第九章-数量遗传学基础
数量遗传学基础
群体越小,遗传漂变的作用越大。
第二节 数量性状的遗传基础 性状的分类
质量性状 (Qualitative traits or characters)
遗传上受一对或少数几对基因控制,性状变 异不连续,表型不易受环境因素影响的性状,如: 毛色、角的有无等。
数量性状 (Quantitative traits)
配子相(Gametic phase)或连锁相(Linkage phase)
两个基因座A和B,每个基因座两个等位基因, 分别为A1、A2和B1、B2:可形成4种配子: A1B1、A1B2、A2B1、A2B2 相引相(Coupling phase): A1B1/ A2B2 相斥相(Repulsion phase):A1B2/ A2B1
质量性状、数量性状与阈性状的比较
质 量 性 状 数 量 性 状 阈 性 状
性状主要 品种特征、 类 型 外貌特征 遗传基础 单个或少数 主基因 变异表现 间断型 方 式 考察方式 描述 环境影响 不敏感
突变 (mutation): 如突变基因具有选择优势, 则 其 基 因 频 率 提 高 ; 如 是 中 性 突 变 (Neutral mutation),则其频率大小取决于遗传漂变。
迁移 (Migration): 通过不同频率的群体间 基因流动引起基因频率变化。可以是单向的, 也可以是双向的。
交配体制 (Mating system): 例如,近交提 高纯合基因型频率;杂交提高杂合基因型频率; 随交则对大的遗传平衡群体的遗传结构无影响。
遗传上受许多微效基因控制,性状变异连, 表型易受环境因素影响的性状,如:生长速度、 产肉量、产奶量等。
The generalized growth curve of young animals
数量性状遗传分析
数量性状的遗传在本质上与孟德尔式的遗
传完全一样,只是需用多基因理论来解释。
11
9.1.2 数量性状的多基因学说
(1)实验依据
1909年,瑞典遗传学家Nilsson-Ehle对小麦和燕麦
中籽粒颜色的遗传进行研究,发现在若干个红粒与白
粒的杂交组合中有如下 A、B、C 3种情况:
12
研究后进一步发现:
0点:两纯合体基因型值的算术平均值,作为量度a和d
的原点。
“a”: 表示从0点量起朝着坐标正的方向的一个增量,属
于A1A1的基因型值的增量(-a正好相反)。
“d”: 表示杂合体的数值,取决于显性度,可正可负。
5
(1)质量性状与数量性状
������ 质量性状:表型之间截然不同,具有质
的差别,用文字描述的性状称质量性状。如 水稻的糯与粳,人的A、B、O血型等性状。 ������ 数量性状:性状之间呈连续变异状态, 界限不清楚,不易分类,用数字描述的性状。 如作物的产量,奶牛的泌乳量,棉花的纤维 长度等。
6
一个a基因的效应值(a1=a2=a3)为2cm。(6a=12)
因此,每用一个a 基因替换一个 A 基因,穗长将减
少 1cm。
23
忽略环境效应的影响,如下杂交试验的结果将是:
24
将F2的各基因频率作一曲线图:
25
在以上例子中: 小写字母仅仅保持一个基数,叫做无效等 位基因(null alleles);无效等位基因:不能产 生野生型表现,完全失去活性的突变基因。 大写字母基因具有使数量增加的效应,每
增加一个,效应加1份,基因数目越多,每份
的效应越小。大写字母基因叫做有效等位基因 (active alleles)
《数量遗传》课件
遗传方差与变异方差
01
遗传方差是指由于遗传因素所引 起的表型变异,包括基因方差和 基因型方差。
02
变异方差是指由于环境因素所引 起的表型变异,包括环境方差和 残差方差。
遗传相关与相关系数
遗传相关是指两个性状在遗传上的关联程度,可以用相关系 数表示。
相关系数是指两个性状之间的关联程度,可以用相关系数r表 示,其值介于-1和1之间,正值表示正相关,负值表示负相关 。
基因治疗
利用基因编辑技术治疗遗 传性疾病,改善人类健康 状况。
人工智能在数量遗传学中的应用
数据挖掘和分析
利用人工智能技术处理大规模数据,挖掘数量性状的 遗传规律。
预测模型
基于人工智能算法构建预测模型,预测数量性状的表 现和遗传趋势。
辅助育种
利用人工智能技术优化育种方案,提高育种效率和成 功率。
转录组学和蛋白质组学分析
