如何查找一个基因的启动子序列
基因启动子序列的查找
启动子序列的查找
3、确定启动子区与第一外显子区的长度； 进入P53基因mRNA的详细信息界面
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启动子序列的查找
3、确定启动子区与第一外显子区的长度； 进入P53基因mRNA的详细信息界面，找到exon（第一外显子）的位置：1-174bp
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启动子序列的查找
3、确定启动子区与第一外显子区的长度； •进入P53基因FASTA信息的界面，确定第一外显子的长度： •第一外显子位于基因5’端1-174bp的位置，由于基因为从右向左反向转录，第一外 显子位于启动子（ 7687550-7689550bp ）的左侧174bp：7687376--7687550bp； •第一外显子+启动子： 7687376--7689550bp
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启动子序列的查找
4、下载启动子区与第一外显子区的序列；下载启动子区与第一外显子区的序列； 数据保存为FASTA格式，用word打开。
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启动子序列的查找
4、下载启动子区与第一外显子区的序列； 去除序列中的段落标记：Word-查找替换-特殊格式-段落标记-全部替换
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启动子序列的查找 1、在NCBI中查找所需的基因（以p53为例）
选择特定物种的P53基因，例如human.
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启动子序列的查找
1、在NCBI中查找所需的基因（以p53为例） 获得human p53基因的详细信息
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启动子序列的查找
2、确定此基因在染色体上的位置和转录方向（正向/反向）； •在染色体上的位置： Chromosome 17 - NC_000017.11 •转录方向：从右向左，反向转录，说明启动子区与第一外显子区位于 此段基因的右侧。
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基因序列查找
基因组区域，转录，产出：p53基因在不同转录本中的信息—点击GenBank
启动子查询
基因编号调节情况查找基因功能查找基因的dna序列启动子区查找mapviewmapview当前位置当前序列标尺移动标尺使mapviewfocus到基因起始位置序列的获得转录起始点对比序列将序列copy到primerpremier50中网站查找方法http
查找启动子序列
研究生：温 强
基因编号
调节情况
查找基因功能
查找基因的DNA序列
启动子区查找
mapview
Map-view
当前位置
当前序列
标尺
移动标尺使mapview focus到基因起 始位置
序列的获得
转录起始点
对比序列
将序列copy 到primer premier5.0中
网站查找方法
http://genome.ucΒιβλιοθήκη /
遇到的障碍
确定启动子位置的方法(一)
确定启动子位置的方法(一)确定启动子位置引言启动子是指基因的一个特殊区域，它在基因转录过程中起着重要的作用。
确定启动子位置是基因组学研究中的一项重要任务，对于深入理解基因的调控机制有着非常重要的意义。
本文将介绍几种常见的方法来确定启动子位置。
1.实验方法5’ RACE5’ RACE (Rapid Amplification of cDNA Ends) 是一种常用的实验方法，用于确定基因的启动子位置。
该方法通过引物扩增方法，在未知启动子区域的5’端合成一条cDNA链，并通过PCR扩增获得启动子序列。
5’ RACE在启动子区域进行测序，可获得启动子的精确位置。
Chromatin Immunoprecipitation (ChIP)ChIP是一种通过抗体和染色质上的特定蛋白结合来确定启动子位置的方法。
该方法首先通过交联和剪切处理来固定染色质上的蛋白质-DNA复合物，然后使用特定的抗体来免疫沉淀（IP）所要分析的蛋白质，最后通过PCR或测序来检测与启动子相关的DNA序列。
2.计算方法基于序列保守性的方法基于序列保守性的方法通过比对物种间的基因组序列来确定启动子位置。
这种方法假设启动子处的序列在不同物种间具有高度的保守性，因此可以通过比对序列中的保守区域来确定启动子的位置。
基于转录因子结合位点的方法许多转录因子结合在启动子区域，因此基于转录因子结合位点的方法可以帮助确定启动子位置。
通过分析转录因子结合位点的分布情况，并结合表观遗传学修饰等信息，可以预测启动子的位置。
基于表达谱和转录本结构的方法基于表达谱和转录本结构的方法可以通过分析基因的表达谱和转录本结构来确定启动子位置。
这种方法假设在基因的表达谱和转录本结构中存在着与启动子相关的特征，通过分析这些特征可以推断出启动子的位置。
总结确定启动子位置是基因组学研究中的一项重要任务。
本文介绍了几种常见的方法，包括实验方法和计算方法。
实验方法包括5’ RACE 和ChIP等，而计算方法则包括基于序列保守性、转录因子结合位点和表达谱转录本结构等方法。
干货7个步骤教你找到启动子
干货7个步骤教你找到启动子
作者：解螺旋·子非鱼
如需转载请注明来源：解螺旋·医生科研助手
导语
看到一大串密码一样的序列，要怎么找出启动子呢？其实很简单，也就7步，跟着小鱼做就行。
师弟对着电脑上的一大串序列发呆，小鱼问道，“师弟，你这是在格物致知吗？”
“没有啦，我在想怎么把这个基因启动子找出来。
”
“试试用Map viewer吧！”
下面小鱼就以人的K-RAS基因为例讲述一下找基因启动子序列的具体操作步骤:
1.打开NCBI的Map viewer页面，
/mapview/index.html
2.点击“GO”出现如下页面：
3.出现下图，RAS参考序列给出了两个，序列有微小的差异，但总体来说基本相同。
现在普遍采用的是“reference”那个序列。
4.点击上述两条序列第一条序列（即12 reference）对应的“Genes seq”，出现新的页面，点击下图出现的“Download/ViewSequence/Evidence ”，即可下载查看序列等功能。
5.出现的页面提示K-ras基因在染色体上的位置：
6.因为启动子一般在-2000~+200区域，把页面中的参数修改一下：
7.那么就得到K-ras的启动子区域，如下图：。
如何查找一个基因的启动子序列
点击Promoter返回的页面正好是启动子区
2 基因启动子序列的预测分析
真核细胞的基因表达调节虽然是多个水平的调节,但主要是转录水平的调节. 转录水平的调节基础就是转录因子蛋白与启动子DNA序列之间的结合和激活. 转录因子蛋白的结构可以分成结合域(BD，binding domain)以及激活域(AD，activation domain). 作为基因启动子DNA的序列也具有特征性的结构. 但是相比较而言，目前基因启动子以及转录因子蛋白结合的种类，积累的资料还十分有限，数据库容量偏小，计算技术相对滞后，其预测结果仅供参考，还必须结合其他的分子生物学技术进行证实.
