进化树软件MEGA最新6.06说明书
MEGA使用说明书
MEGA使用说明书1. 简介1.1 MEGA的概述1.2 相关术语解释2. 安装与注册2.1 安装包并进行安装2.2 注册新账号或登录现有账号3. 用户界面导览3.. 主要功能区域介绍- 文件管理器：浏览、和文件。
- 联系人列表：查看已添加联系人信息。
- 消息中心：接收系统通知和消息更新。
4.文件操作指南4.. 浏览及搜索文件a) 使用目录树结构快速定位所需文件夹。
b) 利用搜索框输入关键词，筛选出相关文档。
c）利用标签对重要文档进行分类整理。
5.分享与协作a). 分享i）一个公开可访问的，并发送给他人以便共享特定内容。
ii）设置密码保护来限制只能被授权用户打开该。
6.数据同步a). 同步设备间数据i）在不同设备上同时登陆自己的帐户, 可实时获取最新版本资料；ii ) 手动选择需要离线保存到本地端硬盘空间内之个别项目；7.版本历史记录a). 查看文件的修改历史i）查看特定文档在不同时间点上所做过的更改；ii ) 还原到之前某个具体时刻保存下来的旧版；8. 设置与选项8.1 账户设置- 修改密码、邮箱等账户信息。
8.2 高级选项- 自定义和速度限制，以满足网络环境需求。
9.常见问题解答a) 如何恢复误删除或丢失数据？b) 如何增加存储空间容量？c) MEGA是否支持多人同时编辑一个文件？10.附件- 用户手册.pdf11.法律名词及注释i）用户：指使用MEGA服务并注册帐号进行操作和管理资料者。
ii）分享：通过公开可访问URL地址将内容共享给他人。
iii）授权用户: 指被允许浏览、编辑或已经分享出去资源的其他Mega 帐号所有者。
怎样使用MEGA建立进化树
如何使用建立进化树1、首先是双击软件打开如下图所示
2、现在是处于DNA序列,而我们要做蛋白质的进化树的话,就如下操作
3、接下来我们要进行序列的输入,点击左边那个红箭头,则出现下面的窗口；
4、然后右击sequence 1,修改名字,如改成DPV
5、然后从Word 里复制蛋白质序列,然后在下面的位置粘贴
6、则可出现如下图的序列了
7、然后点击窗口上的保存图标保存
8、重复从3开始,直到你的序列输入完
9、序列输入完后进行最后的保存,方法如下：
要输入ul7两次保存名字—然后关闭这个窗口; 接下来打开
出现下面这个窗口
接下来就可以建立各种样式的进化树
嗯,只是把过程写出来,方便大家建立进化树,不足的地方,大家补充好。
MEGA使用说明书
MEGA软件构建系统发育树摘要：以白色念珠菌属下面的十个种的18s RNA 为例，构建系统发育树来说明MEGA 软件的使用方法。
1背景简介1.1 MEGA（分子进化遗传分析）MEGA 的全称是Molecular Evolutionary Genetics Analysis。
MEGA is an integrated tool for automatic and manual sequence alignment, inferring phylogenetic trees, mining web-based databases, estimating rates of molecular evolution, and testing evolutionary hypotheses. MEGA 可用于序列比对、进化树的推断、估计分子进化速度、验证进化假说等。
MEGA 还可以通过网络（NCBI）进行序列的比对和数据的搜索。
最新版本：MEGA 5.1 Beta (软件开发者建议其结果不用于发表文章)建议下载版本：MEGA 5.05 for Windows and Mac OS。
MEGA 5 has been tested on the following Microsoft Windows® operating systems: Windows 95/98, NT, 2000, XP, Vista, version 7, Linux and Mac OS [1].MEGA 5.05 可免费下载，只需输入名字及有效邮箱，下载链接会发送至邮箱，点击可下载。
1.2 系统发育树定义系统发育树（英文：Phylogenetic tree）又称为演化树（evolutionary tree），是表明被认为具有共同祖先的各物种间演化关系的树。
是一种亲缘分支分类方法（cladogram）。
在树中，每个节点代表其各分支的最近共同祖先，而节点间的线段长度对应演化距离（如估计的演化时间）1.3 系统发育树的分类根据有根和无根来区分：树可分为有根树和无根树两类。
Mega的使用以及进化树的绘制
1.MEGA构建系统进化树的步骤2.CLUSTALX进行序列比对1.MEGA构建系统进化树的步骤1. 将要用于构建系统进化树的所有序列合并到同一个fasta格式文件，注意：所有序列的方向都要保持一致( 5’-3’)。
如图：2. 打开MEGA软件，选择"Alignment" - "Alignment Explorer/CLUSTAL"，在对话框中选择Retrieve sequences from a file, 然后点OK，找到准备好的序列文件并打开，如图：。
3. 在打开的窗口中选择”Alignment”-“Align by ClustalX” 进行对齐，对齐过程需要一段时间，对齐完成后，最好将序列两端切齐，选择两端不齐的部分，单击右键，选择delete即可，如图：。
4. 关闭当前窗口，关闭的时候会提示两次否保存，第一次无所谓，保存不保存都可以，第二次一定要保存，保存的文件格式是.meg。
根据提示输入Title，然后会出现一个对话框询问是否是Protein-coding nucleotide sequence data, 根据情况选择Yes或No。
最后出现一个对话框询问是否打开，选择Yes，如图：。
