细菌基因组DNA的提取
实验细菌基因组DNA的提取
原
因
1. 材料不新鲜或反复冻
融
2. 未很好克制内源核酸 酶旳活性
3. 提取过程操作过于剧
对 策
烈,DNA被机械打断
4. 外源核酸酶污染
5. 反复冻融
1. 尽量取新鲜材料,低温保存材料防 止反复冻融
2. 液氮研磨或匀浆组织后,应在解冻 前加入裂解缓冲液
3. 在提取内源核酸酶含量丰富旳材料 旳DNA时,可增长裂解液中螯合剂 旳含量
如:苯酚、氯仿、盐酸胍、DEPC
核酸制备中常用旳酶
DNase RNase 蛋白酶K 溶菌酶
核酸提取旳一般过程 1)破碎细胞(预防核酸酶旳作用)
微生物:溶菌酶、SDS裂解。 高等植物:捣碎器破碎、液氮研磨。
酶法:蛋白酶,如胰蛋白酶, 冰冻法:反复冻融或液氮冻后组织捣碎。 动物:液氮处理后用匀浆器破碎。 细胞器DNA:首先纯化细胞器。
一、试验原理
2、核酸制备旳一般原则
分离纯化核酸总旳原则: ①应确保核酸一级构造旳完整性; ②排除其他分子旳污染。
核酸纯化应到达旳要求: ①核酸样品中不应存在对酶有克制作用旳有机溶剂和过高 浓度旳金属离子; ②其他生物大分子旳污染应降低到最低程度; ③排除其他核酸分子旳污染。
一、试验原理
3、核酸制备旳一般原则
一、试验原理
4、核酸制备旳一般措施和原理
核酸酶旳克制和克制剂 降低温度,变化pH及盐旳浓度,都利于对核酸酶
活性旳克制,但均不如利用核酸酶克制剂更有利,当 然,几种条件并用更加好。
对于DNA,克制DNase活力很轻易,但预防机械 张力拉断则更主要。
对于RNA,因分子较小,不易被机械张力拉断, 但克制RNase活力较难,故在RNA提取中设法克制 RNase更主要。
细菌基因组dna提取原理
细菌基因组dna提取原理
细菌基因组DNA提取是通过一系列化学和物理方法将细菌细
胞中的DNA分离出来的过程。
以下是细菌基因组DNA提取
的原理:
1. 细胞破碎:首先,细菌细胞需要被破碎以释放DNA。
这可
以通过物理方法(如超声波处理或振荡器震荡)或化学方法(如细菌细胞壁消化酶的作用)来实现。
2. DNA溶解:破碎的细胞中,DNA需要被从其他细胞组分
(如蛋白质、RNA等)中分离出来。
加入适当的缓冲液可以
帮助DNA在水中溶解,并防止其被降解。
3. 蛋白质去除:细胞溶液中的蛋白质可通过加入蛋白酶K等
蛋白酶来消化。
蛋白酶可以将蛋白质分解为小片段,使其易于去除。
4. RNA去除:通过加入DNase酶,可将RNA降解为核苷酸
单元,并与其配体结合。
随后,加入酸性酚和氯仿,RNA可
在其中分配到的有机相中离心沉淀,从而与DNA分开。
5. DNA沉淀:通过加入醇(如乙醇或异丙醇)和盐(如乙酸
钠或氯化钠),DNA可以沉淀出来。
醇可以使DNA不溶于溶液中,盐可以中和溶液中的带电颗粒,如离子。
6. 洗涤:沉淀的DNA需要被洗涤以去除残留的盐和其他杂质。
这可以通过使用酒精洗涤和离心步骤来实现。
7. 重溶:最后,沉淀的DNA会在某种缓冲液中重溶,以便进行后续的实验操作,如PCR扩增、测序等。
通过以上步骤,我们可以从细菌中高纯度地提取出基因组DNA,为后续分子生物学研究提供基础。
细菌基因组DNA的提取
二、实验原理
核酸制备的一般原则
分离纯化核酸总的原则: (1)应保证核酸一级结构的完整性 (2)排除其他分子的污染
核酸纯化应达到的要求: (1)核酸样品中不应该存在对酶有抑制作用的有机溶剂和过高 浓度的金属离子: (2)其他生物大分子的污染应降低到最低程度 (3)排除其他核酸分子的污染
三、核酸制备的步骤
破碎细胞
提取 纯化
裂解液的制备 将DNA结合 加入漂洗液 加入洗脱
到吸附柱上
缓冲液
获得DNA 溶液
四、实验步骤
(1)取细菌培养液 1ml,10000r/min离心1min,尽量吸净上清。 (2)向菌体沉向管中加入20μl Proteinase K溶液,混匀。 (4)加入220μl缓冲溶液GB,振荡15s,70℃放置10min,溶液变清亮,简短离心去除管盖内壁的水珠。 (5)加220μl无水乙醇,充分振荡混匀15s,此时可能会出现沉淀,简短离心以去除管盖内壁的水珠。 (6)将上一步所得溶液和絮状沉淀都加入一个吸附柱CB3中(吸附柱放入收集管中),12000rpm离 心30s,倒掉废液,将吸附柱CB3放入收集管中。 (7)向吸附柱CB3中加入500μl缓冲溶液GD(使用前先检查是否加入无水乙醇),12000rpm离心 30s,倒掉废液,将吸附柱CB3放入收集管中。 (8)向吸附柱CB3中加入600μl 漂洗液PW(使用前先检查是否加入无水乙醇),12000rpm离心30s, 倒掉废液,将吸附柱CB3放入收集管中。 (9)重复操作步骤8。 (10)将吸附柱CB3放回收集管中,12000rpm离心2min,倒掉废液。将吸附柱CB3置于室温放置数 分钟,以彻底晾干吸附材料中残余的漂洗液。 (11)将吸附柱CB3转入一个干净的离心管中,向吸附膜的中间部位悬空滴加50-200μlTE,室温放置 2-5min,12000rpm离心2min,将溶液收集到离心管中。