对于Known Genes（已知基因）和预测的基因路径来说，一般的惯例是以一个高的垂直线或块状表示每个编码外显子，以短的垂直线或块状表示5′端和3′端非翻译区。
起连接作用的内含子以非常细的线条表示。翻译的方向由沿着细线的箭头指示。
Known Genes来自LocusLink内的mRNA参照序列，已经利用BLAT程序将这些序列与基因组序列进行比对排列。
Ensembl Gene Predictions路径由Ensembl提供。Ensembl基因通过许多方法来预测，包括与已知mRNA和蛋白质进行同源性比较，ab initio基因预测使用GENSCAN和基因预测HMMs。 /ensembl/ Fgenesh++ Gene Predictions路径通过寻找基因的结构特征来预测基因内部的外显子，例如剪接位点的给位和受位的结构特征，利用一种动态的程序算法推定编码区域和推定外显子5′端和3′端的内含子区域；这个方法也考虑到蛋白质相似性的资料。
如何找一个基因的启动子序列呢
如何找一个基因的启动子序列呢一个基因的启动子序列是一个基因组区域，位于基因的上游，并能够识别和结合转录因子，调控基因的转录活性。
寻找一个基因的启动子序列可以通过多种方法和技术来进行。
1. 基因组数据挖掘：最简单的方法是使用公开的基因组数据库，例如Ensembl、NCBI等，使用基因名或序列信息目标基因，并获取其序列信息。
这些数据库通常会提供基因的起始位置和上游区域的信息。
2.序列比对和多序列比较：如果基因组数据库中没有目标基因的启动子序列信息，可以通过对已知相关物种的基因组进行序列比对来获取启动子序列。
过去研究或其他相关文献中可能已经报道了该基因位点的启动子信息，可以通过多序列比较来找到高度保守的区域进行分析。
3.实验方法：寻找基因的启动子序列也可以通过实验方法来进行。
以下是几个常用的实验方法：-基因克隆：通过PCR扩增目标基因的上游区域，然后将PCR产物克隆到适当的载体中进行测序。
从测序结果中截取相应的序列作为启动子序列。
- 5' RACE(Rapid Amplification of cDNA Ends)：通过5' RACE技术，可以找到目标基因的转录起始位点，从而确定启动子序列。
这种方法从mRNA上游端引导逆转录聚合酶链式反应(RT-PCR)，然后再通过测序获取启动子序列。
-转录组学方法：RNA测序和转录组学方法可以检测到基因的转录产物，从而很大程度上能够帮助确定启动子序列。
RNA测序可以生成从基因的5'端到3'端的转录产物的序列信息，因此可以利用这些数据来识别基因的启动子区域。
4. 计算方法：计算方法可以利用一些生物学特征或机器学习算法来预测基因的启动子序列。
例如，启动子序列通常富含一些特定的DNA序列模式，如TATA box、CAAT box和GC box等。
利用这些DNA序列模式的分布和相互作用关系，可以预测和确定基因的启动子区域。
在寻找基因的启动子序列时，需要根据研究目的选择适当的方法。
应用UCSC_Ensembl查找基因启动子(promoter)、内含子、外显子序列-表观遗传学论坛-生物秀论坛
在讲述某个基因的启动子查询之间，我们有必要对基础知识进行一下复习和总结。
先看一下中心法则：启动子是在DNA转录为RNA这一步过程中发挥作用的，在此要与顺序数为负（-1，-2，……），向下游（3’端）数的碱基为正（+2，+3，……）区域：启动子的范围非常大，可以包含转录起始位点上游2000bp，有些特定基因的转录区内部也存在着转录因子的结合位点，因此也属于为/。
进入项Genome Browser,进入基因组浏览器入口，如下图在Organism的下拉菜单中选择Rat，在assembly的下拉菜单中选择最新日期Nov. 2004可，如下图所示：然后点击Submit，返回的页面如下：结果显示该基因的已知序列和相关mRNA序列，点击Known Gene中的第一个序列，出现包含这序列的图解概要。
为了获得这个区域更清晰的图像，可以点击紧靠zoom out的1.5X按钮，如下图：对于Known Genes（已知基因）和预测的基因路径来说，一般的惯例是以一个高的垂直线或块状表示每个编码外显子，以短的垂直线或块状表示5′端和3′端非翻译区。
起连接作用的内含子以非常细的线条表示。
翻译的方向由沿着细线的箭头指示。
本例的搜寻目的来说，默认设置不是理想的设置。
按照视图利用页面底部的Track Controls按钮，将一些路径设置为hide模式（即不显示），其他设置为dense模式（所有资料密集在一条直线上）；另一些路径设置为full模式（每个特征有一个分开的线条，最多达300）。
在考虑这些路径内究竟存在那些资料之前，对这些路径的内容和表现做一个简要的讨论是必要的，许多这些讨论是由外界提供给UCSC的。
Ensembl Gene Predictions路径由Ensembl提供。
Ensembl基因通过许多方法来预测，包括与已知mRNA和蛋白质进行同源性比较。
若查询启动子区域，我们需要将Ensembl Genes选择为dense 或full模式，点击Refresh，即刷新，出现下图：图中多出了Ensembl Genes的预测路径，我们在红框中圈出。
如何查找一个基因的启动子序列
