土壤微生物分析方法
土壤微生物研究法
土壤微生物研究法土壤微生物是指生活在土壤中、具有生命活动能力的微生物种类，包括细菌、真菌、放线菌、放线杆菌、病毒等微生物，是土壤中一种极其重要的生物群落。
由于其对土壤生态系统的功能和稳定性有着极其重要的作用，因此对其进行研究具有重要的意义。
土壤微生物研究法包括传统的培养技术和现代的分子生物学技术。
传统的培养技术主要是通过对土壤样品进行适当处理后，将其分离出来并在特定培养基上生长，以获得代表土壤微生物种群的纯培养菌株。
而分子生物学技术则直接对土壤中的微生物DNA进行分析，以获得同时存在于土壤中的多种微生物群落的信息。
1. 传统的培养技术传统的培养技术主要是通过将土壤样品进行适当处理后，将其中的微生物进行分离、纯化、形态鉴定和鉴定物种等各种步骤。
该方法需要依靠生物培养基，通过对各种因素进行调控，使不同菌株能够在培养基上良好地生长繁殖。
其优点是可以准确地进行细胞计数、分离菌株、进行鉴定等，但也有不少局限性，如对部分微生物的培养需要非常特殊的培养基和条件，有时其培养数量也不足以代表真实的微生物群落。
在实际应用中，培养技术被广泛应用于微生物的鉴定和功能研究。
通过培养得到的不同菌株，可以进行各种实验，比如酶活性测定、基因表达等，以此来分析微生物的功能。
但是，在应用中仍然存在一些限制：1）在土壤中，存在许多有效菌株是难以在培养板上培养的；2）微生物分离所得的纯培养菌株有时会引起歧义或误判，无法准确反应真实的微生物群落；3）培养上的试验存在人为干扰，如微量元素的添加和实验条件等，可能影响微生物的形态和生长情况。
2. 分子生物学技术随着分子生物学技术的进步，直接对微生物DNA进行分析已经成为了研究微生物的重要方法之一。
这种方法不需要进行任何的培养步骤，能够直接获得土壤微生物胞外DNA信息，并可以分析土壤中细菌、真菌、原核生物等微生物量的水平和组成，其优点是准确、简便、迅速、全面。
目前常用的技术包括：1）宏基因组测序技术：该技术使用高通量测序机器，直接对土壤微生物DNA进行测序分析。
土壤微生物生物量的测定方法
土壤微生物生物量的测定方法1土壤微生物碳的测定方法（熏蒸提取----仪器分析法）基本原理新鲜土样经氯仿熏蒸后（24h），土壤微生物死亡细胞发生裂解，释放出微生物生物量碳，用一定体积的LK2SO4溶液提取土壤，借用有机碳自动分析仪测定微生物生物量碳含量。
根据熏蒸土壤与未熏蒸土壤测定有机碳的差值及转换系数（K EC），从而计算土壤微生物生物量碳。
实验仪器自动总有机碳（TOC）分析仪（Shimadzu Model TOC—500,JANPAN）、真空干燥器、烧杯、三角瓶、聚乙烯熟料管、离心管、滤纸、漏斗等。
实验试剂1）无乙醇氯仿（CHCL3）；2）L硫酸钾溶液：称取87g K2SO4溶于1L蒸馏水中3）工作曲线的配制：用L硫酸钾溶液配制10ugC/L、30ugC/L、50ugC/L、70ugC/L、100ugC/L系列标准碳溶液。
（其实一般情况下，仪器会自带的标曲，一般不用自己做的）操作步骤土壤的前处理（过筛和水分调节略）熏蒸称取新鲜（相当于干土，这个可以根据自己土样的情况而定）3份分别放入25ml小烧杯中。
将烧杯放入真空干燥器中，并放置盛有无乙醇氯仿（约2/3）的15ml烧杯2或3只，烧杯内放入少量防暴沸玻璃珠，同时放入一盛有NaOH溶液的小烧杯，以吸收熏蒸过程中释放出来的CO2，干燥器底部加入少量水以保持容器湿度。
盖上真空干燥器盖子，用真空泵抽真空，使氯仿沸腾5分钟。
关闭真空干燥器阀门，于25℃黑暗条件下培养24小时。
抽真空处理熏蒸结束后，打开真空干燥器阀门（应听到空气进入的声音，否则熏蒸不完全，重做），取出盛有氯仿（可重复利用）和稀NaOH溶液的小烧杯，清洁干燥器，反复抽真空（5或6次，每次3min，每次抽真空后最好完全打开干燥器盖子），直到土壤无氯仿味道为止。
同时，另称等量的3份土壤，置于另一干燥器中为不熏蒸对照处理。
（注意：熏蒸后不可久放，应该快速浸提）※浸提过滤从干燥器中取出熏蒸和未熏蒸土样，将土样完全转移到80ml聚乙烯离心管中，加入40ml L硫酸钾溶液（土水比为1:4，考虑到土样的原因，此部分熏蒸和不熏蒸土均为4g，即，4g土：16ml的硫酸钾溶液，当然这个加入量要根据TOC仪器的进入量决定）300r/min振荡30min，用中速定量滤纸过滤。
土壤中的微生物分离纯化和菌相分析
（二）平板划线分离法
1.倒平板 2.划线：在近火焰处，左手拿皿底，右手拿接种环， 挑取待测菌悬液一环在平板上划线。划线的方法很 多，但无论采用哪种方法，其目的都是通过划线将 样品在平板上进行稀释，培养后能形成单个菌落。
划线方法 方法一：用接种环按无菌操作挑取土壤悬液一环， 先在平板培养基的一边作第一次平行线3-4次，再 转动平板约70°角，并将接种环上剩余物烧掉，待冷 却后挑取悬液穿过第一次划线部分进行第二次划线， 再用同样的方法穿过第二次划线部分进行第三次划线 或再穿过第三次划线部分进行第四次划线。划线完毕 后，盖上培养皿盖，倒置于温室培养。 方法二：将挑取有样品的接种环在平板培养基上作连 续划线，完毕后，盖上培养皿盖，温室培 养。
二、实验原理
三、实验器材
1.土壤 2.培养基： 牛肉膏蛋白胨琼脂培养基（营养琼脂）（50μg/mL制霉菌素 乙醇溶液） 高氏一号琼脂培养基（10滴100g/L石碳酸和50μg/mL制霉菌 素乙醇溶液） 马铃薯葡萄糖琼脂（PDA）（1000mL培养基中加入2mL氯霉素） 3.溶液与试剂： 9mL或4.5mL无菌水的试管，90mL无菌水并带有玻璃珠的三角 烧瓶
