溶剂化模型分析

极化连续介质（PCM）模型


溶剂可及表面方法（SASA）

Poisson--Bolt得到它们的 空间分布
解的精度取决于网格间距，网格越小计算结果越 精确，但格点越多，计算所需的时间也越多



广义Born模型





本工作
������ =27
������������ ������������������������ ������������������ ������ ,������ , 2
+
������ =30
������������ ������������������������(������������������ ������ ,������ , ������������������)
影响分子几何构型和电荷分布 离子化能、振动频率 影响酶的结构及其生物学功能 影响药物代谢动力学 影响反应的自由能势能面，改变反应速率和热 力学平衡
静电势：溶质与溶剂分子的静电极化效应 范德华力：溶质、溶剂分子间的排斥力 （repulsion）和吸引力（dispersion） 孔洞能：溶剂分子形成孔洞需要的能量

结果与讨论
5
∆G������������������ = −61.366 +
������ =1 12
������������ ������������������������ ������������������
������ ,������
,1
17
+
������ =6 26
������������ ������������������������ ������������������
Onsager模型
Onsager模型只考虑了孔洞中的偶极分子被周围 的连续性溶剂所极化的静电极化效应，其他效应， 如短程效应的范德华作用和熵效应的孔洞能则没有 考虑。计算不精确，但快速，稳定。
原则上孔洞可以是任意形状，但当溶质分子为非球 形分子时，计算复杂且结果不好 对极性分子体系有用，当用偶极矩不能很好地描述 分子的电子分布时，Onsager模型来计算溶剂化 自由能的结果也很差。如:烷烃体系、苯分子等
������ ,������
,2
������ =13
������������ ������������������������ ������������������ ������ ,������ , ������������������
29
+
������ =18 35
������������ ������������������������ ������������������ ������ ,������ , 1 +
分子运动也对溶剂化自由能有贡献，包括零点能 （ZEP）、热震动、平动、转动等

溶剂化模型
1.真实溶剂模型(Explicit Solvation Model) 主要方法有超分子方法（Super molecular）、分子 动力学（Molecular Dynamic，MD）模拟、 Monte Carlo模拟等 2.隐式溶剂模型(Implicit Solvation Model) 主要模型方法有Onsager模型、自洽反应场方法 （SCRF）、Poisson—Boltzmann方法、广义Born 模型、溶剂可及表面方法
溶剂化模型分析 STUDY OF SOLVATION MODELS
目录|contents
1.溶剂效应 2.溶剂化模型 3.计算方法 4.结果与讨论
溶剂化和溶剂效应
溶剂化是指在溶液中溶质分子被溶液分子 包围的现象，即溶剂分子通过它们和溶质 分子之间的相互作用，累积在溶质分子周 围的过程，从而使溶质分子在溶液中稳定 存在。