DNAMAN 序列比对方法
序列分析软件DNAMAN 的使用方法简介
序列分析软件DNAMAN 的使用方法简介DNAMAN 是一种常用的核酸序列分析软件。
由于它功能强大，使用方便，已成为一种普遍使用的DNA 序列分析工具。
本文以DNAMAN 5.2.9 Demo version 为例，简单介绍其使用方法。
打开DNAMAN，可以看到如下界面：第一栏为主菜单栏。
除了帮助菜单外，有十个常用主菜单，第二栏为工具栏：第三栏为浏览器栏：在浏览器栏下方的工作区左侧，可见Channel 工具条，DNAMAN 提供20 个Channel，(如左所示：)点击Channel 工具条上相应的数字，即可击活相应的Channel。
每个Channel 可以装入一个序列。
将要分析的序列（DNA 序列或氨基酸序列）放入Channel 中可以节约存取序列时间，加快分析速度。
此版本DNAMAN 提供自动载入功能，用户只需激活某个Channel，然后打开一个序列文件，则打开的序列自动载入被激活的Channel 中。
本文以具体使用DNAMAN 的过程为例来说明如何使用DNAMAN 分析序列。
1．将待分析序列装入Channel（１）通过File Open 命令打开待分析序列文件，则打开的序列自动装入默认Channel。
（初始为channel1）可以通过激活不同的channel (例如：channel5)来改变序列装入的Channel。
（２）通过Sequence/Load Sequence 菜单的子菜单打开文件或将选定的部分序列装入Channel 。
通过Sequence/Current Sequence/Analysis Defination 命令打开一个对话框，通过此对话框可以设定序列的性质（DNA 或蛋白质），名称，要分析的片段等参数。
2．以不同形式显示序列通过Sequence//Display Sequence 命令打开对话框，如下图所示：根据不同的需要，可以选择显示不同的序列转换形式。
对话框选项说明如下：Sequence &Composition 显示序列和成分Reverse Complement Sequence 显示待分析序列的反向互补序列Reverse Sequence 显示待分析序列的反向序列Complement Sequence 显示待分析序列的互补序列Double Stranded Sequence 显示待分析序列的双链序列RNA Sequence 显示待分析序列的对应RNA 序列3．DNA 序列的限制性酶切位点分析将待分析的序列装入Channel，点击要分析的Channel，然后通过Restriction/Analysis 命令打开对话框，如下所示：参数说明如下：Results 分析结果显示其中包括：Show summary（显示概要） Show sites on sequence（在结果中显示酶切位点）Draw restriction map（显示限制性酶切图）Draw restriction pattern（显示限制性酶切模式图）Ignore enzymes with more than（忽略大于某设定值的酶切位点）Ignore enzymes with less than（忽略小于某设定值的酶切位点）Target DNA （目标DNA 特性）circular（环型DNA），dam/dcm methylation（dam/dcm 甲基化）all DNA in Sequence Channel（选择此项，在Sequence Channel 中的所有序列将被分析，如果选择了Draw restriction pattern，那么当所有的channel 中共有两条DNA 时，则只能选择两个酶分析，如果共有三个以上DNA 时，则只能用一个酶分析。
DNAman使用说明
查看文章DNAMAN使用说明书（中文）2008年04月16日星期三下午10:50DNAMAN 是一种常用的核酸序列分析软件。
由于它功能强大，使用方便，已成为一种普遍使用的DNA 序列分析工具。
本文以DNAMAN 5.2.9 Demo version 为例，简单介绍其使用方法。
打开DNAMAN，可以看到如下界面：第一栏为主菜单栏。
除了帮助菜单外，有十个常用主菜单，第二栏为工具栏：第三栏为浏览器栏：在浏览器栏下方的工作区左侧，可见Channel 工具条，DNAMAN 提供20 个Channel，(如左所示：)点击Channel 工具条上相应的数字，即可击活相应的Channel。
每个Channel 可以装入一个序列。
将要分析的序列（DNA 序列或氨基酸序列）放入Channel 中可以节约存取序列时间，加快分析速度。
此版本DNAMAN 提供自动载入功能，用户只需激活某个Channel，然后打开一个序列文件，则打开的序列自动载入被激活的Channel 中。
本文以具体使用DNAMAN 的过程为例来说明如何使用DNAMAN 分析序列。