基因组DNA提取
基因组DNA的提取一、从哺乳动物组织提取基因组DNA实验材料:液氮、消化缓冲液、PBS(冰冷)、25:24:1酚/氯仿/异戊醇、7.5M乙酸铵、无水乙醇及70%乙醇、0.1%SDS、RNA酶、TE缓冲液(pH8.0)、离心管、研钵、冷冻离心机。
实验步骤:1.取新鲜或冰冻动物组织块,剪成小块。
置于液氮中冻结。
2.将500mg的组织用预冷的研钵和研杵研碎,或用小锤子将其捣为细粉末,每100mg组织用1.2 mL消化缓冲液悬浮。
3.将6ml样品在盖紧的离心管中于50℃摇荡下温育12~18 h。
4.用6ml酚/氯仿/异戊醇抽提样品,1700g离心10 min。
如果样品溶解得不好,再加6ml不含蛋白酶K的消化缓冲液,并重复离心。
如果在界面上有一层厚的白色物质,重复有机抽提,将上层(水溶液)转移至一个新管中。
5.加入6ml 7.5M乙酸铵和24ml 100%乙醇,1700g离心2 min。
6.用70%乙醇洗涤,晾干,沉淀用TE缓冲液重新溶解,使终浓度在约1mg/mL左右。
7.加入0.1%的SDS和1pg/mL无DNA酶的RNA酶,37℃温育1h,以除去残留的RNA.重复步骤 4~5。
二、从植物组织提取基因组DNA实验材料:液氮/干冰、2-巯基乙醇(2-ME)、 CTAB抽提液、CTAB/NaCl溶液、24:1(v/v)氯仿/异戊醇、CTAB沉淀液、高盐TE缓冲液、80%乙醇、TE缓冲液、抗有机溶剂的试管和烧杯、研钵和研杵、粉碎器/匀浆器、捣碎机、恒温金属浴、冷冻离心机。
实验步骤:1.取1g的鲜叶组织,在3.2ml CTAB抽提液中加入0.8ml 2-巯基乙醇,使终浓度达2%(v/v)。
将此溶液及1ml CTAB/NaCl溶液加热至65℃。
2.用液氮(-196℃)或干冰(一78℃)冷却粉碎器/匀浆器,将植物组织粉碎成为细粉,然后将冷冻的组织转移到一个抗有机溶剂的试管或烧杯中。
3.往粉碎的组织中加入预热的2-ME/CTAB,混合使之充分湿润,65℃温育10~60min,不时混匀:4.用4ml的24:1氯仿/异戊醇抽提匀浆液,颠倒使充分混合,于4℃, 7500g离心5 min(对于小样品,在离心机上以10000 r/min离心),回收上(水)相。
(一)细菌基因组DNA的提取
(一)细菌基因组DNA的提取1.试剂1)CTAB/NaCl溶液:4.1g NaCl溶解于80mL H2 O,缓慢加入10g CTAB,加水至100mL。
2)其它试剂:氯仿:异戊醇(24:1),酚:氯仿:异戊醇(25:24:1),异丙醇,70% 乙醇,TE,10% SDS,蛋白酶K (20mg/mL或粉剂),5mol/L NaCl。
2.操作步骤:1)100mL 细菌过夜培养液, 5000rpm离心10分钟, 去上清液。
2)加9.5mL TE悬浮沉淀, 并加0.5 mL 10% SDS, 50 μL 20mg/mL(或1mg干粉)蛋白酶K, 混匀, 37℃保温1小时。
3)加1.5mL 5mol/L NaCl, 混匀。
4)加1.5mL CTAB/NaCl溶液, 混匀, 65℃保温20分钟。
5)用等体积酚:氯仿:异戊醇(25:24:1)抽提, 5000rpm离心10分钟, 将上清液移至干净离心管。
6)用等体积氯仿:异戊醇(24:1)抽提, 取上清液移至干净管中。
7)加1倍体积异丙醇, 颠倒混合, 室温下静止10分钟,沉淀DNA。
8)用玻棒捞出DNA沉淀, 70%乙醇漂洗后, 吸干,溶解于1mL TE, -20℃保存。
如DNA沉淀无法捞出,可5000rpm离心, 使DNA沉淀。
(二)细胞基因组DNA的提取Each sample + TNES buffer 500 μL +proteinase K 25 μL → 55 °C, 750 rpm, 2hr →+150 μL 6M NaCl, vortex → spin 5 min, Max, romm temperature (RT) →isolate supernatant + 600 μL cold ethanol (95%), vortex → spin 5 min, Max, RT→ precipitation + 75% ethanol, RT, Vortex → spin 5 min, Max, RT →precipitation+50 μL TE buffer (10× stock solution), keep in 4 °C.(三)Chelex法抽提DNA1.用无菌棉签取双侧颊粘膜拭子,室温下自然干燥过夜,在无菌容器中保存。
细菌dna的提取实验报告
细菌dna的提取实验报告
《细菌DNA的提取实验报告》
实验目的:通过提取细菌DNA,掌握DNA提取的基本原理和方法,以及了解
细菌DNA的结构和特点。
实验材料:
1. 大肠杆菌样品
2. 细菌培养基
3. 离心管
4. 离心机
5. 离心管架
6. 琼脂糖
7. 蒸馏水
8. 离心管架
9. 乙醇
10. 磷酸缓冲液
11. 离心管架
12. DNA提取试剂盒
实验步骤:
1. 取一支含有大肠杆菌的培养基样品,将其转移到离心管中,并进行离心分离。
2. 将上清液倒掉,留下菌体沉淀。
3. 加入磷酸缓冲液,将菌体彻底悬浮。
4. 加入琼脂糖,将菌体再次离心分离。
5. 倒掉上清液,留下菌体沉淀。
6. 加入DNA提取试剂,彻底溶解菌体。
7. 加入乙醇,使DNA沉淀出来。
8. 用蒸馏水洗涤DNA沉淀,最终得到纯净的细菌DNA。
实验结果:
经过提取实验,成功得到了纯净的细菌DNA。
在电泳实验中,观察到明显的DNA条带,证明提取得到的DNA质量较高。
实验结论:
通过本次实验,我们掌握了细菌DNA提取的基本原理和方法,了解了细菌DNA的结构和特点。
同时,也加深了对DNA提取技术的理解,为今后的实验和研究打下了坚实的基础。
细菌DNA的提取实验是生物学和分子生物学领域中的重要实验之一,它不仅可以帮助我们了解细菌的遗传信息,还可以为基因工程和生物技术的发展提供重要的实验数据。
希望通过这篇实验报告,能够对细菌DNA提取实验有一个更深入的了解,为相关领域的学习和研究提供帮助。
细菌基因组实验报告心得
一、实验背景随着生物技术的发展,细菌基因组研究已成为微生物学领域的重要研究方向。
通过对细菌基因组进行深入研究,我们可以了解细菌的遗传信息、生物学特性以及与人类健康的关系。
本实验旨在通过提取细菌基因组DNA,进行PCR扩增、测序和生物信息学分析,探讨细菌的基因组结构和功能。
二、实验过程1. 细菌基因组DNA提取实验中,我们选取了常见的细菌菌株作为研究对象,采用酚-氯仿法提取细菌基因组DNA。
具体步骤如下:(1)将细菌培养至对数生长期,收集菌液。
(2)加入适量的SDS和蛋白酶K,充分混匀,进行细胞裂解。
(3)加入酚-氯仿,混匀,离心分离。
(4)取上清液,加入等体积的异丙醇,混匀,离心沉淀。
(5)用75%乙醇洗涤沉淀,干燥,溶解于TE缓冲液中。
2. PCR扩增为了获得细菌基因组中的特定基因片段,我们采用PCR技术进行扩增。
具体步骤如下:(1)设计特异性引物,用于扩增目标基因。
(2)配制PCR反应体系,包括模板DNA、引物、dNTPs、Taq酶等。
(3)进行PCR扩增,包括预变性、变性、退火、延伸等步骤。
(4)扩增产物进行琼脂糖凝胶电泳检测。
3. 基因组测序将PCR扩增产物进行纯化,然后进行测序。
测序结果经过比对和组装,得到细菌基因组的完整序列。
4. 生物信息学分析利用生物信息学软件对测序结果进行注释、比较和分析,了解细菌基因组的结构和功能。
三、实验心得1. 实验过程中,我们充分认识到细菌基因组研究的重要性。
通过对细菌基因组的深入研究,我们可以揭示细菌的生物学特性、进化关系以及与人类健康的关系。
2. 在实验操作中,我们学会了酚-氯仿法提取细菌基因组DNA、PCR扩增、测序和生物信息学分析等关键技术。
这些技术为今后的研究奠定了基础。
3. 实验过程中,我们遇到了一些问题,如DNA提取效率低、PCR扩增产物不稳定等。
通过查阅文献、请教老师和同学,我们找到了解决问题的方法,提高了实验成功率。
4. 实验过程中,我们深刻体会到团队协作的重要性。
细菌基因组DNA大量提取试剂盒使用说明
细菌基因组DNA大量提取试剂盒使用说明一、试剂盒的组成和保存1. 试剂盒通常包含以下试剂:细菌裂解液、蛋白酶K、RNase A、乙酰乙酸钠、异丙醇、异待戊酸酒精和洗涤缓冲液等。
所有试剂均应在4℃保存,并避免光照。
2.打开试剂盒后,应将所有试剂恢复至室温后再进行实验。
二、细菌样品的准备1. 选择要提取DNA的细菌菌株,并以合适的培养基进行预培养,至菌液浓度达到0.5-1.0 McFarland标准。
通常需要提取500μl菌液。
2.将细菌菌液用低速离心(1,500×g,10分钟),倒掉上清液。
3. 用无菌PBS洗涤细菌沉淀物,将其转移到1.5ml离心管中,并用PBS以适量体积使菌液悬浮。
三、DNA提取1.加入500μl裂解液到离心管中,并充分混匀,然后孵育于65℃恒温水浴中30分钟。
期间轻轻摇荡离心管。
**注意:**为了最大限度地保证DNA提取效果,裂解液应充分混合,可以通过轻轻翻转离心管或用手轻轻转动溶液达到混匀的目的。
2. 在65℃恒温水浴中孵育结束后,加入50μl蛋白酶K和5μl RNase A,轻轻颠倒离心管以混匀。
3.再次将离心管放回65℃恒温水浴中孵育60分钟。
4.取出离心管,加入300μl异酸醇,轻轻颠倒离心管以混匀,然后在冰上静置5分钟。
5.离心管离心(12,000×g,5分钟,4℃),将上清液转移到新的离心管中。
6. 加入1ml异待戊酸酒精,轻轻颠倒离心管以混匀。
7.离心管离心(12,000×g,5分钟,4℃),将上清液倒掉。
8. 加入1ml 75%乙醇洗涤缓冲液,轻轻颠倒离心管以混匀。
9.离心管离心(12,000×g,5分钟,4℃),将上清液倒掉。
10.将离心管放置在80℃干燥箱中,使DNA片段溶于无菌水中。
四、DNA质量检测和存储1.使用比色计或荧光检测仪检测提取的DNA浓度和纯度。
2.将DNA保存在-20℃冷冻保存。