这种计数法的优点是能测出样品中的活菌数。 但平板菌落计数法的手续较繁，而且测定值常受各 种因素的影响。
二、实验步骤（方法一）
1.编号：取无菌培养皿6套，分别用记号笔表明 10-4、10-5、10-6各2套。另取6支4.5mL无菌水 的试管，依次表明10-1、10-2、10-3、10-4、10-5和10-6。 2.稀释：用1mL无菌吸管准确吸取0.5mL已充分混匀 的大肠杆菌和金黄色葡萄球菌的混合培养液，加入标 有10-1字样的试管中，此为10倍稀释，吸管中多余的菌 液放回试管中。将10-1试管在手掌中或置于振荡器上振 荡，使菌液充分混匀。另取一支1mL吸管插入10-1试管 菌液中吸取1mL，精确的放0.5mL菌液于10-2试管中， 此为100倍稀释……其余依次类推直至所需倍 数。
土壤微生物生物量的测定方法氯仿熏蒸
土壤微生物生物量的测定方法1土壤微生物碳的测定方法（熏蒸提取----仪器分析法）1.1 基本原理新鲜土样经氯仿熏蒸后（24h），土壤微生物死亡细胞发生裂解，释放出微生物生物量碳，用一定体积的0.5mol/LK2SO4溶液提取土壤，借用有机碳自动分析仪测定微生物生物量碳含量。
根据熏蒸土壤与未熏蒸土壤测定有机碳的差值及转换系数（K EC），从而计算土壤微生物生物量碳。
1.2 实验仪器自动总有机碳（TOC）分析仪（Shimadzu Model TOC—500,JANPAN）、真空干燥器、烧杯、三角瓶、聚乙烯熟料管、离心管、滤纸、漏斗等。
1.3 实验试剂1）无乙醇氯仿（CHCL3）；2）0.5mol/L硫酸钾溶液：称取87g K2SO4溶于1L蒸馏水中3）工作曲线的配制：用0.5mol/L硫酸钾溶液配制10ugC/L、30ugC/L、50ugC/L、70ugC/L、100ugC/L系列标准碳溶液。
（其实一般情况下，仪器会自带的标曲，一般不用自己做的）1.4 操作步骤1.4.1 土壤的前处理（过筛和水分调节略）1.4.2 熏蒸称取新鲜（相当于干土10.0g，这个可以根据自己土样的情况而定）3份分别放入25ml 小烧杯中。
将烧杯放入真空干燥器中，并放置盛有无乙醇氯仿（约2/3）的15ml烧杯2或3只，烧杯内放入少量防暴沸玻璃珠，同时放入一盛有NaOH溶液的小烧杯，以吸收熏蒸过程中释放出来的CO2，干燥器底部加入少量水以保持容器湿度。
盖上真空干燥器盖子，用真空泵抽真空，使氯仿沸腾5分钟。
关闭真空干燥器阀门，于25℃黑暗条件下培养24小时。
1.4.2 抽真空处理熏蒸结束后，打开真空干燥器阀门（应听到空气进入的声音，否则熏蒸不完全，重做），取出盛有氯仿（可重复利用）和稀NaOH溶液的小烧杯，清洁干燥器，反复抽真空（5或6次，每次3min，每次抽真空后最好完全打开干燥器盖子），直到土壤无氯仿味道为止。
同时，另称等量的3份土壤，置于另一干燥器中为不熏蒸对照处理。
土壤微生物群落在生态系统中的样品分析与测定
土壤微生物群落在生态系统中的样品分析与测定土壤是生态系统中非常重要的组成部分，同时也是最为丰富复杂的环境之一。
土壤环境中存在着大量的微生物，这些微生物与土壤之间相互作用，对土壤的物质转化、有机质分解和植物生长等方面具有重要的作用。
如何准确地了解土壤微生物群落的数量和多样性，对于揭示土壤生物学的功能和作用，以及发展生态农业，提高土壤质量和农产品产量等都具有重要意义。
一、土壤微生物群落的样品分析方法为了测定土壤微生物群落，必须进行样品的分析和测定。
在对土壤进行样品分析时，需要注意：1.土壤样品的收集在进行样品分析之前，必须进行土壤样品的收集。
土壤样品应该收集大约20-30厘米深度的土壤。
由于土壤菌群、真菌群和放线菌群在不同土层中的数量和种类也不相同，因此，收集的土壤深度需要根据研究的目的而定。
2.土壤样品的处理一般来说，土壤样品要进行粗碎，去杂质、去石头等处理。
此外，还需去除土壤中的植物残渣、动物排泄物等有机物。
在进行处理时，应该注意不破坏土壤结构和微生物活性。
3.土壤样品的储存土壤样品储存的温度和湿度等条件应根据微生物的生长需求而定。
如果储存时间长，应该对样品进行冷冻或低温干燥处理，以防止微生物的生长。
二、土壤微生物群落测定的方法以下是常用的样品测定方法：1.培养计数法该方法是通过使用培养基和适宜环境条件来促进微生物产生可见的生长。
然后通过计数方法确定细菌的数量。
虽然该方法能够对所有培养细菌进行计数，但是只适用于对可培养细菌群的测定，并且样品测定时间较长。
2.生物分子测定法该方法使用了PCR（多聚酶链式反应）等方法，通过分析土壤中微生物的核酸以及基因来测定微生物数量和多样性。
该方法可以对所有微生物进行分析，但精确度受到PCR扩增的准确度和反应的复杂性影响。
3.牢固偏最小二乘回归分析法（PLS-DA）该方法是通过采集土壤样品，并进行数据处理、筛选，最终运用牢固偏最小二乘回归分析法（PLS-DA）来测定微生物数量和多样性。
土壤微生物测定方法
土壤微生物测定方法
目前常用的土壤微生物测定方法主要包括直接计数法、培养法、DNA
分析法和生化方法等。
1.直接计数法：直接计数法是指通过显微镜观察和计数土壤中微生物
的数量。
这种方法简单直观，可以快速测定土壤中微生物的数量。
但是，
由于土壤微生物数量庞大，直接计数方法需要大量的样品和时间，且对操
作者的要求较高。
2.培养法：培养法是指通过将土壤样品接种在富含营养物质的培养基上，并在一定温度和湿度下培养一段时间，通过观察和计数可见的菌落来
测定土壤中微生物的数量和种类。
这种方法可以有效地测定土壤中常见的