1．将待分析序列装入Channel（１）通过File Open 命令打开待分析序列文件，则打开的序列自动装入默认Channel。
（初始为channel1）可以通过激活不同的channel (例如：channel5)来改变序列装入的Channel。
（２）通过Sequence/Load Sequence 菜单的子菜单打开文件或将选定的部分序列装入Channel 。
通过Sequence/Current Sequence/Analysis Defination 命令打开一个对话框，通过此对话框可以设定序列的性质（DNA 或蛋白质），名称，要分析的片段等参数。
2．以不同形式显示序列通过Sequence//Display Sequence 命令打开对话框，如下图所示：根据不同的需要，可以选择显示不同的序列转换形式。
DNAman8序列比对、序列拼接图文教程
DNAman8序 列 比 对 、 序 列 拼 接 图 文 教 程
DNAman8序列比对、序列拼接图文教程 新建 复制目标基因至文本框
选中通道1，选中目的基因，点击序列点击from selection
以同样方法导入测序片段1和片段2（片段1、2需拼接）
拼接序列
点击通道 勾选需要拼接序列
点击拼接，点击显示结果
点击export输出拼接后序列 选中并参照上述方法拼接序列导入通道序列比对 多重序列比对
选中目标基因和拼接后基因通道 一直下一步下一步完成
如果测序样品很多，可以依次导入进行多重对比，点击options可以选择对比对象
如何使用DNAMAN软件制作序列比对
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4实验四 DNAMAN 软件的使用,多序列比对
进行如下操作
• ORF寻找 • 不同物种氨基酸之间多序列比对 • 蛋白质二级结构预测 • 保存结果，并抓图
Hale Waihona Puke 实验过程• 从NCBI下载人、小鼠、大鼠、
猪、羊、鸡、斑马鱼等物种的下 列基因中任何一个基因的核苷酸 和氨基酸序列：
• LPL, FAS, FABP, FTO, GDF11, ACC,
LEPTIN, MC4R, IGF1，IGF2，BMP2，HSL, PPARγ，STARS, ADD1， NHX1，SAMDC, DLX5，ENR, Lpin1
生物信息学实验课件
邢晋祎 生命科学学院 Copyright
实验四
DNAMAN软件的使用、 多序列联配
实验目的
1.理解什么是多序列连配以及其目的。 2.学会使用DNAMAN软件。 3.用DNAMAN软件进行多序列连配、开放阅 读框寻找、氨基酸二级结构预测等。
实验材料
• 计算机，网络。 • DNAMAN。 • 基因核苷酸和氨基酸序列
序列分析软件DNAMAN的使用方法
DNAMAN 是一种常用的核酸序列分析 软件。由于它功能强大，使用方便，已 成为一种普遍使用的DNA 序列分析工具。
打开DNAMAN，可以看到如下界面：
第一栏为主菜单栏。除了帮助菜单外，有十个 常用主菜单， 第二栏为工具栏： 第三栏为浏览器栏： 在浏览器栏下方的工作 区左侧，可见Channel 工具条，DNAMAN 提 供20 个Channel，点击Channel 工具条上相 应的数字，即可击活相应的Channel。 每个Channel 可以装入一个序列。将要分析 的序列（DNA 序列或氨基酸序列）放入 Channel 中可以节约存取序列时间，加快分 析速度。
Annotations 是否显示注释 Comparision 比对参数， 其中Window 代表Window size（单位比对长度）， Mismatch 代表Mismatch size（单位比对长度中许 可的错配值）要快速比对，需将此项设为0。 Both stran 代表Both strand（双链比对）选择此项， 是指用Sequence 2 中的序列的正链和负链分别和 Sequence 1 比较。 Sequence 2 正链与Sequence 1 比较结果用黑色点 表示，Sequence 2 负链比对结果用红色点表示。
ห้องสมุดไป่ตู้
选择所需的项目，然后按提示操作点击按扭，出现下 列对话框： 参数说明如下： Enzyme 代表（enzyme data file），点击旁边的下拉按钮， 出现两个默认选项，restrict.enz 和dnamane.enz， 如果添加过自制的酶列表，则附加显示自制酶列表文 件名。 其中restrict.enz 数据文件包含180 种限制酶， dnamane.enz 数据文件包含2524 种限制酶。 选择其中一个数据文件，相应的酶在左边的显示框中 列出（按酶名称字母表顺序），鼠标双击酶名称，则 对应的酶被选中，在右边空白框中列出。
如何找同源基因并用DNAman比对序列
选择序列文件所 在位置
精品课件
然后一直点击下一步