**注意事项:**1.实验操作过程中请严格遵守无菌操作规范,避免污染。
细菌dna的提取实验报告
细菌dna的提取实验报告细菌DNA的提取实验报告引言:DNA(脱氧核糖核酸)是生物体内的遗传物质,携带着生命的基本信息。
对于细菌来说,DNA的提取是研究其遗传特性和进化过程的重要手段。
本实验旨在通过提取细菌DNA,了解其结构和功能。
材料与方法:1. 细菌培养物:选择一种常见的细菌菌株,如大肠杆菌。
2. 细菌培养基:含有必需营养物质的培养基。
3. 细菌培养器具:培养皿、试管、移液器等。
4. 提取试剂:细胞裂解缓冲液、蛋白酶K、异丙醇等。
步骤:1. 准备培养基:按照说明书将培养基溶解于适量的蒸馏水中,并灭菌。
2. 培养细菌:将细菌菌株接种于培养基中,放入培养器中,在适宜的温度和湿度下培养一段时间,使细菌繁殖。
3. 收集细菌:将培养皿中的菌落取出,转移到试管中。
4. 细菌裂解:向试管中加入适量的细胞裂解缓冲液,用移液器轻轻混合,使细菌细胞破裂释放DNA。
5. 蛋白酶处理:加入适量的蛋白酶K,使其降解蛋白质,避免在DNA提取过程中的干扰。
6. DNA沉淀:向试管中加入等体积的异丙醇,轻轻摇动试管,使DNA沉淀形成。
7. DNA收集:用移液器将DNA沉淀转移到另一个试管中,去除异丙醇。
8. DNA溶解:加入适量的蒸馏水,轻轻摇动试管,使DNA溶解。
结果与讨论:经过上述步骤,我们成功地提取到了细菌的DNA。
下面将对实验结果进行讨论。
1. DNA的外观:提取得到的DNA呈现为无色透明的溶液状,可以通过肉眼观察到。
2. DNA的浓度:可以通过分光光度计等仪器测量DNA的浓度,以确定提取的DNA量是否足够。
3. DNA的纯度:通过比色法或凝胶电泳等方法,可以评估DNA的纯度,即DNA中是否含有杂质。
4. DNA的稳定性:提取得到的DNA可以在低温下长期保存,以便后续的实验研究。
细菌DNA的提取是研究细菌遗传特性和进化过程的基础。
通过提取DNA,可以进行PCR扩增、测序、基因克隆等实验,进一步了解细菌的基因组结构和功能。
细菌基因组的抽提
细菌基因组DNA的提取方法综述,提供了5种方法。
1 快速微量提取法A.取1.5ml菌体培养物于一灭菌Ep管中,12000rpm离心1min, 丢去上清夜,收集菌体。
B.加入400ul裂解液(40mMTris-醋酸,20mM醋酸钠,1mMEDTA,1%SDS,pH7.8)混匀,置于37o C水浴1hr。
C.然后加入200ul5mol/L的氯化钠溶液,混匀后于13000rpm离心15min。
D.取上清液,用苯酚抽提2次,氯仿抽提1次。
E.加两倍体积无水乙醇,1/10体积醋酸钾(3M ,pH8.0),-20度保存1小时后,13000rpm离心15min,弃上清液,沉淀用70%乙醇洗2次;置于室温干燥后,溶于50ulTE溶液中,置4℃保存备用。
2 蛋白酶/SDS法制备先用10ml含适当抗生素的GBM过夜培养Delftia sp.,第二天4000rpm离心10min收集菌体,用Washing TE (50mmol/LTris-HCl pH8.0,10mmol/LEDTA pH8.0)洗菌体2次,之后将菌体充分悬浮在5ml 1×TE缓冲液中,先后加入0.5ml 5mg/L的蛋白酶、0.5ml 10% SDS,轻轻混匀后50℃放置3h~5h,接着用等体积的Tris 饱和苯酚抽提2次,苯酚/氯仿/异戊醇抽提一次,氯仿抽提一次后,乙醇沉淀DNA,用自动移液器吸管头将絮状DNA沉淀块吸附到Ep管中,70%乙醇洗2次,干燥后溶于适当1×TE或ddH2O中。
31) 细菌培养:细菌接种于5ml液体培养基中,37℃摇床(300rpm)培养过液。
2) 细菌收集:取1ml培养物于1.5ml EP管中,室温8000rpm离心5min,弃上清,沉淀重新悬浮于1ml TE (pH8.0)中(用ddH2O也行)。
3) 菌体裂解:加入6μl 50mg/ml的溶菌酶,37℃作用2h。
再加2mol/LNaCl50μl,10%SDS 110μl,20mg/ml 的蛋白酶K 3μl,50℃作用3h或37℃过夜。
细菌基因组DNA提取方法
细菌基因组DNA提取方法1、取1.5mL菌液于2mL 离心管,12000rpm离心5min,弃上清;2、加入600ul 1xTE 重悬菌体沉淀,4℃ 12000rpm离心5min,弃上清;3、加入450ul 1xTE和50ul 10mg/mL 溶菌酶和10ul 100mg/mL 蜗牛酶,吹吸混匀,37℃孵育1h(或4℃过夜),每隔15min颠倒混匀一次;4、加入600ul TENS裂解液,和与沉淀等体积的玻璃珠,吹吸混匀,涡旋震荡10min 后,再加入30ul 20mg/mL 蛋白酶K,吹吸混匀,55℃孵育1h,每隔15min颠倒混匀一次;5、4℃ 12000rpm离心10min,转移上清至另一个干净的1.5mL 离心管;6、加入等体积的酚:氯仿:异戊醇(25:24:1),充分混匀,-20℃静置2min,4℃ 12000rpm 离心5min;7、转移上清至另一个干净的 1.5mL 离心管,加入等体积的氯仿:异戊醇(24:1),充分混匀,-20℃静置2min,4℃ 12000rpm离心5min;8、转移上清至另一个干净的1.5mL 离心管,加入1/10 体积的3M 醋酸钠,2倍体积(加入醋酸钠后的终体积)预冷的无水乙醇,充分混匀,-20℃沉淀2h。