定义：启动子是参与特定基因转录及其调控的DNA序列。
包含核心启动子区域和调控区域。
核心启动子区域产生基础水平的转录，调控区域能够对不同的环境条件作出应答，对基因的表达水平做出相应的调节。
区域：启动子的范围非常大，可以包含转录起始位点上游2000bp，有些特定基因的转录区内部也存在着转录因子的结合位点，因此也属于启动子范围。
8票票数Do One Thing, And Do It Well. mybbff edited on 2005-07-22 08:41 举报∙超级细菌耐药性基因多重PCR检测∙【原创】ensembl 改版后如何查找启动子∙【原创】使用UCSC查找一个基因的启动子序列（终）∙【共享】如何查找基因启动子，外显子，内含子序列-最新的资料Revelation 2005-05-07 11:23 消息引用收藏分享分享到哪里？∙复制网址∙新浪微博∙34积分∙12得票∙246丁当加关注∙豆瓣社区∙腾讯微博∙开心网∙人人网下面以BCL-2基因为例，查找查找该基因的启动子区域，首先要找到该基因的基因组序列。
去NCBI吧，在Search的下拉菜单里找到Gene，在检索项里输入Bcl-2，检索第一项就是bcl-2 for human，点进去看看啥样。
0票票数Do One Thing, And Do It Well. 举报∙• 【消息】ACEI + ARB，你给血透患者用这样的组合吗？Revelation∙34积分∙12得票∙246丁当加关注2005-05-07 11:29 消息引用收藏分享分享到哪里？∙复制网址∙新浪微博∙豆瓣社区∙腾讯微博∙开心网∙人人网首先你可以看到该基因的参考序列（reference sequence）,然后看到bcl-2的位置和基因组背景。
bcl-2上游是PHLPP，下游是FVT1基因。
在这个长长的网页的最后是已经注册的Bcl-2基因的信息。
0票票数Do One Thing, And Do It Well. Revelation edited on 2005-05-07 11:59 举报∙基因过表达Revelation 2005-05-07 11:35 消息引用收藏分享分享到哪里？∙复制网址∙新浪微博∙34积分∙12得票∙246丁当加关注∙豆瓣社区∙腾讯微博∙开心网∙人人网看到基因组序列了么，点进去，根据序列信息自己就能定位转录起始位点，上游就是promoter了，简单吧。
应用UCSCEnsembl查找基因启动子(promoter)内含子外显子序列
应用UCSC/Ensembl查找基因启动子(promoter)、内含子、外显子序列启动子的甲基化，转录因子与启动子的结合调控基因的表达等研究领域一直较为热门。
本文图文形式讲解了启动子的概念，利用UCSC如何查找一个基因的启动子序列，以及外显子和内含子序列的显示。
有很多关于此方面的文章由于写作在早期，近年来查询数据库网站的改版使得这些文章有些落伍，使用起来也不方便。
本文是最新的关于查询启动子方法的文章，创作于2009/10/14，大家可以完全按此操作。
在讲述某个基因的启动子查询之间，我们有必要对基础知识进行一下复习和总结。
先看一下中心法则：启动子是在DNA转录为RNA这一步过程中发挥作用的，在此要与DNA自身复制起始点（称作复制子）和由mRNA翻译为蛋白质时的翻译起始点（以起始密码子ATG为标志）区别开来。
定义：启动子是参与特定基因转录及其调控的DNA序列。
包含核心启动子区域和调控区域。
核心启动子区域产生基础水平的转录，调控区域能够对不同的环境条件作出应答，对基因的表达水平做出相应的调节。
启动子是RNA聚合酶特异性识别和结合的部位。
启动子方向性，位于转录起始点上游，本身并不被转录。
DNA链上与RNA链的第一个核苷酸对应的碱基标记为+1（如下图），由此碱基向上游（5’端）数的碱基顺序数为负（-1，-2，……），向下游（3’端）数的碱基为正（+2，+3，……）区域：启动子的范围非常大，可以包含转录起始位点上游2000bp，有些特定基因的转录区内部也存在着转录因子的结合位点，因此也属于启动子范围。
总结起来，也就是说启动子约在与mRNA所对应的DNA序列之前约2000个左右的碱基。
明白了启动子的含义之后，我们以大鼠（rattus norvegicus）的结缔组织生长因子（CTGF）为例，应用UCSC基因组浏览器开始查找该基因的启动子序列。
网址为/。
进入UCSC的主页后，在其左侧（如上图）点击第一项GenomeBrowser,进入基因组浏览器入口，如下图在Organism的下拉菜单中选择Rat，在assembly的下拉菜单中选择最新日期Nov. 2004，在position框中键入CTGF，image width 选择默认即可，如下图所示：然后点击Submit，返回的页面如下：结果显示该基因的已知序列和相关mRNA序列，点击Known Gene 中的第一个序列，出现包含这序列的图解概要。
在UCSC查找可能的启动子
在UCSC查找可能的启动子1、进入网站/index.html。
2、点击Tables菜单，在position后面的搜索框内写入待查的基因名称，点击getoutput。
3、出现一系列候选序列。
当搜索用词不特异的时候会出来太多的结果，只显示500条。
