLAST 采用一种局部的算法获得两个序列中具有相似性的序列。

Blast中常用的程序介绍：1、BLASTP 是蛋白序列到蛋白库中的一种查询。

库中存在的每条已知序列将逐一地同每条所查序列作一对一的序列比对。

2、BLASTX是核酸序列到蛋白库中的一种查询。

先将核酸序列翻译成蛋白序列（一条核酸序列会被翻译成可能的六条蛋白），再对每一条作一对一的蛋白序列比对。

3、BLASTN 是核酸序列到核酸库中的一种查询。

库中存在的每条已知序列都将同所查序列作一对一地核酸序列比对。

4、TBLASTN是蛋白序列到核酸库中的一种查询。

与BLASTX相反，它是将库中的核酸序列翻译成蛋白序列，再同所查序列作蛋白与蛋白的比对。

5、TBLASTX是核酸序列到核酸库中的一种查询。

此种查询将库中的核酸序列和所查的核酸序列都翻译成蛋白（每条核酸序列会产生6条可能的蛋白序列），这样每次比对会产生36种比对阵列。

NCBI的在线blast：/Blast.cgi1、进入在线blast界面，可以选择blast特定的物种（如人，小鼠，水稻等），也可以选择blast所有的核酸或蛋白序列。

不同的blast程序上面已经有了介绍。

这里以常用的核酸库作为例子。

NCBI在线blast页面2、粘贴fasta格式的序列。

选择一个要比对的数据库。

关于数据库的说明请看NCBI在线blast数据库的简要说明。

一般的话参数默认。

NCBI在线blast页面3、blast参数的设置。

注意显示的最大的结果数跟E值，E值是比较重要的。

筛选的标准。

最后会说明一下。

blast参数设置4、注意一下你输入的序列长度。

如何使用NCBI中的Blast

如何使用NCBI中的BlastNCBI（National Center for Biotechnology Information）是一个提供生物信息学数据库和工具的综合性资源平台。

其中，BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一种经典的序列比对工具，用于比对和分析DNA、RNA和蛋白质序列的相似性。

使用NCBI中的BLAST可以有多种方式，包括在线使用和本地使用。

下面将对这两种使用方式进行详细介绍。

一、在线使用NCBIBLASTNCBI提供了一个在线的BLAST界面，用户可以直接在浏览器中使用。

具体步骤如下：1. 打开NCBI网站，点击"Blast"选项卡，然后选择需要比对的序列类型，例如，DNA、蛋白质或者其他。

2. 复制并粘贴待比对的序列到"Enter Query Sequence"文本框中。

或者，您也可以选择上传一个FASTA格式的文件。

3.选择适当的数据库。

NCBI提供了多个数据库供选择，根据您的研究目的选择合适的数据库。

4.配置其他参数。

您可以选择不同的比对算法、设置匹配参数、设定范围等。

5.点击"BLAST"按钮开始比对。

该过程可能需要一些时间，取决于比对数据的大小和服务器的负载情况。

6.一旦比对完成，系统将生成一个结果页面，显示比对结果。

您可以查看比对的统计信息、序列相似性分析、注释信息等。

7.针对一些结果，您可以选择进一步分析和操作，例如，设计引物、进行序列比对、构建进化树等。

二、本地使用NCBIBLAST3.准备待比对的序列，并保存到FASTA格式的文件中。

4.打开终端或命令提示符，并导航到BLAST软件的安装目录。

5. 运行BLAST命令。

根据您的比对需求，运行适当的BLAST命令，例如，“blastn”用于DNA比对，”blastp”用于蛋白质比对。

6.设置适当的输入参数，包括查询序列文件、目标数据库、比对算法等。