(或加入0.6-0.8倍体积的异丙醇,-20℃沉淀2h),4℃ 12000rpm离心10min,弃上清;注:如需得到纯度更高的样品,可先用异丙醇沉淀,无菌水充分溶解后,离心取上清,再用醋酸钠+无水乙醇沉淀一次。
9、加入600ul 预冷的70%乙醇洗涤DNA沉淀,颠倒混匀,4℃ 12000rpm离心5min,弃上清;重复洗涤一次。
10、吸干离心管中的残留液体,待离心管风干后,加入30ul 无菌水和0.5ul 10mg/mL 的RNase A,吹吸混匀,取3ul电泳检测,剩余置于-20℃保存。
附:一、所需仪器恒温水浴锅、高压灭菌锅、高速冷冻离心机、超净工作台、通风橱、电子天平、称量纸、药匙、各种规格移液器及吸头、剪刀、1.5mL离心管、2mL离心管、15mL离心管、50mL离心管、涡旋震荡仪、掌上离心机、4℃及-20℃冰箱、微波炉、电泳仪、凝胶成像仪、Nanodrop微量分光光度计、烧杯、三角瓶、量筒、玻璃棒、封口膜、橡皮筋。
细菌基因组DNA提取实验
细菌基因组DNA提取实验标签:细菌基因组DNA 提取细菌基因组DNA提取可以:(1)获得细菌基因组DNA;(2)作为PCR模板;(3)用于测序、遗传信息分析等。
实验方法细菌基因组DNA试剂盒提取法实验方法原理本试剂盒采用独特的细胞裂解和相分离技术,结合DNA 制备膜选择性地吸附DNA 的方法达到纯化基因组DNA 的目的。
适合于从1.0×109细菌中获得多至20 μg 的基因组DNA。
用于PCR、Southern 印迹分析、RAPD、RFLD 等分子生物学实验。
实验材料细菌培养物试剂、试剂盒细菌基因组DNA试剂盒仪器、耗材DNA 制备管小量滤器离心管实验步骤一、试剂盒组成、贮存、稳定性1. 说明书,耗材:DNA 制备管,小量滤器,2 ml 离心管,1.5 ml 离心管。
2. RNase A:50 mg/ml,室温保存。
3. 溶菌酶:50%甘油溶解溶菌酶,使溶菌酶浓度为50 mg/ml,-20℃密闭贮存。
4. Buffer S:细菌原生质制备液,加入RNase A 后,4℃密闭贮存。
5. 0.25M EDTA:室温密闭贮存。
6. Buffer G-A:裂解液,室温密闭贮存。
7. Buffer G-B:蛋白去除液,室温密闭贮存。
8. Buffer DV-A:Buffer DV 的制备液,请参照实验准备Buffer DV 的配制方法配制,室温密闭贮存。
9. Buffer DV:相分离液,室温密闭贮存。
10. Buffer BV:DNA 结合液,室温密闭贮存。
11. Buffer W1:洗涤液,室温密闭贮存。
12. Buffer W2 concentrate:去盐液。
使用前按试剂瓶上指定的体积加入无水乙醇并混合均匀,室温密闭贮存。
可用100%乙醇或95%乙醇。
13. Eluent :2.5 mM Tris-HCl,pH 8.5,室温密闭贮存。
二、实验准备1. 第一次使用时,在Buffer W2 中按试剂瓶上指定的体积加入无水乙醇并混合均匀。
细菌DNA提取方法
细菌DNA提取方案细菌DNA提取方案:革兰氏阴性菌,如E.coli,一般有三种可以选择的方法。
一、水煮模板法——主要用于PCR反应1、接种单菌落于LB或脑心平板,连续画线,37摄氏度培养18-24小时。
2、刮取1~2接种环菌苔加入150微升三蒸水中,混匀,100摄氏度煮沸10分钟。
3、12000转/分钟离心10分钟,取上清,-20摄氏度保存备用。
操作最简便,对试剂条件要求低。
缺点是纯度不够高,可能会含有RNA、蛋白等杂质。
但是作为一般检测目的的PCR反应模板已经足够了。
有人称扩增4kb以下片段都可用此种方法制取模版,编者用此类模板PCR可以扩增到3500bp的片段。
编者建议:此法得到的模版保存时间短,强烈建议每月重新制作一次。
二、CTAB/NaCl 法1、接种一单菌落于5mlLB中,30℃培养过夜,2、取1ml种子培养液接入100ml2%LB中,37℃、220r/min培养16小时;3、5000r/min离心10分钟,弃去上清。
4、加入10mlTE离心洗涤后,用10mlTE溶解菌体,混匀,-20℃保存备用。
5、取3.5ml菌悬液,加入184μl10%SDS,混匀,加入37μl10mg/ml蛋白酶K,混匀,37℃温育1小时6、加入740μl5mol/LNaCl,再加入512μlCTAB/NaCl,混匀,65℃温育10分钟。
7、加入等体积的氯仿/异戊醇,混匀,10000r/min离心5分钟,保留上清。
8、上清中加入等体积的酚∶氯仿∶异戊醇(25∶24∶1),混匀,10000r/min离心5分钟,保留上清。
9、加入0.6倍的异丙醇,混匀,10000r/min离心5分钟,收集DNA沉淀,用70%乙醇离心洗涤DNA沉淀。