通过比较不同组织、发育阶段或不同处理条件下 的转录组和蛋白质组数据,筛选与目标性状相关 的差异表达基因和蛋白质。
04
数量遗传学在育种中的应用
BIG DATA EMPOWERS TO CREATE A NEW
ERA
作物育种
作物产量
数量遗传学在作物育种中可用于提高作物的产量。通过研究数量性状基因座(QTL),可 以定位控制产量性状的基因,进而通过分子标记辅助选择(MAS)等方法,将有益基因 聚合到一起,培育出高产的作物品种。
肉质和乳制品品质
数量遗传学在动物肉质和乳制品品质改良方面也有应用。 通过研究与肉质和乳制品品质相关的QTL,可以定位控制 这些性状的基因,进而利用MAS等技术,将有益基因聚合 到一起,培育出具有优良肉质和乳制品品质的动物品种。
人类医学研究
《数量遗传学基础》课件
03
人类健康与疾病研 究
利用数量遗传学方法研究人类复 杂疾病的发生机制,为疾病预防 和治疗提供新的思路和方法。
THANKS
感谢观看
3
疾病抵抗力增强
通过研究动物的疾病抗性基因,提高动物的疾病 抵抗力,降低养殖成本和动物疾病发生率。
人类遗传学研究
疾病预测与预防
利用数量遗传学方法,研究人类遗传性疾病的发病风险相关基因 ,为疾病的预测和预防提供科学依据。
个体差异研究
通过研究人类的数量性状基因,了解个体差异的遗传基础,为个性 化医疗和健康管理提供支持。
《数量遗传学基础》ppt课件
• 数量遗传学概述 • 数量遗传学的基本概念 • 数量性状的遗传模型 • 数量遗传学的研究方法 • 数量遗传学的应用 • 展望与未来发展
01
数量遗传学概述
定义与特点
定义
数量遗传学是研究生物群体中数量性状遗传规律的科学。
特点
数量性状是受多基因控制的,其遗传变异规律比质量性状复 杂。
04
数量遗传学的研究方法
统计分析方法
统计分析方法
QTL分析
关联分析
元分析
这是数量遗传学中最为常见和 基础的研究方法。通过统计分 析,可以对遗传数据进行分析 和解释,探究遗传变异的来源 、分布和作用机制。
数量性状位点(QTL)分析是 利用统计学方法定位控制数量 性状的基因位点,分析基因位 点对表型变异的贡献。
表型组学研究
结合新一代测序技术和成像技术,对动植物表型组进行深入研究, 以揭示表型变异与遗传变异之间的关系。
未来发展方向与挑战
01
跨物种比较研究
比较不同物种间的遗传差异,以 揭示物种进化的机制和规律,为 生物多样性保护提供科学依据。
动物遗传学-第九章 数量遗传学基础
根据特定资料估计的遗传力,只能作为一个估计值看待。
n
P
P1 P2 Pn
Pii 1nn Nhomakorabea同理可得:
n
Gi
G i
,
n
n
Ei
E i n
若E与G之间相互独立,在一个随机交配的大群体中
n
Ei 0 P G
i
群体均值能否代表群体基因型均值取决于群体大小,群 体越大,代表性愈强。
一、遗传力(heritability):
(一)概念: 亲代传递其遗传特性的能力。 或指性状的遗传方差在总方差(表型方差)中 所占的比率。
二、简单性状和复杂性状
简单(遗传)性状 (simply-inherited trait) 受很少数基因的控制,而且几乎不受环境变化的影响。
如孟德尔豌豆试验中所列举的性状都是简单(遗传)性 状。
复杂性状 (complex trait) 受多个基因的作用,而且易受遗传或非遗传因素的影
响。多在医学上使用。如糖尿病。
(二)对遗传力的理解注意事项:
遗传力是描述性状的一个特征量,遗传力大说 明受到遗传的影响大,遗传力低则环境的作用大。 性状遗传力的高低并不表示性状的好坏与畜群 的好坏。
0<h2 <1
(三)若干性状的遗传力
性状 初生重 断奶重 成年体重 椎骨数 乳头数 背膘厚 眼肌面积
表1 表猪1 一猪一些些性性状状的遗遗传传力 力
第九章 数量遗传学基础
一、质量性状和数量性状
质量性状(qualitative trait) —遗传基础是单个或少数几个基因的作用,它的 表型变异是间断的。如牛的无角与有角,兔的白 化与有色。
数量遗传学基础
2019/11/12
1
动物性状的分类
质量性状:可心明确区分为若干类 。如毛色, 角的有无
数量性状:变异是连续的,无法用形容词描 述,只能通过度量。如产奶量,生长速度, 体重,羊毛的粗细等。
多基因:控制某个数量性状一组基因的一个 基因。