注意输入的序列是DNA 或者是蛋白质序列,打 勾相应的选项
精品课件
选项不需要修 改,默认就行
精品课件
选项不需要修 改,默认就行
精品课件
选项不需要修 改,默认就行
精品课件
序列前面一般会加上CREATED..FEATURESLCATINQUALIFIERS这一段标记
精品课件
这是结果，得分越高说明同源性越高
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点击第一个前面字母G，得到如图可以看到 CDS sequence和Peptide equence
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把基因名和CDS序列如图复制到记事本，把 txt格式改为SEQ格式（直接更改扩展名）
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接下来就是用DNAman分析了
选择输入序列 精品课件
如何在phytozome中找物种同源基因并 用DNAman比对序列
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Zakery 2016年找的物种，比如水
稻Oryza sativa v7_JGI (Rice)
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点击BLAST search
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在target type中选择proteome，把氨基酸序 列复制到BLAST框中，点GO
注意,由于是用了免费的版本,它 会在这里加上了一段标记,手工 去除它.
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这是去除后的序 列情况
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点击这个按钮, 出现下拉菜单
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保持EMF格式的文件即可, 然后用图片查看器打开 可以放大缩小而不改变 像素
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前面软件演 示所用的序 列比对后做 出来的图
注意:由于前面软件自 动加了约为几十个bp长 度的标记,因此在所获 得的图中,会在尾部出 现N多个点,不影响图片 的质量与美观!
序列比对,构建进化树
1从NCBI上下载某个基因在其他物种的序列比如，下载caveolin基因在其他物种的序列NCBI地址：/在search一栏的下拉列表中选择Nucleotide,for后面的一栏中输入自己要查询的基因。
完毕，点击GO确认。
可得到一下结果：每一条记录分别是某个物种的caveolin的序列，以第10条记录为例，称为GenBank 登录号。
为拉丁文的人类的字母，表示物种，表示基因名称（caveolin基因家族共有3个主要基因，分别称为1，2，3）表示此序列为cDNA,不含内含子。
下图中的NEXT表示翻页，查看剩余的记录。
打开第10条记录可看到下图：现在你需要保存下来得就是上面的这一串（碱基）核酸序列。
复制黏贴（包括上面表示顺序的数字）到TXT文本中备用。
打开DNAMAN软件，左上角点击file-new，出现下图：可以把先前从NCBI下载的序列（保存到TXT文本中得）复制到箭头指示处，得到：并按照上图左上角file-save as(注意此文件得保存名称为保存的此物中得名称)，已上是DNAMAN软件中seq序列格式的保存方法。
2 序列编辑和比对（DNAMAN软件）你们实验PCR得到的序列只是某个基因上的一部分，所以为了进行不同物种间的比对，要把下载下来的其他物种的某个基因的序列进行删减，以使两段基因是大约相同长度的片段进行比对。
以人类caveolin1基因为例说明一下。
按照1，2，3得顺序依次打开，得到下图：点击上图中的1，你会得到下图，点击2是清楚所有刚才选进比对的序列（为了重新选择序列），3是有选择的删除某个序列。
当然，把你的所有准备的序列保存好以后，从查找范围这个下拉列表中寻找你要比对的序列。
可以按住ctrl点击你要比对的几个序列（同时选中）选完点击打开。
再点下图中得确定键。
得到下图：找好这两个物种重合的那个核苷酸的序号（前后两段都是），然后打开你保存的seq格式的序列，数出刚才比对重合部分的后端的碱基数，把这个碱基后面的序列删掉，再用此方法把比对重合部分前段得序列删掉，保存。
如何使用DNAMAN软件制作序列比对
注意,由于是用了免费的版本,它 会在这里加上了一段标记,手工 去除它.
