网络药理学SCI-网络药理学常用数据库介绍
常用11大国外数据库详细介绍
常用11大国外数据库详细介绍一、美国(1)Wiley InterScience(英文文献期刊) Wiley InterScience是John Wiely & Sons公司创建的动态在线内容服务,1997年开始在网上开通。
通过InterScience,Wiley公司以许可协议形式向用户提供在线访问全文内容的服务。
WileyInterScience收录了360多种科学、工程技术、医疗领域及相关专业期刊、30多种大型专业参考书、13种实验室手册的全文和500多个题目的Wiley学术图书的全文。
其中被SCI收录的核心期刊近200种。
期刊具体学科划分为:Business,Finance & Management (商业、金融和管理)、Chemistry (化学)、Computer Science(计算机科学)、Earth Science (地球科学)、Education (教育学)、Engineering (工程学)、Law(法律)、Life and Medical Sciences (生命科学与医学)、Mathematics and Statistics(数学统计学)、Physics (物理)、Psychology (心理学)。
(2)美国IEEE (英文文献期刊)IEEE(Institute of Electrical & ElectronicsEngineers)是电子信息领域最著名的跨国性学术团体,其会员分布在世界150多个国家和地区。
据IEEE统计,IEEE会员总数2001年比2000年增加3.1%,达到人,其中学生会员为65669人,增长12.6%。
随着人们的信息越来越多地来自Internet,IEEE需要为会员提供更加完善和全面的电子信息产品和服务。
IEEE应成为IEEE会员获得信息的首选之地。
IEEE必须识别正确的信息,并提供对它们的访问方法。
实现这个目标的重要一步是通过IEEEXplore与IEEE/IEE Electronic Library(IEL)连接。
国内外常用数据库介绍
国内外常用数据库介绍一、中国1、中国知网(CNKI) /中国知识基础设施工程(China National Knowledge Infrastructure,CNKI)是由清华同方光盘股份有限公司、清华大学中国学术期刊电子杂志社、光盘国家工程研究中心联合建设的综合性文献数据库,于1999年6月在CERNET上开通了中心网站(),在CHINANET上开通了第二中心网站(),并且在许多图书馆和情报单位建立了镜像站点。
目前CNKI已建成了中国期刊全文数据库、优秀博硕士学位论文数据库、中国重要报纸全文数据库、重要会议论文全文数据库、科学文献计量评价数据库系列光盘等大型数据库产品,中国期刊全文数据库为其主要产品之一。
CNKI中国期刊全文数据库(Chinese Journal Full-text Database,CJFD)收录了1994年至今的6600种核心期刊与专业特色期刊的全文,积累全文文献618万篇,分为理工A(数理化天地生)、理工B(化学化工能源与材料)、理工C(工业技术)、农业、医药卫生、文史哲、经济政治与法律、教育与社会科学、电子技术与信息科学9个专辑,126个专题文献数据库。
网站及数据库交换服务中心每日更新,各镜像站点通过互联网或光盘来实现更新。
(免费帐号及密码)2、中文科技期刊数据库/维普数据库(VIP)/由科技部西南信息中心直属的重庆维普资讯公司开发,收录1989年以来8000余种中文期刊的830余万篇文献,并以每年150万篇的速度递增。
维普数据库按照《中国图书馆图书分类法》进行分类,所有文献被分为7个专辑:自然科学、工程技术、农业科学、医药卫生、经济管理、教育科学和图书情报,7大专辑又进一步细分为27个专题。
(免费帐号及密码)3、万方数据知识服务平台(wanfangdata)/万方数据股份有限公司是国内第一家以信息服务为核心的股份制高新技术企业,是在互联网领域,集信息资源产品、信息增值服务和信息处理方案为一体的综合信息服务商。
药学专业常用网址大全
药学专业常用网址大全索引:1 医药法规; 2 药事新闻; 3 医药机构; 4 药学期刊杂志; 5 文献资料; 6 药品信息及药物知识; 7 传统医药; 8 图书馆资源; 9 医药企业索引; 10 外国药学资源; 11药学专业常用网址; 12全国中医药大学精品课程集锦; 13常用搜索网址; 14药品信息(化学名及商品名)中文网站/英文网站;15企业与市场信息; 16药品研制与申报; 17期刊杂志; 18网上图书阅览; 19技术转让与合作; 20保健品; 21专利; 22天然药及中药; 23其他.1 医药法规1.1 医药法规/library/law01.htm 有关医药管理、卫生方面的法规。
1.2 医药经济信息/gyy/guide 列有中国医药政策法规、医疗保健及上海联合名医中心。
2 药事新闻2.1 国外药/NEWDRUGS.HTM 国外医药界新闻和新药信息等。
2.2 国内药 国内药学界最新动态。
3 医药机构3.1 卫生/html/weisheng.htm 研究和制订卫生事业发展的总体规划和战略目标,制订重大疾病防治规划。
3.2 中国药学/tcm/chinacpa.htm 全国各地的药学会介绍。
3.3 国家中药品种保护审评委员 提供中药保护政策法规及相关数据库查询。
3.4中国医学科学院药物研究/cams/institue_index.html 有该所以及所里的主要人员的图文资料。
3.5中国医学科学院医药生物技术研究/chinese/ibiotech.html 该所简介及主要工作人员的图文介绍。
3.6 中国药品生物制品检定 负责药品生物制品的检验监督以及药品的注册信息和新药动态等。
3.7 国家医药管理局-南方医药经济研究 研究中国医药市场、发布各种医药经济信息。
3.8 中国医院信 列有全国医院、医学院校、科研机构及学术团体名录。
3.9 传统中医药网/~hai001 介绍中医药组织、学校、诊所及相关软件。
网络药理学分析