多基因性状:由许多基因相互作用控制的性 状,其表型变异为连续数量。
ki
X
2 ij
i 1
X ij j1
n
i1 j1
ki
23601 1449 2 2812 .8713 101
i 1
ki
2
n ki
2
SSb
n i 1
X ij
j 1
ki
i1
j1 X ij
n
ki
2019/11/12
22
三、通径链的追溯规则
1. 通径方向,只能“先退后进” 2. 一条通径链最多只能改变一次方向 3. 通过一条相关线等于一次方向改变
① 邻近通径必须以尾端与相关线相接 ② 一条通径链内至多只能有一条相关线 ③ 不同的通径链可以重复通过同一条相关线
4. 在追溯两个结果的通径链时要避免重复和 遗漏。
因果关系: 单箭头线,方向由因到果,称为通径 线 平行关系:双箭头线,称为相关线
每条线的相对重要性称为系数
通径线的系数称为通径系数 相关线的系数称为相关系数
2019/11/12
10
概念
猪的屠宰体重(Y),由一长速度(X1)和 4月龄体重(X2)决定,而它们又是由饲养 条件(X3)决定。
《数量遗传 》课件
05
数量遗传学展望
新技术与新方法的发展
基因组学技术
随着基因组学技术的不断进步, 数量遗传学将能够更深入地研究 基因与表型之间的关联,揭示更 多复杂的遗传现象。
大数据分析方法
利用大数据分析方法,对海量的 遗传数据进行分析,能够更准确 地识别基因与性状之间的关系。
人工智能与机器学
习
人工智能和机器学习技术的发展 将为数量遗传学提供更强大的工 具,用于预测和解析复杂的遗传 模式。
3
数量遗传学在植物育种中还涉及到基因组学和表 型组学的研究,以加速新品种的培育进程。
人类医学研究
ቤተ መጻሕፍቲ ባይዱ
数量遗传学在人类医学研究中主 要用于疾病易感性和复杂性疾病
的研究。
通过数量遗传学的方法,可以鉴 定与疾病相关的基因和变异位点 ,为疾病的预防和治疗提供理论
依据。
数量遗传学在人类医学研究中还 涉及到基因组学和表型组学的研 究,以揭示人类复杂的疾病机制
适用范围
适用于研究多个变量之间的相互关系和因果关 系。
分析步骤
构建因果模型,通过回归分析计算路径系数,然后评估模型的拟合度和解释力 度。
主成分分析
主成分分析
用于降低数据的维度,将多个相关变量转化为少数几 个不相关的主成分。
适用范围
适用于处理大量数据,特别是当变量之间存在多重共 线性时。
分析步骤
计算变量的相关系数矩阵,通过特征值和特征向量提 取主成分,然后解释主成分的意义和作用。
研究内容与领域
研究内容
数量遗传学主要研究数量性状的遗传 基础、遗传变异和进化过程,包括基 因型和表型关系的分析、遗传力和方 差组分的估计、选择反应和遗传进展 的预测等。
领域
数量遗传学基本
动物数量遗传学基础
动物数量遗传学基础
主要内容
第一节 第二节 第三节 第四节
数量性状的遗传特征 基本参数及运算 近交衰退与杂种优势 数量性状QTL定位
第一节 数量性状的遗传特征
1、质量性状与数量性状
1、质量性状与数量性状
质量性状(qualitative traits)--由单 基因或简单的两对基因的互作影响的遗 传性状,其变异是不连续的
3.3 数量性状遗传机制的发展
传统观点:
基于多基因假说认为数量性状均受微效、等效的微 效基因控制。
采用分子标记对基因效应的研究发现,数量性状:
可能是受微效基因控制; 也可能受少数几对主效基因控制,加上环境作用而 表现连续变异; 有时由少数主基因控制,但另外存在一些微效基因 (修饰基因,modifying gene)的修饰作用。
2.3 质量、数量及阈性状的比较
3、数量性状的遗传机制
3.1 多基因假说(Multiple Factor Hypothesis)
Nilson-Ehle,
H.(1909)根据小麦粒色遗传提出:
数量性状受许多彼此独立的基因共同控制,每个基 因对性状表现的效果较微,但各对基因遗传方式仍 然服从孟德尔遗传规律; 同时还认为: 1.各基因的效应相等; 2.各个等位基因表现为不完全显性或无显性,或表 现为增效和减效作用;
微效基因的效应:
微效基因的效应值(对性状的影响)也不尽相等
4、数量性状表型值的剖分
4.1 表型值分解
表型值的效应分解:性状表现由遗传因素决定、并受 环境影响,可得:
表型值 = 基因型值+环境偏差
P = G + E.
