网络药理学SCI-网络药理学常用数据库介绍
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• 在线网站： https://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/ http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/Venn/
GO功能分类注释
基因本体论（GO）本体论这个词源于哲学，本体论用于描述事物的本质，所以 基因本体论为了描述基因的本质。GO从三个方面对基因的本质进行描述。
数据集网络分析 https://string-db.org/cgi/input.pl
GO KEGG
百度文库
网络药理学常用数据库介绍 与使用
网络药理学的基础-数据库
现有的数据库已为开展网络药理学研究奠定了坚实基础，主要包 括： （1）文献数据库，如Pubmed，Medline和OMIM等； （2）药物-疾病相互作用数据库，如Drugbank、PDSP、 PubChem、GLIDA和STITCH等； （3）蛋白质相互作用数据库，如MIPS、DIP、MINT、IntAct、 BioGRRID、HPRD、BIND等； （4）通路数据库，如KEGG、Ingenuity Pathway Analysi、 Nature Pathway Interaction Database和Pathguide等。
该数据库西北农林科技 大学王永华教授团队研 发的，包含了499味草药 （中国药典2010版）以 及每位草药的化合物成 分（共计29000余个）， 针对每个化合物提供了 较全面的人体吸收、分 布、代谢（ADME）性 质评价数据，并提供了 潜在活性分子的靶标及 其疾病信息，形成了针 对每位草药的药物-靶标疾病网络
GO功能分类注释 http://pantherdb.org/
KEGG注释通路分析
http://www.kegg.jp/kegg/tool/map_pathway2.html
最常用的通路分析是京都基因与基因组百科全书 （Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes， KEGG）。1995年，KEGG数据库项目由京都大学化学 研究所教授Minoru Kanehisa领头启动。
• 韦恩图，用于显示元素集合重叠区域的图示 • 在生信分析中，可用于显示组间差异的交集与并集， • 韦恩图的历史：1880年维恩（Venn）在《论命题和推理的图表化和机械化表现》 一文中首次采用固定位置的交叉环形式用封闭曲线（内部区域）表示集合及其关系 的图形。（Venn Diagram，也称韦恩图或维恩图）
靶点两个
药物名称 ID号 药物类型
药物结构
所有药理学研究数据
相互作用和参考文献
临床试验数据和药物经济学
药物性质
药物质谱图
药物毒性
物种：溶血葡萄球菌
物种：人
其靶点为QacR和BIRC5两个靶点信息，在右上角为details的链接， 点击进去可以看到靶点详细的信息
http://tcmspw.com/
DrugBank：https://www.drugbank.ca/
DrugBank数据库是一个整合了生物信息学和化学信息学资源， 并提供详细的药物数据与药物靶标信息及其机制的全面分子信 息，包括药物化学、药理学、药代动力学、ADME及其相互作 用信息。每个DrugCard条目包含200多个数据字段，其中一半 用于药物/化学数据，另一半用于药物靶标或蛋白质数据。 DrugBank最大的特色是它支持全面而复杂的搜索，结合 DrugBank可视化软件，这些工具能非常容易的检索到新的药物 靶目标、比较药物结构、研究药物机制以及探索新型药物。
KEGG数据库是手工绘制的KEGG途径图的集合，每 个途径图包含分子相互作用和反应的网络，将基因组中 的基因与通路中的基因产物（主要是蛋白质）连接。
KEGG pathway analysis即为将目的基因定位到 KEGG途径图中的过程。
打开KEGG map网站 https://www.kegg.jp/kegg/tool/map_pathway2.html
搜索框输入汉字：人参
http://119.3.41.228:8000/tcmid/
点击 herb，搜索框输入ren shen
点击ren shen，结果如下：
TCM-ID http://bidd.nus.edu.sg/group/TCMsite/Default.aspx
使用韦恩图创建数据集