细菌和真菌等，但是对于无法培养的微生物种类相对有限。
3.DNA分析法：DNA分析法是指通过提取土壤中微生物的DNA，并通
过PCR扩增和DNA测序等技术来测定土壤中微生物的种类和多样性。
这种
方法可以检测到所有存在的微生物，无论是否可以培养。
因此，DNA分析
法可以更全面地测定土壤中微生物的多样性和种类。
但是，这种方法对实
验条件和技术要求较高。
4.生化方法：生化方法是指通过测定土壤中微生物代谢产物的含量或
活性来测定土壤中微生物的数量。
例如，通过测定脲酶、葡萄糖酶、氧化
还原酶等土壤微生物常见的酶活性来评估微生物的活性和数量。
生化方法
可以快速测定土壤微生物的数量和活性，但是受土壤理化性质的影响较大。
总之，以上所述的方法各有优缺点，可以根据实际情况选择合适的方
法或多种方法相结合来测定土壤微生物的数量和多样性。
此外，测定方法
的选择还要考虑实验所需的样品数量、可行性和经济性等因素。
土壤微生物多样性与健康评估分析
土壤微生物多样性与健康评估分析土壤是地球上最重要的非活体资源之一，它是植物生长的基础和生态系统的重要组成部分。
土壤微生物是土壤生态系统中至关重要的组成部分，对土壤健康和生态系统功能发挥着重要作用。
了解土壤微生物的多样性和其对土壤健康的影响，对于提高农田生产力、保护土壤和环境、维持生态平衡具有重要意义。
土壤微生物是指生活在土壤中的微小生物，包括细菌、真菌、放线菌、原生动物等。
它们的种类繁多，数量庞大，与土壤中的其他生物和化学过程密切相关。
土壤微生物参与了许多重要的土壤功能，如有机物的分解和循环、养分转化和固定、植物营养与健康的维持等。
因此，土壤微生物多样性的评估和健康分析对于维持土壤生态系统的平衡至关重要。
土壤微生物的多样性是指土壤中微生物的种类丰富度和数量。
多样性较高的土壤微生物群落具有更高的资源利用能力和适应性，能够更好地应对环境变化和胁迫。
土壤微生物的多样性受到多种因素的影响，包括土壤性质、土壤水分、土壤温度、土壤pH值等。
这些因素会直接或间接地影响土壤微生物的生存和活动，从而对土壤功能和植被生长产生影响。
土壤微生物多样性评估可以通过多种方法来进行。
其中最常用的方法是使用分子生物学技术，如高通量测序技术，对土壤中微生物的DNA或RNA进行提取和测序分析。
通过测定微生物的DNA序列，可以快速鉴定出不同的微生物种类，并了解它们的数量和相对丰度。
此外，还可以利用传统的培养方法和微生物生理特性分析来评估土壤微生物的组成和功能。
土壤微生物多样性与土壤健康之间存在着紧密的关系。
健康的土壤微生物群落能够提供各种生态系统功能并维持土壤的生产力。
首先，它们通过有机物的分解和循环，促进土壤中的养分转化和固定。
这种过程有助于提供植物所需的营养物质，并改善土壤的肥力。
其次，土壤微生物还参与了抑制植物病原菌和分解有害物质的作用，有助于保持植物的健康和抵抗力。
此外，土壤微生物还能影响土壤结构和稳定性，对减轻土壤侵蚀和保护土壤质量具有重要作用。
土壤微生物分析方法
土壤微生物分析方法
一、引言
土壤是地球上肥沃的生活空间，也是物质循环的重要环节。
微生物在土壤中起着重要作用，它们参与着养分、水、氮的循环，帮助植物吸收养分和水，并发挥抗病虫、降解污染物等作用，是土壤生态系统中的重要组成部分。
随着科学技术的发展，目前的研究已经逐渐从单一微生物研究转变成研究其复杂而多样的群落，并且研究微生物群落的多样性和功能。
因此，准确研究土壤微生物以及其群落结构及功能，对于土壤环境的分析和调控有重要意义。
1、液体培养法
液体培养法是一种用于分析土壤微生物群落的常用方法，它的工作原理是在恒温的培养箱中，用有机物质和无机物质组成的培养基培养土壤中的微生物，并监测它们的生长。
培养基的组成成分可以根据需要变化，以考察特定微生物的生长情况及功能。
液体培养法可以清楚的显示不同类型的微生物群落的数量和组成，为分析其功能及其影响环境的作用提供重要的参考依据。
2、分子生物学技术
分子生物学技术包括核酸提取、PCR扩增、PCR测序等技术，主要用于检测土壤中的微生物群落结构，研究其适应性、多样性、抗药性等方面的知识。
土壤微生物群落分析的实验设计方法
土壤微生物群落分析的实验设计方法土壤微生物群落是指土壤中的微生物种类和数量的总体。
它们在土壤生态系统中起着重要的作用，参与了土壤养分循环、植物生长和土壤生态系统稳定性的维持。
因此，了解土壤微生物群落的组成和功能对于研究土壤生态系统具有重要意义。
本文将介绍土壤微生物群落分析的实验设计方法。
首先，确定研究目标和问题是进行土壤微生物群落分析的第一步。
研究目标可以是探究土壤微生物群落的多样性、结构和功能，或者是研究不同土壤类型、不同植被类型或不同土地利用方式对土壤微生物群落的影响。
研究问题可以是：不同土壤类型中的微生物群落有何差异？不同植被类型对土壤微生物群落的影响如何？不同土地利用方式对土壤微生物群落的影响是否存在差异？其次，确定实验设计。
实验设计是进行科学研究的基础，合理的实验设计能够提高实验的可靠性和可重复性。
在土壤微生物群落分析中，常用的实验设计包括对照组设计、平行设计和重复设计。
对照组设计是将研究对象分为实验组和对照组，对照组不添加任何处理，用于比较实验组的结果。
平行设计是将相同处理重复进行多次，以减小误差和提高实验的可靠性。
重复设计是在同一处理下进行多次重复，以评估实验结果的可重复性。
第三，确定土壤样品采集和处理方法。
土壤样品的采集和处理是土壤微生物群落分析的关键步骤。
首先，选择合适的采样点位，代表性地采集土壤样品。