5. 回到MEGA主窗口，在菜单栏中选择”Phylogeny”-“Bootstrap Test of Phylogeny” -“Neighbor-joining”，打开一个窗口，里面有很多参数可以设置，如何设置这些参数请参考详细的MEGA说明书，不会设置就暂且使用默认值，不要修改，点击下面的Compute按钮，系统进化树就画出来了，如图：在菜单栏中选择”Phylogeny”-“Bootstrap Test of Phylogeny” –“Minimun-evolution”,如图：在菜单栏中选择”Phylogeny”-“Bootstrap Test of Phylogeny” –“Maximun-parsimony”,如图：在菜单栏中选择”Phylogeny”-“Bootstrap Test of Phylogeny” –“UPGMA”，如图：6. 最后，使用TreeExplorer窗口中提供的一些功能可以对生成的系统进化树进行调整和美化。
mega使用手册
MEGA软件的使用引言现代分子生物学所积累的数据库（如美国国家生物信息中心建立的GeneBank等）隐含着大量的生物系统学和生物进化的有用信息。
计算机软件是挖掘这些知识宝藏的最有效的工具，而且这些数据库不断快速扩展，信息量十分庞大。
因此，如果没有计算机软件的帮助，我们简直无法开战分子系统学和分子进化方面的研究工作。
同样，这些数据分析方法和软件在古DNA研究中是必不可少的。
因为有着坚实的分子进化和人类遗传学基础，序列比对分析已经成为重构物种和基因家族进化历史，估算分子进化速率、推断基因和基因组进化过程中自然选择力量的强度等的必不可少的方法和手段。
计算机的应用和统计学的介入大大简化这些工作。
在这些背景下，Sudhir Kumar、Koichiro Tamura和Masatonshi Nei 和在上世纪九十年代初就发展了Mega遗传分析软件，并不断改进。
现在公布了3.0版，增添很多新功能，并使软件使用者能在线取得帮助。
Mega（Molecular Evolutionary Genetics Analysis）是一个界面友好、操作简便、功能强大的分子进化遗传分析软件，也是文献中经常用到的分析软件。
尤其是，Mega的新版本对使用界面做了优化，并有改进了许多统计学和遗传学算法，其支持的文件格式很多，而且可以直接从测序图谱中读取序列。
另外，Mega 软件还内嵌了一个Web浏览器，能直接登录NCBI网站。
Mega软件操作起来很方便，其界面与传统的Windows程序界面很像，即使初学者也很易上手。
Mega软件功能十分强大，尤其在计算遗传距离、构建分子系统树方面。
Mega 软件提供多种计算距离的模型，包括Jukes-Cantor距离模型、Kimura距离模型、Equal-input距离模型、Tamura距离模型、HEY距离模型、Tamura-Nei距离模型、General reversible距离模型、无限制距离模型等。
Mega 中文使用说明
method)的方法构建系统发育树 • 3. 考虑到了不同碱基替换的不同的比率，考虑
到了碱基转换和颠换的差别。 • 4. 随时可以使用标注：所以的结果输入都可以
使用标注，而且标注的内容可以被保存，复制。
把隐藏已知文件类型扩展名勾去，然后点 应用，确定。
之后文件扩展名就出来了，可以修改后缀 名为*.fasta
1.打开文件
序列比对
2.alignment
利用MEGA在NCBI等网站下载并保持 数据
构建系统发育树
*.meg格式的文件可以用来构建系统发育树，有五种类型 的树可以构建，分别为neighbor joining、maximum parsimony、minimum evolution、UPGMA以及最新可以使 用的maximum likelihood五种算法。
MEGA6的中文使用说明
陈晨
2014.4.24
• 它主要集中于进化分析获得的综合的序列 信息。使用它我们可以编辑序列数据、序 列比对、构建系统发育树、推测物种间的 进化距离等。此软件的输出结果资源管理 器允许用户浏览、编辑、打印输入所得到 的结果而且所得到的结果具有不同形式的 可视化效果。
• 此外，该软件还能够得出不同序列间的距离矩 阵，这是他不同与其他分析软件的地方。在计 算矩阵方面有一些自己的特点：
图为构建的NJ树，具有 多种显示方式Βιβλιοθήκη 估算进化距离菜单的使用
练习题：
以分析 13 个物种的细胞色素b蛋白为例来进行软 件练习。
从NCBI上下载13 个物种的细胞色素b蛋白的 基因序列和氨基酸序列。
MEGA说明书
分子进化树构建及数据分析的简介mediocrebeing, rodger, lylover , klaus, oldfish, yzwpf一、引言开始动笔写这篇短文之前，我问自己，为什么要写这样的文章？写这样的文章有实际的意义吗？我希望能够解决什么样的问题？带着这样的疑惑，我随手在丁香园（DXY）上以关键字“进化分析求助”进行了搜索，居然有289篇相关的帖子（2006年9月12日）。
而以关键字“进化分析”和“进化”为关键字搜索，分别找到2,733和7,724篇相关的帖子。
考虑到有些帖子的内容与分子进化无关，这里我保守的估计，大约有3,000~4,000篇帖子的内容，是关于分子进化的。
粗略地归纳一下，我大致将提出的问题分为下述的几类：1．涉及基本概念。
例如，“分子进化与生物进化是不是一个概念”，“关于微卫星进化模型有没有什么新的进展”以及“关于Kruglyak的模型有没有改进的出现”，等等。
2．关于构建进化树的方法的选择。
例如，“用boostrap NJ得到XX图，请问该怎样理解？能否应用于文章？用boostrap test中的ME法得到的是XXX树，请问与上个树比，哪个更好”，等等。
3．关于软件的选择。
例如，“想做一个进化树，不知道什么软件能更好的使用且可以说明问题，并且有没有说明如何做”，“拿到了16sr RNA数据，打算做一个系统进化树分析，可是原来没有做过这方面的工作啊，都要什么软件”，“请问各位高手用clustalx做出来的进化树与phylip做的有什么区别”，“请问有做过进化树分析的朋友，能不能提供一下，做树的时候参数的设置，以及代表的意思。