细胞组分（Cellular Component，CC）：一般用来描述基因作用的位置， 比如高尔基体，内质网； 分子功能（Molecular Function，MF）：可以描述为分子水平的活性，如 催化或结合活性； 生物学过程（Biological Process，BP）：比如说蛋白质磷酸化，细胞粘附。
GO功能分类注释
基因本体论（GO）本体论这个词源于哲学，本体论用于描述事物的本质，所以 基因本体论为了描述基因的本质。GO从三个方面对基因的本质进行描述。
数据集网络分析 https://string-db.org/cgi/input.pl
GO KEGG
百度文库
网络药理学常用数据库介绍 与使用
网络药理学的基础-数据库
现有的数据库已为开展网络药理学研究奠定了坚实基础，主要包 括： （1）文献数据库，如Pubmed，Medline和OMIM等； （2）药物-疾病相互作用数据库，如Drugbank、PDSP、 PubChem、GLIDA和STITCH等； （3）蛋白质相互作用数据库，如MIPS、DIP、MINT、IntAct、 BioGRRID、HPRD、BIND等； （4）通路数据库，如KEGG、Ingenuity Pathway Analysi、 Nature Pathway Interaction Database和Pathguide等。
该数据库西北农林科技 大学王永华教授团队研 发的，包含了499味草药 （中国药典2010版）以 及每位草药的化合物成 分（共计29000余个）， 针对每个化合物提供了 较全面的人体吸收、分 布、代谢（ADME）性 质评价数据，并提供了 潜在活性分子的靶标及 其疾病信息，形成了针 对每位草药的药物-靶标疾病网络
GO功能分类注释 http://pantherdb.org/
KEGG注释通路分析
http://www.kegg.jp/kegg/tool/map_pathway2.html
最常用的通路分析是京都基因与基因组百科全书 （Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes， KEGG）。1995年，KEGG数据库项目由京都大学化学 研究所教授Minoru Kanehisa领头启动。
• 韦恩图，用于显示元素集合重叠区域的图示 • 在生信分析中，可用于显示组间差异的交集与并集， • 韦恩图的历史：1880年维恩（Venn）在《论命题和推理的图表化和机械化表现》 一文中首次采用固定位置的交叉环形式用封闭曲线（内部区域）表示集合及其关系 的图形。（Venn Diagram，也称韦恩图或维恩图）
靶点两个
药物名称 ID号 药物类型
药物结构
所有药理学研究数据
相互作用和参考文献
临床试验数据和药物经济学
药物性质
药物质谱图
药物毒性
物种：溶血葡萄球菌
物种：人
其靶点为QacR和BIRC5两个靶点信息，在右上角为details的链接， 点击进去可以看到靶点详细的信息
http://tcmspw.com/
DrugBank：https://www.drugbank.ca/
DrugBank数据库是一个整合了生物信息学和化学信息学资源， 并提供详细的药物数据与药物靶标信息及其机制的全面分子信 息，包括药物化学、药理学、药代动力学、ADME及其相互作 用信息。每个DrugCard条目包含200多个数据字段，其中一半 用于药物/化学数据，另一半用于药物靶标或蛋白质数据。 DrugBank最大的特色是它支持全面而复杂的搜索，结合 DrugBank可视化软件，这些工具能非常容易的检索到新的药物 靶目标、比较药物结构、研究药物机制以及探索新型药物。
KEGG数据库是手工绘制的KEGG途径图的集合，每 个途径图包含分子相互作用和反应的网络，将基因组中 的基因与通路中的基因产物（主要是蛋白质）连接。
KEGG pathway analysis即为将目的基因定位到 KEGG途径图中的过程。
打开KEGG map网站 https://www.kegg.jp/kegg/tool/map_pathway2.html
搜索框输入汉字：人参
http://119.3.41.228:8000/tcmid/
点击 herb，搜索框输入ren shen
点击ren shen，结果如下：
TCM-ID http://bidd.nus.edu.sg/group/TCMsite/Default.aspx
使用韦恩图创建数据集
细胞组分（Cellular Component，CC）：一般用来描述基因作用的位置， 比如高尔基体，内质网； 分子功能（Molecular Function，MF）：可以描述为分子水平的活性，如 催化或结合活性； 生物学过程（Biological Process，BP）：比如说蛋白质磷酸化，细胞粘附。