DNAMAN 序列比对方法
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Graphic (EMF) File,即导出图片格式的比对文件。
3、设置Option
单击Options-Shading homology,在Shading type里设置相应颜色,单击确定。另外,Options-Preference里选项可做调整,比如勾选No pos label in Printing/Output则不出现氨基酸的个数标示,比如不勾选Show consensus sequence,则不出现一致序列,这样既美观又有了更多的空间去标示motif等。
1、序列导入:
打开DNAman软件,单击channel1以激活通道1,再单击file-open或者文件夹图标以浏览电脑文件,选择所有文件方可显示电脑中之前存储的fasta或txt格式的文件,选中要导入的文件后(注意导入通道内的序列是fasta格式的即带大于号形式的序列),再依次单击channel2、3、4……依次导入其他fasta格式的蛋白序列。
2、比对分析:
单击Sequence-Multiple sequence alignment,选择protein,单击channel,选择所有要比对的channel,OK后单击下一步,选择Fast alignment,单击下一步,选择默认的Quick alignment(如果前面没有选择Fast alignment,则这一步选择Dynamic alignment),单击完成。
3、设置Option
单击Options-Shading homology,在Shading type里设置相应颜色,单击确定。另外,Options-Preference里选项可做调整,比如勾选No pos label in Printing/Output则不出现氨基酸的个数标示,比如不勾选Show consensus sequence,则不出现一致序列,这样既美观又有了更多的空间去标示motif等。
1、序列导入:
打开DNAman软件,单击channel1以激活通道1,再单击file-open或者文件夹图标以浏览电脑文件,选择所有文件方可显示电脑中之前存储的fasta或txt格式的文件,选中要导入的文件后(注意导入通道内的序列是fasta格式的即带大于号形式的序列),再依次单击channel2、3、4……依次导入其他fasta格式的蛋白序列。
2、比对分析:
单击Sequence-Multiple sequence alignment,选择protein,单击channel,选择所有要比对的channel,OK后单击下一步,选择Fast alignment,单击下一步,选择默认的Quick alignment(如果前面没有选择Fast alignment,则这一步选择Dynamic alignment),单击完成。