将化学成分英文名(compound)输入网上数据库 (.hk/LSP/tcmsp.php)查找Related targets
Mol ID
复制该信息 到excel
N/A不要
将每个成分(compound)查找到的Related targets 逐个复 制到excel中(后栏为N/A则弃去)
将Related targets(化合物靶点)内容输入治疗靶点数据库 (/uniprot/)找蛋白编号(ID) (单个查询)
huma n
蛋白编号
星号文件
对应名称
huma n
蛋白编号选择黄色星号文件、对应名称、人源
将Related targets(化合物靶点)内容输入治疗靶点数据库 (/uniprot/)找蛋白编号(ID)
点击通路 作用靶点
找寻代谢组学中的差异性标志物关联的蛋白靶点 (b.csic.es/mbrole2/analysis.php)
代谢物KEGG号
一般选择HMDB或KEGG; 也可以全部选上
选择 点击
不同数据库来源,前面靶点有 重复项 ,excel进行筛选
(批量查询)
化合物靶点名称 或
Uniplot号
将Related targets(化合物靶点)内容输入治疗靶点数据库 (/uniprot/)找蛋白编号(ID)Βιβλιοθήκη (批量查询)蛋白编号(ID)
蛋白名称
下载文件
将蛋白编号(ID)excel表
将蛋白编号(ID)txt文件
CAS号
其二, 利用Mol ID号在excel文件(03_Info_Molecules[成分 名]或1、merge--Mol ID-原始)中查找化合物靶点名称
药智网数据库介绍
药智网数据库介绍药智网数据库介绍药智网成立于2009年,是国内较早对医药数据进行开发的数据提供服务商。
和丁香园一样延伸了像药智咨询、药智传媒、康洲智通、康洲汇通、药智汇、药智通、药智人才、PDI 峰会、药智沙龙、产业大脑等版块。
药智网数据库分类:药品说明书、红外光谱图、中药材标准、药品查询、药典查询;如果按搜索分类与药融云基本一致分为药品研发、一致性评价、生产检验、全球上市、市场信息、合理用药、药物化学、中药材、医疗器械、化妆品、食品。
(注:药智数据属于药智网的一部分)药智数据查询技巧注册登陆:标准全文查询需要先注册登陆(免费)。
药品名称查询:本查询系统支持模糊查询:如果你需要搜索“维生素C片”,只需要在”药品名称”搜索框内输入其中的关键字,如“维生素”或“C片”都可查询。
正文搜索:本系统部分标准提供全文查询,如在“正文搜索”搜索框内输入关键字“高效液相”,就可以查出所有正文中含有“高效液相”的标准。
标准来源选择:查询时可以对标准类型选择,如输入在药品名称“分散片”,同时在“标准来源”的第一个下拉框中选择“中国药典”标准类型,第二个下拉框中选择“中国药典2010”输入“2010”,则可以查询出2010药典所有的分散片标准。
PDF阅读说明:部分标准原件采用是PDF格式,如果你没有安装相关软件,请下载并安装PDF阅读软件。
药智网数据库会员权限药智网会员分为普通会员与付费会员。
相比药融云医药数据库,药智普通会员查看权限相对有限,目前药融云免费开放8个版块的86个数据库部分内容,相对价值更高;对付费会员而言,药融云医药数据库提供沙龙、巡讲、峰会、项目资产交易、批文转让、展位媒体服务包、需求对接等活动支持,VIP药融圈生态链(目前国内做得最好的医药人脉圈),能创造更多的无限可能。
中药材数据库药品中药材数据库基本上收录了国家和地方地药材质量标准信息,共计20000多条,大多数标准提供全文查询、下载。
收录标准如下:1、中国药典(中药材及饮片、提取物部分)2010年版及其勘误、2005年版及其勘误和增补版(2009)、2000年版及其增补版(2002);2、卫生部药品标准中药材第一册(1992年版);3、卫生部药品标准蒙药分册药材部分;4、卫生部药品标准藏药第一册药材部分;5、维吾尔医常用药材;6、中国卫生部药品标准维吾尔药分册药材部分;7、福建省中药材标准2006年版;8、山东省中药材标准2002年版;9、北京市中药材标准1998年版;10、河南省中药材标准1993年版;11、江苏省中药材标准1989年版;12、江西省中药材标准1996年版;13、湖南省中药材标准1993年版;14、湖南省中药材标准2009年版;15、海南省中药材标准1993年版;16、广西中药材标准90版;17、广西中药材标准第二册(96版);18、广东省中药材标准2004年版;19、上海市中药材标准1994年版;20、黑龙江省中药材标准2001年版;21、云南省中药材标准第二册(彝族药);22、西藏自治区地方药材质量标准;23、部分中药材进口标准药品查询数据库药品数据库基本上收录了所有国家药品质量标准信息,共计40000条,绝大多数标准提供全文查询、下载。
八章药学相关数据库
其优化限定Refine功能有:
Chemical Structure结构再次限定:帮助对结构再次限定 Isotope-Containning Substances同位素限定:帮助获得
结构中含有同位素的物质 Metal-Containing Substances金属包含限定:帮助获得
结构中含有金属的物质 Commercial Avaliability商业化限定:帮助获得可购买
Company/Organization机构排名
Database数据库来源显示
Document Type文献类型如综述、论文、专利的文献 量排名:帮助分析研究信息的新颖性、成熟性、系 统性、实用性等不同文献类型以反映科学的研究过 程
Index Term索引词分析:分析检索结果中检索词出 现频率排名帮助确定文献主要内容
的物质 Property Data性质数据限定:对可提供的物性数据分析 Property Avaliability通过物质的理化性质对物质进行
限定 Reference Av提供参考分析:帮助获得至少1篇参考信息
3.化学反应分析与限定功能
从Explore Reaction 途径检索得出结果共有10种分析 手段,包括: 催化剂catalyst:了解反应中出现的催化剂 溶剂solvent:了解反应中可能出现的溶剂 反应步数number of steps in reaction:了解反应步数 的情况 产率product yield:了解产物的产率 余分析手段同Research Topic途径