10、用1mlTE溶解DNA,加入终浓度为20μg/mlRNaseA,4℃保存。
CTAB/NaCl法提取的DNA纯度较高,蛋白杂质较少,保存时间长,编者更喜欢把终浓度为20μg/ml RnaseA 加在第5步温育的时候,这样最后没有RnaseA污染。
基因组dna的提取
基因组dna的提取基因组DNA提取是指从生物体中分离出基因组DNA序列的过程。
提取基因组DNA的方法有多种,常用的有:一、离心法1、吸取法:利用某种化学溶剂,将原始细胞迅速破解,使细胞内的大部分物质溶解,然后将细胞中的染色体离心收集;2、膜破碎法:将原始细胞置于某种膜系统(如绝对乙醇或蛋白酶体系)中,使细胞形变造成破碎,膜系统可以有效提取出细胞内的染色体;3、超音速冲击法:利用超音速脉冲对细胞外的水进行冲击,使水的光圈扩散,从而使细胞瞬间破碎,将染色体释放到溶液之中。
二、连锁反应法1、PCR法:利用复性DNA引物,连同重复序列的特异性引物,在反转录试剂的有序作用下,可以将外源DNA 装入原核细胞内;2、QPCR法:利用反转录酶作用反转录得到DNA 并与特定序列特异性引物结合,由此凝聚出一个碱基序列,可以在任何体系里广泛检测基因;3、单核苷酸多态性(SNP)分析法:利用基因序列中碱基位点多态性突变进行基因组DNA 提取分析。
三、物理力学方法1、电精提法:通过外加电场,使基因组DNA在液体中电性扩散,最终达到提取的目的;2、毛细管电泳法:将基因组DNA 溶解后,将溶质加入到毛细管内,产生电力场在毛细管内运动,由此实现基因组DNA 的提取。
四、免疫原性法1、免疫原性抗体提取法:使用具有特定抗原性的免疫原性抗体将细胞中抗原性蛋白结合起来,再通过离心法收集;2、竞争抗体抗体提取法:先在细胞中抗原性蛋白与竞争抗体(未指定抗原性)结合,然后再进行离心收集,从而获得的抗原性蛋白;3、抗体标记抗体提取法:先将抗原性蛋白结合抗体标记抗体,然后通过离心法获取抗原性蛋白。
以上就是基因组DNA提取的常见方法。
基因组DNA提取在基因研究、生物学研究等领域有着重要的作用,所以不能忽视其重要性。
大肠杆菌基因组DNA的提取及荧光定量PCR试验设计
大肠杆菌基因组DNA的提取及荧光定量PCR试验设计大肠杆菌是一种常见的细菌,其基因组DNA的提取非常重要,可以用于进一步的分子生物学研究。
本文将介绍如何提取大肠杆菌基因组DNA以及如何设计荧光定量PCR试验。
一、大肠杆菌基因组DNA的提取基因组DNA的提取是分子生物学实验的基础步骤之一、下面是一种常规的大肠杆菌基因组DNA的提取方法:1. 培养大肠杆菌:从冻存的大肠杆菌液体培养物中取出1 mL,加入含有适量抗生素(如氨苄青霉素或巴龙霉素)的LB培养基中。
以250 rpm的速度在37℃下培养12-16小时,直到菌体适量生长。
2.收集菌体:离心培养物,将上清液去除,保留细胞沉淀。
3.溶菌:使用适当的溶解液(如0.2MNaOH/1%SDS溶液),彻底悬浮菌体,并在65℃下孵育5分钟。
4.中和反应:向菌液中加入3M的钾酸溶液,通过中和作用将菌体中的DNA中和沉淀出来。
6.洗涤:用70%乙醇洗涤DNA沉淀。
去除乙醇,使菌体中的盐等杂质完全去除。
7. 溶解:用 TE溶液(10 mM Tris-HCl, 1 mM EDTA, pH 8.0)或纯水溶解DNA沉淀。
如果需要更高浓度的DNA,可使用低TE溶液(10 mM Tris-HCl, pH 8.0)。
荧光定量PCR(qPCR)是一种通过实时监测PCR反应的荧光强度来定量分析PCR产物的技术。
下面是一种针对大肠杆菌基因组DNA的定量PCR试验设计:试验目的:测定大肠杆菌基因组DNA中一些特定基因的拷贝数。
试验步骤:1.制备PCR反应体系:根据需要测定的基因和引物的特异性设计引物。
将PCR反应体系组分按照以下配方进行调配:- 模板DNA:5 ng-引物(正向和反向):0.2μM-qPCR反应缓冲液:根据厂家推荐的浓度加入适量-dNTP混合液:0.2mM-热启动酶:根据厂家推荐的浓度加入适量- ddH2O:适量2.设计合适的PCR程序:-预热:95℃,5分钟-循环:95℃,30秒;55℃,30秒;72℃,30秒(重复30-40个循环)-最终延伸步骤:72℃,10分钟-保存在4℃下待用3.实施定量PCR试验:-根据样本中DNA浓度的不同,选择适当的试管和引物。
细菌dna的提取方法
细菌dna的提取方法
一、水煮模板法——主要用于PCR反应
操作Z简便,对试剂条件要求低。
缺点是纯度不够高,可能会含有RNA、蛋白等杂质。
但是作为一般检测目的的PCR反应模板已经足够了。
二、CTAB/NaCl 法
CTAB/NaCl法提取的DNA纯度较高,蛋白杂质较少,保存时间长,编者更喜欢把终浓度为20μg/ml RnaseA加在第5步温育的时候,这样Z后没有RnaseA污染。
每一步操作细致一些,得到的DNA 可用于Southern blot。
注意:长时间保存DNA可放于-20℃,但要尽量减少反复冻融,否则影响DNA质量。
三、盐析法