还有各个分支等数值的意思，说明的问题等”，等等。
4．蛋白家族的分类问题。
例如，“搜集所有的关于一个特定domain的序列，共141条，做的进化树不知具体怎么分析”，等等。
5．新基因功能的推断。
例如，“根据一个新基因A氨基酸序列构建的系统发生树，这个进化树能否说明这个新基因A和B同源，属于同一基因家族”，等等。
Mega软件使用说明
Alignment 菜单 Mark/unmark site:在比对的表格中标记或者不标记一个单一位点，一次每 条序列只能被标记一个位点，不同序列间的位点你可以选择同一列的，也 可以是错开的，要根据自己的目的进行选择。选择标记后的序列可以使用 alignmarked sites 进行比对分析。 Align marked sites: 比对标记的序列，在这里如果在两个或多个序列间标 记了不在一列的位点重新比对后会出现空格 。 Unmarked all sites ：把所以标记的位点去标记； Delete gap-only site ：去掉序同是空格的一列；这在多序列比对前很有用。 Auto-fill gaps ：使用空格补齐不同长度的序列。
Sequencer 菜单：
此菜单下只有一个子菜单： edit sequencer file ，用来打开一个打开文件对话 框，此对话框可以打开一个 sequencer data file ，一旦打开，这个文件就在 trace data file viewer/editor 的对话框中展示出来。这个编辑窗口允许你查看和编辑 automatd DNA sequencer 产生的 trace data 。它可以阅读和编辑 ABI 和 Staden 格式 文件并且序列可以直接被导入到序列比对窗口或被上传到网页浏览器做 blast 搜 索。
一、启动
打开后会出现下面的页面，通过这个界面我们可以看 到有四个条目，一个是 MEGA 的使用指南；二是打开数据 文件；三是发表文章时要注明引用 MEGA；四个到达MEGA 的网站。我们可以通过使用指南熟悉 MEGA 的使用，MEGA 的使用指南详细地介绍了 MEGA的使用。
二、数据的准备
一个是可以利用已有的数据，二是可以利用 MEGA直接通过NCBI直接查找所感兴趣的序列， 或到NCBI、EMBL、DDBJ、GenBank等数据库网 站查找，并以Fasta等格式保存。
怎样使用MEGA建立进化树
怎样使用MEGAt 立进化树如何使用MEGA4.0#立进化树 1、首先是双击软件打开如下图所示|M| ijaKMr3 valj 141 Mrhr ArgrwricQt iVvta“qplii ：护 忏冲 i 二客H - I 号筍需.廿星"LIF M ■ H 、-| II ■ DKi -Mjrsrze: H r« r-r r ^c>az^ LCS2、现在是处于DNA序列，而我们要做蛋白质的进化树的话，就如下操作M4. Aligmr>&nl Explof頁H L lQnmt*Ftji Editm e祁3、接下来我们要进行序列的输入，点击左边那个红箭头，贝U出现下面的窗口刚M4： Alfgnment Explorer匚;日屯EJrt S«ar di Aflgmnenl Wfrb $e<)□ d| D ◎日「蹇輻酋1 41象Protein S^quer匚弊1|主曲色"匕色丄4、然后右击sequenee 1,修改名字，如改成DPVFrotejn Sequence?5、然后从Word里复制蛋白质序列，然后在下面的位置粘贴G 辱CopfPTCtfiT X CU,書 f sterna6则可出现如下图的序列了□ QCW1C3 iRWfl Wq^ri[ V^i>n irequ^Ki 幷册枷・1話皿讥曲佰i"—喇・ct Mgeirc 惟■ sy7、然后点击窗口上的保存图标保存 8、重复从3开始，直到你的序列输入完9、序列输入元后进行最后的保存，方法如下垂邑trit 5|讨之斗和"1 of op«r * dow亠 P TOUMT 1 <io-jrr<n接下来打开册b M 罗哥 H*lpi t X t tt b要输入ul7两次保存名字一然后关闭这个窗口出现下面这个窗口■■■MM Jfc接下来就可以建立各种样式的进化树〜乜 MdngHie-r jein^ IMJL* &? Wrigym 佔抽杓也山-« UW3ML ■> ■小h,鼻 陆01申*貝Trfl 和 Hi^Tgrn^ ，HnNkk T ivn HnM "d i-Oi^4*cflArs R 协 FriWrt '^l^diCNHE軒I 匚 fkrti tiiitanr-ri : hy A 护产就 匸沁”-嗯，只是把过程写出来，方便大家建立进化树，不足的地方，大家补充好〜。
MEGA6使用教程——进化树的构建
MEGA6使用教程——进化树的构建首先，打开MEGA6软件。
在主界面上方的菜单栏中，选择“File”→“Open Data Directory”来选择数据目录。
在数据目录中，应该存在一个以.meg为文件格式后缀的文件，用于存储算法运行结果。
如果不存在这样的文件，可以通过“File”→“New”来创建一个新的.meg文件。
在.meg文件中，可以导入多种类型的数据，如DNA序列、蛋白质序列、线粒体DNA序列等。
点击菜单栏中的“Data”→“Import Alignment from File”来导入序列文件。
导入序列文件后，可以从菜单栏中的“Phylogeny”→“Construct/Test Maximum-Likelihood Tree”来构建最大似然进化树。
在弹出的对话框中，可以选择不同的进化模型来评估树的质量。
MEGA6提供了多种模型，如Jukes-Cantor模型、Kimura 2-parameter模型、Tamura 3-parameter模型等。
