序列比对及建树步骤

序列比对及建树步骤

1.以细菌、病毒或寄生虫为例，参考分类生物学资料，从GenBank中查询相关序列，详述Blast寻找、CLUSTAL比对、建树及种系发育过程

以隐孢子虫actin基因为例做一叙述：

1.1 Blast: 登录NCBI主页，打开Blast搜索引擎，将测得的一个已知的actin序列输入，下

载了12条隐孢子虫序列，另外下载一条恶性疟原虫actin序列作为外群。所获得的14条序列改为FAST格式，用TXT文件保存。

1.2 cluxtal 比对

用软件clustalx1.83比对软件进行比对。

1.3 比对的精制

对比对结果可以进行一些简单的调整，删去目的序列比对效果最差的开头和结尾部分。可以用word文档打开比对所生成的aln.文件，在word文档下进行剪切。然后将剪切的文档再用ClustalX软件进行比对，并生成Phylip格式文件。

1.4 使用Phylip软件建树

以neighbour-jioning方法为例做一叙述。

1.4.1 先导树

将生成的PHY文件（*.phy）拷贝到Phylip软件包目录下，最好修改成比较简单的文件名，比如修改成1或a等（比较方便下边的输入运行）。运行DNADIST.EXE子软件，输入文件(比如1)，打回车后弹出软件界面，打D可以选择不同的模型，在此选用Kimura 2-parameter模型。生成的outfile文件可以再修改成简单的文件名，比如修改成2。打开neighbor.exe子程序，输入文件2，打回车后运行完毕会生成两个文件，将文件outtree另存为.tre文件格式，即为所生成的先导树。

1.4.2 验证树

1.4.

2.1打开seqboot.exe

输入文件名：输入你用CLASTAL X生成的PHY文件（*.phy）。R为bootstrap的次数，一般为1000 （设你输入的值为M，即下两步DNADIST.EXE、NEIGHBOR.EXE中的M值也为1000）。odd number: (4N+1)(eg: 1、5、9…)

修改好了

打回车y

得到outfile（在phylip文件夹内）

改名为2

1.4.

2.2 打开Dnadist.EXE

输入2

修改M值，再按D，然后输入1000（M值）

打回车y

得到outfile（在phylip文件夹内）

改名为3

1.4.

2.3 打开Neighboor.EXE

输入3

M=1000（M值）

打回车Y

得到outfile和outtree（在phylip文件夹内），改outtree为4，outfile删除或另存

1.4.

2.4 打开consense.exe

输入4

打回车y

得到outfile和outtree（在phylip文件夹内），Outfile可以改为*.txt文件，用记事本打开阅读或删除。而outtree文件即为我们所需要的验证树。

1.5 结果输出

在获得树文件后，常用Treeview软件打开，并可以用此软件对其进行修饰。