P 为个体表现型值(phenotypic value)(也即性状观察值); G 为个体基因型(效应)值(genetic value),也称遗传效应值; E 为环境效应值(environment value),当无基因型与环境 互作时,E=e为随机误差(random error)符合正态分布 N(0,σ2)。
数量遗传学基础
基本概念-数量性状基因座(QTL)
对数量性状有较大影响的基因座称为数量 性状基因座(quantitative trait locus,QTL),它 是影响数量性状的一个染色体片段,而不一定是 一个单基因座。
有限的基因如何控制众多的数量性状?
一般可以归结为下列三个原因: 1、基因仅仅是性状表现的遗传基础,它与性状的关系并非
位基因久间性一的环定上的境位随效机效应性应,和(一暂般e时p均i将性st它a环们t境i归c 并效e到f应f环ec境t效)。应偏差值中,统称
为剩余值 ,记为 R。
控制数量性状基因具有各种效应,主要有:
加性效应(additive effect,A):等位基因 (allele)的累加效应;
显性效应(dominance effect,D):等位基因之 间的互作效应。
群体遗传结构影响因素——迁移
迁移(migration):不同群体间由于个体转移 引起的基因流动过程
在家畜育种实践中,迁移主要体现为引种,即 引入优良基因加快群体的遗传改良,是提高育 种效率的有效途径。
群体遗传结构影响因素—选择
选择(selection):群体内个体参与繁殖的机会不均等, 从而导致不同个体对后代的贡献不一致。造成这种繁殖机 会不均等的原因主要有个体适应性和生活力的差异、个体 繁殖力不同及人为的选择,前两者是自然选择的主要因素, 而人工选择是动物育种改良最重要的手段。
上位效应(epitasis effect,I):非等位基因之 间的相互作用。
基因型值是各种基因效应的总和。 G=A+D+I ,
表现型值������ P=A+D+I+E
基因效应和育种值
考察一个具有等位基因A1和A2的基因座,假 设纯合子A1A1的基因型值为+a,A2A2的基因型值 为-a,杂合子A1A2的基因型值为d,它取决于基因 的显性程度大小,无显性时d=0,完全显性时
第九章 数量遗传学
i
x)
2
n
方差和标准差是全部观察值偏离平均数的重要度量参数
S 就称为标准差(standard devi
或叫做标准误(standard error
S---标准差
均值和标准差决定了表型的分布 一般:育种要求标准差大,则差异大,利于单株的选择;
良种繁育场则标准差小,差异小,可保持品种稳定。
四、标准误
1 2 (1/4)1=1/4 (3)1=3 3
(a+b)2
2
3
4
6
(1/4)2=1/16
(1/4)3=1/64
(3)2=9
(3)3=27
5
7
(a+b)4
(a+b)6
4
n
8
2n
(1/4)4=1/256
(1/4)n
(3)4=81
(3)n
9
2n+1
(a+b)8
(a+b)2n
多基因假说要点: 1.决定数量性状的基因数目很多; 2.各基因的效应相等;
F1 F2 (A1A2B1B2C1C2)熟期介于双亲之间 27种基因型 (其中A1A1B1B1C1C1的个体将比晚熟亲本更晚,
而A2A2B2B2C2C2的个体将比早熟亲本更早)
第二节 数量性状的研究方法
需要分析杂交后代的大量个体→ 应用数理统计等方法
→ 分析平均效应(mean)、方差(variance)、协 方差(covariance )等遗传参数→ 发现数量性状遗传 规律。
数量性状(quantitative trait)。 如:人高、动物体重、植株生育期、果实大小,产量 高低等。 表现型变异分析推断群体的 遗传变异借助数量统计的分析方法 分析数量性状的遗传规律。
第九章 数量遗传学基础.