可以在下拉菜单中选择不同的模型。
计算完成后，可以在弹出的窗口上看到生成的进化树。
可以通过缩放、拖动、旋转等操作来查看树的不同部分。
此外，还可以使用MEGA6中的其他工具来分析和优化进化树。
比如，“Phylogeny”→“Switch Trees/Branches”工具可以帮助我们比较和切换不同的进化树。
此外，还可以使用“Phylogeny”→“Bootstrapping”工具来计算进化树的支持率。
Bootstrapping是一种统计方法，通过对原始数据集进行重抽样来评估进化树的支持强度。
在使用MEGA6构建进化树时，还应该注意一些问题。
首先，选择合适的进化模型对结果的准确性至关重要。
根据输入数据的特点，选择适当的模型来评估进化树会得到更可靠的结果。
其次，应该进行足够的计算重复次数，以确保所得到的进化树是可靠的。
足够的重复次数可以提高进化树的准确度和稳定性。
使用mega6做进化树
假如你要对比你所测序列E的序列与其他物质的亲缘关系，步骤如下：一，首先要先把你获得E的序列去NCBI网站进行比对，步骤如下：1.登录NCBI网站https:///2.找到右侧的BLAST，点进去；3.找到页面下方的这个图标，点Nucleotide BLAST4.将测得的序列全部粘贴到页面上的这个框里：5.找到页面最下方的Algorithm parameters，在最下面的BLAST旁边勾选“Show XXXX”后点击BLAST6.然后就会弹出另一个页面，你就得耐心等待了，因为它在比对，比对好后就会出现这样一个界面：7.然后往下拉，就看到好多序列的结果，可以选择所有的序列下载，也可以选择你想要的序列来下载（All/None可全选或都不选），选好后点击“GenBank”。
8.把所有的序列都勾选后，点右上角的“send”9.出现这个框格，File-FASTA按框格里选择好点Create File就可以批量下载内含你所选的序列的“fasta”格式的文件；11改好后打开，把自己的序列按“>名称+序列”的格式紧接在已下好的序列后面，添加好后再把后缀改回“fasta”,便可进行下一步8. 312.双击fasta文件，由MEGA6.0打开，如图13.单击W图标中的“Align DNA”,会提醒你选择序列，单击确定即可，如下图14.比对后的序列如下图。
15.然后我们需要把“*”号之外的序列全部删除，只留下"*"标注的序列，保存，保存后得到的是“mas”格式文件16.回到MEGA6.0主页面，在”DATA”中选“Open A file /Session”,然后会弹出一个选择文件的窗口，去选择刚刚保存的“mas”后缀名的文件，选择后弹出下方窗口，点“Analyze”。
17.回到MEGA5.0的主界面，在菜单栏中选择“Phylogeny”-“Construct/ Test Neighbor-Joining Tree…”-“yes”，会弹出一个窗口，里面有很多参数可以设置，以下是Bootstrap consensus tree基本的设置，可以参考：18.可能由于版本的不同，在形成的树上无相似度的数字标明，可以参照以下步骤进行标注：。
进化树构建之Mega篇，试了好半天才弄明白，赶紧写出来
进化树构建之Mega篇，试了好半天才弄明白，赶紧写出来1. 安装从Mega网站下载安装Mega 4版本按默认安装。
/2. Mega文件生成2.1. 已有Mega文件打开Mega程序的主界面， click me to activate a data file这个操作就打开了mega文件，然后执行相关的操作。
Mega是一个free 软件，所以请大家一定要在参考文献中列出Mega的出处，具体的文本在查看进化树的窗口菜单中点caption就可以得到。
2.2. 无Mega，仅有fasta文件双击准备好的fasta格式的序列文件，默认使用mega打开。
打开后Ctrl - A选定全部，执行Alignment > clustal W（默认参数）转换成meg格式：data > export to > Mega，选择地点和名称，输一个标题，不用蛋白数据了。
关闭这个窗口，程序会询问“open the data file in Mega”，确定，即可打开刚才保存的文件。
3. 建树在标题为Mega 4.的这个窗口中执行建树：建树：phylogeny > construct phylogeny > NJ > Method(NJ) > Gap ( pairwise deletion) > method(nucleotide > jukes-cantor > test > bootstrap > replication(1000) > computer。
此中参数选择是否正确我未知，请各位自行选择。
得到两张图，Original tree / bootstrap consensus tree，用后面那张图，接下来对图形进行修改。
选择outGroup，subTree > root，然后就可以用鼠标去选择外群了，如果是做物种的系统发育关系，则外群应该选择远缘关系的，如果是做群体即一个物种下的，则外群要选择近缘的；子树的翻转和颠倒等等操作，subTree > flip 或者是subTree > roll，选定后用鼠标去点节点就是了。
Mega的使用以及进化树的绘制
1.MEGA构建系统进化树的步骤2.CLUSTALX进行序列比对1.MEGA构建系统进化树的步骤1. 将要用于构建系统进化树的所有序列合并到同一个fasta格式文件，注意：所有序列的方向都要保持一致( 5’-3’)。
如图：2. 打开MEGA软件，选择"Alignment" - "Alignment Explorer/CLUSTAL"，在对话框中选择Retrieve sequences from a file, 然后点OK，找到准备好的序列文件并打开，如图：。