4、点击自己目的基因的结果链接，会出现该基因在染色体上的位置 (有时候会直接跳到选择genome，protein，mRNA那一页面，可能是在搜索词比较特异的情况写)，继续getoutput。
5、选择genome这一项。
6、promoter/up stream前面的框中打勾，一般的启动子长度大约为2kb左右，这个数字可以修改。
为便于观察，可继续修改下面的几个选项。
这里选择CDS大写。
7、点击get sequence即可得到结果。
UTR和upstream是分开的，CDS是大写的，可以看到起始码。
copyATG以前的序列进行启动子分析。
pcr以genome为模板。
在Ensembl查找可能的启动子1、进入网站/index.html，选择物种，填入搜索的基因名称。
2、出来2个结果。
本例中貌似是同一个。
点击相应链接进入新页面。
3、貌似有2个不同的转录本。
点击Exon Info。
4、新页面中即可看到5' upstreamsequence。
可以在Flanking sequence at either end oftranscript后面的框中修改期望显示的序列长度。
一般启动子最好选>2kb。
然后copy所显示的上游序列进行分析。
基因启动子序列的查找知识讲解
一、基因序列查找
NCBI—选择“Gene”—输入基因的名字（eg.p53）--Search
基因序列查找
选择特定物种的p53基因—eg.TP53(human)
基因序列查找
获得TP53基因的详细信息：基因名称、全称、别名、类型等。 下拉获得更多详细信息
基因序列查找
基因组结构：不同版本中，此基因在染色体中的位置、转录方向等。
THE END!
此课件下载可自行编辑修改，仅供参考！ 感谢您的支持，我们努力做得更好！谢谢
Hale Waihona Puke 启动子序列的查找3、确定启动子区与第一外显子区的长度； 进入P53基因mRNA的详细信息界面
启动子序列的查找
3、确定启动子区与第一外显子区的长度； 进入P53基因mRNA的详细信息界面，找到exon（第一外显子）的位置：1-174bp
启动子序列的查找
3、确定启动子区与第一外显子区的长度； •进入P53基因FASTA信息的界面，确定第一外显子的长度： •第一外显子位于基因5’端1-174bp的位置，由于基因为从右向左反向转录，第一外 显子位于启动子（ 7687550-7689550bp ）的左侧174bp：7687376--7687550bp； •第一外显子+启动子： 7687376--7689550bp
启动子序列的查找 1、在NCBI中查找所需的基因（以p53为例）
选择特定物种的P53基因，例如human.
启动子序列的查找
1、在NCBI中查找所需的基因（以p53为例） 获得human p53基因的详细信息
启动子序列的查找
2、确定此基因在染色体上的位置和转录方向（正向/反向）； •在染色体上的位置： Chromosome 17 - NC_000017.11 •转录方向：从右向左，反向转录，说明启动子区与第一外显子区位于 此段基因的右侧。
如何找一个基因的启动子序列呢？
1、UCSC(1）网址：http：//genome.ucsc。
edu/cgi-bin/hgNear在Genome里选择物种，比如human，search里输入你的基因名PTEN，点击Go(2）出现新的页面，看到“Known Gene Names”下面的PTEN了吧，点它(3)又回到了和（1)类似的页面,此时，点击sequence(4）出现一个新的页面，选中promoter,同时可以输入数值修改具体的序列区域，比如Promoter including 2000 bases upstream and 100 downstream,即表示启动子—2000～＋100区域（5）点击“get sequence”，出现页面中最上面的序列“〉uc001kfb.1 (promoter 2000 100) PTEN —phosphatase and tensin homolog”就是你要的人PTEN启动子—2000～＋100区域的序列了2、Ensembl(1）网址：http：//www。
/index.html在“Search Ensembl“标题下search后的下拉框中选中物种名homo sapiens（人），for框中输入基因名PTEN,点击Go(2）出现的新页面中比较乱，但不要管它,直接寻找“Ensembl protein coding gene ”字样的，对,也就是第二个，点击它（3）新出现的页面也很乱，不过依然不用管它，看到左侧有点肉色（实在不知道怎么描述了）的那些选项了吗,对，就是“Your Ensembl"下面那一堆，在里面找“Genomic sequence"，点它（4）现在的界面就一目了然了，在“5’ Flanking sequence”中输入数值确定启动子长度（默认为600)，比如1000,点击update；（5）出现的序列中,标为红色的就是基因的外显子，红色之间黑色的序列就是内含子，而第一个红色自然就是第一外显子了,那么从开始的碱基一直到第一个红色的碱基间自然就是启动子-1000~+1的序列啦这样,你不仅查到了启动子，连它的外显子、内含子序列也全部搞定了3、SIB-EPD（1)网址：http：//www。