这是去除后的序 列情况
点击这个按钮, 出现下拉菜单
保持EMF格式的文件即 可,然后用图片查看器打 开可以放大缩小而不改 变像素
前面软件演 示所用的序 列比对后做 出来的图
注意:由于前面软件自 动加了约为几十个bp 长度的标记,因此在所 获得的图中,会在尾部 出现N多个点,不影响图 片的质量与美观!
如何使用DNAMAN软件制作序 列比对图(发表论文用)
选择输入序列
选择序列文件所 在位置
注意输入的序列是 DNA或者是蛋白质序 列,打勾相应的选项 然后一直点击下一步
选项不需要修 改,默认就行
选项不需要修 改,默认就行
选项不需要修 改,默认就行 Nhomakorabea序列前面一般会加上CREATED..FEATURESLCATINQUALIFIERS这一段标记
dnaman基因序列的比对方法
dnaman基因序列的比对方法
DNAMAN是用于多序列比对、PCR引物设计、限制性酶切分析、质粒绘图、蛋白质分析等的高度集成化的分子生物学综合应用软件。
以下是使用DNAMAN进行基因序列比对的步骤：
1. 打开DNAMAN，点击“Sequence-Alignment-Multiple sequence alignment”，进入比对页面。
2. 点击“File”，上传序列文件（fasta格式），选择序列类型，点击“Next”。
3. 这一步和下一步默认即可。
4. 参数默认即可，点击“Finish”，即可得到比对结果。
5. 若需要导出图，点击“Output-Graphic file”，保存EMF格式图片。
随后在画图工具中另存为需要的照片格式即可。
以上步骤仅供参考，建议查阅DNAMAN软件使用说明或咨询专业人士，
获取更准确的信息。
DNAMAN序列比对方法
DNAMAN序列比对方法
1、序列导入：
打开DNAman软件，单击channel1以激活通道1，再单击file-open或者文件夹图标以浏览电脑文件，选择所有文件方可显示电脑中之前存储的fasta或txt格式的文件，选中要导入的文件后（注意导入通道内的序列是fasta格式的即带大于号形式的序列），再依次单击channel2、3、4……依次导入其他fasta格式的蛋白序列。
2、比对分析：
单击Sequence-Multiple sequence alignment，选择protein，单击channel，选择所有要比对的channel，OK后单击下一步，选择Fast alignment，单击下一步，选择默认的Quick alignment（如果前面没有选择Fast alignment，则这一步选择Dynamic alignment），单击完成。
3、设置Option
单击Options-Shading homology，在Shading type里设置相应颜色，单击确定。
另外，Options-Preference里选项可做调整，比如勾选No pos label in Printing/Output则不出现氨基酸的个数标示，比如不勾选Show consensus sequence，则不出现一致序列，这样既美观又有了更多的空间去标示motif等。
4、输出图片
单击Output-Graphic (EMF) File，即导出图片格式的比对文件。
DNAMAN使用方法(图文教程)：多重序列比对
序列比对的理论基础是进化学说：如果两个序列之间具有足够的相似性，就推测二者可能有共同的进化祖先，经过序列内残基的替换、残基或序列片段的缺失、以及序列重组等遗传变异过程分别演化而来。
序列相似和序列同源是不同的概念，序列之间的相似程度是可以量化的参数，而序列是否同源需要有进化事实的验证。
物以类聚人以群分，就像你要了解一个人可以通过了解他的朋友一样，序列比对是从已知获得未知的一个十分有用的方法。
另外，物种亲缘树的构建都需要进行生物分子序列的相似性比较。
序列比对按照数目、范围和对象来分，可以分为：o两序列比对和多序列比对o全局比对和局部比对o核酸序列比对和氨基酸序列比对。