可以根据研究目标和问题选择不同的采样点位，如不同土壤类型、不同植被类型或不同土地利用方式的采样点位。
其次，采集土壤样品时需要注意避免污染和样品混杂。
可以使用无菌工具和容器进行采样，避免与周围环境接触。
采集后，需要将土壤样品进行处理，如去除杂质、破碎土壤团聚体等。
处理后的土壤样品可以用于后续的实验分析。
第四，选择合适的实验方法进行土壤微生物群落分析。
土壤微生物群落分析的方法有很多种，包括传统的培养方法和现代的分子生物学方法。
传统的培养方法可以通过培养土壤样品中的微生物来了解其组成和数量。
土壤微生物量测定方法
土壤微生物量测定方法一、土壤微生物生物量碳（氯仿熏蒸－K2SO4提取-碳分析仪器法）1、试剂（1）去乙醇氯仿制备：在通风橱中，将分析纯氯仿与蒸馏水按1 2（v : v）加入分液漏斗中，充分摇动1 min，慢慢放出底层氯仿于烧杯中，如此洗涤3次。
得到的无乙醇氯仿中加入无水氯化钙，以除去氯仿中的水分。
纯化后的氯仿置于试剂瓶中，在低温（4℃）、黑暗状态下保存。
（2）氢氧化钠溶液[c（NaOH）= 1 mol L-1]：通常分析纯固体氢氧化钠中含有碳酸钠，与酸作用时生成二氧化碳，从而影响滴定终点判断和测定的准确度。
配制时应先除去碳酸钠，根据碳酸钠不溶于浓碱，可先将氢氧化钠配成50%（w : v）的浓氧溶液，密闭放置3～4 d。
待碳酸钠沉降后，取56 ml 50%氢氧化钠上清液（约19 mol L-1），用新煮沸冷却的除去二氧化碳的蒸馏水释稀到1 L，即为浓度1 mol L-1 NaOH溶液，用橡皮塞密闭保存。
（3）硫酸钾提取剂[c（K2SO4）= 0.5 mol L-1]：取1742.5 g分析纯硫酸钾，用研钵磨成粉末状，倒于25 L塑料桶中，加蒸馏水至20 L，盖紧螺旋盖置于摇床（150 r min-1）上溶解24 h即可。
（4）六偏磷酸钠溶液[ρ（Na）= 5 g 100 ml-1，pH 2.0]：称取50.0 g分析纯六偏磷酸钠溶于800 ml高纯度去离子水中，用分析纯浓磷酸调节至pH 2.0，用高纯度去离子水定容至1 L。
要注意的是六偏磷酸钠溶解速度很慢应提前配制；由于其易粘于烧杯底部，若加热常因受热不均使烧杯破裂。
（5）过硫酸钾溶液[ρ（K2S2O8）= 2 g 100 ml-1]：称取20.0 g分析纯过硫酸钾，溶于高纯度去离子水中，定容至1 L。
值得注意过硫酸钾溶液易被氧化，应避光存放且最多使用7 d。
（6）磷酸溶液[ρ（H3PO4）= 21 g 100 ml-1]：量取37 ml 分析纯浓磷酸（85%），慢慢加入到188 ml高纯度去离子水中即可。
使用生物大数据技术进行土壤微生物组成分析的步骤指南
使用生物大数据技术进行土壤微生物组成分析的步骤指南随着生物大数据技术的发展和应用，其在农业、环境科学和生态学等领域的应用也越来越广泛。
其中，土壤微生物组成分析是生物大数据技术在土壤研究领域的一个重要应用方向。
通过深入了解土壤微生物的组成和功能，可以帮助我们更好地理解土壤生态系统的运作机制，以及在农业生产和环境保护中的应用。
本文将介绍使用生物大数据技术进行土壤微生物组成分析的步骤指南，帮助研究人员更好地使用这一技术进行土壤微生物组成的研究。
第一步：土壤样品采集和处理1. 确定采样点位：根据研究目的和采样区域的特点，选择代表性的土壤采样点位。
同时要注意避开污染源和人为干扰点。
2. 采集土壤样品：使用无铁铲或无污染的采样工具，深入土壤表层约20~30cm 处进行采样，并取多个样品进行混合，以减小采样误差。
3. 样品处理：将采集的土壤样品放入干净无菌的容器中，在4℃下保存或立即冻存，避免微生物活性和组成的改变。
第二步：土壤DNA的提取和准备1. 提取土壤DNA：使用商用的土壤DNA提取试剂盒，按照说明书中的步骤进行土壤DNA的提取。
确保提取过程中的无菌条件和操作技巧。
2. DNA浓度和纯度检测：使用生物大数据分析所需的DNA量一般较少，因此需要测量DNA的浓度和纯度。
可以使用分光光度计或荧光定量PCR等方法进行测定。
3. DNA质量控制：检查DNA的完整性和质量，可以通过琼脂糖凝胶电泳进行检测。
第三步：建立土壤微生物组成的测序样本库1. 文库构建：使用特定的引物，进行PCR扩增，以建立土壤微生物的16S rRNA或ITS基因测序样本库。
选择合适的引物对目标微生物进行选择性扩增。
2. 文库纯化：使用商用文库纯化试剂盒，对扩增产物进行纯化，以去除引物和杂质，使得文库中的DNA更适于测序。
3. 文库浓度测定：测定文库中DNA的浓度，以确保文库中含有足够的DNA用于后续的高通量测序。
第四步：高通量测序和数据分析1. 高通量测序：将建立的土壤微生物文库送到专业的基因测序机构进行高通量测序。
土壤微生物生物量的测定方法(氯仿熏蒸)
土壤微生物生物量的测定方法1土壤微生物碳的测定方法（熏蒸提取----仪器分析法）1.1 基本原理新鲜土样经氯仿熏蒸后（24h），土壤微生物死亡细胞发生裂解，释放出微生物生物量碳，用一定体积的0.5mol/LK2SO4溶液提取土壤，借用有机碳自动分析仪测定微生物生物量碳含量。
根据熏蒸土壤与未熏蒸土壤测定有机碳的差值及转换系数（K EC），从而计算土壤微生物生物量碳。
1.2 实验仪器自动总有机碳（TOC）分析仪（Shimadzu Model TOC—500,JANPAN）、真空干燥器、烧杯、三角瓶、聚乙烯熟料管、离心管、滤纸、漏斗等。