如何查找基因的启动子区
如何查找基因的启动子区基因的启动子区是基因的调控区域，其位于基因的上游区域。
启动子区域的特点是具有包括启动子、增强子、转录因子结合位点等在内的一系列调控元件，这些元件共同参与了基因的转录调控。
找到一个基因的启动子区，可以帮助我们理解基因的调控机制，进而揭示基因功能和可能的突变带来的影响。
下面将介绍几种常用的方法来查找基因的启动子区。
1.基于生物信息学的预测方法：在基因组学研究中，有很多基于生物信息学的预测方法可以用来查找启动子区域。
这些方法的基本原理是通过分析DNA序列中的一些保守模体和序列特征来预测潜在的启动子区域。
常用的生物信息学工具有TSSGuru、PromoterInspector、Softberry和PromoterScan等，这些工具常常依赖于一些已知的和保守的启动子模体来进行预测。
2.实验室方法：实验室方法一般用于鉴定启动子区域的转录起始位点（TSS）。
这些方法包括实验室测定的转录起始位点显示法（5'-RACE）和转录起始位点定位法（TSS mapping）。
5'-RACE利用了RNA反转录和PCR扩增的原理，可以将对应于转录起始位点的RNA序列扩增出来，并通过测序鉴定转录起始位点。
TSS mapping是一种高通量测定转录起始位点的方法，它可以通过酶切或测序技术鉴定转录起始位点。
3.基于转录因子结合的方法：转录因子是调控基因表达的关键分子，它们结合到基因的启动子区域上，并激活或抑制基因的转录。
通过研究转录因子的结合位点可以找到潜在的启动子区域。
常用的方法有DNA亲和层析法（DNA affinitychromatography）、ChIP-Seq和DNase-seq等。
其中，ChIP-Seq是一种高通量的方法，可以通过将转录因子与其结合DNA片段一起进行测序，从而确定转录因子结合位点和相关启动子区域。
4.跨物种比较法：在物种间比较的基础上查找启动子区域是一种常用的方法。
如何查找一个基因的启动子序列- UCSC Genome Bioinformatics Site
如何查找一个基因的启动子序列- UCSC GenomeBioinformatics Site来源：shumingky 发布时间：2009-09-13 查看次数：1712本篇文章写于早期，随着UCSC网站的改版，本文部分内容与网站不一致，读者操作起来可能不方便。
为此，站长原创了一篇文章：“应用UCSC/Ensembl查找基因启动子(promoter)、内含子、外显子序列”，大家可按该文章讲述的方法进行查询基因的启动子，这篇文章之所以没删除，原因是其中有些原理性的内容是一致的，读者可将这两篇文章结合起来阅读。
关键词:基因,启动子序列,软件定义：启动子是参与特定基因转录及其调控的DNA序列。
包含核心启动子区域和调控区域。
核心启动子区域产生基础水平的转录，调控区域能够对不同的环境条件作出应答，对基因的表达水平做出相应的调节。
区域：启动子的范围非常大，可以包含转录起始位点上游2000bp，有些特定基因的转录区内部也存在着转录因子的结合位点，因此也属于启动子范围。
这项搜寻要从UCSC基因组浏览器开始，网址为/。
以编码pendrin (PDS)的基因为例来说明上述问题。
PDS与耳蜗的异常发育、感觉神经性听力下降以及弥散性甲状腺增大（甲状腺肿）有关。
进入UCSC的主页后，在Organism的下拉菜单中选择Human，然后点击B rowser。
使用者现在到了人类基因组浏览器入口。
本例的搜寻很简单：在assemb ly的下拉菜单中选择Dec. 2001，在position框中键入pendrin，然后点击Submi t。
返回的页面结果显示一个已知的基因和两个mRNA序列。
继续点击mRNA序列的登录号AF030880，出现包含这个mRNA区域的图解概要。
为了获得这个区域更清晰的图像，点击紧靠zoom out的1.5X按钮。
最后点击页面中部的reset all按钮，使各个路径的设置恢复默认状态。
然而，对于本例的搜寻目的来说，默认设置不是理想的设置。
怎样查找一个基因的启动子区域
6.这时会出来原来可见的序列，但是有变化。但是可见启动子和外显子的地方。
因产物启动子核心启动子t7启动子启动子是否转录cmv启动子强启动子启动子终止子启动子分析启动子序列
怎样查找一个基因的启动子区域
1.将NCBI中想要查找的基因界面打开。
2.查找并点击see related中Ensemble：区域；
3.点击左上角sequence区域；
4.这时右下角会出来一堆序列，红色字母区域为外显子，外显子前面的即为启动子，但是其默认值为600bp，一般的启动子长为3000-5000。所以我们现在要点击基因左边configure this page区域。
一文教会你查找基因的启动子、UTR、TSS等区域以及预测转录因子结合位点
一文教会你查找基因的启动子、UTR、TSS等区域以及预测转录因子结合位点展开全文本文授权转载自科研小助手（ID：SciRes）斜体小一号字体为生信宝典的备注或校正。
基础知识首先我们了解一些基础知识（注：文中图片皆可点击放大查看！）：启动子（promoter）：与RNA聚合酶结合并能起始mRNA合成的序列。