3. 在打开的窗口中选择”Alignment”-“Align by ClustalX” 进行对齐，对齐过程需要一段时间，对齐完成后，最好将序列两端切齐，选择两端不齐的部分，单击右键，选择delete即可，如图：。
4. 关闭当前窗口，关闭的时候会提示两次否保存，第一次无所谓，保存不保存都可以，第二次一定要保存，保存的文件格式是.meg。
根据提示输入Title，然后会出现一个对话框询问是否是Protein-coding nucleotide sequence data, 根据情况选择Yes或No。
最后出现一个对话框询问是否打开，选择Yes，如图：。
5. 回到MEGA主窗口，在菜单栏中选择”Phylogeny”-“Bootstrap Test of Phylogeny” -“Neighbor-joining”，打开一个窗口，里面有很多参数可以设置，如何设置这些参数请参考详细的MEGA说明书，不会设置就暂且使用默认值，不要修改，点击下面的Compute按钮，系统进化树就画出来了，如图：在菜单栏中选择”Phylogeny”-“Bootstrap Test of Phylogeny” –“Minimun-evolution”,如图：在菜单栏中选择”Phylogeny”-“Bootstrap Test of Phylogeny” –“Maximun-parsimony”,如图：在菜单栏中选择”Phylogeny”-“Bootstrap Test of Phylogeny” –“UPGMA”，如图：6. 最后，使用TreeExplorer窗口中提供的一些功能可以对生成的系统进化树进行调整和美化。
怎样使用MEGA建立进化树
怎样使用MEGA建立进化树在进行生物信息学研究中，建立进化树是一项非常重要的任务。
MEGA （分子进化遗传学分析）是一款常用的软件，专门用于进行进化树和多序列分析。
下面将详细介绍如何使用MEGA建立进化树。
安装完成后，打开MEGA软件。
在MEGA的主界面上，有几个常用的功能选项，包括「File」、「Edit」、「View」、「Tools」、「Align」、「Phylogeny」和「Help」。
我们主要关注「Phylogeny」（进化树）选项。
在新窗口中，我们需要选择构建进化树的方法。
MEGA支持多种构建进化树的方法，包括Neighbor Joining、Maximum Parsimony、Maximum Likelihood和Bayesian等。
在这里，我们以Neighbor Joining方法为例进行演示。
在Neighbor Joining方法中，我们需要先选择计算进化距离的方法。
MEGA支持许多计算进化距离的方法，如P-distance、Kimura 2-parameter、Tamura 3-parameter等。
在这里，我们选择P-distance方法。
在选择了计算进化距离的方法后，我们还需要选择树的标准。
MEGA支持Bootstrap（Bootstrap方法是统计学中一种用于评估统计性信号和树的可靠性的方法）和Nearest-Neighbor Interchange等标准。
在这里，我们选择Bootstrap标准。
在选择了进化距离的方法和树的标准后，我们需要选择输入序列数据的文件格式。
MEGA支持多种格式的序列文件，如FASTA、PHYLIP和MEGA 等。
选择相应的格式后，我们需要导入序列数据。
可以通过从文件中导入或从剪贴板中粘贴来导入序列数据。
MEGA是一款非常强大的进化树分析软件，但对于初学者来说，可能需要一些时间去了解其中的各种选项和功能。
因此，建议在使用MEGA之前，先阅读相关文档和教程，以便更好地使用MEGA进行进化树的构建和分析。
用MEGA如何画进化树？
用MEGA如何画进化树？今天我们来讲讲MEGA的使用，本例使用的MEGA版本是6.0.6，乃们也可以到官网下载最新版来用。
MEGA下载地址：/MEGA的主界面：使用步骤1. 序列导入可以通过Data导入数据也可以通过file导入数据。
如果打开的文件是比对结果，选择Analyze；如果打开的文件是序列文件，选择Align。
另外双击这些后缀名文件即可自动导入序列，导入后会弹出MEGA比对界面。
如果fasta 序列导入报错，多是因为序列长度不同导致：如果序列长度不同，可以采用新建文件，将序列文件导入的方法。
步骤：Align → Edit/Build Alignment → create a new alignment → Data → open → Retrieve sequences from File将复制输入的序列另存输出看看。
步骤：data → Export alignment → fasta format序列长度都被用横线补齐了。
2. 多序列比对选择muscle或者clustalw进行比对：clustalw 一般用于DNA ，muscle多用于蛋白。
在比对之前需先选中要进行比对的序列（Shift），还可以对序列或者序列名进行编辑（双击）。
比对参数选择：保存比对文件，进化树分析提供数据。
一般导出的比对结果保存为fasta格式，或者直接点击保存按钮将结果，保存为二进制的mas或meg文件。
3. 构建进化树导入数据：将刚刚另存的meg 文件重新导入到mega程序中（直接拖入工作界面），并选择构建进化树。
参数选择：参数设置，Bootstrap method一般选择1000~1500；第一次绘图时建议选择500，这样运行速度会比价快，结果合适再调至1000重新进行进化分析。
描述：进化树可视化：View→Tree/Branch style选择树的模式，也可以通过右图菜单进行选择。
发散树环状树进化树简单美化：可视化文件的保存：•Newick——标准树文件，用于下游可视化软件的导入•png——压缩图像文件•pdf——矢量图像文件保存为png/pdf，显示不全怎么办？——将图和图注复制到WORD中保存即可（Image Copy to Clipboard 粘贴到WORD）。
进化树分析软件MEGA的用法
1.