限于篇幅，今天只给大家介绍如何使用DNAMAN 8作核酸多序列比对。
多序列比对就是把两条以上可能有系统进化关系的序列进行比对的方法。
其意义在于它能够把不同种属的相关序列的比对结果按照特定的格式输出，并且在一定程度上反映它们之间的相似性。
首先，在解螺旋回复0628下载DNAMAN 8软件。
打开后可以看到以下界面：第一栏为主菜单栏，除了帮助菜单外，有十个常用主菜单；第二栏为工具栏；第三栏为浏览器栏。
打开File-New，将序列粘贴到弹出的窗口中，点击File-save,保存到指定的文件夹。
将所需比对的序列保存好以后，选中Sequence—Aligment—Multiple aligment sequence 进行多序列比较。
在弹出的窗口Sequence&Files中加载序列，File、Fold、channel、Database分别表示从文件、文件夹、channel和数据库中获取序列。
勾选窗口中的“DNA”，点击“下一步”。
在弹出的窗口Method中，“optimalaligment”最佳比对方式中有四个高大上的选项：Full Alignment（完全比对）、Prosile Aligment（轮廓比对）、New Swquence on Profile （轮廓上的新序列）、Fast Alignment（快速比对），本文选择了Fast Alignment，并且勾选了Try both strands(尝试使用双链)。
dnaman比对序列结果解读
dnaman比对序列结果解读
DNAman是一种常用的生物信息学软件，可以用于比对DNA序列并解读结果。
比对序列结果的解读对于研究人员来说非常重要，因为它提供了有关DNA序列相
似性、突变等信息。
下面我将解读一下比对序列结果：
在DNAman中，比对序列结果通常以多种方式呈现，包括序列比对图、相似
性矩阵、突变分析等。
首先，我们可以通过序列比对图来直观地了解两个或多个DNA序列的相似性和差异性。
比对图中使用不同的符号和颜色表示碱基匹配、插
入或删除等突变类型。
通过比对图，我们可以快速识别出序列间的相似性和差异性。
相似性矩阵是另一种常见的结果展示方式。
它以表格的形式呈现两个或多个序
列间的相似度比较结果。
矩阵中的每个单元格表示对应位置上的碱基匹配得分。
相似性矩阵可以帮助我们快速计算两个序列的相似程度，并可视化揭示出可能的突变类型。
此外，比对序列结果还可以提供详细的突变分析。
它可以标记出序列间的碱基
突变、插入和删除等变异类型，同时计算每种突变类型的频率。
这些详细的突变信息对于研究者来说非常有价值，可以帮助他们了解到底哪些位置上发生了变异，从而进一步研究其对生物体的功能和表型产生的影响。
综上所述，通过DNAman比对序列结果的解读，我们可以获得关于DNA序列
相似性、突变类型和频率等重要信息。
这些信息对于深入研究基因组学、分子进化和病毒变异等领域非常有帮助。
DNAman的强大功能可以帮助科研人员更好地理
解和解释DNA序列比对结果。
序列比对,构建进化树
1从NCBI上下载某个基因在其他物种的序列比如，下载caveolin基因在其他物种的序列NCBI地址：/在search一栏的下拉列表中选择Nucleotide,for后面的一栏中输入自己要查询的基因。
完毕，点击GO确认。
可得到一下结果：每一条记录分别是某个物种的caveolin的序列，以第10条记录为例，称为GenBank 登录号。
为拉丁文的人类的字母，表示物种，表示基因名称（caveolin基因家族共有3个主要基因，分别称为1，2，3）表示此序列为cDNA,不含内含子。
下图中的NEXT表示翻页，查看剩余的记录。
打开第10条记录可看到下图：现在你需要保存下来得就是上面的这一串（碱基）核酸序列。
复制黏贴（包括上面表示顺序的数字）到TXT文本中备用。
打开DNAMAN软件，左上角点击file-new，出现下图：可以把先前从NCBI下载的序列（保存到TXT文本中得）复制到箭头指示处，得到：并按照上图左上角file-save as(注意此文件得保存名称为保存的此物中得名称)，已上是DNAMAN软件中seq序列格式的保存方法。