2.启动程序 运行SciFinder Scholar, 通过客户端直接连接SciFinder Scholar的 服务器,连接后,系统出现使用协议,接 受后,进入主页, 检索学术文献和信息查 找特定事实或化学物质、浏览特选期刊的 内容目录。
药品相关文献检索
3.2.3 FDA指南性文件
在此可以查找药物相关各方面指南,包括合规性、标签、临床、药理毒理、 CMC、仿制药、生物类似药等,此网站左侧有分类标签栏,你可以查到FDA最 新版本的指南,CFDA其实也翻译了很多FDA指南。 https:///Drugs/GuidanceComplianceRegulatoryInformation/Guida nces/default.htm
4 其他网站、论坛等
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•
4.1 药智网
药智网的模式为威客交易模式,所不同的是针对医药、生物、化工方面的技术、学科 难题方面的交易,因此药智网提供的特色服务如下: 全国独一无二的药品数据库,包含了 药品标准数据库:系统收录了2010、2005年药典、1-75册新药转正标准、中药成方制剂、 中成药汇编、地标升国标、进口标准、单页标准……在内的全部国家药品标准。 药材标准数据库:系统收录了2010、2005年药典;蒙药、藏药、维吾尔医常用药材;福 建省、山东省、北京市、河南省、江苏省、江西省、湖南省、海南省、广东省、上海 市、黑龙江省、云南省、广西、西藏自治区……在内的全部地方中药材标准。
3.2.4 FDA网上学习课程
FDA提供了丰富的免费网上学习资源,在这里我们可以学习IND/ANDA/NDA申报、 eCTD等各种课程。 https:///Training/default.htm
3.3 欧洲药品管理局(EMA)
在EMA 上检索已上市药物,获取药物的授权信息、生产信息和评估信 息。 http://www.ema.europa.eu/ema/
1.2外文数据库
NCBI(常用数据库)
NCBI的使用方法 NCBI (National Center for Biotechnology Information)是指 美国国立生物技术信息中心。在1992年10月,NCBI承担起对GenBank DNA序 列数据库的责任。它包含基因组数据库,结构数据库,生物学门类数据库等 多项资源。 查找基因信息 在浏览器地址栏中键入/,或直接
最强攻略6:史上最全网络药理学数据库汇总解读
最强攻略6:史上最全网络药理学数据库汇总解读网络药理学主要是通过系统生物学的研究方法进行研究,使用统计学、复杂网络等数学手段,能够在分子水平上更好的理解细胞以及器官的行为,加速药物靶点的确认以及发现新的生物标志物。
网络药理学用网络科学的方法研究药理学,用网络拓扑性质来反应药物理化和生物学性质,是近年来的新兴学科,接下来我们来认识一些与网络药理学研究相关的数据库吧:01PubChem/PubChem是一个有机小分子生物活性数据,是一个生环化材中应用分子的数据模型库。
这里面包含了大量分子材料的理化性能介绍,对应每个有机分子的应用都能够追根溯源到较为全面的文献报道。
可以按名称,分子式,结构和其他标识符搜索化学物质来查找化学和物理性质,生物活性,安全性和毒性信息,专利,文献引用等等。
可供检索的化合物有11100万种,物质28700万种,生物活性27300万种、相关文献3200万篇、专利250万种。
详情请戳:PubChem:有机小分子生物活性数据库02DGIdb/DGIdb是一个药物-基因相互作用数据库,提供了基因与其已知或潜在药物关联信息。
里面的基因主要是癌基因,但是也有一些其他疾病(例如阿尔兹海默病、心脏病、糖尿病等)的相关基因。
DGIdb一共有超过14000种药物-基因的相互作用,涉及2600个基因和6300中靶向这些基因的药物,还包括了6700个其他的基因,这些基因很有可能成为未来药物的靶标。
详情请戳:DGIdb:药物基因相互作用数据库03DrugBank/drugs/DrugBank是阿尔伯塔大学将药物实验数据和药物目标信息结合起来的生物信息学和化学信息学数据库,也是目前最大的综合性药物数据库。
DrugBank包含13791种药物条目,其中包括2653种经批准的小分子药物、1417种经批准的生物技术(蛋白质/肽)药物、131种营养品和6451种实验药物。
5236个非冗余蛋白(即药物靶标/酶/转运体/载体)序列与这些药物条目相关联。
SCI(科学引文数据库)
H指数
• H指数(H index)是一个混合量化指标,可用于评 估研究人员的学术产出数量与学术产出水平。H指 数是2005年由美国加利福尼亚大学圣地亚哥分校的 物理学家乔治·希尔施提出的。
• H指数的计算基于其研究者的论文数量及其论文 被引用的次数。赫希认为:一个人在其所有学术 文章中有N篇论文分别被引用了至少N次,他的H 指数就是N。
• 图书馆学和信息科学 • 语言与语言学 • 法律 106 • 政治科学 • 心理学 • 精神病学 • 公共卫生 • 社会问题 • 社会工作 • 社会学 • 药物滥用 • 城市研究 • 妇女问题 • 社会科学,交叉
Arts & Humanities Citation Index
• 1978年建立
• 艺术与人文科学学者同样需要多学科领域的研究信息 • 需要Up-to-date的信息服务 • 引文索引在艺术与人文科学领域更有意义
参考文献
• 参考文献是在学术研究过程中,对某一著作或论 文的整体的参考或借鉴。征引过的文献在注释中 已注明,不再出现于文后参考文献中。
引证文献
• 引证文献是指引用本文的文献,是该研究工作的 继续、应用、发展或评价。引证文献是学术论著 撰写中不可或缺的组成部分,也是衡量学术著述 影响大小的重要因素。规范的引证文献既是对他 人知识产权的尊重,更可以从中看出作者自己进 行知识产出的过程和基本状况。作者的文献被引 证的次数越多,此作者的文献越有价值。