做生信分析时，一般选择上游1 kb，下游 500 nt，也有选上下游各1 kb的。
如果关注核心启动子，可见生信宝典之前发布的Jaspar数据库介绍。
获取正链或负链的启动子序列时要注意方向。
之前awk的教程中有些提及。
转录起始点（TSS）：转录时，mRNA链第一个核苷酸相对应DNA链上的碱基，通常为一个嘌呤。
UTR（Untranslated Regions)：即非翻译区，是信使RNA （mRNA）分子编码区(CDS)两端的非编码片段。
5’-UTR从mRNA起点的甲基化鸟嘌呤核苷酸帽延伸至AUG起始密码子，3’-UTR从编码区末端的终止密码子延伸至多聚A尾巴（Poly-A）的末端。
生信老司机以中心法则为主线讲解组学技术的应用和生信分析心得- 限时免费中讲述了如何基于高通量数据对这些区域的调节变化进行分析，可配合此文观看。
1. 查找基因的启动子区域-NCBI1. 打开PubMed：/pubmed2. 选择Gene，输入IL17A，点击search，结果如下图，点击第一个：3. 下拉到下图位置，可以看到该基因的以下信息：点击Tools，选择Sequence Text View：还可以看到如下序列信息：4. 以上只是该基因的一些信息，可以用于查找相应的UTR等区域，下面进入正题，寻找promoter区域。
还是拉到如下图位置，点击FASTA：5. 基因位置信息如下图：6. 一般认为基因上游2 kb区域为该基因的promoter区域，所以将基因上游2 kb序列调出来：7. 复制上述序列就是基因的启动子序列了。
如何查找基因的启动子及预测转录因子？
如何查找基因的启动子及预测转录因子？最近长链非编码RNA（lncRNA）很火热，好不容易找到了一个心仪的lncRNA（关于怎么找，我们之前也聊过：自己做测序、芯片；从别人的数据里挖据；或移植研究从其他疾病里扯一个过来验证），那么问题来了：分子有了，机制部分我该往哪个方向扯呢？很多人可能都会仔细寻找下游靶分子，以证明该lncRNA参与了xx调控，具有某个功能，表明该lncRNA分子在疾病发生发展过程中起到了很重要的作用。
其实，我们还可以往上游做，以丰富机制研究的深度。
今天我们就聊一聊，预测一下参与调控lncRNA表达转录因子的方法。
今天我们通过2个方式进行预测：方法1、需要用到UCSC、PROMO数据库首先，我们需要找到lncRNA的启动子序列。
打开UCSC数据库：举例：HOTAIR输入：HOTAIR点击GO点击红色的那个序列得到这么一个图，点击红色框，继续点击，得到这个界面，我们需要修改一些参数：转录起始位点上游2000nt和下游100nt区域为我们所选的启动子区。
SubmitOK，启动子序列有了。
拷贝下来。
接下来，我们打开PROMO数据库：在SelectSpecies进行部分设置，Submit另外，如果对转录因子有选择的话，也可以在SelectFactors中进行设置。
最后，我们点击SearchSites将刚刚得到的启动子序列粘贴进行。
另外，默认容错率15%，如果得到的转录因子过多，我们可以进行调整，设置成5%或0%。
Submit/cgi-bin/promo_v3/promo/promo.cgi?dirDB=TF_8.3&idCon=148645 228400&getFile=resumSearchRes.html我最终设置了容错率为15，一共得到了80个预测的转录因子。
那么这些转录因子都有可能与HOTAIR的表达相关，可能存在正向或负向的调控关系。
<可结合另两篇博文找相关系数：1.Oncomine: 一个肿瘤相关基因研究的数据库；2.CRN：肿瘤表型转录组数据库 >方法2、直接通过GeneCards数据库查找相关基因的转录因子选择第一个HOTAIR，得到这个界面，往下拉：点击：See All at QIAGEN得到了很多很多的预测转录因子。
基因的启动子序列，你是怎么找到的？
基因的启动子序列，你是怎么找到的？
启动子（promoter）是与RNA聚合酶结合并能起始mRNA合成的序列。
UTR（Untranslated Regions)：即非翻译区，是信使RNA （mRNA）分子两端的非编码片段。
5'UTR从mRNA起点的甲基化鸟嘌呤核苷酸帽延伸至AUG起始密码子，3'UTR从编码区末端的终止密码子延伸至多聚A尾巴（Poly-A）的末端。
那今天我们就和大家说说如何用万能的PubMed来查找出基因的启动子序列~
首先，打开PubMed（网址：/pubmed）
然后我们可以直接在搜索栏进行查找自己想要的基因
以IL17A为例进行搜索
我们点开第二天进行查看说明
结果中首先说明了这个基因的主要内容
在这，我们可以看见这个基因的一些基本信息
我们在这选择Tools中的Sequence Text View
可以看见，这是基因的一些信息，同时，我们还能查找到相应的区域
选择FASTA
在这，我们就能看见promoter的相关区域，还能查找到不同位置区域的基因。
找到之后，复制出来，就是我们需要的启动子序列了~。
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如何查找一个基因的启动子序列发表者：刘小丰 (访问人次：6102)刘小丰收集整理定义：启动子是参与特定基因转录及其调控的DNA序列。
