叶绿体DNA的提取-微藻
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叶绿体DNA的提取(参考杜氏盐藻)
1、材料:扁藻
2、培养基配方:
3、仪器:超速离心机细胞破碎仪
4、用于细胞破碎和叶绿体分离的缓冲液:
, 2m mol/L 溶液1: mol/L山梨糖醇Sorbitol,50m mol/L Hepes, 2m mol/LEDTA, 1m mol/L MnCl
2
DTT,体积分数%BSA,Leupeptin 1mg/L
溶液2(45%蔗糖加离心缓冲液):45g/L蔗糖,L Sorbitol,50m mol/L Hepes
溶液3(60%蔗糖加离心缓冲液):60g/L蔗糖,L Sorbitol,50m mol/L Hepes
溶液4(叶绿体洗涤缓冲液):L Sorbitol,25m mol/L Hepes
以上缓冲液均用KOH调pH至
溶液5: 50m mol/L Tris-HCl,100 m mol/L EDTA,
5、完整叶绿体的分离(所有操作均在4℃进行)
1)将培养10d左右达对数生长后期的250ml藻液,离心收集藻体,液氮充分研磨后,将上述藻体细胞用20ml冰预冷的溶液1充分缓慢的悬浮于50ml离心管,制成(粗体液)。
3)将粗体液于1000g离心30s,弃上清。
4)再次用10ml冰预冷的溶液1充分缓慢悬浮,悬浮液平均铺满于6个10 mL HITACHI CPIO0专用离心管上层,每个离心管最下层铺有冰预冷的3 mL溶液3,其上铺有冰预冷的3 mL溶液2形成梯度。
5)4℃,40 000 g离心3h,完整的叶绿体集中在梯度之间,将此层小心吸至10 mL离心管(约2 mL) 6)加入4倍体积的冰预冷的溶液4,3 000 g离心5min以除去多余的蔗糖,重复此步骤1次。7)将沉淀悬浮于3 mL溶液4作为完整叶绿体制品,置于4 ℃备用。
6、cpDNA的提取及鉴定
l)在得到的新鲜完整叶绿体制品中,加入终浓度分别为150μg/l和13mmol/l的DNase I和MgCl2,并于冰上静置2h以去除来自核DNA的潜在污染
2)4℃,1 000 g离心1 min,收集叶绿体沉淀
3)将叶绿体沉淀悬浮于500μl溶液5,加入终浓度为2%的SDS (初始浓度为20%的SDS加55μl) 和终浓度为100μg/ml的蛋白酶K(初始浓度为20mg/ml,加μl),55℃水浴3h;
4)、加入等体积的饱和酚,轻轻混合均匀,于4℃,12000rpm离心10-15min
5)小心移取上清于新的灭菌EP管,后加入等体积的酚:氯仿:异戊醇(25:24:1),混匀,于4℃,
12000rpm离心10-15min;
6)小心移取上清于另一离心管,加入等体积氯仿:异戊醇(24:1),上下颠倒混合均匀,于4℃,12000rpm离心10-15min;
7)移取上清,加1/10体积的3M NaAC和二倍体积预冷的无水乙醇(-20℃),于-20℃冰箱中沉淀过夜或-80℃沉淀1h;
8)4℃,10000rpm离心15min,弃上清;
9)加入70%酒精,10000rpm离心10分钟,洗涤沉淀两次;
将沉淀于室温放置,直至无酒精气味,加30-50μlTE缓冲液或RNase-free水溶解沉淀
10)