第九章数量遗传学基础概述一、质量性状和数量性状的遗传动物的遗传性状,按其表现特征和遗传机制的差异,可分为三大类:一类叫质量性状(Qualitative trait ), 一类叫数量性状(Quantitative trait ), 再一类叫门阈性状(Threshold trait)。
动物的经济性状(Economic trait)大多是数量性状。
因此,研究数量性状的遗传方式及其机制,对于指导动物的育种实践,提高动物生产水平具有重要意义。
质量性状:是指那些在类型间有明显界限,变异呈不连续的性状。
例如,牛的无角与有角,鸡的芦花毛色与非芦花毛色,等等。
这些性状由一对或少数几对基因控制,它不易受环境条件的影响,相对性状间大多有显隐性的区别,它的遗传表现完全服从于三大遗传定律。
数量性状:是指那些在类型间没有明显界限,具有连续性变异的性状,如产奶量、产卵量、产毛量、日增重、饲料利用率等。
门阈性状:是指由微效多基因控制的,呈现不连续变异的性状。
这类性状具有潜在的连续分布遗传基础,但其表型特征却能够明显的区分,例如,产子数,成活或死亡,精子形态正常或畸形,这类性状的基因效应是累积的,只有达到阈值水平才能表现出来。
二、数量性状的一般特征数量性状表现特点表明,数量性状受环境因素影响大,因此其表型变异是连续的,一般呈现正态分布(Normal distribution),很难分划成少数几个界限明显的类型。
例如,乳牛的产奶量性状,在群体中往往从3000kg至7000kg范围内,各种产量的个体都有。
由于数量性状具有这样的特点,所以对其遗传变异的研究,首要的任务是对性状的变异进行剖分,估计出数量性状变异的遗传作用和环境的影响程度。
具体地说,对数量性状遗传的研究必须做到以下几点:第一,要以群体为研究对象;第二,数量性状是可以度量的,研究过程要对数量性状进行准确的度量;第三,必须应用生物统计方法进行分析;第四,在统计分析基础上,弄清性状的遗传力以及性状间的相互关系。
遗传学第九章数量遗传
f
x
fx
fx2
Aa
1/2
d
½ d
½ d2
aa
1/2
- a
-½ a
½ a2
合计
1
½ (d-a)
½ (a2+d2)
由VB1,VB2可分离出加性方差VA
B1,B2遗传方差的平均值: VB1+VB2= ½ (a-d)2 + ½ (a+d)2 = ½ (a2+d2) = ½ VA+ ½ VD B1,B2表型方差值: VB1+VB2= ½ VA+ ½ VD+VE 而F2的表型方差: VF2= ½ VA+ ¼ VD+VE 2V F2 –(VB1 + VB2) = ½ VA
5.07-(0.67 + 3.56 + 2.31 )/3 5.07
= 57%
则,表型方差VF2 = ½ VA+¼ VD+VE 遗传方差VG = ½ VA+¼ VD = VF2-VE
由于两亲代为纯合体,基因型相同,表型的变异可看作均来自环境的影响,所以: VE=½(VP1+VP2) 或 VE=1/3(VP1+VP2+VF1)
2
´
h
=
总方差
%)=
广义遗传率(
例:已知:F2的标准差S=2.252cm, F1的标准差S=1.519cm,
cm
F
S
V
2.307
2
1
=
=
AA
Aa
aa
O
-a
a
d
AA,Aa,aa性状计量的模式图,O点表示两亲代的中间值,杂合体Aa位于O点的右方,表示A为部分显性。一对基因A,a,它们的3个基因型的平均效应是:AA,a; Aa,d; aa,-a;
第九章 数量遗传学new
(quantitative genetics) · 九·
主要研究内容
多基因效应 生物性状基本统计方法 遗传率 近交系数
质量性状与数量性状
质量性状(qualitative trait ):表型之间截然不同,具有质的差 别,用文字描述的性状称质量性状。如水稻的糯与粳,豌豆 的饱满与皱褶等性状。
几何平均数累加 子一代表型是两个亲代表型乘积的平方根。 倍加效应 每个显性基因表现型值=(每个纯合显性表型)n×纯和隐性表型 如:株高为74cm的高亲本同株高为2cm的矮亲本杂交,如果株高受两对独 立遗传的微效多基因控制,则杂种后代的基因型及表型的预期表现和 出现频率可计算如下。
F1 穗长: 74×2=12.2
数量性状基因数的估计
根据分离群体内出现的极端类型比例估算基因 数目
4n = F2代个体总数/ F2代中极端个体数 (n:微效基因对的数目)
例如:子二代获得22016个子代,其中极端子代86个,计算所涉 及的基因数。
4n = 22016/86 n=4
多基因的作用方式
累加作用(cumulative effect):每个有效基因的作用 按一定数值与尽余值相加或相减。
每个增效基因值:12.2/2=2.47cm
AAAA: AAAa: AAaa: Aaaa: 2 × 2.474=74.2 2 × 2.473=30.1 2 × 2.472=12.2 2 × 2.471= 4.9
例证
玉米穗长的遗传: 长穗(AABB)×短穗 (aabb) P1=16.8 P2=6.6 AaBb F1=11.7
自交
基因型 频数 F2有效基 因数
1aabb 1 0
2Aabb 2aaBb 4 1 6.6+ 1×2.55 9.1
第九章--数量遗传学基础PPT优秀课件
1. 几个基本概念回顾 2. 哈代-温伯格定律的要点 3. 群体遗传分析
2021/5/25
1
几个基本概念
• 孟德尔群体
– 一群能相互交配和繁殖的个体组成的集群
• 基因型频率
–特定基因型占群体内全部基因型的比率
–特定基因型在群体内出现的概率
–同一基因座位上所有基因型频率之和等于1
2021/5/25
16
杂种优势
• 两个遗传组成不同的品种(或品系)杂交, F1代在生活力、繁殖力、抗病力等方面都 超过双亲的平均值,甚至比两个亲本各自 的水平都高的现象。
2021/5/25
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四、数量性状的遗传基础
• 微效多基因假说
– 数量性状是由大量的、效应微小而类似的且可 加的基因控制;
– 这些基因在世代相传中服从遗传学三大基本规 律,这些基因间一般没有显隐性区别;
…
…
Xn2 …
X 1k X 2k
…
X n数 X..