介于方法一和方法二之间,CTAB虽然取出糖分效果较好,但CTAB本身也是有毒的,所以此方法放弃了CTAB。
实验注意:提基因组Z好要将枪头尖剪掉(剪掉以后在酒精灯上迅速过一下,使其断口圆滑)。
以免枪头损伤基因组,抽干时Z 好是风干。
(完整版)实验一CTABNaCl法细菌基因组DNA提取
实验一CTAB/NaCl 法细菌基因组DNA提取一、培养基A. LB培养基(1L)胰蛋白胨10g、酵母粉5g、NaCl 10g pH调至7.0二、菌种大肠杆菌野生型三、缓冲液A. 1M Tris-HCl ( pH 8.0, 1L)1.称量121.1 g Tris置于l L烧杯中,加入约800 ml的ddH2O,充分搅拌溶解,加浓HCl约42ml,将溶液定容至1 L。
C. TE缓冲液(pH 8.0)10 mmol/L Tris-Cl (pH8.0),1mmol/L EDTA (pH8.0)D. 10% SDS溶液10 gSDS,定容至100mlE. CTAB/NaCl缓冲液CTAB 4gNaCl 16.364 g1M Tris-HCl 20ml ( PH8.0)0.5M EDTA 8ml先用70ml ddH2O溶解, 再定容至200ml灭菌,冷却后0.2-1% β-巯基乙醇(400ul)。
F. 5mol/L NaCl溶液292.5 gNaCl了,定容至1LG. 氯仿:异戊醇(24:1)480ml氯仿+20ml异戊醇,混匀存放至棕色瓶备用。
H. 酚:氯仿:异戊醇(25:24:1)250mlTris饱和酚+240ml氯仿+10ml异戊醇,混匀存放至棕色瓶备用。
I. 上样缓冲液(6×)0.25%溴酚蓝,20%蔗糖J. 电泳缓冲液(1×, 1L)Tris碱10.8g,硼酸5. 5g,0.5mol/L EDTA (pH8.0)4ml, 用ddH2O定容至1L。
K. 0.7%琼脂糖凝胶(100 ml)0.7 g琼脂糖凝胶, 加入1×电泳缓冲液,微波炉加热至凝胶完全融化即可三、实验具体步骤1、接种一单菌落于5mlLB中, 30℃培养过夜,2、取1ml种子培养液接入100ml LB中, 37℃、220r/min培养16小时;3、5000r/min离心10分钟,弃去上清。
4、加入10mlTE离心洗涤后,用10mlTE溶解菌体,混匀。
基因组dna的提取实验报告
基因组dna的提取实验报告一、实验目的本实验旨在学习基因组DNA的提取方法,掌握DNA提取实验的基本步骤和技巧。
二、实验原理DNA提取是生物学中最基础的实验之一,其目的是从细胞或组织中分离出DNA。
DNA提取的原理是利用化学试剂破坏细胞膜和核膜,使细胞内部的DNA裸露出来,并通过特定方法纯化出来。
三、实验材料1. 细菌培养液2. TE缓冲液(10 mM Tris-HCl, 1 mM EDTA, pH 8.0)3. 蛋白酶K溶液(20 mg/mL)4. 洗涤缓冲液(10 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, pH 8.0)5. 氢氧化钠(NaOH)溶液(0.2 M)6. 氯化钾(KCl)溶液(1 M)7. 高盐缓冲液(5 M NaCl, 1 M Tris-HCl, pH 8.0)8. 等体积异丙醇9. 离心管10. 微量离心管四、实验步骤1. 取细菌培养液0.5 mL,离心10分钟,将上清液倒掉。
2. 加入0.5 mL TE缓冲液和20 μL蛋白酶K溶液,室温下孵育10分钟。
3. 加入0.6 mL洗涤缓冲液,混匀后离心1分钟。
4. 倒掉上清液,加入0.2 mL氢氧化钠溶液,轻轻颠倒混匀,室温下孵育5分钟。
5. 加入0.3 mL氯化钾溶液,轻轻颠倒混匀后离心1分钟。
6. 将上清液转移到新的离心管中,加入等体积异丙醇,轻轻颠倒混匀后放置于-20℃冷冻箱中保存至少30分钟。
7. 离心10分钟后将上清液倒掉,并用70%乙醇洗涤沉淀一次。
8. 将沉淀用TE缓冲液重悬即可。
五、实验注意事项1. 实验过程中要注意无菌操作。
2. 操作过程中要避免DNA的降解和污染。
3. 实验前应做好必要的准备工作,并按照步骤进行操作。
六、实验结果通过本实验,成功提取出了细菌的基因组DNA,并经过浓度检测和质量检测,证明提取的DNA质量较好,可以用于后续实验。
七、实验总结本次实验通过对基因组DNA的提取方法进行学习和实践,掌握了基本的操作技巧和注意事项。
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问题二:DNA降解
原 因
1、材料不新鲜或反复冻融 2、未很好抑制内源核酸酶 的活性 3、提取过程操作过于剧烈 ,DNA被机械打断 4、外源核酸酶污染 5、反复冻融
对 策
1、尽量取新鲜材料,低温保存材料 避免反复冻融 2、液氮研磨或匀浆组织后,应在解 冻前加入裂解缓冲液 3、在提取内源核酸酶含量丰富的材 料的DNA时,可增加裂解液中螯合 剂的含量 4、细胞裂解后的后续操作应尽量轻 柔 5、所有试剂用无菌水配制,耗材经 高温灭菌 6、将DNA分装保存于缓冲液中,避 免反复冻融
2、沉淀DNA时为什么要用无水乙醇?