包含核心启动子区域和调控区域。
核心启动子区域产生基础水平的转录，调控区域能够对不同的环境条件作出应答，对基因的表达水平做出相应的调节。
区域：启动子的范围非常大，可以包含转录起始位点上游2000bp，有些特定基因的转录区内部也存在着转录因子的结合位点，因此也属于启动子范围。
这项搜寻要从UCSC基因组浏览器开始，网址为/cgi-bin/hgGateway。
以编码pendrin (PDS)的基因为例来说明上述问题。
PDS与耳蜗的异常发育、感觉神经性听力下降以及弥散性甲状腺增大（甲状腺肿）有关。
进入UCSC的主页后，在Organism的下拉菜单中选择Human，然后点击Browser。
使用者现在到了人类基因组浏览器入口。
本例的搜寻很简单：在assembly的下拉菜单中选择Dec. 2001，在position框中键入pendrin，然后点击Submit。
返回的页面结果显示一个已知的基因和两个mRNA序列。
继续点击mRNA序列的登录号AF030880，出现包含这个mRNA区域的图解概要。
为了获得这个区域更清晰的图像，点击紧靠zoom out的1.5X按钮。
最后点击页面中部的reset all按钮，使各个路径的设置恢复默认状态。
然而，对于本例的搜寻目的来说，默认设置不是理想的设置。
按照视图利用页面底部的Track Controls按纽，将一些路径设置为hide模式（即不显示），其他设置为dense模式（所有资料密集在一条直线上）；另一些路径设置为full模式（每个特征有一个分开的线条，最多达300）。
在考虑这些路径内究竟存在那些资料之前，对这些路径的内容和表现做一个简要的讨论是必要的，许多这些讨论是由外界提供给UCSC的。
下面是对基因预测方法的更进一步讨论，这些信息也可以在其他地方找到。
对于Known Genes（已知基因）和预测的基因路径来说，一般的惯例是以一个高的垂直线或块状表示每个编码外显子，以短的垂直线或块状表示5′端和3′端非翻译区。
起连接作用的内含子以非常细的线条表示。
翻译的方向由沿着细线的箭头指示。
Known Genes来自LocusLink内的mRNA参照序列，已经利用BLAT程序将这些序列与基因组序列进行比对排列。
Acembly Gene Predictions With Alt-splicing路径是利用Acembly程序将人类mRNA 和EST序列数据与人类基因组序列进行比对排列而来的。
Acembly程序试图找到mRNA与基因组序列的最好的比对排列以及判断选择性剪接模型。
假如有多于1个的基因模型具有统计学意义，则它们都全部显示出来。
有关Acembly的更多信息可以在NCBI的网站找到（/IEB/Research/Acembly/）。
Ensembl Gene Predictions路径由Ensembl提供。
Ensembl基因通过许多方法来预测，包括与已知mRNA和蛋白质进行同源性比较，ab initio基因预测使用GENSCAN和基因预测HMMs。
/ensembl/ Fgenesh++ Gene Predictions路径通过寻找基因的结构特征来预测基因内部的外显子，例如剪接位点的给位和受位的结构特征，利用一种动态的程序算法推定编码区域和推定外显子5′端和3′端的内含子区域；这个方法也考虑到蛋白质相似性的资料。
Genscan Gene Predictions路径由GENSCAN方法衍生而来，通过这个方法，可以确定内含子、外显子、启动子区域和poly(A)信号。
此时，这个方法并不期望查询的序列只出现1个基因，因此可以对部分基因或被基因之间的DNA分隔的多个基因进行准确的预测。
Human mRNAs from Genbank路径显示基因库的人类mRNAs与基因组序列的比对排列。
Spliced ESTs和Human EST路径显示来自GenBank的ESTs序列与基因组的序列对齐比较。
由于ESTs通常代表了转录基因的片断，一个EST很有可能对应于某个外显子区。
最后，Repeating Elements by RepeatMasker这个路径显示的是重复元件，例如散在的或长或短的核元素(SINEs和LINEs)，长末端重复序列(LTRs)和低复杂性区域(/cgi-bin/RepeatMasker)。
一般来说，在将基因预测方法应用于核苷酸序列之前，需要去掉或掩饰这些成分。
回到视图显示的例子，可以看到大多数路径返回了几乎同样的基因预测结果。
作为一个规则，通过多种方法预测的外显子提高了预测的正确率而不会出现“假阳性”结果。
多数方法显示3′端非翻译区，以左侧大而短的块状表示。
Acembly路径显示除了全长序列产物（如这个部分第3条线所示）之外还有3个可能的选择性剪接，其它大多数路径显示与此预测结果相符。
Genscan路径从左、右方向往远处延伸：GENSCAN可以被用于预测多个基因。
尽管这些图解概要很有用，然而研究者更需要与这些垂直线或块状相对应的序列。
以此为例，用Fgenesh++预测作为获得原始序列数据的基础，但不管选择哪个路径其步骤都是一样的。
点击标有Fgenesh++ Gene Predictions的路径，出现的是一个描述预测的概要页面。