2021/5/25
26
三、重复率的估计
重复率就是以个体分组,以个体度量 值为组内成员,计算得到的组内相关系 数。这时组间方差就是个体间方差,组 内方差就是个体内度量间方差。
re
个体间方差
b2
个体间方差 个体内度量间方差b2 w2
GADI
PADIE
2021/5/25
22
R
生物群体的数学特征
二、基因均效(average gene effect)
某个基因的平均效应,即子代从一个亲本获得了某 个基因的个体的基因型均值距离原来群体均值的 平均离差。
三、群体方差
表型方差: Vp=VG+VE, VG=VA+VD+VI 加性方差:VA
遗传学赵寿元数量遗传学
每个增效基因值:12.2/2=2.47cm AAAA: 2 x 2.474=74.2 AAAa: 2 x 2.473=30.1 AAaa: 2 x 2.472=12.2 Aaaa: 2 x 2.471= 4.9 aaaa: 2
环境与基因型形成的变异
数量性状遗传分析的统计学基础
• B1,B2的表型方差分别计算如下
B1的平均数和遗传方差的计算 (AA X Aa)
f
x
AA
1/2
a
Aa
1/2
d
合计 1
fx
fx2
½a
½ a2
½d
½ d2
½ (a+d) ½ (a2+d2)
B1的遗传方差:VB1=½ (a2+d2) –[½ (a+d)]2
=1/4* (a-d)2
B2的平均数和遗传方差的计算 Aa X aa
s
近交系数计算举例
a1a2 P1
a3a4 P2
C3
C4
C1
C2
B1
B2
S
• 表兄妹结婚所生子女
的近交系数:
• F =4*(1/2)
6=1/16
性染色体基因的近交系数
男性伴性基因传递给女儿的机会是1。 家系中出现两个连续传代的男性,伴性基 因中断传递。
伴性遗传基因近交系数计算举例
X1Y
P1
X2X3
= 14.53
½ VA ½ VA+ ¼ VD+VE = 2 X ( 14.53 )/40.35 = 72%
对遗传率的几点说明
• 遗传率是一个统计学概念,是针对群体,
而不是用于个体;
• 遗传率反映了遗传变异和环境变异在表
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第九章数量遗传学基础概述一、质量性状和数量性状的遗传动物的遗传性状,按其表现特征和遗传机制的差异,可分为三大类:一类叫质量性状(Qualitative trait ), 一类叫数量性状(Quantitative trait ), 再一类叫门阈性状(Threshold trait)。
动物的经济性状(Economic trait)大多是数量性状。
因此,研究数量性状的遗传方式及其机制,对于指导动物的育种实践,提高动物生产水平具有重要意义。
质量性状:是指那些在类型间有明显界限,变异呈不连续的性状。
例如,牛的无角与有角,鸡的芦花毛色与非芦花毛色,等等。
这些性状由一对或少数几对基因控制,它不易受环境条件的影响,相对性状间大多有显隐性的区别,它的遗传表现完全服从于三大遗传定律。
数量性状:是指那些在类型间没有明显界限,具有连续性变异的性状,如产奶量、产卵量、产毛量、日增重、饲料利用率等。
门阈性状:是指由微效多基因控制的,呈现不连续变异的性状。
这类性状具有潜在的连续分布遗传基础,但其表型特征却能够明显的区分,例如,产子数,成活或死亡,精子形态正常或畸形,这类性状的基因效应是累积的,只有达到阈值水平才能表现出来。
二、数量性状的一般特征数量性状表现特点表明,数量性状受环境因素影响大,因此其表型变异是连续的,一般呈现正态分布(Normal distribution),很难分划成少数几个界限明显的类型。
例如,乳牛的产奶量性状,在群体中往往从3000kg至7000kg范围内,各种产量的个体都有。
由于数量性状具有这样的特点,所以对其遗传变异的研究,首要的任务是对性状的变异进行剖分,估计出数量性状变异的遗传作用和环境的影响程度。
具体地说,对数量性状遗传的研究必须做到以下几点:第一,要以群体为研究对象;第二,数量性状是可以度量的,研究过程要对数量性状进行准确的度量;第三,必须应用生物统计方法进行分析;第四,在统计分析基础上,弄清性状的遗传力以及性状间的相互关系。
对数量性状遗传的深入研究,可为动物品质的改良提高提供可靠数据,为选种和杂交育种找出正确而有效的方法,从而可以加速育种进程。