1.3 实验试剂1）无乙醇氯仿（CHCL3）；2）0.5mol/L硫酸钾溶液：称取87g K2SO4溶于1L蒸馏水中3）工作曲线的配制：用0.5mol/L硫酸钾溶液配制10ugC/L、30ugC/L、50ugC/L、70ugC/L、100ugC/L系列标准碳溶液。
（其实一般情况下，仪器会自带的标曲，一般不用自己做的）1.4 操作步骤1.4.1 土壤的前处理（过筛和水分调节略）1.4.2 熏蒸称取新鲜（相当于干土10.0g，这个可以根据自己土样的情况而定）3份分别放入25ml小烧杯中。
将烧杯放入真空干燥器中，并放置盛有无乙醇氯仿（约2/3）的15ml烧杯2或3只，烧杯内放入少量防暴沸玻璃珠，同时放入一盛有NaOH溶液的小烧杯，以吸收熏蒸过程中释放出来的CO2，干燥器底部加入少量水以保持容器湿度。
盖上真空干燥器盖子，用真空泵抽真空，使氯仿沸腾5分钟。
关闭真空干燥器阀门，于25℃黑暗条件下培养24小时。
1.4.2 抽真空处理熏蒸结束后，打开真空干燥器阀门（应听到空气进入的声音，否则熏蒸不完全，重做），取出盛有氯仿（可重复利用）和稀NaOH溶液的小烧杯，清洁干燥器，反复抽真空（5或6次，每次3min，每次抽真空后最好完全打开干燥器盖子），直到土壤无氯仿味道为止。
同时，另称等量的3份土壤，置于另一干燥器中为不熏蒸对照处理。
土壤微生物群落的结构与功能分析
土壤微生物群落的结构与功能分析土壤是人类最重要的资源之一，其上生长着各种植物，供人类食用。
而支持土壤中植物生长的是丰富多样的土壤微生物，如细菌、真菌和原生生物等。
土壤微生物群落的结构和功能对土壤健康和生态系统的稳定性有着重要的影响。
本文将介绍土壤微生物群落的结构和功能分析方法以及它们在生态学和农业生产上的应用。
一、土壤微生物群落的结构分析土壤微生物群落的结构通常是指土壤微生物的种类和数量。
通过DNA提取和PCR扩增等分子生物学方法，可以获取一定的土壤微生物丰度数据和多样性信息。
具体而言，我们可以通过以下方法来分析土壤微生物群落的结构：1. 高通量测序技术高通量测序技术通常指Illumina测序平台。
通过将土壤DNA片段插入到Illumina通用测序适配器中，然后通过PCR扩增，最后将扩增产物纯化后进行高通量测序。
这种方法可以产生大量的数据，使得研究人员可以同时获得微生物群落的多样性和种类信息。
2. 16S rRNA测序16S rRNA基因是微生物中一种具有高度保守性的核糖体RNA分子。
利用16S rRNA基因的序列来对微生物进行分类和鉴定已成为最常用的方法之一。
通过利用引物筛选该基因片段，可以通过PCR扩增生成DNA产物然后进一步进行测序。
这种方法在微生物的培养和分离比较困难的情况下，显得尤为有用。
3. 其他方法除了高通量测序和16S rRNA测序之外，还可以利用DGGE、T-RFLP和FISH等技术来分析土壤微生物群落的结构。
二、土壤微生物群落的功能分析土壤微生物群落的功能通常包括物质循环、能量转换和生境保持等方面。
因此，在分析土壤微生物群落功能时，我们通常关注微生物拥有哪些代谢功能以及这些功能对土壤生态系统的影响。
1. 生物量测定生物量测定是通过测量微生物群落的总体积或总重量来估计微生物群落的数量和代谢活性程度的方法。
这种方法可以使研究人员更准确地预测微生物对土壤生态系统的能力。
2. 基础、包氧和脱氯代谢微生物基础代谢是指其对有机物进行分解和羟化的能力。
土壤微生物快速检测方法
土壤微生物快速检测方法基本的定义，所需仪器（基本的仪器），检测所需时间，数据详细程度（得到什么样的数据），成本，与现有的平台的差距，是否具有可行性!列表对比：一、土壤微生物检测方法1、气相色谱法微生物细胞的气相色谱分析是研究微生物分类的有效方法之一。
其原理是将微生物细胞经过水解,甲醇分解,提取,以及硅烷化,甲基化等衍生化处理后,使之分离尽可能多的化学组分供气相色谱进样分析。
不同微生物所得到的色谱图中,通常大多数的峰是有共性的,只有少数的峰具有特征性,可被用来进行微生物鉴定。
大量分析检测各种常见细菌、酵母菌、霉菌和其它微生物的组成成分,并建立微生物组分标准色谱图文库,储存在计算机中,然后将待鉴定微生物的组分色谱图与标准图谱相比较,可迅速鉴定其种类。
目前，基于气相色谱最常用的检测方法为磷脂脂肪酸(PLFA）法。
这种方法不仅可以检测土壤中生物多样性，还可以检测到它的变化。
而且还可以根据峰值判断具体的是哪一种微生物。
2、PCR技术PCR技术在环境微生物的检测方面已得到越来越广泛的应用,利用PCR技术检测土壤中的转基因细菌,后来用于检测土壤中不可培养的微生物,跟踪环境中的特定细菌或DNA,揭示土壤生态系统的基因多样性等。
利用PCR技术来检测环境中的微生物,关键的问题是环境样品中DNA的抽提和纯化。
来自环境的样品含有非常复杂的成分,有些对PCR有抑制作用的杂质会一直伴随DNA的抽提过程而难以除去,而且DNA还可以被黏土等吸附而降低产量。
从土壤或沉积物中提取DNA的现有方法可以分为2类,一是在土壤中直接裂解微生物体,再提取DNA。
另一类是先将微生物菌体与土壤颗粒分开,再提取DNA。
目前土壤中DNA样品的纯化有密度梯度离心法、凝胶过滤法和琼脂糖凝胶电泳纯化法等。
二、色谱法和PCR法比对色谱法PCR法所需仪器气相色谱仪或质谱仪、检测器、色谱柱、PCR仪、电泳仪、凝胶成像系统（配备电脑）仪器价钱16-23万（Agilent）10万左右其它前期萃取所需的小瓶价钱贵，并且一般为一次性。
土壤微生物多样性调查方法与应用
土壤微生物多样性调查方法与应用土壤微生物是指土壤中的一种微小生物，经过千百年的演化，形成了生态系统这一整体。