将clustal排好的序列转成MEGA格式
2.打开MEGA格式的文件，点PHYLOGENY，要建BOOTSTRAP检验的树，如下图。
有四种建树方法，NJ， MP， ME，and UPGMA。
后面以NJ为例。
3。
点击NJ后如下图。
点击绿色方格可以改变BOOTSTRAP中重复的次数（＞１００），GAP是pairwise 还是complete deletion（一般选ＰＡＩＲＷＩＳＥ）, 适合你数据的替换模型（有ＭＯＤＥＬＴＥＳＴ可以检验）。
（一定要根据自己的数据来设这些值）
4。
一切就绪后，点击COMPUTE。
结果如下，红圈中的数字就是bootstrap 值，一般大于７０％的枝认为比较有意义．
5。
如果有外类群，你可以直接点击你的外类群，得到有根树
6。
基本过程就是这样，MEGA还有其他一些功能，希望大家继续补充。
MEGA软件的使用【范本模板】
MEGA软件的使用Mega是一款操作十分简便的遗传学分析软件,其界面十分友好，即使初学者也很易上手。
1、数据的录入及编辑Mega软件能够接受多种数据格式，如FASTA格式、Phylip格式、PAUP数据格式等等。
而且Mega软件专门提供了把其他格式的数据转换位Mega数据格式的程序。
首先，打开Mega程序，有如下图所示的操作界面：单击工具栏中的“File"按钮，会出现如下图所示的菜单：从上图可以看出,下拉菜单有“Open Data"（打开数据）、“Reopen Data”（打开曾经打开的数据,一般会保留新近打开的几个数据）、“Close Data”（关闭数据)、“Export Data”（导出数据）、“Conver To MEGA Format"（将数据转化为MEGA格式)、“Text Editor”（数据文本编辑）、“Printer Setup”（启动打印）、“Exit”（退出MEGA程序）。
单击“Open Data”选项，会弹出如下菜单：浏览文件，选择要分析的数据打开，单击“打开"按钮，会弹出如下操作界面：此程序操作界面，提供了三种选择数据选择:Nucleotide Sequences（核苷酸序列）、Protein Sequences（蛋白质序列）、Pairwise Distance(遗传距离矩阵）。
根据输入数据的类型，选择一种，点击“OK”即可.如果选择“Pairwise Distance”，则操作界面有所不同；如下图所示：根据遗传距离矩阵的类型,如果是下三角矩阵，选择“Lower Left Matrix”即可;如果是上三角矩阵，选择“Upper Right Matrix”即可.点击“OK”按钮，即可导入数据。
如果是核苷酸数据，则读完之后，会弹出如下对话框：如上图，如果是编码蛋白质的核苷酸序列，则选择“Yes”按钮；如果是不编码蛋白质的核苷酸序列，则点击“No”按钮.之后,会弹出如下操作窗口：此作界面的名称是“Sequence Data Explorer”，在其最上方是工具栏“Data”、“Display"、“Highlight"等，然后是一些数据处理方式的快捷按钮，在操作界面的左下方是每个序列的名称。
进化树分析软件MEGA的用法
进化树分析软件MEGA的用法MEGA（Molecular Evolutionary Genetics Analysis）是一款功能强大的分子进化遗传学分析软件，用于构建进化树、进行序列比对、计算基因组变异等。
它提供了丰富的功能和易于使用的界面，使用户能够对生物序列进行详细的进化分析。
下面是MEGA软件的用法详解。
1.安装和启动MEGA软件2.导入序列数据在MEGA软件中，可以导入多种类型的序列数据，如DNA序列、蛋白质序列等。
您可以通过"File"菜单下的"Open"选项来导入已有的序列文件，或通过粘贴操作将文本格式的序列数据直接粘贴到MEGA软件中。
3.序列比对MEGA提供了多种序列比对方法，如ClustalW、MUSCLE等。
您可以通过"Align"菜单下的"Multiple Sequence Alignment"选项选择适当的方法进行序列比对。
在比对完成后，软件将显示每个位置的序列相似性信息。
4.进化树构建MEGA支持多种进化树构建方法，如NJ法（Neighbor-Joining）、ML法（Maximum Likelihood）等。
您可以通过"Phylogeny"菜单下的"Construct/Inference Phylogenetic Trees"选项选择适当的方法进行进化树构建。
MEGA还支持Bootstrap分析，用于评估构建的进化树的可靠性。
6.进化分析MEGA提供了多个工具用于进一步研究和分析进化树上的数据。
通过"Phylogeny"菜单下的"Tree Explorer"选项，您可以对进化树进行多种分析，如比较进化树的拓扑结构、计算进化树的分支长度、分析基因组变异等。
7.分支针对性分析MEGA还提供了一些工具用于对进化树上的特定分支进行分析。
MEGA6使用教程——进化树的构建
MEGA6使用教程——进化树的构建
利用MEGA6建立进化树一．NCBI中选择Protein数据库，搜索PD-1相关蛋白
二．选择兴趣蛋白，在Send to选项中选择File-FASTA格式
三.下载安装MEGA6,刚刚下载的FASTA文件变为可读,双击用MEGA6打开
四.展开上图得到下图,至此蛋白序列成功输入MEGA
五.选择菜单栏上Alignment-Align by Clustalw进行蛋白序列比对
六.得到比对后结果,菜单栏-Data-Export Alignment输出比对结果, 得到MEGA6源文件,接下来就可以进行进化树绘制