三、数量性状的遗传方式数量性状的遗传有以下几种表现方式:(一)中间型遗传在一定条件下,两个不同品种杂交,其杂种一代的平均表型值介于两亲本的平均表型值之间,群体足够大时,个体性状的表现呈正态分布。
子二代的平均表型与子一代平均表型值相近,但变异范围比子一代增大了。
(二)杂种优势杂种优势是数量性状遗传中的一种常见遗传现象。
它是指两个遗传组成不同的亲本杂交的子一代,在产量、繁殖力、抗病力等方面都超过双亲的平均值,甚至比两个亲本各自的水平都高。
但是,子二代的平均值向两个亲本的平均值回归,杂种优势下降。
以后各代杂种优势逐渐趋于消失。
(三)越亲遗传两个品种或品系杂交,一代杂种表现为中间类型,而在以后世代中,可能出现超过原始亲本的个体,这种现象叫做越亲遗传。
例如,在鸡中有两个品种,一种叫新汉县鸡,体格很大,另一种叫希氏赖特观赏鸡,体格很小,两者杂交产生出小于希氏赖特鸡和大于新汉夏鸡的杂种。
由此,可能培育出更大或更小类型的品种。
第一节数量性状的遗传机制一、多基因假说数量性状也是由基因决定的,但它具有与质量性状不同的遗传机制。
数量性状为什么会呈现连续的变异并出现中间型遗传现象呢?瑞典遗传家尼尔逊·埃尔(Nilsson Ehle)通过对小麦籽粒颜色的遗传研究,于1908年提出了数量性状遗传的多基因假说(Multiple-factor hypothesis)。
尼尔逊·埃尔以深红色的小麦品种与白色品种杂交,F1结出中等红色的种子。
F2中有15/16是红色,1/16是白色。
进一步观察,他发现F2的红粒中又呈现各种程度的差异:有的深红,有的中深红,有的中红,有的淡红;其中,深红色的最少,约占F2总数的1/16,大多数是不同程度的中间红色。
尼尔逊·埃尔提出,在这个例子中,小麦种子颜色由二对基因R1(r1)和R2(r2)决定。
这二对基因的作用是累加的,大写的R对小写的r并不是简单的显性关系,红的程度取决于R因子的数目。
因此,含有4个R的最红,3个R者次之,2个R者更次之,1个R者为淡色,没有R的(都是r)是白色。
设R1r1及R2r2为两对决定种皮颜色的基因,以大写R表示增效,小写r表示减效,在此没有显隐性关系。
其杂交模式如图9—1所示。
图9—1 两对基因的杂交模式图这里,F2的预期表型有五种:白色、淡红、粉红、中深红、深红,它们的比例为1∶4∶6∶4∶1。
推而广之,如果某个数量性状由n对基因决定,表型比例就是(1∶2∶1)n展开式(n=基因的对数)。
尼尔逊·埃尔的多基因假说的要点是:1.1.数量性状是许多微效基因(Minor effect polygenes)的联合效应造成的,它们的效应相等可累加,所以微效基因又称加性基因(Additive gene )。
2.2.微效基因之间大多数缺乏显隐性(Dominant-recessive effect)。
虽然可用大小写字母表示等位基因,但大写基因并不掩盖小写基因的表现,大写只代表表示增效,小写表示减效。
3.3.控制数量性状的微效基因(Minor effect polygenes)与控制质量性状的宏效基因(Major gene)都处于细胞核的染色体上,多基因的遗传行为同样符合遗传基本规律,具有对偶、复制、分离和重组、连锁和交换的特性。
4.4.由于微效基因的效应微小,多基因(Polygenes)并不能予以个别辨认,只能按性状的表现在一起研究,对所涉及的基因对子数做粗略的估计。
但是屠代(Thoday)对果蝇刚毛数的研究证明,有时多基因也可予以个别辨认,识别数量性状的主效基因(Major effect genes)。
二、基因的非加性效应与杂种优势多基因假说认为控制数量性状的各个基因的效应是累加的。
即是说,基因对某一性状的共同效应是每个基因对该性状单独效应的总和。
由于基因的加性效应,就使杂种个体表现为中间遗传现象。
但是,进一步研究表明,基因除具有加性效应外,还有非加性效应。
基因的非加性效应是造成杂种优势的原因。
它包括显性效应和上位效应。
由等位基因间相互作用产生的效应叫做显性效应。
例如,有两对基因,A1,A2的效应各为15cm,a1、a2的效应各为8cm,理论上讲,杂合基因型A1A2a1a2按加性效应计算其总效应为46cm。
