蛋白质分析
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列数据库 • 其中的数据可能是未知的 • UniMES提供UniRef类似的聚类功能
Uniprot的应用
• 在质谱领域有广泛的应用
– 因为其序列的非冗余性 – 举例：质谱分析
– 举例：Pyruvate: ferredoxin oxidoreductase
subunit alpha from Pyrococcus furiosus
蛋白质序列分析-interproscan
蛋白质的保守结构域
• 举例：利用interpro分析gene symbol为 ຫໍສະໝຸດ BaiduA0658的蛋白质，并预测它可能结合什么 cofactor
pI和分子量的预测
• http://web.expasy.org/compute_pi/
• 举例：预测大肠杆菌中WrbA的pI和分子量
Uniparc
• 非冗余性
• 给予序列的特异性，非同一物种的相同序
列被认为是同一个蛋白质
• 每一条序列被给予一个特异的编号
UniRef
• 包括UniRef100， UniRef90和UniRef50
• 分别包括了相似度为100%，90%和50%的序 列的总和
UniMES
• UniMES是metagenomics和环境生物学的序
对信号肽的预测
• SignalP 4.0
• http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/
• 利用神经网络和HMM模型预测信号肽
• VKLIMFLLMVPLFSYLAAASLRVLSPNPASCDSPEL GYQCNSETTHTWGQYSPFFSVPSEISPSVPEGCR
• EBI建立并维护
• 是一个自动数据库
• 冗余度高，可信度低
UniprotKB
• 部分经过专家注释的数据库 • 具有很高的可信度 • 包括两部分UniprotKB/Swiss-Prot和 UniprotKB/TrEMBL • UniprotKB/Swiss-Prot包括539,165条序列 • UniprotKB/TrEMBL包括29,769,971 条序列 • 具有非冗余性
Uniprot蛋白数据库及其他蛋白 质分析工具
Uniprot数据库
• Uniprot（Universal protein resource)是蛋白
质序列的联合数据库。
– SIB: Swiss Institute of Bioinformatics
– EBI: European Bioinformatics Institute
– PIR: Protein Information Resource
– 2002年三家联合形成了Uniprot
Swiss-Prot
• 1986年建立
• 低冗余度
• 功能导向
• 由Swiss Institute of Bioinformatics 和EBI共同 建立并维护
TrEMBL
• TrEMBL=Translation from EMBL
蛋白质的结构域--二级库
• 根据序列比对的策略不同存在较多的蛋白质序 列二级库，比如ProSite,PRINT, ProDom, Pfam, Gene3D,PANTHER, PIRSF,Tigrfams等等 • 目前诸多蛋白质序列二级库已经被整合到 Interpro数据库中 • 利用Interpro可以查找并鉴定蛋白质的结构域， 可能的功能基团以及预测其生理功能等 • 举例：查询actin-like protein，找到其三维结构 和功能 • 举例：查询4Fe-4S cluster binding site
ExPASy
• SIB运作的一个蛋白质专业网站
蛋白质结构和功能的分析与预测
Blast寻找相似 蛋白功能 利用Uniprot 分析结构域 分析蛋白质 的位置 利用Interpro 分析结构域 分析蛋白质 的MW和pI 已知序列
阅读相似蛋 白的文献
提出蛋白质 功能的假说
已知名称
寻找序列
对膜蛋白和跨膜区域的预测
• 一般来说是一个20AA长的alpha helix • TMpred • http://www.ch.embnet.org/software/TMPRED_ form.html • TMHMM • http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/ • msyntslgls enivaalcyp vgwlsglffl llerknkfvr fhamqsvllf mpialfiflv awiptigwfi adgagmtaml lilipmymaf rgskfkipii gniaynfayg e
Uniprot的应用
• 在质谱领域有广泛的应用
– 因为其序列的非冗余性 – 举例：质谱分析
– 举例：Pyruvate: ferredoxin oxidoreductase
subunit alpha from Pyrococcus furiosus
蛋白质序列分析-interproscan
蛋白质的保守结构域
• 举例：利用interpro分析gene symbol为 ຫໍສະໝຸດ BaiduA0658的蛋白质，并预测它可能结合什么 cofactor
pI和分子量的预测
• http://web.expasy.org/compute_pi/
• 举例：预测大肠杆菌中WrbA的pI和分子量
Uniparc
• 非冗余性
• 给予序列的特异性，非同一物种的相同序
列被认为是同一个蛋白质
• 每一条序列被给予一个特异的编号
UniRef
• 包括UniRef100， UniRef90和UniRef50
• 分别包括了相似度为100%，90%和50%的序 列的总和
UniMES
• UniMES是metagenomics和环境生物学的序
对信号肽的预测
• SignalP 4.0
• http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/
• 利用神经网络和HMM模型预测信号肽
• VKLIMFLLMVPLFSYLAAASLRVLSPNPASCDSPEL GYQCNSETTHTWGQYSPFFSVPSEISPSVPEGCR
• EBI建立并维护
• 是一个自动数据库
• 冗余度高，可信度低
UniprotKB
• 部分经过专家注释的数据库 • 具有很高的可信度 • 包括两部分UniprotKB/Swiss-Prot和 UniprotKB/TrEMBL • UniprotKB/Swiss-Prot包括539,165条序列 • UniprotKB/TrEMBL包括29,769,971 条序列 • 具有非冗余性
Uniprot蛋白数据库及其他蛋白 质分析工具
Uniprot数据库
• Uniprot（Universal protein resource)是蛋白
质序列的联合数据库。
– SIB: Swiss Institute of Bioinformatics
– EBI: European Bioinformatics Institute
– PIR: Protein Information Resource
– 2002年三家联合形成了Uniprot
Swiss-Prot
• 1986年建立
• 低冗余度
• 功能导向
• 由Swiss Institute of Bioinformatics 和EBI共同 建立并维护
TrEMBL
• TrEMBL=Translation from EMBL
蛋白质的结构域--二级库
• 根据序列比对的策略不同存在较多的蛋白质序 列二级库，比如ProSite,PRINT, ProDom, Pfam, Gene3D,PANTHER, PIRSF,Tigrfams等等 • 目前诸多蛋白质序列二级库已经被整合到 Interpro数据库中 • 利用Interpro可以查找并鉴定蛋白质的结构域， 可能的功能基团以及预测其生理功能等 • 举例：查询actin-like protein，找到其三维结构 和功能 • 举例：查询4Fe-4S cluster binding site
ExPASy
• SIB运作的一个蛋白质专业网站
蛋白质结构和功能的分析与预测
Blast寻找相似 蛋白功能 利用Uniprot 分析结构域 分析蛋白质 的位置 利用Interpro 分析结构域 分析蛋白质 的MW和pI 已知序列
阅读相似蛋 白的文献
提出蛋白质 功能的假说
已知名称
寻找序列
对膜蛋白和跨膜区域的预测
• 一般来说是一个20AA长的alpha helix • TMpred • http://www.ch.embnet.org/software/TMPRED_ form.html • TMHMM • http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/ • msyntslgls enivaalcyp vgwlsglffl llerknkfvr fhamqsvllf mpialfiflv awiptigwfi adgagmtaml lilipmymaf rgskfkipii gniaynfayg e