第二十六单元-第十章分类和鉴定

（2）在分类学文献中
学名=属名+种名+（首次定名人）+现名定名人+现名定名年份 必要（斜体） 可省略（正体）
（3）三名法
有亚种或变种时，学名由“三名法”构成
学名=属名 + 种名加词 + subsp 或 var + 亚种或变种的加词 斜体 正体（可省略） 斜体（不可省略）
三、微生物分类鉴定的方法
菌种鉴定步骤： 获得纯培养物 测定必要的鉴定指标 查找权威性的菌种鉴定手册 分类鉴定方法：
分类、
命名、
鉴定
分类(classification)：根据一定的原则(表型特征相似性或系 统发育相关性)对微生物进行分群归类，根据相似性或相关 性水平排列成系统，并对各个分类群的特征进行描述，以便 查考和对未被分类的微生物进行鉴定。
(根据现有数据建立系统的过程)
命名(nomenclature)：是根据命名法规，给每一个分类群一个专有 的名称。
根据Carl Woese的理论，现在还在界之上使用域(domain)，即： 古生菌域、细菌域、真核生物域。
图10-5 生命世界的系统发育树状图（Olsen & Woese 1993）
2. 种（species）
种是生物分类中基本的分类单元和分类等级。
微生物的种：指具有高度特征相似性的菌株群，这个菌
菌株是微生物分类和研究工作中最基础的操作实体
菌株与型的区别： • 菌株之间不存在鉴别特征的差异，命名不同的菌株无需分类学依
据；
• 不同型的细菌之间存在鉴别特征的差异，命名或鉴定不同的型必 需有分类学依据。
二、微生物的命名
微生物名称： 俗名（common name） 学名（scientific name） （1）学名国际命名法规： 双名法：属名 + 种名加词
（二） 现代分类鉴定方法 1. 数值分类法（统计分类法）
按大量表型性状的相似性程度进行统计、归类 特点: 使用尽可能多的性状，每个性状同等重要。 步骤:
(1) 收集菌株，选择性状 (2) 性状编码 (3) 相似性计算: 计算相关系数Ssm或Sj： Ssm=（a+c）/(a+b+c) 正负反应性状 Sj=a/(a+b+c) 正反应性状 Sj > 80~85% 种 Sj > 65% 属 (4)系统聚类 (5)聚类结果的表示
2. 微生物遗传型的鉴定
特点：
与形态及生理生化特性的比较不同，对 DNA的碱基组成的比较和进行核酸分子杂交 是直接比较不同微生物之间基因组的差异，因 此结果更加可信。
（1） DNA碱基比例的测定
测“GC比”：
(G+C ) mol% = （G+C ）/（A+T+ G+C ）× 100%
分类学上，用G+C占全部碱基的克分子百分数来表 示各类生物的DNA碱基组成特征。 DNA碱基组成是各种生物的一个稳定特征，即使 个别基因突变，碱基组成也不会发生明显变化。
株群与其他类群的菌株有很明显的区别。
种的具体代表： 称为“模式种”（type species）
由于细菌分类单元的划分缺乏一个易于操作的统一标准， 为了减少因采用不同标准界定分类单元所造成的混乱，
细菌系统分类也像其他生物分类一样采用“模式概念”
种和亚种指定模式菌株（type strain）； 亚属和属指定模式种（type species）； 属以上至目级分类单元指定模式属（type genus）。
GC%使用注意事项：
a）每个生物种都有特定的GC%范围，因此可以作 为分类鉴定的指标。细菌的GC%范围为25-75%， 变化范围最大。
b）GC%测定主要用于对表型特征难区分的细菌作 出鉴定，从分子水平上判断物种的亲缘关系。
c） GC%的比较，主要用于分类鉴定中的否定. 亲缘关系近的生物，它们应该具有相似的G+C含 量，但具有相似G+C含量的生物，并不一定表明它 们之间具有近的亲缘关系。
第十章 微生物分类与鉴定
本章内容
一、分类单元 二、命名规则 Baidu Nhomakorabea、分类鉴定方法 四、微生物的分类系统
据保守估计，地球上 真菌约150万种，细菌4万种，病毒130万种 但认识的微生物仅是估计数量的5~10%，即15万~20万种
要认识、研究和利用类群庞大的微生物资源， 必须对它们进行分类。
分类学的具体任务有三个：
经典分类鉴定法 微生物遗传型的鉴定 细胞化学成分的鉴定 数值分类法
现代方法
（一） 经典分类鉴定法
经典鉴定指标：
• 形态学特征
• 生理学特征
• 生态学特征
• 生活史，有性生殖情况 • 血清学反应 • 对噬菌体的敏感性 • 其他
形态和生理生化特征是最常用 的细菌分类、鉴定指标
以生物学表型为指标的传统方法， 正在向微量化、简便化、快速化、智能 化的方向发展。目前，已有商品化的鉴 定系统，如： API系统 “Enterotube” “Biolog”全自动和手动系统
鉴定(identification或determination)：借助于现有的微生物分类
系统，通过特征测定，确定未知的、或新发现的、或未明确分类
地位的微生物所应归属分类群的过程。
(根据现有系统确定未知微生物分类归属的过程)
一、分类单元
1. 种以上的系统分类单元
七级
界
门
纲
目
科 属 种（基本分类单元）
属名在前，一般用拉丁文名词表示，字首字母大写 种名在后，常用拉丁文形容词表示，全部小写
一般用斜体表示
若所分离的菌株只鉴定到属而未鉴定到种，用 sp.（单数）或 spp.（复数）表示。 如：Bacillus sp.
当两个或多个学名排在一起时，若它们的属名 相同，则后面的属名可缩写成1个、2个或3个字母， 在其后加一个点。 如 ： Bacillus可缩写成“B.” 或“Bac.”
3.种以下的分类单元
1）亚种(subspecies)和变种(variety)： 2）型(form或type)：常指亚种以下的细分。当同种或同亚种
不同菌株之间的性状差异，不足以分为新的亚种时，可以细
分为不同的型。
例如：抗原特征的差异，分为不同的血清型； 对噬菌体裂解反应的不同，分为不同的噬菌体型
3）菌株(strain)：从自然界中分离得到的任何一种微生物的纯培养 物都可以称为一个菌株；用实验方法(如通过诱变)所获得 的某一菌株的变异型，也可以称为一个新的菌株，以便与 原来的菌株相区别。