而实际效果则是,在杂合状态下(A1a1A2a2)同样为两个A和两个a,其总效应可能是56cm,这多产生的10cm 效应是由于A1与a1,A2与a2间互作引起的,这就是显性效应,由非等位基因之间相互作用产生的效应,叫做上位效应或互作效应。
例如,A1A1的效应是30cm,A2A2的效应也是30cm,而A1A1A2A2的总效应则可能是70cm,这多产生的10cm效应是由这两对基因间相互作用所引起的,这叫上位效应。
一般认为,杂种优势与基因的非加性效应有关。
目前,对产生杂种优势的机制有两种学说,即显性说和超显性说。
显性说认为,杂种优势是由于双亲的显性基因在杂种中起互补作用,显性基因遮盖了不良(或低值)基因的作用的结果,而超显性说,则认为杂种优势并非显性基因间的互补,而是由于等位基因的异质状态优于纯合状态,等位基因相互作用可超过任一杂交亲本,从而产生超显性效应。
现在多数认为,这两种观点并不矛盾。
对于大多数杂种优势现象来说,显性基因互补和等位基因的杂合效应可能都在起着作用。
三、越亲遗传现象的解释产生越亲遗传与产生杂种优势的原因并不相同。
前者主要是基因重组,而后者则是基因间互作的结果。
譬如,有两个杂交亲本品种,其基因型是纯合的,等位基因无显隐性关系,设一个亲本基因型为A1A1A2A2a3a3,另一个亲本为a1a1a2a2A3A3,一代杂种基因型为A1a1A2a2A3a3,介于两个亲本之间,而杂种一代再杂交,在二代杂种中就可能出现大于亲本的个体A1A1A2A2A3A3和小于亲本的个体a1a1a2a2a3a3,越亲遗传产生的越亲个体,可以通过选择保持下来成为培育高产品种的原始材料。
第二节数量性状遗传分析的数学模型和遗传模型一、数量性状表型值的剖分性状的表现型是基因型与环境条件共同作用的结果。
不仅是基因型还是环境条件发生改变,都会引起表型值的变异。
因此,数量性状的表型值可按其变异原因剖分为两部分:由基因型控制的能遗传的部分,叫做遗传值,或基因型值(以G 表示);由环境影响造成的不遗传的部分,叫做环境偏差(以E 表示)。
写成公式:E G P +=二、基因型值的分解进一步分析基因型值,还可根据基因作用类型的不同,再剖分为:加性效应值(Additive effect ,以A 表示)、显性效应值(Dominance deviation ,以D 表示)和互作或上位效应值(Interaction or Epistatic deviation ,以I 表示),则I D A G ++=代入上式得:E I D A P +++=式中的D 和I 虽然包括在遗传值内,但都属于基因的非加性效应值,不能确定遗传,只有基因的加性效应值(A )能得到固定。
因此,把基因的加性效应值叫作育种值,把D 和I 以及环境偏差(E )合并,统称剩余值(Residual value ,以R 表示),则E I D R ++=。
这样,表型值的剖分就可写成:R A P +=三、群体基因型值的平均数与基因平均效应(一)基因型值的标准尺度以一对基因为例加以说明。
设A 和a 为一对等位基因,A 对性状有增效作用,a 对性状有减效作用,两个纯合类型之间的差数可用2 a 表示,两者之间的中点可用O 表示(中文用M 表示),三种基因型(AA 、Aa 和aa )的理论效应值分别为a, d 和-a ,两种纯合基因型值为M+ a,M- a。
显然,两种纯合子的中亲值M在[a+(-a)]/2=0点上,如图9—2所示:AA M Aa aa图9—2 一对基因的加性、显性效应模型其中a表示距离中亲值正向或负向的基因型加性效应理论值,d表示由显性效应引起的与中亲值的离差。
d的大小决定于显性程度。
如果无显性存在,d=0;如果A为显性时,d>0 为正值;如果a为显性时,d<0 为负值;当完全显性时,d=±a,杂合子与纯合子之一完全相同;存在超显性时d=>a 或d<-a。
例如有一种小型猪(aa)6月龄体重为10kg,正常纯合体(AA)猪6月龄体重平均为90kg,杂合子(Aa)的平均体重为70 kg。
这些猪饲养在相同条件下。
试计算中亲值m,基因加性效应a和显性离差d。
平均体重的表型值可以当做体重的基因型值,由此可得:m=(10+90)/2=50(kg)a=90-50=40(kg)d=70-50=20(kg)(二)群体基因型值的平均数有了基因型值,就可将基因型频率结合计算群体基因型值的平均数。