土壤微生物具有调节土壤质量的作用，尤其是其中的细菌和真菌，可以分解和吸收有机物，促进植物生长。
因此，对于生态保护和农业发展有着重要的作用。
而调查土壤微生物多样性就成为了现代生态学研究的一大重点。
一、土壤微生物多样性调查的方法目前，针对土壤微生物多样性的调查方法主要有现场调查、分子生态学分析和计算机仿真等多种方法。
1. 现场调查法现场调查是一种传统的调查方法，也是许多生态学研究者经常使用的方法。
该方法主要是通过取样分析来确定土壤中生物的活动情况。
在土壤中选择样本进行物理化学分析，在基因型和表型上进行生物学分类，以确定微生物的种群结构和生态性状。
2. 分子生态学分析法分子生态学分析法是一种从分子水平上研究微生物多样性的方法。
该方法主要是通过分离DNA或RNA并进行放大、序列化，来确定微生物中特殊引物的种群结构和理解微生物之间的生物学关系。
与其他方法相比，该方法更为准确，可以发现更多的微生物群落，同时也提高了调查效率和准确度。
3. 计算机仿真法计算机仿真法是一种利用计算机模拟微生物多样性的方法。
其对科学学者进行详细的观察，不同的模拟形式可以得出不同的模拟结果。
该方法主要通过模拟计算机程序对微生物多样性数据的模拟分析，可以得到研究结果和结论，对研究微生物多样性的分析和比较，提高了研究快速性和深度。
二、土壤微生物多样性调查的意义1. 保护生态系统健康通过调查土壤中微生物多样性，可以评估土壤的生态质量，对于土壤生态疾病、物理和化学因素的影响有着重要的指导意义。
同时，可以对土壤质量进行科学监测，保护生态系统，维护生态平衡。
2. 提高土地利用率对于开发和利用耕地资源，了解土壤中存在的微生物的特征和生长情况，可以对其进行指导，提高土地利用率，增加农业生产效益，同时也可以保护土地生态系统的完整性。
3. 促进精准农业了解土壤中存在的微生物种类和分布情况，可以更好地利用先进的土壤检测技术，制定更为合理的农作物种植和肥料施用方案，从而提高农作物的产量质量，实现农业的可持续发展。
土壤微生物研究原理与方法
土壤微生物研究原理与方法土壤微生物是指存在于土壤中的微小生物体，包括细菌、真菌、放线菌、古菌、原生生物等。
它们在土壤中扮演着重要的角色，参与有机物质的分解、养分循环以及土壤生物活性等过程。
因此，研究土壤微生物对于理解土壤生态系统的功能和稳定性具有重要意义。
本文将介绍土壤微生物研究的原理和方法。
1. 土壤微生物研究原理土壤微生物研究的原理主要包括以下几个方面：（1）微生物群落结构：土壤微生物群落结构是指土壤中微生物的种类组成和数量分布。
通过研究微生物群落结构，可以了解土壤微生物的多样性和功能多样性，揭示微生物之间的相互作用和对土壤环境的响应。
（2）微生物代谢活性：微生物在土壤中的代谢活性反映了其对有机质和养分的利用能力。
通过研究土壤微生物的代谢活性，可以评估土壤微生物的生物量和活性，从而了解土壤的新陈代谢情况。
（3）微生物的生态功能：微生物在土壤生态系统中具有多种生态功能，包括有机质的分解、养分的转化和循环、抗生素的合成等。
研究微生物的生态功能可以揭示微生物与土壤环境之间的相互作用和影响，为土壤养分管理和生态系统恢复提供理论支持。
2. 土壤微生物研究方法土壤微生物研究方法主要包括土壤微生物的提取和分离、微生物群落结构的分析、微生物代谢活性的测定以及微生物的生态功能评价等。
（1）土壤微生物的提取和分离：土壤中微生物的提取和分离是研究土壤微生物的第一步。
常用的方法包括土壤样品的稀释平板法、渗滤法、摇瓶培养法以及膜过滤法等。
对于某些特定微生物群落的研究，可以选择特定的培养基和培养条件，以分离出目标微生物。
（2）微生物群落结构的分析：微生物群落结构的分析常用的方法有生物多样性测定方法（如PCR-DGGE、PCR-TGGE、16S rRNA基因测序等）、荧光原位杂交（FISH）技术、下一代测序技术（NGS）等。
这些方法可以帮助我们了解土壤微生物的多样性、种类和数量分布。
（3）微生物代谢活性的测定：微生物代谢活性的测定常用的方法有农业基础磷酸酶活性测定法、氢氧化酶活性测定法、呼吸代谢测定法、膜透性测定法等。
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土壤微生物分析方法1. 土壤微生物生物量碳（氯仿熏蒸提取法）Jenkinson and Powlson（1976）比较了γ-射线、高压灭菌、干热灭菌、氯仿熏蒸灭菌的效果，发现氯仿熏蒸灭菌处理可杀死99％以上的土壤微生物，并且未改变土壤的理化性质，且容易从土壤中除去。
因此，现在多利用氯仿熏蒸法进行土壤微生物生物量的测定。
（1）原理：土壤经氯仿熏蒸处理后土壤中的微生物被杀死，造成细胞破裂，使细胞内容物释放到土壤中，导致土壤中可提取的碳增加。
用盐溶液提取出由死后的微生物体内渗透出来的有机碳，通过测定浸提液中的碳含量，可以计算土壤微生物量碳。
（2）操作步骤：①预处理：一般不需要。
如果担心土壤状况可能会影响分析结果（如土壤太干，土壤中微生物生长不好等），可以将采集到的土壤调节其含水量达到最大持水量的60％，在25℃预培养1周。
②氯仿熏蒸处理（在通风橱内进行）：在低温下保存的土壤要先从冰箱中取出，待放置到室温时再进行分析。
称取20 g过2mm筛的新鲜土样置于50 ml 小烧杯中，放入真空干燥器内，并在真空干燥器内放置一装有去乙醇氯仿的小烧杯，烧杯内可放置几片防爆沸的干净小瓷片。
同时放入一小烧杯稀氢氧化钠溶液以吸收熏蒸期间释放出来的CO2，还应放一装水的小烧杯（或在干燥器底部放一层湿滤纸）以保持湿度。