2 序列编辑和比对（DNAMAN软件）你们实验PCR得到的序列只是某个基因上的一部分，所以为了进行不同物种间的比对，要把下载下来的其他物种的某个基因的序列进行删减，以使两段基因是大约相同长度的片段进行比对。
以人类caveolin1基因为例说明一下。
按照1，2，3得顺序依次打开，得到下图：点击上图中的1，你会得到下图，点击2是清楚所有刚才选进比对的序列（为了重新选择序列），3是有选择的删除某个序列。
当然，把你的所有准备的序列保存好以后，从查找范围这个下拉列表中寻找你要比对的序列。
可以按住ctrl点击你要比对的几个序列（同时选中）选完点击打开。
再点下图中得确定键。
得到下图：找好这两个物种重合的那个核苷酸的序号（前后两段都是），然后打开你保存的seq格式的序列，数出刚才比对重合部分的后端的碱基数，把这个碱基后面的序列删掉，再用此方法把比对重合部分前段得序列删掉，保存。
序列分析软件DNAMAN的使用方法简介
序列分析软件DNAMAN的使用方法简介吕惠平(新疆大学生命科学与技术学院；新疆生物资源基因工程重点实验室，乌鲁木齐，830046) DNAMAN是一种常用的核酸序列分析软件。
由于它功能强大，使用方便，已成为一种普遍使用的DNA序列分析工具。
本文以DNAMAN 5.2.9 Demo version为例，简单介绍其使用方法。
打开DNAMAN，可以看到如下界面：第一栏为主菜单栏。
除了帮助菜单外，有十个常用主菜单，第二栏为工具栏：第三栏为浏览器栏：在浏览器栏下方的工作区左侧，可见Channel工具条，DNAMAN提供20个Channel，(如左所示：)点击Channel工具条上相应的数字，即可击活相应的Channel。
每个Channel可以装入一个序列。
将要分析的序列（DNA 序列或氨基酸序列）放入Channel中可以节约存取序列时间，加快分析速度。
此版本DNAMAN提供自动载入功能，用户只需激活某个Channel，然后打开一个序列文件，则打开的序列自动载入被激活的 Channel中。
本文以具体使用DNAMAN的过程为例来说明如何使用DNAMAN分析序列。
1．将待分析序列装入Channel（１）通过File Open命令打开待分析序列文件，则打开的序列自动装入默认Channel。
（初始为channel1）可以通过激活不同的channel (例如：channel5)来改变序列装入的Channel。
（２）通过Sequence/Load Sequence菜单的子菜单打开文件或将选定的部分序列装入Channel。
通过Sequence/Current Sequence/Analysis Defination命令打开一个对话框，通过此对话框可以设定序列的性质（DNA 或蛋白质），名称，要分析的片段等参数。
2．以不同形式显示序列通过Sequence//Display Sequence命令打开对话框，如下图所示：根据不同的需要，可以选择显示不同的序列转换形式。
DNAMAN使用说明
序列分析软件DNAMAN的使用方法简介DNAMAN 是一种常用的核酸序列分析软件。
由于它功能强大，使用方便，已成为一种普遍使用的DNA序列分析工具。
本文以DNAMAN 5.2.9 Demo version为例，简单介绍其使用方法。
打开DNAMAN，可以看到如下界面：第一栏为主菜单栏。
除了帮助菜单外，有十个常用主菜单，第二栏为工具栏：第三栏为浏览器栏：在浏览器栏下方的工作区左侧，可见Channel工具条，DNAMAN提供20个Channel，(如左所示：)点击Channel工具条上相应的数字，即可击活相应的Channel。
每个Channel可以装入一个序列。
将要分析的序列（DNA序列或氨基酸序列）放入Channel中可以节约存取序列时间，加快分析速度。
