菌种鉴定常见问题解答

菌种鉴定常见问题解答

1.菌种鉴定的方法和步骤是什么？

菌种鉴定一般就只要提取基因组DNA，然后PCR扩增16srDNA片段，上GeneBank或者Eztaxon对比即可。一般序列相似度在97%以上就可以认为是同种细菌（当然也有例外，DNA序列仅仅是一个参考指标）。

-----消息来源：百度问答

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2. 微生物的菌种鉴定可以鉴定到“株”一级吗？

如果你的菌株是自然界中分离得到，就只能鉴定到种，不能鉴定到株，因为多多少少和其他株系的细菌有区别，即便你做了一些特征的鉴定，发现和某一株细菌一模一样，你也没有理由说你的细菌就是那一株细菌，因为你不可能把所有的特征都做完，株和株之间的关系就相当于不同的人之间的关系，世界上不可能有完全相同的两个人。除非你知道你的细菌本来就是某一株细菌扩增出来的（而且要保证没有变异，否则就是一个新株），可是这样就没必要鉴定了。

-----消息来源：百度问答

3．为什么鉴定出来的菌种跟我想象的相差太大？

答：我们菌种鉴定使用PCR直接扩增的方法，即以客户提供的菌株为模版直接进行PCR扩增，中间不经过传代培养，因此不会引入新的污染，如果出现结果不一致的情况，一般有以下原因导致：

1、您提供的样品未经过三次分离纯化，含有其他杂菌；

2、您提供样品的真实情况确认如此。

建议您提供三次纯化的菌株重新进行鉴定。

4．为什么有时会出现PCR扩增不出的现象；

答：扩增不出的原因主要有以下几种：

1、您提供的菌种从严格意义上讲不是细菌或者真菌，或者是信息有误；

2、您提供的菌种为革兰氏阳性菌，由于细胞壁较厚，采用常规方法不能有效地破壁；

3、培养基或菌体中表达产物含有抑制PCR产物的组份。

对于第二种或第三种情况需要提供基因组DNA。

5．PCR扩增直接测序为什么会出现套峰的现象；

答：1、测序结果个别碱基出现N，是由细菌rDNA多态性造成，对菌种鉴定没有无影响；

2、所有测序反应均出现大面积套峰，是由于您提供的样品模版不纯造成的。这种情况需要重新纯化菌种。

6．PCR产物克隆测序为什么会出现结果分离的现象？

答：我们以菌种为模版直接进行PCR扩增，然后对PCR产物进行克隆测序，如果出现2种或以上的测序结果，说明您提供的模版不单一，即菌种不纯，含有其他杂菌，这种情况建议您将菌种重新进行三次以上纯化。

7．菌种鉴定可以鉴定到种吗？

答：利用rRNA的保守区域进行鉴定只是菌种鉴定的一个分子生物学指标，通过鉴定结果可以了解未知菌株和NCBI公布序列的哪个种属比较接近。

如果鉴定至种，还需要DNA杂交、基因组GC含量、生理生化指标等来综合判断。