用少量凡士林密封干燥器，在真空泵与干燥器之间可以加一缓冲瓶以防止氯仿爆沸或由于抽真空使干燥器内外压力变化而造成干燥器破裂等现象发生，然后用真空泵抽气至干燥器内氯仿沸腾。
关闭真空干燥器阀门，在25℃下暗处放置24小时。
熏蒸完成后，打开干燥器阀门（此时应听到空气进入的声音，否则可能熏蒸不彻底，要重新熏蒸），取出装水的小烧杯（或湿润的滤纸）、装有碱液和氯仿的烧杯（氯仿可倒回瓶中重复使用），用真空泵反复抽真空，并打开干燥器以除去土壤中残存的氯仿（止闻不到土壤中的氯仿气味）。
另称取等量土壤样品放入另一干燥器中，但不熏蒸，作为对照土壤。
土壤微生物生物量的测定方法氯仿熏蒸
土壤微生物生物量的测定方法氯仿熏蒸氯仿熏蒸法是一种在实验室中用氯仿处理土壤样品，然后测定氯仿处理前后土壤微生物生物量差异的方法。
通过加入氯仿，能够杀死土壤中的微生物，从而减少微生物的数量，然后利用一些生物学或化学方法来测定残留的微生物生物量。
氯仿熏蒸法的步骤如下：1.准备土壤样品：将采集到的土壤样品经过干燥和破碎，使其能够尽可能均匀地参与后续的熏蒸过程。
2.加入氯仿溶液：将准备好的土壤样品分装到烧杯或烧瓶中，加入一定比例的氯仿溶液。
氯仿的浓度一般为10%～30%，取决于土壤类型和研究目的。
3.熏蒸土样：将装有土壤和氯仿溶液的容器密封，熏蒸一定的时间。
通常熏蒸时间为24～48小时。
4.蒸发氯仿：打开容器，在通风条件良好的环境中将氯仿挥发，一直蒸发到气味完全消失。
5.提取微生物细胞：将氯仿处理后的土壤样品用适当的提取剂提取，以从土壤中提取微生物细胞。
6.测定微生物生物量：使用适当的方法，如直接计数法、生物量焦磷酸法或基于生物标记物的测定法，来测定氯仿处理前后土壤样品中微生物生物量的差异。
氯仿熏蒸法的优点是操作简单、成本低廉，并且对土壤样品中的细菌、真菌和原生动物等各类微生物都具有较好的破壁效果，能够有效地杀灭土壤中的微生物。
同时，氯仿处理还可以去除土壤样品中的有机物质，从而减少后续测定中的干扰。
然而，氯仿熏蒸法也存在一些局限性。
首先，由于氯仿是一种有机溶剂，熏蒸过程中可能对土壤样品的结构和性质造成一定的改变。
其次，氯仿处理只能杀灭土壤中的微生物，对于土壤中的其他生物物种如线虫、螨虫等则不具备同样的杀灭效果。
此外，氯仿熏蒸法只能提供微生物生物量的总量信息，无法区分不同类群的微生物。
总结起来，氯仿熏蒸法是测定土壤微生物生物量的一种常用方法，其操作简便、费用低廉，且能够有效地杀灭土壤中的微生物。
但需要注意的是，在实际应用中要综合考虑其局限性，并根据研究目的选择合适的测定方法。
土壤微生物多样性分析
土壤微生物多样性分析土壤微生物多样性分析土壤是地球上最重要的自然资源之一，它不仅为植物提供养分和支持根系生长，还在全球碳循环、氮循环和水循环中起着关键作用。
而土壤微生物是土壤生态系统中最为丰富多样的生物群体之一，对土壤生物多样性和生态系统功能发挥具有重要影响。
土壤微生物多样性分析的目的是研究土壤微生物的组成、结构和功能，为了解土壤生态系统的运作机制、评估土壤质量和改善农业生产提供科学依据。
现代分子生物学技术的发展为土壤微生物多样性分析提供了强有力的工具，如高通量测序技术（High-throughput sequencing）能够同时获取成千上万个微生物的基因序列，从而帮助研究人员了解土壤微生物的多样性和功能。
土壤微生物多样性分析的关键步骤包括土壤样品采集、DNA提取、基因测序和数据分析等。
在土壤样品采集过程中，需要遵循科学规范，保证样品的代表性和一致性。
DNA提取是分析土壤微生物多样性的基础，采用合适的提取方法能够有效获取微生物的DNA，并消除土壤中的干扰物质。
基因测序是土壤微生物多样性分析的关键环节，通过高通量测序技术可以获取大量微生物的基因序列，从而了解微生物的种类和数量。
数据分析则是将基因序列进行比对、注释和统计，得出土壤微生物的多样性指数和功能特征。
通过土壤微生物多样性分析，可以揭示土壤微生物的组成和功能特征对土壤生态系统的影响。
例如，研究发现土壤微生物的多样性与土壤养分循环、植物健康和土壤抗性等密切相关。
不同土壤类型和土地利用方式会导致土壤微生物的多样性差异，从而影响土壤肥力和农作物产量。
此外，土壤微生物多样性还可以作为评估土壤质量和生态系统健康状态的指标，为保护土壤资源和实施可持续农业提供科学依据。
在未来，土壤微生物多样性分析将继续在农业、环境保护和生态恢复等领域发挥重要作用。
随着技术的进一步发展，我们将能够更深入地了解土壤微生物的多样性和功能特征，为解决土壤生态系统面临的各种问题提供更精准的解决方案。
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土壤微生物分析方法
周丽霞
1. 土壤微生物生物量碳（氯仿熏蒸提取法）
Jenkinson and Powlson（1976）比较了γ-射线、高压灭菌、干热灭菌、氯仿熏蒸灭菌的效果，发现氯仿熏蒸灭菌处理可杀死99％以上的土壤微生物，并且未改变土壤的理化性质，且容易从土壤中除去。
因此，现在多利用氯仿熏蒸法进行土壤微生物生物量的测定。
（1）原理：土壤经氯仿熏蒸处理后土壤中的微生物被杀死，造成细胞破裂，使细胞内容物释放到土壤中，导致土壤中可提取的碳增加。
用盐溶液提取出由死后的微生物体内渗透出来的有机碳，通过测定浸提液中的碳含量，可以计算土壤微生物量碳。
（2）操作步骤：
①预处理：一般不需要。
如果担心土壤状况可能会影响分析结果（如土壤太