只需激活某个Channel，然后打开一个序列文件，则打开的序列自动载入被激活的Channel 中。
本文以具体使用DNAMAN的过程为例来说明如何使用DNAMAN分析序列。
1．将待分析序列装入 Channel（１）通过File Open命令打开待分析序列文件，则打开的序列自动装入默认Channel。
（初始为channel1）可以通过激活不同的 channel (例如：channel5)来改变序列装入的 Channel。
（２）通过Sequence/Load Sequence 菜单的子菜单打开文件或将选定的部分序列装入 Channel 。
通过Sequence/Current Sequence/Analysis Defination 命令打开一个对话框，通过此对话框可以设定序列的性质（DNA或蛋白质），名称，要分析的片段等参数。
2．以不同形式显示序列通过Sequence//Display Sequence命令打开对话框，如下图所示：根据不同的需要，可以选择显示不同的序列转换形式。
对话框选项说明如下：Sequence &Composition显示序列和成分Reverse Complement Sequence显示待分析序列的反向互补序列Reverse Sequence显示待分析序列的反向序列Complement Sequence显示待分析序列的互补序列Double Stranded Sequence显示待分析序列的双链序列RNA Sequence显示待分析序列的对应RNA序列3．DNA 序列的限制性酶切位点分析将待分析的序列装入Channel，点击要分析的Channel，然后通过Restriction/Analysis命令打开对话框，如下所示：参数说明如下：Results 分析结果显示其中包括：Show summary（显示概要）Show sites on sequence（在结果中显示酶切位点）Draw restriction map（显示限制性酶切图）Draw restriction pattern（显示限制性酶切模式图）Ignore enzymes with more than（忽略大于某设定值的酶切位点）Ignore enzymes with less than（忽略小于某设定值的酶切位点）Target DNA （目标 DNA 特性）circular（环型 DNA），dam/dcm methylation（dam/dcm 甲基化）all DNA in Sequence Channel（选择此项，在 Sequence Channel 中的所有序列将被分析，如果选择了Draw restriction pattern，那么当所有的channel中共有两条DNA时，则只能选择两个酶分析，如果共有三个以上DNA时，则只能用一个酶分析。
dnaman比对序列结果解读
dnaman比对序列结果解读摘要：一、简介：Dnaman比对序列的基本概念二、比对结果的解读方法1.匹配度分析2.一致性分析3.变异分析4.基因型分析三、比对结果的实用意义1.在遗传病筛查中的应用2.在基因突变检测中的应用3.在遗传多样性研究中的应用四、结论：Dnaman比对序列在生物技术领域的重要性正文：随着生物信息学的发展，Dnaman比对序列已成为生物学研究中不可或缺的工具。
它通过将目标序列与参考序列进行比对，从而揭示两者之间的相似性和差异性。
比对结果的解读在生物学研究中具有重要意义，可以帮助我们深入了解基因、变异和遗传等方面的问题。
在Dnaman比对序列中，匹配度是指两条序列之间相同或相似的碱基数量。
通过分析匹配度，我们可以了解目标序列与参考序列之间的相似性。
高匹配度表示两条序列具有较高的相似性，可能来源于同一个祖先序列；低匹配度则表示两条序列之间差异较大，可能存在不同的功能或表达方式。
一致性分析是评估比对结果中碱基替换、插入和删除等变异情况的指标。
一致性越高，说明目标序列与参考序列在相应区域越稳定；一致性越低，说明该区域变异较多，可能影响基因功能或表达。