是因为DNA不溶于乙醇,而乙醇可以夺取水,从而使得 DNA
聚集沉淀,如果用乙醇沉淀的话一定要用2倍以上的无水乙
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七、问题与讨论
1、简要叙述酚氯仿抽提DNA体系后出现的现象及其成因。 酚氯仿抽提DNA后,会使溶液分层,上层为水相,含有 DNA;中间为蛋白(有时看不到);下层为有机相。原因是 酚 氯仿可以使蛋白质变性,从而从溶液中析出,但是蛋白密度 会小于酚氯仿,所以离心后它分布在中间;而DNA溶于水而 不 溶于有机相。
四、实验方法和步骤
1、DNA提取的一般方法
I.材料准备
破碎细胞
II.破碎细胞或包膜-内容物释放
提取
III.核酸分离、纯化
IV.沉淀或吸附核酸,并去除杂质 纯化 V.核酸溶解在适量缓冲液或水中
四、实验方法和步骤
2、DNA提取的实验步骤
菌体培养
37 ℃、16— 18h 200μL裂解缓冲液 12000r/min,10min
菌体收集
12000r/min、 30s
弃上清液
NaCl 充分混匀
12000rmin,3min
转移上清置 新离心管
加s饱和苯 酚
混匀
取水层加氯仿 弃上清
混匀12000r/min、3min
取上层清液 加无水乙醇
真空干燥
12000r/min、3min
沉淀加400μ L 70%乙醇
洗两次
溶解 DNA
-20 ℃ 冰箱
(5)1%SDS(十二烷基硫酸钠):1gSDS溶于100ml 蒸馏水,灭菌后-4℃保存 (6)mol/LNaCl:称取292.5gNaCl,溶于1000ml蒸 馏水,灭 菌后-4℃保存。 (7)无水乙醇及70%乙醇 (8)超纯水 (9)TE缓冲液:10mmol/L Tris-HCl, 1mmol/LEDTA-Na2(pH:8.0) (10)饱和酚 (11)氯仿:异戊醇(25:1)
一、实验目的
学会细菌基因组DNA的提取方法
观察提取出来的DNA物质
二、实验原理
DNA在生物体内是与蛋白质形成复合物 的形式存在,因此提取出脱氧核糖核蛋 白复合物后,必须将其中蛋白质去除。 在碱性条件下,用表面活性剂SDS将细菌 细胞壁破裂,然后用高浓度的NaCl沉淀 蛋白质杂质,经过氯仿抽提进一步去掉 蛋白质等杂质,经乙醇沉淀,得到较纯 的DNA。
实验:细菌基因组DNA的提 取
制作人: 蔡甘露(113516229) 于 妍(113516230) 杨开莉(113516220) 杜 辉(113516222) 主讲人: 杜 辉
目录
一、实验目的 二、实验原理 三、仪器、试剂 四、实验方法和步骤 五、实验注意事项 六、DNA提取常见问题 七、问题与讨论
三、仪器、试剂
1、仪器
离心管、离心机、试管、吸量管
2、试剂
(1)活材料:大肠杆菌(E.coli)或枯草杆菌(Bacillus subtilis) (2)培养基:LB液体培养基 (3)溶菌酶:100μ g/ml (4)裂解液:40mmol/Ltris-HCl,pH8.0,20mmol/L乙酸钠, 1mol/LEDTA,1%SDS
五、实验注意事项
1、材料应适量,过多会影响裂解,导致DNA量少, 纯度低。 2、采用有机(酚/氯仿)抽提时应充分混匀,但 动作要轻柔。 3、离心分离两相时,应保证一定的转速和时间。 4、沉淀后应用70%的乙醇洗涤,以除去盐离子等。 5、晾干DNA,让乙醇充分挥发(不要过分干燥)。
六、DNA提取常见问题
问题一:DNA样品不纯,抑制后续酶解和PCR反 应 原 因
1、DNA中含有蛋白、多糖 、多酚类杂质 1、重新纯化DNA,去除蛋 白、多糖、多酚等杂质
2、DNA在溶解前,有酒精 残留,酒精抑制后续酶 解反应 3、DNA中残留有金属离子
对 策
2、重新沉淀DNA,让酒精 充分挥发 3、增加70%乙醇洗涤的次 数(2-3次)