八.返回主程序界面,菜单栏选择Phylogeny-第二个选项Neighbor,选择刚刚输出的数据,在个性化界面按需要自己的做调整,最后得到所需进化树.。
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第一步：打开软件下面介绍菜单的使用：Data菜单：Creat a new ：创建一个新的数据比对文件，也就是说当我们比对完一组后，想接着比对另一组，那么使用它就可以不用退出直接把数据文件导入；Open ：打开先前已经比对并保存好的文件，它包含两个子菜单：retive sequence from file 和saved aligment session ；Close: 关闭当前的比对数据文件；Save session ：保存当前比对结果，可以给比对的结果一个文件名；Export alignment ：将当前的序列比对结果输出到指定文件，有两种输入格式可供选择：MGTA 和FASTA.DNA sequence ：使用它来选择输入的数据DNA 序列，这里需要说明的是如果你输入的数据是氨基酸序列的话，比对窗口只显示一个标签，若是DNA 序列的话则显示两个标签，一个是DNA 序列的，另一个是氨基酸序列的。
Protein sequences ：选择输入的氨基酸序列，选择后，所以的位点就被当作氨基酸残基位点来对待。
Translate/untranslate ：只有比对的序列是编码蛋白的DNA序列的时候才可用。
它可以根据指定的遗传密码表将DNA 序列翻译成特定的氨基酸序列。
Select genetic code table ：使用它将编码蛋白的DNA 翻译成特定的蛋白序列。
R everse complement ：将选择的一整行的DNA 序列变为与之互补配对碱基序列。
Exit alignment explorer ：退出序列比对的资源管理窗口Edit 菜单：使用这个菜单可以对我们的比对序列进行想要的一些编辑工作具体为Undo：撤销上一步操作；Copy：复制；Cut：剪切；Paste：粘贴；这三个操作都可以只针对一个碱基或氨基酸残基也可以是一段甚至是整个序列；Delete：从比对表格中删除一段序列；Delete gaps：去掉序列中的空缺；Insert blank sequence：重新插入一空行；标签和序列都是空的；Insert sequence from file ：从已保存的文件中插入新的序列；Select sites ：选择一列序列，与点击比对表上方的灰白空格作用类似；Select sequence：选择一行序列，与点击比对表格左侧的标签名作用类似；Select all：全选；Allow base editing ：只读保护，只有选择后才能对序列进行编辑操作，否则所以的序列为只读格式，不能进行任何编辑操作。
Search 菜单：用来快捷查找序列中的标记未定或者目的碱基或残基。
Find motif ：输入你想要查看的一小段序列。
找到后会以黄色标出；Find next ：在序列的下游查找目的序列片段；Find preious ：在序列的上有查找目的序列片段；Find marked sites ：查找标记位点；Highlight motif ：突出标记已经选择的位点。
Web 菜单：这个菜单提供一个链接Genbank 的入口，可以在网上直接做Blast 搜索。
当手上没有准备好要比对的序列时，可以直接去网上搜索。
Query gene banks ：开启NCBI 的主页；Do blast search: 开启NCBI BLAST 主页；Show browser ：开启网页浏览器。
Sequencer 菜单：此菜单下只有一个子菜单：edit sequencer file ，用来打开一个打开文件对话框，此对话框可以打开一个sequencer data file ，一旦打开，这个文件就在tracedata file viewer/editor 的对话框中展示出来。
这个编辑窗口允许你查看和编辑automatd DNA sequencer 产生的trace data 。
它可以阅读和编辑ABI 和Staden 格式文件并且序列可以直接被导入到序列比对窗口或被上传到网页浏览器做blast 搜索。
Display 菜单：这个菜单相对简单，主要用来调整工具栏。
Toolbars ：工具栏菜单，它包含一些子菜单，选择后就会出现在比对的窗口中；Use colors ：将不同的位点以不同的颜色显示；Background color ：选择后位点的显示与位点一样的背景颜色；Font ：字体对话框，通过选择来调整窗口中的序列字符的大小。
Alignment 菜单Mark/unmark site:在比对的表格中标记或者不标记一个单一位点，一次每条序列只能被标记一个位点，不同序列间的位点你可以选择同一列的，也可以是错开的，要根据自己的目的进行选择。
选择标记后的序列可以使用alignmarked sites 进行比对分析。
Align marked sites: 比对标记的序列，在这里如果在两个或多个序列间标记了不在一列的位点重新比对后会出现空格。
Unmarked all sites ：把所以标记的位点去标记；Delete gap-only site ：去掉序同是空格的一列；这在多序列比对前很有用。
Auto-fill gaps ：使用空格补齐不同长度的序列。