(CPCI-S) --2005年至今
Science Citation Index Expanded
• 150 多个学科领域 • 自然科学、工程技术、生物医学等所有科技领域 • 每周收录19,000多篇文献,423,000篇参考文献 • 2008年当前收录7,321种期刊 • Cover-to-Cover 收录期刊每一期每一篇文献
2 药物信息检索
药学目录和搜索引擎 药物数据库 药学机构网站 药物信息重要网站 药学教学资料及参考工具 国内重要药学网站网址
一.药学目录与搜索引擎 药学目录与搜索引擎
虚拟药学中心,( http://www.martindalecenter. com/pharmacy.html)马丁代 com/pharmacy.html)马丁代 尔卫生科学指南,属于药学 网络资源目录,曾获多种奖 项。该目录提供药学、药理 学、毒理学、药品信息等网 络信息的分类浏览,其资源 类型包括全球报告、在线期 刊、会议信息、临床试验、 医学继续教育、医院、医生 /医师、数据库和课程等。 该目录将所有类目及相关网 页全部显示在一个页面中, 按照从大类到小类,再到相 关链接的次序排列
三.药学机构网站
U.S. Food and Drug Administration FDA,美国 FDA,美国 食品和药物管理局() 食品和药物管理局() Amercian Pharmacist Association ,APhA,美国 ,APhA, 药剂师学会( ) Amercian Association Pharmaceutical Scientists,AAPS,美国药学科学家协会( Scientists,AAPS,美国药学科学家协会( ) ) Herb Research Foundation ,草药研究基金会 ,草药研究基金会 HRF,() HRF,()
五.药学教学资料及参考工具
Drug ()在线 () 药学新闻杂志 Aspet() Aspet()免费电子期刊 Pharma-lexicon() Pharma-lexicon() 英文医药缩写字典 WebCAI(/research/medicine WebCAI(/research/medicine /pharmacology/CAI)
药物化合物库(必备的5个数据库)
药物化合物库(必备的5个数据库)人类与动物最大的差别来自于人类善于利用工具。
从利用石头开始、火、铁器、蒸汽、计算机每一次工具的升级都能带来更多的无限可能。
应用到各行各业都是相通的,好的工具带来的更好的效果,正所谓'工欲善其事,必先利其器’。
而对于药物化合物数据库的应用也是如此,需要有一个全面的药物化合物库才能更高效全面的了解药物化合物信息。
常用的药物化合物库有pharnexcloud 、pubchem、chemspider、DrugBank、Toxnet等。
这些药物化合物库都各有自己的数据特色,下面逐一讲解,对号选用。
① Pharnexcloud(药融云)Pharnexcloud(药融云)可以通过CAS号、药物化合物名称、InChI、InChIKey、MDL、EINECS、Beilstein、化学结构式检索查询药物化合物的专利、原料药、供应商、药品(制剂)、适应症、试验、企业、治疗领域、研发、谱图等信息,还可以通过药物化合物所制药品的全管线信息。
该数据化合物信息(约1亿)、化学反应(约2000万),并通过文献分类标题可以查看相关文献(3000万+)。
Pharnexcloud药融云生物医药大数据一站式检索数据库,是集全球生物医药全产业链数据为一体的大数据平台,数据覆盖了九大数据库群包含了医药研发、生产检验、市场销售、合理用药等生物医药全生命周期数据。
② PubchemPubChem 检索可得到的结果包含了分子式、SMILES 、2D 和3D 结构、 InChl 和 InChIKey 、相对分子质量、脂水分配系数、氢键受体和供体数目、可旋转键数目、互变异构体数目等基本的结构信息和物化性质,除此以外,还有该化合物作为药物的剂型信息、药理性质、毒性、生物活性检测等信息,Pubchem数据库于2004 年正式对方开放使用,数据信息被划分成三个相互关联的数据库,即PubChem Substance 、Pubche m Compound 和PubChem BioAssay ,这三个数据库都隶属于 NCBI 的 Entrez 信息检索库。
常用十大学术数据库介绍
常用十大学术数据库介绍一、美国(1)Wiley InterScience(英文文献期刊) Wiley InterScience是John Wiely & Sons公司创建的动态在线内容服务,1997年开始在网上开通。
通过InterScience,Wiley公司以许可协议形式向用户提供在线访问全文内容的服务。
WileyInterScience收录了360多种科学、工程技术、医疗领域及相关专业期刊、30多种大型专业参考书、13种实验室手册的全文和500多个题目的Wiley学术图书的全文。
其中被SCI收录的核心期刊近200种。
期刊具体学科划分为:Business,Finance & Management (商业、金融和管理)、Chemistry (化学)、Computer Science(计算机科学)、Earth Science (地球科学)、Education (教育学)、Engineering (工程学)、Law(法律)、Life and Medical Sciences (生命科学与医学)、Mathematics and Statistics(数学统计学)、Physics (物理)、Psychology (心理学)。
(2)美国IEEE (英文文献期刊)IEEE(Institute of Electrical & ElectronicsEngineers)是电子信息领域最著名的跨国性学术团体,其会员分布在世界150多个国家和地区。
据IEEE统计,IEEE会员总数2001年比2000年增加3.1%,达到377342人,其中学生会员为65669人,增长12.6%。
随着人们的信息越来越多地来自Internet,IEEE需要为会员提供更加完善和全面的电子信息产品和服务。