干，土壤中微生物生长不好等），可以将采集到的土壤调节其含水量达到最大持水量的60％，在25℃预培养1周。
②氯仿熏蒸处理（在通风橱内进行）：
在低温下保存的土壤要先从冰箱中取出，待放置到室温时再进行分析。
称取20 g过2mm筛的新鲜土样置于50 ml 小烧杯中，放入真空干燥器内，并在真空干燥器内放置一装有去乙醇氯仿的小烧杯，烧杯内可放置几片防爆沸的干净小瓷片。
同时放入一小烧杯稀氢氧化钠溶液以吸收熏蒸期间释放出来的
CO2，还应放一装水的小烧杯（或在干燥器底部放一层湿滤纸）以保持湿度。
用少量凡士林密封干燥器，在真空泵与干燥器之间可以加一缓冲瓶以防止氯仿爆沸或由于抽真空使干燥器内外压力变化而造成干燥器破裂等现象发生，然后用真空泵抽气至干燥器内氯仿沸腾。
关闭真空干燥器阀门，在25℃下暗处放置24小时。
熏蒸完成后，打开干燥器阀门（此时应听到空气进入的声音，否则可能熏蒸不彻底，要重新熏蒸），取出装水的小烧杯（或湿润的滤纸）、装有碱液和氯仿的烧杯（氯仿可倒回瓶中重复使用），用真空泵反复抽真空，并打开干燥器以除去土壤中残存的氯仿（止闻不到土壤中的氯仿气味）。
另称取等量土壤样品放入另一干燥器中，但不熏蒸，作为对照土壤。
③K2SO4浸提：
熏蒸结束后，将土壤转移到100 ml振荡瓶中，加入60ml （或土水比1:4）0.5 M K2SO4溶液，中速振荡60分钟以使土壤完全振荡开，静置后用中速定量滤纸过滤。
对照样品除不经氯仿熏蒸处理外，其他操作同熏蒸处理。
④测定分析：一般采用K2Cr2O7容量法或碳分析仪（TOC）测定法。
K2Cr2O7容量法：
吸取10ml上述土壤浸提液于150ml消化管中，准确加入10ml 0.018 mol L-1 K2Cr2O7-12 mol L-1 H2SO4溶液，再加入2～3片干净小瓷片（防爆沸），混匀后在175℃煮沸10分钟，冷却后转移至150ml三角瓶中，用去离子水洗涤3～4次消化管使溶液体积约为70～80ml，加入1滴邻啡罗啉指示剂，用0.05 mol L-1 FeSO4标准溶液滴定，溶液颜色由橙黄色变为蓝绿色，再变为棕红色即为滴定终点。
TOC法：用TOC总有机碳分析仪测定土壤浸提液中的有机碳含量。
（3）结果计算：
K2Cr2O7容量法：
式中M 为FeSO4溶液浓度(mol L-1)，V0、V分别为空白和样品消耗的FeSO4溶液体积（ml），f为稀释倍数，12为碳毫摩尔质量（g），103为换算系数。
TOC法：
C mic(mg kg-1)=（熏蒸与对照TOC差值×稀释倍数）/（k Ec×土壤干重）
k Ec为将熏蒸提取法提取液的有机碳增量换算成土壤微生物生物量碳所采用的系数(转换系数), 目前采用的k Ec值是根据FI 方法间接获得。
一般量容法采用的k Ec值为0.38, 仪器分析法k Ec取值0.45 (在极酸性土壤中k Ec 偏低，要根据土壤情况选择适当的k Ec ) 。
（4）注意事项：
①实验结果以土壤干重来表示，计算时一定要考虑土壤含水量；
②如果数据结果变异较大时，要认真分析可能的原因，如：
a 是由于样点的异质性造成的还是操作过程造成的？
b 操作过程中土样采集与处理过程是否一致（土样是否混匀，土中杂质，
尤其是根与植物残体是否清除干净等）？
c 熏蒸、浸提是否同批进行？浸提液是否立即进行分析？
（5）方法特点：
优点：氯仿熏蒸提取法测定土壤微生物生物量碳总量快速、简便，适合大量样品分析。
不足之处：无法确定土壤中不同菌类的数量与比例。
2. 土壤微生物区系组成（平板法）
（1）原理：在自然条件下，土壤中大多数微生物处于休眠状态，一旦供给可利用的碳源（如培养基），一些微生物将快速生长繁殖。
根据在特殊培养基上生长并形成的微生物菌落数量，可以估算土壤微生物的数量。
（2）操作步骤：必须在超净工作台或无菌工作间进行
①培养基配制。
根据需要测定的微生物种类（如细菌用牛肉膏蛋白胨培养基,真菌用马丁氏培养基,放线菌用高斯一号培养基等），按配方配制好培养基并在121℃灭菌20分钟。
待培养基冷却至45-50℃左右时分装入灭菌后的培养皿内。
②接种培养。
取新鲜土样10克，放入装有90ml无菌水的广口瓶中振荡混匀，此为10-1土壤稀释液。
迅速用灭菌移液管吸取10-1土壤稀释液10ml，放入装有90ml无菌水的广口瓶中振荡混匀，此为10-2土壤稀释液。
依次配置10-3、10-4、10-5、10-6土壤稀释液。
取3个稀释倍数的土壤稀释液（根据微生物在土中的数量多少选择），吸取0.1ml分别放入已注入培养基的培养皿中（每变换一次稀释液，应更
换一次吸管），并立即用灭菌玻璃刮刀将土壤稀释液均匀涂抹于琼脂表面。
每个稀释倍数至少应有3个重复。
然后将培养皿倒置于28℃培养箱中培养一定时间（一般细菌2-3天、真菌3-5天、放线菌7-14天）后统计菌落数。
（3）结果计算：
土壤微生物数量（菌落数/克干土）＝平均菌落数×稀释倍数/土壤干重（4）注意事项：
①培养基现配现用,防止因污染、脱水等影响而变质；
②需临时储存的培养基，应放在低温、避光、清洁的地方；
③接种用的器械如吸管、接种针等要先灭好菌，并制备无菌水。
（5）方法特点：
优点：操作简便，最适合于菌体大小差不多的类群。
可测定土壤中可培养的、不同类型的微生物数量，特别是具有特殊功能的微生物类群，如氨化细菌、硝化细菌、固氮菌等。
不足之处：测定结果的精确度和重复性较差，在培养基上形成的菌落可能来自多个细胞，或多个菌成群聚集在一起。
而且大部分土壤微生物种群不能在培养基上生长，所测得的微生物数量通常不到土壤中微生物实际数量的1％，故不能作为土壤微生物的真实数量。