序列的区域与pendrin基因相似（从这个例子一开始就已经知道了）。
给出了序列的大小及序列开始和结束的预测，并显示预测是以负链为基础的。
想要获得序列，点击Genomic Sequence。
使用者将被带到一个标题为Get Genomic Sequence Near Gene的查询页面，在这个页面上，可以获得转录物、编码区、启动子或转录物加启动子的序列。
点击Transcript返回的页面显示完整的转录子，外显子以大写字母表示。
点击Coding Region Only得到的是编码区,外显子以大写字母表示。
点击Transcript + Promoter，返回的页面显示的是在上述选择Transcript所获序列的5′端添加了启动子序列，以大写字母表示外显子。
启动子的长度显示在文本框内。
点击Promoter返回的页面正好是启动子区2 基因启动子序列的预测分析真核细胞的基因表达调节虽然是多个水平的调节,但主要是转录水平的调节. 转录水平的调节基础就是转录因子蛋白与启动子DNA序列之间的结合和激活. 转录因子蛋白的结构可以分成结合域(BD，binding domain)以及激活域(AD，activation domain). 作为基因启动子DNA的序列也具有特征性的结构. 但是相比较而言，目前基因启动子以及转录因子蛋白结合的种类，积累的资料还十分有限，数据库容量偏小，计算技术相对滞后，其预测结果仅供参考，还必须结合其他的分子生物学技术进行证实.一般情况下，确定了一种新基因的编码区序列之后，通过与htgs数据库的同源性比对，可以很方便地确定其相应的基因组DNA序列. 在确定编码基因的起始密码子之后，指导基因表达的启动子序列一般位于其上游基因序列300-3 000 nt之间，鲜有例外. 可以从翻译起始密码子上有的基因组DNA序列，选取3 000 nt左右的核苷酸序列进行生物信息学分析. 例如可以应用在线软件分析技术，或自行研发的启动子序列分析技术等软件分析，如：http://www.cbs.dtu.dk/services/promoter/、/cgi-bin/seq_tools/promoter.pl，/molbio/proscan/等. 根据这些软件分析的结果，首先确定进行缺失突变体构建时应该采用的引物序列，如果一段序列的缺失导致报告基因表达水平的升高，那么说明这一段基因序列存在着启动子的静息子(silencer)的序列，对于基因的表达水平具有负调节作用. 通过逐步缺失的策略，最终确定启动子DNA的核心序列. 报告基因表达载体的构建以及细胞转染技术，仍然是目前研究基因启动子序列活性最为基本的方法.研究转录因子蛋白的结合及其对基因表达水平的调节作用和性质有许多技术,但是利用生物信息学技术预测的启动子DNA序列的结合的转录因子蛋白结果只有部分参考的意义. 凝胶迟滞(gel shift)试验、超级迁移实验(super shift)、竞争性结合实验、酵母单杂交技术(yeast one hybrid)、噬菌体展示技术(phage display)等在转录因子蛋白与启动子DNA 序列结合的研究中具有重要应用前景.干擾素γ增強GH3細胞中人生長激素基因表達機制干擾素γ,生長激素基因啟動子,GH3細胞,熒光素酶報告基因interferon-γ,hGH gene promoter,GH3 cell line,luciferase reporter gene為了研究干擾素γ(IFN-r)對大鼠垂體GH3細胞中人生長激素(hGH)基因啟動子活性的影響及其可能的作用機制，採用熒光素酶報告基因方法，將含hGH基因啟動子(-484~2bp)和熒光素酶報告基因的表達質粒pGL3-484-Luc單獨轉染或與垂體特異性核轉錄因子Pit-1蛋白表達質粒(pcDNA-Pit-1-cDNA)或Pit-1反義寡核苷酸(Pit-1 OND)共轉染於大鼠垂體GH3細胞中，觀察加入IFNγ及細胞內信號轉導途徑的抑制劑後GH3細胞中熒光素酶表達的變化，反映其對hGH啟動子活性的影響；將含不同長度hGH基因啟動子序列的熒光素酶表達質粒pGL3-380-Luc(-380~2bp)、pGL3-250-Luc(-250~2bp)、pGL3-132-Luc(-132~2bp)和pGL3-66-Luc(-66~2bp)分別轉染GH3細胞，觀察它們對IFN-γ的反應，以尋找IFN-γ影響hGH基因啟動子活性的關鍵序列。
結果表明，IFN-γ(10^5u/L, 10^6u/L)均能促進大鼠垂體GH3細胞中熒光素酶的表達，最高達對照組的131%(P<0.001)；在胞內信號轉導抑制劑中，只有絲裂原活化蛋白激酶(MAPK)信號轉導途徑抑制劑PD98059(40μmol/L)，能完全阻斷IFN-γ的促進作用；Pit-1蛋白過表達和表達被抑制對IFNγ的促進作用沒有影響；含不同長度hGH基因啟動子序列質粒中，只有pGL3-380-Luc和pGL3-250-Luc仍具有對IFN-γ的反應性。
這說明IFN-γ能增強大鼠垂體GH3細胞中hGH基因的啟動子的活性，此作用可能是通過激活細胞內依賴MAPK的途徑完成的，並與hGH基因上游-250~-132bp啟動子序列密切相關，但與垂體特異性核轉錄因子Pit-1蛋白關係不大。