IEEE应成为IEEE会员获得信息的首选之地。
IEEE必须识别正确的信息,并提供对它们的访问方法。
实现这个目标的重要一步是通过IEEEXplore与IEEE/IEE Electronic Library(IEL)连接。
药学数据库介绍PPT课件
人工智能技术可以应用于药学数据库的管理和利用,例如自 然语言处理、机器学习和深度学习等技术可以帮助自动提取 和分析药学数据,提高数据处理效率和准确性。
药学数据库在医药行业的应用拓展
药物研发
药学数据库可以为药物研发提供全面的数据支持,包括药 物靶点、化合物筛选、药效学评价等方面的数据。
药品监管
02
CATALOGUE
药学数据库的用途与价值
药学研究领域的应用
01
02
03
药物化学研究
提供药物分子结构、化学 属性、合成路径等信息, 辅助药物设计和合成。
药理学研究
提供药物作用机制、药效 学和毒理学数据,支持药 物作用机理研究和安全性 评估。
临床药学研究
提供临床试验数据、药物 治疗方案、药物相互作用 等信息,支持临床用药决 策和药学监护。
应用场景
在药物研发过程中,需要进行大量的分子设计和筛选工作。
应用方式
科研人员可以利用药学数据库中的分子结构数据和药理作用信息,进 行分子设计和筛选,以找到具有潜在药理作用的候选药物分子。
应用效果
通过这种方式,可以大大缩短药物研发周期,提高新药发现的成功率 。
THANKS
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分类浏览
药学数据库通常提供分类浏览功能,用户可以根据药物类别、治疗领域等信息进行浏览 ,方便快捷地找到相关资料。
药学数据库的使用技巧
善用筛选功能
利用药学数据库提供的筛选功能 ,快速排除不相关或重复的信息 ,提高检索效率。
掌握多库检索
如果需要获取更全面的药学信息 ,可以同时使用多个药学数据库 进行检索,综合利用各个数据库 的优势。
案例二
02
某医院药剂科的药品管理数据库
网络药理学在中药及其复方中应用的研究进展
总第23卷259期2021年3月大众科技Popular Scie n ee&TechnologyVol.23No.3March2021网络药理学在中药及其复方中应用的研究进展杨力龙】苏华珍2卢新丽彳马家宝】黄少远2(1.广西中医药大学第一附属医院,广西南宁530023;2.桂林医学院附属医院,广西桂林5410012;3.广西嘉路人力资源顾问有限责任公司,广西南宁530031)【摘要】网络药理学是一门基于系统生物学理论的新学科,主要内容为对生物系统的网络分析,选取特定信号节点进行多靶点药物分子设计。
近年来,网络药理学在中医药领域研究使用频繁,主要强调对信号通路的多途径调节、提高药物的治疗效果、减少毒副作用,从而提高新药临床试验的成功率。
文章将从网络药理学的研究进展、单味中药研究现状、复方中药研究应用等方面对近几年来网络药理学在中药及其复方中的应用情况进行概述。
【关键词】网络药理学;中药;复方【中图分类号】R285【文献标识码】A【文章编号】1008-1151(2021)03-0055-03Research Progress on Application of Network Pharmacology in TraditionalChinese Medicine and Its Compound Prescription Abstract:Network pharmacology is a new subject based on the theory of systems biology Its main content is network analysis of biological system and multi-target drug molecular design by selecting specific signal nodes.In recent years,network pharmacology has been used frequently in the field of t raditional Chinese medicine,which mainly emphasizes the multi-channel regulation of signal pathways, improving the therapeutic effect of drugs,reducing toxic and side effects,so as to improve the success rate of clinical trials of new drugs. This article will summarize the application of network pharmacology in traditional Chinese medicine and its confound prescription in recent years from the aspects of research progress of network pharmacology research status of single traditional Chinese medicine and research and application of compound traditional Chinese medicine.Key words:network pharmacology;traditional Chinese medicine;compound prescription引言随着新药物在治疗复杂疾病上不断出现安全性低、有效性差等现象⑴,人们逐渐意识到药物研发模式的局限性。
医学论文写作中常用数据库
来源:SCI论文发表——达晋医学编译医学论文的写作离不开数据的处理,找到好的数据库有助于帮我们医学论文写作中常用数据库有哪些?下面达晋医学编译给大家介绍下医学论文写作中常用数据库有哪些。
(1)MEDLINE数据库:Medline数据库是美国国立医学图书馆的数据库,是世界上最著名的生物医学数据库之一。