通过对一致性进行分析，我们可以了解目标序列在进化过程中的变异情况，为遗传变异研究提供数据支持。
变异分析是比对结果解读中的重要环节。
通过分析比对序列间的变异，我们可以发现致病基因、种间差异等信息。
在遗传病筛查中，通过比对患者样本与正常人群的序列，可以发现患者序列中的致病性变异；在遗传多样性研究中，对比不同个体或种群的序列，可以揭示遗传变异在不同群体中的分布规律。
基因型分析是比对序列在生物技术领域的重要应用之一。
通过比对不同个体或品种的序列，我们可以确定各品种的基因型，进而分析基因型与表型之间的关系。
这对于分子育种、遗传病诊断等领域具有重要意义。
总之，Dnaman比对序列在生物技术领域具有广泛的应用前景。
通过对比对结果的解读，我们可以深入了解基因、变异和遗传等方面的问题，为生物科学研究和应用提供有力支持。
序列分析软件DNAMAN的使用方法中文演示文稿
1.2.1 基于NCBI/Blast软件的核酸序列同源性分析 /blast/blast.cgi
1.2.2 核酸序列的两两比较
名选择）
Clear 清除全部序列
第十七页，共52页。
点击按钮，出现方法选择对话框：
选择其中一种方法，点击按钮，出现下列对话框： 如果在前一对话框选择的是Fast alignment,则在此对话框中选择
Quick alignment,否则选择 Dynamic alignment 即可。其它参数不必
Sequence 2 正链与Sequence 1 比较结果用黑色点表示， Sequence 2 负链比对结果用红色点表示。
第十四页，共52页。
Plot box 点阵图表显示参数， Position（起点坐标）
Width（宽度值） Height（高度值）
Frame size（边框线粗度值）
第八页，共52页。
3．DNA 序列的限制性酶切位点分析
Ignore enzymes with more than（忽略大于某设定 值的酶切位点）
Ignore enzymes with less than（忽略小于某设定值 的酶切位点）
Target DNA （目标DNA 特性） Circular（环型DNA）， dam/dcm methylation（dam/dcm 甲基化）
通常可选Quick(快速比对)或Smith&Waterman(最佳比 对)，
当选择快速比对时，设置较小的k-tuple 值，可以提高精确
度，
当序列较长时，一般要设置较大的k-tuple 值。k-tuple
值可选范围2—6；
蛋白质序列：k-tuple 值可选范围1—3。
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3、设置Option
单击Options-Shading homology，在Shading type里设置相应颜色，单击确定。另外，Options-Preference里选项可做调整，比如勾选No pos label in Printing/Output则不出现氨基酸的个数标示，比如不勾选Show consensus sequence，则不出现一致序列，这样既美观又有了更多的空间去标示motif等。
1、序列导入：
打开DNAman软件，单击channel1以激活通道1，再单击file-open或者文件夹图标以浏览电脑文件，选择所有文件方可显示电脑中之前存储的fasta或txt格式的文件，选中要导入的文件后（注意导入通道内的序列是fasta格式的即带大于号形式的序列），再依次单击channel2、3、4……依次导入其他fasta格式的蛋白序列。
2、比对分析：
单击Sequence-Multiple sequence alignment，选择protein，单击channel，选择所有要比对的channel，OK后单击下一步，选择Fast alignment，单击下一步，选择默认的Quick alignment（如果前面没有选择Fast alignment，则这一步选择Dynamic alignment），单击完成。