建树：1）下载数据2）初步聚类：3）建树进化树的构建另一种方式：MEGA 软件构建系统发育树摘要 ：以白色念珠菌属下面的十个种的18s RNA 为例，构建系统发育树来说明MEGA 软件的使用方法。
1背景简介1.1 MEGA （分子进化遗传分析）MEGA 的全称是Molecular Evolutionary Genetics Analysis 。
MEGA is an integrated tool for automatic and manual sequence alignment, inferring phylogenetic trees, mining web-based databases, estimating rates of molecular evolution, and testing evolutionaryhypotheses. MEGA 可用于序列比对、进化树的推断、估计分子进化速度、验证进化假说等。
MEGA 还可以通过网络（NCBI）进行序列的比对和数据的搜索。
最新版本：MEGA 5.1 Beta (软件开发者建议其结果不用于发表文章)建议下载版本：MEGA 5.05 for Windows and Mac OS。
MEGA 5 has been tested on the following Microsoft Windows® operating systems: Windows 95/98, NT, 2000, XP, Vista, version 7, Linux and Mac OS [1].MEGA 5.05 可免费下载，只需输入名字及有效邮箱，下载链接会发送至邮箱，点击可下载。
1.2 系统发育树定义系统发育树（英文：Phylogenetic tree）又称为演化树（evolutionary tree），是表明被认为具有共同祖先的各物种间演化关系的树。
是一种亲缘分支分类方法（cladogram）。
在树中，每个节点代表其各分支的最近共同祖先，而节点间的线段长度对应演化距离（如估计的演化时间）1.3 系统发育树的分类根据有根和无根来区分：树可分为有根树和无根树两类。
有根树是具有方向的树，根据系统发生树可推断出物种的起源包含唯一的节点，将其作为树中所有物种的最近共同祖先。
最常用的确定树根的方法是使用一个或多个无可争议的同源物种作为外群（英文outgroup），这个外群要足够近，以提供足够的信息，但又不能太近以至于和树中的种类相混。
把有根树去掉根即成为无根树。
一棵无根树在没有其他信息（外群）或假设（如假设最大枝长为根）时不能确定其树根。
无根树是没有方向的，其中线段的两个演化方向都有可能。
基于单个同源基因差异构建的系统发生数应称之为基因树。
因为这种树代表的仅仅是单个基因的进化历史。
而不是它所在物种的进化历史。
物种树一般最好是从多个基因数据的分析中得到。
例如一项关于植物进化的研究中，用了100个不同的基因来构建物种树，因为进化是发生在生物体种群水平上的，而不是发生在个体水平上的，虽然表面上不需要更多的数据，但实际上还是有必要的。
基因树和物种树之间的差异是很重要的，如果只用等位基因来构建物种数，那许多人人和大猩猩就会分到一起，而不是和其他人分到一起。
1.4 构建方法要构建一个进化树（phyligenetic tree）。
构建进化树的算法主要分为两类：独立元素法（discrete character methods）和距离依靠法（distance methods）。
所谓独立元素法是指进化树的拓扑形状是由序列上的每个状态决定的，而距离依靠法是指进化树的拓扑形状由两两序列的进化距离决定的。
进化树枝条的长度代表着进化距离。
独立元素法包括最大简约性法（Maximum Parsimony methods）和最大可能性法（Maximum Likelihood methods）；距离依靠法包括除权配对法（UPGMAM）和邻位相连法（Neighbor-joining）。
2 蛋白质序列分析使用方法2.1 打开网址/protein/，将菌名输入到protein后面的框内，点Search 键，选择一个搜索结果点击进入2.2 将搜索出来的结果选择send to下拉箭头内的选项，Analysis Tool和BLAST,选择好后点击Submit 进行搜索2.3进入BLAST页面，点击页面最下面的BLAST按钮，进行blast ,如图所示：2.4 从结果中选择10个蛋白质序列，进行复制，粘贴到TXT文档内，然后将TXT文档后缀名改为FASTA2.5 将保存好的，以Fasta做后缀的序列打开2.6 点击菜单栏内的Alignment选项，选择Align by ClustalW选项。
2.7 弹出如下图对话框,选择OK键，对数据进行处理经过一段时间的数据处理，数据处理完成如下图所示：2.8 选择菜单栏中Data选项中的Save Session选项进行保存。
再选择Export Alignment中的MEGA Format和FASTA format 进行保存。
2.9 选择菜单栏中的Analysis 选项中的Phylogeny中的Construct/Test Maximum Likelihood Tree 选项进行数据处理。
将数据按下表填写，点击Compute键数据将按下表方式处理:最大进化树如下所示：2.10 点击菜单栏下一行的Distance选项，选择下拉菜单中的第一个选项，进行数据处理出现如下对话框，按下图所示，点击Compute键即可得出最终结果：3 核酸序列分析使用方法打开网址/nuccore，其余方法同上，如下列图片所示，不再详述。