收录内容包括基础医学、临床医学、环境医学、营养卫生、职业病学、卫生管理、医学保健和情报科学等领域,共收录70多个国家3800多种期刊的题录和文摘,其中88%的资料用英文发表,76%的文献含有文摘。
(2)TOXLINE Plus数据库:药理毒理学数据库收录的文献来源于CA、BA和IPA(国际药学文摘)等,内容涉及药物和其他化学物质的药理学、生物化学、生理学和毒理学效应等,信息来源包括美国国立医学图书馆、化学文摘服务社、Phamocological、瑞典全国化学物质监察(Swedish National Chemicals Inspectorate)等。
年记录为20万条。
(3)Life Science数据库:Life Science(生命科学)的信息来源世界70多个国家约5500种杂志、书籍、论文、会议录、专利等,其中杂志文献占93%,内容涉及生物学、医学、生物化学、生态学、微生物学、农业科学等。
医学论文写作中常用数据库(4)德温特药学文档数据库:满足药品生产、制备工作的科研人员及情报人员需求,涵盖1983年以来几乎所有的药学文献,年收录10万条,来源于1200种科学出版物。
(5)CBMdisc数据库:中国生物医学光盘数据库(CBMdisc)是中国医学科学院医学信息研究所开发研制的综合性医学文献数据库,收录范围包括基础医学、临床医学、预防医学、药学、中医学和中药学。
医学论文写作中常用数据库(6)中国生物学文献数据库(CBA):中国生物学文献数据库(Chinese Biological Abstracts)由中国科学院上海文献情报中心研建,是目前国内容量最大的文献综合性文摘数据库,年文献报道量1万条左右。
“网络药理学”资料汇整
“网络药理学”资料汇整目录一、基于网络药理学中药复方“三药三方”治疗新冠肺炎的分期治疗分析二、分子对接结合网络药理学研究桂枝芍药知母汤治疗类风湿关节炎的分子作用机制三、基于网络药理学和分子对接研究淫羊藿治疗抑郁症的抗炎作用机制四、基于网络药理学和实验验证的桂枝甘草汤抗心肌缺血再灌注损伤的作用机制研究五、基于网络药理学和细胞实验探究心脉康片治疗动脉粥样硬化心血管病的作用机制六、基于网络药理学的连花清瘟方抗冠状病毒的物质基础及机制探讨基于网络药理学中药复方“三药三方”治疗新冠肺炎的分期治疗分析新冠肺炎疫情自2019年末爆发以来,全球范围内都在积极寻找有效的治疗方法以减轻疫情对人类健康的影响。
中药复方由于其多成分、多靶点的特点,在网络药理学的研究框架下,为新冠肺炎的治疗提供了新的思路。
本文将围绕网络药理学中药复方“三药三方”治疗新冠肺炎的分期治疗进行分析。
网络药理学中药复方“三药三方”治疗新冠肺炎的分期治疗分析“三药三方”是指达原饮、蒿芩清胆汤和三泻心汤,这些中药复方在新冠肺炎治疗中具有一定的疗效。
达原饮主要由槟榔、厚朴、草果、知母、芍药等中草药组成,具有清热解毒、化湿和中作用,可有效减轻新冠肺炎患者的发热、咳嗽和乏力等症状。
蒿芩清胆汤主要由青蒿、黄芩、竹茹、半夏等中草药组成,具有和解少阳、理气化痰作用,可改善新冠肺炎患者的胸闷、咳痰等症状。
三泻心汤主要由黄芩、黄连、黄柏、栀子等中草药组成,具有清热燥湿、解毒泻火作用,可缓解新冠肺炎患者的呕吐、腹泻等症状。
新冠肺炎患者的病情变化复杂多样,但总体上可以大致分为早期、中期和晚期三个阶段。
在早期阶段,患者主要表现为发热、咳嗽、乏力等症状,此时宜采用达原饮进行治疗;中期阶段,患者多伴有胸闷、气促、痰多等症状,此时宜采用蒿芩清胆汤进行治疗;在晚期阶段,患者往往出现呕吐、腹泻、电解质紊乱等症状,此时则宜采用三泻心汤进行治疗。
根据不同阶段的患者病情以及“三药三方”的药效,可以提出如下的治疗方案建议:(1)早期治疗:对于出现发热、咳嗽、乏力等症状的新冠肺炎患者,可采用达原饮进行早期治疗。
医学院常用数据库
医学院常用数据库文摘库:外文文摘库:MEDLINE, EMBASE, BIOSIS Preview, SciFinder, 中文文摘库:CBM, CBA。
全文库:外文全文库:OVID, Springer Link, PML, Blackwell, Elsevier, Wiley, EBSCO。
中文全文库:cqvip, CNKI, 万方循证医学库:Ovid 循证医学数据库药物数据库:Micromedex临床暨医药学数据库学位论文库:外文PQDD, 中文万方博硕论文库综合性数据库:Web of Knowledge评价:本讲座从实用的角度,着重讲解了医学常用的数据库,包括数据库的收录学科范围,期刊数目,收录年份,核心期刊比例等。
特别值得推荐的是,每种类型的数据库都有一个小结,用表格对比了不同数据库的收录年份,期刊数等重要指标。
看了这个讲座,您对医学文献检索会有一个整体的认识,文献检索的千里之行,将由此展开。
常用的医学数据库按照内容揭示程度分为:文摘数据库电子全文数据库引文数据库事实型数据库2.1.1 中文文摘数据库CBMdisc收录年限比CMCC要长,收录的期刊范围更广,而且有规范的主题词标引,是文献查新的主要中文检索工具。
主要缺点是时滞长,一般在3~4月。
相比而言,CMCC更新快,这一点是突出于CMBdisc的最大优势。
2.1.2 外文文摘数据库比较:MEDLINE偏重于生物医学,EMBASE偏重于生物医学与药理学,在药理上比MEDLINE 收录的更全面。
MEDLINE和EMBASE收录的期刊中,有50%以上是重复的。
BIOSIS Preview 偏重于生物学。
CA偏重于化学。
目前,文摘数据库一般都实现了与全文数据库的全文链接。
如果您的单位订购了这些全文库,那么在文摘数据库中检索到特定的文献后,能直接链接到全文数据库,打开该全文2.1.3 中文全文数据库比较:CNKI是目前国内最好、使用最多的中文全文数据库,CNKI旗下的CHKD面向医学专业,做得比较专业,在国内很多医院购买。
网络药理学类 SCI 怎么做
01 ︳ 网络药理学为什么这么火? 02 ︳ 网络药理学能做什么? 03 ︳ 网络药理学类 SCI 怎么做? 04 ︳ 哪些人适合学习网络药理学? 05 ︳ 零基础如何快速入门网络药理学?
网络药理学为什么这么火?
在 PubMed 搜索「network pharmacology」 发表的文章从 2012 年呈指数级增加!
自己容易控制, 因地制宜
花线不多,无需 购买试剂
不需要实验室 (设备,空间)
使用数据库 挖掘数据
按固定套路分析, 描述,作图
挖隐含关系:有创新性
网络药理学适合谁?
医药(医护) 药学 生物学
疾病 药物
找病因
控靶 点
找药物
中医学: 从整体的角度去诊治疾病:整体观 网络药理学:中药及其方剂多成分、多途径、多靶点,协同作用
① 提取文献、数据库和实验数据中药物、蛋白靶点、毒副作用等要 素。
② 将各要素作为网络中的节点,通过计算节点关系运算,构建网络 模型(药物、基因、靶点、药物相互作用的网络),或寻找相互 作用关系。
③ 推测各要素间相互关系,研究药物性质及作用网络机制,发现药 物潜在靶点、药物安全性评价育毒副作用预测。
3.1 零基础如何快速掌握网络搭建软件? 3.2 如何搭建药物「成分-靶点-疾病-通路」网络?
3.3 实操:如何做蛋白互作网络分析? 3.4 实操:如何做富集分析? 3.5 实操:如何做 KEGG 通路分析? 3.6 实操:如何做分子对接? 3.7 研究整合:如何确定药物与疾病靶点的相互作用?
4.1 如何根据已有信息设计分子与动物验证实验? 4.2 如何根据已有信息设计临床验证试验? 4.3 如何制作网络药理学文章图表? 2.4 怎么写好 SCI 中的结果与方法? 2.5 怎么写好 SCI 中的引言与讨论? 2.6 怎么写好 SCI 中的摘要与题目? 4.7 如何选对期刊,巧妙回复审稿人? 4.8 如何进行网络药理学基金申请
“网络药理学”资料文集
“网络药理学”资料文集目录一、基于网络药理学和分子对接法探寻清宣止咳颗粒治疗儿童新型冠状病毒肺炎活性化合物二、中药复方治疗阿尔茨海默病的网络药理学研究进展三、治疗类风湿关节炎中药方剂作用原理的网络药理学研究策略四、基于数据挖掘和网络药理学的清热类中成药组方规律研究五、基于网络药理学和体外实验探讨大白桩菇抗乳腺癌的作用机制六、“川芎当归”药对主要活性成分的网络药理学研究基于网络药理学和分子对接法探寻清宣止咳颗粒治疗儿童新型冠状病毒肺炎活性化合物随着新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的爆发,全球都在寻求有效的治疗方法。
中草药,作为一种传统的医疗资源,在治疗COVID-19中发挥了重要作用。
清宣止咳颗粒,一种常用的中药制剂,被广泛用于治疗儿童COVID-19。
然而,其治疗机制仍不明确。
因此,本研究旨在通过网络药理学和分子对接法,探寻清宣止咳颗粒治疗儿童COVID-19的活性化合物及其作用机制。
我们利用网络药理学方法对清宣止咳颗粒的成分进行系统分析。
通过对成分进行靶点预测,我们构建了成分-靶点网络,揭示了清宣止咳颗粒中各成分与COVID-19相关靶点的相互作用。
结果显示,清宣止咳颗粒中的多种化合物能够与COVID-19相关的多个靶点相互作用,提示其具有治疗COVID-19的潜力。
接下来,我们利用分子对接法进一步验证这些化合物的活性。
通过模拟清宣止咳颗粒中的化合物与COVID-19相关靶点的相互作用,我们评估了各化合物的结合能及结合模式。
结果显示,某些化合物能够与COVID-19的关键靶点如ACE2和TMPRSS2形成稳定的结合,表明这些化合物可能是清宣止咳颗粒治疗儿童COVID-19的主要活性成分。
本研究通过网络药理学和分子对接法揭示了清宣止咳颗粒治疗儿童COVID-19的活性化合物及其作用机制。
这些结果为进一步研究清宣止咳颗粒治疗COVID-19的机制提供了理论依据,并为开发新的COVID-19治疗药物提供了潜在的候选化合物。
工具篇丨假期发篇网络药理学的文章就靠它们了!
工具篇丨假期发篇网络药理学的文章就靠它们了!由于疫情的影响,今年又是一个比较漫长的寒假。
实验无法推进,手头没有足够的数据写文章,这个假期怎么利用好呢?不急,我们还有网络药理学!有的小伙伴可能会说这是针对中医专业的发文套路,No, No, No,不仅是中药相关专业可以用这个套路,还有研究从中草药中提取的天然化合物的小伙伴们也可以用。
用好数据库,解决毕业问题不是难事。
今天给大家推荐几个现在可以使用且更新较快,国际公认的网络药理学相关数据库。
1. SymMa (网址:/)图片来源于SymMapSymMap提供了大量关于中药、中医症状、西医症状、化合物、靶点和疾病的信息,包括在中国药典中注册的499种中药,含19595种化合物以及1717种中医症状。
此外,SymMap收集了这些中药/化合物相关的4302个靶标和5235种疾病。
它通过直接或间接关联统计推断所有类型元素之间的成对关系并显示它们的综合关系网络。
从“Browse”中点击进入,用户可以浏览所有草药、中医症状、西医症状、化合物、靶点和疾病,并通过点击SymMap ID详细查看某一项的分类信息和网络图。
图片来源于SymMap点击“Search”,可以搜索中药、中医症状、西医症状、化合物、靶点和疾病。
比如输入“qinghao”,下方显示青蒿的ID、中文名、拼音、拉丁名、英文名和中药分类等。
图片来源于SymMap点击“Herb id”进入详细页面查看,SymMap已构建好六个元素间的互作网络。
网络中的每个节点都可以移动,点击可打开对应节点的信息网页,网络图可以设置p值进行筛选,图片和表格均可下载。
SymMap链接到TCM-ID、TCMID和TCMSP数据库,可以点击查看其他数据库的信息。
图片来源于SymMap如果我们需要下载网站所有信息,可以点击“Download”,SymMap提供6类元素所有的下载信息,大家可以下载下来,综合其他的数据库进行筛选。
图片来源于SymMap2. ETCM(网址:/ETCM/index.php/Home/)ETCM包含常用草药和中药配伍及其成分的全面和标准化信息以及预测靶点。
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KEGG数据库是手工绘制的KEGG途径图的集合,每 个途径图包含分子相互作用和反应的网络,将基因组中 的基因与通路中的基因产物(主要是蛋白质)连接。
KEGG pathway analysis即为将目的基因定位到 KEGG途径图中的过程。
打开KEGG map网站 https://www.kegg.jp/kegg/tool/map_pathway2.html
GO功能分类注释 /
KEGG注释通路分析
http://www.kegg.jp/kegg/tool/map_pathway2.html
最常用的通路分析是京都基因与基因组百科全书 (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, KEGG)。1995年,KEGG数据库项目由京都大学化学 研究所教授Minoru Kanehisa领头启动。
搜索框输入汉字:人参
http://119.3.41.228:8000/tcmid/
点击 herb,搜索框输入ren shen
点击ren shen,结果如下:
TCM-ID .sg/group/TCMsite/Default.aspx
使用韦恩图创建数据集
靶点两个
药物名称 ID号 药物类型
药物结构
所有药理学研究数据
相互作用和参考文献
临床试验数据和药物经济学
药物性质
药物质谱图
药物毒性
物种:溶血葡萄球菌
物种:人
其靶点为QacR和BIRC5两个靶点信息,在右上角为details的链接, 点击进去可以看到靶点详细的信息
/
网络药理学常用数据库介绍 与使用
网络药理学的基础-数据库
现有的数据库已为开展网络药理学研究奠定了坚实基础,主要包 括: (1)文献数据库,如Pubmed,Medline和OMIM等; (2)药物-疾病相互作用数据库,如Drugbank、PDSP、 PubChem、GLIDA和STITCH等; (3)蛋白质相互作用数据库,如MIPS、DIP、MINT、IntAct、 BioGRRID、HPRD、BIND等; (4)通路数据库,如KEGG、Ingenuity Pathway Analysi、 Nature Pathway Interaction Database和Pathguide等。
• 韦恩图,用于显示元素集合重叠区域的图示 • 在生信分析中,可用于显示组间差异的交集与并集, • 韦恩图的历史:1880年维恩(Venn)在《论命题和推理的图表化和机械化表现》 一文中首次采用固定位置的交叉环形式用封闭曲线(内部区域)表示集合及其关系 的图形。(Venn Diagram,也称韦恩图或维恩图)
数据集网络分析 https:///cgi/input.pl
GO KEGG
DrugBank:https://www.drugbank.ca/
DrugBank数据库是一个整合了生物信息学和化学信息学资源, 并提供详细的药物数据与药物靶标信息及其机制的全面分子信 息,包括药物化学、药理学、药代动力学、ADME及其相互作 用信息。每个DrugCard条目包含200多个数据字段,其中一半 用于药物/化学数据,另一半用于药物靶标或蛋白质数据。 DrugBank最大的特色是它支持全面而复杂的搜索,结合 DrugBank可视化软件,这些工具能非常容易的检索到新的药物 靶目标、比较药物结构、研究药物机制以及探索新型药物。
该数据库西北农林科技 大学王永华教授团队研 发的,包含了499味草药 (中国药典2010版)以 及每位草药的化合物成 分(共计29000余个), 针对每个化合物提供了 较全面的人体吸收、分 布、代谢(ADME)性 质评价数据,并提供了 潜在活性分子的靶标及 其疾病信息,形成了针 对每位草药的药物-靶标疾病网络
•ห้องสมุดไป่ตู้在线网站: https://b.csic.es/tools/venny/ http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/Venn/
GO功能分类注释
基因本体论(GO)本体论这个词源于哲学,本体论用于描述事物的本质,所以 基因本体论为了描述基因的本质。GO从三个方面对基因的本质进行描述。